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Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne

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Un ensemble de groupes de pression a écrit une lettre ouverte à Jean-Claude Juncker, président élu de la commission européenne, pour lui demander de supprimer le poste de conseiller scientifique (Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission).

Les problèmes ?

  • D’autres groupes, aux intérêts opposés, soutiennent ce poste.
  • Le poste concentrerait trop de pouvoir sur une personne.
  • Les conseils et le mode opératoire du conseiller est insuffisamment transparent.
  • Le conseiller a donné des avis basés sur la litérature scientifique qui vont en sens contraire de ce que ces groupes de pression veulent entendre.

Il est clair que cette demande est inacceptable pour moi en tant que scientifique, et heureusement une organisation, Sense about science, a réagi rapidement avec une lettre ouverte très claire.

Il me paraît évident que la plupart des points cités ci-dessus sont des excuses, et que ce qui gène ces groupes c’est que le conseiller scientifique donne des avis basés sur la litérature scientifique, et non sur leurs intérêts partisans. Sinon ils demanderaient juste de légères modifications dans le fonctionnement du poste. Mais voilà, la science ça refuse de tenir une ligne idéologique ou économique cohérente, mais ça décrit le monde tel qu’il est, et ça visiblement ça gène.

Bas les masques : les signataires de cette lettre sont anti-science.

La lettre ouverte demandant de supprimer le poste :

The position of Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission

La lettre ouverte de scientifiques demandant le maintien du poste :

Scientific scrutiny in Europe is essential

(Mise à jour : dans un commentaire, Enro nous signale que l’organisation Sense about science ayant organisé cette deuxième lettre est assez suspecte et politisée. Ach so.)

Il y aurait beaucoup à écrire sur le sujet, mais je n’ai pas le temps. Si vous commentez, merci de noter que j’ai des centaines de spams, et pas le temps de les regarder, alors contactez-moi par Twitter si votre commentaire n’apparaît pas au bout de 24h.

Mise à jour : pour le contexte, voir notamment l’excellent billet sur les “marchands de doute” d’Alexandre Moati.

Suite et éclaircissements dans un billet suivant.

Mise à jour de novembre : le poste a bien été supprimé.

Petit entretien sur la publication libre accès #openaccess

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Ceci est la transcription d’un entretien fait pour le magazine Allez savoir ! de l’Université de Lausanne, pour un article à paraître en septembre 2014. Je remercie David Spring de Allez Savoir ! de m’avoir permis de le publier ici. J’ai juste ajouté quelques liens.

En quoi consiste votre travail d’éditeur scientifique de la revue PLOS ONE ?

Cette activité n’est pas spécifique au fait que le titre est en open access (OA) : le travail est le même partout. Je reçois, de la part de PLOS ONE, un article soumis par un groupe de chercheurs et je me pose une série de questions comme par exemple : le « papier » est-il pertinent ? Les méthodes employées sont-elles correctes ? Les résultats sont-ils frappants ? A-t-il sa place dans la revue ? Je déniche ensuite des scientifiques du domaine traité afin de leur confier la peer review. Ils se trouvent soit dans mes contacts personnels, ou se repèrent grâce à un outil de recherche de spécialistes comme Jane ou encore sur suggestion des auteurs. Je centralise ensuite les remarques faites par les pairs et j’en donne un résumé aux auteurs. L’éditeur décide quels commentaires doivent être pris en compte ou pas. Le document fait ensuite plusieurs allers et retours. Tous les cas de figure surviennent, des changements légers aux modifications importantes. Ensuite, quand les corrections demandées ont été faites, le « papier » est mis en ligne très rapidement. Au moins de juin, PLOS ONE a dépassé les 100 000 articles.

Quelle est votre motivation ? Ce travail est bénévole !

Nous sommes des milliers d’éditeurs volontaires pour PLOS ONE. Je le fais par sens du devoir et pour animer la communauté. C’est nécessaire pour qu’elle vive, tout comme la réalisation de peer reviews ou l’organisation de conférences. Il faut dire également que figurer parmi les éditeurs d’un titre implique une certaine reconnaissance de la part des collègues, qui vous font confiance. Prendre des responsabilités de ce genre est même attendu de votre part si vous visez des postes supérieurs dans la carrière académique.

Combien coûte à l’auteur une parution en OA?

D’après mon expérience personnelle, les prix naviguent entre $1000 et $3000 par article. Certains sont gratuits et d’autres plus chers : PLOS ONE demande $1350, ce qui est assez peu. Dans certains cas d’auteurs désargentés, la revue offre même la parution. Depuis peu, le Fonds national suisse (FNS) paie les frais de publications des auteurs dont il soutient les travaux financièrement.

Quels types d’OA trouve-t-on aujourd’hui ?

Par exemple, le modèle hybride. Il s’agit de revues qui fonctionnent sur le principe de l’abonnement, donc du lecteur-payeur. Mais les auteurs qui le souhaitent peuvent payer un supplément pour que leur article soit en OA… Cela donne un sommaire panaché, où certains papiers sont en lecture libre, et d’autres pas. Un business model disruptif a émergé : celui de PeerJ (biologie et médecine). Les auteurs paient une participation unique, au minimum de 99 $, ce qui leur donne le droit, annuellement, de publier un article mais les contraint à une peer review. Petite subtilité : tous les co-auteurs doivent avoir réglé leur cotisation. De manière plus générale, il ne faut pas croire que toutes les revues en OA ne poursuivent pas de but commercial. De même, certains titres qui ont opté pour le « lecteur payeur » n’ont pas de but lucratif. Tous les cas de figures existent.

Quel bénéfices le grand public peut-il attendre de la publication en OA ?

Notre société compte de nombreuses personnes qui possèdent une formation scientifique : des professeurs du secondaire, des ingénieurs, des médecins. Ils peuvent lire les articles parus dans les revues.

Pour les enseignants, c’est une perte que de ne pas y avoir accès pour des raisons de coûts. Quand ils voient dans les news qu’on a trouvé un nouveau dinosaure, ou qu’on parle des OGM ou du réchauffement, ils devraient pouvoir utiliser la littérature scientifique. Pour moi, un véritable OA propose du contenu sous licence « creative commons », que l’on peut réutiliser et proposer au téléchargement. Je parle de cartes, de graphiques qui enrichissent les cours.

Pensez également à des patients atteints de maladies graves ou chroniques, et aux associations qui les représentent. S’ils entendent parler de nouveaux travaux, voire d’un traitement potentiel, ils devraient pouvoir accéder aux informations qui les concernent…

Mais les articles sont compliqués à lire pour des profanes ?

Ne sous-estimez pas la motivation de personnes dont la vie est concernée. En auto-formation, on peut apprendre beaucoup. Et il est toujours possible de soumettre l’article à son médecin pour avoir des informations. De manière générale, les débats de société, que ce soit au sujet de la mort des abeilles, du changement climatique, des perturbateurs endocriniens ou même du créationnisme sortiraient enrichis d’un accès plus large aux travaux des chercheurs. Les militants, les industriels et les journalistes seraient les premiers intéressés, mais tout le monde est concerné. Chaque personne qui souhaite accéder à l’information doit pouvoir le faire. Quand vous devez payer un « papier » avec votre carte de crédit et que vous vous rendez compte en ouvrant le pdf qu’il est inintéressant ou illisible, vous avez perdu de l’argent et vous ne pouvez pas le rendre au fournisseur !

Quels sont vos collègues qui bénéficient de l’OA ?

Le coût des abonnements empêche les chercheurs africains, par exemple, d’accéder à la recherche. Mais c’est également valable pour les pays européens en difficulté économique, comme la Grèce ou le Portugal. C’est un cercle vicieux : pas de connaissance, pas d’innovation, pas de start-ups, pas d’emplois… Les tenants du modèle traditionnel tentent de contrer cet argument en disant qu’il faut payer pour publier dans l’OA, et que c’est un problème aussi. Mais d’abord, un scientifique lit beaucoup plus qu’il ne publie. Ensuite, si vous n’avez pas lu les travaux des spécialistes de votre domaine, vous ne pouvez jamais faire de la bonne science et en arriver au stade de la soumission d’un article. Il vaut clairement mieux payer pour publier que pour lire !

Pourquoi le modèle traditionnel du lecteur-payeur existe-t-il encore ?

C’est l’inertie du système. Pourquoi les maisons de disques existent-elles encore à l’heure d’iTunes ? Il faut prendre en compte la question du prestige cumulé avec les années de revues comme Nature. Un nouveau venu, en OA, ne l’aura pas avant un moment. Toutefois, PLOS Biology et PLOS Medicine font concurrence à de très bons titres, ce qui prouve qu’un changement de mentalité est possible. Le moyen le plus efficace de faire bouger les choses rapidement, c’est quand les organismes qui financent la recherche, comme le Wellcome Trust en Grande-Bretagne, soutiennent la démarche et contraignent à publier en OA. C’est d’ailleurs une bonne chose pour la recherche elle-même, qui circule davantage quand elle est librement accessible ! Enfin, le piège des abonnements réside dans le fait que leurs coûts sont payés par les bibliothèques et les universités sans que les scientifiques ne les voient passer (ils sont même confidentiels !), alors qu’une publication en OA tombe sur le budget du chercheur lui-même…

Il y a un décalage entre les intérêts général et particulier…

Chaque chercheur a en effet intérêt à progresser dans sa carrière grâce à des parutions dans des titres prestigieux. S’ils publient dans une revue OA, c’est bien souvent sans faire exprès… Même si je fait l’effort de ne publier qu’en OA*, je n’applique pas forcémen cette politique à mes doctorants, qui doivent partir dans la nature munis d’un bon CV.

* ces dernières années.

Que pensez-vous des serveurs institutionnels comme Serval, mis à disposition des chercheurs de l’UNIL et du CHUV par la Bibliothèque cantonale et universitaire de Lausanne ?

En soi, c’est une bonne chose. Mais pour moi, l’OA green road que permet Serval, c’est à dire la publication dans une revue traditionnelle et le stockage local de l’article, ce n’est pas un véritable open access…

… Pourquoi ?

Parce que les éditeurs ne permettent de loin pas toujours de mettre à disposition la toute dernière version du « papier ». Le site Sherpa/Romeo liste les différentes exigences juridiques. Cela pose deux problèmes. Mettre à disposition un article dans sa version originale, c’est à dire avant l’évaluation par les pairs, implique un manque de contrôle et un risque d’erreurs. Ensuite, cela signifie que deux versions du document circulent ce qui provoque une confusion au moment où quelqu’un va vouloir le citer dans un nouvel recherche: duquel va-t-on parler ?

J’aime les commentaires sur les blogs et ailleurs

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Il y avait eu il y a quelques temps un débat sur l’opportunité des commentaires en sciences en général (voir aussi ici). Personnellement, je trouve que les retours et questions via les commentaires m’apportent beaucoup, et que cela montre de plus que les scientifiques ne sont pas des autorités dogmatiques, mais que nous écoutons et sommes ouverts au dialogue. Et quand je découvre un nouveau site, une des premières choses que je fais est de regarder les commentaires. Notamment, les auteurs répondent-ils de bonne fois lorsqu’on leur pose une bonne question (voir la thématique admettre que l’on a tort) ? Mais aussi parce que si un article ou un billet a une erreur factuelle grave, je m’attends à voir une correction dans un commentaire.

Parfois les discussions du blog deviennent l’intérêt principal du billet, voire du blog. C’est le cas de Gaïa Universitas à mon avis, et souvent de Sciences2. Dans ce dernier cas, c’est juste dommage que Sylvestre Huet lui-même (le journaliste auteur du blog) ne réponde que très rarement. On peut comprendre qu’il soit occupé, mais des fois ça manque un peu je trouve de remercier quelqu’un pour une correction ou de répondre à une question explicite. Il reste que sur Sciences2 il y a de vraies discussions, et c’est une vraie valeur ajoutée.

Sur un sujet proche, il est aussi intéressant de voir les réponses à ce tweet de Pierre Barthélémy, journaliste scientifique émérite au Monde :

Voilà : 1 000 tweets. Et une question : voulez-vous plus d’infos via mon compte Twitter ou êtes-vous satisfaits par le rythme actuel ?

— Pierre Barthélémy (@PasseurSciences) June 29, 2014

Pierre ne juge pas avoir le temps de s’engager dans des discussions avec des scientifiques ou des lecteurs sur Twitter. Je trouve cela dommage.

Et puis il y a les blogs où on peut commenter, mais il n’y a jamais de réponse. Je trouve cela très étrange. Pourquoi avoir un blog avec commentaires ouverts si on ne veut pas avoir de dialogue ? Par exemple le blog binaire sur le site du Monde. J’ai commenté il y a quelque temps sur le robot Thymio utilisé dans l’éducation, en posant des questions. Aucune réponse. Autre exemple, le site du Café des sciences de Morlaix est un blog ; j’ai commenté sur le saumon OGM, en nouveau en posant des questions. Aucune réponse.

Alors oui je suis favorable aux commentaires, favorable aux discussions, et favorable au dialogue, qui doit aller dans les deux sens ! C’est pas parce qu’il y a des trolls sous les ponts qu’on doit rester coincé de ce côté-ci de la rivière.

(Billet en brouillon depuis longtemps, et merci à une discussion hors ligne qui se reconnaîtra qui m’a permis de le retourner de manière constructive.)

100’000 articles, et la révolution #PLOSOne continue à faire peur

Tiens de la poésie pour changer des petits mickeys.

J’ai récemment réagi à un billet du blog “rédaction médicale”, qui émettait des doutes sur la pertinence des 100’000 articles publiés dans PLOS One (voir aussi ce billet). Le billet lui-même est étrange, utilisant les insinuations (“course à la publication qui consiste maintenant en un payement de 1350 $ à PLOS ONE pour être publié” ; “pour la qualité du peer-review, j’entends le meilleur et le pire”) sans vraiment ni affirmer que PLOS One serait inférieur, ni donner de faits.

J’ai répondu dans les commentaires, avec le soutien de Pascal de l’Agence Science Presse. Je reproduis les commentaires ci-dessous, mais je voudrais d’abord dire que les réactions que je vois là et ailleurs me paraissent symptomatiques de ce que PLOS One, en modifiant les critères classiques où l’important est de publier des résultats frappants dans des journaux prestigieux, déstabilise l’édifice injuste et inefficace actuel, dans lequel les journaux ont le pouvoir, pouvoir de refuser des articles justes parce que “pas assez importants”, pouvoir de publier des articles faux mais sexy (scandale récent des cellules souches), et pouvoir d’imposer des abonnements hors de prix car marché biaisé.

Alors PLOS One a du succès, et ce succès montre que le status quo n’est pas inévitable, et ça ne plait pas à ceux qui en bénéficient ou qui y participent activement. Mais c’est trop tard, la révolution est là et elle avance. Ayez peur, ayez très peur.

J’aimerais bien savoir sur quoi se basent les gens qui disent que PLOS One fait un reviewing moins bon que d’autres journaux. Les critères sont clairs, ils sont ici :

http://www.plosone.org/static/publication

Quand à l’idée que l’open access serait un problème pour la qualité, voir ici :

https://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/03/26/lopen-access-ne-nuit-pas-a-la-qualite-scientifique/

Je trouve personnellement très positif que grâce à PLOS One et d’autres jouraux similaire (1) une grande quantité d’information scientifique soit librement disponible et analysable (text-mining), (2) de nombreux résultats qui auraient moisi dans des tiroirs doit publics. Beaucoup de ces résultats sont peu intéressants seuls, mais ensemble ils forment une énorme quantité de connaissances.

Déclaration de conflit d’intérêt : je suis éditeur bénévole chez PLOS One.

Rédigé par : MRR | mercredi 02 juillet 2014 à 21:23

Bonsoir,

effectivement, vos remarques sont vraies.. Mais les opinions que je rencontre en discutant avec les auteurs, reviewers et éditeurs qui travaillent pour PLOS sont très variables. Rarement, j’ai entendu des commentaires aussi divergents

Donc opinions… et on aurait besoin de faits

Cdlmt
HM

Rédigé par : Maisonneuve | mercredi 02 juillet 2014 à 22:28

Je ne suis pas sur de quels faits vous attendez. Je vous ai fourni les critères de publication de PLOS One.

On peut noter que PLOS One est l’un des journaux à s’être le mieux sorti du hoax d’un journaliste de Science l’an dernier :
http://retractionwatch.com/2013/10/03/science-reporter-spoofs-hundreds-of-journals-with-a-fake-paper/#comment-64133

Pas directement lié à PLOS One, mais les journaux prestigieux à haut facteur d’impact ont aussi les plus forts taux de rétraction :
http://iai.asm.org/content/79/10/3855.full

Ensuite, il me semble que la charge de la preuve est pour ceux qui voudraient dire que PLOS One publierait moins rigoureusement, ou de la science moins correcte ou moins soutenue. Que PLOS One publie des articles moins excitants, c’est assumé dans la mission du journal.

Rédigé par : MRR | vendredi 04 juillet 2014 à 16:11

Pour renchérir sur le commentaire de Marc, il semble que le choix de PLOS One comme cible soit étrange (ou alors, vous gagneriez à mieux l’expliquer). Si vous voulez dénoncer la course à la publication à l’oeuvre dans le monde de la recherche, il y a évidemment de l’espace pour le faire et vous pourriez trouver bien, bien pire. Si vous voulez dénoncer les revues aux critères de publication douteux, il y en aurait des centaines qui mériteraient de passer à la trappe avant PLOS One. Certes, PLOS One sait se promouvoir: est-ce mal?

Rédigé par : Pascal Lapointe | samedi 05 juillet 2014 à 03:38

Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?

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Un retweet de Tom Roud a attiré mon attention sur un débat internet en cours : des personnes qui ont découvert que le célèbre physicien Richard Feynman faisait preuve de sexisme dans ces écrits. Or Feynman n’était pas seulement un physicien brillant, il était aussi un excellent pédagogue, un écrivain très drôle, et un bon vulgarisateur. Et très charismatique, une qualité finalement rare chez les physiciens théoriques. On se retrouve donc souvent à le citer sur le rôle de la science dans la société, et la façon doit on fait ou devrait faire de la science.

Exemples (cliquez pour davantage) :

  • Science is the belief in the ignorance of experts.
  • The first principle is that you must not fool yourself — and you are the easiest person to fool.
  • Is no one inspired by our present picture of the universe? This value of science remains unsung by singers, you are reduced to hearing not a song or poem, but an evening lecture about it. This is not yet a scientific age.

Mais oui, il était sexiste (lien, lien, lien). On peut entrer dans une discussion sur le fait que la plupart des hommes de sa génération blabla, mais ce n’est pas ce qui m’intéresse ici. Je sais d’expérience directe que beaucoup de gens brillants ne sont pas des gens bien, ni personnellement ni d’un point de vue moral plus abstrait. Il parait clair que ceci n’est pas spécifique à mon expérience, mais que de nombreux scientifiques, artistes, philosophes, et autres personnes brillantes et dont nous admirons le travail, étaient (ou sont) sexistes, racistes, égoïstes, brutaux, manipulateurs, et/ou arogants, etc etc.

Ce qui m’intéresse ici, c’est pourquoi cite-t-on quelqu’un ?

Il me semble qu’au départ il y a trois motivations de base :

  • Pour affirmer un argument d’autorité, par exemple lorsqu’un chrétien cite la bible. Ce ne devrait jamais être le cas dans une discussion scientifique ou sur la science.
  • Pour la beauté du texte, par exemple lorsqu’on cite un vers de Rimbaut. En soi, la beauté textuelle n’est pas vraiment informative sur la réalité des choses, et donc pas directement pertinente à la discussion scientifique. Donc pas vraiment pertinent non plus (mais péché véniel, par rapport au péché mortel d’argument d’autorité).
  • Documenter ce qui s’est effectivement dit, dans un souci d’authenticité historique ou légale. Si on est engagé dans un débat sur le racisme de Darwin ou l’honêteté de Séralini, c’est pertinent (et même indispensable), mais ce n’est pas me semble-t-il la principale motivation pour citer quelqu’un comme Feynman.

Non il me semble que les citations dans les discussions sur la science sont utilisées de manière justifiée parce que quelqu’un a trouvé une formulation qui résume d’une manière particulièrement claire et informative (et pourquoi pas belle voire touchante) le concept que l’on veut expliquer. Ce n’est pas la citation qui affirme la vérité de l’assertion, mais elle est utilisée comme peuvent l’être un bon exemple, une analogie parlante, ou une maquette d’atome, elle nous permet de communiquer mieux et plus rapidement ce que nous voulons dire.

Par exemple la première citation ci-dessus résume ce que j’ai essayé laborieusement d’expliquer dans un long billet récent, et le résume sans doute mieux.

Par rapport à cet objectif, est-ce que le sexisme de Feynman, ou autres turpitudes morales de personnes connues, est pertinent ? Il me semble que non. La citation continue à jouer son rôle de transmission élégante et efficace d’un message important et pertinent.

Bien sûr, dans le souci d’honnêteté qui doit nous animer, la pendant de cette réflexion c’est que ces défauts ne doivent pas être cachés, mais honnêtement reconnus. Fisher était un raciste qui défendait l’industrie du tabac, ses contributions aux statistiques et à la génétique restent vraies et très importantes, mais ne nous voilons pas les yeux.

Accessoirement, le seul type de citation pour lequel les qualités de la personne citée me semblent vraiment importantes est la première, l’argument d’autorité. Comme personne n’est parfait, c’est un problème pour les sectes en tout genre, et je le leur laisse.

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Les trucs de tonton scientifique pour avoir toujours raison : admettre quand on a tort

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Dans les discussions sur ce blog et ailleurs sur les OGM, certains semblent penser que je suis trop afirmatif. C’est possible. Mais chaque fois qu’on m’a montré que j’avais tort, je l’ai admis :

  • Quand Martin Clavey m’a donné un exemple de phrase sur les OGM qui les survend (par opposition aux phrases catastrophistes), je l’ai mise en avant.
  • J’ai corrigé plein d’erreurs petites ou grandes dues à mon manque de documentation pendant l’interview podcast.
  • Quand un collègue m’a donné une référence montrant que, contrairement à ce que je pensais, le saumon OGM présente un risque, j’en ai fait un billet.

Ceci n’a rien de spécifique à moi. C’est l’approche normale en sciences. Lorsque l’évidence montre qu’on a tort, on change son point de vue. Le résultat peu intuitif de cette approche, c’est qu’en acceptant d’avoir tort, on a de plus en plus raison. En corrigeant au fur et à mesure ses erreurs, et tout le monde fait forcément des erreurs, on se rapproche de la vérité. Pendant ce temps, ceux qui n’admettent pas d’avoir tort continuent d’avoir tort.

Alors cela donne parfois une impression d’arrogance ou de domination de la discussion, parce que si on fait cela depuis longtemps, on en arrive à avoir souvent raison sur pas mal de points, pour de bonnes raisons si j’ose dire. Non pas parce qu’on est plus intelligent ou autrement supérieur, mais par l’application simple de l’algorithme “si j’ai tort, je change d’avis”. Et nos contradicteurs qui ne changeraient pas d’avis ont souvent tort. Il leur suffirait d’admettre leur erreur pour avoir raison, mais si l’on voit une discussion comme un débat à gagner ou perdre plutôt que comme une opportunité de se rapprocher de la vérité, c’est un problème.

Comment écrire un mauvais article : tests multiples, corrélation = causalité, et communiqué de presse mensonger

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Lior Pachter, le lonely cow boy de la bioinformatique, a dégainé à nouveau il y quelques temps (j’ai pris du retard dans la rédaction de billets), mais pour changer il n’a pas attaqué un gros joueur de la bioinformatique (voir ce bilet et celui-ci), mais un article qui a fait pas mal de bruit en début d’année aux Etats-Unis :

J.M. Gilman et al.Cannabis Use Is Quantitatively Associated with Nucleus Accumbens and Amygdala Abnormalities in Young Adult Recreational Users, Neurology of Disease, 34 (2014), 5529–5538.

D’après le communiqué de presse et les interviews de l’auteur, l’article montrerait que même une consommation faible de marijuana cause des lésions au cerveau. C’est possible que ce soit le cas, mais le papier ne montre pas cela. Je vous fais un résumé des erreurs, pour le détail lisez le billet (en anglais) de Lior.

  • Echantillonage faible et biaisé : seulement 20 personnes, et les personnes présentées comme fumeurs occasionnels fumaient en moyenne plus de 10 joints par semaine. On n’a pas la même définition d’occasionnel que l’auteur apparemment.
  • Tests multiples mal corrigés : plus de 120 tests, sans correction appropriée (rappel : quand on fait plein de tests, certains apparaissent significatifs par hasard, sauf si on corrige de manière appropriée). Pire, des tests qui ne passent même pas les critères insuffisants des auteurs sont quand même discutés comme s’ils étaient significatifs, et mis en gras dans les tableaux.
  • Bien sur, les données ne sont pas disponibles, donc on ne peut rien vérifier.
  • Des résultats pas significatifs dans l’article sont discutés comme significatifs par l’auteur dans la presse.
  • Au final, même si tout était bien fait (et rien ne semble l’être), l’étude ne pourrait montrer qu’une association corrélative, avec une causalité inconnue. Mais l’auteur a conclut sur une causalité.

Pourquoi est-ce que je discute ceci malgré mon retard à réagir ? Parce que les mêmes mécanismes sont à l’oeuvre dans de nombreux cas où une étude isolée est utilisée pour appuyer une position qui a un certain appui social.

10 concepts scientifiques dont il faudrait arrêter d’abuser

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Un article récent du blog/magazine techno io9 pose la question à différents scientifiques : “quels concepts sont les plus incompris ?” (en anglais). Les réponses sont intéressantes :

1. Le concept de Preuve, pour Sean Carrol, physicien.

En effet, en dehors des maths, on ne prouve rien, on a un soutien statistique de plus en plus fort pour des modèles décrivant le monde de mieux en mieux. Ce qui pose problème dans la communication scientifique, quand on nous demande si on a la “preuve” du changement climatique induit par l’humanité, de l’efficacité des vaccins, de l’impact (ou non) des OGM, de l’évolution, etc etc. Je suis assez d’accord avec ce problème. Un problème d’ailleurs parallèle est quand on vous demande si vous “croyez” à l’évolution, au changement climatique, etc. Oui au sens d’une opinion raisonnée, mais non au sens d’une croyance religieuse.

2. Le mot Théorie, pour Dave Goldberg, un astrophysicien.

Dans le language commun, une théorie c’est une supposition, one opinion. En science, c’est un édifice théorique (bin tiens) qui décrit un aspect de la réalité, qui est testable et a résisté à de nombreux tests, et qui peut être adapté à de nouvelles connaissances jusqu’à un certain point (par exemple l’inclusion de la génétique dans la théorie de l’évolution). Le problème pour Dave Goldberg c’est la confusion entre ce sens et celle de l’expression du language courant “juste une théorie”.

3. L’incertitude quantique et l’étrangeté quantique, aussi pour Dave Goldberg.

Le problème est l’utilisation de concepts difficiles à comprendre, qui indiquent que le monde à un certain niveau est non déterministe, par toutes sortes de tendances mystiques. Je cite Goldberg : “just because the universe isn’t deterministic doesn’t mean that you are the one controlling it”. La mécanique quantique ne démontre pas l’existence de l’âme (ni de la Force).

4. Acquis contre inné, pour la biologiste évolutive Marlene Zuk.

Je vais citer une partie de son raisonnement, qui vaut le coup :

The first question I often get when I talk about a behavior is whether it’s “genetic” or not, which is a misunderstanding because ALL traits, all the time, are the result of input from the genes and input from the environment. Only a difference between traits, and not the trait itself, can be genetic or learned.

Oui ! Bien évidemment, sans gènes pour apprendre à parler, on ne parle pas français. Mais si on grandit en Chine, on ne parle pas français non plus.

5. Le mot naturel, pour le biologiste synthétique Terry Johnson.

Un cliché des discussions science et société. Les deux points principaux sont bien soulevés par Johnson : (1) est-ce que cela fait sens de distinguer ce que fait un humain (artificiel) de ce que fait une abeille ou un castor (naturel) ? Et (2) spécifiquement pour l’alimentation, c’est plus ou moins impossible à définir, mais pratiquement rien de ce que nous mangeons est sans intervention humaine.

6. Le mot gène, à nouveau pour Terry Johnson.

Il commence par deux points, un où je suis d’accord : on a beaucoup de mal à définir ce qu’est un gène de manière générale, et un où je le suis moins, en répercutant les clichés sur l’ADN poubelle pour lequel on découvrirait plein de fonctions (voir débat ENCODE).

Ensuite il note que le mot gène est souvent mal utilisé quand il est suivi de “pour” ou “de”, genre le gène de l’obésité. En fait les variations entre individus, qui nous intéressent le plus souvent dans ces discussions, sont dues à des variations dans les gènes et le reste de l’ADN, qui interagissent entre eux et avec l’environnement. Donc on peut dire “le gène dont certains variants font partie des facteurs de risque pour l’obésité”. Moins sexy.

7. Le terme statistiquement significatif, pour le mathématicien Jordan Ellenberg.

Le point le plus intéressant pour moi, et qui m’a attiré vers l’article via Twitter. En effet, quand on dit “significatif”, on comprend qu’un effet a une importance. Or les tests de probabilité utilisés pour parler de significance statistique ne mesurent pas l’importance de l’effet, mais notre capacité à le détecter par rapport à une alternative. Il propose donc “statistiquement détectable” à la place, et la significance serait réservée à la discussion de la taille de l’effet par rapport au phénomène mesuré (10% de différence de durée des enseignements n’a pas la même importance que 10% de différence d’espérance de vie). Je suis tout-à-fait d’accord. D’habitude je clarifie cela en parlant de “significance biologique” (parce que j’étudie la biologie).

8. Le concept de survie du plus apte, pour la paléoécologiste Jacquelyn Gill.

D’une part, ce n’est pas un concept du à Darwin, contrairement à ce que l’on pourrait croire. Et d’autre part, cela évoque un combat continuel dans lequel les espèces s’améliorent forcément. Mais l’évolution peut être neutre, elle peut être adaptative à court terme mais maladaptative à long terme, et l’on peut s’adapter de toutes sortes de manières qui ne soient même pas liées à la survie, mais typiquement à la reproduction (voir billets Ranacaudas et évolution reloaded).

9. La compréhension des échelles de temps géologiques, pour la même Jacquelyn Gill.

Elle râle parce que les gens mélangent dinosaures et hommes de Cro Magnon. Ouais, mais à mon avis plus un problème de culture scientifique que de concepts.

10. Le mot organique (ou biologique), pour l’entomologue Gwen Pearson.

Le même problème que pour le mot naturel. D’ailleurs Pearson met dans la “constellation” de mots qui “voyagent avec organique” les termes “sans produits chimiques” et “naturel”. A noter qu’en anglais “organic farming” a le sens francophone de “agriculture biologique”. Elle râle moins par rapport à la différence, inévitable, entre le sense technique (organique : qui contient du carbone) et le sens courant, mais sur le fait que ces termes indéfinissables recouvrent des réalités variées qui sont alors masquées. On va penser qu’organique ou naturel sont meilleurs qu’artificiel ou synthétique, alors que les champignons vénéneux bio sont bien plus dangereux que l’insuline produite par bactérie OGM. Avec un lien vers un site cool explicant la chimie et les erreurs liées à sa mauvaise compréhension.

(titre corrigé suite à tweet d’Alexandre Moati)

Mise à jour : examples supplémentaires intéressants postés sur Reddit.

Quel est le coût environnemental du tabac ? #NoTobacco

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Aujourd’hui c’est la journée mondiale sans tabac, et je m’étais promis de faire un billet à cette occasion. Mais voilà, manque de temps, je m’y prends à la dernière minute. Avertissement donc : j’ai essayé de faire attention à mes sources, mais ceci n’est pas un billet super bien recherché. N’hésitez pas à me signaler les erreurs ou de meilleures sources d’information.

Bref, le tabac, on sait tous que c’est un poison, on a déjà évoqué que la nicotine est un insecticide “naturel”, et on peut se moquer jusqu’à la fin des temps des anti-OGM qui fument. Mais je me posais la question également de son impact environnemental : le tabac prend de bonnes terres agricoles, et est en grande partie consommé ailleurs qu’il n’est produit, donc est transporté de manière polluante.

D’après le site tobaccoatlas.org, il semble que le tabac soit cultivé sur 3,8 millions d’hectares, dans 124 pays. Bien sûr il y a une grosse variation entre pays, et on constate certains pays pauvres dans lesquels le tabac sert d’exportation alors que la population est sous-nourrie, comme le Zimbabwe ou le Malawi. Le plus gros producteur mondial étant la Chine. Il semble aussi que 10 à 20 millions de personnes puissent être nourries grâce aux terres utilisées par le tabac.

En faisant une recherche de la litérature scientifique, je trouve notamment ceci :

Results The selected studies documented many negative environmental impacts of tobacco production at the local level, often linking them with associated social and health problems. The common agricultural practices related to tobacco farming, especially in low-income and middle-income countries, lead to deforestation and soil degradation. Agrochemical pollution and deforestation in turn lead to ecological disruptions that cause a loss of ecosystem services, including land resources, biodiversity and food sources, which negatively impact human health. Multinational tobacco companies’ policies and practices contribute to environmental problems related to tobacco leaf production.

Tob Control 2012;21:191-196 doi:10.1136/tobaccocontrol-2011-050318

Dans un article plus ancien du même journal, je trouve que ≈200’000 ha de zones boisées sont déforestées pour la culture du tabac par an, soit 1,7% de la déforestation mondiale, 4,6% de celle des pays concernés. Il semble qu’une grande partie soit due à l’usage du bois comme carburant dans la préparation du tabac.

J’ai du mal à trouver des chiffres sur l’impact du transport du tabac, mais en 2000, d’après l’organisation mondiale de la santé, 200 millions de tonnes de tabac auraient été exportées.

J’aimerais entendre ceux qui sont contre la monoculture, ceux qui sont contre l’agriculture d’exportation, ceux qui sont contre l’agriculture productiviste, ceux qui sont contre la déforestation, ceux qui sont concernés par les risques potentiels dans les produits en vente chez nous et ailleurs, j’aimerais les entendre tous condamner sans équivoque le tabac.

Je n’ai même pas mentionné la pollution causée par les mégots jetés n’importe où, avec leurs cancérigènes.

Rappel du coût / bénéfice : le seul produit légal qui tue 50% de ses consommateurs, impact environmental particulièrement dans des pays pauvres / aucun bénéfice.

Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j’ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants. De même, en cherchant des infos sur Twitter ou autres sources internet, je trouve divers sites. Parfois je tombe sur un  article apparemment excellent, mais je suis toujours curieux de connaître la philosophie et le sérieux d’ensemble du site avant de le recommender ou de l’utiliser comme référence. J’utilise dans ces cas-là le test combiné OGM + climat.

C’est simple : si c’est un site qui semble sérieux sur les OGM, je cherche ce qu’ils disent sur le climat ; et si c’est un site qui semble sérieux sur le changement climatique, je cherche ce qu’ils disent sur les OGM. Typiquement, on trouve des sites anti-écolo ou pro-industrie/pro-biotechnologie qui sont très clairs et documentés sur les OGM, et virent dans la paranoïa complotiste sur le climat, et des sites écolos ou sur la biodiversité qui sont très sérieux sur le climat, la biodiversité, la polution, et virent dans la paranoïa complotiste sur les OGM. Drapeaux rouges typiques : Allègre est un héros, le GIEC se contredit et ment, les paysans indiens se suicident à cause des OGM, le miel est contaminé par les OGM, etc.

Un exemple qui m’est arrivé cette semaine : via Twitter, je tombe sur un article qui semble intéressant sur le viticulteur qui refuse de traiter ses vignes en Bourgogne : Viticulteur bio, décryptage d’une affaire. Je ne connais pas le site, mais le nom et la présentation ressemblent à ce que l’on peut attendre d’un site pro-biotechnologies. Alors recherche sur le mot climat, et bingo :

— Vous avez dit réchauffement climatique ? 14 | 03 | 2006
— Vers trente années de refroidissement du climat ? 18 | 02 | 2010
— Nicolino, DDT et le climat 16 | 04 | 2007
— Agriculture et climat : halte a la panique ! 05 | 07 | 2007
— Laurent Cabrol / climat : et si la planète s’en sortait toute seule 09 | 06 | 2008
— Modifier le climat pour combattre la sécheresse 18 | 03 | 2010
— Climat : un excès de glaces au Canada menace une centaine de bateaux 30 | 04 | 2007
— La science du climat n’est pas encore au point – Chronique du PR Richard S. Lindzen 14 | 12 | 2009
— Quand on sait tout on ne prévoit rien 31 | 05 | 2005
— Le réchauffement climatique est un mythe ! 08 | 11 | 2004
— Du bon usage du réchauffement climatique 20 | 10 | 2009
— Le débat sur le réchauffement climatique n’est pas clos ! 20 | 03 | 2007

etc etc, y compris une “Apologie de Claude Allègre” en 2006.

Donc petit tableau guide :

anti OGM pas anti OGM
nie changement climatique complotiste grave anti écolo militant
ne nie pas changement climatique écolo militant science !

Bien sur, ce système a ses limites, par exemple si le site ne parle jamais d’OGM ou jamais de climat. Dans ce cas il faut regarder plus avant, mais dans l’ensemble ça marche bien.

Mise à jour : le blog écologie d’Audrey Garric sur le site du Monde ne parle habituellement pas d’OGM, ce qui me posait toujours question : pouvait-elle toujours éviter la question et donc de prendre un positionnement minimum ? Alors je trouve qu’elle vient de s’en sortir avec pas mal d’élégance sur les moustiques OGM anti-dengue :

http://ecologie.blog.lemonde.fr/2014/04/18/le-bresil-va-lacher-des-millions-de-moustiques-ogm-contre-la-dengue/

Bien sur elle donne la parole à des anti-OGM sans qualification scientifique sur un mode “il a dit elle a dit”, mais ce n’est pas militant anti-OGM et présente les faits sur l’OGM correctement pour autant que je vois. (J’ai commenté là-bas, suivre ce lien.)