Encore une nouvelle technologie révolutionaire de séquençage de l’ADN, cette fois-ci portable

cliquez sur l'image

cliquez sur l’image

Comme on l’entend souvent (en tous cas si on lit des blogs de sciences), le séquençage de l’ADN se fait de plus en plus vite, de moins en moins cher, progressant à une vitesse bien supérieure aux progrès de l’informatique. Par exemple billet de Philippe Julien, de moi (génome à $1000), et bon article récent dans Le Monde.

La plupart des progrès récents sont dus à une société qui domine le marché, Illumina (voir cet article complet en anglais sur Forbes), bien que PacBio présente une alternative intéressante pour les génomes bactériens. Récemment, Mick Watson, bioinformaticien et bloggueur, a écrit sur son expérience avec un nouvel arrivant, Oxford Nanopore. Oxford Nanopore commercialise depuis très peu un séquenceur ultra-compact, le MinION, qui se branche dans la prise USB d’un ordinateur (Windows seulement apparemment pour le moment), et envoie les séquences directement dans l’ordinateur.

image de propagande du fabricant

Alors qu’Illumina lit des fragments d’ADN de 100-200 nucléotides (« lettres » d’ADN) (mais plein plein !), et que PacBio lit jusqu’à 20’000 (mais plus souvent dans les 1000), MinION lit couramment des dizaines de milliers, et jusqu’à 100’000 sans problème, semble-t-il. Donc un génome bactérien d’un coup. Mike Mick Watson voit d’énormes possibilités pour un séquenceur si petit, si mobile, et si puissant, et a donc décidé d’écrire un premier logiciel permettant de traiter directement les données produites sur l’ordinateur auquel le séquenceur est branché. Il a mis une première description de sa méthode sur Bioarxiv (un serveur pour mettre des articles pas encore formellement publiés), et explique un peu sur son blog de quoi il retourne. Il tient à ce que son logiciel marche même sans bonne connection internet, pour que ce soit accessible à un vétérinaire de campagne, un médecin de brousse, etc.

Mike Mick voit un futur dans lequel ce vétérinaire, ce médecin, puisse identifier par séquençage le pathogène (bactérie, virus, etc) auquel il a affaire, et ait donc à disposition un test diagnostique rapide, exact, puissant et universel, avec lui tout le temps. Si ça marche, certaines des prédictions enthousiastes des débuts de la génomique (fin des années 1990) seront enfin en train de se réaliser, et cela va changer beaucoup de métiers et de pratiques autour de la biologie. Bon reste à voir ce que ça va donner quand ça sera réellement commercialisé à grande échelle.

(Orthographe du prénom corrigée, suite à remarque sur Twitter)

Mise à jour : Mick signale sur Twitter que le papier a été accepté :

4 réponses à “Encore une nouvelle technologie révolutionaire de séquençage de l’ADN, cette fois-ci portable

  1. Ping : Encore une nouvelle technologie révoluti...

  2. Ping : Encore une nouvelle technologie révoluti...

  3. Ping : Encore une nouvelle technologie révoluti...

  4. Ping : BiopSci » Biologie Et maintenant » Quel sera l’impact de la génomique mobile?