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L’agriculture kényane prend le chemin des #OGM, les journalistes du Monde ne prennent pas le chemin du sens critique

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Alors que j’essaye de me botter le derrière pour finir quelques billets de blogs avec un peu de substance, que vois-je dans Le Monde ? Un article sur « L’agriculture kényane prend le chemin des OGM » qui cite plusieurs choses erronées sans la moindre distance. Imagine-t-on un article qui cite « les vaccins donnent des maladies comme l’autisme » sans aucun recul ? Parce que c’est le niveau.

D’abord notons la citation « Les scientifiques du pays sont à l’unisson derrière le discours du vice-président ». On ne saura pas pourquoi les scientifiques sont à l’unisson favorables à un truc aussi mauvais. Peut-être sommes-nous tous des monstres. Ou peut-être y a-t-il des faits intéressants à obtenir en leur parlant ? On ne saura pas, aucun n’est cité. Ni aucun scientifique étranger d’ailleurs. C’est clair, les plantes, les virus, les gènes, tout ça est étranger aux scientifiques.

En détail :

…moratoire sur les importations d’OGM, instauré en 2012, suite à une étude démontrant que le maïs transgénique pouvait provoquer des cancers chez des rats de laboratoire.

Il ne peut s’agir que de la pseudo-étude de Séralini et al, qui n’a rien démontré du tout. Une phrase plus juste aurait été « qui a soulevé le soupçon que le maïs transgénique pouvait provoquer des cancers chez des rats de laboratoire, mais depuis été retirée et jamais reproduite. »

« Le maïs MON810 disperse autour de lui une toxine qui fait chuter le nombre d’abeilles et la biodiversité, contamine les plantes aux alentours. »

Les abeilles, on peut comprendre, si on met du maïs Bt (ce qui est le cas de MON810) qui contient un insecticide, quoiqu’aucun lien avec les problèmes des abeilles n’ait jamais été montré malgré plusieurs études. Le Bt ciblant les lépidoptères (voir discussion sur l’effet sur d’autres espèces ici). Et on peut toujours rappeler que le même Bt est utilisé en agriculture bio, en pulvérisation. (Edition : en plus les OGM contrairement aux pulvérisations conventionnelles ou bio ne dispersent rien du tout.) Les plantes aux alentours, j’ai un peu plus de mal. Comment un insecticide peut-il leur faire du mal ? On peut aussi rappeler l’étude montrant un gain de biodiversité des insectes avec des OGM Bt. Bref, affirmation très forte qui n’est soutenue par aucun élément factuel.

Je suis encore plus perdu car l’article parle de protéger le maïs d’un virus, ce qui est possible par OGM dans certains cas (notamment papaye à Hawaï), mais n’a rien à voir avec l’insecticide Bt. Je suppose que c’est un effet secondaire de la mise dans le même sac de tous les OGM dans la plupart des discours, mais il faut bien répéter que chaque OGM est différent, c’est juste une technique pour obtenir ce que l’on veut. Ce que l’on veut, c’est très divers. Juste avant les phrases citées ci-dessus, on note d’ailleurs que les « OGM de Monsanto, résistants au virus, apparaissent comme une solution d’urgence ». Si c’est ceux résistants à un virus, ce n’est pas le MON810 alors ?

« On ne maîtrise pas non plus les conséquences sur la santé : des études montrent que les OGM peuvent avoir des effets sur les reins, provoquer des allergies ou des problèmes sexuels. »

Là c’est carrément bizarre. Chaque fois que je lis un article grand public sur les OGM je découvre de nouveaux maux qu’il sont sensés causer (voir ici par exemple). Des problèmes sexuels ? Parce qu’un maïs résiste aux insectes ou à un virus ? Comment pourquoi ? Ca cause aussi les ongles incarnés ? Pour les allergies, on rappelle que les OGM sont testés à ce propos, contrairement à toutes les autres variétés générées par mutagenèse ou hybridation, et qu’on commence à avoir pas mal d’expérience là-dessus.

Plus inquiétants, selon Justus Lavi, « la levée du moratoire, et l’autorisation de culture OGM au Kenya, seraient une porte ouverte pour les OGM sur tout le continent. »

Là on touche finalement au même fond du problème qu’avec le riz doré ou les moustiques à descendance stérile. Il y a un tel investissement moral et pratique dans le refus de principe des OGM qu’il est inacceptable qu’un OGM particulier fasse partie de la solution à un problème particulier.

Je me répète, mais si quelqu’un ne veut pas d’OGM pour des raisons philosophiques, qu’il le dise. Mais il faut arrêter de répéter à l’infini des choses simplement fausses, et de tout mélanger sous l’étiquette somme toute trompeuse « OGM ».

Un gène n’est pas un organisme, un #OGM n’est pas un hybride

metaphysics

Cliquez sur l’image : le monstre a-t-il une essence ?

Et voilà que je parle encore d’OGM, car de quoi parle-t-on encore de partout ? D’OGM. Si vous ne venez pas de passer 2 jours en spéléo sans contact externe, vous avez entendu parler de la vente au public de la carcasse d’un agneau OGM. Bon résumés, comme déjà signalé, sur Sciences2 et Docteurjd.

Mon objectif ici n’est pas de revenir en détail sur cette histoire, mais d’en profiter pour rebondir sur un malentendu que l’on retrouve souvent lorsque l’on parle de génie génétique. Si un gène de méduse est transféré dans un agneau, cela n’en fait pas un hybride agneau-méduse. De même qu’un gène d’épinard transféré dans des orangers n’en fait pas des demi-épinards. Dans ce cas, il s’agit de transférer dans les orangers un gène de résistance à une bactérie. Les fruits ne seront pas verts, n’auront pas le goût d’épinard (et pas plus de fer, d’autant que les épinards et le fer c’est pas vraiment ça non plus mais bref).

J’ai trouvé une bonne analogie sur un blog de nourriture, The Odd Pantry : transférer un gène, c’est comme transférer une instruction d’une recette de cuisine. Ca n’implique pas forcément de transférer l’essentiel de la recette. Dans l’exemple de The Odd Pantry, l’auteure préparait de la lotion pour les mains maison, à base de cire d’abeille. Elle a eu l’idée de prendre la technique du bain-marie de sa recette de glaçage au chocolat pour faciliter les choses. Alors, cela en a-t-il fait une lotion au chocolat ? Une lotion glacée ? Y a-t-il eu mélange des deux recettes ? Non, une technique réutilisable dans différents contextes a été réutilisée.

Le gène GFP (green fluorescent protein – page Wikipedia mise à jour grâce à un de mes étudiants, que nous remercions) c’est pareil que la technique de bain-marie. En isolation, ça fait une chose, une protéine qui donne de la fluorescence verte. Quand elle le fait dans une méduse, ça donne une méduse fluo :

Aequorea victoria.jpg
« Aequorea victoria » par Mnolf — Photo taken in the Monterey Bay Aquarium, CA, USA. Sous licence CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons.

Si on le met dans un autre organisme (une bactérie, un mouton, une plante), ça rend cet organisme fluo. Mais ça ne lui transfère aucune autre propriété de méduse, aucune médusitude ou médusocité.

Parce que, et c’est là un point important, du point de vue génétique la médusitude n’existe pas. Une méduse est le résultat d’un programme génétique complet effectué dans un oeuf de méduse. Et un bout de ce programme n’est pas coloré (oserais-je dire contaminé ?) par le produit final ni pas le reste du génome. C’est bien pour ça que de nombreuses espèces peuvent échanger des gènes, c’est pour ça que le programme réductioniste de la biologie moléculaire est en grande partie un succès (billet sur le réductionisme).

Attention, je ne dis pas qu’il n’y a pas des interactions (vous avez lu le billet sur le réductionisme ?). La biologie, c’est compliqué, hein, on parle pas physique amusante ici. Mais dans les cas où le produit d’un gène a une fonction bien autonome, ce qui arrive, cette fonction de comprend pas d’essence de l’espèce dont le gène provient. Les espèces n’ont pas d’essence, et les gènes ne portent pas d’essence d’espèce. C’est vraiment important, je me répète. Je pense qu’une grande partie des incompréhensions sur les OGM et plus généralement la génétique vient d’une idée intuitive mais erronée de l’identité essentielle de chaque espèce (et de la « nature » elle-même).

Exemple à discuter pour la prochaine fois : la souris de laboratoire Tc1 dans laquelle les chercheurs ont introduit 90% du chromosome 21 humain (article d’origine de 2005, description formelle de la bestiole).

Merci de votre attention.

Les #OGM cachés : quand des anti-OGM se rendent compte de l’inanité de leurs arguments (ou pas) (et commentaire #Seralini)

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Il y a un thème fréquent en ce moment sur l’internet anti-OGM : les braves et courageux anti-OGM auraient découvert un nouveau danger menaçant nos fermes, nos campagnes et nos assiettes : les « OGM cachés ». Qu’est-ce ? Ce sont des plantes modifiées par mutagenèse.

C’est intéressant, parce que la modification par mutagenèse existe au moins depuis les années 1930 (Wikipedia anglophone, Wikipedia francophone), et est un exemple souvent donné de l’incohérence du mouvement anti-OGM. Qui s’opposent depuis les années 1990 à une technique permettant de modifier de manière ciblée et maitrisée la génétique des plantes, tout en acceptant une autre technique qui modifie de manière aléatoire et massive cette génétique. J’en avais d’ailleurs parlé dans le podcast sur les OGM.

Et maintenant que lit-on ? Par exemple dans un article dans Libération :

Ces «OGM cachés» sont cependant arbitrairement exclus du champ d’application de la réglementation sur les OGM, sous le seul prétexte qu’ils ont été obtenus par une autre technique de manipulation génétique que la transgenèse.

On est d’accord que c’est arbitraire, sous seul prétexte de la technique de manipulation génétique. Mais ce ne sont pas les mutants obtenus par mutagenèse qui ont été exclus arbitrairement, ce sont les OGM qui ont été ciblés arbitrairement. Alors qu’on acceptait la mutagenèse depuis longtemps, et qu’aucun risque n’avait été perçu, on a monté une paranoïa autour des OGM. Et maintenant, cette paranoïa risque de glisser vers les techniques précédemment établies. Toujours sans raisons ni évidence.

Je trouve d’ailleurs rassurant que Pierre-Henry Gouyon n’approuve pas le terme, qui apporte davantage de confusion qu’autre chose, et lui préfère le terme « plantes pesticides ». Excellente idée ! Utilisons ce terme, et admettons que le riz doré ou les pommes de terre sans acrylamide (un cancérigène) n’en sont pas. Par contre la plupart des articles que je trouve dans divers médias reprennent cela sans aucun sens critique.

Ce que je trouve ahurissant dans cette histoire d’OGM cachés (faites une recherche Google, c’est discuté de partout) c’est la façon dont une mouvance anti-scientifique retourne son ignorance en argument supplémentaire. « Il y a encore plus de choses qu’on ne pensait qu’on ne comprend pas ! Faut tout interdire ! ». J’aimerais que la terre s’arrête pour descendre…

Note : ce billet a été programmé à l’avance, à cause de la migration de serveur informatique du cafe-sciences.org cette semaine. Et maintenant je suis rattrapé par l’actualité avec une nouvelle « étude » de Séralini et al. Que je n’ai pas le temps de lire et analyser maintenant. Je note juste quelques points rapides :

  • le soit-disant hérault de la science ouverte continue à faire des conférences de presse avec embargo ;
  • à ce propos, la conférence de presse était en même temps qu’une réunion de journalistes scientifiques qui n’étaient donc pas à la conférence de presse ; hasard ou nécessité ?
  • quand son papier n’est pas publié comme prévu on voit des cris à la censure, alors qu’il suffirait de mettre ses résultats dans biorxiv, voire de les bloguer comme avait été fait pour la mise en cause de la bactérie à l’arsenic ;
  • si j’ai bien compris, il montre qu’il y a des traces de pesticides et d’OGM dans les aliments pour animaux de laboratoire ; c’est un reproche qui avait été fait à son étude précédente (son contrôle n’en était pas un), et maintenant il en fait un argument ? Super bizarre ;
  • sur Twitter, en anglais on voit une dominante de remarques critiques sur Séralini ; et une déferlante de reprises sans aucun recul ni critique de la communication du CRIIGEN par les médias français ; bon point, de grands médias ne semblent pas reprendre la pseudo-info pour le moment ;
  • très bonne analyse en anglais par la twitteuse de science @mummyPhD2 à Genetic Literacy.

Les datations fossiles disponibles librement sur le web

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Je marche sur les plates bandes de Dinoblog aujourd’hui : une équipe internationale a publié (accès fermé, c’est vil) une base de données gratuitement et publiquement disponible sur internet, qui contient des datations de référence entièrement basées sur des fossiles reconnus et expertisés :

http://fossilcalibrations.org/

Par exemple si je cherche Hominidae, le groupe des grands singes (ourang-outang, nous, chimpanzées, gorilles), je trouve date minimum 11,6 million d’années, date maximum 33,9 millions d’années. Ah bin c’est pas toujours super précis, mais comme ça on sait où on en est.

Ce qui est super c’est qu’on voit aussi à quels fossiles et à quelles publications scientifiques la date se rattache.

On peut comparer les résultats à ceux de TimeTree, un autre site qui lui propose des dates basées sur « l’horloge moléculaire », l’hypothèse que la divergence entre protéines ou séquences d’ADN permet de dater les divergences évolutives. J’aime moins, mais c’est plus complet parce que les fossiles faut avoir du bol et l’ADN y en a toujours. Pour Hominidae on obtient une date moyenne de 15,7 millions d’années, ce qui est cohérent avec les fossiles, avec différentes études qui s’étalent entre 8 et 22 millions d’années, pas si différent des fossiles finalement :

pongohomo

La science comme elle devrait fonctionner, grâce aux réseaux sociaux

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Suite de deux billets précédents :

Ciel ! On critique un article scientifique sur Twitter !

-> La conversation a continué de manière très riche sur Twitter (malheureusement pas de hashtag associé) et sur le site du journal F1000research (oui c’est open access et de qualité !). Les auteurs du papier d’origine ont généré de nouvelles données, qui ont été mise à disposition sur le site d’ENCODE, et un autre scientifique a « publié » sur Twitter avoir découvert que les échantillons mélangeaient de manière non documentée mâles et femelles, ce qui impacte l’expression des gènes et donc les résultats biologiques :

Sans blogs, les erreurs dans les articles scientifiques restent masquées très longtemps

-> La discussion dans les commentaires du billet de blog de Lior Pachter doit être lue, elle montre la discussion scientifique comme elle devrait se produire. Je recommande notamment les commentaires de Mike Eisen (fondateur de PLOS, éditeur open access pionnier et pas poubelle) et de Pavel Pevzner.

Les hominidés, combien d’espèces ? Les humains, combien de races ? L’arc en ciel, combien de couleurs ?

cliquez pour voir une BD philosophique en anglais

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Je suis tombé via Twitter sur un intéressant billet de blog d’un anthropologue (Andy White) qui commente la découverte d’une nouvelle espèce d’hominidé, Australopithecus deyiremeda, en Ethiopie (article dans Nature). Il fait remarquer que l’article en question utilise 17 fois le terme « espèce », mais sans jamais le définir. Or la notion d’espèces est ambigue, et dépend du contexte : type d’études, types d’êtres vivants, etc. (voir billet / podcast « Race, espèce, humanité« ). Et dans les étudies de fossiles humains (et aussi de dinosaures d’ailleurs) il y a un prestige particulier à découvrir de nouvelles espèces, encore plus si on arrive à les placer comme ancêtres d’Homo sapiens (homme de Cro Magnon, Angela Merkel, etc).

Pour montrer la difficulté de l’exercice, Andy White a dessiné la figure ci-dessous, qui m’a tellement plue que je fais ce billet de blog pour vous la montrer :

Figure tirée du billet de blog Andy White Anthropology

Figure tirée du billet de blog Andy White Anthropology

Si on suppose une seule espèce, avec forcément de la variabilité (pensez à la diversité des humains actuels), si on a juste quelques fossiles on a des chances d’observer des différences apparemment bien séparées et les distinguant, alors que ce ne sont que de petits bouts de la variabilité continue.

C’est très semblable aux arguments que l’on retrouve souvent sur les supposées races humaines (voir ce billet). La variation continue des humains peut apparaître comme formant des groupes bien séparés lorsque l’on étudie que quelques populations distinctes. Or typiquement les données de génomique ne concernent (pour le moment) que quelques échantillons de quelques populations, genre quelques français, quelques chinois, quelques yoruba. Avec ça, on voit des différences qui séparent bien ces groupes. Mais c’est juste parce qu’on a raté la variation continue qui les relie.

En ce qui concerne l’arc en ciel, je laisse la question aux philosophes.

#OGM pour l’agriculture bio, par réintroduction de gènes sauvages ?

cliquez sur l'image, ça parle de campagne

cliquez sur l’image, ça parle de campagne

Via un article du New York Times, je vois un appel dans Trends in Plant Science (malheureusement d’accès fermé) de la part de scientifiques danois :

Andressen et al 2015 Feasibility of new breeding techniques for organic farming Trends Plant Sci in press

Dedans ils proposent le « rewilding », la réintroduction de gènes de variétés sauvages dans les variétés cultivées.

En effet, un des problèmes des variétés domestiques, que ce soit des animaux ou des plantes, c’est que la sélection sévère à laquelle les humains les ont soumis a conduit à une faible diversité génétique et des défaults génétiques. Ceci a deux composantes :

  1. Lorsqu’il y a sélection sur certains traits, ça diminue la taille de population effective pour les autres traits : si je ne prends que les personnes de 30 ans bonnes en maths et en français avec un goût pour la musique jazz et qui font bien la cuisine, j’aurais un choix plus restreint en ce qui concerne leurs compétences en foot que si je sélectionnais des compétences foot dans toute la population. Si je sélectionne les plantes qui produisent de très grosses graines dans des conditions agricoles (voir ici pour la distance de nos cultures aux plantes sauvages), alors je diminue la taille efficace de population pour les traits du type résiste bien aux aléas climatiques ou aux maladies.
  2. Lorsque la population est petite, la sélection naturelle est moins efficace. Si la population efficace pour un trait est petite, la sélection naturelle est moins efficace pour ce trait. Quand la sélection naturelle est moins efficace, les variants désavantageux sont moins éliminés, les avantageux moins favorisés. Conséquence, la population se retrouve avec de nombreux gènes où seul la version désavantageuse est gardée, ce qui n’est pas terrible admettons-le.

Bilan de ces deux phénomènes, les variétés domestiquées se trimballent un lourd fardeau de variants génétiques désavantageux. C’est frappant chez certains chiens de race, mais c’est vrai aussi pour les plantes cultivées.

D’où l’idée des danois : prendre les versions avantageuses qui dominent encore les variétés sauvages, et le ré-introduire dans les variétés cultivées. Ils voient cela comme un moyen d’augmenter la productivité tout en gardant les intrans (pesticides, engrais) faibles, donc de rendre le « bio » plus efficace tout en conservant ses bénéfices. Ils font à ce propos d’une certaine naïveté me semble-t-il :

The most efficient methods of rewilding are based on modern biotechnology techniques, which have yet to be embraced by the organic farming movement

« have yet to be embraced »… Le mouvement bio n’a pas encore décidé d’utiliser la biotechnologie. Mais bientôt donc…

Leur raisonnement se tient très bien sinon (pour être honnête, l’article inclut une importante discussion de la part sociologique de la question, mais pas très conclusive). Les plantes cultivées utilisées en bio ont été optimisées pour la culture non bio, avec intrants. Si on les croise par technique traditionnelle avec les sauvages, on va aussi réintroduire plein de gènes diminuant la productivité ou autres conséquences négatives, ça va prendre très longtemps, et ça va être très compliqué si on parle de traits multigéniques. Avec la biotechnologie, on peut trouver les gènes que l’on veut et les mettre précisément.

Le rewilding biotechnologique est-il compatible avec l’agriculture biologique ? Les auteurs considèrent plusieurs critères :

  • Santé : le rewilding par biotechnologie permettrait d’améliorer des traits de robustesse, donc moins de pesticides, et de nutrition, sans rien perdre ; donc oui, compatible bio.
  • Ecologie : cette approche peut et diminuer les intrants, et favoriser la biodiversité ; donc oui, compatible bio.
  • Justesse (fairness) : pas d’incompatibilité a priori, mais à considérer au cas par cas.
  • Principe de diligence (care) : le bio a une approche conservatrice mais pas totalement fermée au progrès apparemment, donc ça doit être bon. Les auteurs notent de manière intéressante que rejeter des technologies comme celle-ci n’est pas forcément la stratégie la moins risquée.

Finalement, les auteurs notent une différence dans la définition de « OGM » aux Etats-Unis et dans l’Union Européenne. En Europe, la définition est basée sur le processus de production. Donc si ces plantes sont produites par génie génétique, elles seront considérées comme OGM, et donc comme interdites en agriculture biologique sous les règles actuelles. Aux USA, la définition est basée sur le produit, donc si ces plantes auraient pu être produites par croisements non biotechnologiques, elles ne seraient pas OGM, et pourraient être autorisées en bio.

Pour compliquer encore les choses, ils proposent d’utiliser de nouvelles techniques de mutagenèse de précision qui ne sont pas encore bien couvertes par la législation OGM ; il n’est donc pas clair où la limite serait par rapport aux règles européennes.

On revient donc au point que « OGM ne veut rien dire« , et qu’il faut juger au cas par cas. En tous la proposition me paraît très intéressante. Eventuellement la société va bien devoir avoir un débat rationnel sur les possibilités ouvertes par les progrés de la biologie me semble-t-il, et ceci en fait partie.

Ciel ! On critique un article scientifique sur Twitter !

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Après une longue pause, ce blog redémarre. Je reviendrais sur mes réflexions sur les blogs et la communication scientifique prochainement, mais commençons par un billet sur un petit évènement qui agite mon landerneau, celui de la génomique et la bioinformatique de l’évolution. Et qui éclaire l’évolution de la publication et du débat scientifique à l’heure des réseaux sociaux.

Mes plus fidèles lecteurs se rappeleront du projet ENCODE (billet ENCODE, billets sur critiques d’ENCODE 1 et 2, billet Big Science). L’original concernait l’humain, il y a eu ensuite un ENCODE souris, et un modENCODE mouche drosophile et vers nématode. Tous ces projets mènent à de nombreux articles scientifiques, certains décrivant les données, d’autres les utilisant pour diverses études. Fin 2014, une analyse publiée en coordination avec ENCODE souris (Lin et al 2014 ; voir aussi Figure 2 dans Yue et al 2014) montrait un résultat surprenant :

comparaison d’expression de gènes humain-souris, par analyse multivariée présentée bizarrement

Si vous trouvez la figure ci-dessus difficile à comprendre, vous êtes pardonné. En bref, les auteurs ont pris la mesure du niveau d’expression des gènes (leur niveau d’activité en première approximation) dans différents tissus (de testicules à estomac) de souris et d’humain. Pour chaque tissu humain ou souris, on a environ 20’000 mesures, pour autant de gènes. On peut réduire cela aux 2 ou 3 dimensions qui expliquent le mieux la variation, ce qu’ils ont fait. D’habitude on représente cela par des graphes 2D, qui sont lisibles au moins, mais ici ce sont des graphes 3D où la troisième dimension est très difficile à comprendre. Mais ceci est un péché véniel.

Ce qui est frappant pour le spécialiste dans ces figures, c’est que les tissus de regroupent par espèce (souris ensemble, humain ensemble) plutôt que par type de tissu (estomacs ensemble, reins ensemble). Ce qui revient à dire que les gènes exprimés dans un estomac de souris sont davantage similaires à ceux exprimés dans un rein de souris que dans un estomac humain. Ce qui est très surprenant : on s’attends plutôt à l’inverse, et d’ailleurs cela a été publié de manière répétée (même par mon labo). Et comme le fait remarquer l’inénarable Dan Graur (voir ici à son propos), si c’est vrai ça veut dire que l’étude des gènes de souris ne sert à rien pour étudier l’humain, et que donc ENCODE souris est un gaspillage d’argent. Ce que les auteurs d’ENCODE souris ne relèvent curieusement pas.

Ce résultat a paru bizarre a beaucoup de monde, et une analyse rapide dans mon labo semblait indiquer qu’il était du à ce que les expériences de souris et d’humain ont été faites différemment, et donc ce que l’on verrait serait le biais expérimental plutôt que le signal biologique. Mais montrer publiquement qu’un collègue a tort, c’est du boulot (cf ici), qu’on n’avait pas envie de poursuivre dans ce cas-ci.

Heureusement, un collègue de Chicago, Yoav Gilad, a décidé de le faire, et il a lancé un Tweet tonitruant :

Bon tonitruant sur l’échelle des débats feutrés en science hein. L’important c’est qu’il a montré que les résultats publiés ne tenaient pas, mais qu’en enlevant les biais expérimentaux on retrouvait bien un regroupement par tissus. Il a ensuite mis son article sous forme non encore expertisée sur le site de F1000, qui permet de rendre publique toutes les versions d’un papier, avant pendant après expertise, ainsi que les expertises elles-mêmes, afin que tous puissent discuter librement :

A reanalysis of mouse ENCODE comparative gene expression data. Yoav Gilad, Orna Mizrahi-Man F1000

A noter que les commentaires sous cet article « brouillon » sont très constructifs, et comprennent deux réponses détaillées des auteurs d’origine du consortium ENCODE.

Le tweet d’origine a fait beaucoup réagir dans le microcosme des biologistes des génomes, et a donné lieu a un compte-rendu dans le magazine Nature, où notamment l’auteur sénior (le chef quoi) de l’article d’origine, Michael Snyder, a déclaré que Gilad avait « brisé les normes sociales de la science en postant initialement sa critique sur Twitter » :

Michael Snyder, a geneticist at Stanford University in California and co-author of the original paper, stands by his team’s study and its conclusions and says that Gilad broke the “social norms” of science by initially posting the critique on Twitter. Gilad says that he took to social media to highlight his work, which might otherwise have been overlooked.

Cette réaction de Snyder a provoqué pas mal de réactions sarcastiques sur Twitter et blogs. Le ton général était qu’une publication scientifique est, bin, publique, et doit être critiquée publiquement. Et que la norme sociale de la science, ça doit être de faire les meilleures analyses et d’accepter la critique. Certains collègues pensent toutefois que Twitter est trop brutal, une appréciation que je ne partage toutefois pas. Si on reçoit énormément d’argent des contribuables pour faire de grosses études, qu’on les publie à grande fanfare dans les journaux les plus réputés, on doit s’attendre à être jugé et critiqué à l’échelle de cet investissement et de ce retentissement. A vrai dire, certains collègues éminents (Ewan Birney, Lior Pachter) ont dit que si l’analyse de Gilad était confirmée, l’article de Snyder devrait être rétracté, ce qui est très brutal. Et je pense que l’analyse va être confirmée. Le statisticien renomé en génomique Rafael Izarry a publié un billet sur son blog où il affirme que la mise en place de l’expérience était tellement faussée du départ que les auteurs ne pouvaient simplement rien trouver, et que donc toute l’analyse est forcément invalide. En fait, dans la discussion beaucoup de personnes disent que soit on enlève et le biais expérimental et l’effet (potentiel) espèce-spécifique, soit on confond les deux, mais ils ne sont pas démélables en l’état (voir à ce propos un excellent billet de Lior Pachter qui référence un billet du cafe-sciences dans les commentaires).

On revient à un point déjà traité précédemment sur ce blog, à propos des gros projets de génomique et autre « big science ». Les scientifiques très connus et très établis, qui obtiennent de très gros budgets et publient fréquemment dans les plus grandes revues, ne sont plus à l’abri des critiques. Avant, elles existaient, mais ils pouvaient les ignorer, et surtout compter que les personnes les finançant et les jugeant les ignoraient. Maintenant, c’est public et c’est très rapide, et ces scientifiques et ces revues prestigieuses doivent s’habituer à une discussion beaucoup plus animée et critique qu’avant. C’est pour le mieux pour la science et c’est ça qui compte.

Anecdote personnelle : maintenant quand j’expertise ou j’édite un article (voir les rôles dans ce billet), je réfléchis avant de soumettre mon avis : que penserais-je si cet article était publiquement critiqué ? Serait-je fier ou honteux de mon rôle dans la publication. Et peut-être que je suis un peu plus prudent qu’avant, et c’est bien.

Bilan de dialogues avec 7 biologistes sur les #OGM

arguments

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Voilà, les 7 dialogues sur les OGM ont été publiés (voir introduction), et ont suscité des commentaires, des participants habituels des discussions sur les OGM sur le web francophone (Wackes Seppi, Proteos), des participants habituels des commentaires ici (jrobinss), et de quelques autres. Certains collègues ont participé très activement au dialogue, et je les en remercie fortement, ce n’était pas facile mais à mon avis très utile et constructif.

Quel bilan ? demandait judicieusement Proteos dans un commentaire.

Premièrement, tous mes collègues étaient d’accord pour dire que les avantages et inconvénients des OGM étaient partagés par d’autres approches, donc que finalement discuter des OGM comme catégorie séparée était rarement pertinent. Et personne n’a mis en avant de risques pour la santé humaine. Lorsque réserves il y a, elles concernent l’impact environnemental. Il peut y avoir là un biais dans les personnes avec qui j’ai discuté bien sûr (pas de médecins ni de physiologistes dans les collègues contactés).

Ensuite, on voit quand même deux approches philosophiques : des collègues souhaitant en priorité minimiser les intrants (pesticides, engrais) dans l’agriculture et maximiser la biodiversité ; et des collègues davantage portés à faire confiance dans l’optimisation des biotechnologies. Ces deux approches ne sont pas exclusives, comme illustré au mieux je pense par le dialogue avec Ian Sanders, dont l’itinéraire, de l’écologie à la génétique à l’agronomie, montre la puissance de la combinaison de la curiosité, de la rigueur et de la passion.

Pour revenir sur les commentaires, je trouve que les discussions ont montré comment un dialogue ouvert permet de corriger les a priori et les point peu clairs, et aux scientifiques d’apprendre des commentateurs qui connaissent mieux que nous certains points, tout en apportant (je l’espère) l’éclairage de notre expérience parfois très spécialisée.

Ma principale déception de cette expérience, c’est la faible réaction de la blogosphère scientifique et écologique. Je me fais peut-être des illusions, mais il ne me semble pas avoir vu beaucoup d’équivalents de l’effort que nous avons fait ici, et je me serais attendu à davantage d’intérêt de la part d’écologistes, de journalistes scientifiques, et d’autres.

Enfin, je voudrais faire remarquer la grande prudence dans les réponses de mes collègues. Cela peut probablement parfois être frustrant, quand on attend des réponses simples, mais c’est très typique de la façon dont nous voyons le monde. Dans un commentaire, jrobinss sugère que les « animateurs » ont un rôle à jouer en rendant cette communication plus claire. Certes, mais je pense que de montrer nos hésitations et notre prudence est également important, et souvent un peu caché par la communication scientifique habituelle. (Il y a peut-être un lien entre ce ton prudent et le faible intérêt hors les usual suspects des blogs scientifiques…)

Je vais conclure en résumant les conclusions de mes différents collègues :

  • Nils Arrigo : se questionne sur le potentiel des OGM par rapport à la diversité génétique déjà existante, et sous-exploitée ;
  • Jan van der Meer : « Oubliez les OGM, il y a des problèmes plus urgents que ça » ;
  • Jérôme Goudet : « C’est une technologie intéressante et qui a du potentiel, mais dont on doit encadrer l’utilisation » ;
  • Antoine Guisan : souhaite « un meilleur dialogue entre science et société » ;
  • Christian Hardtke : « le génie génétique, c’est à dire la sélection des cultures selon nos besoins, est à la base de notre civilisation » ;
  • Ian Sanders : « Les scientifiques doivent être conscients de leurs responsabilités, et les anti-OGM doivent être ouverts à la science » ;
  • Christian Fankhauser : « il faut juger la variété, pas le procédé ».

Dialogues #OGM : Christian Fankhauser, Professeur en génétique moléculaire des plantes

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(Ce dialogue s’inscrit dans une série, voir introduction dans ce billet.)

Marc Robinson-Rechavi (MRR): Salut et merci d’avoir accepté ce dialogue. Est-ce que tu peux s’il-te-plaît nous résumer en 3 phrases ta formation et ta carrière scientifique ?

Christian Fankhauser (CF): études de biologie avec une thèse sur les mécanismes moléculaires qui contrôlent la dernière étape du cycle cellulaire, c’est-à-dire la cytokinèse, dans la levure. Lors de mon post-doc aux USA j’ai commencé à travailler sur le rôle de l’environnement lumineux sur la croissance et le développement des plantes en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme système modèle. Je poursuis cette thématique dans mon groupe de recherche depuis mon retour en Suisse il y a une quinzaine d’années. L’approche de base de toutes mes recherches (depuis ma thèse) c’est la génétique moléculaire que nous combinons avec toute une série d’autres approches qui vont de la physiologie à la modélisation. Je ne fais donc pas de PGM (plantes génétiquement modifiées) pour des applications, mais je connais bien les aspects techniques car nous les utilisons régulièrement pour nos études. Au niveau enseignement cela fait quelques années que je m’intéresse a des problématiques liées à l’agriculture depuis son origine jusqu’à l’époque actuelle.

MRR: D’où viens-tu en ce qui concerne les OGM ? Quelle était ta position de départ, et où en es-tu aujourd’hui ?

CF: Je fais partie de cette génération d’optimistes qui dans les années 1990 pensait que grâce au génie génétique nous pourrions avoir un vrai impact sur des défis agricoles majeurs tels la sur-utilisation de pesticides, ou la création de variétés avec diverses propriétés désirables. Après deux décennies de malentendus divers et variés, des erreurs et de grosses maladresses de la part des industries qui ont mis en avant la commercialisation des PGM, et une diabolisation sans nuance de la part des opposants, nous nous trouvons avec deux camps qui ont énormément de peine à avoir un dialogue constructif. Un excellent livre qui date un peu mais reste tout à fait actuel expose bien cette problématique: Lords of the Harvest de Daniel Charles. Je reste convaincu que les PGM sont une façon tout à fait valable de contribuer au développement de nouvelles variétés utiles. Il faut juger le produit et pas la méthode qui a mené au produit ; en d’autres termes il faut déterminer le potentiel de ces variétés issues de la biotechnologie au cas par cas. On peut très bien allier cette méthode avec une agriculture responsable et durable.

MRR: Récemment la radio suisse (RTS1) t’a interviewé sur un projet de banane OGM enrichie en vitamine A. Pourquoi toi ?

CF: Je suis un peu le local de l’étape, depuis 2005 lors du vote sur le moratoire de l’utilisation des PGM dans l’agriculture suisse, je suis intervenu dans ce débat publique de temps à autre (radio, journaux). Comme indiqué plus haut je suis très frustré par la nature du débat qui repose malheureusement très souvent sur très peu d’arguments solides et mélange tout un tas de notions qui doivent être débattues séparément (par exemple les problèmes agricoles en général, le quasi monopole chez les marchands de semences, ou la place des PGM dans l’obtention de nouvelles variétés). J’ai aussi réalisé que lors de débats sur ce sujet je me retrouve typiquement allié à des forces politiques que je ne soutien typiquement pas et contre mes “amis naturels”, c’est donc une position assez inconfortable, qui explique peut-être ma présence timide dans un débat que je juge de grande importance.

MRR: Est-ce que tu penses que cette opposition entre tes “amis naturels” et toi est du à une incompréhension de la science, du cadre socio-économique, à des différences philosophiques, à autre chose ?

CF: Comme beaucoup d’académiques, je suis plutôt de gauche, et dans ce cadre-là ces partis (de gauche) sont un peu le fer de lance de la lutte anti-OGM. Les OGM sont la pointe de l’iceberg d’un combat anti-grosses sociétés agro-alimentaires, et sont donc le bouc émissaire de cette lutte. De mon point de vue, il y a là un amalgame ou un mélange de différentes question : un OGM n’est pas forcément un produit d’une grosse boîte.

MRR: C’est vrai ça ? Le développement coute cher, beaucoup plus que ce que pourrait se permettre un agriculteur indépendant ou une petite coopérative.

CF: Heureusement qu’il y a des scientifiques qui ont développé des choses comme le riz doré. Ce genre d’initiatives sont aussi soutenues par la Bill Gates foundation, pour permettre dans les cas où c’est nécessaire d’obtenir des variétés OGM qui seraient difficiles à obtenir autrement.

MRR: Pour revenir à la question précédente, est-ce que hors de la question des OGM, tu partage la défiance envers les grosses sociétés agro-alimentaires d’une grande partie de la société ?

CF: C’est une question difficile. Cela se pose surtout pour les semenciers. Il y a un mouvement dangereux de concentration des semences aux mains d’un petit nombre de sociétés. La variété génétique et l’accès à cette variété sont des ressources très importantes pour tous. Il faut préciser que les grosses sociétés comprennent bien l’importance de cette variété. Leur but n’est pas de la diminuer, mais d’y avoir accès, y compris les nouveaux gènes pouvant être utiles en cas de modifications (climatiques, goûts, nouveaux pathogènes…).

MRR: Alors quel rôle jouent les OGM dans cette concentration ? Aucun, anecdotique, central ?

CF: Ca dépend beaucoup des espèces. Par exemple pour la pomme, c’est très difficile d’obtenir des propriétés désirées par croisements, par contre on pourrait introduire des gènes d’une variété à une autre par transgénèse, c’est beaucoup plus simple. Idem pour la banane, puisque les hybrides sélectionnés et utilisés sont stériles.
Pour des plantes pour lesquels il n’y a pas d’OGM commercialisés, il y a aussi dominance des grands semenciers, comme par exemple le blé.
Il faut bien préciser que OGM commercialisés sont des “blockbusters” de l’agriculture, pour des raisons simplement commerciales. Et aussi que les mêmes qui vendent les OGM vendent aussi les semences non OGM (“conventionnelles”).
Finalement, c’est juste une autre manière de créer de la diversité génétique, c’est tout.

MRR: Donc les OGM créraient plus de diversité qu’elles n’en enlèveraient ?

CF: Ce ne sont pas les OGM qui enlèvent la diversité, ce sont les méthodes de cultivation qui peuvent avoir des impacts sur la biodiversité. Par exemple, la première chose qu’a fait l’IRRI pour le riz doré, c’est de croiser le trait dans toutes les variétés locales, sinon ça ne sert à rien aux paysans locaux.

MRR: Tu communiques pas mal sur les OGM : radio, profs d’école, etc. Quel est le souci le plus fréquent ?

CF: Ca a évolué au cours du temps. Il y avait des soucis de santé publique il y a quelques années, maintenant c’est plutôt le contrôle des semences et le brevetage du vivant.

MRR: Alors le brevetage, ça c’est un souci qui semble effectivement plus prononcé avec les OGM, non ?

CF: Je ne suis pas très compétent, mais il y a des variétés par croisement pour lesquels des sociétés cherchent des brevets. Mais je ne veux pas trop aller là-dedans, on sort vraiment de ma compétence.

MRR: Un OGM non breveté, ça existe ? c’est possible ? Par exemple si toi ou un collègue développait une plante OGM utile à l’UNIL, est-ce que l’UNIL ou le SNSF insisterait pour faire breveter ?

CF: Je ne connais pas exactement la politique de l’UNIL là-dessus, mais c’est sur qu’il existe un bureau et un encouragement pour ça. Mais c’est surement compliqué. Une des difficultés qu’a eu Ingo pour le riz doré, c’est qu’il a du aller négocier avec Syngenta, Monsanto etc, parce qu’en faisant ce riz il avait utilisé des brevets de ces sociétés. Il pensait que ce serait son plus gros problème, mais il s’est avéré que la lutte des anti-OGM a été un bien plus gros obstacle.

MRR: Alors pourrait-on faire ce qu’a fait Salk, qui a donné son vaccin contre la polio à la société, ou on vit dans une société trop compliquée ?

CF: L’utilisation des vaccins est aussi un peu compliquée, mais passons. Bien sur qu’on pourrait. A titre personnel, la société paye mon salaire, et si je pouvais redonner à la société je le ferais. Il faut voir aussi que si l’argent des brevets peut être utilisé pour financer de la recherche et des universités, ça peut aussi être positif. Et il faut éviter que quelqu’un d’autre ne prenne l’idée non brevetée et la brevète pour faire de l’argent.

MRR: Dans ta recherche, tu fabriques des OGM.

CF: Tous les jours.

MRR: C’est un outil nécessaire, pratique, une limitation des fois, un souci ? Comment c’est vu au laboratoire ?

CF: C’est un outil essentiel sans lequel notre recherche ne pourrait pas être faite. A ma connaissance ça ne pose problème à personne, d’autant que ce sont des OGM qui restent en milieu confiné.

MRR: Tu penses que le public ou les poltiques voient la différence entre OGM dans un laboratoire de recherche et OGM dans des semences commerciales ?

CF: Oui. La preuve c’est qu’on a voté contre une initiative il y a quelques années qui voulait interdire de produire des OGM, mais pour une initiative pour un moratoire sur les cultures OGM (voir Wikipedia). Il faut ajouter que des applications comme la production d’insuline pour les patients par des bactéries sont bien acceptées. A nouveau, ça reste en mileu confiné, et en plus on est probablement plus sensibles dans nos latitudes aux problèmes de maladies comme le diabète qu’à des problèes de malnutrition pour lesquels on n’a pas d’expérience directe, pas de vécu (depuis quelques générations).

MRR: Est-ce qu’il y a quelque chose que tu voudrais ajouter ?

CF: J’insiste toujours sur un point : il faut juger la variété, pas le procédé. Si la meilleure façon de faire une variété est un OGM, je ne vois pas pourquoi il faudrait éliminer cette possibilité a priori.
J’ajoute un dernier point, qui me tient à coeur : pour nous, ces questions ne sont pas essentielles (pour le moment…), et si on n’utilise aucun OGM en Europe ce n’est pas grave. Mais quand on impose cette peur à des pays où l’on souffre de la faim (Wikipedia, BBC), ça devient obscène, je n’ai pas d’autre mot.

Page web du groupe du Prof Fankhauser : http://www.unil.ch/cig/home/menuinst/research/research-groups/prof-fankhauser.html

Un commentaire rapide sur le ton des commentaires : contrairement à mes billets de blog habituels, les collègues entrainés dans ces « dialogues » n’ont pas fait le choix actif de bloguer et d’interagir sur internet. Des commentaires trop agressifs ne vont que renforcer l’idée que cette interaction ne marche pas, et aller dans le sens contraire de dialogues constructifs. Donc merci de faire attention au ton.