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#Séralini et les #OGM : après la tragédie, la farce

Je ne comptais pas commenter sur le dernier Séralini, mais c’est devenu tellement ridicule que je ne résiste pas. Il a donc publié un « article » qui décrit la mortalité des vaches dans une ferme allemande particulière et l’attribue aux OGM sans aucun élément de preuve. Je ne vais pas dans le détail, pour une fois je vous renvoie à alerte-environnement.

Ce papier m’évoque la citation célèbre de Karl Marx :

Hegel fait remarquer quelque part que, dans l’histoire universelle, les grands faits et les grands personnages se produisent, pour ainsi dire, deux fois. Il a oublié d’ajouter : la première fois comme tragédie, la seconde comme farce.

Donc après la tragédie de 2012 (rappelez-vous, les rats torturés), voici la farce :

  • Le co-auteur de Séralini c’est le fermier qui a accusé le semencier d’être responsable de la mort de ses vaches à l’époque, et qui a été à l’époque débouté par la justice allemande.
  • Le journal est non seulement inconnu au bataillon, mais publié par un éditeur inconnu du Nigéria (il ne faut pas juger là-dessus, mais le Nigéria n’est pas connu pour sa recherche ni son édition), et contient une faute d’orthographe dans son titre : « Scholarly Journal of Agrucultural Science » (ça devrait être « agricultural »).
  • L’article commence par cette phrase incroyable « Thus it was not designed as a scientific experiment« . Ah bin pour une fois c’est clair. Ceci n’est pas une expérience scientifique. Ni une pipe. Ni rien.
  • Car cerise sur le gateau, le journal bidon a oublié de renouveller son domaine internet le lendemain de la conférence de presse annonçant le résultat. A pus article.

Article et résultat auquels personne ne semble porter attention, ce en quoi tout le monde a bien raison.

C’est triste un naufrage pareil quelque part.

Liens :

  • le site du journal, « This domain name expired » à l’heure où j’écris.
  • un cache webarchive, qui ne contient malheureusement pas le dernier numéro avec l’article en question.
  • une version PDF de l’article sur le site américain GMwatch. Il ne semble pas que Séralini maîtrise l’art de mettre ses publications sur son propre site web (en a-t-il un ? une recherche Google mène au CRIIGEN [oui il a un site pas à jour, voir commentaires]), ou dans un site d’archives gratuites comme biorxiv. (Remarquez l’usage du titre « professeur » jusque dans le nom du PDF ; je remarque souvent un amour des titres chez les tenants des pseudo-sciences.)
  • un commentaire amusé sur un blog scientifique anglophone.
  • la nouvelle de la disparition de l’article sur le site Retraction Watch.

Mise à jour du 2 février : le site est revenu en ligne, et un peu de contexte sur ce « journal » étrange sur le blog de Seppi.

Que reproche-t-on à la conseillère scientifique à la commission européenne ?

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Alors, ça y est, le poste de conseiller scientifique à la commission européenne a été supprimé. A l’heure où j’écris, heureusement qu’il y a les les québecois de La Presse pour en parler en francophonie, parce que Pierre Barthélémy et Sylvestre Huet n’ont même pas jugé bon de retweeter une lien vers une info (l’article de Jean-François Cliche à La Presse montre aussi comment on peut intégrer Twitter et les blogs au journalisme scientifique, hum hum) [mises à jour : échange avec Pierre Barthélémy dans les commentaires de son blog ; échange Twitter s’en étant suivi ; Sylvestre Huet a retweeté et engagé le représentant de Libération à Brusselles, qui a dit qu’il suivait ; ça bouge]. Faut dire que la commission a joué fin en faisant ça au moment où tout le monde regardait l’arrivée de Philae sur la comète. Ce qui en soi tend à indiquer qu’ils ne sont pas particulièrement fiers de leur action.

J’ai déjà pas mal parlé de la campagne de différents groupes anti-OGM pour demander que ce poste soit supprimé (billet 1, billet 2). Demandons-nous ce que l’on reproche à Anne Glover (la conseillère sortante) ?

Officiellement, rien, on a supprimé le poste. Si vraiment on reprochait quelque chose à Anne Glover, on la remplacerait. Faut être clair, on supprime le poste de conseiller scientifique parce qu’on ne veut pas de conseil scientifique.

Dans la lettre d’août des organisations anti-OGM, sa prise de position sur les OGM était explicitement visée. En août, tout ce que j’avais trouvé de cité par ces mêmes organisations était qu’en septembre 2013 Anne Glover a cité avec approbation les conclusions d’un rapport établi par l’association regroupant toutes les académies des sciences européennes, lesquelles conclusions étaient que toute la litérature scientifique montre que les OGM ne sont pas particuliérement dangereux. J’ai mis du gras, parce qu’on trouve répété à l’envi l’affirmation selon laquelle le problème serait qu’Anne Glover aurait décidé toute seule que les OGM c’est cool. Non, cette affirmation est fausse.

Pour des avis divers sur les OGM, voir les dialogues que j’ai eu avec des collègues biologistes d’horizons divers, et les commentaires qu’ils ont généré (commencer ici et suivre les liens) ; aucun collègue n’affirme de risque particulier aux OGM, y compris ceux qui ne sont pas à l’aise avec la biotechnologie.

En lisant un article de la BBC sur la suppression du poste, je trouve qu’un an mois après ce rapport à-peu-près, Anne Glover a déclaré que s’opposer aux OGM en raison de risques supposés était « une forme de folie ». Ah c’est clair que ce n’était pas très politique comme déclaration, et elle se serait fait remonter les bretelles je n’aurais pas été surpris. On aurait même clarifié les règles de prise de parole de la conseillère, voire changé de conseillère, ça se serait compris. Mais cette prise de parole intempestive, ce qu’elle montre c’est que comme pas mal de scientifiques (mea culpa) elle trouve normal de dire les choses très franchement, ce que ne ferait pas un politicien. Elle ne montre pas qu’elle ait pris une décision pro-OGM toute seule, puisqu’on rappelle qu’il y a eu ce rapport des académies auparavant.

L’autre chose qu’on va beaucoup lui reprocher, notamment dans les colonnes du Monde grâce à Stéphane Foucart, c’est d’avoir retardé la prise de décision concernant les perturbateurs endocriniens. Alors d’abord il faut être clair : les perturbateurs endocriniens existent, ils sont graves, et je suis bien d’accord qu’il faut agir. Ensuite, d’après ce que je comprends, ce qu’Anne Glover a fait a été de prendre en compte plus qu’elle ne l’aurait mérité une lettre de spécialistes d’endocrinologie qui se sont révélés être en conflit d’intérêts. Stratégie typique de semer le doute, faire croire qu’il y a débat où il n’y en a pas, comme sur le climat, le tabac, l’aminate ou les OGM (sur les OGM, les semeurs de doute sont les anti, pour être clair – bien que Stéphane Foucart ait l’air de dire le contraire dans son livre que je n’ai pas lu [mise à jour : Stéphane Foucart m’a contacté, et m’a donné un extrait de son livre qui indique qu’il est d’accord que l’étude de Séralini et al est « semeuse de doute »]). Elle a probablement eu tort de prendre cette lettre aussi au sérieux, même si une conseillère scientifique reste dans son rôle en attirant l’attention sur un débat scientifique, même s’il n’est qu’apparent. Après tout, ce qui caractérise vraiment les pseudo-sciences du doute c’est de se répéter longtemps après qu’on ait montré qu’ils avaient tort. Mais certains cas de doute sont légitimes, et ils sont plus difficiles à distinguer les uns des autres quand ils sont neufs. D’après je comprends, il y a eu un débat organisé par Glover sur les perturbateurs endocriniens, dont les semeurs de doute sont sortis perdants. Si ensuite la commission européenne n’a rien fait, permettez moi de douter que ce soit grâce au pouvoir énorme du conseiller scientifique. Mais à nouveau, si c’est le problème, d’une part pourquoi ne pas changer de conseiller, et d’autre part pourquoi ceci n’est-il jamais mentionné dans la demande de suppression du poste qui a été faite en août (comme remarqué dans les commentaires de l’article de Foucart en septembre d’ailleurs).

Parenthèse : je suis choqué par les gens qui prétendent avoir débusqué un risque majeur pour la santé humaine, et quand on leur demande des détails, il faut regarder un documentaire « excellent » (aucun documentaire télévisé ne vaut un document écrit en ce qui me concerne ; où sont les références, les notes, les nuances ?) qui n’est pas visible hors de France, ou il faut lire des articles réservés abonnés. Visiblement, la santé humaine doit passer avant l’argent des industries mais passe après l’argent des journalistes. (Voir discussions sur la publication ouverte.) Tout ça pour dire que j’ai pas vu ce documentaire, pas lu cet article, et si vous avez des liens sérieux sur le rôle abominable d’Anne Glover, je suis preneur dans les commentaires.

En conclusion, je ne vois rien qui justifie de supprimer le poste de conseiller scientifique, sauf que certains veulent faire du lobbying sans interférence compétente, sans quelqu’un qui respecte les académies des sciences et la litérature scientifique davantage que les sondages. Si les problèmes dont on nous parle étaient la vraie cause, on aurait juste changé de personne et éclairci quelques règles.

Je maintiens ce que j’ai écrit en août : bas les masques, ceux qui ont réclamé ceci et ceux qui l’applaudissent sont anti-science.

Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

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Sur son blog Ecologie au Monde, Audrey Garric a écrit un très bon billet sur une théorie du complot franchement bizarre, les chemtrails. L’idée que les trainées d’eau condensée laissés par les avions seraient en fait des épandages de produits (chimiques !) visant à changer le climat, stériliser les gens, favoriser les cultures de Monsanto (jamais bien loin ceux-là on dirait ; mais où sont les francs-maçons ? tout se perd) (ah mais je suis rassuré, il y a un commentaire antisémite), et j’en passe. Pour une fenêtre dans la psychée complotiste non diluée, lisez les commentaires, au 2ème degré c’est assez distrayant (j’ai pas tout lu, on se lasse).

Où est-ce que je veux en venir ? Premièrement, souligner une caractéristique des théories du complot : le nombre de gens impliqués doit croître au fur et à mesure du temps qui passe et du développement de la théorie, ou de la prise en compte des limitations de la théorie d’origine. Or un bon complot a peu de comploteurs, et les chances que des milliers voire des millions de personnes disparates (généralement de pays, religions, opinions politiques, etc, différentes) participent toutes à un même complot sans qu’aucun de dévoile le pot aux roses, preuves à l’appui, est largement négligeable. Pour les chemtrails, on doit embrigader toutes les companies d’aviation civile, les armées de l’air de différents pays, les services de maintenance au sol, selon les variantes les personnels et dirigeants des companies pétrolières, etc.

C’est pareil pour toutes les théories du complot. Plus le temps passe, plus des gens raisonables et informés refusent de confirmer, plus ils doivent eux aussi être dans le complot. Ainsi, tout scientifique qui constate, comme Anne Glover (conseillère scientifique à la commission européenne, voir billet d’hier), et comme très récemment le physicien et grand vulgarisateur américain Neil deGrasse Tyson (information sur un site anti-créationiste pour le fun), que les OGM ne sont pas particulièrement dangereux, doit faire partie du complot Monsantiste (voir commentaires gratinés sur Neil deGrasse sur ce blog de généticien des plantes). Pareil pour le changement climatique, vous voyez un peu le nombre d’étudiants de thèse et de master à corrompre tous les ans ? (Attention, je ne dis pas qu’une erreur honnête ne peut pas concerner toute une communauté. On parle bien de complots ici.) Dans le cas de Neil deGrasse, il faut accepter en plus qu’il ait pris l’argent des industriels de droite sur les OGM, en le refusant sur le climat, mais pourquoi pas (voir ici).

Le deuxième point, c’est que les commentaires délirants sur le blog d’Audrey Garric, c’est ce que l’on obtient lorsque l’on baisse les barrières de la rationalité et de la demande raisonnée d’évidence. Tous ceux qui rejettent l’expertise scientifique pour une cause ou une autre, sur les OGM, le climat (voir ce billet), les vaccins (voir excellent Podcast science avec Nima de chez Sham), l’origine de l’humanité (retournez lire l’excellent blog Panda’s thumb), doivent se demander quels critères il leur reste pour rejeter l’irrationalité des autres. Comment nier l’évidence sur les OGM mais l’accepter sur le climat ? Comment refuser les vaccins mais rejetter les chemtrails ? Le seul critère est-il ce qui vous plaît ou vous est expédient à un moment donné ? (Voir ce tweet post-moderniste en réaction à mon billet d’hier.)

Alors c’est facile de se moquer des conspirations qui ne vous plaisent pas, mais il faut être vigilant à ne pas accepter par paresse intellectuelle les conspirations qui nous attirent ou nous arrangent.

Comment écrire un mauvais article : tests multiples, corrélation = causalité, et communiqué de presse mensonger

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Lior Pachter, le lonely cow boy de la bioinformatique, a dégainé à nouveau il y quelques temps (j’ai pris du retard dans la rédaction de billets), mais pour changer il n’a pas attaqué un gros joueur de la bioinformatique (voir ce bilet et celui-ci), mais un article qui a fait pas mal de bruit en début d’année aux Etats-Unis :

J.M. Gilman et al.Cannabis Use Is Quantitatively Associated with Nucleus Accumbens and Amygdala Abnormalities in Young Adult Recreational Users, Neurology of Disease, 34 (2014), 5529–5538.

D’après le communiqué de presse et les interviews de l’auteur, l’article montrerait que même une consommation faible de marijuana cause des lésions au cerveau. C’est possible que ce soit le cas, mais le papier ne montre pas cela. Je vous fais un résumé des erreurs, pour le détail lisez le billet (en anglais) de Lior.

  • Echantillonage faible et biaisé : seulement 20 personnes, et les personnes présentées comme fumeurs occasionnels fumaient en moyenne plus de 10 joints par semaine. On n’a pas la même définition d’occasionnel que l’auteur apparemment.
  • Tests multiples mal corrigés : plus de 120 tests, sans correction appropriée (rappel : quand on fait plein de tests, certains apparaissent significatifs par hasard, sauf si on corrige de manière appropriée). Pire, des tests qui ne passent même pas les critères insuffisants des auteurs sont quand même discutés comme s’ils étaient significatifs, et mis en gras dans les tableaux.
  • Bien sur, les données ne sont pas disponibles, donc on ne peut rien vérifier.
  • Des résultats pas significatifs dans l’article sont discutés comme significatifs par l’auteur dans la presse.
  • Au final, même si tout était bien fait (et rien ne semble l’être), l’étude ne pourrait montrer qu’une association corrélative, avec une causalité inconnue. Mais l’auteur a conclut sur une causalité.

Pourquoi est-ce que je discute ceci malgré mon retard à réagir ? Parce que les mêmes mécanismes sont à l’oeuvre dans de nombreux cas où une étude isolée est utilisée pour appuyer une position qui a un certain appui social.

10 concepts scientifiques dont il faudrait arrêter d’abuser

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Un article récent du blog/magazine techno io9 pose la question à différents scientifiques : « quels concepts sont les plus incompris ? » (en anglais). Les réponses sont intéressantes :

1. Le concept de Preuve, pour Sean Carrol, physicien.

En effet, en dehors des maths, on ne prouve rien, on a un soutien statistique de plus en plus fort pour des modèles décrivant le monde de mieux en mieux. Ce qui pose problème dans la communication scientifique, quand on nous demande si on a la « preuve » du changement climatique induit par l’humanité, de l’efficacité des vaccins, de l’impact (ou non) des OGM, de l’évolution, etc etc. Je suis assez d’accord avec ce problème. Un problème d’ailleurs parallèle est quand on vous demande si vous « croyez » à l’évolution, au changement climatique, etc. Oui au sens d’une opinion raisonnée, mais non au sens d’une croyance religieuse.

2. Le mot Théorie, pour Dave Goldberg, un astrophysicien.

Dans le language commun, une théorie c’est une supposition, one opinion. En science, c’est un édifice théorique (bin tiens) qui décrit un aspect de la réalité, qui est testable et a résisté à de nombreux tests, et qui peut être adapté à de nouvelles connaissances jusqu’à un certain point (par exemple l’inclusion de la génétique dans la théorie de l’évolution). Le problème pour Dave Goldberg c’est la confusion entre ce sens et celle de l’expression du language courant « juste une théorie ».

3. L’incertitude quantique et l’étrangeté quantique, aussi pour Dave Goldberg.

Le problème est l’utilisation de concepts difficiles à comprendre, qui indiquent que le monde à un certain niveau est non déterministe, par toutes sortes de tendances mystiques. Je cite Goldberg : « just because the universe isn’t deterministic doesn’t mean that you are the one controlling it ». La mécanique quantique ne démontre pas l’existence de l’âme (ni de la Force).

4. Acquis contre inné, pour la biologiste évolutive Marlene Zuk.

Je vais citer une partie de son raisonnement, qui vaut le coup :

The first question I often get when I talk about a behavior is whether it’s « genetic » or not, which is a misunderstanding because ALL traits, all the time, are the result of input from the genes and input from the environment. Only a difference between traits, and not the trait itself, can be genetic or learned.

Oui ! Bien évidemment, sans gènes pour apprendre à parler, on ne parle pas français. Mais si on grandit en Chine, on ne parle pas français non plus.

5. Le mot naturel, pour le biologiste synthétique Terry Johnson.

Un cliché des discussions science et société. Les deux points principaux sont bien soulevés par Johnson : (1) est-ce que cela fait sens de distinguer ce que fait un humain (artificiel) de ce que fait une abeille ou un castor (naturel) ? Et (2) spécifiquement pour l’alimentation, c’est plus ou moins impossible à définir, mais pratiquement rien de ce que nous mangeons est sans intervention humaine.

6. Le mot gène, à nouveau pour Terry Johnson.

Il commence par deux points, un où je suis d’accord : on a beaucoup de mal à définir ce qu’est un gène de manière générale, et un où je le suis moins, en répercutant les clichés sur l’ADN poubelle pour lequel on découvrirait plein de fonctions (voir débat ENCODE).

Ensuite il note que le mot gène est souvent mal utilisé quand il est suivi de « pour » ou « de », genre le gène de l’obésité. En fait les variations entre individus, qui nous intéressent le plus souvent dans ces discussions, sont dues à des variations dans les gènes et le reste de l’ADN, qui interagissent entre eux et avec l’environnement. Donc on peut dire « le gène dont certains variants font partie des facteurs de risque pour l’obésité ». Moins sexy.

7. Le terme statistiquement significatif, pour le mathématicien Jordan Ellenberg.

Le point le plus intéressant pour moi, et qui m’a attiré vers l’article via Twitter. En effet, quand on dit « significatif », on comprend qu’un effet a une importance. Or les tests de probabilité utilisés pour parler de significance statistique ne mesurent pas l’importance de l’effet, mais notre capacité à le détecter par rapport à une alternative. Il propose donc « statistiquement détectable » à la place, et la significance serait réservée à la discussion de la taille de l’effet par rapport au phénomène mesuré (10% de différence de durée des enseignements n’a pas la même importance que 10% de différence d’espérance de vie). Je suis tout-à-fait d’accord. D’habitude je clarifie cela en parlant de « significance biologique » (parce que j’étudie la biologie).

8. Le concept de survie du plus apte, pour la paléoécologiste Jacquelyn Gill.

D’une part, ce n’est pas un concept du à Darwin, contrairement à ce que l’on pourrait croire. Et d’autre part, cela évoque un combat continuel dans lequel les espèces s’améliorent forcément. Mais l’évolution peut être neutre, elle peut être adaptative à court terme mais maladaptative à long terme, et l’on peut s’adapter de toutes sortes de manières qui ne soient même pas liées à la survie, mais typiquement à la reproduction (voir billets Ranacaudas et évolution reloaded).

9. La compréhension des échelles de temps géologiques, pour la même Jacquelyn Gill.

Elle râle parce que les gens mélangent dinosaures et hommes de Cro Magnon. Ouais, mais à mon avis plus un problème de culture scientifique que de concepts.

10. Le mot organique (ou biologique), pour l’entomologue Gwen Pearson.

Le même problème que pour le mot naturel. D’ailleurs Pearson met dans la « constellation » de mots qui « voyagent avec organique » les termes « sans produits chimiques » et « naturel ». A noter qu’en anglais « organic farming » a le sens francophone de « agriculture biologique ». Elle râle moins par rapport à la différence, inévitable, entre le sense technique (organique : qui contient du carbone) et le sens courant, mais sur le fait que ces termes indéfinissables recouvrent des réalités variées qui sont alors masquées. On va penser qu’organique ou naturel sont meilleurs qu’artificiel ou synthétique, alors que les champignons vénéneux bio sont bien plus dangereux que l’insuline produite par bactérie OGM. Avec un lien vers un site cool explicant la chimie et les erreurs liées à sa mauvaise compréhension.

(titre corrigé suite à tweet d’Alexandre Moati)

Mise à jour : examples supplémentaires intéressants postés sur Reddit.

Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j’ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants. De même, en cherchant des infos sur Twitter ou autres sources internet, je trouve divers sites. Parfois je tombe sur un  article apparemment excellent, mais je suis toujours curieux de connaître la philosophie et le sérieux d’ensemble du site avant de le recommender ou de l’utiliser comme référence. J’utilise dans ces cas-là le test combiné OGM + climat.

C’est simple : si c’est un site qui semble sérieux sur les OGM, je cherche ce qu’ils disent sur le climat ; et si c’est un site qui semble sérieux sur le changement climatique, je cherche ce qu’ils disent sur les OGM. Typiquement, on trouve des sites anti-écolo ou pro-industrie/pro-biotechnologie qui sont très clairs et documentés sur les OGM, et virent dans la paranoïa complotiste sur le climat, et des sites écolos ou sur la biodiversité qui sont très sérieux sur le climat, la biodiversité, la polution, et virent dans la paranoïa complotiste sur les OGM. Drapeaux rouges typiques : Allègre est un héros, le GIEC se contredit et ment, les paysans indiens se suicident à cause des OGM, le miel est contaminé par les OGM, etc.

Un exemple qui m’est arrivé cette semaine : via Twitter, je tombe sur un article qui semble intéressant sur le viticulteur qui refuse de traiter ses vignes en Bourgogne : Viticulteur bio, décryptage d’une affaire. Je ne connais pas le site, mais le nom et la présentation ressemblent à ce que l’on peut attendre d’un site pro-biotechnologies. Alors recherche sur le mot climat, et bingo :

— Vous avez dit réchauffement climatique ? 14 | 03 | 2006
— Vers trente années de refroidissement du climat ? 18 | 02 | 2010
— Nicolino, DDT et le climat 16 | 04 | 2007
— Agriculture et climat : halte a la panique ! 05 | 07 | 2007
— Laurent Cabrol / climat : et si la planète s’en sortait toute seule 09 | 06 | 2008
— Modifier le climat pour combattre la sécheresse 18 | 03 | 2010
— Climat : un excès de glaces au Canada menace une centaine de bateaux 30 | 04 | 2007
— La science du climat n’est pas encore au point – Chronique du PR Richard S. Lindzen 14 | 12 | 2009
— Quand on sait tout on ne prévoit rien 31 | 05 | 2005
— Le réchauffement climatique est un mythe ! 08 | 11 | 2004
— Du bon usage du réchauffement climatique 20 | 10 | 2009
— Le débat sur le réchauffement climatique n’est pas clos ! 20 | 03 | 2007

etc etc, y compris une « Apologie de Claude Allègre » en 2006.

Donc petit tableau guide :

anti OGM pas anti OGM
nie changement climatique complotiste grave anti écolo militant
ne nie pas changement climatique écolo militant science !

Bien sur, ce système a ses limites, par exemple si le site ne parle jamais d’OGM ou jamais de climat. Dans ce cas il faut regarder plus avant, mais dans l’ensemble ça marche bien.

Mise à jour : le blog écologie d’Audrey Garric sur le site du Monde ne parle habituellement pas d’OGM, ce qui me posait toujours question : pouvait-elle toujours éviter la question et donc de prendre un positionnement minimum ? Alors je trouve qu’elle vient de s’en sortir avec pas mal d’élégance sur les moustiques OGM anti-dengue :

http://ecologie.blog.lemonde.fr/2014/04/18/le-bresil-va-lacher-des-millions-de-moustiques-ogm-contre-la-dengue/

Bien sur elle donne la parole à des anti-OGM sans qualification scientifique sur un mode « il a dit elle a dit », mais ce n’est pas militant anti-OGM et présente les faits sur l’OGM correctement pour autant que je vois. (J’ai commenté là-bas, suivre ce lien.)

Comment juger qu’un résultat scientifique publié est bon ?

scimag

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En septembre, Pierre Barthélémy a publié un billet sur son blog Passeur de sciences : Comment décrypter une étude scientifique, dans lequel il présentait quelques tuyaux sur la manière dont un journaliste scientifique peut juger de la qualité d’un résultat scientifique publié. A l’époque je n’étais pas très à l’aise par rapport aux critères présentés, mais je n’arrivais pas à exprimer mon malaise.

Ce billet m’est revenu à l’esprit en lisant une discussion sur l’excellent blog de Mike Taylor (paléontologue amateur qui publie et grand défenseur du libre accès), dans lequel il discute le fait qu’un article expertisé (peer reviewed) ne garantie pas qu’il soit juste. Jusqu’ici, OK. Le point important est que dans la discussion dans les commentaires, il clarifie mon malaise précédent, et avec son talent habituel pour la clarté met les points sur les i :

The point is that there is no silver bullet. If you want to know whether a published paper is good or not, it’s no good asking “was it peer-reviewed?” or “did it appear in JVP?” or any other such convenient short-cut. There are only two ways to evaluate it. You can either invest serious time (as in hundreds of hours, not two or three) to fully investigate its claims for yourself, replicating observations, experiments and analyses; or you can wait ten or twenty years and see what the community as a whole makes of it. Those are the only options.

Oui ! C’est bien triste mais il n’y a aucun moyen de savoir si un résultat nouveau récent est bon sans faire un travail énorme d’évaluation qui inclut probablement de refaire des expériences, des analyses ou des démonstrations. Sinon il faut attendre que la communauté le fasse : si le résultat résiste à l’épreuve du temps, la confiance augmente. A noter que si un résultat qui semble excitant n’est pas invalidé, mais n’est pas non plus confirmé, et que dix ans plus tard vous ne voyez que peu d’intérêt pour cette idée, ça peut être le signe subtil que personne n’a réussi à le reproduire, mais personne n’a non plus pris la peine de le rapporter, et ils sont juste aller travailler sur autre chose sans faire de bruit. Ca peut aussi être que l’idée était trop en avance sur la technologie de son temps ou quelque chose comme ça, méfiance.

Alors que faire ? Bin rapporter tout nouveau résultat avec plein de conditionnels et de peut-être, se méfier des titres accrocheurs, et chercher à comprendre la technique autant que possible dans chaque cas. Difficile pour les journalistes scientifiques, je l’admets. Ce qui est pourquoi il me paraît important que les scientifiques blogguent, et que les journalistes lisent ces blogs (et souvent ça veut dire les lire en anglais et se taper des discussions techniques, désolé). Au passage je félicite ceux qui essayent de faire du bon boulot malgré l’apparent manque de soutien des patrons de presse. Ce qui ne m’empêchera pas de continuer à me plaindre, les scientifiques c’est comme ça.

ADN de Big Foot : comment être critique de la pseudo-science sans être méprisant ?

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J’ai été contacté récemment pour donner mon avis sur le séquençage d’ADN de Big Foot (ou Sasquatch), le « yéti » nord américain. A l’époque où ce « résultat » avait été « publié » je n’avais pas réagi, vu qu’il était suffisamment couvert à mon avis sur Le bLoug et sur Strange Stuff and Funky Things.

Les guillemets un peu lourds ci-dessus, c’est parce que les auteurs ont écrit un article très bizarre, mal écrit, avec des vidéos et photos type Men in Black / X-files comme évidence à coté des information d’ADN, lequel ADN semble être un mélange d’humain et d’autres animaux. Les méthodes utilisées ont été de collecter des échantillons de poils auprès de personnes convaincues d’avoir Big Foot dans leur jardin ou leur bois. L’article ayant été suprenemment rejeté dans tous les journaux scientifiques contactés (de l’utilité de l’expertise par les pairs), les auteurs ont créé leur « journal« , qui est une page web moche qui fait très amateur, et qui ne contient qu’un article, le leur.

Ah et évidemment l’ADN qu’ils ont séquencé n’est pas publiquement disponible, officiellement parce que l’espèce Big Foot n’existe pas déjà dans les banques de données d’ADN. C’est vrai quoi, c’est pas comme s’ils avaient crée l’espèce Denisova quand il y avait besoin. Ah si. Donc article bizarrement écrit, site web étrange et créé exprès, données non disponibles. Pour soutenir des résultats hautement improbables. Pas de raisons de se méfier.

Sérieusement, le problème qui se pose à moi, c’est comment critiquer un truc pareil sans paraître hautain et méprisant ? Je dois déjà avoir échoué dans ce billet. L’argument « ça se voit à 100 km que c’est des conneries » ne sera pas très porteur auprés des personnes qui ont envie de croire qu’il y a quelque chose de vrai dans ces histoires, je le sens bien. Pourtant ça va être la réponse de tout scientifique qui jette un coup d’oeil à cette histoire. Démonter les résultats est une perte de temps manifeste, à la fois parce que c’est passer du temps à montrer qu’un truc clairement faux est faux, et parce que les partisans du complot fans de Big Foot, Yéti et Monstre du Loch Ness ne seront jamais convaincus.

On revient à un problème discuté à propos de Séralini (qui est un modèle de science comparé aux guignols dont il est question ici) : beaucoup de gens pensent que les scientifiques ont peur des résultats nouveaux et les écrasent ou les cachent, alors qu’on adore les résultats nouveaux. On est juste très stringeant quand il s’agit de les accepter. « Exceptional claims need exceptional evidence ». Si vous avez trouvé une espèce d’hominidé vivant à coté des humains sans être découverte depuis des millénaires, il faut nous le prouver, et une vidéo d’une couverture agitée hors champ (voir ici – cette vidéo est vraiment dans l’article) ça va pas le faire.

Il me semble qu’on a ici un problème de communication auquel je n’ai pas de solution.

C’est tellement compliqué on ne peut jamais savoir ! Pas de vaccins, pas d’OGM et pas de jus de tomate !

nepas

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Le principe de précaution dans sa forme rationnelle est une réaction qui me paraît tout-à-fait sensée face à un techno-optimisme béat (qui n’a guère plus cours depuis un très bon moment quand même je pense) et face à de potentielles élites ne se préoccupant pas des risques pour la populace (voir discussion sur le test Erin Brokovitch).

Mais ces temps-ci j’ai surtout l’impression d’avoir affaire au principe de au-secours-j’ai-peur-je-comprend-pas-et-je-ne-veux-pas-comprendre. Ce qui est frustrant pour un scientifique dont la passion est de comprendre les choses justement. Et si possible prendre en compte cette compréhension dans le choix raisonné des actions.

Point de départ, deux exemples récents ayant affecté des blogs du C@fé des sciences (discussion aussi chez Sirtin).

En commentaire d’un billet de Sirtin sur les micro-ondes, un certain Nirvan s’inquiète du mouvement des molécules d’eau qu’il/elle ingère dans les aliments réchauffés au micro-onde. En réponse, lien vers l’excellent Podcast science, ainsi qu’une comparaison très raisonable de Nima Yeganefar de l’excellent blog Sham and science sur lequel on va revenir, et que je cite parce que c’est important :

Il est certainement plus risqué de prendre sa voiture pour aller au travail tous les jours (risque mis en évidence scientifiquement, mesuré, connu) que de manger des aliments réchauffés par micro onde (risque hypothétique, jamais mis en évidence, où on ne voit même pas un mécanisme possible).

C’est important parce que nombre des peurs que l’on entend évoquer à propos de techniques diverses n’ont aucun mécanisme envisagé. Par exemple si je vois une grosse bête que je ne connais pas, je peux me méfier, il existe un mécanisme « grosse bête attaque humain » bien connu. Plus technique, si on met au point un médicament pour qu’il affecte ma maladie, ça veut dire que ce produit est actif dans mon organisme, donc il y a un risque d’effets secondaires non déraisonnable. D’où les tests extensifs et très couteux imposés à l’industrie pharmaceutique (mais pas homéopathique parce qu’on sait qu’une pilule de sucre et d’eau ne peut faire ni mal ni bien…), qui conduisent à la non commercialisation de la grande majorité des composés prometteurs. Et il reste que même après un max de tests, il peut y avoir des erreurs, et même quand il n’y a pas erreur, presque tous les médicaments sont dangereux à la mauvaise dose ou en l’absence de pathologie. Donc vente en pharmacie. Mais le mécanisme des micro-ondes on le connaît bien (la physique c’est vachement plus simple que la biologie), et on ne voit pas en quoi ça rend les aliments dangereux en soi (pour ce qui est de chauffer des aliments dans du plastique, c’est une autre affaire – il peut y avoir des risques).

Deuxième histoire sur un blog du C@fé des sciences. Sham and science justement, que je vous recommende dans le genre anti-bétises (et anti-bétise) a écrit un bon billet sur la peur des vaccins et ses conséquences funestes. Ca n’a pas manqué, réaction de militants anti-vaccins ; je vous met un lien vers la réaction de Sham and science, pas vers les imbéciles tueurs d’enfants (vous voulez que j’appelle ça comment des gens qui par méconnaissance active cherchent à empécher les gens de sauver les enfants de maladies mortelles et préventibles ?). Les raisonnement m’intéresse parce qu’il est plus proche de la biologie, et se rapproche aussi de ce que l’on entend sur les OGM, que dont j’ai causé plusieurs fois sur ce blog.

En gros, la biologie ça serait très compliqué (vrai), en équilibre naturel (mouais bof), donc il ne faudrait surtout jamais la pertuber, surtout avec des choses qu’on n’a jamais fait. On voit bien ce raisonnement dans une vidéo de PH Gouyon où il explique que les OGM sont dangereux parce qu’on ne peut jamais savoir ce qui va se passer quand on met un gène dans un nouvel environnement génique. Même si ce gène était dans un autre aliment que vous mangiez, même si le produit de ce gène était déjà dans votre alimentation, là, interaction, paf, on peut pas savoir.

Alors, premièrement, on peut chercher à savoir au lieu de dire « on peut pas ». Ca s’appelle la recherche scientifique, et en ce qui concerne les OGM c’est freiné par les arracheurs qui saccagent régulièrement les champs expérimentaux universitaires. Donc si on est empéché de chercher à savoir, c’est sur que c’est dur de savoir. Mais globalement y a des études faites ailleurs qu’en Europe, et y a des gens et du bétail qui mangent des OGM à grande échelle, donc on peut à-peu-près savoir. Pour les vaccins, c’est encore mieux, la recherche se fait sans arrachage et ça fait super longtemps qu’on observe les gens qui se font vacciner (si vous avez des enfants, vous savez qu’ils voient beaucoup le pédiatre au début de leur vie, avant pendant après les vaccins).

Deuxièmement, en ce qui concerne les OGM, on revient toujours au même point, qui est qu’il y en a de toutes sortes. Il y a donc des OGM dans lesquels on a mis dans une variété de riz un gène d’une autre variété de riz. Je pense qu’on a une certaine expérience de ce que ce gène fait dans un contexte (très compliqué je vous l’accorde) de riz. En ce qui concerne les vaccins, on a une très bonne idée de comment fonctionne le système immunitaire. On revient au point sur les médicaments en général : si c’est actif dans votre corps, ça ne peut pas être sans risques. C’est donc une question de coût-bénéfice. Sauver les vies de millions d’enfants et d’adultes tous les ans à coup sûr, contre le risque qu’il y ait peut-être un effet secondaire super rare ou super pas grave (seules possibilités pour qu’on ne l’ait pas encore remarqué) ? J’hésite.

Notez que c’est vrai que la biologie c’est compliqué, et qu’on peut découvrir des choses qu’on ne connaissait pas. Notez aussi que c’est les scientifiques qui les découvrent et les publient et avertissent le public, pas les pseudo-scientifiques conspirationistes. Notez aussi que plus notre connaissance avance, plus les problèmes qu’on découvre ont des chances d’être rares ou peu graves pour pas qu’on les ait vu avant. Ainsi, le mélange du jus de pamplemousse avec certains médicaments provoque des effets secondaires pouvant être graves. On est dans un cas pas hyper fréquent, et décrit dans la litérature scientifique depuis plus de 20 ans, mais il a fallu du temps pour bien vérifier. Un point à relever c’est que le mécanisme en cause est compréhensible, connu, et cohérent avec nos connaissances précédentes : les enzymes P450 sont connues depuis très longtemps pour leur rôle de détoxification qui les poussent à dégrader nos médicaments. Donc les dosages tiennent compte de leur effet et on prend assez de médicament pour en dégrader et encore en avoir. Des populations produisant des formes plus ou moins actives de ces enzymes ont donc besoin de doses différentes de médicaments. Le jus de pamplemousse contient des composés qui sont des inhibiteurs de certaines P450 (au fait, c’est dégueulasse que les principaux articles sur ce sujet de santé publique ne soient pas libre d’accès).

Revenons à l’argument : c’est compliqué, au secours. Je voudrais vous faire remarquer deux choses : un, nous avons tous un génome différent. Non seulement nous avons une combinaison d’allèles hérités de nos parents qui est probablement unique, sauf les vrais jumeaux, mais nous avons chacun une centaine de mutations nouvelles. Deux, chaque individu animal ou plante que nous mangeons, de même (avec moins de variété dans les espèces domestiques, mais d’un autre coté plein de variété dans par exemple les bactéries des fromages). Donc tous les jours vous réalisez dans votre alimentation des mélanges biologiques complexes jamais vu avant. Et vous survivez à la plupart de vos repas ! Waouh. Bon on peut minimiser cela en mangeant tous les repas la même chose très peu variée, mais je prends les paris sur ce qui sera meilleur pour la santé, ça ou un régime varié n’hésitant pas à essayer de nouvelles choses. Sans compter le bénéfice gustatif.

En fait un système peut être complexe mais avoir des comportements robustes, et être en grande partie prédictible. Dire à tout bout de champ « c’est compliqué, faut pas chercher à comprendre, faut rien toucher », ça n’avance pas beaucoup les choses. Reconnaître la complexité (et je vous mets au défi de trouver un biologiste, un médecin, un agronome qui la nie) et travailler avec, oui ça avance la connaissance. Et reconnaître que tous nos choix sont une question de gestion de risques jamais nuls, et de rapport coût / bénéfice, peut permettre de faire des choix raisonnés. La pondération des coûts et des bénéfices peut être très subjective, mais il faut le faire en connaissance de cause.

M. Pierre-Henri Gouyon m’insulte et insulte mes collègues (#OGM #Seralini)

Je viens de découvrir un texte écrit par Pierre-Henri Gouyon sur le site Mediapart :

http://blogs.mediapart.fr/blog/pierre-henri-gouyon/191112/qui-seme-le-doute-recolte

Comme je ne vois pas le moyen de mettre de commentaire sur ce site sans payer d’abonnement, je vais répondre rapidement ici.

M. Gouyon, vous m’insultez.

Vous dites dans votre lettre que la communauté scientifique n’a réagi que parce que des scientifiques à la solde des entreprises ont fait de la propagande :

Ce qui s’est passé depuis quelques semaines, c’est simplement que les entreprises de biotech ont commissionné des scientifiques « amis », prêts à tout, pour démarrer l’attaque. Ceux-ci ont lancé des réactions tous azimut et ont fini par atteindre leurs collègues peu au fait des pratiques de ces organes de propagande, ou plus simplement naïfs quant aux fondements et au contexte du débat, ou parfois aussi intéressés à ce que les entreprises de biotechs, qui sont une source de financement importante des laboratoires n’aient pas d’ennuis

C’est un mensonge, et soit vous le savez, soit vous avez perdu le contact avec la réalité. Sur les blogs scientifiques, tenus par des passionés sans aucun contact avec les biotechnologies (voir liste à la fin de ce billet), nous avons été nombreux à noter les problèmes majeurs de cette étude. A nouveau, je connais plusieurs des auteurs, et moi-même je blogue sous mon vrai nom (me voici), et aucun lien avec la biotechno. Mais une passion pour la science honnête.

Et la raison pour laquelle cette étude a été si commentée, oserais-je vous la révéler ? Les auteurs de cette étude ont fait une pub énorme, comme on n’en voit presque jamais. Alors quand tout le monde parle d’une étude, et qu’elle est nulle, eh bin oui on dit qu’elle est nulle. Incroyable, non ? Il faut faire quoi ? Se taire quand les médias sont plein de pseudo-science ?

Je reviens sur mon titre. M. Gouyon, en écrivant que les réactions à l’article de Séralini et al sont dues essentiellement à la vénalité des chercheurs et à l’argent des biotechnologies, vous nous insultez tous. Vous insultez aussi les collègues dont vous dites qu’ils auraient signé l’une ou l’autre pétition, la première qu’ils auraient vu. Sérieux ? Vous pensez ça de vos collègues scientifiques ?

Excusez-vous et taisez-vous, ou apportez des preuves. Dans mon cas, vous aurez du mal, je vous préviens.

PS: le livre Merchants of Doubt date de 2010, c’est un de mes livres préférés, et ça me fait mal de voir cet excellent travail de recherche sur la sociologie et l’histoire de la science si mal utilisé. Ce billet a été écrit très vite, mais il faudra que je vous fasse une liste des différences entre les cas amiante, tabac, etc, et celui-ci.