Vent de folie dans les journaux scientifiques: 1- la secte du Cladisme

Il y a eu récemment plusieurs éditoriaux ou billets d’opinion qui ont eu un certain, euh, écho sur les médias sociaux. Ils diffèrent par bien des points, mais ont en commun un certain aspect « what the fuck? » comme disent élégamment les américains.

Commençons par l’éditorial du journal Cladistics du 12 janvier (lien).  Je l’ai vu via ce tweet :

L’éditorial commence direct :

The epistemological paradigm of this journal is parsimony. There are strong philosophical arguments in support of parsimony versus other methods of phylogenetic inference (e.g. Farris, 1983).

Alors un peu de contexte. Il existe différentes méthodes pour reconstruire des arbres phylogénétiques, à savoir les relations évolutives entre espèces. Jusque dans les années 1960-70 la classification des espèces se faisait de manière très approximative, sans méthode formelle. Dans les années 1970 est apparu un mouvement appelé « cladistique », qui visait à réformer la classification des espèces en la rendant objective, suite à un livre de Willi Hennig (1966 pour l’édition anglaise). Les cladistes proposaient un critère de classification, les relations phylogénétiques. Et comme il n’existait pas de méthode objective pour reconstruire ces relations, et l’objectivité était leur objectif, ils ont aussi proposé une méthode formelle (programmable informatiquement même), dite de « parcimonie » (orthographe discutée ici 😉 ). Jusque là tout va bien. Mais dès la fin des années 1970 (1978 pour être précis) Joe Felsenstein a montré que dans certains cas identifiables la parcimonie pouvait se tromper de phylogénie de manière systématique. Ce sont ensuivies deux décénnies de débats entre d’un coté des bio-statisticiens (école dont je suis issu) qui cherchaient les limites des méthodes de phylogénie et les améliorations à y apporter, et de l’autre le groupe proclamant que seul l’usage de la parcimonie fait le vrai « cladiste », pour la plupart issues de musées d’histoire naturelle. Durant ma thèse cette dispute était encore vive, et je me rappelle de discours très agressifs de Guillaume Lecointre fustigeant les fausses phylogénies des statisticiens.

Depuis la plupart des phylogénéticiens sont passés du coté statistique de la force, notamment parce que l’amélioration conjointe des ordinateurs et du séquençage d’ADN fait que nous avons des données bien adaptées au traitement statistique. Et puis quand même une méthode dont on peut montrer qu’elle est juste a quelque chose de préférable à une méthode qu’on aime bien pour des raisons historiques (voir aussi débat dans ce billet).

Et donc l’éditorial de Cladistics, journal de la Hennig society, nous renvoie en arrière vers cette époque, et sans aucune nuance ni aucune leçon apprise. Il commence par dire que ce journal, c’est parcimonie et c’est tout. Il continue dans cette veine :

(…) we do not hold in special esteem any method solely because it is novel or purportedly sophisticated. Phylogenetic data sets submitted to this journal should be analysed using parsimony. If alternative methods are also used and there is no difference among the results, the author should defer to the principles of the Society and present the tree obtained by parsimony.

J’adore « because it is novel or purpotedly sophisticated ». Les éditeurs ne se laissent pas impressioner par une méthode juste parce qu’elle est nouvelle (plus récente que 1966) ou soit disant sophistiquée. Ca fait pas du tout vieux barbons.

Plus loin :

we do not consider the hypothetical problem of statistical inconsistency to constitute a philosophical argument for the rejection of parsimony

Les problèmes connus et documentés à répétition depuis 1978 ne les embêtent pas, puisqu’il ne s’agit pas d’un argument philosophique. Bin tiens. Une méthode d’estimation de phylogénie estime la mauvaise phylogénie, mais puisqu’elle est théologiquement philosophiquement pure, gardons-la.

Et une phrase qui a fait se gratter bien des têtes en biologie évolutive :

The absence of certain truth represents a philosophical limit of empirical science.

Euh… oui on ne sait pas toujours tout, mais est-ce une justification pour accepter des méthodes qui se plantent ?

Bref, cet édito a fait rire tout ce qu’internet a de biologistes évolutifs, avec un storify des tweets ici :

https://storify.com/phylogenomics/cladistics-journal-declares-long-live-parsimony

Il faut préciser que perso, faisant de la biologie évolutive, je n’ai plus rencontré ce genre d’attitudes depuis une vingtaine d’années, ce qui tend à indiquer que bien que des gens comme ça existent toujours, ils fréquentent peu les conférences habituelles de biologie évolutive. Je pense qu’ils vont entre eux à la conférence de la Hennig Society (voir à ce propos un compte-rendu rigolo de Dan Graur d’une de ces conférences ainsi que la discussion dans les commentaires).

Que penser de tout ceci ? Que le dogmatisme peut exister dans des sous-cultures de la communauté scientifique ; que ce dogmatisme est battu en brêche dans la communauté scientifique globale ; et qu’internet fait que ce genre d’attitudes s’attire le ridicule généralisé.

A bientôt pour une deuxième histoire d’éditorial étrange. Soyez sages.

4 réponses à “Vent de folie dans les journaux scientifiques: 1- la secte du Cladisme

  1. Ping : Vent de folie dans les journaux scientifiques: 2- halte aux parasites qui osent analyser les données | Tout se passe comme si

  2. Ping : Vent de folie dans les journaux scientifiques: 3- CRISPR/Cas édite l’histoire de la génomique | Tout se passe comme si

  3. Réduire l’analyse phylogénétique, dite cladistique par un de ses plus fervents opposants (E. Mayr), à des problèmes de non-prise en compte de données statistiques est un très mauvais procès. Il s’agit de plus que ça, certainement pas d’un « mouvement » (politique, religieux, etc.), mais bien d’une METHODE. Retournez donc vraiment à l’histoire de la « chose » … Siouplé. Merci. No more comment.

    • Merci pour ce commentaire posé et constructif.

      Le terme « cladistique » est utilisé par les tenants de cette approche, c’est même le nom du journal.

      L’analyse phylogénétique, je ne la réduis certainement pas à l’approche recommendée par le journal Cladistics, au contraire justement. J’inclus dans l’analyse phylogénétique toutes les approches visant à reconstruire des phylogénies, morphologiques ou moléculaires, basées sur la parsimonie, les distances, la vraisemblance ou le bayésien.

      Quand à la parcimonie, c’est bien une méthode. Une méthode qui échoue dans certaines conditions bien identifiées, et une méthode qui a un objectif qui est mieux rempli par d’autres méthodes. Pas de honte à ça, les méthodes ça progresse et c’est remplacé.

      Sinon, c’est comme si le journal Cell refusait les images prises par des microscopes qui ne sont pas optiques.