Du génome au badome et au-delà

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Suite au succès du séquençage et de l’étude des génomes, les biologistes se sont mis à inventer plein de mots se terminant en « ome » pour faire dans le vent. Un « ome », c’est l’ensemble de quelque chose, comme le génome est l’ensemble des gènes… tiens non, mais c’est pas grave. Et l’étude de l’ensemble de quelque chose, c’est en « omique », comme la génomique.

Il y a en a des plus ou moins justifiés, et cette mode en amuse certains et en énerve d’autres.

Parmi les justifiés, quasi patinés par l’age et le temps, on peut noter l’ancêtre, protéome, attesté dès 1995 dans ce papier, et dans un titre dans celui-ci peu après : l’ensemble des protéines présentes dans une cellule (ou un organe, ou un compartiment cellulaire). Et le suivant, qui de mon point de vue a réellement lancé la mode, transcriptome, d’un papier qui a eu un énorme impact, la première caractérisation systématique des ARN (transcrits, qui transfèrent l’information du gène à la cellule).

Pour les plus ridicules, on peut voir Jonathan Eisen, inventeur lui-même du terme « phylogénomique » pour l’étude de plein de phylogénies (histoires évolutives) de gènes, qui a tenu pendant un moment un registre des pires « omes » (« Bad ome »). Même s’il ne met pas à jour, on peut constater la longévité du concept de « badome » sur Twitter.

Nature a fait un bon article sur le sujet, où ils proposent notamment des règles concernant les bon ou mauvais « omes » :

Goodome Badome
Encapsulates a new focus(Interactome: all interactions between biomolecules) Renames existing field(Nutriome: study of nutrients)
Refers to a comprehensive collection(Transcriptome: everything transcribed from DNA to RNA) Limited in scope(Museome: sequenced DNA from objects in museum archives)
Easy to say(Phenome: comprehensive physical characteristics of an organism) Unpronounceable(tRNome: collection of transfer RNAs)
Easy to understand(Lipidome: all an organism’s fatty molecules) Obscure(Predatasome: genes used by predatory proteobacteria while invading other bacteria)

J’ai repensé à ceci parce que j’étais récemment à une conférence, et Max Haeussler, un gars qui fait du text mining (trouver l’information pertinente automatiquement dans plein de textes, en l’occurence d’articles de biologie) a présenté pour s’amuser la liste des « omics » les plus fréquents trouvés dans sa collection d’articles de biologie (quasi exhaustive). Y en a des bizarres. Profitez !

Omes.

Diapo de Max Haeussler. Originellement tweeté avec sa permission.

 

3 responses to “Du génome au badome et au-delà

  1. Le dernier que j’ai vu: « Microbial culturomics ».
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23033984
    Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study.
    Lagier JC, Armougom F, Million M, Hugon P, Pagnier I, Robert C, Bittar F, Fournous G, Gimenez G, Maraninchi M, Trape JF, Koonin EV, La Scola B, Raoult D.

  2. J’aime bien la coloromics… surtout avec Circos ;-)

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