Archives pour la catégorie notes de la semaine

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• On a un nouveau format de réunions d’équipe, où on essaye de réfléchir à partir de nouvelles scientifiques à la façon dont la bioinformatique pourrait aider. Bien sûr cette semaine le thème venait des Nobel, et en discutant on s’est demandé si quelqu’un avait déjà essayé de classifier non pas les protéines en fonction de leur compartiment sub-cellulaire, mais les complexes de protéines (une protéine agit rarement seule). Une recherche rapide après la réunion me montre que ça n’est pas évident que ça ait été fait (ce qui ne garanti rien bien sur), mais que d’après ce papier récent ça pourrait être en effet pertinent. Quelqu’un du groupe ayant demandé pourquoi ça n’a pas déjà été fait si c’est si intéressant, cela m’a rappelé la citation suivante de l’autobiographie de Feynman, quand il prend des cours de biologie pour voir, et pose des questions qui lui paraissent simples :

« Nobody knew. It turned out that it was not understood at that time. So right away I found out something about biology: it was very easy to find a question that was very interesting, and that nobody knew the answer to. In physics you had to go a little deeper before you could find an interesting question that people didn’t know. »

(bien sur c’est possible que des gens aient essayé, que ça ne soit pas possible, et qu’ils n’aient pas publié leurs résultats négatifs. Ou que je ne sois simplement pas au courant.)

• Karim sur Sweet Random Science se demande où est la science dans les films de science-fiction, et justement je trouve ceci sur les blogs de PLOS : une enseignante qui utilise Bienvenue à GATACA pour l’enseignement de la génétique.
• Fait ch..r, notre projet de cours de Génomique des populations a été refusé par EMBO, surtout à cause de l’utilisation de la génomique des fourmis comme exemple pratique. A re-essayer avec un cas d’étude plus intéressant pour les collègues biologiste moléculaires ?
• Après presque 4 mois d’attente sans réponse des experts, et un changement d’éditeur, pour un article soumis à Bioinformatics, j’en ai mis une copie dans ArXiv. Je me rends compte que je devrais faire ceci systématiquement pour tous nos articles soumis.
• On interviewe en ce moment des candidats profs d’entomologie dans mon département, et lors de lors leurs présentations orales j’apprends plein de trucs sur les insectes.
  • Saviez-vous qu’alors que nous détectons une odeur à 1 milliard de molécules par cm³, et un chien le fait à 1 million, mais un papillon de nuit y arrive avec seulement 10 molécules par cm³ ? Il semble que les insectes volants arrivent à se repérer à l’odorat tout en volant rapidement, et que pour cela il faille une très grande sensibilité.
  • Les moustiques femelles s’accouplent de préférence avec des mâles dont le bourdonnement des ailes est en harmonie avec le leur apparemment. Et moi qui pensait que le bzzzz n’était là que pour m’empécher de dormir. Par ailleurs, ils piqueraient de préférence l’arrière des jambes pour être loin de nos oreilles (qui les repèrent) et nos mains (qui paf ! le moustique).
  • Il y a des espèces qui sont 100% femelles, mais utilisent les mâles d’autres espèces pour la reproduction : le génome du mâle est ensuite élminé des cellules sexuelles (gamètes), mais contribue au corps (soma). Certains molusques font la même chose, mais avec seulement des mâles. Il y a plein d’autres modes de reproduction rigolos.
• A ce propos, ça me frappe le nombre de gens qui cherchent un poste dans la recherche, mais qui ne nous facilitent pas la vie pour trouver leurs publications, leur recherche, etc. Faites-vous des profils Google Scholar, ISI Web of science, LinkedIn, etc. Ca prends quelques minutes et vous serez nettement plus visibles. Si vous n’en faites qu’un, Google Scholar à mon avis : publis, citations, accessible à tous.
• Prix Nobel de chimie pour de la chimie computationnelle, autant dire presque de la bioinformatique / biologie computationnelle ! Ce qui pose la question : si on donnait un prix Nobel à des bioinformaticiens, lesquels ?
• Via Ars Technica, je trouve une revue des études sur la sécurité des OGM, qui confirme qu’il n’y a pas de risque alimentaires / santé humaine, mais que les conséquences environementales ne sont pas toujours bien étudiées. A l’heure actuelle, aucune conséquence négative n’est bien documentée, mais cela reste possible. Ca dépend bien sûr de l’OGM : des insectes herbivores résistants c’est potentiellement génant, des plantes qui produisent plus de vitamine A ça ne l’est pas.
• A propos de riz doré, très bon appel au bon sens à l’occasion de la journée de la vision sur le site de l’Institut philippin de recherche sur le riz.
• Page professionnelle d’un jeune prof de Stanford pleine d’humour : « I obtained my Ph.D. from Stanford in 1997, which has made me the second most famous person in my family after my cousin who is a professional horse trainer. »
• La rétraction d’articles scientifiques par ce qu’on a trouvé des erreurs est un sujet toujours sensible. Pamela Ronald, connue pour son travail sur le riz notamment, et auteure d’un livre sur la nouriture de demain avec son mari prof d’agriculture bio, a retracté deux articles et raconte l’histoire de manière exemplaire sur un blog. Voire aussi une plus ancienne discussion sur la façon de mettre les rétractions sur son CV, sur l’indispensable site Retraction Watch.