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La pire note de mes études : 2/20 en physiologie végétale (si si) #myworstgrade

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Y a un hashtage #myworstgrade qui circule sur Twitter, où des personnes ayant réussi en science disent quelle a été leur pire note.

Je dois maintenant l’avouer publiquement : j’ai une très mauvaise mémoire. Et bêtement, j’ai choisi biologie, avec plein de par cœur les premières années. Donc mes plus mauvaises notes étaient largement déconnectées de mon intérêt pour les matières, et largement liées au type d’examen : plus il fallait apprendre par cœur, plus je me plantais.

D’où un 2/20 lamentable en physiologie végétale en 2ème année de biologie, matière où contrairement à ce que le nom implique nous ne faisions qu’apprendre par cœur (ou échouer à apprendre par cœur) des séries de réactions chimiques se produisant dans les plantes.

Je n’en ai pas gardé rancune à la physiologie ni aux plantes, mais je ne pose jamais de questions de par cœur en examen…

Et le point important : j’ai survécu, j’ai continué en biologie, tada me voici. Curieusement les très bonnes notes en informatique et en anglais, qui semblaient anecdotiques quand je les ai eu en 3ème année, sont probablement les compétences m’ayant le plus servi. Comme quoi.

Donc : si avez une mauvaise note, ne vous jetez pas du haut d’un pont. Rappelez-vous, la science c’est cool.

Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école

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C’est un débat qui revient régulièrement, et pour une fois avec une certaine symétrie des deux cotés de l’Atlantique : doit-on enseigner la programmation à l’école ?

Les arguments contre, je l’avoue, me convainquent assez peu : la programmation n’est pas vraiment une discipline au même titre que les maths ou la littérature (mais on enseigne aussi la flute à bec, la cuisine et le sport que je sache – et si la définition d’une discipline c’est d’être patiné par les ans, par définition on n’en n’aura jamais de nouvelle) ; pas tout le monde aura besoin de programmer (bin pas tout le monde aura besoin d’avoir lu Victor Hugo et de savoir calculer une dérivée) ; les profs ne sont pas formés (à nouveau, avec cet argument on n’aura par principe jamais de nouvelles matières). L’argument le plus étrange pour moi, mais qui apparemment fait mouche : c’est pas avec ça qu’on va résoudre tous nos problèmes ! (Beaucoup de discussion en suivant ce lien ; l’article lui-même me paraît poser de fausses dichotomies ; et je précise que je n’ai pas lu tous les commentaires.) Euh non, mais si on n’a rien le droit de faire si ce n’est pas la seule solution à tous nos problèmes, c’est un peu limitant (ça me rappelle certains débats sur le riz doré).

Pour être clair : le manque de profs est un problème, mais si c’est le principal problème, alors il n’y a pas d’opposition de principe, et c’est un problème auquel il est possible de chercher des solutions : formation de profs volontaires (et je ne vois vraiment pas pourquoi ça serait limité ni même davantage encouragé pour les profs de maths), embauche en temps partiel d’étudiants, flexibilité sur les diplômes si expérience professionnelle, … bon après je ne m’aventure pas dans les débats sur les statuts de fonctionnaires en France, mais ce n’est plus une question de principe donc.

Alors pourquoi suis-je favorable à l’enseignement de la programmation à l’école ?

D’abord, l’informatique me paraît une matière importante, et c’est en programmant qu’on l’appréhende le mieux. De même qu’on fait des expériences en chimie et physique, des calculs en maths, des rédactions en français, c’est en programmant qu’on comprend à la base l’informatique. Ceci n’exclut pas d’aller plus loin et plus théorique pour ceux qui le veulent, mais il me semble que la compétence de base s’acquiert vraiment au pied du mur en devenant forgeron (ou quelque chose comme ça). J’ai eu une discussion Twitter avec un collègue bioinformaticien à ce propos, où il défendait qu’apprendre à programmer était comme apprendre la mécanique automobile plutôt que la physique. Je maintiens que c’est plus comme écrire des rédactions ou des dissertations, ou résoudre des calculs. De plus, l’informatique est quand même à mon avis à la fois une science et une technologie (voir les avancées et théoriques et pratiques d’un très bon informaticien dans ce billet). (La bioinformatique aussi d’ailleurs.)

Ensuite, lorsque l’on sait programmer, je pense que même si l’on ne programme pas (ou plus) en pratique, on en retire la compréhension de deux choses importantes :

  • On comprend mieux l’intuition du programmeur, et donc on comprend mieux comment utiliser les logiciels et on comprend mieux ce que l’on peut demander ou pas à l’informatique. On comprend ce qui doit forcément être sauvé dans un fichier, sinon ça ne serait pas gardé, ce qui devrait logiquement être modifiable parce que c’est facile, et ce qui n’est pas vraiment possible. C’est facile de se moquer du maire de New York qui affirme vouloir apprendre à programmer, parce qu’en effet dans son travail il ne doit pas en avoir besoin. Mais s’il comprend mieux ce qu’il peut demander, ce qui améliorerait la vie et serait vraiment facile à faire, ce serait un sérieux progrès pour la gestion des grandes villes à mon avis. Et juste pour prendre en main un nouveau logiciel, ou un nouvel appareil (iBidule ou autre), de comprendre ce qu’est un programme et comment ça marche est un sérieux plus. Vous comprenez ce que ça veut dire, que les apps soient « sandboxés » sur un iphone ? Sans savoir programmer, cela reste forcément un peu obscur je pense.
  • On comprend au moins intuitivement plein de notions qui sont en général pertinentes à notre relation avec le monde, y compris hors informatique. C’est un bénéfice de devoir formaliser la manière de penser et d’exécuter. Ce que sont un algorithme (comment résoudre une tache), une heuristique (une solution approximative, rapide et qui marche la plupart du temps), que de mauvaises données ne donneront pas de bonne solutions (Garbage in garbage out), qu’un ordinateur ne peut pas « comprendre » au même sens qu’un humain, etc etc, sont des notions à mon avis fondamentales. Notions que l’on peut bien sur pousser pour ceux qui le choisissent, mais dont on peut donner une intuition à la plupart des gens en leur faisant utiliser.

Un bénéfice je trouve moins critique mais quand même appréciable est de pouvoir utiliser l’informatique dans la zone grise qui n’est pas vraiment de la programmation au sens strict, mais manipule les mêmes objets et concepts : éditer du HTML pour une page web ou un blog, éditer le code dans Wikipedia, utiliser un logiciel de statistiques avancé comme R, écrire des macros Excel, etc.

Débats secondaires : à quel niveau à l’école ? Dès 6 ans, 10 ans, ou seulement à 17 ans ? Et quel languages ? Il me semble qu’il faut d’abord être d’accord sur les objectifs avant de s’occuper des moyens de les réaliser. En l’état des choses, je vote 10-12 ans, programmation de robots puis Python, mais je suis très ouvert à ce niveau-là. 🙂

Blogs sur la biodiversité issus de mon cours sur les blogs #BlogSci

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Je donne en ce moment un cours « Blogging and using Twitter for scientific communication« . J’ai demandé aux étudiants d’écrire un billet de blog la semaine dernière. J’ai listé les billets écrits, qui pour la plupart correspondent à de nouveaux blogs, sur mon blog anglophone, et je vous invite à leur rendre visite :

Student blogs from my graduate course “Blogging and using Twitter for scientific communication” @unil

Je voudrais juste attirer votre attention ici sur deux des blogs qui ont démarré en français, avec une intention nette de vulgarisation sur la biodiversité :

Chouettes titres, les deux blogs, et j’espère qu’ils tiendront la distance sur les objectifs affichés de vulgarisation et d’explication de la biodiversité au public.

Sujet science et société sur ENCODE pour nos étudiants

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Avec un collègue membre du consortium ENCODE, nous proposons le sujet suivant dans notre cours « science et société » (voir aussi ce billet):

En septembre 2012 s’est conclue la phase 2 du projet international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements), qui vise à construire une liste exhaustive des éléments fonctionnels du génome humain, y compris les gènes et les éléments régulateurs. Cette conclusion s’est concrétisée par la mise à disposition de 15 Tb de données génomiques, et 30 articles publiés simultanément dans 3 journaux scientifiques. A l’occasion de ces publications, des commentaires virulents portaient sur l’assertion selon laquelle 80% du génome humain serait fonctionnel. Les auteurs des articles du consortium ENCODE se sont vu reproché d’avoir utilisé une définition abusive de la fonctionnalité.

Dans ce travail, vous discuterez de la pertinence et du rôle des projets de la « Big Science », de la manière dont les chercheurs impliqués dans ces projets devraient communiquer leurs résultats aux autres scientifiques et au public, et de ce que les scientifiques ne faisant pas de la Big Science peuvent ou doivent en attendre.

références :
http://encodeproject.org/
http://www.nature.com/encode/threads
http://genomeinformatician.blogspot.co.uk/2012/09/encode-my-own-thoughts.html
http://gbe.oxfordjournals.org/content/5/3/578
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2013.03.023

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Les étudiants sont en 2ème année de biologie, par groupes de 10. Le cours est obligatoire, et ils doivent choisir un projet proposé par un enseignant de biologie ou de sciences humaines. Ca va des OGM à la vie synthétique, du racisme au créationisme.

Mes billet précédents sur ENCODE :

#ENCODE : La revanche du retour du fils du génome humain

Notre génome n’est pas fonctionnel à 80% et je reste poli, moi #ENCODE

Le génome aléatoire, un contrôle pour interpréter 15 To de données sur le génome humain

Aidez vos enfants à classifier des animaux comme des pro

especes

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Mes enfants ont un jeu de cartes sur les Primates (Bioviva Défi Nature), dans lequel ils doivent s’affronter sur le poids, la taille, la longévité et le temps de gestation de diverses espèces. Je recommende le jeu, il y a aussi des explications sur chaque espèce et un code couleur sur le statut de conservation de l’espèce (menacée ou non, voire danger critique d’extinction).

Un de mes enfants a essayé de classer les cartes pour mettre ensemble « les mêmes espèces ». Bon comme chaque carte est une espèce différente, j’ai supposé qu’il voulait regrouper les espèces apparentées proches.

Premièrement, expliquer la classification binomiale : chaque nom latin d’espèce contient deux parties, par exemple Papio ursinus, le babouin chacma. La première partie est en fait le nom de genre, lequel est un regroupement d’espèces proches. Par exemple dans les babouins on a aussi Papio hamadryas. Donc on peut commencer par regrouper les espèces du même genre. Mais dans l’échantillon présenté cela présente peu de regroupements possibles.

Donc deuxièmement on va regarder la classification au degré suivant. Les discussions arcanes sur la définition d’une famille ou d’une sous-famille nous intéressent peu ici. Ce qui nous intéresse, c’est que dans le paradigme actuel de la classification taxonomique, on nomme des groupes qui correspondent à des espèces plus proches apparentées entre elles qu’à toute autre espèce. Donc on va trouver ces noms, et ça va nous donner les relations.

Heureusement le NCBI américain maintient une excellente resource gratuite sur internet sur la taxonomie (la classication des espèces), au nom original et poétique de NCBI Taxonomy. Si on cherche par exemple Papio ursinus on obtient l’information suivante :

Lineage (full): root; cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Cercopithecoidea; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio

Chacun de ces termes correspond à un groupe de la taxonomie. Cela commence en haut à gauche par le groupe le plus grand, le plus inclusif, à savoir la racine l’arbre de la vie puis le groupe « organismes cellulaires », et au fur et à mesure on trouve des groupes plus petits et plus spécifiques, pour finir sur le genre Papio dont nous étions partis. Pour regrouper les babouins avec leurs proches parents, cliquons donc sur le nom immédiatement à gauche de Papio : Cercopithecinae. Le résultat est un peu long pour le copier en entier ici, mais on trouve ainsi que les babouins Papio sont proches parents des mangabey Cercocebus et des macaques Macaca, entre autres.

Ca a beaucoup plu à mon fils, qui a fait des jolis tas de cartes et a appris quelque chose sur les relations entre primates, mais je sais que beaucoup de systématiciens (profession : classer les espèces, voir commentaires sur ce billet) n’aiment pas NCBI Taxonomy, qu’ils trouvent plein d’erreurs et pas à jour.

D’abord, de par sa mission de servir la bioinformatique, NCBI Taxonomy ne contient que les espèces pour lesquelles on connaît des données d’ADN ou de protéines. Ca fait pas mal d’espèces quand même. Ensuite, à ma connaissance aucune resource informatique (ou livre d’ailleurs) n’est complètement à jour en permanence dans ce domaine très changeant. Et les systématiciens aimant bien se disputer, il n’y a souvent pas une information non ambigue à jour, mais plusieurs alternatives (voir aussi ce billet). Le NCBI préfère dans ces cas-là attendre que le débat se soit calmé avant de modifier sa classification, ce qui lui donne un peu de retard mais évite de prendre partie dans les débats, ce qui me paraît sage. Enfin, il faut bien voir que le NCBI Taxonomy, comme Wikipedia, est aussi ce que l’on en fait. Récemment nous avons trouvé un terme mal utilisé (Coelomata) et un terme manquant (Dipnotetrapodomorpha), et nous avons demandé poliment et avec références et justification au NCBI de modifier leur taxonomie. Et ils l’ont fait. Résumé de nos interventions sur ces deux billets en anglais :
New taxon Dipnotetrapodomorpha in NCBI taxonomy
Don’t complain about NCBI taxonomy, improve it!

Ma conclusion est similaire à celui du billet sur l’hibernation : il existe beaucoup d’informations scientifiques de haute qualité à votre disposition sur internet, il ne faut pas hésiter à s’en servir.

Le français à l’université : le pourquoi avant le comment

boulet_anglais

Cliquez sur l’image (New York, NY)

Apparemment ça se frite à nouveau à propos de l’anglais, langue de la communication scientifique mais pas de la France, mais en France y a des scientifiques, d’où problème apparemment. Tom Roud a pondu un bon billet sur le sujet, donc commencez par le lire.

Pour rebondir sur le billet de Tom, il me semble qu’il faut d’abord définir pourquoi on veut utiliser le français en priorité sur l’anglais. Les motivations auxquelles je peux penser sont :

  1. On est chez nous, nom d’Dieu.
  2. C’était comme ça de mon temps, pas de raison que ça change.
  3. A force d’entêtement, on finira bien par dominer le monde.
  4. J’ai la flemme d’apprendre une autre langue que la mienne propre.
  5. On pense différemment dans différentes langues, donc en gardant différentes langues actives on améliore la diversité des modes de pensée au niveau international.
  6. Nos ex-colonisés apprennent le français de toutes façons, autant que ça leur serve ainsi qu’à nous.
  7. Ca fait bien rire les anglais, ils ont pas la vie facile, faut leur faire plaisir.
  8. Si on travaille en anglais, on pourra plus facilement faire des comparaisons internationales, et ça va se voir qu’on est nuls.

Un intrus s’est glissé dans cette liste. Sauras-tu le retrouver ami lecteur ? Oui ! La raison numéro 5 est valable ! Pour poursuivre la discussion, oserais-je vous proposer de traverser le lac Léman, et voir comment ça se passe à Lausanne (en Suisse y a pas que des banques et du chocolat, y a aussi des universités) ?

A l’Université de Lausanne, où je travaille, en biologie (pas forcément pareil dans les autres matières), les deux premières années d’études sont en français à 100%. Avantage : les francophones apprennent les bases dans une langue qu’ils maîtrisent, de même d’ailleurs qu’un petit contingent d’italophones qui préfèrent ça que d’étudier en allemand (y a pas d’études de biologie en italien en Suisse). Inconvénient, les doctorants et post-doctorants non francophones (y en a plein) doivent faire des TP/TD en français (tout le monde ou presque enseigne en thèse) ; on s’en sort en mettant dans la salle un mélange de francophones et non francophones. Et les professeurs ? Quand on en embauche un prof qui doit enseigner en 1ère 2ème année, il s’engage à se mettre au français. On a des anglais, des allemands, des suisses allemands, des polonais, qui enseignent en français (même des français). En troisième année, le français reste dominant mais l’anglais est possible. Avantages : ça permet d’intégrer plus facilement les profs et les assistants non francophones, et surtout ça permet d’enseigner en anglais dès que des étudiants d’échange international le demandent. Ce qui m’arrive plus ou moins tous les ans en dernier semestre de bachelor (= licence). Nos masters de biologie fondamentale sont entièrement en anglais, et les étudiants sont un mélange de francophones, italianophones, germanophones, et un-peu-partout-phones. Avantages évidents : mobilité internationale des étudiants (et dans le cas Suisse, mobilité entre cantons…), enseignement par les profs et post-docs étrangers, formation des étudiants à la langue de la science. Inconvénients : je ne sais pas, personne ne se plaint à ma connaissance. Enfin, les enseignements de niveau thèse sont entièrement en anglais.

Je connais moins bien les détails à l’EPFL voisine, mais les masters de science sont aussi en anglais je crois, les premières années aussi en français, et les étudiants et les enseignants sont très internationaux. A noter aussi que l’EPFL pousse les cours massifs en ligne (MOOC) en français, notamment à destination de l’Afrique francophone. Ils sont où, ils sont où, ils sont où les français ? Notez le mélange d’anglais et de français sur cette page des MOOC à l’EPFL.

Un truc rigolo dans cette histoire, c’est que les suisses romands sont très francophones, même que les suisses alémaniques s’en plaignent. On ne peut pas dire que le français soit en voie d’extinction dans le coin.

Il me semble qu’on peut avoir le beurre et l’argent du beurre : les étrangers qui apprennent le français, les francophones qui apprennent l’anglais, la mobilité internationale des étudiants, la visibilité internationale de la recherche, et la communication francophone auprès du public.

Et pour revenir au point 5 ci-dessus, j’aurais deux réflexions finales :

  • Un francophone qui fait de la science largement en anglais continue à penser comme un francophone, tout en gagnant à communiquer avec les autres. C’est par cet échange et cette confrontation d’idées et d’approches que nous nous enrichissons tous, pas en s’enfermant dans des citadelles illusoires*.
  • Si l’usage de l’anglais colore légèrement notre manière de penser, permettez-moi de m’en réjouir. Dans mon expérience, de la philosophie aux éditorials de magazines et de l’écriture scientifique aux mémoires de guerre, l’anglais est plus clair et plus direct.

* vous avez vu, je n’ai pas dit Ligne Maginot.

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Mise à jour 1 : via Marie-Jean Meurs sur twitter, ces infos sur la situation à Montréal, Québec, Canada :

A Montréal, 2 univ fr (UdM etUQAM) et 2 en (Concordia et McGill). @Concordia, travaux en fr acceptés http://bit.ly/10qT4g5

Les cours aux cycles sup (Master, PhD) sont parfois en En dans les univ Fr et les étudiants peuvent panacher entre univs En et Fr.

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Mise à jour 2 : Je vois que les sondages auprès des étudiants de notre école de biologie indiquent que pour 32-33% d’entre eux la langue de travail ou d’études après leur master est l’anglais, et c’était le cas pour 69% d’entre eux il y a deux ans. Intéressant.

Enseigner une nouvelle génétique ?

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Un article récent dans PLoS Biology pose la question de l’enseignement de la génétique à l’ère de la génomique. L’auteur, Rosie Redfield, par ailleurs célèbre pour avoir bloggué ses efforts conduisant à montrer que les bactéries ne vivent pas d’arsenic et d’eau fraîche, part de l’expérience de son université en refondant leurs programmes de génétique de licence/bachelor.

Elle fait plusieurs observations, dont les plus frappantes sont :

  • les étudiants ne feront plus, en recherche ou ailleurs, de manipulations de génétique classique ;
  • la génomique et l’ADN sont omniprésents dans la société, comme ils ne l’étaient pas il y a une génération.

Dans son article elle donne des exemples de titres d’actualité tirés de Google news, pour montrer la part prise par la génétique dans la société. J’ai répété l’exercice en français (le 17 juillet) :

LE DOPAGE GÉNÉTIQUE, ENTRE FANTASME ET RÉALITÉ
UNE MUTATION GÉNÉTIQUE PROTÉGERAIT D’ALZHEIMER
GÉNÉTIQUE : LE CONTINENT AMÉRICAIN AURAIT ÉTÉ COLONISÉ EN TROIS VAGUES
SLA : DES MUTATIONS QUI METTENT LE CYTOSQUELETTE À MAL
BIODIVERSITÉ : LA LONGUE ROUTE DE NAGOYA
GÉNÉTIQUE: LA BANANE LIVRE SES SECRETS

Oui, en effet, la génétique est bien présente dans notre société à plein d’égards.

Elle note aussi qu’avec l’enseignement habituel de la génétique on passe du temps à expliquer des techniques surannées tout en ignorant les mécanismes moléculaires, inconnus à l’époque mais connus maintenant, et en traitant en priorité des cas simples qu’on savait déjà étudier, mais en négligeant la complexité que l’on a découvert grâce à la génomique. Par exemple, les étudiants apprennent que les allèles sont récessifs ou dominants, alors que la plupart des allèles n’entrent pas dans ce cadre, et que la dominance ou la récessivité est relative, pas absolue (à savoir A n’est pas toujours dominant, il peut être dominant sur B mais récessif par rapport à C).

Elle propose donc un changement radical, où au lieu de commencer par Mendel et ses petits pois, on commence par la génomique personalisée, on passe à la variabilité naturelle des génomes, puis on arrive à de la génétique moléculaire puis classique, pour finir sur les applications (cancer & friends).

Il y a une réaction relativement détaillée sur le blog de Larry Moran, auteur de livres de biochimie, qui est très négatif. Ses problèmes principaux sont que le nouveau programme proposé est trop centré sur l’humain, alors que ça doit être un cours de biologie fondamentale ; que ce curiculum commence par des concepts très difficiles à bien comprendre (mais je dirais que c’est souvent le cas, ce qui est une des raisons pour lesquelles la pédagogie comprend beaucoup de répétitions apparentes, de la première fois où on entend parler de quelque chose jusqu’au point où on le comprend) ; qu’elle met trop l’accent sur des questions auxquelles on peut répondre avec la génétique, et pas assez sur la génétique elle-même ; et qu’elle mélange des questions de génétique et des questions d’éthique (doit-on faire des tests génétiques personnalisés ?) (il en rajoute dans un 2ème billet auquel Rosie a répondu).

Si vous êtes intéressé à la question, je vous recommende de lire l’article (en anglais et en libre accès). Moi-même je n’enseigne pas la génétique, mais (1) je n’aurais pas tendance à jeter la génétique classique par-dessus bord si vite, (2) je trouve que la question mérite certainement d’être posée. Il y a eu de très nombreuses réactions sur twitter, environ 50-50 « enfin ! » contre « c’est quoi ces conneries ». Et une fois n’est pas coutume, il y a eu des réactions sur le site même du journal. La plupart positives, y compris par un auteur de livres de cours de fac, qui dit qu’elle a raison, mais que c’est difficile de changer le système.