Impact de la bioinformatique : questions / réponses

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Récemment on m’a demandé quelques exemples d’impact de la bioinformatique, et avec la permission de ma correspondante, j’ai décidé de partager l’échange ici (traduit de l’anglais).

La question :

Je suis confrontée à la tâche difficile d’expliquer ce qu’est la bioinformatique tout en touchant les gens émotionnellement, si possible. Pourriez-vous me donner quelques exemples concrets et simples  – imaginez que vous parlez à votre grand-mère (non biologiste).

(Commentaire : pourquoi est-ce que quand on parle de gens qui ne comprennent pas les sciences et techniques, c’est toujours la « grand-mère » ou la « belle-mère » ? Il me semble qu’il y a un peu de sexisme là-dedans.)

a) Quels grandes avancées est-ce que la bioinformatique a permis dans la recherche en biologie ou en médecine ?

  1. Assembler et annoter le génome humain, à savoir mettre ensemble les pièces du puzzle (1 séquence brute = 1/3000000ème du génome), et faire sens de la série de lettres pour trouver les gènes, les marqueurs de maladies, les séquences régulatoires, les différences entre espèces, etc.
  2. Construire l’arbre de la vie.

b) Comment voyez-vous l’avenir de la bioinformatique et son impact sur la recherche et la société en général ?

  1. Futur de la bioinformatique et impact sur la recherche :
    • inclu dans toute la recherche en biologie, comme l’est déjà la biologie moléculaire ;
    • recherche continue dans de nouvelles directions, en raison de nouveaux défis continuels dans la génération des données, dans le type de questions posées, et dans l’échelle des données.
  2. Impact sur la société : les génomes et autres données biologiques devenant faciles et bon marché à obtenir, donner du sens à ces données, les stocker et les sécuriser, et mettre à jour en continu notres connaissance de chaque patient (voire de chaque animal de la ferme ou domestique) sera possible grâce à de la bioinformatique de qualité.

Suite à ces réponses, ma correspondante m’a demandé s’il n’y avait pas un risque d’abus de ces technologies. Ma nouvelle réponse :

Oui il y a un risque d’abus. Mais le fait est que la génomique personalisée arrive, que nous le voulions ou non. C’est comme discuter des risques de l’internet en 1995 (j’ai eu beaucoup de ces discussions à l’époque, et personne n’imaginait Facebook). Ce que nous devrions être en train de discuter est la manière d’optimiser les bénéfices et gérer les risques. Pour les deux aspects, la bioinformatique est cruciale.

Pour en rajouter un peu là-dessus : notre ADN est dans chaque cheveux que l’on perd, il est impossible d’empécher que quelqu’un puisse se procurer un échantillon de vous et le séquencer. Non seulement le prix du séquençage baisse, mais cela devient de plus en plus facile. Impossible de distinguer pour le moment l’effet d’annonce de la réalité, mais Oxford Nanopore nous promet une clé USB qui séquence un génome et met la séquence directement sur l’ordinateur, pour moins de $900. Alors il y a le coté « bienvenue à GATACA », mais aussi le coté aller voir un nouveau médecin, et il sait immédiatement que pour vous ce médicament ça ne marche pas trop, il faut doser cet autre un peu plus fort, et vous avez un risque de réactions négatives au troisième. On va encore me dire qu’on ne sait pas grand chose juste en connaissant le génome, mais je maintiens qu’on progresse très vite là-dessus. On en saura bientôt beaucoup.

4 réponses à “Impact de la bioinformatique : questions / réponses

  1. Au sujet de la grand-mere, c’est un probleme auquel nous autres sommes confrontés à chaque fois que nous voulons vendre l’innovation grand public. Le fait est que c’est un personnage qui est devenu emblématique, donc très pratique pour communiquer.

    Mais bien à tort ! Les générations évoluant, ma grand-mère était bien un bon exemple, mais ma mère, maintenant grand-mère, beaucoup moins. 🙂 Sans compter l’afflux des retraités vers les technologies. Et sans compter effectivement le sexisme ordinaire que l’expression implique. Bref, pas glop.

    Je me rappelle d’un tres bon billet titré « how I explained REST to my wife » (lien cassé). Là aussi il y avait eu des réactions négatives, mais apres tout en l’occurence il avait bien précisé « my wife », et pas n’importe quelle femme. N’empêche qu’on ne trouve pas d’article « how I explained REST to my husband », ah.

    Ma conclusion était : ça dépend de la sensibilité de chacun envers ces préjugés ordinaires. Pour un états-unien, fortement sensibilisé, c’est choquant. Pour un français, moins. Pour d’autres pays, je ne sais pas. Dans tous les cas on devrait pouvoir le remplacer, mais c’est difficile, parce que cette grand-mère mythique est en passe de devenir un symbole indéboulonnable dans le language geek, comme le « père de famille » dans le langage légal (cf. « en bon père de famille », qui est une expression légale à part entière).

    Sinon c’est pas pour te vexer, mais je t’ai connu plus inspiré pour expliquer la bioinformatique d’une manière marrante et imagée. C’est peut-être les questions posées qui t’ont restreint l’imaginaire (ah, le décryptage du chinois!). Je proposerais plutôt:
    La biologie c’est l’étude de tout ce qui est vivant.
    La bioinformatique c’est l’utilisation des technologies avancées de l’informatique pour la biologie.
    Donc grâce à la digestion facile de plein de données, on peut résoudre des problèmes insolubles précédemment, en particulier le génome (donner plein de chiffres qui font rêver).
    Et apres, on peut broder sur l’impact du génome.
    Et on peut broder sur la nécessaire spécialisation des scientifiques, passqu’il ne suffit d’être biologiste et de lancer un programme sur son PC.

    Ce qui est amusant, c’est que c’est proche des discussions actuelles sur le big data : le big data, au-delà de la bio ou les réseaux sociaux, finit par tout simplement concerner tout le monde.

    Apres, l’informatique ce n’est pas que le big data j’imagine. 🙂

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