Notes sur ma semaine en sciences 6

cliquez sur l'image

cliquez sur l’image

  • Joe Felsenstein, le chercheur le plus connu en phylogénie et méthodes d’évolution moléculaire (dans notre petit cercle, je n’hésiterais pas à le qualifier de légende vivante) raconte ses souvenirs d’étudiant à la Marche sur Washington contre la ségrégation raciale, il y a 50 ans.
  • Une étude médicale australienne liste plus de 150 traitements apparemment inutiles, ou en tout cas qui manquent d’évidence qu’ils sont utiles, de « Arthroscopic surgery for knee osteoarthritis » à « Hospitalisation for bed rest in multiple pregnancy ». L’article, la liste de traitements.
  • Liste en cours de construction (n’hésitez pas à contribuer) des journaux scientifiques acceptant des soumissions qui avaient été mises sur ArXiv auparavent.
  • Discussion intéressante sur un blog de bioinformatique concernant la différence entre significativité du test (par ex. p < 1%) et magnitude de l’effet (par ex. 2 fois plus d’expression) dans les contextes des puces à ADN (microarrays) et du RNA-seq.
  • Excellent article de fond sur le riz doré Golden Rice dans le New York Times.
  • J’ai acheté la traduction française du livre « Au pays des Ranacaudas« , qui explique la spéciation et la sélection naturelle aux enfants. Malgrès quelques tournures un peu bizarres dues à la traduction d’un livre pour enfants en vers, gros succès auprès de mon fils de 6 ans. Je recommende.
  • Je suis bête, je m’invente du travail. Ma proposition de cours pour doctorants « Blogging and using Twitter for scientific communication » a été acceptée. Maitenant faut l’organiser. J’ai déjà trouvé ceci et ceci.
  • Un excellent commentaire sur le Golden Rice de la part d’un économiste, Alexander Stein, qui a fait sa thèse sur la question : son blog, sa page professionnelle avec ses publications sur le sujet. Répond aux commentaires du type « qu’ils mangent de la brioche des carottes ». Lire notamment un excellent commentaire de sa part sur la pertinence des investissements dans le Golden Rice par rapport à d’autres investissements possibles. Quand je vois la quantité de travail fait sur ces questions, et quand je lis ce que Greenpeace écrit, je ne peux que conclure qu’ils sont de mauvaise foi.
  • Un papier intéressant (libre d’accès) sur la comparaison des chromosomes sexuels de serpents. Les serpents, comme les oiseaux, ont un système ZZ (mâle) ZW (femelle). Comme ces chromosomes sont plus ou moins différenciés (dans différentes espèces le W est plus ou moins différent du Z), cela permet de tester des hypothèses sur les rôles respectifs de l’abondance de mutations chez les mâles (davantage de divisions cellulaires pour faire un spermatozoide qu’un ovule), de la sélection de gènes spécifiquement avantageux pour un sexe ou l’autre, et de l’absence de recombinaison sur le W.
  • En écrivant mon prochain projet de recherche, j’ai cherché des exemples de phénotypes morphologiques clairement non adaptatifs (des trucs qui se voient et qui ne servent à rien, en gros). Ca n’est pas évident, mais la couleur des organismes vivant très profond dans la mer me paraît un bon candidat. Pas de lumière : la couleur ne peut pas être importante, si ?
  • La 2ème compétition pour savoir quelle méthode bioinformatique marche la mieux pour prédire la fonction des protéines a été lancée. Un problème difficile. J’hésite à entrer cette année ; c’est intéressant mais ça prend du temps d’autres projets. Détails sur le blog de Iddo Friedberg.
  • Mike Eisen, militant acharné pro-Open Access et anti Impact Factor (voir mes billets sur politique de publication), demande dans quels journaux les gens ont publié pour avoir un poste de prof. Malheureusement pour lui, les journaux pas forcément ouverts à haut facteur d’impact semblent dominer. Discussion sur Twitter.
  • Un collègue m’a contacté pour écrire un livre sur les OGM. J’ai décliné, je préfère écrire sur ce blog sur plein de sujets, et avancer ma recherche quand même.
  • Un article de biologie évolutive pas encore publié officiellement, mais mis dans ArXiv (explication dans ce billet), est commenté dans Nature. Je ne sais pas si c’est une première, mais ça montre que les esprits changent. D’ailleurs mon journal préféré, Molecular Biology and Evolution, autorise aussi depuis peu les articles à y être soumis après avoir été déposés dans ArXiv. A propos de l’article lui-même, excellent commentaire sur le blog de John Hawks (avec photo du musée des Eyzies, coucou le Dinoblog).

6 réponses à “Notes sur ma semaine en sciences 6

  1. Salut Marc,
    Je te conseille aussi cette présentation de Pierre Lindenbaum pour ton cours :
    http://fr.slideshare.net/lindenb/draft-being-a-bioinformatician-20

      • De rien, j’avais été beaucoup marqué par son talk lors de la journée JeBiF à l’occasion du JOBIM2011.
        Et il avait de très bon exemples de communications sur twitter, et d’autres réseaux.
        J’ai forcément pensé à ça en lisant tes notes sur la semaine et ton projet de cours.

  2. Il me semble bien que de nombreux organismes des abysses produisent leur propre lumière (on dit luminescent, je crois). Du coup, pas sûr de l’inutilité des couleurs de ces bestiaux…
    Sinon, la nageoire adipeuse des salmonidés (truites, saumons…), peut-être ? Elle est sectionnée lors de certaines opérations de captures/recaptures sous prétexte justement qu’elle ne servirait à rien. J’en doute personnellement.
    Et la minuscule nageoire dorsale des silures (Silurus glanis) (désolé, toujours les poissons…cf. mon alias) : elle fait 2-3cm de hauteur pour des spécimens qui peuvent dépasser les 2 mètres. Difficile de trouver un rôle dans l’équilibre de la nage. Peut-être utile lors des jeunes stades cependant puis la nageoire perdure à l’état adulte.
    Je continue à chercher…

    • Merci. Ce genre de petits trucs, c’est toujours difficile d’exclure un rôle.
      Un collègue m’a suggéré la couleur rouge du sang. Le sang n’est pas sélectionné pour être rouge, c’est un effet secondaire de l’utilisation du fer pour lier l’oxygène.

  3. Ping : Notes sur ma semaine en sciences 6 | C@f&eacute...