Archives pour la catégorie science et société

Pourquoi les journalistes combattent-ils le libre accès aux articles scientifiques ?

Il y a eu récemment un excellent article dans The Guardian sur la mise en place du système de publication scientifique que nous avons à présent, dans lequel un petit nombre de maisons d’éditions exploitent le travail non rémunéré des chercheurs pour vendre les articles scientifiques aux bibliothèques dans un marché de monopole, en interdisant l’usage libre dédits articles. Déjà, lisez l’article si vous lisez l’anglais, c’est très intéressant pour ceux que ces choses intéressent.

Une solution poussée par une partie de la communauté scientifique depuis des années est l’open access, ou libre accès. Dans ce modèle, les articles scientifiques sont en accès gratuit immédiat, et sous licence « creative commons » permettant l’usage dans des livres, articles, encyclopédies, cours, etc. Les frais de publication sont soit couverts par une fondation, soit payés par les auteurs lors de la publication. Ce qui peut paraître surprenant, mais les chercheurs ne sont de toutes façons pas payés pour publier, et dans beaucoup de cas on paye (sur les finances des laboratoires) pour publier sans que soit en libre accès. Voir discussions précédentes par exemple ici et liens inclus :

Moi qui vous cause, je parle d’open access en vidéo

Tout ça pour dire qu’en lisant l’article du Guardian, je me demandais pourquoi il y a si peu de soutien pour l’open access dans les journaux français. Non seulement on ne voit jamais d’articles comme celui-là, mais on a régulièrement des chroniques comme celle-ci :

Une revue scientifique prise au piège d’un canular sur le pénis

Dans lesquelles l’open access est assimilé à de la sous-science, à un problème à régler, et non à une tentative récente de réparer un système cassé. Je me permet de renvoyer à mon billet L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique.

Nous avons donc d’un coté de grandes maisons d’éditions privées, qui font des marges de bénéfices parmi les plus élevées du monde (dans les 30-40%, plus qu’Apple ou Total), qui prennent le travail des chercheurs fonctionnaires, le verrouillent derrière des « droit d’auteurs » abusifs qui ne protègent que les sociétés d’édition et pas les auteurs, revendent cette connaissance scientifique accumulée à des prix prohibitifs en constante augmentation aux universités et aux bibliothèques, et bloquent toute tentative de partage de la connaissance avec le reste de la société.

Et de l’autre coté des journaux qui rendent toute la connaissance immédiatement disponible et réutilisable à tous, et qui sont en concurrence directe sur les frais de publication (si je choisis où publier, il y a marché libre ; si je dois lire un certain article, il y a monopole).

Les journalistes scientifiques soutiennent donc évidemment les deuxièmes, non ?

Si non, ils sont prudemment neutres ?

Non et non, ils avalent chaque canular et attaque injuste des éditeurs traditionnels, répandent chaque rumeur injuste sur l’open access, et ne donne presque aucun écho au scandale des frais d’abonnement négociés en secret :

La France préfère payer (deux fois) pour les articles de ses chercheurs

(mon commentaire ici)

Que faudra-t-il pour que les journalistes francophones soutiennent l’effort historique pour rendre toute la recherche scientifique libre et accessible à tous ?

L’hypocrisie du débat sur la vaccination obligatoire

Suite à la proposition de la ministre de la santé française de rendre davantage de vaccins obligatoires (Le Monde), le débat sur la vaccination obligatoire est reparti. Par exemple une tribune, à nouveau dans Le Monde :

« Au sujet des vaccins, l’obligation n’est pas la solution » par Luc Perino.

(On remarque à nouveau que les tribunes écrites par des chercheurs, médecins, etc, dans Le Monde sont systématiquement réservées aux abonnés. Pourquoi ne pas rendre ces tribunes accessibles, si pas du point du vue du Monde, de celui des auteurs ?)

Ce qui me frappe, c’est que l’on ne voit pas tant de débats « raisonnables » sur l’obligation de la ceinture de sécurité, de ne pas vendre de tabac et d’alcool aux mineurs, l’obligation d’indiquer des dates de péremption, etc. C’est seulement là où il y a un mouvement social anti mesure de sécurité,  qui se trouve être anti-scientifique, que l’on a ce type de débats. Alors lorsque l’on « pose juste la question », on ne soutient pas ces mouvements explicitement. Mais on leur donne une légitimité en tant que partenaire de débat raisonnable. Légitimité qu’ils n’ont pas plus que les créationistes ou les dénialistes du lien SIDA-HIV.

On pourra toujours discuter de la limite de ce qui est obligatoire ou simplement recommandé dans chaque société, et ces limites changent avec le temps et les moeurs. Mais les vaccins sauvent des vies et ont des effets secondaires négligeables, et si on est dans une société où les risques sont minimisés (à outrance parfois avec le principe de précaution qui reste pour des techniques pas si neuves) et la santé est vue comme une valeur cardinale, alors il n’y a aucune cohérence à ne pas rendre et garder les vaccins obligatoires.

Après avoir écrit ce billet, j’ai trouvé cette excellente tribune :

« 200 grands médecins s’engagent en faveur de la vaccination obligatoire » Le Parisien (et libre d’accès)

Sinon on va interdire le glyphosate parce que peut-être parfois ça donnerait des cancers, rendre obligatoire dans les cantines une alimentation bio sans bénéfice démontré, reconduire l’état d’urgence ad vitam aeternam, mais on va laisser des gens répandre des maladies dangereuses parce que la liberté est plus importante que la sécurité collective ?

Pour finir, si vous comprenez l’anglais, l’excellent comédien John Oliver sur les vaccins :

Ne mélangez pas « il n’y a pas un gène pour ça » et « ce n’est pas génétique »

Carte des résultats les plus significatifs pour divers traits sur le génome humain. Cliquez pour l’original interactif.

Entre les années 1970 et 2000, il y a eu une mode de recherche de gènes « pour » des tas de caractères compliqués, du style l’obésité, l’intelligence, la réussite, l’homosexualité, la tendance à chercher des gènes, etc. Et en contre partie, les critiques de ces études mettaient en exergue le fait que ces traits ne soient pas déterminés par les gènes. Exceptionnellement, les deux extrêmes avaient tort, et la vérité est plus complexe.

Pour comprendre la discussion, prenons un exemple moins controversé : la taille. Qui plus est, c’est facile à mesurer sans ambiguïté, contrairement à l’intelligence ou l’orientation sexuelle.

  • La taille a une composante héréditaire : si les parents sont plus petits, les enfants sont plus petits.
  • Cette composante héréditaire n’est pas due juste à un environnement partagé, mais bien à une part génétique : mêmes adoptés, même dans un environnement très différent, des enfants auront une taille plus grande si leurs parents sont plus grands.
  • Mais il y a aussi une part environnementale : si des enfants grandissent avec plus ou moins à manger, une nourriture plus ou moins diversifiée, plus ou mois accès aux soins ou pas, etc, ils seront plus ou moins grands ; ce qui est illustré par l’augmentation de taille de la population de chaque pays lorsqu’il se modernise : ce n’est pas la composante génétique qui change.
  • Mais mais, il n’y a pas un gène de la taille ! La taille est le résultat de nombreux effets, interactions entre de nombreux gènes et de nombreux facteurs environnementaux.

Avec cet exemple, on voit que ce n’est pas un simple choix « il y a un gène qui détermine », ou « ce n’est pas génétique ». De nombreux gènes influencent la taille, et c’est le cas pour la plupart des caractéristiques complexes qui sont intéressantes. Chacun de ces gènes a une contribution individuelle très mineure : il n’y a même pas 5 ou 10 « gènes de la taille ».

En fait, tellement de gènes sont impliqués, avec de si faibles contributions, que lorsque l’on a commencé à faire des études grande échelle de recherche des gènes impliqués dans la taille, on n’a presque rien trouvé. Alors avec d’un coté une composante héréditaire claire, d’autre part pas de gènes détectés, on a parlé d’hérédité manquante. Il y a eu beaucoup de spéculations sur le rôle des interactions entre gènes ou autres phénomènes pouvant expliquer la différence entre rôle des gènes détectés (peu) et hérédité (élevée). En fait, c’est juste que les effets sont tellement faibles qu’il faut beaucoup de données pour les mesurer avec confiance, donc des études avec les génomes de beaucoup de personnes : 253’288 individus pour trouver 697 variants génétiques qui expliquent 1/5ème de la variation de taille dans Wood et al 2014 ; « seulement » 44’126 individus, mais avec de meilleures données génomiques (séquences complètes et non variants prédéfinis) et une meilleure méthode pour expliquer 56% de la variation de taille avec … 17 millions de variants génétiques dans Yang et al 2015.  Il y a bien un effet génétique fort (56%), mais qui n’est absolument pas attribuable à un ou quelques gènes (dix-sept millions de variations !).

Et c’est là qu’on peut revenir aux débats sur « le gène de l’intelligence ». Il est clair que des traits tels que l’intelligence, à supposer que l’on puisse les définir objectivement, sont le résultat de l’interaction de nombreux effets, et que certains seront génétiques et d’autres environnementaux. Il est donc illusoire de chercher « le gène ». Mais il est également illusoire de penser qu’il n’y a pas de part génétique.

Cette dernière phrase peut être surprenante pour beaucoup de gens, en tous cas dans mon expérience. Il y a l’idée que de reconnaître une part génétique de traits importants socialement serait inégalitaire ou déterministe. Et une résistance de certains en sciences humaines à l’idée que la biologie serait pertinente à comprendre le comportement humain.

Pour le déterminisme, reprenons l’exemple de la taille : face à l’héritabilité importante de la taille, serait-il justifié qu’il ne sert à rien de bien nourrir les enfants pour les aider à grandir ? Non, tout le monde grandira mieux s’il est bien nourri. Par exemple les français semblent avoir gagné 5 cm en moyenne entre 1960 et 1990 (Wikipedia) (à noter aussi pour tous les nostalgiques qui pensent qu’on était tellement plus sains avant). De même, ce n’est pas parce qu’il y a des facteurs génétiques pour des traits comportementaux complexes qu’il y a une fatalité. Et de toutes façons, s’il y a une composante génétique il y en a une, que ça fasse plaisir ou non.

Alors y a-t-il des éléments de preuve pour une composante génétique pour l’intelligence ? L’intelligence en soi c’est très difficile à définir objectivement, mais il commence à y avoir des éléments concernant des traits de ce type. C’est un domaine en évolution rapide, donc résultats à prendre avec des pincettes, surtout si vous tombez sur ce billet quelques temps après sa publication en janvier 2017.

Okbay et al 2016 ont étudié 293’723 personnes (avec réplication des résultats dans un autre groupe de 111’349 personnes). Ils ont trouvé  74 variations dans le génome qui sont associées au nombre d’années d’études. De manière intéressante, ces variations sont surtout dans des gènes actifs dans le développement embryonnaire du cerveau. Ce qui tend à conforter l’idée que ce soient des résultats pertinents et non dus au hasard.

Approche différente : des régions du génome peuvent être manquantes ou au contraire en double chez certaines personnes. On les appelle Copy Number Variants. Männik et al 2015 ont caractérisé chez 7877 estoniens en bonne santé ces Copy Number Variants et ont trouvé que les personnes ayant de gros morceaux d’ADN en trop ou pas assez avaient moins bien réussi leurs études que les autres personnes.

Enfin, Ganna et al 2016 ont cherché les variations génétiques très rares (observées une seule fois jusqu’ici), dans 14’133 personnes. Ils trouvent que les personnes ayant des mutations affectant la fonction d’un gène ont une réussite éducative plus faible, et ceci spécifiquement pour les gènes actifs dans le cerveau.

Au final, les humains sont des animaux, et il n’y a pas de raison de penser que notre comportement et nos capacités ne soient pas en partie génétiques. En acceptant cela, il faut garder à l’esprit que :

  1. nous sommes chacun le résultat d’une interaction génome x environnement ;
  2. ce n’est pas pour autant qu’il existe un « gène pour X » ;
  3. détecter ces composantes génétiques est très difficile, et nous n’en sommes qu’au début, donc prendre chaque résultat individuel avec des pincettes (y compris les exemples donnés ici) ;
  4. et donc ne pas croire tout titre provocateur « l’intelligence vient de la mère » ou je ne sais quoi ;
  5. la variation génétique ne correspond pas aux « races » traditionnelles (qui ne correspondent d’ailleurs à rien).

Billet invité : revue du livre « Conflits intérieurs »

Hébergement exceptionnel d’un billet par un collègue, Christophe Dessimoz, qui n’a pas de blog francophone : sa revue d’un roman scientifique qui lui a particulièrement plu.

« Conflits Intérieurs »
écrit par Eric Bapteste
publié aux Editions Matériologiques, 2015, €15 (papier) €9 (ebook)

Pour mieux s’en sortir, vaut-il mieux de rivaliser ou coopérer? Cette question fondamentale se pose dès lors qu’il y a des interactions entre agents—qu’il s’agisse d’individus, d’entreprises, ou de peuples. Et il en va de même à travers tout le vivant. Dans son roman « Conflits Intérieurs », le biologiste Éric Bapteste donne une place centrale à la réalisation récente de l’extraordinaire complexité des interactions à tous les niveaux biologiques.

Par exemple, chacun d’entre nous porte entre une et dix bactéries pour chacune de nos cellule humaine. Que ce soit sur la peau, dans la bouche, ou dans l’intestin, ces bactéries sont souvent commensales—c’est à dire qu’elles bénéficient de l’environnement offert par le corps humain sans y nuire—ou même symbiotique en ce sens qu’elles contribuent des fonctions biologiques bénéfiques pour l’homme ou nous protège de variétés pathogéniques. Mais ces interactions ne sont pas inébranlables. Quand l’occasion se présente—par exemple si une masse critique est atteinte ou le système immunitaire est affaibli—des bactéries inoffensives peuvent soudain se révéler fatales…

Comment aborder ces thèmes somme tout assez techniques dans un livre grand public? En mariant science et intrigues! L’auteur nous raconte la rivalité entre les Professeurs Beaubien et Hatch, caricatures l’un du professeur « vieille école » savant mais détaché, et l’autre du scientifique-manager sans scrupules. Les sujets scientifique abordés dans le livre sont véridiques mais l’histoire et les protagonistes, l’auteur nous l’assure, purement fictifs.

Fictifs certes mais pas invraisemblable: quête de renommée, conspirations, relations tumultueuses entre chef de labo et subordonnés, romance…. le monde de la science contemporaine est en effet loin des clichés du chercheur solitaire à la poursuite de La Vérité. Au contraire, c’est un monde éminemment social, où sont manipulés données et collègues.

Le cocktail de science et intrigues entre chercheurs fonctionne. Les théories sont distillées de façon abordable et sans prétention au cours d’une histoire palpitante. Le résultat captive.

Le thriller de vulgarisation scientifique, un nouveau genre?

(Ajout de MRR : quelques autres billets sur des romans au cafe-sciences.)

Moi qui vous cause, je parle d’open access en vidéo

cc-by-ac-dc-men-s-t-shirtVendredi 11 novembre il y avait une conférence sur l’open access à l’Université de Genève, où l’on m’avait demandé de présenter « le point de vue du chercheur ». Après discussion avec les organisateurs, j’ai décidé de donner un point de vue assez subjectif, en insistant sur les méconceptions fréquentes sur l’open access, et sur les aspects pratiques et moraux pour les chercheurs.

Mon live-tweet de la conférence : hashtag #OAunige.

Ma présentation a été filmée, et la voilà :

En cliquant vous arriverez sur la page avec la vidéo, le embed fourni ne semble pas marcher

En cliquant vous arriverez sur la page avec la vidéo, le embed fourni ne semble pas marcher

Mes diapositives sur slideshare.

Si vous ne connaissez pas l’open access, j’ai écrit plusieurs fois dessus dans ce blog : mot clé politique de publication, et notamment ici une interview au magazine de mon université, et ici un article d’opinion dans Le Temps. En bref, open access c’est quand les articles écrits (gratuitement) par les chercheurs payés par les contribuables et donateurs sont disponibles gratuitement et réutilisables. Le contraire, « toll access » (expression que j’ai apprise pendant cette conférence et que j’ai bien aimé), c’est quand on donne l’entièreté des droits de vendre et contrôler notre labeur à des éditeurs, et qu’on doit payer des abonnements chers pour le lire.

(J’ai parfois écrit « libre accès », mais je vois que tous les francophones autour de moi utilisent « open access », dont acte.)

De nombreux malentendus sur l’open access semblent dus à ce que c’est un modèle relativement récent. Donc même si quelques journaux (comme Nucleic Acids Research) sont passé du toll access à l’open access, en général les journaux anciens sont en toll access, et les journaux en open access sont récents. D’où confusion avec d’autres caractéristiques corrélées à l’age des journaux : réputation, professionnalisme, etc. C’est un thème sur lequel je reviens plusieurs fois dans la conférence et dans la discussion suivante.

L’autre thème récurrent c’est que le choix de l’open access comprend des aspects pratiques, de coût, de visibilité, mais c’est aussi et surtout une question morale : tout le monde devrait avoir accès aux résultats de la recherche publique. Ce qui n’est pas sans lien avec mon billet d’hier sur les tribunes de chercheurs d’ailleurs.

 

Publier des tribunes de chercheurs sous abonnement payant : pourquoi ?

Petit échange Twitter récent :

Si vous cliquez sur les liens vous pouvez lire toute la discussion. Je suis généralement pour la publication libre d’accès (open access) de toute la litérature scientifique. Mais je trouve particulièrement choquants les cas de tribunes ou bilans de la recherche explicitement à destination du public ou des décideurs, ou les concernant directement, qui sont cachés par des abonnements payants parce que… que quoi en fait ? Les auteurs pensaient que ces publications avaient davantage de prestige, donc ils seraient davantage écoutés ? Ou peut-être (probablement dans mon expérience limitée) que les auteurs ne se sont pas posés la question.

Alors sans abonnement au Monde vous ne pouvez pas lire la tribune sur les perturbateurs endocriniens. D’après Martin Clavey, les auteurs pourraient la publier ailleurs, mais (1) ils ne semblent pas l’avoir fait encore (ou mon Google-fu me trahit), (2) la version largement visible est celle du Monde, et (3) mais pourquoi ne pas l’avoir publiée visible d’emblée ? Et dans bien des cas, cette option n’existe pas.

Mise à jour : la version anglaise est librement disponible (et le copyright n’est pas clair pour moi).

Est également sorti récemment un article faisant le bilan de ce que l’on sait sur les menaces sur les pollinisateurs et les conséquences s’en suivant. Très important, non accessible sans abonnement à Nature, et non copiable ailleurs car « © 2016 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature. All rights reserved ». Eh oui, un aspect peu discuté du libre accès par rapport à la publication traditionnelle « toll access » est que le copyright en « open access » reste aux auteurs sous Creative Commons, alors que dans le modèle traditionnel il va aux éditeurs (qui n’ont pas écrit et ne payent pas les auteurs, eh non) qui bloquent tout et font comme ils ont envie.

Un autre exemple récent : deux articles très intéressants sur la perception par le public, les décideurs et la communauté scientifique du problème des espèces invasives, The Rise of Invasive Species Denialism et Invasion Biology: Specific Problems and Possible Solutions. Tous les deux fermés derrière abonnement chez Elsevier, « © 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved ». 🙁

Alors si vous pensez que votre science est importante, rendez-la disponible ! Et ne signez pas de transferts de copyright !

Réactions sur Twitter, cliquez sur la date du tweet et déroulez le fil :

Commentaire sur « Vaccins : l’exception française en débat » chez {Sciences2}

Il y a un billet très intéressant sur la défiance énorme, irrationnelle et dangereuse des français envers les vaccins, sur le très bon blog {Sciences2} de Sylvestre Huet.

Pour des raisons que je ne m’explique pas, mes commentaires sur ce blog ne passent jamais, donc voici le commentaire que j’avais écrit ce matin (qui ne fait sens qu’après lecture du billet de M. Huet) :

Au-delà de l’influence des « médecines » alternatives, il me semble qu’il y a un courant plus large de défiance envers les scientifiques et de sacralisation du naturel, y compris dans une partie de l’agriculture « bio » et sa communication, l’opposition à de la recherche en génétique, etc. Des journalistes (pas M. Huet heureusement) peuvent-ils attaquer le consensus scientifique sur les OGM ou prétendre qu’un pesticide « naturel » n’est pas un pesticide, puis ne pas avoir une part de responsabilité dans la confusion générale, y compris sur les vaccins ?

Plus loin de l’Afrique, plus de mutations délétères mais moins de variabilité génétique humaine

L’humanité (Homo sapiens) vient d’Afrique sub-saharienne. Il y a environ 50’000 ans certains humains sont sortis d’Afrique et leurs descendants se sont dispersés un peu partout dans le monde, voir carte ci-dessous.

Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50'000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l'article que dont il est question plus bas.

Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50’000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l’article que dont il est question plus bas.

Une question intéressante, et qui nous ramène à la question de la pertinence de la classification des humains en « races », est l’effet de cette histoire sur la diversité génétique humaine.

Pour bien comprendre ce qui va suivre, quelques éléments de génétique des populations :

Premièrement, une mutation peut avoir un effet bénéfique (super rare, améliorer un truc en le modifiant au hasard), négatif (casser un truc qui marche c’est facile), ou neutre (aucun effet, très fréquent dans les génomes d’animaux ou de plantes). Voir ce billet pour les types de sélection naturelle correspondant aux deux premiers ; les mutations neutres ne sont pas soumises à la sélection naturelle.

Deuxièmement, plus une population est grande, plus la sélection naturelle est puissante. Cette observation simple a de grandes conséquences. Lorsque la population est plus petite, la sélection naturelle est moins puissante. Alors une mutation qui a un effet faiblement négatif ne sera pas éliminée, et se comportera comme si elle était neutre. Il s’agit d’un effet continu : plus la population est petite, plus une mutation devra être grave pour être éliminée, plus de mutations se comporteront comme si elles étaient neutres.

Ca se corse et ça devient intéressant : lorsqu’il y a expansion par migration (comme lors de la sortie de certains humains d’Afrique), le groupe qui part est un sous-ensemble de la population globale. Donc déjà du départ il n’emporte pas toute la variabilité génétique. Si je prends 100 parisiens au hasard j’aurais moins de diversité (génétique, de noms de famille, de goûts vestimentaires) que dans tout Paris. Si quelques milliers d’humains sont partis d’Afrique, ils avaient moins de diversité qu’il n’y en avait dans l’humanité en Afrique. Et ces migrants, étant peu nombreux, formaient une petite population. Donc sélection naturelle faible, faible élimination de mutations délétères. Et ce phénomène se reproduit au fur et à mesure des étapes suivantes d’expansion de l’espèce : ceux qui vont plus loin sont toujours un sous-ensemble ayant perdu de la diversité de départ et ayant du mal à éviter les mutations délétères.

Est-ce que l’on observe bien cela ? C’est l’objet d’un article publié en janvier 2016 :

Henn et al 2016 Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes PNAS 113: E440-E449

Première figure : le taux de variabilité génétique dans les 7 populations échantillonnées sur la carte ci-dessus (les couleurs correspondent) :

Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l'origine africaine de l'espèce

Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l’origine africaine de l’espèce

Que voit-on ? Le plus de variabilité génétique dans les populations descendantes des humains jamais partis du lieu d’origine de l’espèce. Et de moins en moins de variabilité génétique lorsque l’on s’éloigne de l’Afrique, pour arriver à un minimum en Amérique (il s’agit de descendants des amérindiens arrivés par le détroit de Béring), au plus loin de l’Afrique en marche à pied.

Deuxième figure, pareil mais en ne montrant que les mutations qui sont probablement délétères (ici on suppose que de l’ADN généralement conservé entre primates est probablement important, donc le modifier est probablement délétère) :

Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines

Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines, classées selon leur distance à l’origine africaine de l’espèce

Que voit-on ? Plus on s’éloigne de l’Afrique, plus on a de mutations délétères accumulées, comme attendu. Plus en détail, on a :

Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères.

Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères.

On voit que pour les mutations un peu mauvaises (à gauche et au milieu), l’effet de la distance à l’Afrique est très fort, avec un de plus un saut entre africains et les autres. Alors que pour les mutations très mauvaises (à droite), il y a un effet de la sortie d’Afrique, mais faible, et pas d’effet mesurable des migrations suivantes. On peut penser que la plupart de ces mutations très mauvaises sont éliminées même avec une population assez petite.

Conclusions : (1) la diversité de l’espèce humaine est en Afrique sub-saharienne ; (2) ce qui distingue le plus les humains hors d’Afrique sub-saharienne (y inclut tous les blancs et asiatiques) des africains (donc la plupart des noirs), ce sont des mutations à effet négatif, qui font que nous sommes moins aptes génétiquement (je dis nous parce que c’est mon cas, ne vous sentez pas visé si vous avez la chance d’être africain).

A propos de races humaines et de tolérance au lactose

Nous parlions récemment (avant d’être déraillé par le débat OGM, comme d’hab) de tolérance au lactose chez certains humains : mutations au hasard ? et état normal = maladie.

Dans ce dernier billet, je m’étonnai de ce qu’un résultat de génétique de quelques populations humaines soit labellisé « African » et un autre « Finnish » (finois) sur un site d’information officiel américan, alors que dans l’étude originale les groupes ethniques africains concernés étaient bien spécifiés. Je pense que cela se rattache en partie à la réification (croire qu’un concept est réel) du concept de « races humaines ». Pour rappel, j’avais écrit mon premier billet sur ce blog à ce sujet.

Concernant la tolérance au lactose, voici une carte de l’ancien monde avec la fréquence de la tolérance :

Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l'article)

Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l’article)

Sur cette carte vous voyez des zones rouge-orange, qui correspondent aux origines des mutations permettant la digestion du lactose chez l’adulte (il y en a plusieurs, indépendantes, à différents endroits). A ces endroit la sélection naturelle a eu le temps d’augmenter la fréquence de la mutation dans la population jusque presque tout le monde (rouge = plus de 90% de la population tolérante). En bleu, les endroits où la mutation n’a pas encore eu le temps d’acquérir une fréquence élevée, car elle doit d’abord arriver par le jeu des migrations et des mariages / reproduction, et elle ne présente un avantage que depuis la domestication des vaches veaux cochons couvées (surtout les premiers), donc pas très longtemps en termes évolutifs.

Voici maintenant une carte des « races humaines » traditionnelles (j’ai pris le premier résultat Wikipedia, mais l’idée générale serait la même avec n’importe quelle carte) :

meyers_b11_s0476a

Est-ce qu’en louchant bien vous arrivez à faire correspondre les couleurs sur ces deux cartes ? Parce que moi, non. Et pourtant.

Le site d’information cité précédemment est une collection d’articles médicaux sur l’intolérance au lactose, et ils classifient tout le temps les gens en groupes raciaux socialement reconnus, dont « African Americans », pour lesquels on attribue les différences à l’origine génétique « africaine ». Par exemple :

Frequency of Lactose Intolerance in Adults in Various Populations

Location % Lactose Intolerant Adults
Asians, US 90–100
Ibo, Yoruba, Africa 90
Inuits, Greenland 85
Southern Italians 71
African Americans 65
Caucasians, US 21
British, UK 6
Danes 3

ou encore :

Lactose intolerance is estimated to affect 25% of the American population.
Group prevalence is as follows:
—  15% (6% to 19%) – whites
—  53% – Mexican Americans
—  62% to 100% – Native Americans
—  80% –  African Americans
—  90% –  Asian Americans

et :

Within the United States, 80–90% of African Americans, 95–100% of Native Americans, 80–90% of Asian Americans, and 50–55% of Latinos may be lactose intolerant.

En regardant ces chiffres, il est naturel de penser que les différences de tolérance au lactose sont structurées selon les « races » traditionnelles, et que notamment les africains / africains-américains ne digèrent pas le lactose. Pourtant ce n’est pas ce que l’on voit sur la première carte, qui représente les vraies données.

Plusieurs choses contribuent à cette incohérence. Premièrement, et la génétique de la lactase, et la classification en « races », suivent la géographie. On a donc un problème classique de corrélation erronée due à un facteur confondant : si A est corrélé à la géographie et que B est corrélé à la géographie, alors A et B apparaîtront corrélés. C’est pour ça que le choix de la carte des « races » n’est pas important : toute division arbitraire mais géographiquement organisée arrivera à ce type de résultat. Je suis sur qu’on trouverait des différences de tolérance au lactose entre religions, entre groupes linguistiques, etc.

Deuxièmement, on échantillonne souvent très mal la diversité humaine. Donc si je ne mesure la tolérance au lactose que dans une petite partie de l’Afrique, je peux tomber sur une région avec forte tolérance, ou forte intolérance, au lactose. Et c’est là où ça devient raciste, c’est à quelle région ou groupe humain allez-vous généraliser votre résultat. Si vous êtes d’origine européenne, vous êtes probablement sensible à la différence entre régions et pays, peut-être même savez-vous que les finnois ne sont pas scandinaves. Mais il est probable que vous ayez une idée assez vague de la diversité africaine, et qu’il soit tentant de labelliser un résultat d’une région africaine en « Afrique ». C’est compliqué dans le cas des africains-américains par le fait que les traites négrières ont préférentiellement pris les gens de certaines régions (et même ethnies) pour les emmener de force en Amérique (excellente visualisation ici) ; donc les africains-américains ne portent pas la diversité génétique africaine.

Pourquoi est-ce important ? D’un point de vue pratique, la recherche et la pratique médicales américaines sont très organisées autour de ces catégories, et cela peut mener à mal estimer les risques pour des groupes en fait très hétérogènes, même si dans le cas du lactose ce n’est pas très grave probablement. Mais la recherche médicale américaine étant très influente (en gros ils sont les meilleurs, on peut être plus nuancés mais ce n’est pas le lieu), ces catégories se retrouvent reprises par plein d’études où elles ne sont pas pertinentes. (Entre parenthèses, les races sociologiquement définies sont pertinentes aux aspects sociologiques de la pratique médicale, à savoir qui a accès aux soins, à l’instruction, à l’alimentation, etc. Donc bébé, eau du bain, pas jeter.)

Et d’un point de vue plus fondamental, on retrouve régulièrement des arguments du type « les noirs courent plus vite, c’est bien la preuve » (voir ce billet de Curieux2 savoir), ou plus subtils comme les différences de tolérance au lactose, qui utilisent la corrélation entre des différences génétiques géographiquement structurées, et les « races » traditionnellement définies, pour soutenir finalement le bon gros racisme à l’ancienne. Qui n’est pas parti bien loin d’après l’actualité. 🙁

En conclusion, ce n’est pas parce qu’en groupant les humains en classes grossières qu’on trouve des différences entre ces paquets, que les paquets sont « vrais » ni même utiles. Quand vous pensez diversité humaine, pensez gradients sur une carte, c’est plus joli et plus vrai que des noms dans un tableau.

(Juste après que j’ai publié ce billet, je vois un billet intéressant sur le blog du statisticien Nate Silver, connu pour ses prédictions concernant les élections américaines :  In An Election Defined By Race, How Do We Define Race?)

Quelques liens à propos de l’article du New York Times « GMO promises fall short » #OGM

Vu que tout le monde parle sur Twitter de l’article dans le New York Times “Doubt About the Promised Bounty of Genetically Modified Crops”, voici une petite collection de liens qui le critiquent, preuves à l’appui. En bref, l’article compare des choses ni pertinentes ni comparables et mélange tout.

La meilleure critique à ce jour : The tiresome discussion of initial GMO expectations, par Andrew Kniss (ses sources de financement, avant que vous ne demandiez). Une des figures clé de cette critique :

europeherbicideuse-1024x512

Si on choisit bien son pays de référence, on peut conclure tout et son contraire, ça rappelle un peu les rats de Séralini. 😉

Ensuite, deux billets de blog de l’excellent Kevin Folta (pour une discussion des financements de Kevin, voir ici et chercher « transparency » dans son blog) : Rehashing a Tired Argument, et Some Actual Yield Data. Dans le premier billet il fait notamment remarquer que les modifications commercialisées ne visaient pas à augmenter les rendements en soi, et qu’on peut pas faire la somme de différents pesticides. C’est comme faire la somme des litres de bière, litres de vodka, et litres de Coca-Cola, et titrer sur la consommation globale de poisons liquides. Dans le deuxième il montre que l’on voit en fait des augmentations de production dans certains cas, mais bien sur l’agriculture c’est compliqué. Exemple :

sugar-beetSur le blog NeuroLogica, moins spécialisé en agronomie mais plutôt sceptique et scientifique en général (en France on dirait zététique je suppose), The Times Gets it Wrong on GMOs.

Nathanael Johnson est un journaliste américain qui, partant d’un point de départ anti-OGM modéré, a cherché à comprendre le sujet et a arrêté d’être anti-OGM. J’en parlais notamment dans ce billet qui avait donné lieu à une longue discussion. Il a aussi critiqué l’article du NY Times, en insistant sur l’inutilité de comparaisons à cette échelle, et il rappelle un point important :

And GMOs really aren’t all associated with industrial farming. The disease-resistant papaya is a wonderful innovation. The insect-resistant eggplant seems to be reducing pesticide use in Bangladesh. This banana, this cassava, and this rice could all truly improve the lives of small farmers if those new crops make it over the technical and political hurdles.

Le bilan de toutes ces critiques ? On ne peut pas parler de pesticides en faisant la somme des kilogrammes de produits très différents, on ne peut pas comparer OGM à non OGM en mélangeant différents types d’OGM, on ne peut pas comparer les chiffres globaux pour des pays de climat, organisation agricole et types de récoltes différents, on ne peut pas juger une technique uniquement sur un chiffre qui n’était même pas l’objectif. Enfin, si, on peut, parce qu’en comparant n’importe quoi à n’importe quoi on va toujours pouvoir obtenir le résultat qui nous arrange, et c’est bien ça le but, non ? Voir cette excellente démonstration par l’absurde (discutée dans ce billet précédent).

Pas une critique spécifique, mais un article a été publié récemment par l’INRA et AgroParisTech qui indique que l’utilisation des pesticides ne diminue en fait pas en France :

Hossarda et al 2016 Lack of evidence for a decrease in synthetic pesticide use on the main arable crops in France Science of The Total Environment 575: 152–161

Finalement, l’auteur de l’article de départ, Danny Hakim, a répondu sur Twitter, mais je n’ai pas vraiment compris en quoi cela constitue une réponse. Voici le premier Tweet, il ne les a pas lié en conversation, mais en allant à son compte on trouve tout :

Mise à jour : voir aussi liens en commentaire. Et n’hésitez pas à en mettre d’autres, de préférence avec une petite explication.

Mise à jour 2 : liste de liens commentés sur la plateforme de blogs de PLOS.

Mise à jour 3 : bon storify / collection de liens; avec notamment cette citation excellente :

I looked at how much money is spent on heating in all of Finland and compared it to how much people in Hawaii spend on heating. Very clearly, people in Finland are worse polluters.

par Alexandre Stein.

Mise à jour 3 : aller-retour très intéressant entre deux figures de la blogosphère scientifique / sceptique :

The Times Gets it Wrong on GMOs par Steven Novella, déjà cité ci-dessus.

GMOs and the skeptic movement, réponse de Massimo Pigliucci, où il dit que les « sceptiques » sont systématiquement pro-OGM à tort.

Massimo Pigliucci Responds on GMOs, réponse de Steven Novella. A mon sens, cette réponse est un des meilleurs billets de blog sur les OGM et le débat associé.

Mise à jour 4 : Could GMO corn be responsible for increasing childrens’ IQ? réponse à l’insinuation dans l’article du NY Times selon augmentation d’herbicides = augmentation de pesticides = augmentation de risques dus aux insecticides (raisonnement glissant assez courant dans les discussions OGM je trouve). En fait les insecticides dangereux ont diminué.

opcorn-1-768x439

Encore une mise à jour : une liste de liens vers des prises de position de sociétés savantes, académies, etc, sur les OGM chez Credible Hulk.