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Dons de mitochondrie et nouveau blog à @lhebdo

cliquez, et amusez-vous bien

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En avril 2014, j’ai été contacté (entre autres) par le magazine suisse L’Hebdo (que vous connaissez peut-être au moins pour son expérience du Bondy Blog, maintenant hébergé par Libération), pour y faire un blog. Après hésitation, j’ai accepté. Par rapport à la discussion qui a eu lieu ici il y a un an sur les relations entre blogueurs de science et journalistes, je dois dire que l’approche de L’Hebdo est très ouverte et constructive : pas de nombre de billets minimal ou maximal, pas de ligne éditoriale imposée (bon faut rester dans la légalité hein), et pas de surveillance du style et de l’orthographe. Parfois des billets choisis peuvent être publiés dans la version papier.

Alors en avril dernier j’ai accepté, mais je n’ai pas trouvé le temps ou l’énergie d’écrire là-bas, avec l’élan de publication que j’avais déjà au cafe-sciences. Et puis j’ai repoussé parce que je cherchais un sujet grand public, mais pas les OGM pour changer, et pas le racisme pour pas faire exactement pareil que mon premier billet ici. J’ai finalement trouvé le thème, le temps et l’énergie, et j’ai publié mon premier billet à L’Hebdo :

Des dons de mitochondrie plutôt que des enfants à trois parents

Mon nouveau blog là-bas s’appelle Le sens du vivant, un clin d’oeil au nom du blog de Tom Roud Matières vivantes, et à un de mes films préférés, et je l’espère un nom plus clair que Tout se passe comme si.

Coup de bol, mon premier billet est sorti alors que les commentaires sur L’Hebdo sont plantés… En attendant, je suppose que vous pouvez commenter ici.

Et maintenant ? Je n’ai manifestement pas réussi à animer deux blogs en parallèle, donc je vais essayer de faire vivre celui-là quelques temps, et faire un bilan. Je m’attends à toucher un public différent, plus local mais moins intéressé à la science a priori. A suivre.

Blogs scientifiques, blogs de scientifiques, et blogosphère scientifique

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Récemment, Passeur de sciences a annoncé que le site du Monde.fr allait abriter plusieurs nouveaux blogs de science. Joie !

J’ai commenté que c’est bien, mais ce qui serait encore mieux serait que les journalistes scientifiques francophones, comme leurs homologues anglophones (en tous ceux des grands médias comme le New York Times ou le Guardian), interagissent avec les blogues et blogueurs scientifiques, les citent, les commentent, etc. Tom Roud (du blog Matières Vivantes) a réagi de manière similaire sur Twitter, générant une discussion intéressante (lien). Suite à cela, j’ai eu un bref petit échange avec Pierre Barthélémy, l’auteur de Passeur de sciences, qui m’a notamment écrit qu’il a beaucoup de mal à identifier des blogs tenus par des scientifiques en français. Etant moi-même dans ce cas, je me sens concerné.

Alors il me semble qu’il faut distinguer trois choses :

  • Les blogs de science. Tous ceux du C@fé des sciences et de SciLogs en font partie, ainsi que pas mal d’autres. Ce sont des blogs qui parlent surtout ou seulement de sciences, à des niveaux très divers, de manière très générale ou plus spécialisée, avec un objectif éducatif ou militant. Ils sont écrits par des journalistes, des enseignants, des amateurs passionés, des scientifiques, etc.
  • Les blogs de scientifiques. Ce sont des blogs tenus par des scientifiques, qui parlent de science mais aussi de la communauté scientifique, ses problèmes de misogynie ou de communication, d’enseignement supérieur ou de carrières. Ils peuvent aussi prendre un ton plus militant lorsque l’entreprise ou la communauté scientifique sont menacés, par des politiciens, des groupes d’intérêt, ou des philosophies anti-scientifiques. Ils sont effectivement beaucoup plus fréquents en anglais qu’en français pour une raison simple : si je blogais en anglais, mes collègues pourraient me lire ; en l’occurence, même la plupart des membres de mon labo ne peuvent pas (à supposer qu’ils en aient envie, mais ça c’est autre chose). Mais quand même, il y en a. Même si je ne les connais pas tous, j’ai l’impression que la majorité des blogs de SciLogs sont des blogs de scientifiques, ainsi qu’au moins Sham et Science, Matières Vivantes, et BiopSci (et celui-ci) ici au C@fé Sciences.
  • Les blogosphère scientifique. En anglais, il y a de nombreux dialogues entre blogs, les gens n’hésitent pas à rebloguer sur un sujet déjà traité pour donner un angle un peu différent ou un point de vue personnel, les bloggeurs commentent les uns sur les autres et les uns chez les autres, les blogs se référencent sans cesse. On note là-dedans qu’il n’y a ni barrière forte entre blogs scientifique par non scientifiques et blogs de scientifiques, au contraire, ni barrière forte entre blogs et journalisme, les journalistes n’hésitant pas à relayer les critiques apparues sur les blogs concernant la bactérie à l’arsenic, ENCODE « junk DNA is dead », ou autres. Pour moi, c’est ce qui manque le plus en français, même si le C@fé des sciences est un super effort, et d’ailleurs c’est pour cela que je l’ai rejoint. Mais je trouve très très dommage que Passeur de sciences et Sciences2, ou les blogs de SciLog, ne lient que très peu entre eux et aux autres.

Il me semble que construire une vraie blogosphère scientifique francophone est la première étape pour améliorer les autres points. On a besoin d’un cycle vertueux dans lequel les scientifiques voient l’intérêt à bloguer parce qu’ils voient que leur voix sera prise en compte. Non pas automatiquement, par argument d’autorité, mais quand ils ont quelque chose d’intéressant à dire.

Prochaine étape : établir une liste des blogs de scientifiques, en français. Suggestions bienvenues dans les commentaires ou par Twitter.

 

Réflexions sur le blog SciLog de J.J. Kupiec et le hasard en biologie

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Cliquez sur l’image (suis-je le rat ? le rat me lit-il ? sommes-nous tous le rat de quelqu’un ?)

Il y a un nouvel arrivant dans le (trop petit) monde des blogs scientifiques francophones : SciLogs.fr, déclinaison française d’une plateforme internationale dépendant de Pour la Science (déclinaison française de Scientific American). Dans les premiers billets de ces blogs, il y en avait un de JJ Kupiec sur le rôle du hasard en biologie moléculaire et les conséquences pour la possibilité de synthétiser le vivant. Ce billet pour moi pose aussi la question du rôle des blogs en science.

Kupiec aime mettre « en avant le caractère foncièrement stochastique du fonctionnement interne des êtres vivants ». Là où ça devient étrange c’est qu’il affirme qu’il y a quelques années cela était « quasi hérétique ». Et il ajoute :

On suppose actuellement que chez un être vivant, l’ordre macroscopique, c’est-à-dire ce qui passe à notre niveau, provient d’un ordre microscopique. Les molécules, protéines et séquences d’ADN, principalement, interagissent de manière séquentielle de manière toujours identique, en formant des cascades d’interactions desquelles tout hasard est exclu.

Cette citation m’a choqué, parce qu’ayant étudié la biologie moléculaire entre 1988 et 1992, et étant depuis resté en recherche à l’interface biologie moléculaire – évolution – informatique, je ne reconnais rien de cette description. J’ai appris que les interactions moléculaires ont une composante aléatoire importante, et je n’ai jamais vécu ni entendu un supposé dogme de l’absence de hasard en biologie.

La biologie moléculaire dans ses détails est de la chimie, avec deux spécificités : des molécules souvent très grosses et complexes, et surtout pour ce qui nous concerne très peu d’exemplaires de chaque molécule. Quand on prend une réaction chimique typique, on a des nombres énormes de chaque molécule entrant en jeu. Ceux qui ont eu des cours de chimie se rappellent peut-être d’avoir raisonné en « moles ». Une mole c’est 6×1023 machins (molécules d’habitude). Ces nombres énormes permettent d’énoncer des lois statistiques très fiables concernant par exemple la vitesse d’une réaction ou les concentrations à l’équilibre (ça dépend surtout de la concentration en fait). Dans chaque cellule vous avez quatre molécules correspondant à chaque type d’ADN (par exemple pour un gène donné). Donc quand une protéine se lie à un site donné d’ADN, le rôle du hasard moléculaire (qui tient davantage de la physique que de la chimie à ce point) est moins visible comme une moyenne statistique type « gaz parfait » que comme le résultat de quelques lancers de dé. Mais (il y a un mais) en biologie on n’a pas beaucoup de molécules par cellule, mais on a beaucoup de cellules ! (1013 cellules humaines et 1014 cellules bactériennes environ dans notre corps.) Donc c’est pas Avogadro mais ça commence à moyenner. Du coup on a tendance à voir ces phénomènes stochastiques (ça veut dire au hasard) comme des phénomènes statistiques, des équilibres par exemple entre attachement-détachement de deux molécules.

Kupiec et moi avons eu un dialogue dans les commentaires de son blog [note de 2017 : de nombreux commentaires dont les miens et ceux de Nicolas Le Novère semblent avoir disparu !], où sont aussi intervenus deux spécialistes de la modélisation en biologie, Nicolas Le Novère, et Tom Roud. Je vous invite à lire cet échange.

Je veux revenir d’abord sur un point important soulevé par Nicolas : on savait que le hasard jouait un rôle, mais on le prenait peu en compte dans nos modèles. En effet, notre modélisation du vivant s’améliore au fur et à mesure que nous progressons dans nos méthodes expérimentales et mathématiques. Et logiquement, plus on veut étudier les choses à des niveaux détaillés (peu de cellules ou peu de temps), plus la stochasticité joue un rôle important. Mais dire qu’il y a eu un dogme niant le hasard, dire que la biologie des systèmes ou la biologie synthétique se font en fermant les yeux sur ses effets destructeurs, je suis désolé mais c’est faux (d’ailleurs aucune citation de Kupiec pour le soutenir malgré mes requêtes). On est tous conscients que nos modèles sont insuffisants, ce qui est pourquoi on travaille à les améliorer, les affiner, déterminer leurs zones d’application et les zones où ils ne s’appliquent pas ou mal. Par exemple les modèles de biologie des systèmes récents prennent explicitement en compte la stochasticité, et il y a une vague de « single cell genomics » qui s’occupe essentiellement de la quantifier pour des phénomènes tels que l’expression des gènes dont parle Kupiec.

Puis je vais passer pour un gros snob raleur là, mais les gens qui se la jouent génie incompris qui révolutionne la science je me méfie (la productivité de M. Kupiec hors blogs : PubMed, Google Scholar). Faut lire les commentaires quand il est interviewé sur {Sciences2} concernant ENCODE, c’est assez intéressant (l’interview aussi fait génie méconnu ; et je vois ailleurs dans {Sciences2} qu’il a inventé le terme ontophylogénèse, l’invention de mots étant typique du génie méconnu). Alors si on veut révolutionner la biologie, j’ai un conseil, c’est de faire des expériences ou des modèles meilleurs que les autres et de les publier. Peut-être que JJ Kupiec a parlé de stochasticité de l’expression avant les autres, mais je doute que personne n’y ait pensé, et ce qui est important en sciences c’est ce qu’on fait d’une idée. D’autres que Kupiec développent des modèles mathématiques et des expériences pour quantifier cette stochasticité, et c’est ça qui est important.

Autant je me réjouis de voir une nouvelle plateforme de blog scientifiques francophones, autant je recommende à mes collègues de blogger, autant je ne pense pas que de renforcer la perception déjà trop répandue d’un establishment scientifique conservateur écrasant des Galilée par centaines soit très constructif, ni de présenter une version faussée de l’histoire et de l’état de sa discipline pour se mettre en avant. Je suis bien en peine de voir ce que le billet de Kupiec apporte à la compréhension de la biologie ou de la science au public.

Je note pour finir que la plupart des nouveaux blogs de Scilogs ont commencé par expliquer des trucs intéressants ! Je recommande notamment Best of bestioles et Intelligence mécanique. 🙂

(Billet retardé par la semaine OGM et autres évènements, mais voici.)

Le français à l’université : le pourquoi avant le comment

boulet_anglais

Cliquez sur l’image (New York, NY)

Apparemment ça se frite à nouveau à propos de l’anglais, langue de la communication scientifique mais pas de la France, mais en France y a des scientifiques, d’où problème apparemment. Tom Roud a pondu un bon billet sur le sujet, donc commencez par le lire.

Pour rebondir sur le billet de Tom, il me semble qu’il faut d’abord définir pourquoi on veut utiliser le français en priorité sur l’anglais. Les motivations auxquelles je peux penser sont :

  1. On est chez nous, nom d’Dieu.
  2. C’était comme ça de mon temps, pas de raison que ça change.
  3. A force d’entêtement, on finira bien par dominer le monde.
  4. J’ai la flemme d’apprendre une autre langue que la mienne propre.
  5. On pense différemment dans différentes langues, donc en gardant différentes langues actives on améliore la diversité des modes de pensée au niveau international.
  6. Nos ex-colonisés apprennent le français de toutes façons, autant que ça leur serve ainsi qu’à nous.
  7. Ca fait bien rire les anglais, ils ont pas la vie facile, faut leur faire plaisir.
  8. Si on travaille en anglais, on pourra plus facilement faire des comparaisons internationales, et ça va se voir qu’on est nuls.

Un intrus s’est glissé dans cette liste. Sauras-tu le retrouver ami lecteur ? Oui ! La raison numéro 5 est valable ! Pour poursuivre la discussion, oserais-je vous proposer de traverser le lac Léman, et voir comment ça se passe à Lausanne (en Suisse y a pas que des banques et du chocolat, y a aussi des universités) ?

A l’Université de Lausanne, où je travaille, en biologie (pas forcément pareil dans les autres matières), les deux premières années d’études sont en français à 100%. Avantage : les francophones apprennent les bases dans une langue qu’ils maîtrisent, de même d’ailleurs qu’un petit contingent d’italophones qui préfèrent ça que d’étudier en allemand (y a pas d’études de biologie en italien en Suisse). Inconvénient, les doctorants et post-doctorants non francophones (y en a plein) doivent faire des TP/TD en français (tout le monde ou presque enseigne en thèse) ; on s’en sort en mettant dans la salle un mélange de francophones et non francophones. Et les professeurs ? Quand on en embauche un prof qui doit enseigner en 1ère 2ème année, il s’engage à se mettre au français. On a des anglais, des allemands, des suisses allemands, des polonais, qui enseignent en français (même des français). En troisième année, le français reste dominant mais l’anglais est possible. Avantages : ça permet d’intégrer plus facilement les profs et les assistants non francophones, et surtout ça permet d’enseigner en anglais dès que des étudiants d’échange international le demandent. Ce qui m’arrive plus ou moins tous les ans en dernier semestre de bachelor (= licence). Nos masters de biologie fondamentale sont entièrement en anglais, et les étudiants sont un mélange de francophones, italianophones, germanophones, et un-peu-partout-phones. Avantages évidents : mobilité internationale des étudiants (et dans le cas Suisse, mobilité entre cantons…), enseignement par les profs et post-docs étrangers, formation des étudiants à la langue de la science. Inconvénients : je ne sais pas, personne ne se plaint à ma connaissance. Enfin, les enseignements de niveau thèse sont entièrement en anglais.

Je connais moins bien les détails à l’EPFL voisine, mais les masters de science sont aussi en anglais je crois, les premières années aussi en français, et les étudiants et les enseignants sont très internationaux. A noter aussi que l’EPFL pousse les cours massifs en ligne (MOOC) en français, notamment à destination de l’Afrique francophone. Ils sont où, ils sont où, ils sont où les français ? Notez le mélange d’anglais et de français sur cette page des MOOC à l’EPFL.

Un truc rigolo dans cette histoire, c’est que les suisses romands sont très francophones, même que les suisses alémaniques s’en plaignent. On ne peut pas dire que le français soit en voie d’extinction dans le coin.

Il me semble qu’on peut avoir le beurre et l’argent du beurre : les étrangers qui apprennent le français, les francophones qui apprennent l’anglais, la mobilité internationale des étudiants, la visibilité internationale de la recherche, et la communication francophone auprès du public.

Et pour revenir au point 5 ci-dessus, j’aurais deux réflexions finales :

  • Un francophone qui fait de la science largement en anglais continue à penser comme un francophone, tout en gagnant à communiquer avec les autres. C’est par cet échange et cette confrontation d’idées et d’approches que nous nous enrichissons tous, pas en s’enfermant dans des citadelles illusoires*.
  • Si l’usage de l’anglais colore légèrement notre manière de penser, permettez-moi de m’en réjouir. Dans mon expérience, de la philosophie aux éditorials de magazines et de l’écriture scientifique aux mémoires de guerre, l’anglais est plus clair et plus direct.

* vous avez vu, je n’ai pas dit Ligne Maginot.

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Mise à jour 1 : via Marie-Jean Meurs sur twitter, ces infos sur la situation à Montréal, Québec, Canada :

A Montréal, 2 univ fr (UdM etUQAM) et 2 en (Concordia et McGill). @Concordia, travaux en fr acceptés http://bit.ly/10qT4g5

Les cours aux cycles sup (Master, PhD) sont parfois en En dans les univ Fr et les étudiants peuvent panacher entre univs En et Fr.

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Mise à jour 2 : Je vois que les sondages auprès des étudiants de notre école de biologie indiquent que pour 32-33% d’entre eux la langue de travail ou d’études après leur master est l’anglais, et c’était le cas pour 69% d’entre eux il y a deux ans. Intéressant.