Notes sur ma semaine en sciences 4

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  • Un bilan de 451 additifs alimentaires autorisés aux Etats-Unis entre 1997 et 2012 indique que l’expertise n’a jamais été indépendente, et qu’elle a été faite par un employé de la compagnie concernée dans 22% des cas. Clairement, un système à revoir. Article d’accès libre.
  • J’ai commencé à écrire ma prochaine demande de financement au Fonds national suisse pour la science (je sais, pour un français dire « fonds national » ça sonne bizarre). On peut poser la question de la pertinence de l’écriture de ces projets, sachant que le meilleur prédicteur du succès d’un chercheur est sa productivité passée. Donc en regardant la mienne, on peut raisonablement s’attendre à ce que premièrement je continue à obtenir des résultats et à les publier, deuxièmement ces résultats ne changent pas la face du monde, et troisièmement qu’ils soient quand même utiles et cités par des collègues. Mais cet exercice est quand même important et utile. Cela me force à réfléchir à la cohérence de ce qu’on veut faire, au contexte international, et à convaincre des collègues de la pertinence de nos projets. Je pense que cela vaut le coup.
  • Un compte-rendu intéressant d’analyse de la vigueur hybride dans le maïs cultivé : le fait qu’on obtient de meilleurs rendements en croisant deux souches pures bien choisies qu’en sélectionnant une souche seule (et c’est pourquoi la plupart des paysans rachètent des graines tous les ans, OGM ou pas).
  • Un collègue améliore la productivité du manioc en Colombie grâce aux champignons microscopiques, j’y reviendrais. Communiqué de presse, article libre d’accès.
  • Une nouvelle technique de compression de données spécifique aux génomes humains permet de ternir l’information génomique d’une personne en 2,5 Mb. A noter que cela suppose qu’on ait un génome de référence et qu’on ne code que les différences, donc le point de départ n’est que de 84 Mb, pas 3,2 Gb. C’est quand même 37% de mieux que le record précédent. Article (accès fermé).
  • Un prototype de riz OGM qui fournit un anticorps contre un virus mortel (rotavirus) dans le Tiers Monde (news dans Nature). Mais me direz-vous, y a qu’à les rendre riches au lieu de faire des biotechnologies (y a vraiment un commentaire comme ça hélas). Sérieusement, c’est encore loin de l’application sur le terrain, mais c’est une approche originale et intéressante. Le risque bien sur c’est qu’alors que c’est relativement facile d’adapter un vaccin aux changements d’un virus, un OGM qui produit un anticorps donné risque d’être compliqué à mettre à jour quand le virus va évoluer une résistance.
  • C’est officiel : si vous utilisez Gmail, vous abandonnez toute prétention à avoir une correspondence privée. Comme remarqué par Nicolas Le Novère, cela s’applique à toutes les communications passant par des tiers (en tous cas aux Etats-Unis).
  • Commentaire Slashdot que je trouve intéressant : la carrière de Steve Jobs aurait consisté à rendre réelles les promesses de la « mère de toutes les démos« .
  • Intéressant par rapport au débat sur le libre accès aux publications scientifiques (open access) : alors que certains collègues arguent que le libre accès pose problème dans le Tiers Monde (parce qu’il faut payer pour publier), une université nigérianne a arrété ses abonnements (qui coutent très cher) et se repose presque exclusivement sur le libre accès. Interview dans The Guardian.
  • Un billet de blog de Edzart Ernst, professeur de médecines alternatives, qui explique que sa formation de médecin ne comprenait pas d’apprentissage du pensée critique, et que c’est ses tentatives de comprendre l’homéopathie qui ont formé son esprit critique et son scepticisme.
  • Dan Graur attaque une étude de génomique, et l’auteur répond. Presque comme des grandes personnes. Blog de Graur.
  • Le poster présentant notre base de données Bgee sur l’expression des gènes et l’évolution pour la conférence ESEB (European society for evolutionary biology) est dans FigShare.
  • Ca nous est tous arrivés, mais Rosie Redfield le discute publiquement (comme toute sa science d’ailleurs) : des compétiteurs qui « oublient » de citer votre travail quand ils se basent dessus pour le leur.
  • Un petit ralage sur mon blog anglophone concernant l’abus du terme « dogme » dans les publications scientifiques.
  • Dans un parallèle que je trouve intéressant avec la conclusion de mon billet de lundi sur la génomique des cellules HeLa, un billet de blog qui note que les « Big Data » nous retournent à une vie de village sans vie privée.

3 réponses à “Notes sur ma semaine en sciences 4

  1. Merci pour ce genre de billet qui permet d’avoir un aperçu de ta semaine de sciences 😉 Je pense que plus de chercheurs devraient faire ce genre de choses histoire de voir les différentes sources et les articles incontournables. Au fait, je crois que l’article sur les additifs alimentaires n’est pas en accès libre, il n’est accessible qu’aux abonnés.

    Merci encore pour ton blog !

  2. Voici un meilleur lien vers le papier sur les conflits d’intérêt :

    http://www.tufts.edu/~skrimsky/PDF/GRAS%20COI.PDF

    Marion Nestle a produit un commentaire dont le vulgum pecus peut lire la première page seulement (dommage…) à :

    http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=1725122

    Les conflits d’intérêts sont devenus une véritable tarte à la crème, en particulier pour les contestataires du « système » et, plus particulièrement encore, pour certain(e)s politicien(ne)s dont, à mon sens, l’honnêteté intellectuelle n’est pas la vertu première.

    En gros, quand un avis d’expert déplait, on montre du doigt l’expert, forcément affligé d’un conflit d’intérêt.

    Le papier de Neltner et al. est intéressant à ce titre : les employés de la firme productrice , les employés d’une boîte de consultants, et les experts d’un panel constitué par la firme, la boîte ou une tierce partie ont/auraient tous un conflit d’intérêts (tableau 1). Seuls les employés de l’agence de régulation n’en auraient pas… C’est faux ! Leur intérêt conflictuel est, par exemple, de plaire aux supérieurs en vue du développement de leur carrière, de répondre aux attentes de parties influentes comme l’opinion publique, de sécuriser leur emploi.

    Résumé (et constatation) : attaquer les producteurs d’analyses de sécurité sanitaire est un exercice dans lequel on gagne, à plus ou moins brève échéance, à tous les coups.

    Marion Nestle écrit que la plupart des études « sponsorisées » par les entreprises concluent en faveur des produits, contrairement aux études bénéficiant d’un financement indépendant. Air connu ! Refrain souvent entonné !

    Mais n’y a-t-il pas un biais de sélection et de publication ? Les chercheurs travaillant pour des entreprises n’ont aucun intérêt à publier des résultats négatifs pour des produits qui ne seront en conséquence pas mis sur le marché (les contestataires diront : pour des produits mis sur le marché, impliquant ainsi une mauvaise foi caractérisée). Les « indépendants » ne se donnent-ils pas pour mission de démolir des produits ?

    Voilà un axe de recherche intéressant !

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