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La famille de Henrietta Lacks est d’accord pour qu’on utilise le génome HeLa, ce qui pose de nouvelles questions

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On a parlé précédemment du séquençage du génome HeLa, qui était à la fois très utile parce qu’il s’agit de cellules très utilisées en biologie moléculaire, génomique, et recherche biomédicale (plus de 76’000 articles publiés), et à la fois problématique éthiquement parce que ces cellules sont dérivées d’une patiente noire américaine dans les années 1950 sans autorisation ni consultation éthique. Conséquence de cette situation, le génome des cellules HeLa a été séquencé, mais la séquence a été retirée des bases de données pendant une discussion avec la famille. Laquelle discussion a maintenant abouti.

A noter qu’entre temps une deuxième version du génome, plus détaillée, a été obtenue et soumise à Nature ; elle vient d’être publiée. Et je cite du commentaire de Nature :

The paper’s reviewers did not raise privacy concerns before recommending it for publication; nor did Nature.

Comme cette deuxième séquence est de meilleure qualité, ils ont pu trouver l’origine probable de la tumeur, une intégration d’un virus dans le génome.

Les données ne sont pas publiquement disponibles, comme c’est normalement le cas pour toutes les données génomiques ayant fait l’objet de publications scientifiques, mais sont disponibles sur demande par des chercheurs devant justifier pourquoi ils en ont besoin, et devant ensuite rendre des comptes sur l’usage qui en est fait. Deux membres de la famille d’Henrietta Lacks font partie du comité qui va évaluer les demandes.

Comme le fait remarquer un responsable de bioéthique, on ne va pas pouvoir faire cela pour chaque famille dans laquelle un génome est séquencé. Le directeur du NIH (qui finance la recherche biomédicale américaine), Francis Collins, a d’ailleurs déclaré que ce cas restera unique. Mais comme noté dans l’article du New York Times, il faut que les personnes dont les tissues ou les génomes seront utilisés dans de futures études sur le cancer se sentent confiantes qu’elles seront prises en compte.

Certains collègues sont mécontents de cet arrangement, parce que cela ajoute encore des règles à une recherche que certains resentent déjà comme sur-régulée (par exemple sur ce blog). Plus pertinent à mon sens, Michael Eisen pose quelques bonnes questions sur son blog :

  • Quand et dans quelles conditions est-ce que les héritiers de quelqu’un doivent pouvoir décider de l’usage des données ? Et s’ils ne sont pas d’accord ? Est-ce limité aux héritiers légaux, ou à tous ceux qui partagent une proportion significative (combien ?) du génome (un cousin vaut un petit-enfant) ?
  • Quand quelqu’un donne son accord pour l’utilisation d’échantillons, il y a souvent une condition permettant de retirer le consentement apparemment. Est-ce que les héritiers peuvent aussi retirer le consentement, et jusque quand ?
  • Une partie du problème avec les HeLa est qu’elles ne sont pas anonymes. Mais il est possible de retrouver la famille et parfois l’individu probable d’origine d’une séquence d’ADN déjà. L’anonymat en génomique comme sur internet devient de plus en plus difficile à mettre en oeuvre.

Michael Eisen fait remarquer très justement à mon sens que nos sociétés sont baties autour de la liberté et de la responsabilité individuelles, mais en génomique (et en génétique d’ailleurs) cette individualité perd son sens. Toute décision que vous prenez concernant vos données génomiques affecte tous ceux qui vous sont apparentés de manière proche.

C’est en quelque sorte un aspect du « village planétaire« . En plus des aspects prévus, on a la perte de vie privée, les voisins qui vous regardent et les ragots. En version génome + internet. Mais où va-t-on, je vous le demande ?

Redif : Génétique médicale : plus c’est gros, moins c’est beau

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser quelques vieux billets. Voici un de janvier 2012 (original sur blogspot) :

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Sur l’excellent blog Genomes Unzipped, plusieurs scientifiques des génomes (génomiciens ?) ont eu une discussion d’un effet curieux et intéressant de génétique médicale et surtout psychiatrique. Il n’y a pas si longtemps, ces études se basaient sur des échantillons tout petits, pour des raisons pratiques. Et il se publiait régulièrement des corrélations très fortes entre gènes (ou plutôt variants génomiques) et maladies psychiatriques. Plus les tailles d’échantillons ont augmenté, grâce aux progrès techniques, et plus les effets sont devenus faibles, jusqu’à être non significatifs dans toutes les études sérieuses récentes. Le graphe ci-dessous montre cet effet, avec des effets très fortement positifs ou négatifs pour les petits échantillons à gauche, et des effets presque nuls (rapport de 1 pour la fréquence de symptômes entre personnes avec et sans une mutation) pour les gros échantillons à droite.

L’explication est corrélée (haha) à celle traitée dans un billet récent pour Google correlate. Les études petites ont une forte variance (il y a beaucoup d’erreur sur la mesure), et on en fait beaucoup de ces études. A force d’essayer de tout corréler avec un symptôme, il sort des corrélations fausses positives, qui semblent fortes mais ne reflètent aucune relation causale sous-jacente. Dans les études récentes, on fait peu d’études mais à grande échelle, où le bruit aléatoire est minimisé. On voit alors le vrai signal, à savoir qu’il n’y en a presque pas.

Comme le disent les collègues, les petites études se comportent comme des générateurs aléatoires de résultats, lorsqu’il n’y a pas d’effet fort à détecter.

Par exemple, en 1992 une mutation du gène ACE a été trouvée qui augmentait les chances d’attaque cardiaque d’un facteur 3. Mais les études suivantes ont échoué à reproduire le résultat, tandis que le même gène se retrouvait dans plein d’autres études supposément lié à toutes sortes de pathologies. Ce gène était apparu sur le radar par hasard au début, et ensuite tout le monde l’a étudié. Les résultat négatifs (probablement plein, va savoir) n’ont pas été publiés, les résultats (faux) positifs, si. Avec le recul, ACE ne semble pas jouer de rôle particulier dans les attaques cardiaques.

Ce qui motive les collègues de Genomes Unzipped, c’est une étude récente qui fait comme si 20 ans d’expérience ne s’étaient pas accumulés, et rapporte un lien entre la « prosocialité » et un gène très étudié (récepteur à l’oxytocine), sur la base de 23 personnes. Pourtant, des études à large échelle (5117 personnes, 1’252’387 marqueurs génétiques) montrent qu’on ne trouve avec les données présentes aucun lien entre personnalité et gènes.

Les Genomes Unzipped boys ne jettent pas le bébé avec l’eau du bain, mais notent que les liens qui existent probablement entre génétique et traits complexes, tels que la personnalité, demanderont des études très larges pour être établis, étant donné que ce sont des effets faibles (et probablement avec des interactions complexes entre gènes, mais c’est une autre histoire).

Le blog de Nature montre que le même phénomène peut affecter des tests génétiques qui sont d’ores et déjà approuvés et commercialisés : le test pour CYP2C19 est approuvé par la FDA, pour déterminer quel traitement utiliser pour des maladies cardiovasculaires. Dans une méta-analyse (analyse combinée de plein d’études précédentes) avec 42’016 patients et 32 études, il n’y a aucun lien entre le gène et le médicament ! Je cite :

While there initially appeared to be a relationship, there was evidence it was biased by the small size of studies. When analysis was restricted to larger studies the association disappeared.

Je finirais en notant, en dehors de la génétique, que les faux positifs sont aussi un problème pour les tests HIV conduits sur le terrain en Afrique. Comme quoi comprendre les statistiques et le design expérimental peut être vraiment important.

Réflexions sur le blog SciLog de J.J. Kupiec et le hasard en biologie

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Cliquez sur l’image (suis-je le rat ? le rat me lit-il ? sommes-nous tous le rat de quelqu’un ?)

Il y a un nouvel arrivant dans le (trop petit) monde des blogs scientifiques francophones : SciLogs.fr, déclinaison française d’une plateforme internationale dépendant de Pour la Science (déclinaison française de Scientific American). Dans les premiers billets de ces blogs, il y en avait un de JJ Kupiec sur le rôle du hasard en biologie moléculaire et les conséquences pour la possibilité de synthétiser le vivant. Ce billet pour moi pose aussi la question du rôle des blogs en science.

Kupiec aime mettre « en avant le caractère foncièrement stochastique du fonctionnement interne des êtres vivants ». Là où ça devient étrange c’est qu’il affirme qu’il y a quelques années cela était « quasi hérétique ». Et il ajoute :

On suppose actuellement que chez un être vivant, l’ordre macroscopique, c’est-à-dire ce qui passe à notre niveau, provient d’un ordre microscopique. Les molécules, protéines et séquences d’ADN, principalement, interagissent de manière séquentielle de manière toujours identique, en formant des cascades d’interactions desquelles tout hasard est exclu.

Cette citation m’a choqué, parce qu’ayant étudié la biologie moléculaire entre 1988 et 1992, et étant depuis resté en recherche à l’interface biologie moléculaire – évolution – informatique, je ne reconnais rien de cette description. J’ai appris que les interactions moléculaires ont une composante aléatoire importante, et je n’ai jamais vécu ni entendu un supposé dogme de l’absence de hasard en biologie.

La biologie moléculaire dans ses détails est de la chimie, avec deux spécificités : des molécules souvent très grosses et complexes, et surtout pour ce qui nous concerne très peu d’exemplaires de chaque molécule. Quand on prend une réaction chimique typique, on a des nombres énormes de chaque molécule entrant en jeu. Ceux qui ont eu des cours de chimie se rappellent peut-être d’avoir raisonné en « moles ». Une mole c’est 6×1023 machins (molécules d’habitude). Ces nombres énormes permettent d’énoncer des lois statistiques très fiables concernant par exemple la vitesse d’une réaction ou les concentrations à l’équilibre (ça dépend surtout de la concentration en fait). Dans chaque cellule vous avez quatre molécules correspondant à chaque type d’ADN (par exemple pour un gène donné). Donc quand une protéine se lie à un site donné d’ADN, le rôle du hasard moléculaire (qui tient davantage de la physique que de la chimie à ce point) est moins visible comme une moyenne statistique type « gaz parfait » que comme le résultat de quelques lancers de dé. Mais (il y a un mais) en biologie on n’a pas beaucoup de molécules par cellule, mais on a beaucoup de cellules ! (1013 cellules humaines et 1014 cellules bactériennes environ dans notre corps.) Donc c’est pas Avogadro mais ça commence à moyenner. Du coup on a tendance à voir ces phénomènes stochastiques (ça veut dire au hasard) comme des phénomènes statistiques, des équilibres par exemple entre attachement-détachement de deux molécules.

Kupiec et moi avons eu un dialogue dans les commentaires de son blog [note de 2017 : de nombreux commentaires dont les miens et ceux de Nicolas Le Novère semblent avoir disparu !], où sont aussi intervenus deux spécialistes de la modélisation en biologie, Nicolas Le Novère, et Tom Roud. Je vous invite à lire cet échange.

Je veux revenir d’abord sur un point important soulevé par Nicolas : on savait que le hasard jouait un rôle, mais on le prenait peu en compte dans nos modèles. En effet, notre modélisation du vivant s’améliore au fur et à mesure que nous progressons dans nos méthodes expérimentales et mathématiques. Et logiquement, plus on veut étudier les choses à des niveaux détaillés (peu de cellules ou peu de temps), plus la stochasticité joue un rôle important. Mais dire qu’il y a eu un dogme niant le hasard, dire que la biologie des systèmes ou la biologie synthétique se font en fermant les yeux sur ses effets destructeurs, je suis désolé mais c’est faux (d’ailleurs aucune citation de Kupiec pour le soutenir malgré mes requêtes). On est tous conscients que nos modèles sont insuffisants, ce qui est pourquoi on travaille à les améliorer, les affiner, déterminer leurs zones d’application et les zones où ils ne s’appliquent pas ou mal. Par exemple les modèles de biologie des systèmes récents prennent explicitement en compte la stochasticité, et il y a une vague de « single cell genomics » qui s’occupe essentiellement de la quantifier pour des phénomènes tels que l’expression des gènes dont parle Kupiec.

Puis je vais passer pour un gros snob raleur là, mais les gens qui se la jouent génie incompris qui révolutionne la science je me méfie (la productivité de M. Kupiec hors blogs : PubMed, Google Scholar). Faut lire les commentaires quand il est interviewé sur {Sciences2} concernant ENCODE, c’est assez intéressant (l’interview aussi fait génie méconnu ; et je vois ailleurs dans {Sciences2} qu’il a inventé le terme ontophylogénèse, l’invention de mots étant typique du génie méconnu). Alors si on veut révolutionner la biologie, j’ai un conseil, c’est de faire des expériences ou des modèles meilleurs que les autres et de les publier. Peut-être que JJ Kupiec a parlé de stochasticité de l’expression avant les autres, mais je doute que personne n’y ait pensé, et ce qui est important en sciences c’est ce qu’on fait d’une idée. D’autres que Kupiec développent des modèles mathématiques et des expériences pour quantifier cette stochasticité, et c’est ça qui est important.

Autant je me réjouis de voir une nouvelle plateforme de blog scientifiques francophones, autant je recommende à mes collègues de blogger, autant je ne pense pas que de renforcer la perception déjà trop répandue d’un establishment scientifique conservateur écrasant des Galilée par centaines soit très constructif, ni de présenter une version faussée de l’histoire et de l’état de sa discipline pour se mettre en avant. Je suis bien en peine de voir ce que le billet de Kupiec apporte à la compréhension de la biologie ou de la science au public.

Je note pour finir que la plupart des nouveaux blogs de Scilogs ont commencé par expliquer des trucs intéressants ! Je recommande notamment Best of bestioles et Intelligence mécanique. 🙂

(Billet retardé par la semaine OGM et autres évènements, mais voici.)

Notes sur ma semaine en sciences

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Je commence une nouvelle formule : il y a régulièrement des choses que j’apprends ou que je vois dans ma semaine de travail, qui feraient de bons billets de blog mais que je n’aurais pas le temps de développer, ou qui seraient juste sympa à partager rapidement avec un public plus large mais sans faire un billet.

Je vais donc essayer de partager des notes rapides plus ou moins tous les vendredis. Les billets plus consistents, qui étaient généralement le vendredi, paraîtront dorénavant le lundi. On va voir si j’arrive à tenir. A noter qu’il risque d’y avoir une part de redondance avec mon fil Twitter, mais ici je ne suis pas limité à 140 caractères et ce sera tout en français. Par rapport aux billets habituels du blog, je vais aussi mettre ici des infos sur la vie du labo : nos articles, nos financements, les conférences, etc.

Voici donc la première de cette séries de notes (un peu longue parce que j’ai des trucs de la semaine d’avant aussi).

  • Des chercheurs qui travaillent sur les phéromones de papillon ont mis en données supplémentaires une super BD originale qui illustre leurs résultats : http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1003620#s5. Mon sup data préféré précdent était la « Amphioxus Song » inclue avec le génome d’amphioxus (où je suis co-auteur mais ça n’est pas moi qui ait mis la chanson) : www.nature.com/nature/journal/v453/n7198/suppinfo/nature06967.html
  • Quand on donne de l’alcool à des mouches mâles, elles cherchent à s’accoupler avec tout ce qui bouge, mais leur taux de succès auprès des femelles diminue (entendu dans un séminaire, je n’ai pas la ref). Toute ressemblance avec d’autres espèces…
  • Les illustrations du séminaire anti-ENCODE de Dan Graur (voir ce billet) sont en ligne et sont très droles (humour bio-geek) : twileshare.com/askq
  • J’ai écrit sur mon blog en anglais une explication de « l’histoire derrière le papier » pour un article récent de mon groupe : Story behind the paper: The hourglass and the early conservation models – co-existing evolutionary patterns in vertebrate development.
  • Découvert via un article dans The Scientist une base de données de stockage et analyse simple de profils métaboliques (composés chimiques dans un mélange complexe comme notre sang), avec comme exemples de démo la comparaison Coca-Cola / Pepsi, et la comparaison de deux bières. La base de données est gratuite mais il faut créer un login : xcmsonline.scripps.edu
  • Un prof d’informatique propose un système centralisé pour déposer et maintenir le code informatique pour que les expériences computationnelles sont reproductibles pour toujours : son billet de blog, son site recomputation.org, et un précédent billet à moi sur le sujet. Voir aussi l’excellente tribune dans Le Monde de nos collègues du C@fé.
  • Un étudiant m’a demandé des recommendations de livres pour commencer la bioinformatique. Voici mes préférés (je n’ai pas acheté de livres récemment, donc ça date un petit peu, mais une recherche web retrouve toujours le livre de Mount de 2004 comme un favori de bcp de gens) : Bioinformatics and molecular evolution, Paul G. Higgs and Teresa K. Attwood (ISBN 1405106832) ; Bioinformatics: sequence and genome analysis, David W. Mount (ISBN 0879697121) ; Building Bioinformatics Solutions with Perl, R and MySQL, Conrad Bessant, Ian Shadforth, and Darren Oakley (ISBN 978-0-19-923023-5).
  • Quelqu’un a enfin fait le test de « fonction » d’ADN aléatoire ! Il faudra que je revienne dessus. Billet de blog au Finch & Pea, article dans PNAS, mon billet précédent sur le sujet. Mais quand même vous voyez comme c’est cool la science, on se dispute, on fait une nouvelle expérience pour tester qui a raison, et on avance ! Presque comme des adultes.
  • Bilan de ma semaine OGM : l’important ça n’est pas de comprendre la biologie, l’important ça n’est pas de sauver des vies, l’important ça n’est pas de préserver l’environnement, l’important c’est d’écrire des titres de billets respectueux et polis que personne ne lira (et surtout ne jamais utiliser le mot « bobo »).

Réponses à quelques questions sur les #OGM, les bobos et la société industrielle

Franchement cette image n'a pas grand chose à voir mais elle me fait plaisir.

Franchement cette image n’a pas grand chose à voir mais elle me fait plaisir. Cliquez et explorez.

Il y a eu pas mal de discussion du billet Le Golden rice #OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas, dans les commentaires sur ce blog, et aussi sur le forum Linuxfr. Je vais essayer de répondre ici à quelques-uns des points soulevés.

Au fait, je recommende les réponses de Kaane (à partir d’ici) et de Lasher (ici) notamment sur le forum Linuxfr. Et je félicite les participants d’avoir pour l’essentiel évité le piège Monsanto. 🙂

  • Les points comme ceci vont représenter des paraphrases de questions posées souvent par plusieurs personnes de manières diverses.

Maintenant ça comme pour de vrai :

  • Le titre était tellement provoc qu’il faut pas s’attendre à une vraie discussion, d’ailleurs si je commence par insulter les gens à quoi est-ce que je m’attends ?

Alors oui le titre est provoc, c’est voulu, ça cadre effectivement le débat. Parce que quand même, les enfants qui meurent ils meurent pour de vrai.

Le terme « bobo » est-il insultant ? Je ne le pense pas perso, mais peut-être. Il me fallait un racourci pour montrer que ceux qui militent contre les OGM n’ont eux jamais connu la faim ni la malnutrition, et finalement le font d’une position assez privilégiée. Position privilégiée que je partage, soyons clairs. Mais moi au moins je ne lance pas des pétitions pour bloquer l’accès à des solutions dans le Tiers Monde.

Par ailleurs je ne trouve pas que l’article lui-même soit insultant, et il ne commence certainement pas par insulter puisqu’il commence par expliquer la science derrière la vitamine A et le riz OGM.

Et donc je veux bien utiliser un autre mot que bobo qui ne soit pas insultant mais décrive le bon concept. Mais je maintiens le choix d’être explicite sur cet aspect : militer contre tous les OGM y compris le Golden Rice consiste à militer contre un effort pour sauver des vies. Donc tout succès de ce militantisme a pour conséquence des vies pas sauvées, également appellées « morts ».

  • Question fréquente : mais pourquoi la solution doit-elle être un OGM ?

Premièrement, je me répète, mais personne ne dit que c’est LA solution. C’est une solution. Vous avez d’autres solutions qui marchent, lachez-vous, c’est certainement pas moi qui vous arrêterais.

Deuxièmement, le génie génétique est la technique la plus efficace et la plus puissante pour faire faire ce que l’on veut à une plante. Eh oui. On peut lancer un programme long de sélection de variétés des riz produisant de la vitamine A dans les graines. On avancera à l’aveuglette, en espérant y arriver, mais peut-être que ça ne marchera jamais. Il faut que la variation génétique le permettant soit déjà là (explication sur ce billet et celui-ci), ou alors que coup de bol monstre la bonne mutation apparaisse pendant le travail et qu’on la repère (quand une mutation apparaît la plupart du temps elle est cachée par l’autre copie non mutée du gène). Alors alternative, on peut bombarder les plantes avec des radiations ou des produits chimiques cancérigènes pour avoir plus de mutations. Non seulement c’est légal, mais y a pas besoin d’étiquetage ou de tests de sécurité, les organismes mutés artificiellement c’est même autorisé en « bio » dans la plupart des pays.

En tout état de cause, quand on va y arriver, si on y arrive, on aura obtenu des plantes qui porteront de manière fixée plein de mutations qu’on ne connaît pas. Si on n’a pas fait de mutagenèse, on aura appauvri énormément la variété génétique, et on aura fixé plein de mutations mauvaises pour la plante. Un peu comme les chiens de races extrêmes, qui ont la moitié de l’espérance de vie des chiens normaux (dits batards). Ou les vaches laitières ultra-productives, qui ont aussi plein de problèmes de santé. Si on a fait de la mutagenèse, en prime on aura plein de mutations au hasard dans le génome. Youpi.

Avec un OGM, on prends très exactement le gène de l’enzyme que l’on veut, on le met dans le génome sans rien toucher d’autre, et voilà. Le principal problème étant que les gens qui ne font pas de la biologie moléculaire (ça fait pas mal de monde somme toute) ne comprennent pas et ne font pas confiance.

  •  Alors y a plein de commentaires qui disent que c’est pas le vrai problème, qu’il faut s’occuper de la situation politique et économique, etc etc.

Je ne sais pas quoi répondre sans me répéter. C’est ce que j’ai couvert préventivement en partie dans le billet sur Monsanto, et surtout en traitant les arguments de Greenpeace dans le billet d’origine.

Je voudrais quand même rappeler qu’une partie du problème est qu’il y a des gens et des organisations qui bloquent activement une solution.

Le problème n’est pas (à ma connaissance) qu’il y ait des gens qui bloquent activement toute autre solution en disant que seule celle-ci est valide.

Donc à nouveau, allez-y, émigrez aux Philippines ou au Bengladesh et faites-y la révolution, ou restez ici et votez pour des candidats qui pronent le partage de tout par tous au niveau mondial, c’est pas comme si j’étais économiste pour vous dire que c’est des conneries. Mais de grâce morbleu, laissez vivre les autres, la vie est à peu près leur seul luxe ici-bas.

S’il y a un point précis pas traité, merci de le soulever dans les commentaires. Je n’ai pas forcément le temps de répondre aux longs discours qui ne soulèvent pas des points précis, désolé.

Mise à jour : je viens de voir un article de Greenpeace « Les OGM ne sont pas la solution pour éradiquer la faim dans le monde » dans Le Soir. Une fois de plus on a un faux choix. Qui a dit que c’est LA solution ? La question est, certains OGM peuvent-ils aider à résoudre au moins une partie du problème ?

Mise à jour 2 : article intéressant sur le manioc, avec un nouvel OGM et un point de vue contraire : swissinfo. Le pro-OGM, Hervé Vanderschuren, est un jeune chef d’équipe à Zurich (ETHZ) qui publie beaucoup et bien. L’anti-OGM, Hans Herren, est nettement moins jeune et semble faire plus de la politique (au bon sens du terme 😉 ) que de la recherche depuis pas mal d’années (poste actuel à la fondation Millenium) ; je n’ai pas réussi à trouver une bonne source pour voir tous ses papiers, mais il est membre de l’académie des sciences américaines et plein d’autres trucs prestigieux. A creuser.

C’est parti pour gacher de l’argent sur la réplication des expériences de #Seralini sur les #OGM

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Et voilà ! Comme prévu, on va détourner de l’argent public de la recherche utile pour répliquer à grands frais l’étude bidon de Séralini et al. L’Union Européenne Framework Program, qui finance essentiellement de la recherche appliquée en réseau entre pays européens (et apparentés), vient de publier un appel d’offres de 3 millions d’euros pour

« Two-year carcinogenicity rat feeding study with maize NK603« .

Notez comme c’est précis. Il ne s’agit pas d’étudier de manière générale l’impact de nouveaux produits alimentaires sur le long terme, ni de constuire de nouveaux protocoles de vérification des OGM, mais de reproduire l’étude précédente, on espère avec des contrôles adéquats et la publication des données.

Et qu’est-ce qui va se passer ?

Très probablement, on ne trouvera pas d’effet. Il n’y a aucune hypothèse mécaniste proposée pour qu’il y en ai un, et rien de semblable aux résultats de Séralini et al n’a été observé par ailleurs. Si c’est le cas (pas d’effet), les anti-OGM critiqueront l’étude comme biaisée, trouveront des liens entre les chercheurs et le concierge du frère d’un gars qui a vendu des pizza à Monsanto, et continueront leur chemin insouciant des faits et des données. En plus c’est financé par l’Union Européenne. S’il y a un point où les extrémistes de tout poil peuvent se retrouver, c’est que cette union est au coeur de tous les complots.

Vous croyez que j’exagère ? Kevin M. Folta, dont j’ai déjà parlé, a proposé de répliquer une étude bizarre sur les OGM à ses frais, à condition que les anti-OGM participent à la mise en place du plan expérimental et à sa réplication, pour que les résultats soient sans équivoque. Ils ont refusé. Comme Folta le relève, ils demandent des réplications indépendentes, mais c’est pure hypocrisie. Par « indépendent » ils entendent « par des militants anti-OGM sans supervision extérieure ». Comme le CRIIGEN de Séralini et Gouyon.

Et si l’étude trouve un effet ? Il faudra bien sur reconsidérer les autorisations concernant ce maïs OGM particulier, et poursuivre les études pour comprendre à quoi ces effets sont dus, comment les éviter à l’avenir, s’ils concernent aussi le bétail ou les humains, etc. Mais ça ne nous dira rien sur les effets éventuels d’autres OGM qui n’ont pas le gène de résistance au Roundup ni sur l’herbicide Roundup. En fait, si l’effet vient du Roundup ça ne nous dira rien sur aucun OGM. (Le Roundup c’est du Glyphosate qui n’est plus sous brevet et est utilisé par plein de paysans et de jardiniers en dehors des cultures OGM.)

Donc au final ces 3 millions d’euros n’éclaireront pas le débat sur les OGM, quelque soit le résultat. Mais de la clarté, qui en veut ?

Quatrième billet de ma semaine OGM. Tous les billets avec le tag OGM.

Le Golden rice #OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas

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Le Golden Rice, vous en avez probablement entendu parler. C’est un riz OGM qui produit de la vitamine A, destiné aux régions dans lesquelles la nourriture de base est le riz, et dans lesquelles il existe de graves déficiences en vitamine A.

La vitamine A est en fait un ensemble de rétinoïdes, des formes de l’acide rétinoïque. On peut l’obtenir en mangeant des animaux qui en contiennent, ou en mangeant de la beta-carotène, qui donne la couleur jaune-orange à la plupart des aliments qui ont cette couleur, comme bin les carottes tiens. La vitamine A est très importante pour tous les vertébrés, dont nous, ce qui explique pourquoi de nombreux animaux signalent leur bonne santé à leurs partenaires potentiels en exhibant des taches oranges preuves d’une alimentation riche en beta-carotène. Par exemple les jolies taches jaune-orange des manchots. Nous les humains quand on en manque ça conduit à plein de maladies dont la perte de la vue (acide rétinoïque – rétine, vous avez remarqué ?). Ce qui n’est malheureusement pas rare dans des régions d’asie où la pauvreté conduit à un régime très peu diversifié à base de riz. En effet la partie du riz que l’on mange ne contient pas de vitamine A. Le riz sait faire de la carotène, mais dans les feuilles, qui ne se mangent pas.

Le Golden Rice d’origine est décrit dans un article de 2000 (accès fermé). Il utilise une enzyme d’un narcisse (une jolie fleur) et une autre de la bactérie du sol Erwinia uredovora. Ces deux enzymes produisent dans l’endoderme (partie qu’on mange) des précurseurs de béta-carotène ; apparemment il y a assez des bonnes enzymes dans l’endoderme de riz pour enfin faire la béta-carotène. Ca marche, ce qui était très fort en 2000, mais ça produit relativement peu de vitamine.

« Précurseur » ? En général, dans un être vivant on ne synthétise pas des molécules d’un coup, il faut passer par des étapes. D’ailleurs en chimie organique non plus, c’est parce que les molécules du vivant sont compliquées. D’où les séries de réactions complexes à apprendre quand on étudie la chimie ou la biochimie, quelle horreur. Bref, en général pour aller de A à B on passe par X, Y et Z. A chaque étape, il y a une enzyme qui catalyse la réaction, c’est-à-dire en pratique lui permet de se produire à un taux suffisant dans les conditions chimiques particulières de la cellule vivante.

Dans le cas du Golden rice, il semble que l’enzyme de narcisse ne soit pas super efficace, et soit donc le maillon faible de la synthèse de vitamine A. Quelques années plus tard, en 2005 (article aussi fermé hélas), des chercheurs ont donc amélioré encore le riz, en utilisant une enzyme plus active. Pour cela ils ont testé l’activité (l’efficacité si vous voulez) de cette enzyme à partir de différentes plantes. Le plus efficace était le maïs, le moins efficace le narcisse, avec des efficacités intermédiaires pour le riz, le poivron, la tomate et Arabidopsis (le cobaye des plantes). Ils ont créé des riz OGM avec différentes enzymes, insérées de différentes manières, et ont mesuré la production de béta-carotène. Ceci confirme que l’enzyme de maïs marche le mieux dans le riz. Donc c’est bon, on a un riz qui produit bien de la vitamine A dans les grains.

Par ailleurs, une étude de 2009 a confirmé que le Golden Rice apporte bien des vitamines A aux humains qui en consomment.

Ahhh ! Frankenstein ! Euh, c’est une enzyme qui existe déjà dans le riz, mais s’exprime dans les feuilles pas dans les graines. On prend la version d’une plante qui l’exprime dans des graines que l’on mange déjà (le maïs, vous suivez ?), et on le fait exprimer dans les graines de riz. Il n’y a pas de pesticides, rien de potentiellement plus dangereux que de prendre un complément de vitamine A avec son bol de riz.

Par ailleurs, les brevets sont gérés par une ONG, golden-rice.org, et les paysans n’ont aucun frais à payer (le riz est au même prix que du riz standard) jusqu’à une production de $10’000, ce qui couvre apparemment les 99% des paysans des zones pauvres visées. Après il faut payer pour l’exploitation commerciale. Mais dans tous les cas les paysans ont le droit de replanter.

Donc pas de problème, correct ? Toutes les ONG et organisations qui sont contre les OGM parce que pesticides, brevets, interdit de replanter, etc, sont pour ? Que dalle oui.

D’abord, un vrai débat : il semble que des tests récents de nutrition utilisant le Golden Rice, en Chine, n’aient pas respecté les normes éthiques de consentement éclairé des participants (lien et lien). Ca n’est pas bien, mais c’est un peu comme les cables américains, ça ne dit rien sur l’OGM lui-même.

Ensuite, un faux débat : Greenpeace et autres critiquent le Golden Rice au motif qu’il serait poussé comme la seule solution. Je mets quiconque au défi de trouver une source quelconque pour cette affirmation ridicule. L’argument est plutôt que c’est une solution faisable. S’il y en a d’autres, tant mieux. Le Golden Rice c’est moins bien que si les paysans pauvres n’étaient pas pauvres et avaient une alimentation diversifiée ? Bin tiens. Et le médicaments de Médecins Sans Frontières et de la Croix Rouge c’est moins bien que la paix dans le monde, et les secours aux victimes des tremblements de terre à Haïti c’est moins bien que si Haïti était riche et avait des batiments aux normes et une infrastructure y compris médicale suffisante. Donc il faut interdire MSF, Croix Rouge, etc ? Parce que c’est le seul argument pitoyable des anti Golden Rice, donc faut être cohérent.

A propos de MSF, il me semble me souvenir d’une citation de Bernard Kouchner que je n’arrive pas à retrouver, disant que lorsqu’il a commencé à travailler comme docteur dans le Tiers Monde à la fin des années 1960, il s’est apperçu que les idées à la mode des cafés parisiens tuaient dans les pays pauvres. A l’époque, c’était le maoisme, le trotskisme (je n’ai effectivement aucun élément spécifique à charge sur le trotskisme), etc. Maintenant, je pense qu’il faut voir les choses en face et admettre que l’opposition sans nuances de militants tels que Greenpeace aux OGM tuent dans le Tiers Monde. Et c’est pire que le soutien à Mao. S’il n’avait pas été soutenu dans le Quartier Latin, il aurait probablement fait sa révolution culturelle quand même. Mais sans opposition de bobos qui n’ont jamais connu les pénuries, ça fait des années que les enfants du Sud-Est asiatique ne souffriraient plus de déficience en vitamine A.

La prochaine fois que vous tomberez sur un chercheur en biologie moléculaire des plantes qui vous parait bien passionné dans sa défense des OGM, rappelez-vous de cette histoire. Des scientifiques ont travaillé dur pour trouver une vraie solution à a un vrai problème, et la solution est bloquée par des personnes qui ont peur de la science et refusent de la comprendre (voir aussi ce billet), mais ne souffrent pas eux-mêmes des conséquences de leur refus.

Troisième billet de ma semaine OGM. Tous les billets avec le tag OGM.

Mise à jour : discussion intéressante de ce billet sur un autre site, linuxfr.

Mise à jour : la discussion continue sur mon billet en réponse à quelques points soulevés.

Impact du maïs #OGM Bt sur l’environnement

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Dans une discussion récente avec un collègue écologiste aux deux sens du terme, il m’a dit qu’il restait inquiet sur l’impact des OGM sur l’environnement. Mais il n’avait pas de références précises à me fournir. Entre temps j’ai trouvé un article que je ne connaissait pas mais qui a apparemment été très débattu, que nous allons donc regarder ensemble :

Rosi-Marshall et al. 2007 Toxins in transgenic crop byproducts may affect headwater stream ecosystems, Proc Natl Acad Sci USA 104: 16204-16208

En résumé, les auteurs ont examiné l’impact du maïs Bt sur des trichoptères, des insectes relativement proches des lépidoptères, qui vivent typiquement dans les cours d’eau. Le maïs Bt exprime un gène de toxine de Bacillus thuringiensis qui a été mis là pour tuer les lépidoptères (papillons etc), les diptères (mouches etc) et les coléoptères (scarabés etc). On peut donc s’attendre raisonablement à ce qu’il affecte aussi d’autres insectes proches. Comme les trichoptères vivent dans des cours d’eau qui peuvent être proches des champs de maïs, la transmission est aussi raisonable.

Les auteurs ont trouvé du pollen Bt dans 50% des trichoptères examinés à la saison du pollen. Au labo, l’espèce Lepidostoma liba avait une croissance ralentie lorsque nourrie entièrement au Bt par rapport à du maïs non OGM. Une autre espèce, Helicopsyche borealis, n’avait pas de différence de croissance mais de mortalité si. A noter qu’ils ont reçu des doses bien supérieures à celles trouvées dans les cours d’eau.

Il semble que ce papier a été pas mal critiqué, et pas mal cité (ISI, Google Scholar). Il est utilisé dans une revue récente comme exemple d’article attaqué injustement. Je dois dire qu’après avoir lu une attaque en règle, je tends à être d’accord. Les arguments contiennent pas mal d’arguties sur les nuances des différents types de Bt etc. Il y a deux points pertinents à mon sens : que la dose trouvée dans la nature est plus faible que celle utilisée au labo, mais cela était reconnu par Rosi-Marshall et al ; et que le Bt peut provenir d’autres sources, car il est utilisé en pulvérisation de manière courante. C’est vrai, et un point rarement soulevé par les opposants aux OGM est que le Bt est utilisé en pulvérisation dans l’agriculture bio !

Ma conclusion de cet article est que l’impact du Bt comme celui d’autres pesticides sur l’environnement semble insuffisamment étudié. En l’état des connaissances je ne vois pas de risque particulier lié à l’utilisation en OGM par rapport à la pulvérisation. Mais il est possible qu’il y ait des différences (positives ou négatives) dues à la manière dont les produits s’accumulent ou sont consommés par d’autres organismes. En principe, on s’attend à ce que la pulvérisation soit plus négative, parce qu’il faut en mettre plus et de manière moins discriminante. Je dirais dossier à suivre, mais plutôt pour le Bt en tant que tel que pour l’aspect OGM.

Deuxième billet de ma semaine OGM. Tous les billets avec le tag OGM.

S’opposer aux #OGM à cause de #Monsanto c’est illogique

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Ce billet est le premier d’une série OGM cette semaine sur ce blog.

Il est plus ou moins impossible de discuter des OGM sans qu’un opposant aux OGM ne sorte la carte Monsanto très rapidement, comme une espèce de joker inopposable. C’est une erreur logique, et il faut l’arréter si on veut jamais avoir une discussion constructive.

Voici mon point de départ, qui n’est pas de moi mais de Mike Lynas :

S’opposer aux OGM à cause de Monsanto c’est comme s’opposer aux logiciels à cause de Microsoft.

Ce n’est pas Microsoft qui a inventé le logiciel, et ce n’est pas Monsanto qui a inventé la transformation génétique. Mais c’est Microsoft qui a fourni un produit commercial à succès, et pendant longtemps l’informatique pour la plupart des gens était égale au paquet Windows-Office. Et c’est Monsanto qui a fourni un produit commercial à succès, et à ce jour pour la plupart des gens OGM égal maïs OGM Monsanto. Microsoft est une société avec une culture de fermeture, de brevet, de pratiques commerciales peu loyales, et d’extortion de frais de mise à jour. Monsanto à peu près pareil.

Donc pour être clair : je n’aime pas particulièrement Monsanto. Contrairement à beaucoup, je ne hais pas particulièrement Monsanto non plus. Nestlé, Roche, General Motors, Coca-Cola, Total, toutes les grosses multinationales se comportent de manière peu éthique dès qu’elles le peuvent et ont des cadavres dans les placards.

Mais à coté de Microsoft, il y a Linux, il y a les programmeurs scientifiques, il y a les innovations de centaines de compagnies, de Apple et Google (qui ont aussi leurs problèmes, voir ci-dessus) aux start-up, il y a les logiciels qui permettent à votre voiture de réguler sa consommation d’essence et ceux qui permettent de controler un robot sur Mars. Faudrait-il interdire tout ceci pour exprimer son désaccord avec Microsoft ?

C’est pourtant ce qui se passe apparemment avec les OGM. La recherche par des scientifiques fondamentaux est bloquée, les PMEs ne peuvent pas émerger et proposer des solutions originales et novatrices, les compagnies qui pourraient utiliser cette technique dans divers domaines ne le font pas. Parce qu’il y a une opposition totale aux OGM, et chaque fois qu’on veut en discuter, on revient sur Monsanto. Et non, je ne veux pas défendre Monsanto. Mais oui, je veux défendre le droit à explorer cette technique et à l’utiliser.

Je fais donc un appel à un principe semblable au principe de Godwin :

La première mention de Monsanto dans un débat sur les OGM veut dire que vous n’avez aucun argument réel, et donc vous perdez le débat automatiquement.

Puis pour se détendre, si vous avez un quart d’heure et que vous comprenez l’anglais, regardez cette vidéo :

Aidez vos enfants à classifier des animaux comme des pro

especes

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Mes enfants ont un jeu de cartes sur les Primates (Bioviva Défi Nature), dans lequel ils doivent s’affronter sur le poids, la taille, la longévité et le temps de gestation de diverses espèces. Je recommende le jeu, il y a aussi des explications sur chaque espèce et un code couleur sur le statut de conservation de l’espèce (menacée ou non, voire danger critique d’extinction).

Un de mes enfants a essayé de classer les cartes pour mettre ensemble « les mêmes espèces ». Bon comme chaque carte est une espèce différente, j’ai supposé qu’il voulait regrouper les espèces apparentées proches.

Premièrement, expliquer la classification binomiale : chaque nom latin d’espèce contient deux parties, par exemple Papio ursinus, le babouin chacma. La première partie est en fait le nom de genre, lequel est un regroupement d’espèces proches. Par exemple dans les babouins on a aussi Papio hamadryas. Donc on peut commencer par regrouper les espèces du même genre. Mais dans l’échantillon présenté cela présente peu de regroupements possibles.

Donc deuxièmement on va regarder la classification au degré suivant. Les discussions arcanes sur la définition d’une famille ou d’une sous-famille nous intéressent peu ici. Ce qui nous intéresse, c’est que dans le paradigme actuel de la classification taxonomique, on nomme des groupes qui correspondent à des espèces plus proches apparentées entre elles qu’à toute autre espèce. Donc on va trouver ces noms, et ça va nous donner les relations.

Heureusement le NCBI américain maintient une excellente resource gratuite sur internet sur la taxonomie (la classication des espèces), au nom original et poétique de NCBI Taxonomy. Si on cherche par exemple Papio ursinus on obtient l’information suivante :

Lineage (full): root; cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Cercopithecoidea; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio

Chacun de ces termes correspond à un groupe de la taxonomie. Cela commence en haut à gauche par le groupe le plus grand, le plus inclusif, à savoir la racine l’arbre de la vie puis le groupe « organismes cellulaires », et au fur et à mesure on trouve des groupes plus petits et plus spécifiques, pour finir sur le genre Papio dont nous étions partis. Pour regrouper les babouins avec leurs proches parents, cliquons donc sur le nom immédiatement à gauche de Papio : Cercopithecinae. Le résultat est un peu long pour le copier en entier ici, mais on trouve ainsi que les babouins Papio sont proches parents des mangabey Cercocebus et des macaques Macaca, entre autres.

Ca a beaucoup plu à mon fils, qui a fait des jolis tas de cartes et a appris quelque chose sur les relations entre primates, mais je sais que beaucoup de systématiciens (profession : classer les espèces, voir commentaires sur ce billet) n’aiment pas NCBI Taxonomy, qu’ils trouvent plein d’erreurs et pas à jour.

D’abord, de par sa mission de servir la bioinformatique, NCBI Taxonomy ne contient que les espèces pour lesquelles on connaît des données d’ADN ou de protéines. Ca fait pas mal d’espèces quand même. Ensuite, à ma connaissance aucune resource informatique (ou livre d’ailleurs) n’est complètement à jour en permanence dans ce domaine très changeant. Et les systématiciens aimant bien se disputer, il n’y a souvent pas une information non ambigue à jour, mais plusieurs alternatives (voir aussi ce billet). Le NCBI préfère dans ces cas-là attendre que le débat se soit calmé avant de modifier sa classification, ce qui lui donne un peu de retard mais évite de prendre partie dans les débats, ce qui me paraît sage. Enfin, il faut bien voir que le NCBI Taxonomy, comme Wikipedia, est aussi ce que l’on en fait. Récemment nous avons trouvé un terme mal utilisé (Coelomata) et un terme manquant (Dipnotetrapodomorpha), et nous avons demandé poliment et avec références et justification au NCBI de modifier leur taxonomie. Et ils l’ont fait. Résumé de nos interventions sur ces deux billets en anglais :
New taxon Dipnotetrapodomorpha in NCBI taxonomy
Don’t complain about NCBI taxonomy, improve it!

Ma conclusion est similaire à celui du billet sur l’hibernation : il existe beaucoup d’informations scientifiques de haute qualité à votre disposition sur internet, il ne faut pas hésiter à s’en servir.