Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés !

Publié le 28 août 2015 | 3 commentaires
cliquez sur le lien, c'est trop beau, trop cool, trop tout, allez sérieux

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Syed Hussain Ather, un étudiant d’un collègue américain (Matthew Hahn, mentionné ici), vient de rendre disponible sur github un programme Python rigolo qui reproduit PacMan mais en version biologie moléculaire : on mange de l’ARN, et on fabrique des protéines.

https://github.com/HussainAther/dnapacman

Pour traduire l’ADN en protéines, il est en effet transcrit en ARN. Les nucléotides d’ADN sont A, C, G et T (comme dans « Bienvenue à GATACA »), alors que ceux de l’ARN sont A, C, G, U (donc « Bienvenue à GAUACA »). L’ARN peut alors être traduit en protéines, composé de 20 acides aminés. Pour faire correspondre 4 nucléotides à 20 acides aminés, il y a un code basé sur des triplets de nucléotides. En effet, 41 = 4, pas assez ; 42 = 16 pas assez ; 43 = 64, davantage que 20, cool. Ces triplets s’appellent « codons ». (Notez que ça veut dire qu’il y a plusieurs codons pour un même acide aminé.) Pour que la traduction démarre, il faut un codon « start », AUG (codé par ATG dans l’ADN), qui code pour l’acide aminé méthionine (symbole M). Il y a dans le code standard trois codons « stop », qui arrêtent la traduction.

code génétique de Wikipedia

code génétique standard (depuis Wikipedia)

Dans DNA-PacMan (qui à mon avis devrait s’appeler RNA-PacMan, mais passons), il faut donc se balader en mangeant des nucléotides, et dès qu’on a mangé un AUG on commence à fabriquer des acides aminés, jusqu’à manger un codon stop … ou se faire manger par un fantôme.

C’est un programme simple qu’il faut lancer directement avec Python, et les résultats s’affichent dans une console terminale. Ce qui accentue encore le coté geek. 😉

pacman1pacman2

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3 réponses à “Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés !”

  1. Ping : Pacman ! Avec de l’ADN et des acides amin...

  2. MRR | 28 août 2015 à 18:14 |

    Lecteurs, je suis fier de vous : après moins de 10h en ligne, 23 clicks vers le lien github, bien davantage que vers les liens habituellement.

    (Bin oui, peu de gens suivent les liens en général.) (Ca se voit aussi dans le peu de lecteurs que je reçois quand je suis cité à dans un grand média ou blog très lu.)

  3. Ping : Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés ! | Simon Besson-Girard