Séquençage de virus en temps réel sur le terrain : ça arrive pour Ebola

Fin 2015 je vous ai embêté avec les promesses du séquençage de l’ADN partout tout le temps facile pas cher. Un billet ultra rapide pour dire que ça y est, ça arrive pour de vrai :

Quick et al (centaine de co-auteurs) 2016 Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance Nature doi:10.1038/nature16996

Je cite, ça vaut le coup :

In April 2015 this system was transported in standard airline luggage to Guinea and used for real-time genomic surveillance of the ongoing epidemic. We present sequence data and analysis of 142 EBOV samples collected during the period March to October 2015. We were able to generate results less than 24 h after receiving an Ebola-positive sample, with the sequencing process taking as little as 15–60 min.

Voilà, on peut amener le séquenceur dans ses bagages, aller sur le terrain, et obtenir des séquences d’ADN permettant d’identifier les souches et les mutations dans les 24h, dont moins d’une heure de séquençage proprement dit.

en a, les bagages, en d, le labo. voilà.

en a, les bagages, en d, le labo. voilà.

Pas pour prêcher pour ma paroisse, mais la mise au point d’une bonne méthode bioinformatique a été clé pour que ça soit utile. Avec ça, ils peuvent par exemple tracer l’évolution du virus en temps presque réel :

nature16996-f3

Seule point à noter, dans ce cas leur protocole dépendait du fait qu’ils connaissaient déjà le virus, afin de l’amplifier in vitro. Si ce n’est pas le cas, ça sera possible aussi, mais plus compliqué, car il faudra séquencer de plus petites quantités d’ADN.

2 réponses à “Séquençage de virus en temps réel sur le terrain : ça arrive pour Ebola

  1. J’ai eu le plaisir de voir un talk de Nick Loman sur ce sujet il y a quelques mois et j’avais vraiment été épaté ! Leur plus gros soucis dans cette histoire était en fait la qualité des connections internet pour pouvoir transmettre en temps réel les données de séquençage et alimenter leur base de données http://ebola.nextstrain.org/

    On peut supposer que la même chose va être faite très rapidement pour le virus zika.

    Alexis.

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