Archives pour la catégorie ralage

Publier des tribunes de chercheurs sous abonnement payant : pourquoi ?

Petit échange Twitter récent :

Si vous cliquez sur les liens vous pouvez lire toute la discussion. Je suis généralement pour la publication libre d’accès (open access) de toute la litérature scientifique. Mais je trouve particulièrement choquants les cas de tribunes ou bilans de la recherche explicitement à destination du public ou des décideurs, ou les concernant directement, qui sont cachés par des abonnements payants parce que… que quoi en fait ? Les auteurs pensaient que ces publications avaient davantage de prestige, donc ils seraient davantage écoutés ? Ou peut-être (probablement dans mon expérience limitée) que les auteurs ne se sont pas posés la question.

Alors sans abonnement au Monde vous ne pouvez pas lire la tribune sur les perturbateurs endocriniens. D’après Martin Clavey, les auteurs pourraient la publier ailleurs, mais (1) ils ne semblent pas l’avoir fait encore (ou mon Google-fu me trahit), (2) la version largement visible est celle du Monde, et (3) mais pourquoi ne pas l’avoir publiée visible d’emblée ? Et dans bien des cas, cette option n’existe pas.

Mise à jour : la version anglaise est librement disponible (et le copyright n’est pas clair pour moi).

Est également sorti récemment un article faisant le bilan de ce que l’on sait sur les menaces sur les pollinisateurs et les conséquences s’en suivant. Très important, non accessible sans abonnement à Nature, et non copiable ailleurs car « © 2016 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature. All rights reserved ». Eh oui, un aspect peu discuté du libre accès par rapport à la publication traditionnelle « toll access » est que le copyright en « open access » reste aux auteurs sous Creative Commons, alors que dans le modèle traditionnel il va aux éditeurs (qui n’ont pas écrit et ne payent pas les auteurs, eh non) qui bloquent tout et font comme ils ont envie.

Un autre exemple récent : deux articles très intéressants sur la perception par le public, les décideurs et la communauté scientifique du problème des espèces invasives, The Rise of Invasive Species Denialism et Invasion Biology: Specific Problems and Possible Solutions. Tous les deux fermés derrière abonnement chez Elsevier, « © 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved ». 🙁

Alors si vous pensez que votre science est importante, rendez-la disponible ! Et ne signez pas de transferts de copyright !

Réactions sur Twitter, cliquez sur la date du tweet et déroulez le fil :

Quelques liens à propos de l’article du New York Times « GMO promises fall short » #OGM

Vu que tout le monde parle sur Twitter de l’article dans le New York Times “Doubt About the Promised Bounty of Genetically Modified Crops”, voici une petite collection de liens qui le critiquent, preuves à l’appui. En bref, l’article compare des choses ni pertinentes ni comparables et mélange tout.

La meilleure critique à ce jour : The tiresome discussion of initial GMO expectations, par Andrew Kniss (ses sources de financement, avant que vous ne demandiez). Une des figures clé de cette critique :

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Si on choisit bien son pays de référence, on peut conclure tout et son contraire, ça rappelle un peu les rats de Séralini. 😉

Ensuite, deux billets de blog de l’excellent Kevin Folta (pour une discussion des financements de Kevin, voir ici et chercher « transparency » dans son blog) : Rehashing a Tired Argument, et Some Actual Yield Data. Dans le premier billet il fait notamment remarquer que les modifications commercialisées ne visaient pas à augmenter les rendements en soi, et qu’on peut pas faire la somme de différents pesticides. C’est comme faire la somme des litres de bière, litres de vodka, et litres de Coca-Cola, et titrer sur la consommation globale de poisons liquides. Dans le deuxième il montre que l’on voit en fait des augmentations de production dans certains cas, mais bien sur l’agriculture c’est compliqué. Exemple :

sugar-beetSur le blog NeuroLogica, moins spécialisé en agronomie mais plutôt sceptique et scientifique en général (en France on dirait zététique je suppose), The Times Gets it Wrong on GMOs.

Nathanael Johnson est un journaliste américain qui, partant d’un point de départ anti-OGM modéré, a cherché à comprendre le sujet et a arrêté d’être anti-OGM. J’en parlais notamment dans ce billet qui avait donné lieu à une longue discussion. Il a aussi critiqué l’article du NY Times, en insistant sur l’inutilité de comparaisons à cette échelle, et il rappelle un point important :

And GMOs really aren’t all associated with industrial farming. The disease-resistant papaya is a wonderful innovation. The insect-resistant eggplant seems to be reducing pesticide use in Bangladesh. This banana, this cassava, and this rice could all truly improve the lives of small farmers if those new crops make it over the technical and political hurdles.

Le bilan de toutes ces critiques ? On ne peut pas parler de pesticides en faisant la somme des kilogrammes de produits très différents, on ne peut pas comparer OGM à non OGM en mélangeant différents types d’OGM, on ne peut pas comparer les chiffres globaux pour des pays de climat, organisation agricole et types de récoltes différents, on ne peut pas juger une technique uniquement sur un chiffre qui n’était même pas l’objectif. Enfin, si, on peut, parce qu’en comparant n’importe quoi à n’importe quoi on va toujours pouvoir obtenir le résultat qui nous arrange, et c’est bien ça le but, non ? Voir cette excellente démonstration par l’absurde (discutée dans ce billet précédent).

Pas une critique spécifique, mais un article a été publié récemment par l’INRA et AgroParisTech qui indique que l’utilisation des pesticides ne diminue en fait pas en France :

Hossarda et al 2016 Lack of evidence for a decrease in synthetic pesticide use on the main arable crops in France Science of The Total Environment 575: 152–161

Finalement, l’auteur de l’article de départ, Danny Hakim, a répondu sur Twitter, mais je n’ai pas vraiment compris en quoi cela constitue une réponse. Voici le premier Tweet, il ne les a pas lié en conversation, mais en allant à son compte on trouve tout :

Mise à jour : voir aussi liens en commentaire. Et n’hésitez pas à en mettre d’autres, de préférence avec une petite explication.

Mise à jour 2 : liste de liens commentés sur la plateforme de blogs de PLOS.

Mise à jour 3 : bon storify / collection de liens; avec notamment cette citation excellente :

I looked at how much money is spent on heating in all of Finland and compared it to how much people in Hawaii spend on heating. Very clearly, people in Finland are worse polluters.

par Alexandre Stein.

Mise à jour 3 : aller-retour très intéressant entre deux figures de la blogosphère scientifique / sceptique :

The Times Gets it Wrong on GMOs par Steven Novella, déjà cité ci-dessus.

GMOs and the skeptic movement, réponse de Massimo Pigliucci, où il dit que les « sceptiques » sont systématiquement pro-OGM à tort.

Massimo Pigliucci Responds on GMOs, réponse de Steven Novella. A mon sens, cette réponse est un des meilleurs billets de blog sur les OGM et le débat associé.

Mise à jour 4 : Could GMO corn be responsible for increasing childrens’ IQ? réponse à l’insinuation dans l’article du NY Times selon augmentation d’herbicides = augmentation de pesticides = augmentation de risques dus aux insecticides (raisonnement glissant assez courant dans les discussions OGM je trouve). En fait les insecticides dangereux ont diminué.

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Encore une mise à jour : une liste de liens vers des prises de position de sociétés savantes, académies, etc, sur les OGM chez Credible Hulk.

Pourquoi refuser de débattre avec Stop #OGM ?

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On vient de m’inviter à participer à un débat sur les OGM en Afrique, dans mon université. Intéressant en principe, bien que l’on puisse se demander pourquoi moi plutôt qu’un spécialiste de la génétique des plantes (par exemple).

Mais au bout de 2 minutes de coup de fil, j’apprends qu’en plus d’une représentante d’agriculture africaine (problème des coups de fil par rapport aux emails : je n’ai pas tous les noms et affiliations notés…) [voir mise à jour en bas de page] [mise à jour : page Facebook officielle], il y aura la présidente de Stop’OGM. Laquelle présidente est politicienne écologiste, je pense qu’il s’agissait d’Isabelle Chevalley (Wikipedia). Après quelques instants d’hésitation, j’ai décliné de participer. Mon interlocuteur, embarrassé, m’apprends que je ne suis pas le premier, et qu’il a bien du mal à trouver un ou une biologiste pour débattre face à Stop’OGM.

J’ai continué à discuter avec lui quelques moments, lui expliquant que si aucun biologiste ne veut débattre, il doit peut-être présenter à l’assistance ce fait et les raisons. A savoir que d’une part il y a un consensus scientifique clair sur beaucoup d’aspects des OGM, et que cette association nie ce consensus. Et d’autre part qu’un « débat » entre une personne dont le métier est de chercher la vérité et une personne dont le métier est de convaincre ne peut qu’être à sens unique. Si elle ment je fais quoi ? Je dis qu’elle ment, et j’apparais arrogant ? Je ne dis rien, et je laisse faire ? Il est clair que l’on peut enchaîner les mensonges et les demi-vérités (cf cette critique récente en anglais d’un article du New York Times [davantage de liens sur cette histoire ici]) beaucoup plus vite que l’on ne peut expliquer en détail en quoi elles sont erronées (« Gish Gallop« ), et que l’on peut choisir les mensonges pour être convaincants, alors que les faits avérés et les nuances de méthodes, on ne les choisit pas pour leur pouvoir en débat mais pour leur véracité.

Et en présentant à l’assistance les raisons d’une absence de « débat », il faut avoir le courage de dire que sur les OGM, la situation est à présent aussi asymétrique que sur le changement climatique, l’existence de l’évolution, l’homéopathie ou l’efficacité des vaccins. Et comme vous ne devez pas me prendre au mot, ni prendre personne au mot quelles que soient ses qualifications ou son pouvoir rhétorique, voici quelques liens :

Un débat public n’est pas le moyen de trancher une question scientifique. Et encore moins le moyen de trancher une pseudo-question entre d’une part une position idéologique et d’autre part un consensus scientifique qui gène cette position. (Notez que je n’ai pas dit qui s’y oppose ; si vous voulez interdire les OGM pour raisons esthétiques ou autres, faites, mais si vous niez la science et que vous utilisez des arguments pseudo-scientifiques erronés, alors la science va vous gêner.)

Mise à jour : voici la page web de l’évènement, organisée par SwissAid et foraus.

Avec la participation de:
Aline Zongo, COPAGEN (Coalition pour la protection du patrimoine génétique africain) Burkina Faso
Klaus Ammann, Prof. ém. de biodiversité de l’Université de Berne et ex-directeur du Jardin botanique de Berne
Isabelle Chevalley, conseillère nationale Vert’Libéral, présidente de STOPOGM, Alliance suisse pour une agriculture sans génie génétique
Modération: Catherine Morand, SWISSAID

Donc ils ont trouvé un biologiste, Klaus Amman (Wikipedia germanophone). Je prends les paris si vous assistez au débat : (1) tout se que dira Klaus sera écarté d’office parce qu’il a travaillé avec des compagnies dont – hah ! – Monsanto ; (2) Aline Zongo représente non pas l’agriculture africaine mais l’activisme anti-OGM africain, donc débat plein de nuances en vue.

Et la page Facebook officielle.

Si vous assistez au débat, compte-rendu et point de vue (pro ou anti ou autre) bienvenu dans les commentaires.

L’agriculture kényane prend le chemin des #OGM, les journalistes du Monde ne prennent pas le chemin du sens critique

cliquez pour une blague de mauvais goût

cliquez pour une blague de mauvais goût

Alors que j’essaye de me botter le derrière pour finir quelques billets de blogs avec un peu de substance, que vois-je dans Le Monde ? Un article sur « L’agriculture kényane prend le chemin des OGM » qui cite plusieurs choses erronées sans la moindre distance. Imagine-t-on un article qui cite « les vaccins donnent des maladies comme l’autisme » sans aucun recul ? Parce que c’est le niveau.

D’abord notons la citation « Les scientifiques du pays sont à l’unisson derrière le discours du vice-président ». On ne saura pas pourquoi les scientifiques sont à l’unisson favorables à un truc aussi mauvais. Peut-être sommes-nous tous des monstres. Ou peut-être y a-t-il des faits intéressants à obtenir en leur parlant ? On ne saura pas, aucun n’est cité. Ni aucun scientifique étranger d’ailleurs. C’est clair, les plantes, les virus, les gènes, tout ça est étranger aux scientifiques.

En détail :

…moratoire sur les importations d’OGM, instauré en 2012, suite à une étude démontrant que le maïs transgénique pouvait provoquer des cancers chez des rats de laboratoire.

Il ne peut s’agir que de la pseudo-étude de Séralini et al, qui n’a rien démontré du tout. Une phrase plus juste aurait été « qui a soulevé le soupçon que le maïs transgénique pouvait provoquer des cancers chez des rats de laboratoire, mais depuis été retirée et jamais reproduite. »

« Le maïs MON810 disperse autour de lui une toxine qui fait chuter le nombre d’abeilles et la biodiversité, contamine les plantes aux alentours. »

Les abeilles, on peut comprendre, si on met du maïs Bt (ce qui est le cas de MON810) qui contient un insecticide, quoiqu’aucun lien avec les problèmes des abeilles n’ait jamais été montré malgré plusieurs études. Le Bt ciblant les lépidoptères (voir discussion sur l’effet sur d’autres espèces ici). Et on peut toujours rappeler que le même Bt est utilisé en agriculture bio, en pulvérisation. (Edition : en plus les OGM contrairement aux pulvérisations conventionnelles ou bio ne dispersent rien du tout.) Les plantes aux alentours, j’ai un peu plus de mal. Comment un insecticide peut-il leur faire du mal ? On peut aussi rappeler l’étude montrant un gain de biodiversité des insectes avec des OGM Bt. Bref, affirmation très forte qui n’est soutenue par aucun élément factuel.

Je suis encore plus perdu car l’article parle de protéger le maïs d’un virus, ce qui est possible par OGM dans certains cas (notamment papaye à Hawaï), mais n’a rien à voir avec l’insecticide Bt. Je suppose que c’est un effet secondaire de la mise dans le même sac de tous les OGM dans la plupart des discours, mais il faut bien répéter que chaque OGM est différent, c’est juste une technique pour obtenir ce que l’on veut. Ce que l’on veut, c’est très divers. Juste avant les phrases citées ci-dessus, on note d’ailleurs que les « OGM de Monsanto, résistants au virus, apparaissent comme une solution d’urgence ». Si c’est ceux résistants à un virus, ce n’est pas le MON810 alors ?

« On ne maîtrise pas non plus les conséquences sur la santé : des études montrent que les OGM peuvent avoir des effets sur les reins, provoquer des allergies ou des problèmes sexuels. »

Là c’est carrément bizarre. Chaque fois que je lis un article grand public sur les OGM je découvre de nouveaux maux qu’il sont sensés causer (voir ici par exemple). Des problèmes sexuels ? Parce qu’un maïs résiste aux insectes ou à un virus ? Comment pourquoi ? Ca cause aussi les ongles incarnés ? Pour les allergies, on rappelle que les OGM sont testés à ce propos, contrairement à toutes les autres variétés générées par mutagenèse ou hybridation, et qu’on commence à avoir pas mal d’expérience là-dessus.

Plus inquiétants, selon Justus Lavi, « la levée du moratoire, et l’autorisation de culture OGM au Kenya, seraient une porte ouverte pour les OGM sur tout le continent. »

Là on touche finalement au même fond du problème qu’avec le riz doré ou les moustiques à descendance stérile. Il y a un tel investissement moral et pratique dans le refus de principe des OGM qu’il est inacceptable qu’un OGM particulier fasse partie de la solution à un problème particulier.

Je me répète, mais si quelqu’un ne veut pas d’OGM pour des raisons philosophiques, qu’il le dise. Mais il faut arrêter de répéter à l’infini des choses simplement fausses, et de tout mélanger sous l’étiquette somme toute trompeuse « OGM ».

Réponse à un édito local sur les #OGM

J’ai écrit sur mon blog à L’Hebdo une réponse rapide à un éditorial local (ultra-local : j’habite dans la petite ville où Monsanto a son siège Europe-Afrique-Asie) sur les OGM. Lequel éditorial contient davantage d’erreurs que de mots je pense.

Ce très court billet ici pour (1) attirer votre attention sur le billet là-bas, et (2) permettre à ceux qui trouvent le système de commentaires pénible à L’Hebdo de commenter ici.

Apparemment les préjugés tiennent lieu de « savoir » sur les #OGM à @LausanneCites

Les #OGM cachés : quand des anti-OGM se rendent compte de l’inanité de leurs arguments (ou pas) (et commentaire #Seralini)

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Il y a un thème fréquent en ce moment sur l’internet anti-OGM : les braves et courageux anti-OGM auraient découvert un nouveau danger menaçant nos fermes, nos campagnes et nos assiettes : les « OGM cachés ». Qu’est-ce ? Ce sont des plantes modifiées par mutagenèse.

C’est intéressant, parce que la modification par mutagenèse existe au moins depuis les années 1930 (Wikipedia anglophone, Wikipedia francophone), et est un exemple souvent donné de l’incohérence du mouvement anti-OGM. Qui s’opposent depuis les années 1990 à une technique permettant de modifier de manière ciblée et maitrisée la génétique des plantes, tout en acceptant une autre technique qui modifie de manière aléatoire et massive cette génétique. J’en avais d’ailleurs parlé dans le podcast sur les OGM.

Et maintenant que lit-on ? Par exemple dans un article dans Libération :

Ces «OGM cachés» sont cependant arbitrairement exclus du champ d’application de la réglementation sur les OGM, sous le seul prétexte qu’ils ont été obtenus par une autre technique de manipulation génétique que la transgenèse.

On est d’accord que c’est arbitraire, sous seul prétexte de la technique de manipulation génétique. Mais ce ne sont pas les mutants obtenus par mutagenèse qui ont été exclus arbitrairement, ce sont les OGM qui ont été ciblés arbitrairement. Alors qu’on acceptait la mutagenèse depuis longtemps, et qu’aucun risque n’avait été perçu, on a monté une paranoïa autour des OGM. Et maintenant, cette paranoïa risque de glisser vers les techniques précédemment établies. Toujours sans raisons ni évidence.

Je trouve d’ailleurs rassurant que Pierre-Henry Gouyon n’approuve pas le terme, qui apporte davantage de confusion qu’autre chose, et lui préfère le terme « plantes pesticides ». Excellente idée ! Utilisons ce terme, et admettons que le riz doré ou les pommes de terre sans acrylamide (un cancérigène) n’en sont pas. Par contre la plupart des articles que je trouve dans divers médias reprennent cela sans aucun sens critique.

Ce que je trouve ahurissant dans cette histoire d’OGM cachés (faites une recherche Google, c’est discuté de partout) c’est la façon dont une mouvance anti-scientifique retourne son ignorance en argument supplémentaire. « Il y a encore plus de choses qu’on ne pensait qu’on ne comprend pas ! Faut tout interdire ! ». J’aimerais que la terre s’arrête pour descendre…

Note : ce billet a été programmé à l’avance, à cause de la migration de serveur informatique du cafe-sciences.org cette semaine. Et maintenant je suis rattrapé par l’actualité avec une nouvelle « étude » de Séralini et al. Que je n’ai pas le temps de lire et analyser maintenant. Je note juste quelques points rapides :

  • le soit-disant hérault de la science ouverte continue à faire des conférences de presse avec embargo ;
  • à ce propos, la conférence de presse était en même temps qu’une réunion de journalistes scientifiques qui n’étaient donc pas à la conférence de presse ; hasard ou nécessité ?
  • quand son papier n’est pas publié comme prévu on voit des cris à la censure, alors qu’il suffirait de mettre ses résultats dans biorxiv, voire de les bloguer comme avait été fait pour la mise en cause de la bactérie à l’arsenic ;
  • si j’ai bien compris, il montre qu’il y a des traces de pesticides et d’OGM dans les aliments pour animaux de laboratoire ; c’est un reproche qui avait été fait à son étude précédente (son contrôle n’en était pas un), et maintenant il en fait un argument ? Super bizarre ;
  • sur Twitter, en anglais on voit une dominante de remarques critiques sur Séralini ; et une déferlante de reprises sans aucun recul ni critique de la communication du CRIIGEN par les médias français ; bon point, de grands médias ne semblent pas reprendre la pseudo-info pour le moment ;
  • très bonne analyse en anglais par la twitteuse de science @mummyPhD2 à Genetic Literacy.

Que reproche-t-on à la conseillère scientifique à la commission européenne ?

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Alors, ça y est, le poste de conseiller scientifique à la commission européenne a été supprimé. A l’heure où j’écris, heureusement qu’il y a les les québecois de La Presse pour en parler en francophonie, parce que Pierre Barthélémy et Sylvestre Huet n’ont même pas jugé bon de retweeter une lien vers une info (l’article de Jean-François Cliche à La Presse montre aussi comment on peut intégrer Twitter et les blogs au journalisme scientifique, hum hum) [mises à jour : échange avec Pierre Barthélémy dans les commentaires de son blog ; échange Twitter s’en étant suivi ; Sylvestre Huet a retweeté et engagé le représentant de Libération à Brusselles, qui a dit qu’il suivait ; ça bouge]. Faut dire que la commission a joué fin en faisant ça au moment où tout le monde regardait l’arrivée de Philae sur la comète. Ce qui en soi tend à indiquer qu’ils ne sont pas particulièrement fiers de leur action.

J’ai déjà pas mal parlé de la campagne de différents groupes anti-OGM pour demander que ce poste soit supprimé (billet 1, billet 2). Demandons-nous ce que l’on reproche à Anne Glover (la conseillère sortante) ?

Officiellement, rien, on a supprimé le poste. Si vraiment on reprochait quelque chose à Anne Glover, on la remplacerait. Faut être clair, on supprime le poste de conseiller scientifique parce qu’on ne veut pas de conseil scientifique.

Dans la lettre d’août des organisations anti-OGM, sa prise de position sur les OGM était explicitement visée. En août, tout ce que j’avais trouvé de cité par ces mêmes organisations était qu’en septembre 2013 Anne Glover a cité avec approbation les conclusions d’un rapport établi par l’association regroupant toutes les académies des sciences européennes, lesquelles conclusions étaient que toute la litérature scientifique montre que les OGM ne sont pas particuliérement dangereux. J’ai mis du gras, parce qu’on trouve répété à l’envi l’affirmation selon laquelle le problème serait qu’Anne Glover aurait décidé toute seule que les OGM c’est cool. Non, cette affirmation est fausse.

Pour des avis divers sur les OGM, voir les dialogues que j’ai eu avec des collègues biologistes d’horizons divers, et les commentaires qu’ils ont généré (commencer ici et suivre les liens) ; aucun collègue n’affirme de risque particulier aux OGM, y compris ceux qui ne sont pas à l’aise avec la biotechnologie.

En lisant un article de la BBC sur la suppression du poste, je trouve qu’un an mois après ce rapport à-peu-près, Anne Glover a déclaré que s’opposer aux OGM en raison de risques supposés était « une forme de folie ». Ah c’est clair que ce n’était pas très politique comme déclaration, et elle se serait fait remonter les bretelles je n’aurais pas été surpris. On aurait même clarifié les règles de prise de parole de la conseillère, voire changé de conseillère, ça se serait compris. Mais cette prise de parole intempestive, ce qu’elle montre c’est que comme pas mal de scientifiques (mea culpa) elle trouve normal de dire les choses très franchement, ce que ne ferait pas un politicien. Elle ne montre pas qu’elle ait pris une décision pro-OGM toute seule, puisqu’on rappelle qu’il y a eu ce rapport des académies auparavant.

L’autre chose qu’on va beaucoup lui reprocher, notamment dans les colonnes du Monde grâce à Stéphane Foucart, c’est d’avoir retardé la prise de décision concernant les perturbateurs endocriniens. Alors d’abord il faut être clair : les perturbateurs endocriniens existent, ils sont graves, et je suis bien d’accord qu’il faut agir. Ensuite, d’après ce que je comprends, ce qu’Anne Glover a fait a été de prendre en compte plus qu’elle ne l’aurait mérité une lettre de spécialistes d’endocrinologie qui se sont révélés être en conflit d’intérêts. Stratégie typique de semer le doute, faire croire qu’il y a débat où il n’y en a pas, comme sur le climat, le tabac, l’aminate ou les OGM (sur les OGM, les semeurs de doute sont les anti, pour être clair – bien que Stéphane Foucart ait l’air de dire le contraire dans son livre que je n’ai pas lu [mise à jour : Stéphane Foucart m’a contacté, et m’a donné un extrait de son livre qui indique qu’il est d’accord que l’étude de Séralini et al est « semeuse de doute »]). Elle a probablement eu tort de prendre cette lettre aussi au sérieux, même si une conseillère scientifique reste dans son rôle en attirant l’attention sur un débat scientifique, même s’il n’est qu’apparent. Après tout, ce qui caractérise vraiment les pseudo-sciences du doute c’est de se répéter longtemps après qu’on ait montré qu’ils avaient tort. Mais certains cas de doute sont légitimes, et ils sont plus difficiles à distinguer les uns des autres quand ils sont neufs. D’après je comprends, il y a eu un débat organisé par Glover sur les perturbateurs endocriniens, dont les semeurs de doute sont sortis perdants. Si ensuite la commission européenne n’a rien fait, permettez moi de douter que ce soit grâce au pouvoir énorme du conseiller scientifique. Mais à nouveau, si c’est le problème, d’une part pourquoi ne pas changer de conseiller, et d’autre part pourquoi ceci n’est-il jamais mentionné dans la demande de suppression du poste qui a été faite en août (comme remarqué dans les commentaires de l’article de Foucart en septembre d’ailleurs).

Parenthèse : je suis choqué par les gens qui prétendent avoir débusqué un risque majeur pour la santé humaine, et quand on leur demande des détails, il faut regarder un documentaire « excellent » (aucun documentaire télévisé ne vaut un document écrit en ce qui me concerne ; où sont les références, les notes, les nuances ?) qui n’est pas visible hors de France, ou il faut lire des articles réservés abonnés. Visiblement, la santé humaine doit passer avant l’argent des industries mais passe après l’argent des journalistes. (Voir discussions sur la publication ouverte.) Tout ça pour dire que j’ai pas vu ce documentaire, pas lu cet article, et si vous avez des liens sérieux sur le rôle abominable d’Anne Glover, je suis preneur dans les commentaires.

En conclusion, je ne vois rien qui justifie de supprimer le poste de conseiller scientifique, sauf que certains veulent faire du lobbying sans interférence compétente, sans quelqu’un qui respecte les académies des sciences et la litérature scientifique davantage que les sondages. Si les problèmes dont on nous parle étaient la vraie cause, on aurait juste changé de personne et éclairci quelques règles.

Je maintiens ce que j’ai écrit en août : bas les masques, ceux qui ont réclamé ceci et ceux qui l’applaudissent sont anti-science.

Le scandale des abonnements de revues scientifiques éclate au grand jour

cliquez pour une explication video en anglais de l'open access

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Comme disent les anglophones, the shit hit the fan : Rue89 révèle le montant exhorbitant et les conditions incroyables qu’Elsevier extorque au gouvernement français pour les abonnements.

Alors on rappelle que la publication libre accès (open access) existe depuis des années, marche, est socialement juste, et économiquement efficace. Et on rappelle, comme expliqué dans Rue89, que le système actuel est tout le contraire : un monopole, un marché opaque, la connaissance interdite à pratiquement tous ceux qui en ont besoin, les résultats de la recherche sous-utilisés parce que non utilisables.

Je n’ai pas le temps d’écrire un billet long maintenant, mais d’une part j’ai déjà écrit plusieurs billets sur le sujet :

Et d’autre part, ceci tombe justement après que j’ai lu une super interview de Anurag Acharya, co-créateur du super moteur de recherches Google Scholar (exemples d’utilisation pour la science citoyenne dans ce billet et celui-ci). Un point m’a frappé dans cette interview. Un reproche fréquemment fait à Google Scholar est l’absence d’accès programmatique (API), qui permettrait à des personnes hors Google d’utiliser les informations de manière systématique. Or ce que dit Acharya c’est que cette limitation est due aux contrats que Google a du signer avec les éditeurs scientifiques, comprendre Elsevier et compères : pour pouvoir lire les articles d’accès fermé automatiquement, Google a du s’engager à ne pas permettre à d’autres l’accès à cette information. Et voilà ! Le travail de centaines de milliers de chercheurs payés par les contribuables de tous les pays n’est pas étudiable parce qu’on a donné les clés à Elsevier etc. Si c’était tout publié open access, il n’y aurait aucun problème (j’ai d’ailleurs une collaboration où on fait exactement cela, voir ScienceWise).

J’ai tweetté cela, et même si ce n’est pas les dernières nouvelles de Justin Bieber, ça a été suffisamment retweeté pour montrer que j’avais touché une corde sensible :

La question est évidemment de savoir quelle sera la prochaine étape. Il faut aller vers une obligation de publier en open access, comme l’impose déjà le Welcome Trust, et à mon avis pour cela prendre sur les budgets des bibliothèques, en coupant des abonnements. Je suis un gentil garçon, mais parfois il me prends des envies de révolution

Redif : Le Muséum #MNHN est bien mais nous montre une classification pré-moléculaire et erronée des mammifères

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser des billets de mon ancien blog. Après celui sur les statistiques et celui sur le peer review, un compte-rendu un peu polémique d’une visite au Muséum d’histoire naturelle de Paris (billet d’origine sur le vieux blog).

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Récemment j’ai visité la grande galerie de l’évolution du Muséum national d’histoire naturelle (MNHN). L’expo est très bien faite, pour les enfants et pour les adultes, et contient plein d’infos scientifiques pertinentes. En plus ils font un excellent boulot d’expliquer clairement des concepts compliqués, comme la génétique ou la notion d’espèce. Mais voilà, je suis un chieur scientifique, alors voici mon ralâge.

Une des notions essentielles en biologie évolutive, et plus généralement pour comprendre le monde vivant, est la phylogénie, ou arbre des espèces. D’ailleurs ils expliquent cela très bien avec un arbre tout simple et mignon (vous ne trouvez pas ça mignon ?) :

Cet arbre simple est correct, c’est cool

Cet arbre a plusieurs avantages. L’un, c’est qu’il montre des espèces bien distinctes, dont les relations ne font pas débat. Un autre c’est qu’il permet bien d’expliquer ce qu’est un arbre évolutif : les branchements de l’arbre montrent comment les espèces ont divergé les unes des autres au cours de l’évolution, avec en bas le temps ancien de l’origine des animaux, et en haut les espèces modernes (oui un vers de terre c’est moderne, oui monsieur, oui madame, une étoile de mer aussi, parfaitement). Donc en lisant du haut en bas on voit que les branches lient ensemble d’abord les espèces les plus proches (deux mammifères, un minou-oïde et un humanoïde), puis un peu moins proches (trois vertébrés), puis de moins en moins proches (l’étoile de mer, un deutérostome comme vous et moi), puis enfin des espèces qui n’ont en commun que d’être des animaux (c’est pas mal déjà remarquez). Un troisième avantage de cet arbre, c’est qu’il est illustré par le type d’évidence que l’on utilise pour reconstruire de tels arbres évolutifs.

A savoir que les deux mammifères, qui sont aussi les deux seuls tétrapodes de l’arbre, sont regroupés par le fait d’avoir des membres de tétrapode, et les trois vertébrés (qui sont tous des vertébrés à mâchoire, contrairement aux lamproies par exemple) sont regroupés par le fait d’avoir un crâne avec une mâchoire. Dans ces deux cas, le type d’évidence est morphologique : on observe qu’un ensemble d’espèces partagent des structures morphologiques, qui ne sont pas partagées par les autres espèces ; la façon la plus simple d’expliquer cela est que ces structures ont été héritées d’un ancêtre commun, et que donc ces espèces sont apparentées de manière plus proche entre elles qu’avec les autres espèces. Il y a plusieurs avantages à cette approche, et plusieurs désavantages.

L’avantage principal, c’est qu’on a des fossiles pour les structures morphologiques, donc on peut dans une certaine mesure dater les caractères, et tester les hypothèses d’ancêtres communs.

Les désavantages sont plus nombreux à mon avis. Premièrement, la reconnaissance et la classification de chaque caractère morphologique est quelque part subjective : la mâchoire, c’est un caractère ou plusieurs ? Deuxièmement, la morphologie peut évoluer de manière convergente. Dans les cas évidents, c’est … bin évident, comme par exemple ailes de chauves-souris et d’oiseaux. Mais la forme des dents a été beaucoup utilisée pour classifier les mammifères, alors que des expériences ces 10 dernières années montrent que, sous l’influence d’un petit nombre de gènes, les dents peuvent changer très vite (« vite » pour un biologiste évolutif c’est cent mille ans, je dis ça comme ça), et aboutir à des formes convergentes qui trompent les meilleurs paléontologues. Troisièmement, il n’y a pas toujours de caractères morphologiques qui distinguent et regroupent les espèces qui nous intéressent.

(Je peux être biaisé, parce que je fais de l’évolution moléculaire (donc pas morphologique), mais force est de constater que l’ensemble du domaine bouge depuis 20 ans dans la direction d’une importance moindre de l’évidence morphologique.)

Alors l’autre type d’évidence montré dans l’image ci-dessus, c’est l’évidence moléculaire, venant des gènes, des protéines, ou du génome. (On m’avait fait remarquer dans les commentaires du billet d’origine que tel que c’est dessiné on croirait que animaux deutérostomiens ont en commun d’avoir de l’ADN, par rapport aux vers qui n’en auraient pas, ce qui est faux.) En première approximation, les espèces qui partagent un ancêtre commun récent ont des gènes qui se ressemblent davantage que les espèces qui partagent un ancêtre commun plus ancien. Il y a plein d’avantages à utiliser les gènes ; le désavantage c’est qu’on ne peut pas utiliser les fossiles. Premier avantage, c’est qu’on a des critères objectifs pour les identifier et les comparer. Deuxième, comme ils sont tous composés des mêmes éléments de base, on peut faire des modèles statistiques élaborés, et aller au-delà du simple « ce qui se ressemble s’assemble ». Troisième, des gènes y en a plein et dans tous les êtres vivants, donc on peut accumuler assez de données pour résoudre les relations de presque n’importe quel groupe d’organismes. Par exemple ci-dessus, trouver la relation entre vertébrés, étoile de mer, et vers de terre, pour lesquels les caractères morphologiques à comparer ne se bousculent pas (et induisent en erreur, c’est une autre histoire).

Donc tout ça pour dire que l’arbre suivant, c’est une honte :

Cet arbre des mammifères m’offense profondément

Cet arbre des mammifères m’offense profondément

Ce que montre cet arbre, c’est les relations entre mammifères telles qu’elles étaient comprises en 1991, juste avant que les données moléculaires (les gènes) et les méthodes statistiques / bioinformatiques ne révolutionnent tout le domaine. Durant toutes les années 1990 il y a eu beaucoup de débats sur cet arbre, et il me paraitrait normal qu’en 1994 on n’ait pas voulu mettre en avant des résultats nouveaux et controversés, dont certains se sont d’ailleurs révélés faux. Mais quand même, depuis 2001, il y a consensus sur le fait que les données moléculaires ont montré, entre autres, que les cétacés (baleines et autres) font partie des artiodactyles (bestioles à sabots), plus précisément comme cousins des hippopotames ; que rongeurs et lagomorphes (lapin-oïdes) sont proches cousins des primates ; que les insectivores sont un groupe erroné ; ou que les périssodactyles (chevaux et autres) sont cousins des carnivores.

L’arbre des mammifères a beaucoup fait débat, parce qu’on a beaucoup de données morphologiques et fossiles, étudiées par beaucoup de gens depuis longtemps, et que les relations entre les grands groupes (« ordres », les groupes cités ci-dessus) ne sont vraiment pas évidentes. Autant grouper les bestioles qui ont des pattes c’est facile, autant comment ordonner une souris, une baleine, et un chien ? Et aussi parce qu’il faut bien le dire, les relations pas évidentes en morphologie étaient souvent pas évidentes en génétique non plus. Mais, voir ci-dessus, avec plus de données et de meilleurs modèles, on y est arrivé. C’est très clair, très bien soutenu, et confirmé par plein d’autres études depuis, y compris de nouvelles découvertes fossiles.

Un point intéressant à noter, c’est que dans le débat des années 1990, les défenseurs de l’orthodoxie morphologique contre les petits morveux moléculaires et bioinformatiques étaient en grande partie concentrés dans les grands muséums d’histoire naturelle.

Et donc, je trouve que plus de 10 ans après la conclusion de cette grande aventure scientifique, les aimables collègues du muséum de Paris pourraient faire l’effort de présenter un arbre des mammifères à jour dans leur grande galerie. Merci de votre attention.

Ce billet était parti pour être court. Sa longueur tend à indiquer que le sujet sur lequel on a fait sa thèse vous tient toujours à coeur, quelques années plus tard. 🙂

(Les images sont des photos que j’ai prises en visitant le Muséum, c’est pour ça qu’elles sont moches.)

Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne

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Un ensemble de groupes de pression a écrit une lettre ouverte à Jean-Claude Juncker, président élu de la commission européenne, pour lui demander de supprimer le poste de conseiller scientifique (Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission).

Les problèmes ?

  • D’autres groupes, aux intérêts opposés, soutiennent ce poste.
  • Le poste concentrerait trop de pouvoir sur une personne.
  • Les conseils et le mode opératoire du conseiller est insuffisamment transparent.
  • Le conseiller a donné des avis basés sur la litérature scientifique qui vont en sens contraire de ce que ces groupes de pression veulent entendre.

Il est clair que cette demande est inacceptable pour moi en tant que scientifique, et heureusement une organisation, Sense about science, a réagi rapidement avec une lettre ouverte très claire.

Il me paraît évident que la plupart des points cités ci-dessus sont des excuses, et que ce qui gène ces groupes c’est que le conseiller scientifique donne des avis basés sur la litérature scientifique, et non sur leurs intérêts partisans. Sinon ils demanderaient juste de légères modifications dans le fonctionnement du poste. Mais voilà, la science ça refuse de tenir une ligne idéologique ou économique cohérente, mais ça décrit le monde tel qu’il est, et ça visiblement ça gène.

Bas les masques : les signataires de cette lettre sont anti-science.

La lettre ouverte demandant de supprimer le poste :

The position of Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission

La lettre ouverte de scientifiques demandant le maintien du poste :

Scientific scrutiny in Europe is essential

(Mise à jour : dans un commentaire, Enro nous signale que l’organisation Sense about science ayant organisé cette deuxième lettre est assez suspecte et politisée. Ach so.)

Il y aurait beaucoup à écrire sur le sujet, mais je n’ai pas le temps. Si vous commentez, merci de noter que j’ai des centaines de spams, et pas le temps de les regarder, alors contactez-moi par Twitter si votre commentaire n’apparaît pas au bout de 24h.

Mise à jour : pour le contexte, voir notamment l’excellent billet sur les « marchands de doute » d’Alexandre Moati.

Suite et éclaircissements dans un billet suivant.

Mise à jour de novembre : le poste a bien été supprimé.