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Types de sélection naturelle, avec emojis ????

Hé bin, ça fait un moment que je n’ai pas blogué ! J’ai été un peu débordé, et après c’est difficile de reprendre le rythme.

On va redémarrer en douceur avec une illustration rigolote de la sélection naturelle que j’ai vu cet été sur Twitter :

La sélection naturelle, c’est le fait que les individus ont plus ou moins de succès de survie + reproduction et qu’une partie des différences sont dues à des différences génétiques entre eux. Les variants génétiques favorables à davantage de survie + reproduction sont favorisés.

Les émojis ci-dessus illustrent une différence souvent mal comprise entre types de sélection naturelle. Dans le détail :

  • La sélection positive (attention piège : le terme est utilisé dans un sens différent en immunologie) favorise un nouveau variant (généralement un nouveau mutant), donc accélère l’évolution. Dans le cas présenté ci-dessus, une mutation apparaît qui donne des souris aux poils foncés ; c’est avantageux par rapport aux poils clairs (peut-être sont-ils nocturnes) et la mutation s’impose dans l’espèce.
  • La sélection négative (même piège en immuno que ci-dessus) favorise ce qui établi. La même mutation donnant des poils foncés apparaît mais cette fois il est avantageux d’être clair (des souris diurnes dans les dunes de sable). Donc la sélection négative ralentit l’évolution.

Si vous avez pensé « mais comment ça se fait que les souris ne sont pas déjà sombres si elles sont nocturnes ? », vous avez raison. La plupart du temps, les organismes ont déjà fixé les variations fortement avantageuses dans leur environnement, car elles y sont depuis assez longtemps. De plus, la plupart des mutations (parmi celles qui ont un effet) affectent des aspects qui dépendent peu des détails de l’environnement (par exemple reconnaître une hormone comme l’œstrogène commune à tous les animaux vertébrés). Donc : la sélection négative est nettement plus fréquente que la sélection positive. C’est intuitif : modifiez au hasard un truc compliqué qui marche, y a nettement plus de chances de l’abîmer que de l’améliorer.

  • La sélection balancée correspond au cas plus spécial où la sélection naturelle maintien plusieurs variants génétiques en même temps. Alors attention la sélection naturelle n’agit pas pour le bien de l’espèce. Soulignez deux fois en rouge. La sélection naturelle ne peut pas maintenir de la variation du système immunitaire (par exemple) parce que c’est bon pour l’espèce, contrairement à un sélectionneur artificiel s’il était malin. La sélection naturelle agit au niveau des individus. Malgré tout il y a plusieurs mécanismes qui peuvent quand même maintenir cette diversité. Les deux les mieux compris sont (1) l’avantage hétérozygote, quand il est mieux d’avoir deux versions du gène dans un individu (exemple : mieux d’avoir des versions différentes du MHC pour se défendre contre plus de pathogènes), et (2) la sélection dépendant de la fréquence, quand c’est mieux d’être sombre quand il y a beaucoup de clairs, mais mieux d’être clair quand il y a beaucoup de sombres (exemple : mieux de manger une proie que moins de vos congénères mangent).
  • La sélection artificielle c’est grosso-modo de la sélection positive, mais avec un sélectionneur qui sait ce qu’il veut obtenir, et peut sélectionner contre l’intérêt de l’individu. En général ça peut aller très vite.
  • Le dernier point est une blague parce que la sélection disruptive favorise les phénotypes extrêmes, ce qui est généralement représenté comme une courbe bimodale, rappelée par les deux bosses du chameau (cf ici).

En résumé : sélection positive = révolution, sélection négative = conservatisme, sélection balancée = bipartisme. 😉 (Et oui parfois les révolutionnaires deviennent conservateurs, en évolution comme ailleurs…)

#Séralini et les #OGM : après la tragédie, la farce

Je ne comptais pas commenter sur le dernier Séralini, mais c’est devenu tellement ridicule que je ne résiste pas. Il a donc publié un « article » qui décrit la mortalité des vaches dans une ferme allemande particulière et l’attribue aux OGM sans aucun élément de preuve. Je ne vais pas dans le détail, pour une fois je vous renvoie à alerte-environnement.

Ce papier m’évoque la citation célèbre de Karl Marx :

Hegel fait remarquer quelque part que, dans l’histoire universelle, les grands faits et les grands personnages se produisent, pour ainsi dire, deux fois. Il a oublié d’ajouter : la première fois comme tragédie, la seconde comme farce.

Donc après la tragédie de 2012 (rappelez-vous, les rats torturés), voici la farce :

  • Le co-auteur de Séralini c’est le fermier qui a accusé le semencier d’être responsable de la mort de ses vaches à l’époque, et qui a été à l’époque débouté par la justice allemande.
  • Le journal est non seulement inconnu au bataillon, mais publié par un éditeur inconnu du Nigéria (il ne faut pas juger là-dessus, mais le Nigéria n’est pas connu pour sa recherche ni son édition), et contient une faute d’orthographe dans son titre : « Scholarly Journal of Agrucultural Science » (ça devrait être « agricultural »).
  • L’article commence par cette phrase incroyable « Thus it was not designed as a scientific experiment« . Ah bin pour une fois c’est clair. Ceci n’est pas une expérience scientifique. Ni une pipe. Ni rien.
  • Car cerise sur le gateau, le journal bidon a oublié de renouveller son domaine internet le lendemain de la conférence de presse annonçant le résultat. A pus article.

Article et résultat auquels personne ne semble porter attention, ce en quoi tout le monde a bien raison.

C’est triste un naufrage pareil quelque part.

Liens :

  • le site du journal, « This domain name expired » à l’heure où j’écris.
  • un cache webarchive, qui ne contient malheureusement pas le dernier numéro avec l’article en question.
  • une version PDF de l’article sur le site américain GMwatch. Il ne semble pas que Séralini maîtrise l’art de mettre ses publications sur son propre site web (en a-t-il un ? une recherche Google mène au CRIIGEN [oui il a un site pas à jour, voir commentaires]), ou dans un site d’archives gratuites comme biorxiv. (Remarquez l’usage du titre « professeur » jusque dans le nom du PDF ; je remarque souvent un amour des titres chez les tenants des pseudo-sciences.)
  • un commentaire amusé sur un blog scientifique anglophone.
  • la nouvelle de la disparition de l’article sur le site Retraction Watch.

Mise à jour du 2 février : le site est revenu en ligne, et un peu de contexte sur ce « journal » étrange sur le blog de Seppi.

Vent de folie dans les journaux scientifiques: 1- la secte du Cladisme

Il y a eu récemment plusieurs éditoriaux ou billets d’opinion qui ont eu un certain, euh, écho sur les médias sociaux. Ils diffèrent par bien des points, mais ont en commun un certain aspect « what the fuck? » comme disent élégamment les américains.

Commençons par l’éditorial du journal Cladistics du 12 janvier (lien).  Je l’ai vu via ce tweet :

L’éditorial commence direct :

The epistemological paradigm of this journal is parsimony. There are strong philosophical arguments in support of parsimony versus other methods of phylogenetic inference (e.g. Farris, 1983).

Alors un peu de contexte. Il existe différentes méthodes pour reconstruire des arbres phylogénétiques, à savoir les relations évolutives entre espèces. Jusque dans les années 1960-70 la classification des espèces se faisait de manière très approximative, sans méthode formelle. Dans les années 1970 est apparu un mouvement appelé « cladistique », qui visait à réformer la classification des espèces en la rendant objective, suite à un livre de Willi Hennig (1966 pour l’édition anglaise). Les cladistes proposaient un critère de classification, les relations phylogénétiques. Et comme il n’existait pas de méthode objective pour reconstruire ces relations, et l’objectivité était leur objectif, ils ont aussi proposé une méthode formelle (programmable informatiquement même), dite de « parcimonie » (orthographe discutée ici 😉 ). Jusque là tout va bien. Mais dès la fin des années 1970 (1978 pour être précis) Joe Felsenstein a montré que dans certains cas identifiables la parcimonie pouvait se tromper de phylogénie de manière systématique. Ce sont ensuivies deux décénnies de débats entre d’un coté des bio-statisticiens (école dont je suis issu) qui cherchaient les limites des méthodes de phylogénie et les améliorations à y apporter, et de l’autre le groupe proclamant que seul l’usage de la parcimonie fait le vrai « cladiste », pour la plupart issues de musées d’histoire naturelle. Durant ma thèse cette dispute était encore vive, et je me rappelle de discours très agressifs de Guillaume Lecointre fustigeant les fausses phylogénies des statisticiens.

Depuis la plupart des phylogénéticiens sont passés du coté statistique de la force, notamment parce que l’amélioration conjointe des ordinateurs et du séquençage d’ADN fait que nous avons des données bien adaptées au traitement statistique. Et puis quand même une méthode dont on peut montrer qu’elle est juste a quelque chose de préférable à une méthode qu’on aime bien pour des raisons historiques (voir aussi débat dans ce billet).

Et donc l’éditorial de Cladistics, journal de la Hennig society, nous renvoie en arrière vers cette époque, et sans aucune nuance ni aucune leçon apprise. Il commence par dire que ce journal, c’est parcimonie et c’est tout. Il continue dans cette veine :

(…) we do not hold in special esteem any method solely because it is novel or purportedly sophisticated. Phylogenetic data sets submitted to this journal should be analysed using parsimony. If alternative methods are also used and there is no difference among the results, the author should defer to the principles of the Society and present the tree obtained by parsimony.

J’adore « because it is novel or purpotedly sophisticated ». Les éditeurs ne se laissent pas impressioner par une méthode juste parce qu’elle est nouvelle (plus récente que 1966) ou soit disant sophistiquée. Ca fait pas du tout vieux barbons.

Plus loin :

we do not consider the hypothetical problem of statistical inconsistency to constitute a philosophical argument for the rejection of parsimony

Les problèmes connus et documentés à répétition depuis 1978 ne les embêtent pas, puisqu’il ne s’agit pas d’un argument philosophique. Bin tiens. Une méthode d’estimation de phylogénie estime la mauvaise phylogénie, mais puisqu’elle est théologiquement philosophiquement pure, gardons-la.

Et une phrase qui a fait se gratter bien des têtes en biologie évolutive :

The absence of certain truth represents a philosophical limit of empirical science.

Euh… oui on ne sait pas toujours tout, mais est-ce une justification pour accepter des méthodes qui se plantent ?

Bref, cet édito a fait rire tout ce qu’internet a de biologistes évolutifs, avec un storify des tweets ici :

https://storify.com/phylogenomics/cladistics-journal-declares-long-live-parsimony

Il faut préciser que perso, faisant de la biologie évolutive, je n’ai plus rencontré ce genre d’attitudes depuis une vingtaine d’années, ce qui tend à indiquer que bien que des gens comme ça existent toujours, ils fréquentent peu les conférences habituelles de biologie évolutive. Je pense qu’ils vont entre eux à la conférence de la Hennig Society (voir à ce propos un compte-rendu rigolo de Dan Graur d’une de ces conférences ainsi que la discussion dans les commentaires).

Que penser de tout ceci ? Que le dogmatisme peut exister dans des sous-cultures de la communauté scientifique ; que ce dogmatisme est battu en brêche dans la communauté scientifique globale ; et qu’internet fait que ce genre d’attitudes s’attire le ridicule généralisé.

A bientôt pour une deuxième histoire d’éditorial étrange. Soyez sages.

Je suis vieux : histoire de ma signature email « la liberté ne s’use que quand on ne s’en sert pas »

ring

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Ma signature email professionnelle comprend en bas la phrase « La liberté ne s’use que quand on ne s’en sert pas » depuis longtemps. J’ai essayé de retrouver depuis quand. Je garde tous mes emails envoyés et reçus depuis fin 1997, et à l’époque c’était déjà là.

1997 :

Marc Robinson            tel    : +972-3-6408646
Department of Zoology    fax    : +972-3-6409403
Tel Aviv University      e-mail : marc@kimura.tau.ac.il
Ramat Aviv 69978 Israel
"La liberte ne s'use que quand on ne s'en sert pas."

2015 :

Marc Robinson-Rechavi
Department of Ecology and Evolution
Biophore 3219, University of Lausanne, 1015 Lausanne, Switzerland
tel: +41 21 692 4220    fax: +41 21 692 4165
http://bioinfo.unil.ch/
Twitter: @marc_rr
Swiss Institute of Bioinformatics
http://www.isb-sib.ch/groups/lausanne/eb-robinson-rechavi.html
La liberte ne s'use que quand on ne s'en sert pas

On voit aussi mon grand âge à ce que j’évitais les accents dans les emails (longtemps mal gérés), et je m’apperçois que c’est resté par le miracle du copié-collé. Et que j’ai connu Tel Aviv en des temps d’espoir de paix et de normalisation qui semblent étranges aujourd’hui. 🙁

Pour chercher plus loin, j’ai regardé ma participation à des forums internet, qui prédatent le web, et sont maintenant stockés par Google (qui d’autre ?). J’ai trouvé un message de 1994 avec cette signature ! Sur le forum de droits de l’homme, où je trollais pour Amnesty International.

En cherchant ces forums, j’ai trouvé que j’ai discuté avec PZ Myers, qui n’étais pas encore le bloggeur scientifique le plus lu au monde (Pharyngula chez Scienceblogs, chez FreeThought blogs) : lien. Amusant.

Les scientifiques en conférence en costard-cravate, je vois pas souvent. Démonstration.

cliquez

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Y a un truc que je trouve toujours bizarre dans les films et séries télés où on voit des scientifiques, c’est que quand ils vont à une conférence tout le monde est habillé en costume-cravate ou tailleur trois pièces. Et ils font un effort particulier pour s’habiller quand c’est eux qui doivent parler devant tout le monde. Par exemple il y a un épisode de Big Bang Theory dans lequel Léonard est stressé par la manière dont il doit s’habiller pour donner une présentation de ses résultats, et il y va éventuellement en costume cravate.

Dans mon expérience, les scientifiques vont aux conférences et donnent des présentations comme ils sont habillés d’habitude, c’est-à-dire dans un mélange de t-shirts, jeans, chemises, jupes et parfois cravates (y en a qui aiment – rarement les plus jeunes).

Ce qui me donne l’occasion de ramener ma fraise sur le sujet, c’est la conférence européenne de biologie évolutive ESEB. Elle s’est tenue très récemment dans mon université, et les photos viennent d’être mises en ligne : Lien Picasa.

Le gars en costard cravate au début est le recteur (≈ président) de l’université. Après, je vous laisse voir. Voici mon directeur de département, et nouveau président de la société de biologie évolutive, debout sur une table pour la conclusion de son discours de cloture :

Laurent Keller avec sa plus belle cravate

Laurent Keller avec sa plus belle cravate

Bien sûr, ça peut être différent entre domaines. Je suis quand même allé à des conférences de biologie moléculaire, de biologie évolutive, d’informatique, et de biologie médicale. Les seuls que je voit s’habiller avec cravate etc systématiquement, ce sont certains médecins et certains biologistes en recherche médicale. Et bien sûr les représentants de l’industrie, qui du coup se voient à 100 km en général.

Alors appel aux nombreux réalisateurs et costumiers qui me lisent : la prochaine, pas la peine de déguiser les scientifiques en pingouins, merci.

Mise à jour depuis Twitter :

Pacman ! Avec de l’ADN et des acides aminés !

cliquez sur le lien, c'est trop beau, trop cool, trop tout, allez sérieux

cliquez sur le lien, c’est trop beau, trop cool, trop tout, allez sérieux

Syed Hussain Ather, un étudiant d’un collègue américain (Matthew Hahn, mentionné ici), vient de rendre disponible sur github un programme Python rigolo qui reproduit PacMan mais en version biologie moléculaire : on mange de l’ARN, et on fabrique des protéines.

https://github.com/HussainAther/dnapacman

Pour traduire l’ADN en protéines, il est en effet transcrit en ARN. Les nucléotides d’ADN sont A, C, G et T (comme dans « Bienvenue à GATACA »), alors que ceux de l’ARN sont A, C, G, U (donc « Bienvenue à GAUACA »). L’ARN peut alors être traduit en protéines, composé de 20 acides aminés. Pour faire correspondre 4 nucléotides à 20 acides aminés, il y a un code basé sur des triplets de nucléotides. En effet, 41 = 4, pas assez ; 42 = 16 pas assez ; 43 = 64, davantage que 20, cool. Ces triplets s’appellent « codons ». (Notez que ça veut dire qu’il y a plusieurs codons pour un même acide aminé.) Pour que la traduction démarre, il faut un codon « start », AUG (codé par ATG dans l’ADN), qui code pour l’acide aminé méthionine (symbole M). Il y a dans le code standard trois codons « stop », qui arrêtent la traduction.

code génétique de Wikipedia

code génétique standard (depuis Wikipedia)

Dans DNA-PacMan (qui à mon avis devrait s’appeler RNA-PacMan, mais passons), il faut donc se balader en mangeant des nucléotides, et dès qu’on a mangé un AUG on commence à fabriquer des acides aminés, jusqu’à manger un codon stop … ou se faire manger par un fantôme.

C’est un programme simple qu’il faut lancer directement avec Python, et les résultats s’affichent dans une console terminale. Ce qui accentue encore le coté geek. 😉

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Introduction au bricolage de significativité des tests statistiques

cliquez pour lire la BD

cliquez pour lire la BD

Il y aurait beaucoup à dire si la manipulation volontaire ou involontaire de la significativité statistique, et d’ailleurs si vous êtes sages c’est un sujet sur lequel j’ai l’intention de revenir. Mais en attendant un billet plus sérieux, voici un jeu proposé par le site de statistiques FiveThirtyEight.

Le paragraphe suivant est un peu chiant, vous pouvez le sauter pour aller à la partie amusante. Ou le lire, c’est un blog sciences ici après tout.

Lorsque l’on veut déterminer si une relation observée pourrait l’être aisément par hasard, ou est suffisamment peu probable pour être intéressante, on calcule la valeur dite « p ». De manière pas très intuitive, c’est la probabilité d’observer les données (ou un résultat encore plus extrême) si « l’hypothèse nulle était vraie », c’est–à-dire s’il ne se passait rien d’intéressant. Par exemple si on compare deux mesures pour voir si elles sont corrélées (la taille des gens et le nombre de chansons dans leur ipod/smartphone), si on a un p élevé ça veut dire qu’on a une probabilité élevée de voir ces mesures alors qu’il n’y a pas de corrélation. Alors qu’on a un p faible si on avait peu de chances d’observer ça par hasard. Habituellement, on fixe une limite en dessous de laquelle on rejette l’hypothèse nulle. Par exemple, limite à 5%, p observé à 2%, on rejette l’hypothèse « pas de relation entre taille et nombre de chansons ». Du coup on accepte implicitement l’hypothèse « il y a une relation », même si c’est un peu sioux (pour critique voir billets bayésiens ici et ailleurs au cafe-sciences). Mais ces maths ont été calculées en supposant que vous n’observiez qu’une série de mesures, et rapportiez votre résultat fidèlement. Or si vous observez plein de séries, même s’il ne se passe rien (l’hypothèse nulle est vraie), on aura parfois des valeurs extrêmes par hasard (par exemple dans 1 cas sur 50 p ≤ 2% = 1/50ème) (voir ancien billet sur Google Trends). Si on fait ça assez et qu’on ne rapporte sournoisement que le p le plus faible, on a un magnifique résultat « significatif » qui ne signifie rien du tout. La plupart des choses peuvent se mesurer de plusieurs manières. La taille, c’est la taille en cm, ou divisée par l’âge, ou le poids ; le nombre de chansons, c’est leur nombre, leur longueur d’écoute totale, seulement celles écoutées récemment ? Donc avec une seule série d’observations on peut faire plein de comparaisons.

Le site FiveThirtyEight, dans un billet sur les problèmes de la science (« Science Isn’t Broken. It’s just a hell of a lot harder than we give it credit for. ») propose aux lecteurs d’essayer plusieurs manières de mesurer d’une part le taux de Démocrates ou Républicains au pouvoir aux Etats-Unis, et d’autre part plusieurs manières de mesurer l’économie. Ainsi, en jouant avec les paramètres, on peut obtenir des résultats montrant que les Démocrates sont bons ou mauvais pour l’économie, avec des tests statistiques tout-à-fait « significatifs ». Essayez en cliquant ci-dessous :

cliquez pour aller jouer au "p-value hacking"

cliquez pour aller jouer au « p-value hacking »

Ce qui est terrible c’est qu’un résultat final d’un tel tripatouillage, pris en isolation, est techniquement correct (pas de fraude, pas de trucage visible), mais pourtant représente volontairement mal la réalité. Alors que le but des statistiques est de nous aider à mieux représenter et comprendre la réalité. Ceci est l’illustration d’un problème important en recherche scientifique : les chercheurs peuvent modifier leur analyse jusqu’à trouver un résultat apparemment convaincant et conforme à leurs attentes, mais qui en fait n’a pas réellement été testé.

C’est le « p-value hacking », que j’ai essayé de traduire par « bricolage de significativité » dans le titre, et c’est un problème important. Les solutions sont difficiles, mais la plus importante est d’avoir le problème à l’esprit.

Pour finir une petite blague statistique en anglais (vu ici) : « that’s rather mean » « you mean average? that’s a standard error. » (traduction difficile, jouant sur mean = méchant ou moyenne ; average = moyenne ; standard error = erreur typique ou erreur-type). Bon ça m’a fait rire, je suis un horrible geek, désolé.

Je suis vieux : changements dans la perception du risque

incroyable liste de citations sur le thème "c'était mieux avant" à lire en cliquant

incroyable liste de citations sur le thème « c’était mieux avant » à lire en cliquant

  • quand j’étais étudiant en licence (bachelor pour les suisses), si on osait suggérer à un collègue de ne pas fumer dans l’amphi pendant la pause entre cours, on se faisait vertement rabrouer.
  • on se serait fait tuer plutôt que de se ridiculiser avec un casque de vélo, surtout pour venir à la fac ; le genre de casque que je porte aujourd’hui et que portent la plupart des étudiants que je vois à vélo.
  • quand j’étais nettement plus jeune, il était très difficile pour un enfant d’obtenir une patisserie sans alcool dans une boulangerie-patisserie (mon expérience se limite au sud de la France) ; « il y en a juste un peu » disaient-il en me donnant des gateaux plein de je-ne-sais quelle liqueur (que je détestais et détectais immédiatement, beurk).
  • j’ai fait de longs voyages en avion avec une moitié de la cabine fumeurs, et un rideau pas vraiment efficace pour empêcher la fumée de traverser vers l’autre moitié.
  • et pendant mon adolescence les gens s’inquiétaient des conséquences dangereuses pour les jeunes des jeux de rôles papier-crayon-dé (pas d’ordinateur)…

Tout ceci pour dire que la perception du risque a bien changé, et souvent en mieux. Et que je suis vieux.

Editions précédentes d’un exercice similaire :

Mon index Kardashian est de 1.39

famousLes chercheurs sont constamment évalués et comparés : pour avoir des postes, pour avoir des financements, pour être promus, etc. Comme lire tous les articles de quelqu’un c’est long et compliqué, et encore plus si on veut évaluer plein de gens de domaines différents, on invente plein d’indices numériques qui permettent d’évaluer à moindre effort les chercheurs. C’est bien sur plein de problèmes, comme comparer Picasso à van Gogh en fonction du nombre de tableaux peints et du prix cumulé qu’ils valent. (Voir discussions chez mysciencework, enroweb, Gaia universitas par exemples.)

Fin juilet, Neil Hall de l’Université de Liverpool, a publié un article parodique (mais dans un vrai journal, Genome Biology) proposant un « index de Kardashian ». Apparemment y a quelqu’un de ce nom qui est célèbre pour aucune bonne raison. L’indice est le rapport entre le nombre de citations des articles publiés par un chercheur, et son nombre de suiveurs sur Twitter. Il montre d’abord qu’il y a une corrélation entre les deux nombres :

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

Ensuite il propose que ceux dont le rapport est trop élevé, donc ont trop de suiveurs Twitter par rapport à leurs citations scientifiques, sont « trop célèbres ». L’indice doit être calculé en prenant son nombre de citations C qui permet de prédire un nombre de suiveurs Twitter « normal » d’après l’équation de régression de la figure ci-dessus, Fc. On fait ensuite le rapport du vrai nombre de suiveurs, Fa, sur Fc, et on obtient l’indice K. Pour moi ça donne :

C Fc Fa K index
629.5 874 1.39

Ouf, les « Kardashian » sont définis au-dessus de 5. C’est bien sur une blague, bien que comme souvent avec l’ironie il y ait eu des réactions au premier degré.

Une meilleure réaction à mon avis a été de noter que dans la figure ci-dessus, le cercle ne correspond pas bien au critère K > 5, et donc refaire cela proprement (lien). Et puis du coup plein de gens ont proposé d’autres index farfelus sur Twitter : #AlternateScienceMetrics, comme :

Il y a des best of bien sur, notamment j’aime bien celui-ci (voir aussi sur Salon.com).

Tout ça c’est bien beau, mais je me considérerais vraiment célèbre quand le site parodique The Science Web mettra mon nom dans un titre : Dan Graur considers career in science (voir ce billet).

Sexe et genre des animaux de dessins animés

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Malgré les efforts récents pour mettre enfin des héroïnes qui n’attendent pas juste leur prince charmant dans les films pour enfants, les dessins animés se trimballent un lourd bagage de héros masculins. Ce qui est rigolo, et me permet de faire le lien avec la biologie, c’est que c’est le cas même quand ils utilisent des animaux qui devraient être féminins… ou plus si affinité.

L’exemple le plus ridicule est surement la vache masculine de « La ferme en folie« , complète avec des pis :

Otis, « vache masculine » (?) de Barnyard / La ferme en folie

Oui parce qu’un film dont les héros sont des vaches ne pouvait pas avoir d’héroïne manifestement. (J’en profite pour saluer l’excellente BD Pi – La Vache, où l’héroïne est clairement femelle et dépote [pas de page Wikipedia ? c’est une honte].)

A peine moins ridicule, les deux gros succès sur les fourmis : fourmiZ et 1001 pattes, ont tous deux des héros masculins, les rôles féminins étant réservés aux reines et princesses bien caricaturales. Alors que c’est tout le contraire, toutes les fourmis sont des femelles, sauf les mâles reproducteurs qu’on pourrait qualifier d’éphémères princes consorts.

Ce qui caractérise tous ces films, c’est qu’alors que pour une fois il y a l’occasion de respecter la vérité en mettant des personnages féminins forts, l’occasion est ratée. Avec les fourmis on avait une super opportunité de guerrières réalistes.

Tout ceci pour nous amener à l’exemple le plus rigolo, qui m’a été rappelé par un billet récent de Dan Graur : Nemo, le poisson clown.

Chez les poissons clowns, une femelle dominante (Coral la maman de Nemo) se reproduit avec un mâle dominant (Marlin le papa de Nemo), plus petit que la femelle. Vivent près d’eux plusieurs jeunes mâles dominés (Nemo !). Quand la femelle meurt, le mâle dominant grossit et devient femelle, et les jeunes mâles se battent, le vainqueur devenant nouveau mâle dominant (aussi expliqué ici). Donc normalement dans Nemo, notre héros aurait du devenir le mari de Marlin devenue Marline. Curieusement, cette version n’a pas été retenue par Pixar / Disney.

Parlant de genres pas reconnus par la Manif contre certains, dans le film relativement récent Turbo, les escargots sont pour la plupart clairement mâles, dont (vous vous en doutiez) le héros (en fait, tous les escargots sauf une – principe de la Schtroumpfette [aussi ici]). Le copain du héros est vexé parce que plusieurs fois on le prend pour une fille, et insiste qu’il est un garçon. Ha ha très drôle, parce que la plupart des escargots sont hermaphrodites, c’est-à-dire qu’ilelles sont à la fois mâles et femelles. D’ailleurs certains peuvent même se reproduire tout seuls. Alors y en a des avec mâles et femelles, mais l’espèce (invasive de France) la plus courante en Californie oùsqu’ils font les films est bien hermaphrodite. C’eut été une occasion amusante de présenter le trans-genre aux enfants, non ?

En ce qui concerne le genre correct des voitures de Cars, je donne ma langue au chat.

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