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Réflexions personnelles sur les blogs, la science, le journalisme, le sens de la vie, tout ça

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Ces derniers mois mon activité de blog a été assez irrégulière, et marquée par des essais nouveaux et des périodes d’arrêt. Voici un rapide retour sur ces derniers mois, et mes réflexions sur l’activité de blog de science en français.

En octobre, j’ai tenté avec des collègues un exercice de dialogues entre scientifiques sur le thème très sensible des OGM. J’ai trouvé l’exercice très intéressant, mais il n’a eu finalement qu’assez peu d’écho malgré les nombreux commentaires (bilan ici, avec liens vers les dialogues). Notamment, aucun écho dans d’autres médias, sauf des tweets et commentaires de Pascal Lapointe de l’Agence Science Presse (Canada), toujours très présent et très interactif sur les médias sociaux.

En novembre, je me suis étonné que la « sélection de la semaine » du blog Passeur de sciences de Piere Barthélémy au Monde ne couvre aucun des sujets ayant agité la semaine très riche en évènements dans la communauté scientifique, notamment francophone. Je dois avouer ne pas avoir trouvé la réponse très constructive, et d’autres blogueurs scientifiques ont partagé ma réaction sur Twitter.

En janvier, j’ai tenté l’expérience d’un AMA (ask me anything) sur Reddit, sur les OGM. Expérience très amusante et intéressante.

En février, j’ai démarré un nouveau blog sur le site du magazine suisse L’Hebdo. Le magazine m’a ouvert ce blog en avril 2014. Par rapport à la discussion début 2014 sur les blogs de science, notamment sur la politique du Monde, L’Hebdo m’a donné d’excellentes conditions : pas de nombre ni de fréquence de billets minimum ou maximum, thèmes et ton libres. Pendant longtemps j’ai cru pouvoir démarrer un blog sans arrêter l’autre, puis comme j’ai vu que j’y arrivais pas, j’ai décidé d’essayer de passer à 100% sur L’Hebdo quelques temps. Bilan ? J’aimerais penser que j’ai un lectorat différent, mais je n’ai pas accès aux statistiques, et j’ai très peu de commentaires. Ce qui est moyen motivant finalement. Je pense garder ce blog-là actif, mais épisodiquement, pour par exemple répondre dès que j’aurais le temps au Nième épisode de mon dialogue infructueux avec Martial des Verts vaudois.

De plus, entre temps j’ai eu plusieurs discussions où j’ai appris que de plus en plus de gens considéraient le cafe-sciences comme un site de référence ; j’ai aussi vu que d’anciens billets à moi étaient cités dans des discussions en ligne des mois ou des années plus tard. Bref, j’ai l’impression que l’activité de blog telle que je l’ai développée ici est utile, et elle est certainement amusante.

Donc conclusion d’une première réflexion, sur l’articulation entre journalisme et blog de scientifique.Je ne vais pas faire davantage d’efforts pour aller vers les médias, et ne pas me prendre la tête sur le point de vue des journalistes. En tant que scientifique, je blogue, c’est disponible et trouvable pour qui cherche.

L’autre réflexion qui m’a retardé parfois dans mon activité de blog, c’est les OGM. J’ai beaucoup blogué là-dessus, et beaucoup sur plein d’autres sujets. Mais j’ai eu parfois le sentiment d’être catalogué comme « blogueur pro-OGM », et ça m’a bêtement géné. Je ne suis même pas généticien des plantes. D’un autre coté, l’actualité à l’interface sciences et société concerne souvent les OGM. Alors je me suis parfois retenu de bloguer pour ne pas bloguer trop sur les OGM. A la réflexion, c’est dommage. Il manque je trouve de voix scientifiques dans cette discussion. La discussion Reddit, ou les réactions au billet kidiscience sur les OGM m’ont fait réaliser que je suis content d’avoir écrit les billets que j’ai écrit. Et que doit m’importer l’image que cela peut donner de moi ? Donc s’il y a une actualité OGM, je la traiterais, ou s’il y a quelque chose que j’ai envie de dire. Et je ne ferais pas attention à la fréquence du sujet.

Un dernier point que la discussion sur les OGM a mis en avant pour moi est le rôle de l’anonymat ou de son absence. Je ne pourrais pas écrire comme je le fais si on ne savais pas qui j’étais, si on pouvais soupçonner à tout moment quelque intention ou agenda caché (voir les « révélations » bizarres sur Mediapart – pas de lien parce qu’à l’heure où j’écris soit ça n’est plus en ligne soit je n’y ai plus accès). Et c’est vrai au-delà des OGM. Je suis clair sur mes compétences et limites, mes intérêts, mes biais, et j’écris et je réponds en mon nom propre. Ceci n’est pas un conseil ou une critique pour les autres blogueurs, qui ont d’autres intentions ou d’autres contraintes, mais pour moi d’utiliser mon vrai nom est une liberté.

Conclusion de tout ça : je reviens. 🙂

Sans blogs, les erreurs dans les articles scientifiques restent masquées très longtemps

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Une petite suite à mon billet récent sur les critiques Twitter d’un article prestigieux. Aujourd’hui Lior Pachter (dont on a déjà parlé sur ce blog : les méthodes comptent, rififi chez les bioinformaticiens, écrire un mauvais article) a publié un nouveau billet. Dedans, il part d’un article publié récemment en preprint (version publique non encore publiée officiellement, voir ici), pour critiquer un article de 2004, de Kellis et al dans Nature (depuis Manolis Kellis est devenu un des poids lourds de la génomique). Dans Kellis et al 2004, les auteurs donnent une proportion de 95% de gènes dupliqués où seul l’un des deux évolue rapidement, et disent que c’est frappant (« striking ») et que ça soutient une hypothèse classique d’évolution des gènes dupliqués.

Lior met au défi ses lecteurs de déterminer la probabilité d’observer ce résultat : est-ce réellement frappant, ou au contraire attendu même si l’hypothèse est fausse ?

Et ce qui me frappe, moi, c’est un commentaire où Lior publie un email qu’il vient de recevoir. Un collègue anonyme lui envoie la lettre qu’il avait écrite au journal Nature à l’époque, en 2004. Laquelle lettre détaille le calcul de la probabilié associée, et montre que loin d’être frappant, le résultat invalide même légèrement l’hypothèse classique. Lettre que Nature a refusé de publier. Donc que personne n’a vu entre 2004 et 2015.

Pourquoi est-ce que ça me frappe ? Parce que ça montre une fois de plus qu’en l’absence de la communication scientifique informelle par les blogs et Twitter, le système a été vérouillé par quelques-uns, qui n’ont pas permis à la discussion scientifique d’avancer comme elle le devrait. Cette discussion ouverte, à laquelle participe également la publication open access / libre accès, est essentielle. Nous vivons une révolution pacifique et très positive, et il faut en être conscient et la soutenir.

Mise à jour : grosse discussion générée sur Twitter, avec intervention de l’excellent Alan Drummond entre autres (cliquez sur le Tweet pour voir les réponses). Et vive les médias sociaux en science.

 

Je suis vieux : changements dans la perception du risque

incroyable liste de citations sur le thème "c'était mieux avant" à lire en cliquant

incroyable liste de citations sur le thème « c’était mieux avant » à lire en cliquant

  • quand j’étais étudiant en licence (bachelor pour les suisses), si on osait suggérer à un collègue de ne pas fumer dans l’amphi pendant la pause entre cours, on se faisait vertement rabrouer.
  • on se serait fait tuer plutôt que de se ridiculiser avec un casque de vélo, surtout pour venir à la fac ; le genre de casque que je porte aujourd’hui et que portent la plupart des étudiants que je vois à vélo.
  • quand j’étais nettement plus jeune, il était très difficile pour un enfant d’obtenir une patisserie sans alcool dans une boulangerie-patisserie (mon expérience se limite au sud de la France) ; « il y en a juste un peu » disaient-il en me donnant des gateaux plein de je-ne-sais quelle liqueur (que je détestais et détectais immédiatement, beurk).
  • j’ai fait de longs voyages en avion avec une moitié de la cabine fumeurs, et un rideau pas vraiment efficace pour empêcher la fumée de traverser vers l’autre moitié.
  • et pendant mon adolescence les gens s’inquiétaient des conséquences dangereuses pour les jeunes des jeux de rôles papier-crayon-dé (pas d’ordinateur)…

Tout ceci pour dire que la perception du risque a bien changé, et souvent en mieux. Et que je suis vieux.

Editions précédentes d’un exercice similaire :

La pire note de mes études : 2/20 en physiologie végétale (si si) #myworstgrade

cliquez sur l'image : pédagogie !

cliquez sur l’image : pédagogie !

Y a un hashtage #myworstgrade qui circule sur Twitter, où des personnes ayant réussi en science disent quelle a été leur pire note.

Je dois maintenant l’avouer publiquement : j’ai une très mauvaise mémoire. Et bêtement, j’ai choisi biologie, avec plein de par cœur les premières années. Donc mes plus mauvaises notes étaient largement déconnectées de mon intérêt pour les matières, et largement liées au type d’examen : plus il fallait apprendre par cœur, plus je me plantais.

D’où un 2/20 lamentable en physiologie végétale en 2ème année de biologie, matière où contrairement à ce que le nom implique nous ne faisions qu’apprendre par cœur (ou échouer à apprendre par cœur) des séries de réactions chimiques se produisant dans les plantes.

Je n’en ai pas gardé rancune à la physiologie ni aux plantes, mais je ne pose jamais de questions de par cœur en examen…

Et le point important : j’ai survécu, j’ai continué en biologie, tada me voici. Curieusement les très bonnes notes en informatique et en anglais, qui semblaient anecdotiques quand je les ai eu en 3ème année, sont probablement les compétences m’ayant le plus servi. Comme quoi.

Donc : si avez une mauvaise note, ne vous jetez pas du haut d’un pont. Rappelez-vous, la science c’est cool.

C’est la rentrée, rappel de mes billets les plus lus de l’été

cliquez pour voir le conte d'été

cliquez pour voir le conte d’été

C’est la rentrée en France, une semaine après les vaudois, et je vois bien sur internet que ça redémarre de partout. Alors pour ceux qui ont raté l’actualité pendant leur tour de l’Arctique en solitaire à la rame, voici un rappel de mes billets les plus lus de cet été :

  1. Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne
  2. Mon index Kardashian est de 1.39
  3. Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école
  4. Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?
  5. Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste
  6. Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

Il semble qu’il se soit aussi passé des choses pas couvertes sur ce blog, mais je vous laisse trouver ça tout seuls.

Mon index Kardashian est de 1.39

famousLes chercheurs sont constamment évalués et comparés : pour avoir des postes, pour avoir des financements, pour être promus, etc. Comme lire tous les articles de quelqu’un c’est long et compliqué, et encore plus si on veut évaluer plein de gens de domaines différents, on invente plein d’indices numériques qui permettent d’évaluer à moindre effort les chercheurs. C’est bien sur plein de problèmes, comme comparer Picasso à van Gogh en fonction du nombre de tableaux peints et du prix cumulé qu’ils valent. (Voir discussions chez mysciencework, enroweb, Gaia universitas par exemples.)

Fin juilet, Neil Hall de l’Université de Liverpool, a publié un article parodique (mais dans un vrai journal, Genome Biology) proposant un « index de Kardashian ». Apparemment y a quelqu’un de ce nom qui est célèbre pour aucune bonne raison. L’indice est le rapport entre le nombre de citations des articles publiés par un chercheur, et son nombre de suiveurs sur Twitter. Il montre d’abord qu’il y a une corrélation entre les deux nombres :

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

Ensuite il propose que ceux dont le rapport est trop élevé, donc ont trop de suiveurs Twitter par rapport à leurs citations scientifiques, sont « trop célèbres ». L’indice doit être calculé en prenant son nombre de citations C qui permet de prédire un nombre de suiveurs Twitter « normal » d’après l’équation de régression de la figure ci-dessus, Fc. On fait ensuite le rapport du vrai nombre de suiveurs, Fa, sur Fc, et on obtient l’indice K. Pour moi ça donne :

C Fc Fa K index
629.5 874 1.39

Ouf, les « Kardashian » sont définis au-dessus de 5. C’est bien sur une blague, bien que comme souvent avec l’ironie il y ait eu des réactions au premier degré.

Une meilleure réaction à mon avis a été de noter que dans la figure ci-dessus, le cercle ne correspond pas bien au critère K > 5, et donc refaire cela proprement (lien). Et puis du coup plein de gens ont proposé d’autres index farfelus sur Twitter : #AlternateScienceMetrics, comme :

Il y a des best of bien sur, notamment j’aime bien celui-ci (voir aussi sur Salon.com).

Tout ça c’est bien beau, mais je me considérerais vraiment célèbre quand le site parodique The Science Web mettra mon nom dans un titre : Dan Graur considers career in science (voir ce billet).

Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

cliquez pour lire la BD (et lisez ce beau billet sur cette BD)

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Sur son blog Ecologie au Monde, Audrey Garric a écrit un très bon billet sur une théorie du complot franchement bizarre, les chemtrails. L’idée que les trainées d’eau condensée laissés par les avions seraient en fait des épandages de produits (chimiques !) visant à changer le climat, stériliser les gens, favoriser les cultures de Monsanto (jamais bien loin ceux-là on dirait ; mais où sont les francs-maçons ? tout se perd) (ah mais je suis rassuré, il y a un commentaire antisémite), et j’en passe. Pour une fenêtre dans la psychée complotiste non diluée, lisez les commentaires, au 2ème degré c’est assez distrayant (j’ai pas tout lu, on se lasse).

Où est-ce que je veux en venir ? Premièrement, souligner une caractéristique des théories du complot : le nombre de gens impliqués doit croître au fur et à mesure du temps qui passe et du développement de la théorie, ou de la prise en compte des limitations de la théorie d’origine. Or un bon complot a peu de comploteurs, et les chances que des milliers voire des millions de personnes disparates (généralement de pays, religions, opinions politiques, etc, différentes) participent toutes à un même complot sans qu’aucun de dévoile le pot aux roses, preuves à l’appui, est largement négligeable. Pour les chemtrails, on doit embrigader toutes les companies d’aviation civile, les armées de l’air de différents pays, les services de maintenance au sol, selon les variantes les personnels et dirigeants des companies pétrolières, etc.

C’est pareil pour toutes les théories du complot. Plus le temps passe, plus des gens raisonables et informés refusent de confirmer, plus ils doivent eux aussi être dans le complot. Ainsi, tout scientifique qui constate, comme Anne Glover (conseillère scientifique à la commission européenne, voir billet d’hier), et comme très récemment le physicien et grand vulgarisateur américain Neil deGrasse Tyson (information sur un site anti-créationiste pour le fun), que les OGM ne sont pas particulièrement dangereux, doit faire partie du complot Monsantiste (voir commentaires gratinés sur Neil deGrasse sur ce blog de généticien des plantes). Pareil pour le changement climatique, vous voyez un peu le nombre d’étudiants de thèse et de master à corrompre tous les ans ? (Attention, je ne dis pas qu’une erreur honnête ne peut pas concerner toute une communauté. On parle bien de complots ici.) Dans le cas de Neil deGrasse, il faut accepter en plus qu’il ait pris l’argent des industriels de droite sur les OGM, en le refusant sur le climat, mais pourquoi pas (voir ici).

Le deuxième point, c’est que les commentaires délirants sur le blog d’Audrey Garric, c’est ce que l’on obtient lorsque l’on baisse les barrières de la rationalité et de la demande raisonnée d’évidence. Tous ceux qui rejettent l’expertise scientifique pour une cause ou une autre, sur les OGM, le climat (voir ce billet), les vaccins (voir excellent Podcast science avec Nima de chez Sham), l’origine de l’humanité (retournez lire l’excellent blog Panda’s thumb), doivent se demander quels critères il leur reste pour rejeter l’irrationalité des autres. Comment nier l’évidence sur les OGM mais l’accepter sur le climat ? Comment refuser les vaccins mais rejetter les chemtrails ? Le seul critère est-il ce qui vous plaît ou vous est expédient à un moment donné ? (Voir ce tweet post-moderniste en réaction à mon billet d’hier.)

Alors c’est facile de se moquer des conspirations qui ne vous plaisent pas, mais il faut être vigilant à ne pas accepter par paresse intellectuelle les conspirations qui nous attirent ou nous arrangent.

Redif : Diversité du peer review

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser des billets de mon ancien blog. Après celui sur les statistiques, une explication des différentes formes de l’expertise par les pairs pour publication scientifique (peer review) (billet d’origine sur le vieux blog). Je l’ai un peu mis à jour.

Je me suis rendu compte lors d’une discussion sur Futura-Sciences, que la façon dont la publication scientifique fonctionne n’est pas claire pour beaucoup de personnes hors de notre tour d’ivoire. Voici donc un petit tour d’horizon, du point de vue d’un bioinformaticien.

Le modèle le plus classique est celui du journal spécialisé visant une certaine qualité. Les étapes sont alors les suivantes :

  1. Le manuscrit est reçu par un éditeur, qui est un spécialiste du domaine. Celui-ci juge s’il s’agit du type d’articles que son journal publie (domaine adéquat, écrit en anglais scientifique compréhensible). Si non, tcho. Si oui, étape suivante. Selon les journaux, entre 5% et plus de 50% des articles peuvent être rejetés à cette étape. Surtout que nombre d’éditeurs incluent dans leurs critères que le manuscrit promet de résoudre une question suffisamment importante pour leur super-duper-journal.
  2. L’éditeur choisit des experts, auxquels il envoie le manuscrit, sans masquer les auteurs. Les experts renvoient des rapports sur la qualité du manuscrit et son adéquation au journal.
  3. L’éditeur se base sur les rapports de experts pour prendre une décision. En général, le choix est : accepté tel quel (rare), accepté après changements mineurs (les experts n’auront pas besoin de re-juger), changements majeurs demandés (les experts devront rejuger, ça peut encore être accepté ou refusé après cela), ou rejeté.
  4. Les auteurs reçoivent la décision de l’éditeur accompagné des rapports anonymes des experts. Ils peuvent faire appel.

Plein de problèmes, dont le plus évident est l’asymmétrie entre les experts qui connaissent les auteurs (ce qui peut biaiser leur jugement), et les auteurs qui ne connaissent pas les experts (qui peuvent donc être salauds sans risque). Je suis personnellement favorable au double anonymat, mais c’est très rare que ce soit fait. Autre problème, l’éditeur est finalement seul maître à bord (un peu comme un arbitre dans un stade), et s’il est injuste ou incompétent c’est dommage. Heureusement il existe plein de journaux scientifiques spécialisés, donc généralement à ce niveau-là on peut s’en sortir.

Première variante, le journal méga-super-connu, typiquement Nature ou Science. A toutes les étapes, une évaluation de l’importance de la contribution est plus importante que la qualité du travail lui-même. C’est un peu la première page du Monde. C’est bien si c’est correct, mais il faut aussi que ça intéresse beaucoup de monde tout en respectant l’image plus ou moins sérieuse du journal. Le problème, c’est que les critères sont très discutables. De plus, les problèmes classiques sont amplifiés par l’importance qu’une publication dans ces journaux peut avoir pour une carrière, et le niveau de compétition correspondant. Finalement, une grosse différence est que les éditeurs sont des professionnels qui ont généralement une formation scientifique, mais ne travaillent pas comme chercheurs depuis des années. Alors que les éditeurs des journaux de spécialité sont censés être les meilleurs dans leur domaine, ceux-ci sont plutôt des personnes qui changé de métier parce qu’elles n’aimaient pas la carrière de chercheur.

Ces deux variantes existent depuis longtemps, mais avec Internet d’autres apparaissent.

D’abord, ArXiv, dont on a déjà parlé. Pas d’experts, et des éditeurs qui s’assurent juste que c’est plus ou moins scientifique. Le problème, c’est qu’on n’a aucun critère de qualité. Le bon grain et l’ivraie se couchent avec l’agneau et le lion. Ou quelque chose comme ça.

Ensuite, Biology Direct. Les auteurs reçoivent les rapports des experts non anonymes. Ce sont les auteurs qui décident de la suite à donner (changements ou pas, publier ou pas). Si les auteurs décident de publier, c’est fait, accompagné des commentaires (toujours non anonymes) des experts. Une idée qui paraît attirante, mais marche très mal en pratique. Les bons auteurs auront des scrupules à publier leur papier, les mauvais, non. Les chercheurs connus feront des critiques fortes, les chercheurs en début de carrière seront beaucoup plus hésitants.

Un modèle qui a un très fort succès, exemplifié par PLoS One, est de supprimer totalement les critères de pertinence et de significativité de l’avancée scientifique (depuis le billet d’origine, je suis devenu éditeur et j’en ai reparlé sur le blog, par exemple ici). Tout ce qui est correct et n’est pas totalement redondant avec des résultats précédemment publiés doit être publié. PLoS One est devenu le journal qui publie le plus d’articles scientifique par an, et a notamment une bonne réputation en recherche médicale. Curieusement, de nombreux collègues restent persuadés qu’il n’y a pas d’experts (il y en a, pareil que dans la formule classique), et que c’est un journal poubelle. C’est vrai que beaucoup d’articles de faible intérêt y sont publiés, mais aussi de très bons articles, parfois parce les auteurs voulaient publier vite sans s’embéter à se battre avec les éditeurs de grands journaux, parfois parce qu’il n’existait pas de journal de spécialité correspondant (pour de la recherche interdisciplinaire).

Un modèle récent est celui de Frontiers, une nouvelle série de journaux sur internet. Les experts et les auteurs dialoguent à travers un système anonyme, jusqu’à trouver un accord sur la publication ou pas de l’article, éventuellement après modifications. Cela rappelle un système qui existe pour certaines conférences d’informatique, mais où ce sont seulement les experts qui doivent discuter entre eux, de manière non anynome ; ça évite au moins l’éditeur seul maître après Dieu (et quand on connaît le rôle de Dieu en science…).

Après ce tour d’horizon des mille et une recettes, qui vous valent à coup sûr les honneurs des gazettes…

Remarque intéressante lue dans les commentaires de Slashdot :

The peer review process isn’t about catching fabricated data, but about editorial quality. It may not be obvious that the two are different, but they are. 

L’expertise ne vise pas à déterminer les données falsifiées, mais à vérifier la qualité éditoriale. La différence peut paraître minime, mais elle existe.

En effet, les experts sauf accident (genre les données ont l’air très suspectes) doivent donner le bénéfice du doute aux auteurs, et supposer que le travail a été fait honnêtement. La question principale est donc de savoir si le travail a été fait de manière compétente ou non. La fraude peut être détectée, mais rarement par l’expertise par les pairs.

Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne

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Un ensemble de groupes de pression a écrit une lettre ouverte à Jean-Claude Juncker, président élu de la commission européenne, pour lui demander de supprimer le poste de conseiller scientifique (Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission).

Les problèmes ?

  • D’autres groupes, aux intérêts opposés, soutiennent ce poste.
  • Le poste concentrerait trop de pouvoir sur une personne.
  • Les conseils et le mode opératoire du conseiller est insuffisamment transparent.
  • Le conseiller a donné des avis basés sur la litérature scientifique qui vont en sens contraire de ce que ces groupes de pression veulent entendre.

Il est clair que cette demande est inacceptable pour moi en tant que scientifique, et heureusement une organisation, Sense about science, a réagi rapidement avec une lettre ouverte très claire.

Il me paraît évident que la plupart des points cités ci-dessus sont des excuses, et que ce qui gène ces groupes c’est que le conseiller scientifique donne des avis basés sur la litérature scientifique, et non sur leurs intérêts partisans. Sinon ils demanderaient juste de légères modifications dans le fonctionnement du poste. Mais voilà, la science ça refuse de tenir une ligne idéologique ou économique cohérente, mais ça décrit le monde tel qu’il est, et ça visiblement ça gène.

Bas les masques : les signataires de cette lettre sont anti-science.

La lettre ouverte demandant de supprimer le poste :

The position of Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission

La lettre ouverte de scientifiques demandant le maintien du poste :

Scientific scrutiny in Europe is essential

(Mise à jour : dans un commentaire, Enro nous signale que l’organisation Sense about science ayant organisé cette deuxième lettre est assez suspecte et politisée. Ach so.)

Il y aurait beaucoup à écrire sur le sujet, mais je n’ai pas le temps. Si vous commentez, merci de noter que j’ai des centaines de spams, et pas le temps de les regarder, alors contactez-moi par Twitter si votre commentaire n’apparaît pas au bout de 24h.

Mise à jour : pour le contexte, voir notamment l’excellent billet sur les « marchands de doute » d’Alexandre Moati.

Suite et éclaircissements dans un billet suivant.

Mise à jour de novembre : le poste a bien été supprimé.

Petit entretien sur la publication libre accès #openaccess

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Ceci est la transcription d’un entretien fait pour le magazine Allez savoir ! de l’Université de Lausanne, pour un article à paraître en septembre 2014. Je remercie David Spring de Allez Savoir ! de m’avoir permis de le publier ici. J’ai juste ajouté quelques liens.

En quoi consiste votre travail d’éditeur scientifique de la revue PLOS ONE ?

Cette activité n’est pas spécifique au fait que le titre est en open access (OA) : le travail est le même partout. Je reçois, de la part de PLOS ONE, un article soumis par un groupe de chercheurs et je me pose une série de questions comme par exemple : le « papier » est-il pertinent ? Les méthodes employées sont-elles correctes ? Les résultats sont-ils frappants ? A-t-il sa place dans la revue ? Je déniche ensuite des scientifiques du domaine traité afin de leur confier la peer review. Ils se trouvent soit dans mes contacts personnels, ou se repèrent grâce à un outil de recherche de spécialistes comme Jane ou encore sur suggestion des auteurs. Je centralise ensuite les remarques faites par les pairs et j’en donne un résumé aux auteurs. L’éditeur décide quels commentaires doivent être pris en compte ou pas. Le document fait ensuite plusieurs allers et retours. Tous les cas de figure surviennent, des changements légers aux modifications importantes. Ensuite, quand les corrections demandées ont été faites, le « papier » est mis en ligne très rapidement. Au moins de juin, PLOS ONE a dépassé les 100 000 articles.

Quelle est votre motivation ? Ce travail est bénévole !

Nous sommes des milliers d’éditeurs volontaires pour PLOS ONE. Je le fais par sens du devoir et pour animer la communauté. C’est nécessaire pour qu’elle vive, tout comme la réalisation de peer reviews ou l’organisation de conférences. Il faut dire également que figurer parmi les éditeurs d’un titre implique une certaine reconnaissance de la part des collègues, qui vous font confiance. Prendre des responsabilités de ce genre est même attendu de votre part si vous visez des postes supérieurs dans la carrière académique.

Combien coûte à l’auteur une parution en OA?

D’après mon expérience personnelle, les prix naviguent entre $1000 et $3000 par article. Certains sont gratuits et d’autres plus chers : PLOS ONE demande $1350, ce qui est assez peu. Dans certains cas d’auteurs désargentés, la revue offre même la parution. Depuis peu, le Fonds national suisse (FNS) paie les frais de publications des auteurs dont il soutient les travaux financièrement.

Quels types d’OA trouve-t-on aujourd’hui ?

Par exemple, le modèle hybride. Il s’agit de revues qui fonctionnent sur le principe de l’abonnement, donc du lecteur-payeur. Mais les auteurs qui le souhaitent peuvent payer un supplément pour que leur article soit en OA… Cela donne un sommaire panaché, où certains papiers sont en lecture libre, et d’autres pas. Un business model disruptif a émergé : celui de PeerJ (biologie et médecine). Les auteurs paient une participation unique, au minimum de 99 $, ce qui leur donne le droit, annuellement, de publier un article mais les contraint à une peer review. Petite subtilité : tous les co-auteurs doivent avoir réglé leur cotisation. De manière plus générale, il ne faut pas croire que toutes les revues en OA ne poursuivent pas de but commercial. De même, certains titres qui ont opté pour le « lecteur payeur » n’ont pas de but lucratif. Tous les cas de figures existent.

Quel bénéfices le grand public peut-il attendre de la publication en OA ?

Notre société compte de nombreuses personnes qui possèdent une formation scientifique : des professeurs du secondaire, des ingénieurs, des médecins. Ils peuvent lire les articles parus dans les revues.

Pour les enseignants, c’est une perte que de ne pas y avoir accès pour des raisons de coûts. Quand ils voient dans les news qu’on a trouvé un nouveau dinosaure, ou qu’on parle des OGM ou du réchauffement, ils devraient pouvoir utiliser la littérature scientifique. Pour moi, un véritable OA propose du contenu sous licence « creative commons », que l’on peut réutiliser et proposer au téléchargement. Je parle de cartes, de graphiques qui enrichissent les cours.

Pensez également à des patients atteints de maladies graves ou chroniques, et aux associations qui les représentent. S’ils entendent parler de nouveaux travaux, voire d’un traitement potentiel, ils devraient pouvoir accéder aux informations qui les concernent…

Mais les articles sont compliqués à lire pour des profanes ?

Ne sous-estimez pas la motivation de personnes dont la vie est concernée. En auto-formation, on peut apprendre beaucoup. Et il est toujours possible de soumettre l’article à son médecin pour avoir des informations. De manière générale, les débats de société, que ce soit au sujet de la mort des abeilles, du changement climatique, des perturbateurs endocriniens ou même du créationnisme sortiraient enrichis d’un accès plus large aux travaux des chercheurs. Les militants, les industriels et les journalistes seraient les premiers intéressés, mais tout le monde est concerné. Chaque personne qui souhaite accéder à l’information doit pouvoir le faire. Quand vous devez payer un « papier » avec votre carte de crédit et que vous vous rendez compte en ouvrant le pdf qu’il est inintéressant ou illisible, vous avez perdu de l’argent et vous ne pouvez pas le rendre au fournisseur !

Quels sont vos collègues qui bénéficient de l’OA ?

Le coût des abonnements empêche les chercheurs africains, par exemple, d’accéder à la recherche. Mais c’est également valable pour les pays européens en difficulté économique, comme la Grèce ou le Portugal. C’est un cercle vicieux : pas de connaissance, pas d’innovation, pas de start-ups, pas d’emplois… Les tenants du modèle traditionnel tentent de contrer cet argument en disant qu’il faut payer pour publier dans l’OA, et que c’est un problème aussi. Mais d’abord, un scientifique lit beaucoup plus qu’il ne publie. Ensuite, si vous n’avez pas lu les travaux des spécialistes de votre domaine, vous ne pouvez jamais faire de la bonne science et en arriver au stade de la soumission d’un article. Il vaut clairement mieux payer pour publier que pour lire !

Pourquoi le modèle traditionnel du lecteur-payeur existe-t-il encore ?

C’est l’inertie du système. Pourquoi les maisons de disques existent-elles encore à l’heure d’iTunes ? Il faut prendre en compte la question du prestige cumulé avec les années de revues comme Nature. Un nouveau venu, en OA, ne l’aura pas avant un moment. Toutefois, PLOS Biology et PLOS Medicine font concurrence à de très bons titres, ce qui prouve qu’un changement de mentalité est possible. Le moyen le plus efficace de faire bouger les choses rapidement, c’est quand les organismes qui financent la recherche, comme le Wellcome Trust en Grande-Bretagne, soutiennent la démarche et contraignent à publier en OA. C’est d’ailleurs une bonne chose pour la recherche elle-même, qui circule davantage quand elle est librement accessible ! Enfin, le piège des abonnements réside dans le fait que leurs coûts sont payés par les bibliothèques et les universités sans que les scientifiques ne les voient passer (ils sont même confidentiels !), alors qu’une publication en OA tombe sur le budget du chercheur lui-même…

Il y a un décalage entre les intérêts général et particulier…

Chaque chercheur a en effet intérêt à progresser dans sa carrière grâce à des parutions dans des titres prestigieux. S’ils publient dans une revue OA, c’est bien souvent sans faire exprès… Même si je fait l’effort de ne publier qu’en OA*, je n’applique pas forcémen cette politique à mes doctorants, qui doivent partir dans la nature munis d’un bon CV.

* ces dernières années.

Que pensez-vous des serveurs institutionnels comme Serval, mis à disposition des chercheurs de l’UNIL et du CHUV par la Bibliothèque cantonale et universitaire de Lausanne ?

En soi, c’est une bonne chose. Mais pour moi, l’OA green road que permet Serval, c’est à dire la publication dans une revue traditionnelle et le stockage local de l’article, ce n’est pas un véritable open access…

… Pourquoi ?

Parce que les éditeurs ne permettent de loin pas toujours de mettre à disposition la toute dernière version du « papier ». Le site Sherpa/Romeo liste les différentes exigences juridiques. Cela pose deux problèmes. Mettre à disposition un article dans sa version originale, c’est à dire avant l’évaluation par les pairs, implique un manque de contrôle et un risque d’erreurs. Ensuite, cela signifie que deux versions du document circulent ce qui provoque une confusion au moment où quelqu’un va vouloir le citer dans un nouvel recherche: duquel va-t-on parler ?