Archives pour la catégorie notes de la semaine

Je suis vieux : changements dans la perception du risque

incroyable liste de citations sur le thème "c'était mieux avant" à lire en cliquant

incroyable liste de citations sur le thème « c’était mieux avant » à lire en cliquant

  • quand j’étais étudiant en licence (bachelor pour les suisses), si on osait suggérer à un collègue de ne pas fumer dans l’amphi pendant la pause entre cours, on se faisait vertement rabrouer.
  • on se serait fait tuer plutôt que de se ridiculiser avec un casque de vélo, surtout pour venir à la fac ; le genre de casque que je porte aujourd’hui et que portent la plupart des étudiants que je vois à vélo.
  • quand j’étais nettement plus jeune, il était très difficile pour un enfant d’obtenir une patisserie sans alcool dans une boulangerie-patisserie (mon expérience se limite au sud de la France) ; « il y en a juste un peu » disaient-il en me donnant des gateaux plein de je-ne-sais quelle liqueur (que je détestais et détectais immédiatement, beurk).
  • j’ai fait de longs voyages en avion avec une moitié de la cabine fumeurs, et un rideau pas vraiment efficace pour empêcher la fumée de traverser vers l’autre moitié.
  • et pendant mon adolescence les gens s’inquiétaient des conséquences dangereuses pour les jeunes des jeux de rôles papier-crayon-dé (pas d’ordinateur)…

Tout ceci pour dire que la perception du risque a bien changé, et souvent en mieux. Et que je suis vieux.

Editions précédentes d’un exercice similaire :

C’est la rentrée, rappel de mes billets les plus lus de l’été

cliquez pour voir le conte d'été

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C’est la rentrée en France, une semaine après les vaudois, et je vois bien sur internet que ça redémarre de partout. Alors pour ceux qui ont raté l’actualité pendant leur tour de l’Arctique en solitaire à la rame, voici un rappel de mes billets les plus lus de cet été :

  1. Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne
  2. Mon index Kardashian est de 1.39
  3. Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école
  4. Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?
  5. Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste
  6. Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

Il semble qu’il se soit aussi passé des choses pas couvertes sur ce blog, mais je vous laisse trouver ça tout seuls.

Billets les plus lus de 2013 : OGM, chalutage, informatique et humour

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Fin de l’année, le moment de faire des bilans. Quels sont les billets les plus lus sur ce blog ?

  1. Le Golden Rice OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas. Tout ce qu’il faut : mot-clé (OGM) à fort impact social, titre provocateur, repris sur d’autres réseaux. A noter qu’à ma surprise, c’est le seul billet OGM dans cette petite liste.
  2. Signer une pétition contre le chalutage en eau profonde : que dit la litérature scientifique ? Autre sujet à fort impact social, en lien avec une pétition très diffusée. Ce qui est rigolo pour les théoriciens du complot c’est que le premier peut être perçu comme anti-écolo, et celui-ci comme anti-industrie. Bon y a probablement peu de lecteurs communs aux deux billets, donc ils ne vont pas remarquer.
  3. Doit-on montrer le code informatique des scientifiques même s’il est moche ? Ah ça me fait bien plaisir, un billet plutôt geek et technique, comme quoi il n’y a pas que les gros débats évidents qui intéressent les lecteurs de blogs scientifiques.
  4. Rions un peu avec les méthodes scientifiques et Twitter. L’humour geek a un certain succès, même s’il génère bien sur moins de commentaires que les autres sujets. A nouveau, ça me fait bien plaisir.

Quelques remarques d’ordre général :

Certains billets ont une durée de vie très longue (j’ai encore plein de hits sur le billet de 2012 sur Pierre-Henri Gouyon), alors que d’autres ont un pic rapide qui retombe (celui sur le chalutage typiquement).

La plupart de mes billets ont des commentaires constructifs, ce qui me fait très plaisir. Merci à mes commentateurs !

Très peu de lecteurs cliquent sur les liens. Je mets toujours des liens vers mes sources, les articles scientifiques ou billets de blogs ou sources statsitiques, et seulement de l’ordre de 2% des lecteurs cliquent sur autre chose qu’une BD. De même, quand je suis lié par des sites très lus comme L’Express, ça m’apporte peu de lecteurs, donc là aussi on clique peu. Comme quoi mon comportement personnel n’est pas représentatif.

Peu de chercheurs actifs bloguent, surtout en français. Et quand je blogue vraiment sur des résulats scientifiques, de mon labo ou de la litérature, bin j’ai peu de lecteurs et peu de commentaires. Mais je vais continuer, na.

Bonne année à tous !

Notes sur ma semaine en sciences 11 : de bonnes nouvelles et de la stochasticité

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  • Sur le blog Elysa Chlorotica, un très bon commentaire sur les fameux crânes de Dmanisi et l’évolution humaine. Voir aussi ce commentaire sur le blog de PLOS.
  • Un papier récent quantifie les problèmes expérimentaux dans l’estimation de la transcription dans une seule cellule, permettant potentiellement de quantifier les composants stochastiques et déterministes de l’expression des gènes au niveau cellulaire (voir cette revue [accès fermé, en anglais], ce petit billet de blog [en anglais], et mon râlage précédent concernant les arguments de JJ Kupiec sur la stochasticité de l’expression des gènes).
  • Youpi ! Notre projet commun avec 3 autres labos lausannois sur la comparaison entre espèces des interactions gène-environnement dans le vieillissement a été accepté, on va recevoir plein de sous ! Chers théoriciens du complot, ça ne veut pas dire que je peux m’acheter une nouvelle Ferrari, mais que je peux embaucher un doctorant. C’est une très bonne nouvelle (franchement, qu’est-ce que je ferais d’une Ferrari ?).
  • Mon collègue lyonnais Guy Perrière a écrit un article grand public sur la génomique et la bioinformatique dans Pour la Science, accès payant ici. Il fait un bon point sur la croissance des données de séquence disponibles dans des banques centralisées, et des problèmes posés par les nouvelles technologies très haut débit : paradoxalement, on produit tant de données qu’on n’arrive plus à les partager, et donc on arrive à un ralentissement de la croissance des données aisément disponibles.
  • De super belles photos de microscopie sur le site de Wired.
  • Un article sur notre base de données Selectome a été accepté pour publication. On pré-calcule la sélection Darwinienne (créatrice de nouveauté, par opposition à la sélection conservatrice) sur plein plein de gènes et de périodes évolutives, et vous y donne accès. Principale nouveauté : un meilleur contrôle qualité des données, donc moins de faux positifs. Le futur : des programmes plus rapides, qui nous permettront de faire les calculs sur encore plus de données. Tagada.
  • Très bonne « histoire derrière le papier » sur le Dinoblog, qui permet de voir comment progresse la connaissance en paléontologie (lentement et avec plein de détails chiants, comme toute la science) et avec une discussion intéressante du concept de fossile vivant, même si perso je ne l’aime pas trop (le terme). Puis c’est des requins, ce qui est toujours cool. Petit râlage : pourquoi ne pas mettre un lien vers le papier lui-même ?
  • Article expliquant la bioinformatique au grand public (anglais, accès libre) : Explain Bioinformatics to Your Grandmother! Mais pourquoi toujours les grand-mères ? Excellent commentaire sur le papier, voir aussi mon commentaire dans un billet précédent.

Notes sur ma semaine en sciences 10

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  • On a un nouveau format de réunions d’équipe, où on essaye de réfléchir à partir de nouvelles scientifiques à la façon dont la bioinformatique pourrait aider. Bien sûr cette semaine le thème venait des Nobel, et en discutant on s’est demandé si quelqu’un avait déjà essayé de classifier non pas les protéines en fonction de leur compartiment sub-cellulaire, mais les complexes de protéines (une protéine agit rarement seule). Une recherche rapide après la réunion me montre que ça n’est pas évident que ça ait été fait (ce qui ne garanti rien bien sur), mais que d’après ce papier récent ça pourrait être en effet pertinent. Quelqu’un du groupe ayant demandé pourquoi ça n’a pas déjà été fait si c’est si intéressant, cela m’a rappelé la citation suivante de l’autobiographie de Feynman, quand il prend des cours de biologie pour voir, et pose des questions qui lui paraissent simples :

« Nobody knew. It turned out that it was not understood at that time. So right away I found out something about biology: it was very easy to find a question that was very interesting, and that nobody knew the answer to. In physics you had to go a little deeper before you could find an interesting question that people didn’t know. »

(bien sur c’est possible que des gens aient essayé, que ça ne soit pas possible, et qu’ils n’aient pas publié leurs résultats négatifs. Ou que je ne sois simplement pas au courant.)

  • Karim sur Sweet Random Science se demande où est la science dans les films de science-fiction, et justement je trouve ceci sur les blogs de PLOS : une enseignante qui utilise Bienvenue à GATACA pour l’enseignement de la génétique.
  • Fait ch..r, notre projet de cours de Génomique des populations a été refusé par EMBO, surtout à cause de l’utilisation de la génomique des fourmis comme exemple pratique. A re-essayer avec un cas d’étude plus intéressant pour les collègues biologiste moléculaires ?
  • Après presque 4 mois d’attente sans réponse des experts, et un changement d’éditeur, pour un article soumis à Bioinformatics, j’en ai mis une copie dans ArXiv. Je me rends compte que je devrais faire ceci systématiquement pour tous nos articles soumis.
  • On interviewe en ce moment des candidats profs d’entomologie dans mon département, et lors de lors leurs présentations orales j’apprends plein de trucs sur les insectes.
    • Saviez-vous qu’alors que nous détectons une odeur à 1 milliard de molécules par cm3, et un chien le fait à 1 million, mais un papillon de nuit y arrive avec seulement 10 molécules par cm3 ? Il semble que les insectes volants arrivent à se repérer à l’odorat tout en volant rapidement, et que pour cela il faille une très grande sensibilité.
    • Les moustiques femelles s’accouplent de préférence avec des mâles dont le bourdonnement des ailes est en harmonie avec le leur apparemment. Et moi qui pensait que le bzzzz n’était là que pour m’empécher de dormir. Par ailleurs, ils piqueraient de préférence l’arrière des jambes pour être loin de nos oreilles (qui les repèrent) et nos mains (qui paf ! le moustique).
    • Il y a des espèces qui sont 100% femelles, mais utilisent les mâles d’autres espèces pour la reproduction : le génome du mâle est ensuite élminé des cellules sexuelles (gamètes), mais contribue au corps (soma). Certains molusques font la même chose, mais avec seulement des mâles. Il y a plein d’autres modes de reproduction rigolos.
  • A ce propos, ça me frappe le nombre de gens qui cherchent un poste dans la recherche, mais qui ne nous facilitent pas la vie pour trouver leurs publications, leur recherche, etc. Faites-vous des profils Google Scholar, ISI Web of science, LinkedIn, etc. Ca prends quelques minutes et vous serez nettement plus visibles. Si vous n’en faites qu’un, Google Scholar à mon avis : publis, citations, accessible à tous.
  • Prix Nobel de chimie pour de la chimie computationnelle, autant dire presque de la bioinformatique / biologie computationnelle ! Ce qui pose la question : si on donnait un prix Nobel à des bioinformaticiens, lesquels ?
  • Via Ars Technica, je trouve une revue des études sur la sécurité des OGM, qui confirme qu’il n’y a pas de risque alimentaires / santé humaine, mais que les conséquences environementales ne sont pas toujours bien étudiées. A l’heure actuelle, aucune conséquence négative n’est bien documentée, mais cela reste possible. Ca dépend bien sûr de l’OGM : des insectes herbivores résistants c’est potentiellement génant, des plantes qui produisent plus de vitamine A ça ne l’est pas.
  • A propos de riz doré, très bon appel au bon sens à l’occasion de la journée de la vision sur le site de l’Institut philippin de recherche sur le riz.
  • Page professionnelle d’un jeune prof de Stanford pleine d’humour : « I obtained my Ph.D. from Stanford in 1997, which has made me the second most famous person in my family after my cousin who is a professional horse trainer. »
  • La rétraction d’articles scientifiques par ce qu’on a trouvé des erreurs est un sujet toujours sensible. Pamela Ronald, connue pour son travail sur le riz notamment, et auteure d’un livre sur la nouriture de demain avec son mari prof d’agriculture bio, a retracté deux articles et raconte l’histoire de manière exemplaire sur un blog. Voire aussi une plus ancienne discussion sur la façon de mettre les rétractions sur son CV, sur l’indispensable site Retraction Watch.

Notes sur ma semaine en sciences 9 : de retour, avec un gouvernement américain fermé et un peu d’humour

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Les étudiants sont dans les amphis et les salles de TP, mes diapos sont en ligne, ma demande d’argent pour le labo est déposée, je vais essayer de recommencer à bloguer un peu.

  • Le gouvernement américain ferme, cela a de lourdes conséquences pour la recherche scientifique, qui n’est pas considérée comme « essentielle », et même pour de nombreuses fonctions technologiques et médicales : plus de nouvelles études cliniques, plus d’évaluations de médicaments, plus d’analyse sauf sommaire des données géologiques (espérons que pas de gros tremblement de terre), etc etc. Un bon bilan en anglais sur un blog néo-zélandais des conséquences pour le reste du monde ici. Des captures d’écran des sites web scientifiques plus ou moins fermés sur le blog de Jonathan Eisen. L’info en temps réel avec #scienceshutdown.
  • D’ailleurs cette fermeture montre la dépendance que nous avons tous envers les infrastructures scientifiques américaines. Le principal outil pour chercher des articles scientifiques en biologie et médecine, PubMed, est américain. Il y a une version européenne, EuropePMC, mais elle dépend de PubMed (et PubMedCentral) pour ses mise à jour. Faut qu’on se réveille. Pas que pour l’Europe, mais tout le monde, américains compris, a intérêt à ce que le système soit davantage redondant en cas de problèmes.
  • Excellent billet d’Alexandre Moati sur les formes du doute, de la vraie science au mensonge propagandier des companies de tabac.
  • Autre excellent bilet de Sham sur les négationistes du changement climatique (voir aussi sur Sciences2).
  • Un article provocateur affirme que les modifications que les humains font aux écosystèmes peuvent en fait augmenter la biodiversité. Vu le nombre d’espèces qu’on dégomme, j’ai des doutes, mais c’est une réflexion intéressante et argumentée.
  • J’ai retrouvé mon rapport bibliographique de master (DEA à l’époque), datant quand même de 1993, pour retrouver certaines références bibliographiques des années 1980. Le formatage et surtout les figures et équations sont un peu foireuses, because que c’est du MSWord et pas du LaTeX, mais en gros c’est lisible.
  • Je suis sur que vous vous demandez sur quoi porte ma demande d’argent. Bioinformatics search for adaptive evolution in vertebrate development. Ah-haa!
  • Rock’n’science lance une chaîne de blagues scientifiques. En voici une petite assez geek quand même. On demande à des scientifiques de démontrer que tous les nombres impairs sont premiers. Mathématicien : 1 est premier, 3 est premier, par induction tous les impairs sont premiers. Informaticien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, Segmentation fault. Biologiste : 1 est un modèle pour étudier les nombres impairs ; il est premier, donc les nombres impairs sont premiers. Physicien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, 9 est presque premier, 11 est premier…
  • Encore une toute petite ? Il y a 10 sortes de personnes, ceux qui savent compter en binaire et ceux qui ne savent pas.
  • Du vrai humour : un excellent article parodique : Cleavage of SuperPower protein determines the superpower in a tissue dependent manner.
  • Du vrai-faux humour : Mike Eisen attire notre attention en prétendant brièvement être l’auteur du terrible article sur des bactéries à l’arsenic, pour démonter une pseudo-étude visant à montrer que les journaux Open Access sont mauvais.

Notes sur ma semaine en sciences 8 : Débordé à la rentrée

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Bon une note courte cette semaine pour expliquer qu’en cette deuxième moité de septembre je ne vais pas trop avoir le temps de bloguer, parce que :

  • J’ai co-organisé un cours pour doctorants d’une semaine, Bioinformatics in the Chalet (c’était super !).
  • Les cours de l’université ont repris, dont mon cours Introduction à la bioinformatique qui change peu, et le cours Sequence a genome qui change tous les ans vu le projet.
  • Je dois écrire et soumettre le projet de financement principal de mon labo au Fonds national suisse pour la science d’ici le 1er octobre.
  • Je dois défendre, avec mes co-applicants, une autre demande de financement.
  • J’ai un doctorant qui en rédaction finale de thèse et a besoin d’un petit peu de retour de ma part.
  • Notre filière Bioinformatique de master est passée de 3 étudiants lausannois à 13 (plus des genevois), et ça fait plein de problèmes à régler dans l’urgence (même si sur le moyen et long terme on est contents d’avoir plein d’étudiants).

Donc je me noie un peu, j’ai quand même encore une vie à coté, alors Tcho pour le moment, et à bientôt !

 

Notes sur ma semaine en sciences 7

cliquez sur l'image, juste parce que j'aime bien ce blog de StripSciences

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  • On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d’assurer la formation continue à la bioinformatique. L’histoire du SIB est intéressante, puisque c’est parti d’une crise : SwissProt, la base de données de référence sur les protéines, n’était plus soutenue par le Fonds national suisse pour la science, parce que bin ça n’est pas de la recherche. L’annonce de la fermeture de Swissprot avait succité un tel tollé qu’une solution a été trouvée, et le SIB est né, avec un engagement vers la maintenance à long terme de resources utiles à tout le monde
  • D’ailleurs cette année c’est aussi les 20 ans d’ExPASy, qui a été la première page web de biologie au monde, et est maintenant le portail des resources bioinformatiques du SIB.
  • Un article intéressant en ce qui concerne les efforts jamais finis pour comprendre le génome humain, pertinent aussi à la tension qui existe entre génomique fonctionnelle (si je le détecte, c’est important ! d’ailleurs, cancer) et génomique évolutive (si ça n’est pas conservé, ça n’est pas important ! d’ailleurs, génome de l’onion). Les gènes eucaryotes (y compris animaux et plantes) sont en morceaux (exons) dans le génome, lesquels sont ensuite assemblés au niveau du transcrit (ARN) et traduits en protéines. Certains exons ne sont pas toujours utilisés, et la plupart des gènes ont ainsi de nombreux transcrits alternatifs. Depuis que la fréquence élevée de la transcription alternative a été découverte, il y a débat entre ceux qui pensent que c’est pour l’essentiel fonctionnel, ainsi un gène peut produire de nombreuses protéines, et ceux qui pensent que c’est pour l’essentiel des erreurs du système moléculaire (voir rôle du hasard). En faveur du second point de vue, les importantes différences entre espèces même proches, plutôt en faveur de mécanismes aléatoires. Dans ce papier récent (PNAS, libre d’accès) les auteurs ont comparé par bioinformatique les transcrits alternatifs de 6 espèces de primates (dont l’humain), et ont découvert que la plupart se comportent comme attendu au hasard, mais qu’une importante minorité de 1643 gènes a des exons utilisés de manière très spécifique dans certains organes de manière conservée entre primates, et a donc probablement une fonction spécifique. J’aime beaucoup quand on va au-delà du débat fonctionnel contre neutre, et que l’on quantifie la part de chacun. Bien sur, ce résultat est provisoire, étant basé sur des données limitées à 6 primates et 5 organes.
  • D’après le blog collectif anti-créationiste Panda’s Thumb, deux petites companies de chimie viennent d’être condamnées pour avoir montré qu’un plastique sans bisphénol-A, donc vendu comme une alternative saine et sans risques, présente en fait des risques similaires au BPA en ce qui concerne la disruption hormonale. Ceci est très très dangereux : il doit être possible de tester un produit qui est en vente et de rendre public ses résultats, même si et surtout si ils montrent un danger potentiel du produit.
  • Le Fonds national suisse pour la science vient de publier la version grand public et en français de son rapport sur les OGM: PDF à télécharger ; Pôle national de recherche ayant conduit au rapport.
  • Super billet de blog par Ewan Birney (coordonateur de la deuxième phase d’ENCODE, co-directeur de l’European bioinformatics institute) sur ce qui fait la dynamique de San Francisco et la Silicon Valley, et comment cela peut être reproduit ailleurs. Il insiste sur un facteur essentiel : d’excellentes universités de recherche ! Plusieurs !

Notes sur ma semaine en sciences 6

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  • Joe Felsenstein, le chercheur le plus connu en phylogénie et méthodes d’évolution moléculaire (dans notre petit cercle, je n’hésiterais pas à le qualifier de légende vivante) raconte ses souvenirs d’étudiant à la Marche sur Washington contre la ségrégation raciale, il y a 50 ans.
  • Une étude médicale australienne liste plus de 150 traitements apparemment inutiles, ou en tout cas qui manquent d’évidence qu’ils sont utiles, de « Arthroscopic surgery for knee osteoarthritis » à « Hospitalisation for bed rest in multiple pregnancy ». L’article, la liste de traitements.
  • Liste en cours de construction (n’hésitez pas à contribuer) des journaux scientifiques acceptant des soumissions qui avaient été mises sur ArXiv auparavent.
  • Discussion intéressante sur un blog de bioinformatique concernant la différence entre significativité du test (par ex. p < 1%) et magnitude de l’effet (par ex. 2 fois plus d’expression) dans les contextes des puces à ADN (microarrays) et du RNA-seq.
  • Excellent article de fond sur le riz doré Golden Rice dans le New York Times.
  • J’ai acheté la traduction française du livre « Au pays des Ranacaudas« , qui explique la spéciation et la sélection naturelle aux enfants. Malgrès quelques tournures un peu bizarres dues à la traduction d’un livre pour enfants en vers, gros succès auprès de mon fils de 6 ans. Je recommende.
  • Je suis bête, je m’invente du travail. Ma proposition de cours pour doctorants « Blogging and using Twitter for scientific communication » a été acceptée. Maitenant faut l’organiser. J’ai déjà trouvé ceci et ceci.
  • Un excellent commentaire sur le Golden Rice de la part d’un économiste, Alexander Stein, qui a fait sa thèse sur la question : son blog, sa page professionnelle avec ses publications sur le sujet. Répond aux commentaires du type « qu’ils mangent de la brioche des carottes ». Lire notamment un excellent commentaire de sa part sur la pertinence des investissements dans le Golden Rice par rapport à d’autres investissements possibles. Quand je vois la quantité de travail fait sur ces questions, et quand je lis ce que Greenpeace écrit, je ne peux que conclure qu’ils sont de mauvaise foi.
  • Un papier intéressant (libre d’accès) sur la comparaison des chromosomes sexuels de serpents. Les serpents, comme les oiseaux, ont un système ZZ (mâle) ZW (femelle). Comme ces chromosomes sont plus ou moins différenciés (dans différentes espèces le W est plus ou moins différent du Z), cela permet de tester des hypothèses sur les rôles respectifs de l’abondance de mutations chez les mâles (davantage de divisions cellulaires pour faire un spermatozoide qu’un ovule), de la sélection de gènes spécifiquement avantageux pour un sexe ou l’autre, et de l’absence de recombinaison sur le W.
  • En écrivant mon prochain projet de recherche, j’ai cherché des exemples de phénotypes morphologiques clairement non adaptatifs (des trucs qui se voient et qui ne servent à rien, en gros). Ca n’est pas évident, mais la couleur des organismes vivant très profond dans la mer me paraît un bon candidat. Pas de lumière : la couleur ne peut pas être importante, si ?
  • La 2ème compétition pour savoir quelle méthode bioinformatique marche la mieux pour prédire la fonction des protéines a été lancée. Un problème difficile. J’hésite à entrer cette année ; c’est intéressant mais ça prend du temps d’autres projets. Détails sur le blog de Iddo Friedberg.
  • Mike Eisen, militant acharné pro-Open Access et anti Impact Factor (voir mes billets sur politique de publication), demande dans quels journaux les gens ont publié pour avoir un poste de prof. Malheureusement pour lui, les journaux pas forcément ouverts à haut facteur d’impact semblent dominer. Discussion sur Twitter.
  • Un collègue m’a contacté pour écrire un livre sur les OGM. J’ai décliné, je préfère écrire sur ce blog sur plein de sujets, et avancer ma recherche quand même.
  • Un article de biologie évolutive pas encore publié officiellement, mais mis dans ArXiv (explication dans ce billet), est commenté dans Nature. Je ne sais pas si c’est une première, mais ça montre que les esprits changent. D’ailleurs mon journal préféré, Molecular Biology and Evolution, autorise aussi depuis peu les articles à y être soumis après avoir été déposés dans ArXiv. A propos de l’article lui-même, excellent commentaire sur le blog de John Hawks (avec photo du musée des Eyzies, coucou le Dinoblog).

Notes sur ma semaine en sciences 5

(pas d’image, le wifi de l’hotel est trop lent.)

  • Pierre Barthélémy du blog Passeur de sciences sur Le Monde évite d’habitude de parler d’OGM. Il y a une actualité scientifique intéressante sur le sujet (utilisation d’interférence ARN), il fait un billet, et qu’est-ce qui domine les commentaires ? Des trucs à coté de la plaque sur Monsanto et le bio, des remarques négatives sur le ton de son titre, et des remarques particulièrement constructives sur la photo d’illustration. Faut pas désespérer.
  • Article très intéressant (accès fermé hélas) qui montre un modèle de prédiction très précise de l’expression de gènes de levure en fonction de l’affinité précise (et manipulable expérimentalement) de l’ADN devant le gène (le promoteur) pour des protéines de régulation (facteurs de transcription). N’en déplaise à M. Kupiec.
  • Je passe le gros de la semaine au congrès européen de biologie évolutive ESEB. Il faudrait que j’en fasse un compte-rendu sur ce blog, ça serait pas cool ça ? Mais du coup j’ai peu d’autres nouvelles neuves. Ce qui m’a frappé dans la conférence cette année ? Le pouvoir de la génomique à unir des domaines qui avaient peu en commun, de la génétique moléculaire à l’étude de la spéciation, de l’hybridation et la domestication à l’expression des gènes et l’évolution de la morphologie jusqu’à la sélection naturelle et l’étude de l’impact du changement climatique. Et plein d’études sur les papillons et les épinoches.
  • Un hybride journal / blog sur l’intersection médecine et biologie évolutive : The Evolution & Medicine Review.