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Les #OGM n’existent pas, et ça nous fait oublier l’essentiel

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Bien sur que les OGM existent, stricto sensu. Mais au sens où le terme « OGM » est utilisé dans le discours public il ne veut rien dire. Les OGM sont le produit d’une technique. Toute phrase « Les OGM verbe complément » n’a de sens que si elle discute de la technique.

Phrases faisant sens :
Les OGM sont plus rapides à produire que les variétés par croisement.
Pour développer des OGM il faut des compétences en biologie moléculaires.
Mise à jour : voir commentaire intéressant de Wackes Seppi.
Phrases ne faisant pas sens :
« OGM = agriculture toxique« .
Les OGM sont des poisons.
Les OGM causent des alergies.
Mise à jour : Martin Clavey me signale un exemple intéressant de phrase contre-sens pro-OGM :
Les OGM pour enrayer la famine?
(on peut en faire vraiment beaucoup en fait des qui ne font pas sens.)

Deux nouvelles dans l’actualité relativement récente m’amènent à (re-)clarifier ce point.

Les pommes Arctic Apples (voir explication sur Passeur de sciences) sont modifiées pour qu’un gène présent dans les pommes (et les pommiers) ne s’exprime pas, c’est-à-dire ne soit pas actif. Si j’ai bien compris (ref dans un article, page Wikipedia, page de la companie) c’est l’ensemble des copies du gène PPO (y en a plusieurs) qui sont toujours là mais dont l’expression est bloquée.

Ce qui est important pour la discussion dans le contexte de ce billet, c’est que la plupart des points débattus sur les OGM « usual suspects » ne sont pas pertinents : il n’y a aucun matériel génétique étranger ajouté.

Autre information récente, la discussion sur le miel au Parlement Européen : les parlementaires ont considéré que du miel produit avec en partie du pollen issu de plantes OGM n’était pas différent de miel produit autrement. Et en effet, le fait d’être « OGM » n’est pas une qualité physique que se transmet à travers toutes les transformations biologiques, contrairement par exemple à la radioactivité ou à la présence de métaux lourds. Un OGM, c’est un organisme dont l’ADN a été modifié. Mais l’ADN est une très grosse molécule biologique présente en quantité faible ; la plupart des transformations biologiques, comme la mort et encore plus la digestion, vont la casser. Après digestion, on a des nucléotides, mais plus de l’ADN, pas plus qu’un tas de lettres n’est un roman de Tolstoï. Donc l’ADN modifié n’aura pas en soit d’influence sur le miel, produit d’une digestion et d’un « tri » des sucres par les abeilles (en gros le miel c’est des sucres). Il est possible par ailleurs qu’un OGM contienne des molécules actives pas présentes dans le non OGM, enquel cas ces molécules pourraient aller un petit peu dans le miel.

Mais on revient à ce qui est illustré par les Artic Apples : selon les OGM, on aura ou non ajout d’une substance. Autre exemple, plus connu, les plantes Round-Up Ready bien un gène de bactérie rajouté, mais il s’agit de l’homologue (voir ce billet) d’un gène que les plantes ont déjà. Rien ne change, sauf que cet homologue n’est pas inactivé par le glyphosate (le Round-Up). Ah et puis les plantes sont généralement traitées au glyphosate, mais d’autres plantes aussi, et sinon d’autres herbicides sont utilisés.

Pourquoi est-ce important ? Parce que la focalisation sur le terme « OGM » comme catégorie idéalisée à la Platon entraîne des blocages énormes, et une énorme dépense d’énergie qui finalement rate sa cible.

C’est avec ce genre de réification du concept OGM qu’on se retrouve avec des gens apparemment intelligents comme Nassim Taleb qui nous explique que les OGM c’est un risque systémique énorme. Mais il réussi à faire cela sans jamais se pencher sur la question de ce qu’est un OGM. Je suis moins fort en maths que Taleb, mais je n’arrive pas à voir la menace de déséquilibre pour la planète dans le fait qu’une pomme ne brunisse pas parce qu’elle a une enzyme sous-exprimée, ou qu’un riz a de la vitamine A dans ses graines (Golden Rice ; voir ce billet et celui-ci et celui-là). Le pire qui va arriver, c’est que ces plantes si elles quittent nos champs auront un désavantage sélectif et seront éliminées. Oui il faut faire attention (voir billet sur les limites de la science), mais non tout OGM n’est pas porteur d’un risque global cataclysmique.

Vous voulez militer contre le brevetage du vivant ? Faites-le, c’est très important ! Mais en se focalisant sur les OGM, vous laissez breveter des avancées médicales, des plantes hybrides, et des organismes mutants (mais par mutagenèse non dirigée alors c’est OK). Par contre vous bloquez la recherche publique sur de potentiels OGM non brevetés (potentiels parce que vu l’opposition aux OGM, les labos publics laissent tomber).

Vous voulez être informé sur les pesticides ? C’est très important aussi, oui ! Mais en se focalisant sur les OGM, vous ratez les discussions sur d’autres pesticides, autrement plus nocifs (notamment pour les abeilles d’ailleurs), et vous bloquez le développement de plantes résistant mieux aux pathogènes sans traitement (par exemple en augmentant leur système immunitaire – c’est faisable mais pas fait, encore à cause des oppositions). (A ce propos, je note avec intérêt la récente décision française d’interdire les pesticides aux jardiniers amateurs – à suivre.)

Vous êtes contre la monoculture ! Alors diversifiez vos achats, faites attention à la provenance de ce que vous achetez, et même proposez des lois récompensant les pluricultures moins rentables (ou le maintien de systèmes tels que le bocage). Mais en insistant sur les OGM, vous bloquez les développements de plantes pouvant pousser dans des conditions plus diverses, ce qui permettrait de mieux exploiter chaque milieu, tandis la monoculture, qui date de bien avant les OGM, se porte très bien, merci pour elle.

Moi je serais tout pour par exemple noter sur les fruits et légumes quels pesticides ont été utilisés (y compris dans le bio, grand utilisateur de sulfate de cuivre ou de Rotenone, lequel cause Parkison chez les rats ; voir cet article), lesquels sont issus de variétés brevetées, lesquels ont été récoltés dans une exploitation non monoculture, etc. Mais l’information selon laquelle une pomme a un gène silencé ou un riz fait de la vitamine A non seulement dans les feuilles mais aussi dans les graines, quel rapport ?

Finalement, après une discussion twitter avec Mike Eisen et Vincent Lynch, je me suis dit que si on veut vraiment (comme beaucoup de militants verts américains) étiqueter les OGM, faisons au moins la différence. Etiquetons les OGM avec substance ajoutée (par exemple le maïs Bt, voir ce billet), mais pas ceux sans (comme le Round Up Ready ou Artic Apple). C’est pas un beau compromis, ça ?

Et je vous en prie, arrêtons avec les phrases « Les OGM sont ou font ceci cela ». Merci !

Réflexions sur le blog SciLog de J.J. Kupiec et le hasard en biologie

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Cliquez sur l’image (suis-je le rat ? le rat me lit-il ? sommes-nous tous le rat de quelqu’un ?)

Il y a un nouvel arrivant dans le (trop petit) monde des blogs scientifiques francophones : SciLogs.fr, déclinaison française d’une plateforme internationale dépendant de Pour la Science (déclinaison française de Scientific American). Dans les premiers billets de ces blogs, il y en avait un de JJ Kupiec sur le rôle du hasard en biologie moléculaire et les conséquences pour la possibilité de synthétiser le vivant. Ce billet pour moi pose aussi la question du rôle des blogs en science.

Kupiec aime mettre « en avant le caractère foncièrement stochastique du fonctionnement interne des êtres vivants ». Là où ça devient étrange c’est qu’il affirme qu’il y a quelques années cela était « quasi hérétique ». Et il ajoute :

On suppose actuellement que chez un être vivant, l’ordre macroscopique, c’est-à-dire ce qui passe à notre niveau, provient d’un ordre microscopique. Les molécules, protéines et séquences d’ADN, principalement, interagissent de manière séquentielle de manière toujours identique, en formant des cascades d’interactions desquelles tout hasard est exclu.

Cette citation m’a choqué, parce qu’ayant étudié la biologie moléculaire entre 1988 et 1992, et étant depuis resté en recherche à l’interface biologie moléculaire – évolution – informatique, je ne reconnais rien de cette description. J’ai appris que les interactions moléculaires ont une composante aléatoire importante, et je n’ai jamais vécu ni entendu un supposé dogme de l’absence de hasard en biologie.

La biologie moléculaire dans ses détails est de la chimie, avec deux spécificités : des molécules souvent très grosses et complexes, et surtout pour ce qui nous concerne très peu d’exemplaires de chaque molécule. Quand on prend une réaction chimique typique, on a des nombres énormes de chaque molécule entrant en jeu. Ceux qui ont eu des cours de chimie se rappellent peut-être d’avoir raisonné en « moles ». Une mole c’est 6×1023 machins (molécules d’habitude). Ces nombres énormes permettent d’énoncer des lois statistiques très fiables concernant par exemple la vitesse d’une réaction ou les concentrations à l’équilibre (ça dépend surtout de la concentration en fait). Dans chaque cellule vous avez quatre molécules correspondant à chaque type d’ADN (par exemple pour un gène donné). Donc quand une protéine se lie à un site donné d’ADN, le rôle du hasard moléculaire (qui tient davantage de la physique que de la chimie à ce point) est moins visible comme une moyenne statistique type « gaz parfait » que comme le résultat de quelques lancers de dé. Mais (il y a un mais) en biologie on n’a pas beaucoup de molécules par cellule, mais on a beaucoup de cellules ! (1013 cellules humaines et 1014 cellules bactériennes environ dans notre corps.) Donc c’est pas Avogadro mais ça commence à moyenner. Du coup on a tendance à voir ces phénomènes stochastiques (ça veut dire au hasard) comme des phénomènes statistiques, des équilibres par exemple entre attachement-détachement de deux molécules.

Kupiec et moi avons eu un dialogue dans les commentaires de son blog [note de 2017 : de nombreux commentaires dont les miens et ceux de Nicolas Le Novère semblent avoir disparu !], où sont aussi intervenus deux spécialistes de la modélisation en biologie, Nicolas Le Novère, et Tom Roud. Je vous invite à lire cet échange.

Je veux revenir d’abord sur un point important soulevé par Nicolas : on savait que le hasard jouait un rôle, mais on le prenait peu en compte dans nos modèles. En effet, notre modélisation du vivant s’améliore au fur et à mesure que nous progressons dans nos méthodes expérimentales et mathématiques. Et logiquement, plus on veut étudier les choses à des niveaux détaillés (peu de cellules ou peu de temps), plus la stochasticité joue un rôle important. Mais dire qu’il y a eu un dogme niant le hasard, dire que la biologie des systèmes ou la biologie synthétique se font en fermant les yeux sur ses effets destructeurs, je suis désolé mais c’est faux (d’ailleurs aucune citation de Kupiec pour le soutenir malgré mes requêtes). On est tous conscients que nos modèles sont insuffisants, ce qui est pourquoi on travaille à les améliorer, les affiner, déterminer leurs zones d’application et les zones où ils ne s’appliquent pas ou mal. Par exemple les modèles de biologie des systèmes récents prennent explicitement en compte la stochasticité, et il y a une vague de « single cell genomics » qui s’occupe essentiellement de la quantifier pour des phénomènes tels que l’expression des gènes dont parle Kupiec.

Puis je vais passer pour un gros snob raleur là, mais les gens qui se la jouent génie incompris qui révolutionne la science je me méfie (la productivité de M. Kupiec hors blogs : PubMed, Google Scholar). Faut lire les commentaires quand il est interviewé sur {Sciences2} concernant ENCODE, c’est assez intéressant (l’interview aussi fait génie méconnu ; et je vois ailleurs dans {Sciences2} qu’il a inventé le terme ontophylogénèse, l’invention de mots étant typique du génie méconnu). Alors si on veut révolutionner la biologie, j’ai un conseil, c’est de faire des expériences ou des modèles meilleurs que les autres et de les publier. Peut-être que JJ Kupiec a parlé de stochasticité de l’expression avant les autres, mais je doute que personne n’y ait pensé, et ce qui est important en sciences c’est ce qu’on fait d’une idée. D’autres que Kupiec développent des modèles mathématiques et des expériences pour quantifier cette stochasticité, et c’est ça qui est important.

Autant je me réjouis de voir une nouvelle plateforme de blog scientifiques francophones, autant je recommende à mes collègues de blogger, autant je ne pense pas que de renforcer la perception déjà trop répandue d’un establishment scientifique conservateur écrasant des Galilée par centaines soit très constructif, ni de présenter une version faussée de l’histoire et de l’état de sa discipline pour se mettre en avant. Je suis bien en peine de voir ce que le billet de Kupiec apporte à la compréhension de la biologie ou de la science au public.

Je note pour finir que la plupart des nouveaux blogs de Scilogs ont commencé par expliquer des trucs intéressants ! Je recommande notamment Best of bestioles et Intelligence mécanique. 🙂

(Billet retardé par la semaine OGM et autres évènements, mais voici.)