Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés !

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Syed Hussain Ather, un étudiant d’un collègue américain (Matthew Hahn, mentionné ici), vient de rendre disponible sur github un programme Python rigolo qui reproduit PacMan mais en version biologie moléculaire : on mange de l’ARN, et on fabrique des protéines.

https://github.com/HussainAther/dnapacman

Pour traduire l’ADN en protéines, il est en effet transcrit en ARN. Les nucléotides d’ADN sont A, C, G et T (comme dans « Bienvenue à GATACA »), alors que ceux de l’ARN sont A, C, G, U (donc « Bienvenue à GAUACA »). L’ARN peut alors être traduit en protéines, composé de 20 acides aminés. Pour faire correspondre 4 nucléotides à 20 acides aminés, il y a un code basé sur des triplets de nucléotides. En effet, 41 = 4, pas assez ; 42 = 16 pas assez ; 43 = 64, davantage que 20, cool. Ces triplets s’appellent « codons ». (Notez que ça veut dire qu’il y a plusieurs codons pour un même acide aminé.) Pour que la traduction démarre, il faut un codon « start », AUG (codé par ATG dans l’ADN), qui code pour l’acide aminé méthionine (symbole M). Il y a dans le code standard trois codons « stop », qui arrêtent la traduction.

code génétique de Wikipedia

code génétique standard (depuis Wikipedia)

Dans DNA-PacMan (qui à mon avis devrait s’appeler RNA-PacMan, mais passons), il faut donc se balader en mangeant des nucléotides, et dès qu’on a mangé un AUG on commence à fabriquer des acides aminés, jusqu’à manger un codon stop … ou se faire manger par un fantôme.

C’est un programme simple qu’il faut lancer directement avec Python, et les résultats s’affichent dans une console terminale. Ce qui accentue encore le coté geek. 😉

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3 réponses à “Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés !

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