ADN partout 1/3 : Le prix du séquençage baisse encore (plus)

cliquez sur l'image : Boulet au MIT (zombies inclus)

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Le prix du séquençage de l’ADN vient encore de se casser la gueule un peu plus, en décrochant du « plateau » de décroissance où il était depuis trois ans :

Sequencing graphs JAN_13

Sur le graphe ci-dessus, deux choses doivent être notées en plus du décrochement récent :

  1. L’échelle est logarithmique, c’est-à-dire qu’une ligne droite correspond à un changement exponentiel. Donc même la décroissance apparemment lente de 2012 à récemment est en fait une décroissance exponentielle simplement moins forte qu’avant.
  2. La droite blanche, c’est la « loi de Moore », la croissance exponentielle de la puissance de calcul des ordinateurs. La loi de Moore, c’est ce qui fait que votre téléphone est plus puissant que les ordinateurs disponibles à la NASA pour aller sur la Lune.

En corrolaire de ces deux points, remarquez que le séquençage d’ADN devient moins cher plus vite que la puissance des ordinateurs n’augmente depuis 2003, carrément plus vite depuis 2008. On peut remarquer que la différence entre les deux exponentielles est elle-même une exponentielle : tous les ans, pour le même prix, vous pouvez séquencer encore plus d’ADN par minute de calcul possible. Autrement dit, notre capacité à séquencer de l’ADN croit beaucoup beaucoup plus vite que notre puissance informatique.

Cela a plusieurs conséquences, que nous allons explorer en deux autres billets. Mais un point à noter d’entrée est que la croissance de la puissance informatique à prix constant a eu des conséquences qu’à-peu-près personne n’a prévu. Les smartphones ou le streaming des vidéos légalement ou pas sont essentiellement absents de la science fiction jusqu’à ce qu’ils apparaissent pour de vrai. Alors imaginer ce que va être le monde du séquençage d’ADN très bon marché est difficile. Une certitude : ce monde est déjà là :

Une autre figure, montrant les différentes techniques de séquençage commercialisées. Les points liés par des traits montrent des progrès d’une même machine.

developments_in_high_throughput_sequencing

7 réponses à “ADN partout 1/3 : Le prix du séquençage baisse encore (plus)

  1. Le prix du séquençage baisse : ok, mais comme ça tout seul c’est pas très parlant. Les tableaux indiquent qu’en ce moment on est à $0,015 le Mo séquencé, soit $1 363 le génome. Ça c’est le prix pour la collecte de l’information, je suppose qu’il faut l’analyser après. Et je ne sais pas trop ce qu’on fait avec 1 Mo d’ADN séquencé.

  2. La comparaison avec la loi de Moore me semble très discutable et ce pour plusieurs raisons:
    – La loi de Moore, contrairement à ce que l’article indique, ne s’applique pas à la puissance de de calculs mais à la densités de transistors sur un chip de silicium, ce qui n’est qu’un facteur parmi d’autres de l’évolution de la puissance de calcul.
    – On compare le coût (monétaire) à l’évolution d’une caractéristique technique des microprocesseurs, mais on ne tient pas compte du tout du coût du matériel. Les sources semblent peu nombreuses à ce sujet, sur la Wikipédia on trouve cependant la table suivante: https://en.wikipedia.org/wiki/FLOPS#Cost_of_computing. À première vue le coût décroît plus vite que la densité des transistors n’augmente, à causes d’autres facteurs, comme la production de masse.

    De manière générale, il me semble que comparer l’avènement de l’informatique avec celui du séquençage est pour le moins poussif. Un processeur est une implémentation de la machine de Turing, c’est à dire qu’il est capable de résoudre (en théorie) tous les problèmes calculables, alors qu’un séquenceur ne s’attaque qu’à un problème très spécifique. Cela me semble à peu près aussi pertinent que de comparer l’adoption de l’électricité avec celle du sèche-cheveux.

    • Pour la loi de Moore, j’admet avoir décrit cela de manière éliptique, étant donné que ce n’est pas l’objet du billet.

      Pour le point plus important de la comparaison entre informatique et séquençage d’ADN, je ne suis pas d’accord. Le séquençage d’ADN permet d’accèder à une information très générale, voir billets suivants.

    • Nicolas Robine

      Une variation de la loi de Moore (ou de la logique de la loi de Moore), c’est aussi la chute du cout de stockage de l’information au cours du temps. Et l’interet de la comparaison entre l’evolution du cout de sequençage et une loi de meme nature que la loi de Moore, c’est de constater qu’il coute de plus en plus cher de stocker l’information produite par les sequenceurs.

    • intervention tres intéressante, merci.
      Ceci dit, je ne trouve pas absurde a priori de comparer l’adoption de l’électricité avec celle du sèche-cheveux.

      Ca dépend de ce qu’on fait de la comparaison, mais ce n’est pas absurde a priori. Faudrait voir le contexte… 🙂