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Plus loin de l’Afrique, plus de mutations délétères mais moins de variabilité génétique humaine

L’humanité (Homo sapiens) vient d’Afrique sub-saharienne. Il y a environ 50’000 ans certains humains sont sortis d’Afrique et leurs descendants se sont dispersés un peu partout dans le monde, voir carte ci-dessous.

Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50'000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l'article que dont il est question plus bas.

Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50’000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l’article que dont il est question plus bas.

Une question intéressante, et qui nous ramène à la question de la pertinence de la classification des humains en « races », est l’effet de cette histoire sur la diversité génétique humaine.

Pour bien comprendre ce qui va suivre, quelques éléments de génétique des populations :

Premièrement, une mutation peut avoir un effet bénéfique (super rare, améliorer un truc en le modifiant au hasard), négatif (casser un truc qui marche c’est facile), ou neutre (aucun effet, très fréquent dans les génomes d’animaux ou de plantes). Voir ce billet pour les types de sélection naturelle correspondant aux deux premiers ; les mutations neutres ne sont pas soumises à la sélection naturelle.

Deuxièmement, plus une population est grande, plus la sélection naturelle est puissante. Cette observation simple a de grandes conséquences. Lorsque la population est plus petite, la sélection naturelle est moins puissante. Alors une mutation qui a un effet faiblement négatif ne sera pas éliminée, et se comportera comme si elle était neutre. Il s’agit d’un effet continu : plus la population est petite, plus une mutation devra être grave pour être éliminée, plus de mutations se comporteront comme si elles étaient neutres.

Ca se corse et ça devient intéressant : lorsqu’il y a expansion par migration (comme lors de la sortie de certains humains d’Afrique), le groupe qui part est un sous-ensemble de la population globale. Donc déjà du départ il n’emporte pas toute la variabilité génétique. Si je prends 100 parisiens au hasard j’aurais moins de diversité (génétique, de noms de famille, de goûts vestimentaires) que dans tout Paris. Si quelques milliers d’humains sont partis d’Afrique, ils avaient moins de diversité qu’il n’y en avait dans l’humanité en Afrique. Et ces migrants, étant peu nombreux, formaient une petite population. Donc sélection naturelle faible, faible élimination de mutations délétères. Et ce phénomène se reproduit au fur et à mesure des étapes suivantes d’expansion de l’espèce : ceux qui vont plus loin sont toujours un sous-ensemble ayant perdu de la diversité de départ et ayant du mal à éviter les mutations délétères.

Est-ce que l’on observe bien cela ? C’est l’objet d’un article publié en janvier 2016 :

Henn et al 2016 Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes PNAS 113: E440-E449

Première figure : le taux de variabilité génétique dans les 7 populations échantillonnées sur la carte ci-dessus (les couleurs correspondent) :

Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l'origine africaine de l'espèce

Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l’origine africaine de l’espèce

Que voit-on ? Le plus de variabilité génétique dans les populations descendantes des humains jamais partis du lieu d’origine de l’espèce. Et de moins en moins de variabilité génétique lorsque l’on s’éloigne de l’Afrique, pour arriver à un minimum en Amérique (il s’agit de descendants des amérindiens arrivés par le détroit de Béring), au plus loin de l’Afrique en marche à pied.

Deuxième figure, pareil mais en ne montrant que les mutations qui sont probablement délétères (ici on suppose que de l’ADN généralement conservé entre primates est probablement important, donc le modifier est probablement délétère) :

Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines

Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines, classées selon leur distance à l’origine africaine de l’espèce

Que voit-on ? Plus on s’éloigne de l’Afrique, plus on a de mutations délétères accumulées, comme attendu. Plus en détail, on a :

Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères.

Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères.

On voit que pour les mutations un peu mauvaises (à gauche et au milieu), l’effet de la distance à l’Afrique est très fort, avec un de plus un saut entre africains et les autres. Alors que pour les mutations très mauvaises (à droite), il y a un effet de la sortie d’Afrique, mais faible, et pas d’effet mesurable des migrations suivantes. On peut penser que la plupart de ces mutations très mauvaises sont éliminées même avec une population assez petite.

Conclusions : (1) la diversité de l’espèce humaine est en Afrique sub-saharienne ; (2) ce qui distingue le plus les humains hors d’Afrique sub-saharienne (y inclut tous les blancs et asiatiques) des africains (donc la plupart des noirs), ce sont des mutations à effet négatif, qui font que nous sommes moins aptes génétiquement (je dis nous parce que c’est mon cas, ne vous sentez pas visé si vous avez la chance d’être africain).

A propos de races humaines et de tolérance au lactose

Nous parlions récemment (avant d’être déraillé par le débat OGM, comme d’hab) de tolérance au lactose chez certains humains : mutations au hasard ? et état normal = maladie.

Dans ce dernier billet, je m’étonnai de ce qu’un résultat de génétique de quelques populations humaines soit labellisé « African » et un autre « Finnish » (finois) sur un site d’information officiel américan, alors que dans l’étude originale les groupes ethniques africains concernés étaient bien spécifiés. Je pense que cela se rattache en partie à la réification (croire qu’un concept est réel) du concept de « races humaines ». Pour rappel, j’avais écrit mon premier billet sur ce blog à ce sujet.

Concernant la tolérance au lactose, voici une carte de l’ancien monde avec la fréquence de la tolérance :

Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l'article)

Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l’article)

Sur cette carte vous voyez des zones rouge-orange, qui correspondent aux origines des mutations permettant la digestion du lactose chez l’adulte (il y en a plusieurs, indépendantes, à différents endroits). A ces endroit la sélection naturelle a eu le temps d’augmenter la fréquence de la mutation dans la population jusque presque tout le monde (rouge = plus de 90% de la population tolérante). En bleu, les endroits où la mutation n’a pas encore eu le temps d’acquérir une fréquence élevée, car elle doit d’abord arriver par le jeu des migrations et des mariages / reproduction, et elle ne présente un avantage que depuis la domestication des vaches veaux cochons couvées (surtout les premiers), donc pas très longtemps en termes évolutifs.

Voici maintenant une carte des « races humaines » traditionnelles (j’ai pris le premier résultat Wikipedia, mais l’idée générale serait la même avec n’importe quelle carte) :

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Est-ce qu’en louchant bien vous arrivez à faire correspondre les couleurs sur ces deux cartes ? Parce que moi, non. Et pourtant.

Le site d’information cité précédemment est une collection d’articles médicaux sur l’intolérance au lactose, et ils classifient tout le temps les gens en groupes raciaux socialement reconnus, dont « African Americans », pour lesquels on attribue les différences à l’origine génétique « africaine ». Par exemple :

Frequency of Lactose Intolerance in Adults in Various Populations

Location % Lactose Intolerant Adults
Asians, US 90–100
Ibo, Yoruba, Africa 90
Inuits, Greenland 85
Southern Italians 71
African Americans 65
Caucasians, US 21
British, UK 6
Danes 3

ou encore :

Lactose intolerance is estimated to affect 25% of the American population.
Group prevalence is as follows:
—  15% (6% to 19%) – whites
—  53% – Mexican Americans
—  62% to 100% – Native Americans
—  80% –  African Americans
—  90% –  Asian Americans

et :

Within the United States, 80–90% of African Americans, 95–100% of Native Americans, 80–90% of Asian Americans, and 50–55% of Latinos may be lactose intolerant.

En regardant ces chiffres, il est naturel de penser que les différences de tolérance au lactose sont structurées selon les « races » traditionnelles, et que notamment les africains / africains-américains ne digèrent pas le lactose. Pourtant ce n’est pas ce que l’on voit sur la première carte, qui représente les vraies données.

Plusieurs choses contribuent à cette incohérence. Premièrement, et la génétique de la lactase, et la classification en « races », suivent la géographie. On a donc un problème classique de corrélation erronée due à un facteur confondant : si A est corrélé à la géographie et que B est corrélé à la géographie, alors A et B apparaîtront corrélés. C’est pour ça que le choix de la carte des « races » n’est pas important : toute division arbitraire mais géographiquement organisée arrivera à ce type de résultat. Je suis sur qu’on trouverait des différences de tolérance au lactose entre religions, entre groupes linguistiques, etc.

Deuxièmement, on échantillonne souvent très mal la diversité humaine. Donc si je ne mesure la tolérance au lactose que dans une petite partie de l’Afrique, je peux tomber sur une région avec forte tolérance, ou forte intolérance, au lactose. Et c’est là où ça devient raciste, c’est à quelle région ou groupe humain allez-vous généraliser votre résultat. Si vous êtes d’origine européenne, vous êtes probablement sensible à la différence entre régions et pays, peut-être même savez-vous que les finnois ne sont pas scandinaves. Mais il est probable que vous ayez une idée assez vague de la diversité africaine, et qu’il soit tentant de labelliser un résultat d’une région africaine en « Afrique ». C’est compliqué dans le cas des africains-américains par le fait que les traites négrières ont préférentiellement pris les gens de certaines régions (et même ethnies) pour les emmener de force en Amérique (excellente visualisation ici) ; donc les africains-américains ne portent pas la diversité génétique africaine.

Pourquoi est-ce important ? D’un point de vue pratique, la recherche et la pratique médicales américaines sont très organisées autour de ces catégories, et cela peut mener à mal estimer les risques pour des groupes en fait très hétérogènes, même si dans le cas du lactose ce n’est pas très grave probablement. Mais la recherche médicale américaine étant très influente (en gros ils sont les meilleurs, on peut être plus nuancés mais ce n’est pas le lieu), ces catégories se retrouvent reprises par plein d’études où elles ne sont pas pertinentes. (Entre parenthèses, les races sociologiquement définies sont pertinentes aux aspects sociologiques de la pratique médicale, à savoir qui a accès aux soins, à l’instruction, à l’alimentation, etc. Donc bébé, eau du bain, pas jeter.)

Et d’un point de vue plus fondamental, on retrouve régulièrement des arguments du type « les noirs courent plus vite, c’est bien la preuve » (voir ce billet de Curieux2 savoir), ou plus subtils comme les différences de tolérance au lactose, qui utilisent la corrélation entre des différences génétiques géographiquement structurées, et les « races » traditionnellement définies, pour soutenir finalement le bon gros racisme à l’ancienne. Qui n’est pas parti bien loin d’après l’actualité. 🙁

En conclusion, ce n’est pas parce qu’en groupant les humains en classes grossières qu’on trouve des différences entre ces paquets, que les paquets sont « vrais » ni même utiles. Quand vous pensez diversité humaine, pensez gradients sur une carte, c’est plus joli et plus vrai que des noms dans un tableau.

(Juste après que j’ai publié ce billet, je vois un billet intéressant sur le blog du statisticien Nate Silver, connu pour ses prédictions concernant les élections américaines :  In An Election Defined By Race, How Do We Define Race?)

Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste

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Une fois de plus, un livre a été publié à grand fracas aux Etats-Unis, se proposant de montrer qu’il y a des différences entre races humaines, expliquées par la génétique. Dans ce cas précis, il prétend s’appuyer sur les travaux de ces dernières 15 années en génomique humaine, et en plus affirme apparemment que des différences même récentes, mêmes entre peuples proches, sont dues à des changements génétiques rapides. Par exemple la stabilité de la Grande Bretagne, et la révolution industrielle dans ce beau pays ? C’est parce que les enfants des riches survivaient mieux que ceux des pauvres, donc les gènes de stabilité de travail et d’intelligence des riches se sont répandus. Non vous ne rêvez pas.

L’auteur, Nicholas Wade, est un journaliste scientifique. Il affirme bien sur être purement conduit par le souci de la vérité scientifique, et n’avoir aucune intention politique. Par contre, tous ceux qui le critiquent n’ont forcément rien compris à la science de la génétique humaine moderne, et ne sont conduits que par des considérations politiques, et n’osent pas regarder la réalité en face. (Ca me rappelle un tout petit peu les réactions aux critiques de l’étude Séralini et al.)

Cet été, pendant que vous faisiez un trek en Mongolie extérieure sans réseau internet, les généticiens cités dans le livre, plus quelques autres généticiens connus pour leur travail sur les génomes et l’évolution humaine, ont écrit une lettre ouverte concernant le livre (lettre sur le site de Stanford ; la même au New York Times ; commentaire sur le site de Nature), qui dit en substance, premièrement que la principale critique publiée du livre est excellente (la critique, dans le New York Times) et qu’ils remercient son auteur, et deuxièment que la recherche en génétique des populations (l’étude des différences génétiques entre individus et entre populations) ne soutient aucunement les conclusions du livre. Je cite :

We are in full agreement that there is no support from the field of population genetics for Wade’s conjectures.

Parmi les signataires on trouve mes collègues Laurent Excoffier de Berne, Henrik Kaessmann de Lausanne, et Emmanouil Dermitzakis de Genève (tous membres de l’Institut suisse de bioinformatique). (Je n’ai pas signé parce que je ne travaille pas sur les populations humaines hors de ma collaboration avec Laurent Excoffier, voir ici.)

Je suis frappé par la fréquence des réactions du type « ce n’est pas des vrais scientifiques, ils ne disent ça que parce que c’est politiquement correct, d’ailleurs les noirs courent plus vite », par exemple sur le forum techno-geek Slashdot. Bin non, la génétique c’est compliqué et ça ne montre simplement pas les bétises de Wade en l’état de nos connaissances.

Pour finir, je renvoie à mon premier billet de blog au C@fé des sciences, sur l’existence ou non des races humaines. A ma connaissance, ce que j’y ai écrit reste valable.

Redif : A qui est ce génome dans la vitrine ?

Pendant les fêtes, je vais faire quelques rediffusions de billets de mon ancien blog sur blogspot. Voici la deuxième redif. Billet original ici.

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Un papier récent rapporte le premier génome d’un aborigène d’Australie. Les résultats sont intéressants, et indiquent que les aborigènes sont partis d’Afrique il y a environ 62’000 à 75’000 années, sont donc bien le groupe humain qui est depuis le plus longtemps hors d’Afrique, et aussi qu’ils se sont mélangés  aux denisoviens en chemin.

Mais ça n’est pas de cela que je veux parler aujourd’hui.

L’ADN a été séquencé à partir d’un échantillon de cheveu préservé dans un musée, collecté sur un aborigène dans les années 1920. L’université de Copenhague, qui coordonne le projet, a considéré qu’il s’agit d’un échantillon archéologique et non biologique, et donc non soumis à autorisation du comité d’éthique. Mais un collègue australien, ayant vent du projet, a signalé aux danois que les aborigènes sont très sensibles à l’exploitation de leur patrimoine génétique, et qu’il fallait faire attention. Les chercheurs danois ont donc identifie la région d’où venait probablement le donateur, et ont demandé et obtenu l’autorisation du comité tribal représentant les aborigènes de la région. Ils ont déclaré que si le comité tribal avait dit non, ils auraient arrêté la publication du génome. Certains australiens trouvent qu’ils ne sont pas allés assez loin, dans la mesure où l’information dans ce génome engage tous les aborigènes. Histoire complète en anglais et probablement d’accès payant, sur le site de Nature.

Ceci a donne lieu à un débat anime sur des blogs de scientifiques :

Razib Khan (Discover magazine) est outragé que les auteurs du papier aient demandé au conseil tribal. Et d’une, il ne voit aucune légitimité au concept de tribu, et considère que seuls les individus existent. Et de deux, il ne pense pas qu’il faille en général demander l’autorisation de qui que ce soit avant de rendre public un génome, sauf de l’individu concerne (s’il est vivant). Dans un cas extrême, il pense que c’est OK pour un individu d’une paire de jumeaux de rendre public son génome sans demander l’autorisation à l’autre jumeau, qui partage exactement le même génome (on suppose que ce sont de vrais jumeaux), à quelques erreurs de copie près.

Il note deux points à ce propos. Un, qu’avec le progrès des technologies, de toutes façons tout ce qui peut être séquencé le sera. Il suffit d’un donneur, un échantillon, ou même un ensemble de blancs avec une partie de leur généalogie aborigène. Deux, qu’avec l’état actuel de notre connaissance du génome, une séquence ne dit somme toute pas grand chose sur un individu. Je trouve ce point très dangereux, parce qu’une fois qu’une séquence est publique, elle le reste, tandis que notre pouvoir prédictif base sur ce génome augmente. Si vous rendez votre génome public aujourd’hui, on ne peut pas dire grand chose sur vous. Mais dans 2 ans ou 5 ans ou 10 ans, on pourra peut-être (probablement) en dire beaucoup plus.

Rasmus Nielsen (célèbre biologiste de l’évolution et co-auteur du papier original) défend l’approche prise en considérant d’une part qu’il y a un biais culturel, Razib ayant un point de vue individualiste typiquement américain (il ne dit pas quel est le point de vue alternatif ; communautaire européen ?). Il pense fortement que dans la mesure où il y a une longue histoire négative des interactions entre scientifiques européens et peuples non européens objets d’étude (vous avez vu, j’ai réussi à éviter d’écrire « indigènes » !), il faut faire particulièrement attention. Et dans la mesure où dans ce cas particulier l’individu ni ses descendants ne pouvaient être identifies, le conseil tribal était la meilleure autorité avec laquelle discuter. Rasmus est d’accord avec Razib sur le fait que la séquence serait éventuellement disponible, mais ne voit pas cela comme une raison de ne pas essayer de faire au mieux aujourd’hui. Je suis totalement d’accord. D’autant que reconstruire la confiance entre scientifiques et non scientifiques me parait un objectif majeur.

Cela laisse ouverte la question : si un aborigène individuel avait donne son ADN et son consentement, le conseil tribal aurait-il été consulté ? L’information obtenue aurait été sensiblement la même. Question proche de celle posée par les chercheurs et militants australiens, qui trouvent qu’une consultation plus large des aborigènes aurait du être menée.

De manière intéressante, Razib reconnait le problème de déshumanisation passée, et fait remarquer que lorsque l’on a découvert que l’ADN des européens montre un mélange passé avec les néandertaliens, cela n’a pas posé de problèmes, car il n’y a pas d’histoire récente de déshumanisation des européens. Mais pour lui c’est un argument pour traiter les aborigènes de la même manière que les européens. En quelque sorte, il a une vision a-historique des individus, ce qui est cohérent quelque part avec sa vision a-communautaire (ça me rappelle une blague suisse : dans l’appellation Suisse alémanique, le « a » est privatif).

Larry Moran sur Sandwalk (prof de biochimie cité dans le billet sur l’oignon) rebondit sur l’exemple des jumeaux, fortement en desaccord. Il pense qu’il faut demander à toute sa famille proche avant de rendre public son génome. Vos frères, soeurs, parents et enfants ont 50% de chances de partager une mutation que vous portez en simple copie (1 chromosome sur 2), et sont surs de porter au moins en simple copie une mutation que vous portez en double copie (les 2 chromosomes, on dit aussi homozygote). Razib a répondu en mettant cela dans un cadre très légaliste : il pense que l’approche de Larry et Rasmus implique de légiférer, et cela, en défenseur acharné des droits individuels, il est contre. Mais il me semble justifié de légiférer dès lors que l’exercice de la liberté des uns empiète sur la liberté des autres. Si je publie mon génome, cela implique effectivement des conséquences potentielles graves pour ma famille proche, et leur avis devrait être pris (certains de mes lecteurs seront rassurés de lire cela). Si je suis trop asocial pour comprendre cela, la communauté, via le législateur, me semble justifiée à intervenir.

La où je suis moins positif, c’est sur le rôle du conseil tribal. Je suis d’accord avec Rasmus et les autres auteurs que dans ce cas-ci c’était une bonne approche. Mais je suis d’accord avec Razib et d’autres qu’il faut se méfier de donner trop de pouvoir à de telles structures. Si un savoyard publie son génome, faut-il demander au conseil général de Savoie ? Qu’en pensent la Haute-Savoie et le Val d’Aoste ? Exemple rigolo, mais s’il s’agit d’un basque les enjeux politiques et culturels deviennent réels. A discuter pour la prochaine fois.

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Des médecins américains découvrent que la pauvreté affecte la santé plus que la race

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Un billet court, qui fait suite à mon précédent billet sur race et génétique. Une analyse récente par des chercheurs de la prestigieuse université de Stanford examine quelles sont les variables qui expliquent la survie jusqu’à 70 ans dans la population américaine.

Les auteurs ont utilisé 22 variables (voir gros tableau) pour expliquer les différences de mortalité entre noirs et blancs. Le point de départ est l’observation qu’en moyenne, on a d’une part des différences noirs-blancs, et d’autre part des différences géographiques, mais que de plus on a des différences géographiques sur la différence noirs-blancs. Dans le Sud-Est (le « vieux sud » traditionnel) la différence est la plus importante. La variation de départ va quand même de 45% de chances d’atteindre 70 ans pour un homme noir dans les régions les pires, à 85% pour une femme blanche dans les régions les mieux dotées.

variables utilisées

En tentant d’expliquer la variation par plein de paramètres, les auteurs trouvent qu’elle est en fait expliquée par des paramètres sociaux-économiques. Dans la figure ci-dessous on voit que si les noirs avaient les mêmes valeurs des paramètres que les blancs (même revenu, même éducation, etc.), bin ils vivraient aussi vieux. On vit moins vieux si on est pauvre et mal éduqué (cliquez sur l’excellente BD ci-dessus), et dans le sud profond, les noirs sont plus pauvres et moins éduqués que leurs voisins blancs. D’où la différence.

différences noirs-blancs réelles (rouge), prédites avec les paramètres réels (bleu), prédites si les noirs avaient les paramètres sociaux-économiques des blancs (verts). (A) hommes, (B) femmes.

Alors cette étude suffira-t-elle à ce que les médecins américains arrêtent de classer les gens selon leur signe du zodiac race, et prennent d’avantage en compte les facteurs économiques ? Osera-t-on dire que la pauvreté est le noeud du problème, avec l’ignorance ? Je ne suis pas trop optimiste, quand on voit que les études qui trouvent des différences quelconques entre noirs et blancs sont publiés dans les revues les plus prestigieuses, tandis que cette étude-ci est dans PLoS One, beaucoup moins visible et moins lu. Mais c’est un pas dans la bonne direction je l’espère.

Races et génétique, c’est reparti

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Bon alors on a droit à ce débat à intervalles réguliers : tous les humains ne sont pas identiques, donc y a-t-il du vrai dans la notion de races humaines ? Si vous dites « non », vous êtes surement un horrible censeur de la science au nom du politiquement correct. Si vous dites « oui », vous êtes un surement un affreux eugéniste, prêt à réveiller les mânes d’Hitler.

La discussion est repartie récemment suite à des billets sur plusieurs blogs scientifiques anglophones. (OK récemment c’est tout relatif, j’ai eu un peu de boulot ces derniers temps, alors cette note a pris du retard. Bref.) Le point de départ est un article dans American Scientist, qui commente très positivement deux livres récents sur la notion de race et le racisme à la lumière de la génétique moderne. Le biologiste évolutif Jerry Coyne, spécialiste de la spéciation, Professeur à l’Université de Chicago, et très actif sur internet, a rebondi pour dire que tout ça c’est des bétises, et, je cite :

the subject of human races, or even the idea that they exist, has become taboo.  And this despite the palpable morphological differences between human groups—differences that must be based on genetic differences and would, if seen in other species, lead to their classification as either races or subspecies

Pour un tabou, je trouve que c’est fou ce qu’on en parle souvent. C’est comme les misogynes qui se plaignent qu’ils n’ont plus le droit des parler des différences hommes-femmes, mais qu’est-ce qu’on les entend. Bref, revenons à nos moutons.

Donc l’argument de Coyne, c’est que :

  • il existe des différences visibles entre humains de différentes origines géographiques, ce qui suffirait souvent à définir des races dans une espèce animale quelconque (il donne l’exemple de pelages de souris) ;
  • il existe des différences génétiques entre individus humains ;
  • point important, ces différences sont structurées géographiquement.

Un autre point important qu’il note, c’est que la structuration géographique se voit à différents niveaux de résolution, et donc qu’il n’y a pas un nombre clairement défini de races, mais plein de races emboîtées. C’est illustré par les figures ci-dessous :

Ce sont des analyses de structure de génétique de populations humaines, prises de l’article Genetic Structure of Human Populations (Rosenberg et al 2002, accès payant). Dans ces analyses, il faut spécifier à l’avance combien de groupes on veut détecter. Quand on spécifie K=4 groupes pour un échantillon d’humains d’un peu partout, on trouve des groupes africain, européen, asiatique et amérindien. Mais si on spécifie K=5 groupes pour le Proche-Orient, on sépare les bédouins des druzes etc.

A ce point, je note que si la notion de « races » inclut la différence entre palestiniens, druzes et bédouins, je ne suis pas sur que ça soit une notion très utile. On peut sous-diviser à l’infini. Il existe des traits spécifiques dans une famille, même qu’on sait faire des tests de paternité. Et alors ? Le problème récurent c’est que dès que l’on utilise le mot « races » pour les humains, les gens projettent dessus tout l’héritage des races en tant que construction sociales, et donc du racisme. Quand je dis construction sociale, aux Etats-Unis les latinos sont séparés des « caucasiens » (blancs), alors qu’en Europe ils seraient inclus, par contre les arabes sont inclus dans les caucasiens, alors qu’ils sont victimes de racisme en Europe. A la fin du 19ème, des gens très sérieux démontraient que la race irlandaise était inférieure. Je ne sais pas si même le KKK parle encore d’une race irlandaise.

Dans un deuxième billet le lendemain, Coyne s’appuie sur un article plus récent, et d’ailleurs excellent, Genes mirror geography within Europe (Novembre et al. 2008, gratuit d’accès). Dans cet article, plus de 500’000 variations dans le génome ont été compilées pour plus de 3000 personnes venant de toute l’Europe. Seules ont été inclues des personnes dont les 4 grands-parents viennent de la même région. Le résultat super cool est montré dans la figure ci-dessous :

Cliquez pour voir l’original

Le nuage de points colorés montre une classification des génotypes (variations dans le génome) des européens. Les couleurs correspondent aux pays d’origine. Il est important de noter que la méthode de classification est basée uniquement sur les génotypes, pas sur l’information géographique. Et pourtant elle récupère une excellente carte d’Europe. Les personnes qui viennent du même endroit ont presque le même génome, les personnes qui viennent d’endroits proches ont des génomes proches, les personnes qui viennent d’endroits éloignés ont des génomes éloignés. Qui plus est, sur la base du génotype on peut prévoir avec une bonne précision l’origine géographique d’une personne (rappel : ce sont des personnes dont les 4 grands-parents viennent du même endroit).

Coyne note que :

It doesn’t really bear on the question of “races”—except showing that discrete racial groups don’t exist in Europe—but it does show that you can do a pretty good job telling where people came from by looking at their DNA

Pourquoi ? Parce que quand la méthode n’impose pas de trouver des groupes discrets, on n’en trouve pas. Ce que l’on trouve, c’est une variation continue liée à la géographie. D’après beaucoup de commentateurs de ses billets (et d’après moi), c’est ce que l’on attend en l’absence de races.

Sur son blog Sandwalk, le biochimiste Larry Moran commente dans le même sens que Coyne, tandis que sur le blog anti-créationiste Panda’s Thumb, Nick Matzke soutient qu’il existe de la varation géographique structurée, mais pas de races.

Pour moi le meilleur jugement était dans les commentaires au billet de Moran par un certain JW Mason. Répondant au commentaire :

nobody–NOBODY–is arguing for an old-school typological or « discrete » race concept, OK?

Il a écrit :

No, not OK.

In common discourse, that is exactly what the word « race » means. If you are talking to e.g. the readership of Scientific American (the audience specified here) and you say « race exists, » what you mean is that « race [in the sense that lay Americans use it, i.e. of discrete distinct races] exists. » If you want to talk about other distinctions between populations of human beings, quite different from the general meaning of the word race, you should adopt a different word for them.

Pour moi ceci est le coeur du problème. Et je pense que cela va bien plus loin que les lecteurs d’un magazine de vulgarisation. De nombreuses études médicales aux Etats-Unis sont organisées en fonction des « races » socialement reconnues, avec des conclusions sur le risque de mortalité des nourissons chez les latinos par rapport aux afro-américains qui à mon avis ne tiennent pas la route. D’ailleurs il y a un excellent article d’opinion de 2005 dans Science à ce propos : Race and reification in science.

Il faut voir que d’une part on va bientôt avoir l’information génomique directe permettant un traitement personnalisé, sans approximations telles que la « race ». D’autre part, ces « races » socialement constitutées sont très inégales en termes de variabilité génétique. Presque toute la variabilité génétique humaine est en Afrique sub-saharienne. Donc on serait d’avantage justifié à partager en San (« bushmen » de Dieux sont tombés sur la tête) <-> le reste, que les races traditionelles. Enfin, la plupart d’entre nous, et de plus en plus, sont d’origine mélangée. Pour des raisons sociales, Colin Powell est considéré comme « afro-américain » aux USA. Mais il est un mélange plus ou moins égal d’Afrique (de l’Ouest ?), d’Asie du Sud-Est et d’Ecosse. Qu’est-ce que cela apporte à notre compréhension de la biologie humaine de le mettre dans une case ?

Il y a de la variabilité génétique entre humains (scoop), elle est organisée géographiquement (re-scoop), on ne connaît pas sa fonction s’il y en a une (à mon avis pas beaucoup mais un petit peu). Voilà, pas besoin du mot « races ». Sauf pour augmenter le nombre de clics sur mon premier billet au Café des sciences. Que je remercie de m’avoir accueilli.