Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j’ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants. De même, en cherchant des infos sur Twitter ou autres sources internet, je trouve divers sites. Parfois je tombe sur un  article apparemment excellent, mais je suis toujours curieux […]

Compléments et commentaires sur mon Podcast sur les #OGM

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J’ai récemment été invité à discuter des OGM sur Podcast Science. Bien que je ne soit pas un spécialiste du sujet, Alan mon hôte a tenu à m’interviewer, rapport à mes billets de blog sur le sujet. Comme je l’ai écrit brièvement en commentaire sur le site du Podcast, Christian Fankhauser, un collègue biologiste moléculaire […]

Quelques poissons d’avril scientifiques

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Un petit tour des poissons d’avril qui m’ont fait rire aujourd’hui : A tout seigneur tout honneur, mes camarades du C@fé des sciences ont fait un super questionnaire sur les poissons : vrai ou poisson d’avril ? Egalement sur le C@fé, Biopsci propose une technique révolutionnaire pour obtenir des cellules souches : en les trempant […]

L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique

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Un billet sur le blog Alambic de la bibliothèque de Clermont-Ferrand, sur Hypotheses.org, pose la question « L’open access nuit-il à la qualité scientifique ? » (explication de ce qu’est l’open access dans ce billet). Le texte contient beaucoup de bonnes choses, mais je trouve qu’il complique un peu trop la question. Donc en résumé, ma réponse […]

8 questions sur l’évolution, reloaded

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Sur le blog généralement excellent Passeur de sciences il y a une interview du paléontologue Jean-Sébastien Steyer sur le thème « 8 questions pour en finir avec les clichés sur la théorie de l’évolution ». Je n’ai pas trop aimé cette interview, à laquelle Tom Roud a aussi pas mal réagi sur Twitter. Plutôt que de râler […]

Surprise ! Les insectes développent une résistance à un insecticide #OGM après qu’on en ait abusé

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Le maïs OGM Bt produit un insecticide issu d’une bactérie (voir ce billet par exemple). Ca marche très bien, les paysans économisent des insecticides couteux et dangereux pour leur santé et pour l’environnement. Donc ils utilisent beaucoup, en tous cas aux Etats-Unis où ils en ont le droit. Beaucoup beaucoup beaucoup. Et qu’est-ce qui se […]

Etre jugé par ses pairs en sciences : un privilège d’homme ?

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Ca fait plusieurs fois que je participe à des comités ou jurys d’un type ou d’un autre, dans lesquels un certain nombre d’hommes (dont moi) jugent une jeune femme : jurys de thèse, comités de pilotage, commissions de recrutement, etc. Et je me faisais la réflexion que le contraire ne m’est jamais arrivé, et que […]

Blogs sur la biodiversité issus de mon cours sur les blogs #BlogSci

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Je donne en ce moment un cours « Blogging and using Twitter for scientific communication« . J’ai demandé aux étudiants d’écrire un billet de blog la semaine dernière. J’ai listé les billets écrits, qui pour la plupart correspondent à de nouveaux blogs, sur mon blog anglophone, et je vous invite à leur rendre visite : Student blogs […]

La saga des cellules souches continue à nous éclairer sur le fonctionnement de la science (à défaut de celui des cellules)

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Bon alors l’histoire des cellules souches magiques, ça ne s’améliore pas (1ère partie, 2ème partie). Un des auteurs, Teru Wakayama, appelle l’article à être retiré, la 1ère auteure (Haruko Obokata, qui a fait les manips) demande à ce que sa thèse soit rétractée, que du bon. Et l’institut où les manips ont été en grande partie […]

Discussion intéressante sur les brevets sur le vivant, même pas #OGM

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Un billet hyper court pour signaler une excellente discussion sur le brevetage des plantes, avec l’exemple de poivrons pas OGM issus de croisements complexes, et qui sont brevetés par Syngenta (c’est vrai quoi, y a pas que Monsanto dans la vie). Ca date du début du mois, mais c’est toujours d’actualité : http://avisdexperts.ch/videos/view/2284/2 Ceci renvoie […]

Rififi chez les bioinformaticiens : peut-on tout critiquer sur tous les tons ?

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Un billet forcément trop court pour rendre compte d’un débat important et très animé qui a eu lieu ces deux dernières semaines, sur le blog de Lior Pachter, le même qui avait déclenché le débat sur les méthodes utilisées en bioinformatiques en fin d’année dernière. Dans une série de trois billets (The network nonsense of […]

Cellules souches à l’acide : mauvais trip ?

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Un billet rapide pour rebondir sur le commentaire de Stephane sur mon billet précédent sur les cellules souches obtenues par traitement à l’acide : il semble d’une part qu’il y ait des doutes sur certaines figures des articles, et d’autre part un effort collectif pour reproduire les résultats n’a pas (encore ?) abouti (blog ipscell). […]

Darwin day : de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes et leurs implications médicales

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Aujourd’hui c’est Darwin Day ! Bon je n’ai pas le temps de faire un long billet bien documenté (comme ceux-ci sur l’importance des mécanismes autres que la sélection naturelle : Du côté de chez Elysia chlorotica, Webinet des curiosités), mais je vais parler rapidement de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes. Comme […]

Impressions subjectives sur la perception des #OGM, via Twitter

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Depuis l’affaire Séralini, ça m’arrive régulièrement de traiter, sous un angle ou un autre, des OGM, et du coup je regarde ça de temps en temps sur Twitter. Jusque récemment, je trouvais ça très déprimant, avec une domination très massive de discours irrationnels et souvent ouvertement anti-scientifiques. Or quelque chose qui me frappe récemment, c’est […]

Cellules souches à l’acide : promesses thérapeutiques et leçons sur la méthode scientifique

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[si vous lisez ce billet, voyez aussi les problèmes plus récents notés dans cet autre] Nouvelle fracassante en biologie cette semaine ! Des chercheurs rapportent qu’ils peuvent transformer des cellules spécialisées de souris nouvelles-nées en cellules souches, simplement en les exposant à de l’acide. Obokata et al. (2014) Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into […]

Blogs scientifiques, blogs de scientifiques, et blogosphère scientifique

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Récemment, Passeur de sciences a annoncé que le site du Monde.fr allait abriter plusieurs nouveaux blogs de science. Joie ! J’ai commenté que c’est bien, mais ce qui serait encore mieux serait que les journalistes scientifiques francophones, comme leurs homologues anglophones (en tous ceux des grands médias comme le New York Times ou le Guardian), […]

Les #OGM n’existent pas, et ça nous fait oublier l’essentiel

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Bien sur que les OGM existent, stricto sensu. Mais au sens où le terme « OGM » est utilisé dans le discours public il ne veut rien dire. Les OGM sont le produit d’une technique. Toute phrase « Les OGM verbe complément » n’a de sens que si elle discute de la technique. Phrases faisant sens : Les OGM […]

Pour mille balles, t’as un génome humain

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Announce fracassante cette semaine dans le monde du séquençage d’ADN : la société Illumina, leader du domaine, va commercialiser deux nouvelles machines : le NextSeq 500, qui vise le marché des « petits » clients, et le HiSeq X 10, qui vise au contraire les très gros centres. (Pour le contexte du séquençage ADN moderne, je vous […]

Billets les plus lus de 2013 : OGM, chalutage, informatique et humour

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Fin de l’année, le moment de faire des bilans. Quels sont les billets les plus lus sur ce blog ? Le Golden Rice OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas. Tout ce qu’il faut : mot-clé (OGM) à fort impact social, titre provocateur, repris sur d’autres réseaux. A […]

Signer une pétition contre le chalutage en eau profonde : que dit la litérature scientifique ?

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cliquez, c'est un peu long mais ça vaut le coup (puis elle a besoin de moi pour avoir du traffic je pense).
Vous avez peut-être entendu parler de la BD de Pénélope Bagieu dénonçant le chalutage (un type de pêche) en eau profonde, et appelant à signer une pétition pour faire interdire cette pratique. La BD a été très lue et partagée, et par conséquent discutée dans les médias. Par exemple un billet de blog dans Le […]

Je suis vieux : la bande son de ma thèse

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cliquez, si si.
L’an dernier et celui d’avant j’ai écrit des notes « signes que je suis vieux » (2011, 2012). Pour changer un peu de marqueur d’époque, voici ce que j’écoutais pendant ma thèse (je ne listerais pas les vieilleries genre Bob Dylan, Lou Reed [snif] et Brassens que j’écoutais aussi, seulement les trucs nouveaux à l’époque). Si vous […]

Les méthodes bioinformatiques utilisées en génomique sont importantes #methodsmatter #BigScience

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A l’occasion du projet ENCODE, j’ai déjà évoqué les avantages et inconvénients de la Big Science en biologie (billet ENCODE, billets sur critiques d’ENCODE 1 et 2, billet Big Science). Il y a en ce moment un débat très animé sur blogs et Twitter, concernant une question importante sur ces gros projets : les méthodes […]

Notes sur ma semaine en sciences 11 : de bonnes nouvelles et de la stochasticité

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Sur le blog Elysa Chlorotica, un très bon commentaire sur les fameux crânes de Dmanisi et l’évolution humaine. Voir aussi ce commentaire sur le blog de PLOS. Un papier récent quantifie les problèmes expérimentaux dans l’estimation de la transcription dans une seule cellule, permettant potentiellement de quantifier les composants stochastiques et déterministes de l’expression des […]

Notes sur ma semaine en sciences 10

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On a un nouveau format de réunions d’équipe, où on essaye de réfléchir à partir de nouvelles scientifiques à la façon dont la bioinformatique pourrait aider. Bien sûr cette semaine le thème venait des Nobel, et en discutant on s’est demandé si quelqu’un avait déjà essayé de classifier non pas les protéines en fonction de […]

Les Ranacaudas expliquent la spéciation et la sélection naturelle aux enfants

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stupiddesign
J’ai acheté cet été à mes enfants Petit à petit (Au pays des Ranacaudas), un livre qui explique l’évolution par sélection naturelle aux enfants. C’est la traduction française de Little Changes, un livre écrit par une biologiste évolutive, Tiffany Taylor, qui a reçu le soutien de la société européenne de biologie évolutive pour faire appel […]

Notes sur ma semaine en sciences 9 : de retour, avec un gouvernement américain fermé et un peu d’humour

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Les étudiants sont dans les amphis et les salles de TP, mes diapos sont en ligne, ma demande d’argent pour le labo est déposée, je vais essayer de recommencer à bloguer un peu. Le gouvernement américain ferme, cela a de lourdes conséquences pour la recherche scientifique, qui n’est pas considérée comme « essentielle », et même pour […]

Notes sur ma semaine en sciences 8 : Débordé à la rentrée

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Bon une note courte cette semaine pour expliquer qu’en cette deuxième moité de septembre je ne vais pas trop avoir le temps de bloguer, parce que : J’ai co-organisé un cours pour doctorants d’une semaine, Bioinformatics in the Chalet (c’était super !). Les cours de l’université ont repris, dont mon cours Introduction à la bioinformatique […]

Notes sur ma semaine en sciences 7

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cliquez sur l'image, juste parce que j'aime bien ce blog de StripSciences
On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d’assurer la formation continue à la bioinformatique. L’histoire du SIB est intéressante, puisque […]

Sujet science et société sur ENCODE pour nos étudiants

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essay
Avec un collègue membre du consortium ENCODE, nous proposons le sujet suivant dans notre cours « science et société » (voir aussi ce billet): En septembre 2012 s’est conclue la phase 2 du projet international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements), qui vise à construire une liste exhaustive des éléments fonctionnels du génome humain, y compris les gènes […]

Notes sur ma semaine en sciences 6

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Joe Felsenstein, le chercheur le plus connu en phylogénie et méthodes d’évolution moléculaire (dans notre petit cercle, je n’hésiterais pas à le qualifier de légende vivante) raconte ses souvenirs d’étudiant à la Marche sur Washington contre la ségrégation raciale, il y a 50 ans. Une étude médicale australienne liste plus de 150 traitements apparemment inutiles, […]

Notes sur ma semaine en sciences 5

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tortue
(pas d’image, le wifi de l’hotel est trop lent.) Pierre Barthélémy du blog Passeur de sciences sur Le Monde évite d’habitude de parler d’OGM. Il y a une actualité scientifique intéressante sur le sujet (utilisation d’interférence ARN), il fait un billet, et qu’est-ce qui domine les commentaires ? Des trucs à coté de la plaque […]

Redif : #Wikipedia est une excellente source d’informations scientifiques et médicales

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On continue la rediffusion de vieux billets. Un autre de janvier 2012 (original sur blogspot) : cliquez sur l’image (et n’oubliez pas de cliquer sur le point rouge) Je commence ce billet par une constatation double : beaucoup de mes collègues et moi-même faisons un usage abondant et pertinent de Wikipedia dans notre vie professionnelle […]

Notes sur ma semaine en sciences 4

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Un bilan de 451 additifs alimentaires autorisés aux Etats-Unis entre 1997 et 2012 indique que l’expertise n’a jamais été indépendente, et qu’elle a été faite par un employé de la compagnie concernée dans 22% des cas. Clairement, un système à revoir. Article d’accès libre. J’ai commencé à écrire ma prochaine demande de financement au Fonds […]

Détruire les essais Golden Rice #OGM c’est comme détruire un laboratoire médical ou un entrepot MSF

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Vous avez probablement entendu que des personnes ont détruit des essais concernant le riz Golden Rice dont on a déjà beaucoup parlé ici (ce billet et celui-ci). Il y a un bon billet de Yann Kindo sur son blog concernant ce riz et cette destruction (c’est énervant qu’on puisse pas librement commenter sur Mediapart ; […]

La famille de Henrietta Lacks est d’accord pour qu’on utilise le génome HeLa, ce qui pose de nouvelles questions

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On a parlé précédemment du séquençage du génome HeLa, qui était à la fois très utile parce qu’il s’agit de cellules très utilisées en biologie moléculaire, génomique, et recherche biomédicale (plus de 76’000 articles publiés), et à la fois problématique éthiquement parce que ces cellules sont dérivées d’une patiente noire américaine dans les années 1950 […]

Ma semaine en sciences 3

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Une collègue de l’EBI (European Bioinformatics Institute), Jenny Cham, a une super page de notes-BD qu’elle prend lors des présentations auxquelles elle assiste : sur Flickr. Vidéos cool de démo d’adaptation de médicaments potentiels à des protéines par des collègues du SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) : click2drug. RefSeq, une banque de données bioinformatique de […]

Redif : Génétique médicale : plus c’est gros, moins c’est beau

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Tiens c’est l’été, je vais rediffuser quelques vieux billets. Voici un de janvier 2012 (original sur blogspot) : cliquez sur l’image Sur l’excellent blog Genomes Unzipped, plusieurs scientifiques des génomes (génomiciens ?) ont eu une discussion d’un effet curieux et intéressant de génétique médicale et surtout psychiatrique. Il n’y a pas si longtemps, ces études […]

Notes sur ma semaine en sciences

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cliquez pour voir un tweet rigolo sur notre conférence
Voir précédent billet de notes pour le principe. Peut-être le meilleur article grand public que j’ai lu sur les OGM (en anglais) : article sur PBS (média public américain). C’est basé sur l’interview d’un chercheur en biologie végétale et agronomie qui vient d’une famille de fermiers, et travaille avec des fermiers aux Etat-Unis et en […]

Réflexions sur le blog SciLog de J.J. Kupiec et le hasard en biologie

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Il y a un nouvel arrivant dans le (trop petit) monde des blogs scientifiques francophones : SciLogs.fr, déclinaison française d’une plateforme internationale dépendant de Pour la Science (déclinaison française de Scientific American). Dans les premiers billets de ces blogs, il y en avait un de JJ Kupiec sur le rôle du hasard en biologie moléculaire […]

Notes sur ma semaine en sciences

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Je commence une nouvelle formule : il y a régulièrement des choses que j’apprends ou que je vois dans ma semaine de travail, qui feraient de bons billets de blog mais que je n’aurais pas le temps de développer, ou qui seraient juste sympa à partager rapidement avec un public plus large mais sans faire […]

Réponses à quelques questions sur les #OGM, les bobos et la société industrielle

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Franchement cette image n'a pas grand chose à voir mais elle me fait plaisir.
Il y a eu pas mal de discussion du billet Le Golden rice #OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas, dans les commentaires sur ce blog, et aussi sur le forum Linuxfr. Je vais essayer de répondre ici à quelques-uns des points soulevés. Au fait, je recommende les […]

C’est parti pour gacher de l’argent sur la réplication des expériences de #Seralini sur les #OGM

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Et voilà ! Comme prévu, on va détourner de l’argent public de la recherche utile pour répliquer à grands frais l’étude bidon de Séralini et al. L’Union Européenne Framework Program, qui finance essentiellement de la recherche appliquée en réseau entre pays européens (et apparentés), vient de publier un appel d’offres de 3 millions d’euros pour […]

Le Golden rice #OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas

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somerisk
Le Golden Rice, vous en avez probablement entendu parler. C’est un riz OGM qui produit de la vitamine A, destiné aux régions dans lesquelles la nourriture de base est le riz, et dans lesquelles il existe de graves déficiences en vitamine A. La vitamine A est en fait un ensemble de rétinoïdes, des formes de […]

Impact du maïs #OGM Bt sur l’environnement

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Dans une discussion récente avec un collègue écologiste aux deux sens du terme, il m’a dit qu’il restait inquiet sur l’impact des OGM sur l’environnement. Mais il n’avait pas de références précises à me fournir. Entre temps j’ai trouvé un article que je ne connaissait pas mais qui a apparemment été très débattu, que nous […]

S’opposer aux #OGM à cause de #Monsanto c’est illogique

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Ce billet est le premier d’une série OGM cette semaine sur ce blog. Il est plus ou moins impossible de discuter des OGM sans qu’un opposant aux OGM ne sorte la carte Monsanto très rapidement, comme une espèce de joker inopposable. C’est une erreur logique, et il faut l’arréter si on veut jamais avoir une […]

Aidez vos enfants à classifier des animaux comme des pro

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especes
Mes enfants ont un jeu de cartes sur les Primates (Bioviva Défi Nature), dans lequel ils doivent s’affronter sur le poids, la taille, la longévité et le temps de gestation de diverses espèces. Je recommende le jeu, il y a aussi des explications sur chaque espèce et un code couleur sur le statut de conservation […]

doit-on limiter la recherche scientifique ?

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Il y a eu une discussion récente sur la liste mail interne aux bloggeurs du C@fé sciences, sur la question « Doit-on limiter la recherche scientifique ? ». Le point de départ était un article « sur la première dérivation de cellules souches embryonnaires humaines à partir d’un embryon cloné », suivi d’un article du New York Times sur […]

Chercheur et expatrié

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Le Monde ayant lancé un appel à témoignage « Vous êtes chercheur et expatrié« , j’ai répondu en développant un peu ce que j’avais écrit il y a un moment sur le blog de Tom Roud: Je suis professeur à Lausanne, après avoir été maître de conférences titularisé en France. Après un détachement aux Etats-Unis, j’ai voulu […]

Combien de changements de paradigmes en biologie ?

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Le philosophe et historien des sciences Thomas Kuhn est l’un des deux philosophes des sciences dont les idées ont modifié l’idée que les scientifiques ont de leur métier je pense, l’autre étant Popper. Si on parle avec des philosophes des sciences, leurs idées sont largement abandonnées, mais elles restent influentes en science. En super bref, […]

Petit commentaire rapide sur les cables diplomatiques américains pro-#OGM

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oops
Comme j’ai pas mal parlé des OGM ici, surtout pour critiquer pas mal de problèmes avec le mouvement anti-OGM, je me sens tenu de commenter l’affaire récente des cables diplomatiques américains pro-OGM. Ca va être bref, parce que ça n’est pas de la science et parce que j’ai déjà trop blogué cette semaine. Pour ce […]

Le français à l’université : le pourquoi avant le comment

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Apparemment ça se frite à nouveau à propos de l’anglais, langue de la communication scientifique mais pas de la France, mais en France y a des scientifiques, d’où problème apparemment. Tom Roud a pondu un bon billet sur le sujet, donc commencez par le lire. Pour rebondir sur le billet de Tom, il me semble […]

Comment juger qu’un résultat scientifique publié est bon ?

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En septembre, Pierre Barthélémy a publié un billet sur son blog Passeur de sciences : Comment décrypter une étude scientifique, dans lequel il présentait quelques tuyaux sur la manière dont un journaliste scientifique peut juger de la qualité d’un résultat scientifique publié. A l’époque je n’étais pas très à l’aise par rapport aux critères présentés, […]

Pourquoi je kiffe la science

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Sur son blog, Sirtin se pose la question « Pourquoi je kiffe la science ?« , et y répond. Il a proposé aux autres bloggueurs du C@fé des sciences de répondre à cette même question, ce qui me paraît une bonne idée. Dr Goulu s’y est déjà collé, de même que Eric Simon et Xochipilli. Voici donc ma […]

ADN de Big Foot : comment être critique de la pseudo-science sans être méprisant ?

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J’ai été contacté récemment pour donner mon avis sur le séquençage d’ADN de Big Foot (ou Sasquatch), le « yéti » nord américain. A l’époque où ce « résultat » avait été « publié » je n’avais pas réagi, vu qu’il était suffisamment couvert à mon avis sur Le bLoug et sur Strange Stuff and Funky Things. Les guillemets un peu […]

Du génome au badome et au-delà

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Originellement tweeté avec la permission de Max.
Suite au succès du séquençage et de l’étude des génomes, les biologistes se sont mis à inventer plein de mots se terminant en « ome » pour faire dans le vent. Un « ome », c’est l’ensemble de quelque chose, comme le génome est l’ensemble des gènes… tiens non, mais c’est pas grave. Et l’étude de l’ensemble de quelque […]