Manipuler les champignons pour mieux cultiver le manioc

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Il y a un article d’un collègue dont je voulais parler depuis un an. Comme je n’ai jamais trouvé le temps d’en parler longuement, je vais en parler rapidement, ça me donnera une excuse pour revenir sur le sujet quand il aura de nouveaux résultats publiés.

Les champignons mycorhiziens (arbuscular mycorrhizal fungi : AMF) sont des champignons qui vivent en symbiose avec des plantes (très bon article dans Wikipedia francophone pour une fois). On sait depuis longtemps que la présence de ces champignons améliore la productivité des plantes au labo. Le groupe de mon collègue, Ian Sanders, et d’autres ont aussi montré au labo que différentes variétés de la même espèce de champignons avaient une efficacité différente sur la croissance et la productivité des plantes. Mais le défi qui leur était présenté était de montrer que ceci était pertinent à l’agriculture réelle, hors du labo.

Ian a donc échangé son chapeau de chercheur fondamental en écologie pour celui du chercheur appliqué en agronomie (je vous rassure, il fait encore du fondamental aussi), et a trouvé une collaboration avec la Colombie. Pourquoi là-bas ? Une bonne raison est que l’on s’attend à ce que les AMF fassent davantage de différence dans les sols acides typiques des pays tropicaux humides, pour lesquels de nombreux engrais (phosphates, nitrates) sont typiquement nécessaires pour augmenter la productivité. Et parce qu’en Colombie on étudie la culture du manioc, qui est une culture vivrière dans de très nombreux pays pauvres.

Et le résultat dont je voulais parler, publié en août 2013 dans PLOS One, est que oui l’innoculation de champignons AMF cultivés, sur du manioc en plein champ, améliore la productivité :

Effet de l'ajout d'AMF (barres noires). En (b) remarquer que l'ajout de phosphate (gauche à droite) améliore aussi, mais l'AMF peut compenser zero phosphate ajouté.

Effet de l’ajout d’AMF (barres noires). En (b) remarquer que l’ajout de phosphate (gauche à droite) améliore aussi, mais l’AMF peut compenser zero phosphate ajouté.

Alors ce n’est qu’une première étude, d’autres sont en cours, mais les colombiens qui travaillent avec Ian sont très enthousiastes, et il y a aussi une collaboration avec une compagnie qui peut potentiellement produire en quantité industrielle les AMF le jour où le bon mélange est trouvé. Il y a aussi un projet parallèle qui démarre en Afrique.

Maintenant que je me suis lancé sur le sujet, j’espère bien que je trouverais le temps d’y revenir. :-)

Mise à jour : il y a eu un excellent article là-dessus sur le site de PBS, la télévision publique américaine (en anglais donc) : The next revolution may rely on microbes.

C’est la rentrée, rappel de mes billets les plus lus de l’été

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C’est la rentrée en France, une semaine après les vaudois, et je vois bien sur internet que ça redémarre de partout. Alors pour ceux qui ont raté l’actualité pendant leur tour de l’Arctique en solitaire à la rame, voici un rappel de mes billets les plus lus de cet été :

  1. Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne
  2. Mon index Kardashian est de 1.39
  3. Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école
  4. Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?
  5. Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste
  6. Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

Il semble qu’il se soit aussi passé des choses pas couvertes sur ce blog, mais je vous laisse trouver ça tout seuls.

Tous les articles scientifiques sur l’impact des #OGM, organisés sur le web

cliquez pour voir ce qui se passe quand un dessinateur de BD croit la propagande anti-OGM

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J’ai découvert un nouveau service web, Genera, par le site Biofortified, un groupe plutôt pro-biotechnologie qui combat les méconceptions sur les OGM, et qui passe mon test climat+OGM. Dans mon expérience, ils sont pro-biotechnologie mais communiquent de la science correcte (c’est comme les écologistes sur le changement climatique, quand la science est de votre coté pas besoin de mentir).

Ce service m’a l’air très intéressant : ils ont classé tous les articles scientifiques rapportant des études sur l’impact des OGM en fonction de l’espèce, l’impact détecté ou pas, la source de financement, etc. On peut tout chercher ici :

http://genera.biofortified.org/advanced_search.php

Ils fournissent quelques infographies intéressantes sur le bilan global, dont celui-ci sur les impacts positifs ou négatifs détectés selon les sources de financements :

cliquez pour votre le graphique pleine taille sur le site d'origine

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J’ai essayé de chercher quelques trucs évidents, comme « cancer » ou « endocrine », et je suis tombé sur les études de Séralini et al., donc ça contient bien des études anti-OGM. Ceci dit, je n’ai pas pu tout vérifier, il peut y avoir de légers biais. Mais ça semble en tous cas être une resources très intéressante pour qui cherche des informations scientifiques sur l’impact des OGM. Une requête un peu plus large, « environnement« , récupère de nombreuses et diverses études. A suivre donc.

Encore une nouvelle technologie révolutionaire de séquençage de l’ADN, cette fois-ci portable

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Comme on l’entend souvent (en tous cas si on lit des blogs de sciences), le séquençage de l’ADN se fait de plus en plus vite, de moins en moins cher, progressant à une vitesse bien supérieure aux progrès de l’informatique. Par exemple billet de Philippe Julien, de moi (génome à $1000), et bon article récent dans Le Monde.

La plupart des progrès récents sont dus à une société qui domine le marché, Illumina (voir cet article complet en anglais sur Forbes), bien que PacBio présente une alternative intéressante pour les génomes bactériens. Récemment, Mick Watson, bioinformaticien et bloggueur, a écrit sur son expérience avec un nouvel arrivant, Oxford Nanopore. Oxford Nanopore commercialise depuis très peu un séquenceur ultra-compact, le MinION, qui se branche dans la prise USB d’un ordinateur (Windows seulement apparemment pour le moment), et envoie les séquences directement dans l’ordinateur.

image de propagande du fabricant

Alors qu’Illumina lit des fragments d’ADN de 100-200 nucléotides (« lettres » d’ADN) (mais plein plein !), et que PacBio lit jusqu’à 20’000 (mais plus souvent dans les 1000), MinION lit couramment des dizaines de milliers, et jusqu’à 100’000 sans problème, semble-t-il. Donc un génome bactérien d’un coup. Mike Mick Watson voit d’énormes possibilités pour un séquenceur si petit, si mobile, et si puissant, et a donc décidé d’écrire un premier logiciel permettant de traiter directement les données produites sur l’ordinateur auquel le séquenceur est branché. Il a mis une première description de sa méthode sur Bioarxiv (un serveur pour mettre des articles pas encore formellement publiés), et explique un peu sur son blog de quoi il retourne. Il tient à ce que son logiciel marche même sans bonne connection internet, pour que ce soit accessible à un vétérinaire de campagne, un médecin de brousse, etc.

Mike Mick voit un futur dans lequel ce vétérinaire, ce médecin, puisse identifier par séquençage le pathogène (bactérie, virus, etc) auquel il a affaire, et ait donc à disposition un test diagnostique rapide, exact, puissant et universel, avec lui tout le temps. Si ça marche, certaines des prédictions enthousiastes des débuts de la génomique (fin des années 1990) seront enfin en train de se réaliser, et cela va changer beaucoup de métiers et de pratiques autour de la biologie. Bon reste à voir ce que ça va donner quand ça sera réellement commercialisé à grande échelle.

(Orthographe du prénom corrigée, suite à remarque sur Twitter)

Mise à jour : Mick signale sur Twitter que le papier a été accepté :

Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste

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Une fois de plus, un livre a été publié à grand fracas aux Etats-Unis, se proposant de montrer qu’il y a des différences entre races humaines, expliquées par la génétique. Dans ce cas précis, il prétend s’appuyer sur les travaux de ces dernières 15 années en génomique humaine, et en plus affirme apparemment que des différences même récentes, mêmes entre peuples proches, sont dues à des changements génétiques rapides. Par exemple la stabilité de la Grande Bretagne, et la révolution industrielle dans ce beau pays ? C’est parce que les enfants des riches survivaient mieux que ceux des pauvres, donc les gènes de stabilité de travail et d’intelligence des riches se sont répandus. Non vous ne rêvez pas.

L’auteur, Nicholas Wade, est un journaliste scientifique. Il affirme bien sur être purement conduit par le souci de la vérité scientifique, et n’avoir aucune intention politique. Par contre, tous ceux qui le critiquent n’ont forcément rien compris à la science de la génétique humaine moderne, et ne sont conduits que par des considérations politiques, et n’osent pas regarder la réalité en face. (Ca me rappelle un tout petit peu les réactions aux critiques de l’étude Séralini et al.)

Cet été, pendant que vous faisiez un trek en Mongolie extérieure sans réseau internet, les généticiens cités dans le livre, plus quelques autres généticiens connus pour leur travail sur les génomes et l’évolution humaine, ont écrit une lettre ouverte concernant le livre (lettre sur le site de Stanford ; la même au New York Times ; commentaire sur le site de Nature), qui dit en substance, premièrement que la principale critique publiée du livre est excellente (la critique, dans le New York Times) et qu’ils remercient son auteur, et deuxièment que la recherche en génétique des populations (l’étude des différences génétiques entre individus et entre populations) ne soutient aucunement les conclusions du livre. Je cite :

We are in full agreement that there is no support from the field of population genetics for Wade’s conjectures.

Parmi les signataires on trouve mes collègues Laurent Excoffier de Berne, Henrik Kaessmann de Lausanne, et Emmanouil Dermitzakis de Genève (tous membres de l’Institut suisse de bioinformatique). (Je n’ai pas signé parce que je ne travaille pas sur les populations humaines hors de ma collaboration avec Laurent Excoffier, voir ici.)

Je suis frappé par la fréquence des réactions du type « ce n’est pas des vrais scientifiques, ils ne disent ça que parce que c’est politiquement correct, d’ailleurs les noirs courent plus vite », par exemple sur le forum techno-geek Slashdot. Bin non, la génétique c’est compliqué et ça ne montre simplement pas les bétises de Wade en l’état de nos connaissances.

Pour finir, je renvoie à mon premier billet de blog au C@fé des sciences, sur l’existence ou non des races humaines. A ma connaissance, ce que j’y ai écrit reste valable.

Mon index Kardashian est de 1.39

famousLes chercheurs sont constamment évalués et comparés : pour avoir des postes, pour avoir des financements, pour être promus, etc. Comme lire tous les articles de quelqu’un c’est long et compliqué, et encore plus si on veut évaluer plein de gens de domaines différents, on invente plein d’indices numériques qui permettent d’évaluer à moindre effort les chercheurs. C’est bien sur plein de problèmes, comme comparer Picasso à van Gogh en fonction du nombre de tableaux peints et du prix cumulé qu’ils valent. (Voir discussions chez mysciencework, enroweb, Gaia universitas par exemples.)

Fin juilet, Neil Hall de l’Université de Liverpool, a publié un article parodique (mais dans un vrai journal, Genome Biology) proposant un « index de Kardashian ». Apparemment y a quelqu’un de ce nom qui est célèbre pour aucune bonne raison. L’indice est le rapport entre le nombre de citations des articles publiés par un chercheur, et son nombre de suiveurs sur Twitter. Il montre d’abord qu’il y a une corrélation entre les deux nombres :

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

figure originale du papier, avec un cercle bleu ajouté pour ma position

Ensuite il propose que ceux dont le rapport est trop élevé, donc ont trop de suiveurs Twitter par rapport à leurs citations scientifiques, sont « trop célèbres ». L’indice doit être calculé en prenant son nombre de citations C qui permet de prédire un nombre de suiveurs Twitter « normal » d’après l’équation de régression de la figure ci-dessus, Fc. On fait ensuite le rapport du vrai nombre de suiveurs, Fa, sur Fc, et on obtient l’indice K. Pour moi ça donne :

C Fc Fa K index
629.5 874 1.39

Ouf, les « Kardashian » sont définis au-dessus de 5. C’est bien sur une blague, bien que comme souvent avec l’ironie il y ait eu des réactions au premier degré.

Une meilleure réaction à mon avis a été de noter que dans la figure ci-dessus, le cercle ne correspond pas bien au critère K > 5, et donc refaire cela proprement (lien). Et puis du coup plein de gens ont proposé d’autres index farfelus sur Twitter : #AlternateScienceMetrics, comme :

Il y a des best of bien sur, notamment j’aime bien celui-ci (voir aussi sur Salon.com).

Tout ça c’est bien beau, mais je me considérerais vraiment célèbre quand le site parodique The Science Web mettra mon nom dans un titre : Dan Graur considers career in science (voir ce billet).

Mieux on connait notre génome, moins il a de gènes pour des protéines, et plus il en a d’autres

cliquez sur l'image (stripscience !)

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Nouvelles de l’équipe qui annote les gènes humains : ils ont tout remis à plat, comme il le font périodiquement, à la lumière des nouvelles données et des nouvelles méthodes ; ceci est la 20ème version. On peut noter que malgré les progrès des outils informatiques, des étapes de vérification manuelle (curation ou annotation, voir aussi ce billet) restent essentielles et représentent une grosse part du travail, pour avoir la meilleure qualité possible des annotations. En d’autres termes, être aussi confiant que possible que l’on a trouvé tous les gènes, et que tout ce qu’on a trouvé est un gène.

Ce qui revient quand même à une question sempiternelle en génétique : qu’est-ce qu’un gène ? Comme une espèce, c’est mal défini, mais pour un travail donné il faut une définition pratique. Gencode annote de l’ADN qui produit un ARN (molécule qui contrairement à l’ADN quitte le noyau cellulaire), soit qui code pour une protéine, soit qui est fonctionnel en lui-même. Quand on dit « gène » d’habitude (genre « combien de gènes communs entre humain et souris ? »), on veut dire ceux qui codent pour des protéines, mais les autres peuvent aussi jouer des rôles importants, certains connus depuis longtemps (ARN ribosomaux ou de transfert), d’autres découverts plus récemment (micro ARN, long ARN non codants).

Qu’est-ce qui a changé ? Comme à chaque mise à jour du compte des gènes humains, le nombre de gènes codant pour des protéines diminue, de 20’345 à 19’942 (rappel : le nombre de 21’000 annoncé en 2003 a été estimé trop bas par beaucoup). L’équipe s’attend à ce que ce nombre descende encore un peu. Par contre, le nombre d’ARN long non codants (lncRNA) augmente, de 13’870 à 14’229. Ce n’est pas dans le billet de Gencode, mais je suis frappé par la différence de nombre de lncRNA annotés pour l’humain et les autres espèces (par exemple comparer l’humain, la souris, et le poisson zèbre). Je doute fort que ce soit tout des créations de gènes spécifiques aux primates, donc soit on a beaucoup de faux positifs chez l’humain, et ce nombre va redescendre, soit il reste beaucoup à découvrir chez les autres, ce qui a une certaine logique vu qu’ils sont moins étudiés.

L’occasion de rappeler la super citation d’Isaac Asimov :

John, when people thought the Earth was flat, they were wrong. When people thought the Earth was spherical, they were wrong. But if you think that thinking the Earth is spherical is just as wrong as thinking the Earth is flat, then your view is wronger than both of them put together.

Notre connaissance du génome humain change, mais pas en errant aléatoirement, en partant d’une approximation grossièrement correcte et en l’affinant.

Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)

cliquez pour lire la BD (et lisez ce beau billet sur cette BD)

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Sur son blog Ecologie au Monde, Audrey Garric a écrit un très bon billet sur une théorie du complot franchement bizarre, les chemtrails. L’idée que les trainées d’eau condensée laissés par les avions seraient en fait des épandages de produits (chimiques !) visant à changer le climat, stériliser les gens, favoriser les cultures de Monsanto (jamais bien loin ceux-là on dirait ; mais où sont les francs-maçons ? tout se perd) (ah mais je suis rassuré, il y a un commentaire antisémite), et j’en passe. Pour une fenêtre dans la psychée complotiste non diluée, lisez les commentaires, au 2ème degré c’est assez distrayant (j’ai pas tout lu, on se lasse).

Où est-ce que je veux en venir ? Premièrement, souligner une caractéristique des théories du complot : le nombre de gens impliqués doit croître au fur et à mesure du temps qui passe et du développement de la théorie, ou de la prise en compte des limitations de la théorie d’origine. Or un bon complot a peu de comploteurs, et les chances que des milliers voire des millions de personnes disparates (généralement de pays, religions, opinions politiques, etc, différentes) participent toutes à un même complot sans qu’aucun de dévoile le pot aux roses, preuves à l’appui, est largement négligeable. Pour les chemtrails, on doit embrigader toutes les companies d’aviation civile, les armées de l’air de différents pays, les services de maintenance au sol, selon les variantes les personnels et dirigeants des companies pétrolières, etc.

C’est pareil pour toutes les théories du complot. Plus le temps passe, plus des gens raisonables et informés refusent de confirmer, plus ils doivent eux aussi être dans le complot. Ainsi, tout scientifique qui constate, comme Anne Glover (conseillère scientifique à la commission européenne, voir billet d’hier), et comme très récemment le physicien et grand vulgarisateur américain Neil deGrasse Tyson (information sur un site anti-créationiste pour le fun), que les OGM ne sont pas particulièrement dangereux, doit faire partie du complot Monsantiste (voir commentaires gratinés sur Neil deGrasse sur ce blog de généticien des plantes). Pareil pour le changement climatique, vous voyez un peu le nombre d’étudiants de thèse et de master à corrompre tous les ans ? (Attention, je ne dis pas qu’une erreur honnête ne peut pas concerner toute une communauté. On parle bien de complots ici.) Dans le cas de Neil deGrasse, il faut accepter en plus qu’il ait pris l’argent des industriels de droite sur les OGM, en le refusant sur le climat, mais pourquoi pas (voir ici).

Le deuxième point, c’est que les commentaires délirants sur le blog d’Audrey Garric, c’est ce que l’on obtient lorsque l’on baisse les barrières de la rationalité et de la demande raisonnée d’évidence. Tous ceux qui rejettent l’expertise scientifique pour une cause ou une autre, sur les OGM, le climat (voir ce billet), les vaccins (voir excellent Podcast science avec Nima de chez Sham), l’origine de l’humanité (retournez lire l’excellent blog Panda’s thumb), doivent se demander quels critères il leur reste pour rejeter l’irrationalité des autres. Comment nier l’évidence sur les OGM mais l’accepter sur le climat ? Comment refuser les vaccins mais rejetter les chemtrails ? Le seul critère est-il ce qui vous plaît ou vous est expédient à un moment donné ? (Voir ce tweet post-moderniste en réaction à mon billet d’hier.)

Alors c’est facile de se moquer des conspirations qui ne vous plaisent pas, mais il faut être vigilant à ne pas accepter par paresse intellectuelle les conspirations qui nous attirent ou nous arrangent.

Des ONG dont Greenpeace ne semblent pas vouloir d’une politique européenne scientifiquement fondée sur les #OGM

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Il y a un peu plus de deux semaines, j’ai écrit un billet rapide sur une lettre ouverte d’ONG environmentales, dont la plus célèbre est Greenpeace, demandant la suppression du poste de conseiller scientifique à la commission européenne. Depuis, il y a eu quelques réactions à mon billet, des développements dans les médias anglophones, et pour ce que j’en vois aucune couverture dans les médias francophones. Je vais essayer de revenir sur ces développements ici.

D’abord retour sur le contexte : la lettre demandant la suppression du poste cite un seul dossier, celui des OGM. Sur les OGM justement, Greenpeace a un historique de déformation et de citation partielle et biaisée de la recherche scientifique. La recherche scientifique montre que les OGM ne posent pas des risques de santé particuliers, et quand risques environnementaux il y a ils ne semblent pas spécifiques des OGM, et ne justifient pas par exemple une opposition sans nuances à toute solution incluant des OGM (voir exemple du riz doré dans ce billet). De même, l’alarme sur des risques de contamination comme si les OGM étaient radioactifs ou empoisonnés n’ont aucune base factuelle (voir discussion sur le miel, par exemple ce billet).

Autre élément important, la conseillère scientifique sortante, Anne Glover, a soutenu clairement un rapport scientifique rapportant ce que la recherche scientifique montre, que les OGM ne présentent pas de risques particuliers et peuvent parfois être utiles. Ce soutien (voir ici sur euractiv.fr) au travail des scientifiques et aux conclusions basées sur la recherche lui a valu bien sur d’être classée comme vendue aux lobbies. Par exemple corporateeurope.org dit que c’était juste « son opinion personnelle », qu’elle a eu tort de donner. Non, elle a soutenu un rapport d’académies scientifiques, ce n’est pas dur à comprendre quand même.

Au vu de tous ces éléments, et de la lettre elle-même, il est très difficile de ne pas conclure que les ONG signataires ne veulent pas d’un éclairage scientifique sur les discussions politiques concernant les OGM, et que c’est ce qui motive leur demande de suppression du poste. Il s’agit bien d’une demande de diminution de l’information scientifique dans le processus de décision européen.

Alors pour beaucoup ces ONG ne peuvent par principe ne faire que du bien. Je pense que les intentions des membres des ONG en question sont en effet en général bonnes, mais les faits sont les faits, et si on repousse la science, l’empiricisme et la rigueur expérimentale et méthodologique, alors les bonnes intentions ne sauvent pas de dire de très grosses bétises, et le cas échéant ces bétises vous entraînent à des actions inutiles voire destructrices. Je suis frappé dans les réactions par le crédit donné à Greenpeace, et par le peu d’écho que cette affaire a dans les médias francophones. Si un ensemble d’industriels avait écrit la même lettre, en remplaçant « OGM » par « changement climatique », j’ai le sentiment qu’on aurait eu une floraison d’articles défendant le poste de conseiller scientifique contre ces méchants lobbies. (Pour mon point de vue sur la question plus large, voir le billet « Pourquoi est-ce que l’étude Seralini sur les OGM m’énerve ?« .)

Ensuite, la lettre de défense du poste de conseiller (que j’ai signé) a été portée notamment par Sense about science. Après vérification, je ne vois pas de support pour les suggestions d’Enro en commentaire que cette association serait suspecte (merci à NLN pour son commentaire instructif aussi). D’ailleurs la lettre a acquis les signatures de nombreuses associations scientifiques majeures, dont l’assocation des académies scientifiques (y a un biais vers des associations de biologie et biotechnologie, vu le sujet).

Il y a comme souvent une excellent couverture dans The Guardian. Il faut dire que Anne Glover est britanique, ça motive. Dans l’article « War of letters« , on apprend que des associations scientifiques prestigieuses ont signé la lettre de Sense about science, et qu’il y a une autre lettre de soutien au poste de conseiller scientifique, par des organisations majeures de soutien de la recherche biomédicale. Ca vaut le coup de les citer, ce sont des acteurs très importants de la recherche, et des associations à but non lucratif, pas des grosses pharma, et certainement pas des outils de lobbies agro-chimiques :

Cancer Research UK, Alzheimer’s Research UK, Association of Medical Research Charities, Wellcome Trust, Patients’ Network for Medical Research and Health (EGAN), NHS Europe office, Arthritis Research UK, International Brain Tumour Alliance – IBTA, Clinical Research Policy and Campaigns Advisor – Parkinson’s UK.

Et je cite :

Paul Nurse, president of the Royal Society, commented: « There will always be those who attack the messenger because they do not like the message but when that message is backed up by the scientific evidence, politicians should be smart enough to listen to the independent scientific experts. »

On remarque dans l’article et ailleurs une certaine tendance à faire marche arrière de Greenpeace, en disant qu’en fait ce qu’ils veulent c’est une réforme du poste. Bin fallait le dire. Votre lettre, elle est courte et claire, et elle demande la suppression du poste. Ca ressemble plutôt à du contrôle d’erreur de communication qu’à un malentendu sincère à mon avis.

Y a un autre article dans The Guardian, qui commence par un parallèle provocateur entre la suppression du poste de conseiller scientifique à la Maison Blanche par Nixon, et la demande des ces ONG anti-OGM :

The European NGOs calling for the abolishment of the chief scientific adviser, which include Greenpeace, are taking a page right out of Nixon’s playbook. Don’t like the science advice you are getting? Then fire your science adviser. Or better yet, abolish the position altogether so that you’ll never need to hear unwelcome advice in the future.

Mais l’article fait ensuite une analyse intéressante des tensions inhérentes à de tels postes de conseillers, et propose des pistes d’amélioration.

Ce billet est déjà très long, donc je reviendrais par ailleurs sur l’interpellation qui m’a été adressée sur Twitter concernant les perturbateurs endocriniens :

Par contre je ne pense pas revenir sur le commentaire étrange de Martin Pigeon de corporateeurope.org ; je n’arrive pas à voir ce qu’il veut dire, à part démontrer qu’il écrit comme un politicien. Je ne suis pas toujours d’accord avec Wackes Seppi (ni avec personne d’ailleurs), mais « gloubiboulga de commentaire » me parait un bon résumé.

Redif : Le Muséum #MNHN est bien mais nous montre une classification pré-moléculaire et erronée des mammifères

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser des billets de mon ancien blog. Après celui sur les statistiques et celui sur le peer review, un compte-rendu un peu polémique d’une visite au Muséum d’histoire naturelle de Paris (billet d’origine sur le vieux blog).

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Récemment j’ai visité la grande galerie de l’évolution du Muséum national d’histoire naturelle (MNHN). L’expo est très bien faite, pour les enfants et pour les adultes, et contient plein d’infos scientifiques pertinentes. En plus ils font un excellent boulot d’expliquer clairement des concepts compliqués, comme la génétique ou la notion d’espèce. Mais voilà, je suis un chieur scientifique, alors voici mon ralâge.

Une des notions essentielles en biologie évolutive, et plus généralement pour comprendre le monde vivant, est la phylogénie, ou arbre des espèces. D’ailleurs ils expliquent cela très bien avec un arbre tout simple et mignon (vous ne trouvez pas ça mignon ?) :

Cet arbre simple est correct, c’est cool

Cet arbre a plusieurs avantages. L’un, c’est qu’il montre des espèces bien distinctes, dont les relations ne font pas débat. Un autre c’est qu’il permet bien d’expliquer ce qu’est un arbre évolutif : les branchements de l’arbre montrent comment les espèces ont divergé les unes des autres au cours de l’évolution, avec en bas le temps ancien de l’origine des animaux, et en haut les espèces modernes (oui un vers de terre c’est moderne, oui monsieur, oui madame, une étoile de mer aussi, parfaitement). Donc en lisant du haut en bas on voit que les branches lient ensemble d’abord les espèces les plus proches (deux mammifères, un minou-oïde et un humanoïde), puis un peu moins proches (trois vertébrés), puis de moins en moins proches (l’étoile de mer, un deutérostome comme vous et moi), puis enfin des espèces qui n’ont en commun que d’être des animaux (c’est pas mal déjà remarquez). Un troisième avantage de cet arbre, c’est qu’il est illustré par le type d’évidence que l’on utilise pour reconstruire de tels arbres évolutifs.

A savoir que les deux mammifères, qui sont aussi les deux seuls tétrapodes de l’arbre, sont regroupés par le fait d’avoir des membres de tétrapode, et les trois vertébrés (qui sont tous des vertébrés à mâchoire, contrairement aux lamproies par exemple) sont regroupés par le fait d’avoir un crâne avec une mâchoire. Dans ces deux cas, le type d’évidence est morphologique : on observe qu’un ensemble d’espèces partagent des structures morphologiques, qui ne sont pas partagées par les autres espèces ; la façon la plus simple d’expliquer cela est que ces structures ont été héritées d’un ancêtre commun, et que donc ces espèces sont apparentées de manière plus proche entre elles qu’avec les autres espèces. Il y a plusieurs avantages à cette approche, et plusieurs désavantages.

L’avantage principal, c’est qu’on a des fossiles pour les structures morphologiques, donc on peut dans une certaine mesure dater les caractères, et tester les hypothèses d’ancêtres communs.

Les désavantages sont plus nombreux à mon avis. Premièrement, la reconnaissance et la classification de chaque caractère morphologique est quelque part subjective : la mâchoire, c’est un caractère ou plusieurs ? Deuxièmement, la morphologie peut évoluer de manière convergente. Dans les cas évidents, c’est … bin évident, comme par exemple ailes de chauves-souris et d’oiseaux. Mais la forme des dents a été beaucoup utilisée pour classifier les mammifères, alors que des expériences ces 10 dernières années montrent que, sous l’influence d’un petit nombre de gènes, les dents peuvent changer très vite (« vite » pour un biologiste évolutif c’est cent mille ans, je dis ça comme ça), et aboutir à des formes convergentes qui trompent les meilleurs paléontologues. Troisièmement, il n’y a pas toujours de caractères morphologiques qui distinguent et regroupent les espèces qui nous intéressent.

(Je peux être biaisé, parce que je fais de l’évolution moléculaire (donc pas morphologique), mais force est de constater que l’ensemble du domaine bouge depuis 20 ans dans la direction d’une importance moindre de l’évidence morphologique.)

Alors l’autre type d’évidence montré dans l’image ci-dessus, c’est l’évidence moléculaire, venant des gènes, des protéines, ou du génome. (On m’avait fait remarquer dans les commentaires du billet d’origine que tel que c’est dessiné on croirait que animaux deutérostomiens ont en commun d’avoir de l’ADN, par rapport aux vers qui n’en auraient pas, ce qui est faux.) En première approximation, les espèces qui partagent un ancêtre commun récent ont des gènes qui se ressemblent davantage que les espèces qui partagent un ancêtre commun plus ancien. Il y a plein d’avantages à utiliser les gènes ; le désavantage c’est qu’on ne peut pas utiliser les fossiles. Premier avantage, c’est qu’on a des critères objectifs pour les identifier et les comparer. Deuxième, comme ils sont tous composés des mêmes éléments de base, on peut faire des modèles statistiques élaborés, et aller au-delà du simple « ce qui se ressemble s’assemble ». Troisième, des gènes y en a plein et dans tous les êtres vivants, donc on peut accumuler assez de données pour résoudre les relations de presque n’importe quel groupe d’organismes. Par exemple ci-dessus, trouver la relation entre vertébrés, étoile de mer, et vers de terre, pour lesquels les caractères morphologiques à comparer ne se bousculent pas (et induisent en erreur, c’est une autre histoire).

Donc tout ça pour dire que l’arbre suivant, c’est une honte :

Cet arbre des mammifères m’offense profondément

Cet arbre des mammifères m’offense profondément

Ce que montre cet arbre, c’est les relations entre mammifères telles qu’elles étaient comprises en 1991, juste avant que les données moléculaires (les gènes) et les méthodes statistiques / bioinformatiques ne révolutionnent tout le domaine. Durant toutes les années 1990 il y a eu beaucoup de débats sur cet arbre, et il me paraitrait normal qu’en 1994 on n’ait pas voulu mettre en avant des résultats nouveaux et controversés, dont certains se sont d’ailleurs révélés faux. Mais quand même, depuis 2001, il y a consensus sur le fait que les données moléculaires ont montré, entre autres, que les cétacés (baleines et autres) font partie des artiodactyles (bestioles à sabots), plus précisément comme cousins des hippopotames ; que rongeurs et lagomorphes (lapin-oïdes) sont proches cousins des primates ; que les insectivores sont un groupe erroné ; ou que les périssodactyles (chevaux et autres) sont cousins des carnivores.

L’arbre des mammifères a beaucoup fait débat, parce qu’on a beaucoup de données morphologiques et fossiles, étudiées par beaucoup de gens depuis longtemps, et que les relations entre les grands groupes (« ordres », les groupes cités ci-dessus) ne sont vraiment pas évidentes. Autant grouper les bestioles qui ont des pattes c’est facile, autant comment ordonner une souris, une baleine, et un chien ? Et aussi parce qu’il faut bien le dire, les relations pas évidentes en morphologie étaient souvent pas évidentes en génétique non plus. Mais, voir ci-dessus, avec plus de données et de meilleurs modèles, on y est arrivé. C’est très clair, très bien soutenu, et confirmé par plein d’autres études depuis, y compris de nouvelles découvertes fossiles.

Un point intéressant à noter, c’est que dans le débat des années 1990, les défenseurs de l’orthodoxie morphologique contre les petits morveux moléculaires et bioinformatiques étaient en grande partie concentrés dans les grands muséums d’histoire naturelle.

Et donc, je trouve que plus de 10 ans après la conclusion de cette grande aventure scientifique, les aimables collègues du muséum de Paris pourraient faire l’effort de présenter un arbre des mammifères à jour dans leur grande galerie. Merci de votre attention.

Ce billet était parti pour être court. Sa longueur tend à indiquer que le sujet sur lequel on a fait sa thèse vous tient toujours à coeur, quelques années plus tard. :-)

(Les images sont des photos que j’ai prises en visitant le Muséum, c’est pour ça qu’elles sont moches.)

Redif : Diversité du peer review

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser des billets de mon ancien blog. Après celui sur les statistiques, une explication des différentes formes de l’expertise par les pairs pour publication scientifique (peer review) (billet d’origine sur le vieux blog). Je l’ai un peu mis à jour.

Je me suis rendu compte lors d’une discussion sur Futura-Sciences, que la façon dont la publication scientifique fonctionne n’est pas claire pour beaucoup de personnes hors de notre tour d’ivoire. Voici donc un petit tour d’horizon, du point de vue d’un bioinformaticien.

Le modèle le plus classique est celui du journal spécialisé visant une certaine qualité. Les étapes sont alors les suivantes :

  1. Le manuscrit est reçu par un éditeur, qui est un spécialiste du domaine. Celui-ci juge s’il s’agit du type d’articles que son journal publie (domaine adéquat, écrit en anglais scientifique compréhensible). Si non, tcho. Si oui, étape suivante. Selon les journaux, entre 5% et plus de 50% des articles peuvent être rejetés à cette étape. Surtout que nombre d’éditeurs incluent dans leurs critères que le manuscrit promet de résoudre une question suffisamment importante pour leur super-duper-journal.
  2. L’éditeur choisit des experts, auxquels il envoie le manuscrit, sans masquer les auteurs. Les experts renvoient des rapports sur la qualité du manuscrit et son adéquation au journal.
  3. L’éditeur se base sur les rapports de experts pour prendre une décision. En général, le choix est : accepté tel quel (rare), accepté après changements mineurs (les experts n’auront pas besoin de re-juger), changements majeurs demandés (les experts devront rejuger, ça peut encore être accepté ou refusé après cela), ou rejeté.
  4. Les auteurs reçoivent la décision de l’éditeur accompagné des rapports anonymes des experts. Ils peuvent faire appel.

Plein de problèmes, dont le plus évident est l’asymmétrie entre les experts qui connaissent les auteurs (ce qui peut biaiser leur jugement), et les auteurs qui ne connaissent pas les experts (qui peuvent donc être salauds sans risque). Je suis personnellement favorable au double anonymat, mais c’est très rare que ce soit fait. Autre problème, l’éditeur est finalement seul maître à bord (un peu comme un arbitre dans un stade), et s’il est injuste ou incompétent c’est dommage. Heureusement il existe plein de journaux scientifiques spécialisés, donc généralement à ce niveau-là on peut s’en sortir.

Première variante, le journal méga-super-connu, typiquement Nature ou Science. A toutes les étapes, une évaluation de l’importance de la contribution est plus importante que la qualité du travail lui-même. C’est un peu la première page du Monde. C’est bien si c’est correct, mais il faut aussi que ça intéresse beaucoup de monde tout en respectant l’image plus ou moins sérieuse du journal. Le problème, c’est que les critères sont très discutables. De plus, les problèmes classiques sont amplifiés par l’importance qu’une publication dans ces journaux peut avoir pour une carrière, et le niveau de compétition correspondant. Finalement, une grosse différence est que les éditeurs sont des professionnels qui ont généralement une formation scientifique, mais ne travaillent pas comme chercheurs depuis des années. Alors que les éditeurs des journaux de spécialité sont censés être les meilleurs dans leur domaine, ceux-ci sont plutôt des personnes qui changé de métier parce qu’elles n’aimaient pas la carrière de chercheur.

Ces deux variantes existent depuis longtemps, mais avec Internet d’autres apparaissent.

D’abord, ArXiv, dont on a déjà parlé. Pas d’experts, et des éditeurs qui s’assurent juste que c’est plus ou moins scientifique. Le problème, c’est qu’on n’a aucun critère de qualité. Le bon grain et l’ivraie se couchent avec l’agneau et le lion. Ou quelque chose comme ça.

Ensuite, Biology Direct. Les auteurs reçoivent les rapports des experts non anonymes. Ce sont les auteurs qui décident de la suite à donner (changements ou pas, publier ou pas). Si les auteurs décident de publier, c’est fait, accompagné des commentaires (toujours non anonymes) des experts. Une idée qui paraît attirante, mais marche très mal en pratique. Les bons auteurs auront des scrupules à publier leur papier, les mauvais, non. Les chercheurs connus feront des critiques fortes, les chercheurs en début de carrière seront beaucoup plus hésitants.

Un modèle qui a un très fort succès, exemplifié par PLoS One, est de supprimer totalement les critères de pertinence et de significativité de l’avancée scientifique (depuis le billet d’origine, je suis devenu éditeur et j’en ai reparlé sur le blog, par exemple ici). Tout ce qui est correct et n’est pas totalement redondant avec des résultats précédemment publiés doit être publié. PLoS One est devenu le journal qui publie le plus d’articles scientifique par an, et a notamment une bonne réputation en recherche médicale. Curieusement, de nombreux collègues restent persuadés qu’il n’y a pas d’experts (il y en a, pareil que dans la formule classique), et que c’est un journal poubelle. C’est vrai que beaucoup d’articles de faible intérêt y sont publiés, mais aussi de très bons articles, parfois parce les auteurs voulaient publier vite sans s’embéter à se battre avec les éditeurs de grands journaux, parfois parce qu’il n’existait pas de journal de spécialité correspondant (pour de la recherche interdisciplinaire).

Un modèle récent est celui de Frontiers, une nouvelle série de journaux sur internet. Les experts et les auteurs dialoguent à travers un système anonyme, jusqu’à trouver un accord sur la publication ou pas de l’article, éventuellement après modifications. Cela rappelle un système qui existe pour certaines conférences d’informatique, mais où ce sont seulement les experts qui doivent discuter entre eux, de manière non anynome ; ça évite au moins l’éditeur seul maître après Dieu (et quand on connaît le rôle de Dieu en science…).

Après ce tour d’horizon des mille et une recettes, qui vous valent à coup sûr les honneurs des gazettes…

Remarque intéressante lue dans les commentaires de Slashdot :

The peer review process isn’t about catching fabricated data, but about editorial quality. It may not be obvious that the two are different, but they are. 

L’expertise ne vise pas à déterminer les données falsifiées, mais à vérifier la qualité éditoriale. La différence peut paraître minime, mais elle existe.

En effet, les experts sauf accident (genre les données ont l’air très suspectes) doivent donner le bénéfice du doute aux auteurs, et supposer que le travail a été fait honnêtement. La question principale est donc de savoir si le travail a été fait de manière compétente ou non. La fraude peut être détectée, mais rarement par l’expertise par les pairs.

Redif : Probablement

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser des billets de mon ancien blog. Pour commencer, un qui essaye d’expliquer les statistiques bayésiennes et de vraisemblance (billet d’origine sur le vieux blog).

Un exemple cliché dans l’enseignement des probabilités concerne la manière dont sont habillés les étudiants dans la salle. Le produit des probabilités que chacun ait mis exactement ces habits-là ce jour-là est très faible, et pourtant cela s’est produit. Ceci illustre le fait que des évènements très peu probables peuvent se produire, et parfois doivent se produire. La probabilité que tous les étudiants soient habillés d’une manière ou d’une autre était proche de 1. Ce qui correspond à la somme de toutes les manières (peu probables chacune) qu’ils soient habillés.

Un autre exemple classique d’évènement peu probable qui doit se produire est le tirage du loto. Chaque combinaison de chiffres est très peu probable, mais il est certain que l’une de ces combinaisons (aussi peu probable que les autres) sera tirée. Pour donner un sens intuitif à cette notion de « peu probable » en l’occurrence, essayez de vous rendre compte que la série tirée la dernière fois avait la même probabilité que de tirer 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 (s’ils tirent neuf boules, je ne suis pas très au fait du loto).

Vous suivez ? Bon.

Parce que ça m’a donné l’idée d’une façon d’illustrer des stats plus élaborées, nommément la vraisemblance et le Bayesien (qui a droit à une majuscule car nommé d’après le révérend Bayes). Je veux dire l’exemple des habits, le loto c’est chiant. Je ne suis pas sur que mon idée soit originale, mais on va faire comme si.

Supposons que vous entriez dans un amphi de fac au hasard, et vous voyez des étudiants tous habillés de manière très formelle (cravates pour les garçons, tailleurs pour les filles). Dans quelle filière êtes-vous arrivé ? Biologie ou finances ? Et si vous entrez et que vous voyez les étudiants habillés avec des châles et des grandes jupes pour les filles, des pulls tricotés et des chemises Mao pour les garçons, et des lunettes rondes de partout ? Littérature ou médecine ?

La combinaison exacte de cravates, costumes, tailleurs, chemisiers, etc, que vous voyez dans l’amphi est très peu probable de toutes façons (voir raisonnement précédent). Mais elle est plus probable dans un amphi de finances que dans un amphi de biologie. Donc quand vous entrez dans cet amphi, vous vous dites que vous êtes probablement en finances (ou en droit admettons). C’est l’idée de base de la vraisemblance en statistiques : on cherche sous quelle hypothèse (étudiants de biologie ou de finances ?) les données sont les plus probables.

Ce qui paraît tarabiscoté, vu qu’on sait que les données sont vraies, et qu’en plus les probabilités sont très faibles. Mais c’est exactement le raisonnement qui conduit à penser que l’amphi plein de costards-cravates n’est probablement pas la biologie ou la littérature.

Donc la vraisemblance de l’hypothèse H (étudiants de biologie) est la probabilité des données (comment qu’ils sont fringués) sous cette hypothèse. Et on retiendra l’hypothèse du maximum de vraisemblance, donc dans le cas costard-cravate, finances. On peut même noter qu’on n’a pas les données pour distinguer deux hypothèses de vraisemblance également élevée, finances ou droit.

C’est très utile en biologie, parce que souvent on a des données très peu probables sous un raisonnement probabilistique classique (par exemple des séquences d’ADN uniques), mais pour lesquelles on peut proposer une hypothèse de maximum de vraisemblance (concernant l’homologie, la structure, etc, ça dépend de la question posée).

(Oui parce qu’on peut poser différentes questions avec les mêmes données. Avec les habits, on pourrait voir la vraisemblance de la saison, d’une situation d’examen / cours / travaux pratiques, etc.)

Ce qui n’est pas intuitif dans cette histoire, c’est qu’on aimerait bien connaître non la probabilité des données, mais celle de l’hypothèse qu’on teste. C’est vrai quoi, on s’en fout de la probabilité ultra-faible de toutes ces paires de chaussettes.

Entre en scène le révérend Bayes.

Il a donné son nom à un théorème qui est pratiquement une évidence. Parfois formaliser les évidences c’est utile, voir aussi l’équilibre de Hardy-Weinberg en génétique.

Reprenons d’abord les étudiants habillés. Maintenant on n’entre plus dans un amphi au hasard, mais dans un amphi qui a écrit sur la porte « Grand amphithéâtre de Lettres ». On s’attend a priori avant même d’entrer à trouver des étudiants de lettres. On a donc une probabilité a priori forte pour l’hypothèse « étudiants de lettres », et faible pour les autres hypothèses. Si on entre et que l’on voit plein de châles et de lunettes rondes et de barbiches, on confirme notre a priori. Mais si on entre et que l’on voit un amphi plein de costards-cravates et de tailleurs ? Est-ce que les nouvelles données (la façon dont ils sont habillés) sont suffisants pour modifier notre a priori ? C’est ce que formalise Bayes.

Proba(Etudiants de lettres, sachant Habillés en costards) = Proba(Etudiants de lettres) x Proba(Habillés en costards, sachant Etudiants de lettres) / Proba(Habillés en costards)

(Jolies équations dans Wikipedia)

Proba(Etudiants de lettres) c’est notre idée a priori que l’amphi de lettres sera plein d’étudiants de lettres ;

Proba(Habillés en costards, sachant Etudiants de lettres) c’est la probabilité que les étudiants de lettres aient tous mis des costards ;

Proba(Habillés en costards) c’est la probabilité pour les gens en général de mettre des costards, qu’ils soient en lettres ou non.

Donc à la fin c’est à voir qui gagne : la probabilité d’avoir des étudiants en lettres dans l’amphi de lettres est-elle suffisamment forte pour accepter l’idée farfelue qu’ils se soient tous habillés en costard ? Ou la probabilité d’avoir des lettreux en costard est-elle suffisamment faible pour accepter l’idée que l’amphi de lettres a été occupé par les étudiants en finances ?

Deux choses sont très intéressantes dans la formulation de Bayes : D’une part, on obtient le nombre qu’on veut vraiment, qui est la probabilité de l’hypothèse étant donné les données (on dit plutôt « sachant les données »). Et d’autre part, on prend en compte explicitement notre a priori. Or lorsque l’on obtient de nouvelles données, on a toujours un a priori, qui conditionne la confiance que l’on a dans les conditions autant que les données elles-mêmes. Votre réaction au rapport d’un miracle à Lourdes sera très différente selon que vous soyez catholique (a priori = les miracles à Lourdes sont probables) ou athée (a priori = les miracles sont très improbables). C’est pareil en sciences. Si l’analyse d’un gène m’indique que les humains sont proches parents des chimpanzés, cela est cohérent avec mon a priori, et je l’accepte facilement. Si un autre gène m’indique que les humains sont plutôt proches de la bactérie E. coli, j’aurais tendance à bien bien vérifier s’il n’y a pas eu d’erreur expérimentale, puis proposer un scénario de transfert de ce gène uniquement entre E. coli (qui vit dans notre système digestif) et l’ancêtre des humains. Il me faudrait beaucoup plus de données qu’un seul gène pour réviser mon fort a priori concernant les relations de parenté humain – chimpanzé – bactérie.

Ca peut paraître de la triche comme ça, mais c’est en fait une bonne façon de faire. Il faut être un peu conservateur, étant donné que la plupart de nos a priori largement acceptés (ceux avec une forte probabilité) sont acceptés pour de bonnes raisons. Exemple : les premières analyses moléculaires de l’évolution des mammifères séparaient les rongeurs. Dans une logique « vraisemblance », on retient cette hypothèse ; dans une logique Bayesienne, on note qu’on avait 200 ans de paléontologie et morphologie comparée regroupant les rongeurs ensemble, donc on demande une évidence vraiment forte de la part des données moléculaires. Ce qu’elles étaient incapables de fournir au début des années 1990. Par la suite, avec d’avantage de données moléculaires, un signal fort a émergé regroupant les rongeurs à nouveau. Donc prudence. Même si des fois les révolutionnaires ont raison bien sûr. Les mêmes études du début des années 1990 plaçaient les cétacés (baleines et dauphins) comme cousins des hippopotames, en contradiction aussi avec les paléontologues. Avec plus et mieux de données moléculaires, le signal est devenu tellement fort que les paléontologues ont du convenir que c’était la meilleure interprétation des données.

Le problème majeur de l’approche Bayesienne, c’est de donner une valeur précise à la probabilité a priori (appelée aussi « prior »). Il y a deux réponses à cela. L’une que je n’aime pas beaucoup (mais ça se discute) est de donner égale probabilité à toutes les possibilités. Dans ce cas, je ne vois pas l’intérêt de faire du Bayesien. L’autre (que je préfère) est d’utiliser le Bayesien lorsque l’on a une bonne estimation du prior, et d’utiliser la vraisemblance sinon.

En conclusion, j’aime bien le Bayesien, a priori.

Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne

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Un ensemble de groupes de pression a écrit une lettre ouverte à Jean-Claude Juncker, président élu de la commission européenne, pour lui demander de supprimer le poste de conseiller scientifique (Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission).

Les problèmes ?

  • D’autres groupes, aux intérêts opposés, soutiennent ce poste.
  • Le poste concentrerait trop de pouvoir sur une personne.
  • Les conseils et le mode opératoire du conseiller est insuffisamment transparent.
  • Le conseiller a donné des avis basés sur la litérature scientifique qui vont en sens contraire de ce que ces groupes de pression veulent entendre.

Il est clair que cette demande est inacceptable pour moi en tant que scientifique, et heureusement une organisation, Sense about science, a réagi rapidement avec une lettre ouverte très claire.

Il me paraît évident que la plupart des points cités ci-dessus sont des excuses, et que ce qui gène ces groupes c’est que le conseiller scientifique donne des avis basés sur la litérature scientifique, et non sur leurs intérêts partisans. Sinon ils demanderaient juste de légères modifications dans le fonctionnement du poste. Mais voilà, la science ça refuse de tenir une ligne idéologique ou économique cohérente, mais ça décrit le monde tel qu’il est, et ça visiblement ça gène.

Bas les masques : les signataires de cette lettre sont anti-science.

La lettre ouverte demandant de supprimer le poste :

The position of Chief Scientific Advisor to the President of the European Commission

La lettre ouverte de scientifiques demandant le maintien du poste :

Scientific scrutiny in Europe is essential

(Mise à jour : dans un commentaire, Enro nous signale que l’organisation Sense about science ayant organisé cette deuxième lettre est assez suspecte et politisée. Ach so.)

Il y aurait beaucoup à écrire sur le sujet, mais je n’ai pas le temps. Si vous commentez, merci de noter que j’ai des centaines de spams, et pas le temps de les regarder, alors contactez-moi par Twitter si votre commentaire n’apparaît pas au bout de 24h.

Mise à jour : pour le contexte, voir notamment l’excellent billet sur les « marchands de doute » d’Alexandre Moati.

Petit entretien sur la publication libre accès #openaccess

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Ceci est la transcription d’un entretien fait pour le magazine Allez savoir ! de l’Université de Lausanne, pour un article à paraître en septembre 2014. Je remercie David Spring de Allez Savoir ! de m’avoir permis de le publier ici. J’ai juste ajouté quelques liens.

En quoi consiste votre travail d’éditeur scientifique de la revue PLOS ONE ?

Cette activité n’est pas spécifique au fait que le titre est en open access (OA) : le travail est le même partout. Je reçois, de la part de PLOS ONE, un article soumis par un groupe de chercheurs et je me pose une série de questions comme par exemple : le « papier » est-il pertinent ? Les méthodes employées sont-elles correctes ? Les résultats sont-ils frappants ? A-t-il sa place dans la revue ? Je déniche ensuite des scientifiques du domaine traité afin de leur confier la peer review. Ils se trouvent soit dans mes contacts personnels, ou se repèrent grâce à un outil de recherche de spécialistes comme Jane ou encore sur suggestion des auteurs. Je centralise ensuite les remarques faites par les pairs et j’en donne un résumé aux auteurs. L’éditeur décide quels commentaires doivent être pris en compte ou pas. Le document fait ensuite plusieurs allers et retours. Tous les cas de figure surviennent, des changements légers aux modifications importantes. Ensuite, quand les corrections demandées ont été faites, le « papier » est mis en ligne très rapidement. Au moins de juin, PLOS ONE a dépassé les 100 000 articles.

Quelle est votre motivation ? Ce travail est bénévole !

Nous sommes des milliers d’éditeurs volontaires pour PLOS ONE. Je le fais par sens du devoir et pour animer la communauté. C’est nécessaire pour qu’elle vive, tout comme la réalisation de peer reviews ou l’organisation de conférences. Il faut dire également que figurer parmi les éditeurs d’un titre implique une certaine reconnaissance de la part des collègues, qui vous font confiance. Prendre des responsabilités de ce genre est même attendu de votre part si vous visez des postes supérieurs dans la carrière académique.

Combien coûte à l’auteur une parution en OA?

D’après mon expérience personnelle, les prix naviguent entre $1000 et $3000 par article. Certains sont gratuits et d’autres plus chers : PLOS ONE demande $1350, ce qui est assez peu. Dans certains cas d’auteurs désargentés, la revue offre même la parution. Depuis peu, le Fonds national suisse (FNS) paie les frais de publications des auteurs dont il soutient les travaux financièrement.

Quels types d’OA trouve-t-on aujourd’hui ?

Par exemple, le modèle hybride. Il s’agit de revues qui fonctionnent sur le principe de l’abonnement, donc du lecteur-payeur. Mais les auteurs qui le souhaitent peuvent payer un supplément pour que leur article soit en OA… Cela donne un sommaire panaché, où certains papiers sont en lecture libre, et d’autres pas. Un business model disruptif a émergé : celui de PeerJ (biologie et médecine). Les auteurs paient une participation unique, au minimum de 99 $, ce qui leur donne le droit, annuellement, de publier un article mais les contraint à une peer review. Petite subtilité : tous les co-auteurs doivent avoir réglé leur cotisation. De manière plus générale, il ne faut pas croire que toutes les revues en OA ne poursuivent pas de but commercial. De même, certains titres qui ont opté pour le « lecteur payeur » n’ont pas de but lucratif. Tous les cas de figures existent.

Quel bénéfices le grand public peut-il attendre de la publication en OA ?

Notre société compte de nombreuses personnes qui possèdent une formation scientifique : des professeurs du secondaire, des ingénieurs, des médecins. Ils peuvent lire les articles parus dans les revues.

Pour les enseignants, c’est une perte que de ne pas y avoir accès pour des raisons de coûts. Quand ils voient dans les news qu’on a trouvé un nouveau dinosaure, ou qu’on parle des OGM ou du réchauffement, ils devraient pouvoir utiliser la littérature scientifique. Pour moi, un véritable OA propose du contenu sous licence « creative commons », que l’on peut réutiliser et proposer au téléchargement. Je parle de cartes, de graphiques qui enrichissent les cours.

Pensez également à des patients atteints de maladies graves ou chroniques, et aux associations qui les représentent. S’ils entendent parler de nouveaux travaux, voire d’un traitement potentiel, ils devraient pouvoir accéder aux informations qui les concernent…

Mais les articles sont compliqués à lire pour des profanes ?

Ne sous-estimez pas la motivation de personnes dont la vie est concernée. En auto-formation, on peut apprendre beaucoup. Et il est toujours possible de soumettre l’article à son médecin pour avoir des informations. De manière générale, les débats de société, que ce soit au sujet de la mort des abeilles, du changement climatique, des perturbateurs endocriniens ou même du créationnisme sortiraient enrichis d’un accès plus large aux travaux des chercheurs. Les militants, les industriels et les journalistes seraient les premiers intéressés, mais tout le monde est concerné. Chaque personne qui souhaite accéder à l’information doit pouvoir le faire. Quand vous devez payer un « papier » avec votre carte de crédit et que vous vous rendez compte en ouvrant le pdf qu’il est inintéressant ou illisible, vous avez perdu de l’argent et vous ne pouvez pas le rendre au fournisseur !

Quels sont vos collègues qui bénéficient de l’OA ?

Le coût des abonnements empêche les chercheurs africains, par exemple, d’accéder à la recherche. Mais c’est également valable pour les pays européens en difficulté économique, comme la Grèce ou le Portugal. C’est un cercle vicieux : pas de connaissance, pas d’innovation, pas de start-ups, pas d’emplois… Les tenants du modèle traditionnel tentent de contrer cet argument en disant qu’il faut payer pour publier dans l’OA, et que c’est un problème aussi. Mais d’abord, un scientifique lit beaucoup plus qu’il ne publie. Ensuite, si vous n’avez pas lu les travaux des spécialistes de votre domaine, vous ne pouvez jamais faire de la bonne science et en arriver au stade de la soumission d’un article. Il vaut clairement mieux payer pour publier que pour lire !

Pourquoi le modèle traditionnel du lecteur-payeur existe-t-il encore ?

C’est l’inertie du système. Pourquoi les maisons de disques existent-elles encore à l’heure d’iTunes ? Il faut prendre en compte la question du prestige cumulé avec les années de revues comme Nature. Un nouveau venu, en OA, ne l’aura pas avant un moment. Toutefois, PLOS Biology et PLOS Medicine font concurrence à de très bons titres, ce qui prouve qu’un changement de mentalité est possible. Le moyen le plus efficace de faire bouger les choses rapidement, c’est quand les organismes qui financent la recherche, comme le Wellcome Trust en Grande-Bretagne, soutiennent la démarche et contraignent à publier en OA. C’est d’ailleurs une bonne chose pour la recherche elle-même, qui circule davantage quand elle est librement accessible ! Enfin, le piège des abonnements réside dans le fait que leurs coûts sont payés par les bibliothèques et les universités sans que les scientifiques ne les voient passer (ils sont même confidentiels !), alors qu’une publication en OA tombe sur le budget du chercheur lui-même…

Il y a un décalage entre les intérêts général et particulier…

Chaque chercheur a en effet intérêt à progresser dans sa carrière grâce à des parutions dans des titres prestigieux. S’ils publient dans une revue OA, c’est bien souvent sans faire exprès… Même si je fait l’effort de ne publier qu’en OA*, je n’applique pas forcémen cette politique à mes doctorants, qui doivent partir dans la nature munis d’un bon CV.

* ces dernières années.

Que pensez-vous des serveurs institutionnels comme Serval, mis à disposition des chercheurs de l’UNIL et du CHUV par la Bibliothèque cantonale et universitaire de Lausanne ?

En soi, c’est une bonne chose. Mais pour moi, l’OA green road que permet Serval, c’est à dire la publication dans une revue traditionnelle et le stockage local de l’article, ce n’est pas un véritable open access…

… Pourquoi ?

Parce que les éditeurs ne permettent de loin pas toujours de mettre à disposition la toute dernière version du « papier ». Le site Sherpa/Romeo liste les différentes exigences juridiques. Cela pose deux problèmes. Mettre à disposition un article dans sa version originale, c’est à dire avant l’évaluation par les pairs, implique un manque de contrôle et un risque d’erreurs. Ensuite, cela signifie que deux versions du document circulent ce qui provoque une confusion au moment où quelqu’un va vouloir le citer dans un nouvel recherche: duquel va-t-on parler ?

J’aime les commentaires sur les blogs et ailleurs

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Il y avait eu il y a quelques temps un débat sur l’opportunité des commentaires en sciences en général (voir aussi ici). Personnellement, je trouve que les retours et questions via les commentaires m’apportent beaucoup, et que cela montre de plus que les scientifiques ne sont pas des autorités dogmatiques, mais que nous écoutons et sommes ouverts au dialogue. Et quand je découvre un nouveau site, une des premières choses que je fais est de regarder les commentaires. Notamment, les auteurs répondent-ils de bonne fois lorsqu’on leur pose une bonne question (voir la thématique admettre que l’on a tort) ? Mais aussi parce que si un article ou un billet a une erreur factuelle grave, je m’attends à voir une correction dans un commentaire.

Parfois les discussions du blog deviennent l’intérêt principal du billet, voire du blog. C’est le cas de Gaïa Universitas à mon avis, et souvent de Sciences2. Dans ce dernier cas, c’est juste dommage que Sylvestre Huet lui-même (le journaliste auteur du blog) ne réponde que très rarement. On peut comprendre qu’il soit occupé, mais des fois ça manque un peu je trouve de remercier quelqu’un pour une correction ou de répondre à une question explicite. Il reste que sur Sciences2 il y a de vraies discussions, et c’est une vraie valeur ajoutée.

Sur un sujet proche, il est aussi intéressant de voir les réponses à ce tweet de Pierre Barthélémy, journaliste scientifique émérite au Monde :

Voilà : 1 000 tweets. Et une question : voulez-vous plus d’infos via mon compte Twitter ou êtes-vous satisfaits par le rythme actuel ?

— Pierre Barthélémy (@PasseurSciences) June 29, 2014

Pierre ne juge pas avoir le temps de s’engager dans des discussions avec des scientifiques ou des lecteurs sur Twitter. Je trouve cela dommage.

Et puis il y a les blogs où on peut commenter, mais il n’y a jamais de réponse. Je trouve cela très étrange. Pourquoi avoir un blog avec commentaires ouverts si on ne veut pas avoir de dialogue ? Par exemple le blog binaire sur le site du Monde. J’ai commenté il y a quelque temps sur le robot Thymio utilisé dans l’éducation, en posant des questions. Aucune réponse. Autre exemple, le site du Café des sciences de Morlaix est un blog ; j’ai commenté sur le saumon OGM, en nouveau en posant des questions. Aucune réponse.

Alors oui je suis favorable aux commentaires, favorable aux discussions, et favorable au dialogue, qui doit aller dans les deux sens ! C’est pas parce qu’il y a des trolls sous les ponts qu’on doit rester coincé de ce côté-ci de la rivière.

(Billet en brouillon depuis longtemps, et merci à une discussion hors ligne qui se reconnaîtra qui m’a permis de le retourner de manière constructive.)

Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école

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C’est un débat qui revient régulièrement, et pour une fois avec une certaine symétrie des deux cotés de l’Atlantique : doit-on enseigner la programmation à l’école ?

Les arguments contre, je l’avoue, me convainquent assez peu : la programmation n’est pas vraiment une discipline au même titre que les maths ou la littérature (mais on enseigne aussi la flute à bec, la cuisine et le sport que je sache – et si la définition d’une discipline c’est d’être patiné par les ans, par définition on n’en n’aura jamais de nouvelle) ; pas tout le monde aura besoin de programmer (bin pas tout le monde aura besoin d’avoir lu Victor Hugo et de savoir calculer une dérivée) ; les profs ne sont pas formés (à nouveau, avec cet argument on n’aura par principe jamais de nouvelles matières). L’argument le plus étrange pour moi, mais qui apparemment fait mouche : c’est pas avec ça qu’on va résoudre tous nos problèmes ! (Beaucoup de discussion en suivant ce lien ; l’article lui-même me paraît poser de fausses dichotomies ; et je précise que je n’ai pas lu tous les commentaires.) Euh non, mais si on n’a rien le droit de faire si ce n’est pas la seule solution à tous nos problèmes, c’est un peu limitant (ça me rappelle certains débats sur le riz doré).

Pour être clair : le manque de profs est un problème, mais si c’est le principal problème, alors il n’y a pas d’opposition de principe, et c’est un problème auquel il est possible de chercher des solutions : formation de profs volontaires (et je ne vois vraiment pas pourquoi ça serait limité ni même davantage encouragé pour les profs de maths), embauche en temps partiel d’étudiants, flexibilité sur les diplômes si expérience professionnelle, … bon après je ne m’aventure pas dans les débats sur les statuts de fonctionnaires en France, mais ce n’est plus une question de principe donc.

Alors pourquoi suis-je favorable à l’enseignement de la programmation à l’école ?

D’abord, l’informatique me paraît une matière importante, et c’est en programmant qu’on l’appréhende le mieux. De même qu’on fait des expériences en chimie et physique, des calculs en maths, des rédactions en français, c’est en programmant qu’on comprend à la base l’informatique. Ceci n’exclut pas d’aller plus loin et plus théorique pour ceux qui le veulent, mais il me semble que la compétence de base s’acquiert vraiment au pied du mur en devenant forgeron (ou quelque chose comme ça). J’ai eu une discussion Twitter avec un collègue bioinformaticien à ce propos, où il défendait qu’apprendre à programmer était comme apprendre la mécanique automobile plutôt que la physique. Je maintiens que c’est plus comme écrire des rédactions ou des dissertations, ou résoudre des calculs. De plus, l’informatique est quand même à mon avis à la fois une science et une technologie (voir les avancées et théoriques et pratiques d’un très bon informaticien dans ce billet). (La bioinformatique aussi d’ailleurs.)

Ensuite, lorsque l’on sait programmer, je pense que même si l’on ne programme pas (ou plus) en pratique, on en retire la compréhension de deux choses importantes :

  • On comprend mieux l’intuition du programmeur, et donc on comprend mieux comment utiliser les logiciels et on comprend mieux ce que l’on peut demander ou pas à l’informatique. On comprend ce qui doit forcément être sauvé dans un fichier, sinon ça ne serait pas gardé, ce qui devrait logiquement être modifiable parce que c’est facile, et ce qui n’est pas vraiment possible. C’est facile de se moquer du maire de New York qui affirme vouloir apprendre à programmer, parce qu’en effet dans son travail il ne doit pas en avoir besoin. Mais s’il comprend mieux ce qu’il peut demander, ce qui améliorerait la vie et serait vraiment facile à faire, ce serait un sérieux progrès pour la gestion des grandes villes à mon avis. Et juste pour prendre en main un nouveau logiciel, ou un nouvel appareil (iBidule ou autre), de comprendre ce qu’est un programme et comment ça marche est un sérieux plus. Vous comprenez ce que ça veut dire, que les apps soient « sandboxés » sur un iphone ? Sans savoir programmer, cela reste forcément un peu obscur je pense.
  • On comprend au moins intuitivement plein de notions qui sont en général pertinentes à notre relation avec le monde, y compris hors informatique. C’est un bénéfice de devoir formaliser la manière de penser et d’exécuter. Ce que sont un algorithme (comment résoudre une tache), une heuristique (une solution approximative, rapide et qui marche la plupart du temps), que de mauvaises données ne donneront pas de bonne solutions (Garbage in garbage out), qu’un ordinateur ne peut pas « comprendre » au même sens qu’un humain, etc etc, sont des notions à mon avis fondamentales. Notions que l’on peut bien sur pousser pour ceux qui le choisissent, mais dont on peut donner une intuition à la plupart des gens en leur faisant utiliser.

Un bénéfice je trouve moins critique mais quand même appréciable est de pouvoir utiliser l’informatique dans la zone grise qui n’est pas vraiment de la programmation au sens strict, mais manipule les mêmes objets et concepts : éditer du HTML pour une page web ou un blog, éditer le code dans Wikipedia, utiliser un logiciel de statistiques avancé comme R, écrire des macros Excel, etc.

Débats secondaires : à quel niveau à l’école ? Dès 6 ans, 10 ans, ou seulement à 17 ans ? Et quel languages ? Il me semble qu’il faut d’abord être d’accord sur les objectifs avant de s’occuper des moyens de les réaliser. En l’état des choses, je vote 10-12 ans, programmation de robots puis Python, mais je suis très ouvert à ce niveau-là. :-)

Similarités entre la bioinformatique et les humanités digitales (ou numériques)

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La semaine dernière mon campus a hébergé la conférence internationale des humanités digitales (en anglais digital humanities ; en français à Lausanne humanités digitales ; en français en France humanités numériques) (blogs à voison sur hypothese.org). L’occasion de traiter un sujet dont je voulais parler depuis longtemps, les similarités entre humanités digitales et bioinformatique.

En bref, la bioinformatique est aux sciences du vivant ce que les humanités digitales sont aux sciences humaines.

Mais encore ? Eh bien dans les deux cas nous avons la nécessité de traiter intelligemment (et automatiquement si possible) des quantités rapidement croissantes de données, qui ont la particularité d’avoir été générées par des gens qui ne savaient pas qu’on aurait à les traiter informatiquement, et de travailler avec une communauté qui n’a pas une culture quantitative ni informatique très forte. Le biologiste typique aimait les sciences mais pas les maths, et l’humaniste typique n’en parlons pas.

Cela fait contraste avec d’autres domaines, comme la physique, ou certes il y a beaucoup de données, un besoin fort d’informatique, mais également une conscience forte de ces nécessités depuis longtemps, et une culture des maths et de l’informatique (la moitié de l’informatique et plus de la moitié des maths ont probablement été inventées en réponse à des défis de la physique), qui font que ceux qui génèrent les données respectent le travail de ceux qui les analysent.

De plus, en physique ou en chimie le cadre théorique est grosso-modo posé depuis longtemps, et donc quand on démarre une grosse expérience on sait ce qu’on cherche. Par contre en biologie ou en sciences humaines, parfois on génère exprès de grandes quantités de données, mais on ne sait pas encore trop quels seront les signaux intéressants, soit on doit traiter un ensemble de résultats acquis au cours du temps par différents laboratoires ou intervenants, pour différentes raisons, avec différents standards et objectifs (exemple dans ce billet).

Suite à discussion avec des collègues des humanités digitales, voici une liste de défis communs aux deux sciences interdisciplinaires :

  • La construction d’ontologies, c’est-à-dire de représentations computationnelles de domaines de connaissances.
  • L’utilisation de ces ontologies, par les spécialistes et par les autres partenaires (biologistes, médecins, littéraires, historiens, etc).
  • La gestion des méta-données, c’est-à-dire qui a collecté quelle information, avec quelles méthodes, à quelle date, avec quels standards, etc etc. Indispensable à l’analyse de données que l’on n’a pas généré soi-même, et à leur ré-utilisation, et souvent négligé voire perçu comme une contrainte inutile par ceux qui génèrent les données.
  • La récupération et la curation de l’information. Très important ! Les méthodes automatiques ont toujours des limites, et donc il faut des personnes dédiées qui collectent, expertisent et annotent les informations. Alors que beaucoup d’aspects sont davantage développés en bioinformatique (qui a une certaine avance historique quand même je pense), la curation est je pense mieux organisée et mieux perçue dans les humanités, et il existe même des masters dédiés.
  • Un sujet proche, la confiance dans les données et dans leur interprétation. Comment reconnaître et coder que certaines informations (résultats d’observations ou d’expériences, témoignages historiques ou manuscripts) soient plus fiables que d’autres ?
  • Last but not least, le défi de la communication entre les geeks et leurs confrères plus traditionnels : utilisabilité des outils, légitimité d’une façon de travailler nouvelle, confiance dans des résultats obtenus de manière peu orthodoxe, difficulté d’être perçu comme collègues et non comme techniciens ou étrangers, etc.

Pour finir, une discussion qui est propre aux humanités est le rôle du multilinguisme dans la communication académique : voir l’excellent blog de Martin Grandjean (aussi billets précédents sur l’enseignement scientifique en anglais ou français par Tom Roud et moi-même). Entre biologistes et informaticiens, on peut au moins être d’accord sur l’usage de l’anglais scientifique. :-)

100’000 articles, et la révolution #PLOSOne continue à faire peur

Tiens de la poésie pour changer des petits mickeys.

J’ai récemment réagi à un billet du blog « rédaction médicale », qui émettait des doutes sur la pertinence des 100’000 articles publiés dans PLOS One (voir aussi ce billet). Le billet lui-même est étrange, utilisant les insinuations (« course à la publication qui consiste maintenant en un payement de 1350 $ à PLOS ONE pour être publié » ; « pour la qualité du peer-review, j’entends le meilleur et le pire ») sans vraiment ni affirmer que PLOS One serait inférieur, ni donner de faits.

J’ai répondu dans les commentaires, avec le soutien de Pascal de l’Agence Science Presse. Je reproduis les commentaires ci-dessous, mais je voudrais d’abord dire que les réactions que je vois là et ailleurs me paraissent symptomatiques de ce que PLOS One, en modifiant les critères classiques où l’important est de publier des résultats frappants dans des journaux prestigieux, déstabilise l’édifice injuste et inefficace actuel, dans lequel les journaux ont le pouvoir, pouvoir de refuser des articles justes parce que « pas assez importants », pouvoir de publier des articles faux mais sexy (scandale récent des cellules souches), et pouvoir d’imposer des abonnements hors de prix car marché biaisé.

Alors PLOS One a du succès, et ce succès montre que le status quo n’est pas inévitable, et ça ne plait pas à ceux qui en bénéficient ou qui y participent activement. Mais c’est trop tard, la révolution est là et elle avance. Ayez peur, ayez très peur.

J’aimerais bien savoir sur quoi se basent les gens qui disent que PLOS One fait un reviewing moins bon que d’autres journaux. Les critères sont clairs, ils sont ici :

http://www.plosone.org/static/publication

Quand à l’idée que l’open access serait un problème pour la qualité, voir ici :

http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/03/26/lopen-access-ne-nuit-pas-a-la-qualite-scientifique/

Je trouve personnellement très positif que grâce à PLOS One et d’autres jouraux similaire (1) une grande quantité d’information scientifique soit librement disponible et analysable (text-mining), (2) de nombreux résultats qui auraient moisi dans des tiroirs doit publics. Beaucoup de ces résultats sont peu intéressants seuls, mais ensemble ils forment une énorme quantité de connaissances.

Déclaration de conflit d’intérêt : je suis éditeur bénévole chez PLOS One.

Rédigé par : MRR | mercredi 02 juillet 2014 à 21:23

Bonsoir,

effectivement, vos remarques sont vraies.. Mais les opinions que je rencontre en discutant avec les auteurs, reviewers et éditeurs qui travaillent pour PLOS sont très variables. Rarement, j’ai entendu des commentaires aussi divergents

Donc opinions… et on aurait besoin de faits

Cdlmt
HM

Rédigé par : Maisonneuve | mercredi 02 juillet 2014 à 22:28

Je ne suis pas sur de quels faits vous attendez. Je vous ai fourni les critères de publication de PLOS One.

On peut noter que PLOS One est l’un des journaux à s’être le mieux sorti du hoax d’un journaliste de Science l’an dernier :
http://retractionwatch.com/2013/10/03/science-reporter-spoofs-hundreds-of-journals-with-a-fake-paper/#comment-64133

Pas directement lié à PLOS One, mais les journaux prestigieux à haut facteur d’impact ont aussi les plus forts taux de rétraction :
http://iai.asm.org/content/79/10/3855.full

Ensuite, il me semble que la charge de la preuve est pour ceux qui voudraient dire que PLOS One publierait moins rigoureusement, ou de la science moins correcte ou moins soutenue. Que PLOS One publie des articles moins excitants, c’est assumé dans la mission du journal.

Rédigé par : MRR | vendredi 04 juillet 2014 à 16:11

Pour renchérir sur le commentaire de Marc, il semble que le choix de PLOS One comme cible soit étrange (ou alors, vous gagneriez à mieux l’expliquer). Si vous voulez dénoncer la course à la publication à l’oeuvre dans le monde de la recherche, il y a évidemment de l’espace pour le faire et vous pourriez trouver bien, bien pire. Si vous voulez dénoncer les revues aux critères de publication douteux, il y en aurait des centaines qui mériteraient de passer à la trappe avant PLOS One. Certes, PLOS One sait se promouvoir: est-ce mal?

Rédigé par : Pascal Lapointe | samedi 05 juillet 2014 à 03:38

Réflexions sur l’apport de l’informatique à la bioinformatique

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J’ai récemment été au séminaire de retraite GNOME (Gonnet is Not Only Molecular Evolution) de Gaston Gonnet, un grand bonhomme de l’informatique (Google Scholar), notamment connu pour le logiciel de calcul Maple, et ces 25 dernières années pour ses contributions parfois remarquées à la bioinformatique et à l’évolution moléculaire. Le séminaire a inclus des informaticiens hard-core aussi bien que des collaborateurs biologistes, et bien sur des bioinformaticiens, certains formés par Gaston à l’interface interdisciplinaire. C’est l’occasion de réfléchir à l’interaction informatique-biologie, et notamment à l’apport de l’informatique.

Bien sur, les ordinateurs plus puissants, les languages de programmation de haut niveau, et les systèmes de gestion de données, sont utiles à la biologie, mais ce n’est pas de ça que je veux parler. La recherche en informatique, ce sont de nouveaux algorithmes, des démonstrations de complexité, voire de nouveaux languages de programmations ou manières de représenter l’information.

Prenons l’exemple de la première contribution (remarquée) de Gaston à la bioinformatique : la matrice de Gonnet (Gonnet et al 1992 Science 256: 1443-1445).

La contribution a été remarquée à la fois grâce au résultat, et à cause du ton du papier, qui contient la phrase « The parameters provide definitive answers to two fundamental questions concerning protein alignment: What does a mutation cost? and What does a gap cost?« . Cette phrase n’est probablement pas due à Gaston (communication personnelle), mais elle est quelque part emblématique d’un certain type de relations entre bioinformaticiens issus de la culture de la démonstration de l’informatique et des maths (voir aussi Lior Pachter) et bioinformaticiens issus de la culture empirique de la biologie.

Bref, un peu d’histoire. Le type de matrice dont on parle ici est un genre de tableau qui donne les probabilités de changement d’un acide aminé en un autre lors de l’évolution des protéines. Les protéines sont des chaînes d’acides aminés, qui forment un « alphabet » de 20 lettres. Une protéine peut changer par mutation soit en remplaçant un acide aminé par un autre, soit par délétion ou insertion d’acides aminés. Un acide aminé peut être remplacé par un autre selon une probabilité qui dépend à la fois de propriétés chimiques et du code génétique (certains changements sont plus faciles à obtenir par hasard), et de l’impact fonctionnel sur la protéine (certains changements ont plus de chances de casser la fonction de la protéine, et sont donc éliminés par la sélection naturelle – ce qui diminue la probabilité de les observer en pratique). Dans les années 1960, celle qui a probablement fondé la bioinformatique sans ordinateurs, Margaret Dayhoff, a eu l’excellente idée de comparer beaucoup de séquences de protéines homologues (beaucoup à l’époque : quelques dizaines) (homologues : en gros la même protéine dans différentes espèces ; voir ce billet), et de compter les changements entre tous les types d’acides aminés. Ce qui lui a permis de construire la première matrice de probabilités de changements entre acides aminés, connue comme PAM (point accepted mutation). Y a une explication plus détailée sur le blog bioinfo-fr.

Etape 1 donc : intuition du biologiste, qui lui permet d’obtenir un résultat et un outil utiles.

Ensuite, des informaticiens ont démontré la manière optimale d’aligner des protéines pour savoir quels acides aminés comparer de manière mathématiquement correcte (Needleman-Wunsch). Démonstration cool, bien que limitée à l’époque par la puissance des ordinateurs : les algorithmes exacts sont lents. Mais ces démonstrations ont formé la base de beaucoup de travail suivant.

Etape 2 : des informaticiens démontrent des théorèmes et trouvent des algorithmes exacts, quoique souvent inutiles en pratique (provoc assumée).

Dans les années 1980, Gaston Gonnet avait travaillé sur des algorithmes rapides et efficaces pour chercher dans tous les mots de l’Oxford English Dictionnary. Il a alors été contacté par un biologiste assez original et brillant, Steven Benner, qui lui a proposé, et je cite, « de travailler sur des données intéressantes » (par opposition au dictionnaire apparemment). Ils ont relevé le défi de mettre à jour les vieilles matrices de Dayhoff, avec bien davantage de données, en utilisant les algorithmes de Gaston pour les dictionnaires. Ils ont ainsi calculé la matrice de Gonnet, qui inclut non seulement une mise à jour des probabilités de changement entre acides aminés, mais des estimations des probabiliés d’insertion et de délétion (les « gaps » de la citation ci-dessus) grâce également à l’emploi de la méthode Needleman-Wunsch.

Etape 3a : les informaticiens répètent le travail des biologistes – bioinformaticiens (Dayhoff), mais bien plus efficacement.

Etape 3b : la collaboration entre biologistes et informaticiens qui se s’écoutent et travaillent efficacement ensemble déchire tout.

A noter aussi qu’une partie de l’apport de Gaston était dans la manière de représenter l’information dans un ordinateur pour des recherches rapides, et qu’il a implémenté ses méthodes dans un language qu’il a développé, appellé … DARWIN.

Voilà bien sur c’est un cas particulier, mais souvent comme ici le point de départ d’une nouvelle approche vient de l’intuition des biologistes, elle est rendue efficace par les informaticiens, et quand on travaille vraiment ensemble on fait de grandes choses.

En plus ils m’ont donné un t-shirt à la conf, avec un gnome cool, et j’ai appris que « gnomes » était un surnom des banquiers zurichois.

Mise à jour : des liens pertinents via Christophe Dessimoz :

Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?

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Un retweet de Tom Roud a attiré mon attention sur un débat internet en cours : des personnes qui ont découvert que le célèbre physicien Richard Feynman faisait preuve de sexisme dans ces écrits. Or Feynman n’était pas seulement un physicien brillant, il était aussi un excellent pédagogue, un écrivain très drôle, et un bon vulgarisateur. Et très charismatique, une qualité finalement rare chez les physiciens théoriques. On se retrouve donc souvent à le citer sur le rôle de la science dans la société, et la façon doit on fait ou devrait faire de la science.

Exemples (cliquez pour davantage) :

  • Science is the belief in the ignorance of experts.
  • The first principle is that you must not fool yourself — and you are the easiest person to fool.
  • Is no one inspired by our present picture of the universe? This value of science remains unsung by singers, you are reduced to hearing not a song or poem, but an evening lecture about it. This is not yet a scientific age.

Mais oui, il était sexiste (lien, lien, lien). On peut entrer dans une discussion sur le fait que la plupart des hommes de sa génération blabla, mais ce n’est pas ce qui m’intéresse ici. Je sais d’expérience directe que beaucoup de gens brillants ne sont pas des gens bien, ni personnellement ni d’un point de vue moral plus abstrait. Il parait clair que ceci n’est pas spécifique à mon expérience, mais que de nombreux scientifiques, artistes, philosophes, et autres personnes brillantes et dont nous admirons le travail, étaient (ou sont) sexistes, racistes, égoïstes, brutaux, manipulateurs, et/ou arogants, etc etc.

Ce qui m’intéresse ici, c’est pourquoi cite-t-on quelqu’un ?

Il me semble qu’au départ il y a trois motivations de base :

  • Pour affirmer un argument d’autorité, par exemple lorsqu’un chrétien cite la bible. Ce ne devrait jamais être le cas dans une discussion scientifique ou sur la science.
  • Pour la beauté du texte, par exemple lorsqu’on cite un vers de Rimbaut. En soi, la beauté textuelle n’est pas vraiment informative sur la réalité des choses, et donc pas directement pertinente à la discussion scientifique. Donc pas vraiment pertinent non plus (mais péché véniel, par rapport au péché mortel d’argument d’autorité).
  • Documenter ce qui s’est effectivement dit, dans un souci d’authenticité historique ou légale. Si on est engagé dans un débat sur le racisme de Darwin ou l’honêteté de Séralini, c’est pertinent (et même indispensable), mais ce n’est pas me semble-t-il la principale motivation pour citer quelqu’un comme Feynman.

Non il me semble que les citations dans les discussions sur la science sont utilisées de manière justifiée parce que quelqu’un a trouvé une formulation qui résume d’une manière particulièrement claire et informative (et pourquoi pas belle voire touchante) le concept que l’on veut expliquer. Ce n’est pas la citation qui affirme la vérité de l’assertion, mais elle est utilisée comme peuvent l’être un bon exemple, une analogie parlante, ou une maquette d’atome, elle nous permet de communiquer mieux et plus rapidement ce que nous voulons dire.

Par exemple la première citation ci-dessus résume ce que j’ai essayé laborieusement d’expliquer dans un long billet récent, et le résume sans doute mieux.

Par rapport à cet objectif, est-ce que le sexisme de Feynman, ou autres turpitudes morales de personnes connues, est pertinent ? Il me semble que non. La citation continue à jouer son rôle de transmission élégante et efficace d’un message important et pertinent.

Bien sûr, dans le souci d’honnêteté qui doit nous animer, la pendant de cette réflexion c’est que ces défauts ne doivent pas être cachés, mais honnêtement reconnus. Fisher était un raciste qui défendait l’industrie du tabac, ses contributions aux statistiques et à la génétique restent vraies et très importantes, mais ne nous voilons pas les yeux.

Accessoirement, le seul type de citation pour lequel les qualités de la personne citée me semblent vraiment importantes est la première, l’argument d’autorité. Comme personne n’est parfait, c’est un problème pour les sectes en tout genre, et je le leur laisse.

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Cellules souches à l’acide, c’est fini. Quelles conséquences pour la recherche et le rôle des réseaux sociaux?

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Bin voilà, c’est fini. La grande promesse des cellules souches miracles obtenues rapidement pas cher (voir ce billet) est enterrée par le journal qui l’a publiée : Nature a retiré les deux papiers et le commentaire enthousiaste publié en même temps (voir aussi ce billet).

Je suis sur que beaucoup de choses vont être dites et écrites sur ce bazar, mais je voudrais juste revenir ici sur le rôle des médias sociaux, et l’interaction avec la publication classique (voir ce billet pour les types de publication). Pour simplifier, je vais partir du résumé sur le site retractionwatch et de l’excellent blog ipscell.

On rappelle que de nombreux lecteurs (biologistes) du papier ont remarqué et rapporté très rapidement des problèmes potentiels. Mais Nature dit que l’expertise avant publication (peer review) n’aurait pas pu le détecter. Comment cela se fait-il ? Des experts aguerris ne peuvent pas voir ce que voient des doctorants qui lisent le papier ?

En tous cas, Nature dit qu’ils vont maintenant faire plus attention aux figures. Vrai ? Chiche ? Parce qu’à l’heure d’internet, et contrairement aux bons journaux spécialisés, ils ne demandent toujours pas les photos originales en haute définition apparemment. Et ils ont quand même une phrase très étrange dans leur éditorial :

When figures often involve many panels, panels duplicated between figures may, in practice, be impossible for journals to police routinely without disproportionate editorial effort

Euh, le journal scientifique le plus célèbre du monde, dont les abonnements sont très chers, trouve que c’est trop de boulot de vérifier qu’il n’y a pas d’images dupliquées dans les articles qu’ils acceptent ? Et on nous fait ch..r avec les soit-disant problèmes de qualité de PLOS One ?

Et le point où je veux en venir : dans cet éditorial, Nature ne met pas en avant le rôle clé qu’ont joué les réseaux sociaux et les scientifiques qui y sont actifs. Ce sont des forums anonymes et des billets de blog qui ont pointé les problèmes, qui ont rapporté les tentatives de reproduction, et qui ont poussé à une réaction finalement assez rapide des instituts concernés, et d’abord le RIKEN au Japon (Harvard a été nettement moins réactif). Et ensuite Nature a réagi à l’enquête du RIKEN, mais sans ces médias sociaux, il est douteux que cela se soit passé aussi vite.

Et c’est à nouveau très important : comme discuté dans de précédents billets, les articles qui font sensation, qui rapportent des résultats très surprenants et/ou très intéressants, souvent dans de grandes revues un peu « magazine » comme Nature ou Science, sont maintenant sous le scrutin public de milliers de scientifiques pas forcément prestigieux, qui n’auraient pas voix au chapitre s’ils devaient attendre que Nature ou autre leur demande leur avis, mais qui sont rigoureux et passionés et ne laissent pas passer les bétises. Je pense que Nature en a conscience, et ne voit pas cela comme un progrès, avec leurs éditeurs professionnels et leurs abonnements hors de prix. Mais pour la science, pour la communauté scientifique, et pour la confiance que vous pouvez nous faire au bout du compte, je pense que c’est bien un progrès.

Discussion #FacebookExperiment, la suite

Cliquez sur l'image pour un quizz : how addicted to Facebook are you?

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Suite à la découverte par internet le week-end dernier que Facebook avait publié une étude manipulant leurs utilisateurs, il y a eu beaucoup de discussions, et les débats reviennent pour l’essentiel à deux positions :

  • c’est inacceptable de manipuler les gens, et l’acceptation des conditions générales d’utilisation ne vaut pas consentement ;
  • pourquoi en faire toute une histoire ? de toutes façons la publicité, Google, et l’usage habituel de Facebook, nous manipulent bien plus tout le temps, et rien de plus grave que ça n’a été fait.

Voir par exemple (en français) le forum linuxfr ou la position de l’Agence Science Presse, ou (en anglais) le forum Slashdot.

Le commentaire de Pascal Lapointe (de l’ASP) sur le billet précédent apporte un éclairage intéressant : il distingue l’obligation absolue de consentement éclairé, d’une obligation peut-être moins évidente en sciences sociales. Mais il se trouve que le blog Pharyngula cite les principes de l’association américaine de psychologie, qui dit clairement que le consentement éclairé est nécessaire, dans des termes aisément compréhensibles.

De plus, les auteurs de l’étude en sont conscients, puisque premièrement ils disent qu’ils ont ce fameux consentement dans l’article, et deuxièment, et très grave, ils ont rajouté la mention d’études scientifiques dans les termes d’usage de Facebook… après l’étude ! (via The Guardian.) L’article lié note aussi que des mineurs ont pu participer à l’étude, ce qui est normalement très très encadré.

Ca me semble vraiment un aspect très grave de cette affaire. Ils savaient que le consentement éclairé était nécessaire, et ils ne l’ont pas fait. A mon sens, ceci devrait conduire à la rétraction de l’article dans PNAS.

Concernant l’argument « mais on se fait manipuler tout le temps ». On est sensé en être informé. La publicité est séparée de l’information, et marquée en tant que telle. Il est malhonnête, et dangereux, de présenter de la publicité comme de l’information. Or ici Facebook n’a pas « manipulé » les gens sensu publicité, ils ont modifié les nouvelles que des personnes recevaient d’autres personnes, à leur insu, et à des fins d’observer leurs réactions. C’est très différent de la publicité, y compris celle sur Google et Facebook. (Et si vous voulez dire qu’en général Facebook est dangereux… bien d’accord, je n’y suis pas.)

Je remarque cet argument surtout de la part de geeks / informaticiens qui connaissent bien le monde des géants de l’internet, et nettement moins le monde aux règles stringentes de la recherche. Ces règles ont des raisons historiques : il y a eu des abus, et on veut les éviter. C’est pas parce que le web est jeune qu’il peut ignorer cette histoire.

Un excellent article dans le New York Times fait remarquer un autre point : parmi les 700’000 personnes manipulées à leur insu, on n’a aucun moyen de savoir combien étaient dépressives ou suicidaires (et voir ci-dessus sur la possibilité que des adolescents aient participé). Lorsqu’il y a un consentement éclairé et un dispositif expérimental standard, les personnes à risque sont écartées de l’étude. Il peut y avoir des personnes suicidées ou internées suite à cette étude, comment le saurions-nous ? Les 700’000 n’ont toujours pas été informées qu’elles aient participé.

Pour finir sur une note plus légère, j’ai redécouvert via linuxfr un site qui présente les conditions d’utilisation de différents services internet sous forme aisément compréhensibles : cliquez sur l’image ci-dessous. Un excellent service !

facebook_tosdr

Mise à jour importante : le journal PNAS a ouvert les commentaires (via Pascal Lappointe). L’étude et son éthique sont défendues par l’auteur sénior de l’étude mentionnée dans mon précédent billet, qui a manipulé la mobilisation politique des gens durant une élection. Les autres intervenants ne sont pas d’accord avec lui. Moi non plus, pour les raisons expliquées ci-dessus.

Mon étudiante a eu un prix : Sélection naturelle polygénique du système immunitaire dans l’évolution humaine

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Une doctorante que je co-encadre, Joséphine Daub, vient de gagner un prix, et j’en profite pour me vanter et présenter son travail, qui est effectivement excellent et très intéressant. L’idée de départ est de mon collègue Laurent Excoffier, moi je trainais juste dans le coin (et j’ai peut-être contribué un peu aux méthodes et à la discussion).

Daub et al. 2013 Evidence for Polygenic Adaptation to Pathogens in the Human Genome Mol Biol Evol 30: 1544-1558

Il existe trois grands types d’action de la sélection naturelle : pour garder ce qui marche en l’état (dite négative, la plus fréquente), pour fixer des changements qui améliorent les choses (dite positive, rare), et pour garder de la diversité (dite balançante, rare aussi). Détecter la sélection négative c’est relativement facile, c’est ce qui est conservé lors de l’évolution. Détecter la sélection positive est plus difficile, mais potentiellement plus intéressant puisque c’est ce qui expliquera les différences entre espèces, voire entre populations. Une manière de détecter la sélection positive est de chercher des variants du génome (des polymorphismes ou « SNP ») qui ont des fréquences très différentes entre populations. Si certains types de SNP sont très fréquents chez les populations d’altitude (tibétains et andins) mais très rares chez les autres, c’est une indication que ces variants sont avantageux en altitude, et sous sélection positive qui les promeut dans ces conditions. Un des problèmes de cette approche, c’est que chez les humains qui nous intéressent souvent le signal s’il existe est très faible. Donc c’est difficile de détecter de manière fiable une évidence de sélection naturelle dans l’évolution humaine récente (« récente » des biologistes évolutifs : ces dernier ≈100’000 ans).

Et c’est là qu’intervient l’idée de ce travail : utiliser non pas le signal calculé pour chaque gène, mais faire la somme du signal pour des ensembles de gènes qui travaillent ensemble à une même fonction. En effet, les gènes n’agissent jamais seuls pour les fonctions biologiques : ce sont des réseaux métaboliques, des cascades régulatrices, des complexes protéiques, etc. Si une fonction est sous sélection positive, on peut supposer que de nombreuses petites variations dans différents gènes agissant sur cette fonction soient toutes affectées par cette sélection. Donc ce que l’on fait c’est (1) calculer pour chaque SNP le score de différentiation entre populations, (2) corriger ce score en fonction de problèmes connus de démographie, (3) définir des ensembles de gènes fonctionnellement pertinents (en l’occurence de NCBI Biosystems), (4) faire la somme des scores pour tous les gènes de chaque ensemble. Ensuite ça a été un peu compliqué de définir quel est un score significatif parmi des ensembles de gènes de tailles différentes, contenant des gènes de tailles différentes (un grand gène a plus de variants au hasard), avec des gènes en commun entre les ensembles (un gène peut agir dans plusieurs contextes, sans compter que la même fonction peut être décrite deux fois de manières différentes), bref à la fin on peut attribuer un score et une significativité statistique à chaque ensemble de gènes. (Vous êtes en thèse et vous déprimez ? Joséphine a obtenu ses premiers résults en 2 mois, a ensuite passé 2 ans à découvrir des biais et à les corriger, invalidant certains résultats et en découvrant d’autres ; maintenant elle récolte la gloire et les honneurs, mais ce fut dur.)

Et ce qui sort, c’est un petit nombre d’ensembles de gènes soit directement impliqués dans l’immunité, soit indirectement dans la défense contre les pathogènes. Désolé pour ceux qui attendaient des différences d’intelligence et autres bétises, ce qui différencie le plus les populations humaines ce sont les pathogènes (bactéries, virus et autres) auxquels elles ont été exposées dans différents environnements.

La méthode elle-même s’avère très puissante pour de nombreux cas où l’on a un signal faible par gène, mais qui peut se cumuler sur des ensembles de gènes ayant subi la même sélection, et a déjà été appliquée à l’évolution des fourmis (on trouve de la sélection sur le vieillissement, les fourmis vivent bien plus vieux que la plupart des insectes). On est train de l’appliquer à d’autres aspects de la sélection naturelle dans l’évolution humaine, mais pour la suite de l’histoire il faudra attendre qu’on publie les papiers…

Sexe et genre des animaux de dessins animés

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Malgré les efforts récents pour mettre enfin des héroïnes qui n’attendent pas juste leur prince charmant dans les films pour enfants, les dessins animés se trimballent un lourd bagage de héros masculins. Ce qui est rigolo, et me permet de faire le lien avec la biologie, c’est que c’est le cas même quand ils utilisent des animaux qui devraient être féminins… ou plus si affinité.

L’exemple le plus ridicule est surement la vache masculine de « La ferme en folie« , complète avec des pis :

Otis, « vache masculine » (?) de Barnyard / La ferme en folie

Oui parce qu’un film dont les héros sont des vaches ne pouvait pas avoir d’héroïne manifestement. (J’en profite pour saluer l’excellente BD Pi – La Vache, où l’héroïne est clairement femelle et dépote [pas de page Wikipedia ? c'est une honte].)

A peine moins ridicule, les deux gros succès sur les fourmis : fourmiZ et 1001 pattes, ont tous deux des héros masculins, les rôles féminins étant réservés aux reines et princesses bien caricaturales. Alors que c’est tout le contraire, toutes les fourmis sont des femelles, sauf les mâles reproducteurs qu’on pourrait qualifier d’éphémères princes consorts.

Ce qui caractérise tous ces films, c’est qu’alors que pour une fois il y a l’occasion de respecter la vérité en mettant des personnages féminins forts, l’occasion est ratée. Avec les fourmis on avait une super opportunité de guerrières réalistes.

Tout ceci pour nous amener à l’exemple le plus rigolo, qui m’a été rappelé par un billet récent de Dan Graur : Nemo, le poisson clown.

Chez les poissons clowns, une femelle dominante (Coral la maman de Nemo) se reproduit avec un mâle dominant (Marlin le papa de Nemo), plus petit que la femelle. Vivent près d’eux plusieurs jeunes mâles dominés (Nemo !). Quand la femelle meurt, le mâle dominant grossit et devient femelle, et les jeunes mâles se battent, le vainqueur devenant nouveau mâle dominant (aussi expliqué ici). Donc normalement dans Nemo, notre héros aurait du devenir le mari de Marlin devenue Marline. Curieusement, cette version n’a pas été retenue par Pixar / Disney.

Parlant de genres pas reconnus par la Manif contre certains, dans le film relativement récent Turbo, les escargots sont pour la plupart clairement mâles, dont (vous vous en doutiez) le héros (en fait, tous les escargots sauf une – principe de la Schtroumpfette [aussi ici]). Le copain du héros est vexé parce que plusieurs fois on le prend pour une fille, et insiste qu’il est un garçon. Ha ha très drôle, parce que la plupart des escargots sont hermaphrodites, c’est-à-dire qu’ilelles sont à la fois mâles et femelles. D’ailleurs certains peuvent même se reproduire tout seuls. Alors y en a des avec mâles et femelles, mais l’espèce (invasive de France) la plus courante en Californie oùsqu’ils font les films est bien hermaphrodite. C’eut été une occasion amusante de présenter le trans-genre aux enfants, non ?

En ce qui concerne le genre correct des voitures de Cars, je donne ma langue au chat.

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Vous utilisez Facebook, vous êtes donc volontaire pour être manipulé expérimentalement #FacebookExperiment

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[Si vous tombez sur ce billet maintenant, sachez qu'il y a une suite ici.]

Je ne sais pas pourquoi on se fait ch..r dans les hopitaux universitaires du monde entier à réfléchir à des consentements éclairés qui couvrent tous les cas de figure tout en permettant aux patients de comprendre de quoi il retourne avant de donner leur sang. Facebook et le journal de l’académie américaine des sciences (PNAS = Proceedings of the National Academy of Sciences USA) viennent de nous montrer que ce n’est absolument pas nécessaire. On peut apparemment manipuler les gens expérimentalement comme bon nous semble du moment qu’ils ont signé un accord de « conditions générales d’utilisation« , vous savez le long truc légal sur lequel vous cliquez toujours « oui » pour accéder à la suite.

Dans une étude publiée le 17 juin dans PNAS donc, les gens de Facebook ont fait exactement ça : manipuler les gens puisqu’ils étaient apparemment d’acord, ayant signé les CGU (EULA en anglais). L’étude a commencé à faire pas mal de bruit à ce que j’ai vu ce week-end, et voici ce que j’en sais pour le moment. (Ca y est, pendant que je préparais le billet ça a atteint les médias français.)

D’abord, le papier est open access, donc vous pouvez le lire : Kramer et al 2014 Experimental evidence of massive-scale emotional contagion through social networks PNAS 111: 8788–8790.

Quand on dit qu’ils ont manipulé les gens, voici un extrait de l’article :

The experiment manipulated the extent to which people (N = 689,003) were exposed to emotional expressions in their News Feed. This tested whether exposure to emotions led people to change their own posting behaviors, in particular whether exposure to emotional content led people to post content that was consistent with the exposure—thereby testing whether exposure to verbal affective expressions leads to similar verbal expressions, a form of emotional contagion. People who viewed Facebook in English were qualified for selection into the experiment.

Mais la phrase clé est celle-ci :

it was consistent with Facebook’s Data Use Policy, to which all users agree prior to creating an account on Facebook, constituting informed consent for this research.

En d’autres termes, ils ont manipulé les gens à des fins expérimentales en considérant que le fait d’avoir accepté les conditions générales d’utilisation de Facebook suffit comme consentement éclairé (si si ils écrivent « informed consent »). Ceci alors que celles de Facebook sont connues pour être particulièrement peu claires et succeptibles de changer.

Autre truc bizarre : l’étude a été faite par des personnes affiliées à Facebook, et ils déclarent no conflict of interest. Il me semble que Facebook les paye, et bénéficie des résultats de cette étude, non ?

Il y a un énorme débat en anglais que je n’ai pas lu ici, pour ceux qui ont le temps. Aussi à l’heure où j’écris ces lignes, la discussion démarre juste sur PubPeer, un forum dédié aux problèmes avec les articles scientifiques. Et beaucoup d’activité (avec comme d’hab pas mal de bruit) sur Twitter sous #FacebookExperiment (mais peu en français pour autant que je vois). Un bon point de vue sur le blog Pharyngula aussi (qui cite notamment des passages clés des instructions aux chercheurs). Oh et un autre point de vue documenté intéressant ici.

Un échange que je trouve éclairant sur Twitter :

ToU = terms of use. Les deux sont des chercheurs en génomique / bioinformatique. Et justement en génomique on a de gros problèmes avec le consentement éclairé, parce qu’on a souvent des possibilités techniques qui apparaissent en cours d’expérience qui n’existaient pas au départ, donc il est très difficile d’informer. Quand je pense que je me suis embêté dans des discussions avec des avocats et philosophes sur le sujet (et je ne travaille même pas directement avec des données cliniques), alors qu’il suffisait de leur faire signer un accord général d’utilisation de la médecine qui dise en petit « et on fera ce que bon nous semble avec vous, vos données et votre santé », signez ou vous ne serez pas soignés. Trop facile.

Yaniv Erlich continue à défendre l’étude, ou en tous cas à critiquer ses critiques, sur Twitter. Il a notamment fait remarquer les articles plus anciens suivants, qui manipulent aussi les utilisateurs Facebook :

Aral & Walker 2012. Identifying Influential and Susceptible Members of Social Networks. Science 337: 337-341

Dans celui-ci ils ont recruté des utilisateurs par publicité à utiliser une application de partage d’opinions sur le cinéma. Je ne trouve nulle part dans l’article ou les méthodes supplémentaires de mention de « consent » (informed ou pas). Par contre la manipulation n’était pas directe : ils ont juste observé a posteriori comment les gens étaient influencés par les opinions de leurs amis, mais ces opinions étaient authentiques.

Bond et al. 2012. A 61-million-person experiment in social influence and political mobilization. Nature 489: 295–298

Ici c’est plus inquiétant, ils ont envoyé ou pas à des gens des messages de mobilisation politique pendant des élections, pour voir s’ils iraient davantage voter, avec un recrutement qui rappelle celui de l’expérience récente de Facebook :

To test the hypothesis that political behaviour can spread through an online social network, we conducted a randomized controlled trial with all users of at least 18 years of age in the United States who accessed the Facebook website on 2 November 2010, the day of the US congressional elections. Users were randomly assigned to a ‘social message’ group, an ‘informational message’ group or a control group. The social message group (n = 60,055,176) was shown a statement at the top of their ‘News Feed’. This message encouraged the user to vote, provided a link to find local polling places, showed a clickable button reading ‘I Voted’, showed a counter indicating how many other Facebook users had previously reported voting, and displayed up to six small randomly selected ‘profile pictures’ of the user’s Facebook friends who had already clicked the I Voted button (Fig. 1). The informational message group (n = 611,044) was shown the message, poll information, counter and button, but they were not shown any faces of friends. The control group (n = 613,096) did not receive any message at the top of their News Feed.

A nouveau, aucune mention du terme « consent« . Juste ceci dans les méthodes supplémentaires :

The research design for this study was reviewed and approved by the University of California, San Diego Human Research Protections Program (protocol #101273).

C’est un peu court, jeune homme ! On pouvait dire… Oh ! Dieu !… bien des choses en somme sur le fait d’inciter ou décourager des gens de voter dans une élection fédérale.

Finalement, Yaniv signale celui-ci, qui ne manipule pas à proprement parler les utilisateurs, mais étudie juste l’effet d’un changement dans Facebook, qui proposait aux gens d’afficher leur statut de donneur d’organes, ce qui me parait légitime :

Cameron et al. 2013. Social Media and Organ Donor Registration: The Facebook Effect. American Journal of Transplantation 13: 2059–2065

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La première liste complète et scientifique de tous les produits commercialisés réellement sans produits chimiques !

Cliquez sur l'image, BD très pertinente au sujet.

Cliquez sur l’image, BD très pertinente au sujet.

Je vais marcher sur les plates-bandes chimiques de MrPourquoi, mais il faut que je rapporte ceci. Le journal prestigieux Nature Chemistry a écrit hier sur son blog qu’ils avaient reçu un papier très inhabituel, par deux chimistes bien connus dans le monde des blogs et tweets. Dans ce papier, ils proposaient une « étude exhaustive des produits courants vendus comme « sans produits chimiques » (chemical-free), et une analyse détaillée des produits qui sont ainsi vendus de manière justifiée. En bref, il y en a peu. Encore plus bref, voyez le texte de notre manuscrit. »

Malheureusement, le journal n’a pas pu publier l’article, car leur édition papier contient des produits chimiques. Toutefois, ils ont décidé de formater le manuscrit comme s’il était publié dans le journal, et de proposer aux lecteurs du blog de l’expertiser. Je me dois de le partager avec vous.

La voici, la liste exhaustive et complète des produits domestiques sans produits chimiques :

cliquez pour lire le PDF complet, y compris les références.

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Mise à jour : liens tirés de l’article :

1. ‘Chemical-free’ sunscreen: http://campl.us/bmnl
2. ‘Chemical-free’ chemistry set: http://sciencegeist.net/my-chemically-fueled-life/
3. ‘Chemical-free’ bassinets: http://www.nytimes.com/2012/03/15/garden/going-to-extreme-lengths-to-purge-household-toxins.html?pagewanted=1&_r=1&
4. ‘Chemical-free’ eggs: http://justlikecooking.blogspot.com/2012/07/chemophobia-vacation-style.html

Comment utiliser les maths et la génomique à la ENCODE pour mieux comprendre les variations génomiques humaines

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J’ai lu récemment un article qui est assez technique, mais dont je voudrais parler ici d’une part parce qu’il m’a beaucoup plu (geek alert), et d’autre part parce qu’il illustre bien je pense deux points intéressants : le pouvoir de la recherche interdisciplinaire (maths et biologie en l’occurence), et la façon dont les progrès de la génomique et de la bioinformatique augmentent notre compréhension du génome. Ce dernier point implique à la fois des espoirs de diagnostic médical, et des inquiétudes sur la vie privée…

Joseph K. Pickrell 2014 Joint Analysis of Functional Genomic Data and Genome-wide Association Studies of 18 Human Traits. Am J Hum Genetics 94, p559–573

Il faut d’abord expliquer comment on trouve d’habitude des variations génomiques (des mutations pas trop rares) impliquées dans des phénotypes (caractères visibles ou mesurables, dans la variation normale comme la taille, ou pathologiques comme la tendance à certaines maladies). On utilise le GWAS, Genome Wide Association Study, qui consiste à comparer entre groupes de personnes (typiquement, avec ou sans une maladie) des centaines de milliers de variations génomiques, et chercher quelles variations ont une association statistique significative avec la maladie, c’est-à-dire sont plus fréquentes chez les malades que chez les non malades. Avec l’espoir de trouver des causes génétiques de la sensibilité à différentes maladies (ou différents phénotypes normaux).

Le problème, c’est que c’est peu puissant, c’est-à-dire que c’est dur de trouver des variations génomiques signficatives expliquant une part importante de la variatiation phénotypique. C’est là où vient le travail de Jo Pickrell. Il formalize l’intuition selon laquelle une association génomique dans une région connue pour être importante (par exemple un gène) a plus de chances d’être vraiment causale qu’une association dans une région sans fonction connue, voire connue pour être sans fonction. Et du coup, il utilise les données d’ENCODE, qui sont peut-être bruitées et sur-interprétées, mais sont une immense source d’informations sur le rôle potentiel de chacun des 3,2 milliards de nucléotides de notre génome. En combinant cela avec d’autres sources d’information, certaines presque triviales (est-ce un gène ? est-ce à coté d’un gène ?), il obtient une classification des nucléotides en 450 classes de fonction potentiellement différente.

La partie méthodes du papier est pas mal riche en équations. Le concept central est le théorème de Bayes (voir ici par exemple), et je ne vais pas tout détailler, et en plus j’ai les équations qui s’insèrent mal dans WordPress (et j’ai pas envie de débugger), mais voici le point clé pour moi. La probabilité postérieure qu’une région du génome soit associée au phénotype dépend de la probabilité a priori pour ce genre de régions (élevé pour un gène, pas mal élevé pour une région qui fixe plein de facteurs régulateurs, faible pour une région où rien de fonctionnel ne se passe) et du support statistique d’association de chacun des variants génomiques dans cette région (si vous avez le papier, j’en suis à l’équation 17). Et de même, on peut calculer la probabilité postérieure que chacun de ces variants soit celui qui est causalement associé. Et le produit de ces deux probabilités nous donne la probabilité pour un variant d’être associé au phénotype, sachant le type fonctionnel de la région du génome où il est, et sachant toutes les associations statistiques simples dans cette région. Simple et beau.

En applicant cette méthode à 450 types de régions et à 18 jeux de données (variants génomiques liés à phénotypes) de GWAS, il montre par exemple que pour certains types de phénotypes(par exemple la densité des os) on a surtout des variations des protéines qui sont importants, alors que pour d’autres (par exemple le nombre de globules rouges) c’est surtout les variations de la régulation des gènes. Il trouve aussi, de manière pas évidente, que la répression des gènes est souvent plus critique que leur activation. Finalement, la chromatine fermée (partie du génome où l’ADN n’est pas disponible pour l’activité des gènes contenus) contient généralement peu d’associations importantes, ce qui pourrait grandement améliorer la puissance statistique de tests qui n’auraient plus à se préoccuper de cette partie de l’ADN (si on sait bien l’identifier pour les types de cellules pertinentes…).

Et donc pour revenir à mon observation de départ, ce type d’étude me motive pour ne pas être d’accord avec ceux qui considèrent que le séquençage des génomes ne sert à rien ou ne présente pas de risques pour la vie privée. Avec des données fonctionnelles qui augmentent exponentiellement, et les progrès des méthodes mathématiques et informatiques, ce n’est presque plus de la science fiction de prédire des traits intéressants ou génants d’un individu à partir de son ADN. ADN que vous laissez trainer partout où vous passez. Sur ce, bonne journée. :-)

Mise à jour : Joe Pickrell lit le français !

 

Evolution convergente répétée des autruchoïdes et supériorité de la phylogénie moléculaire

cliquez sur l'image, en plus ça vient de Podcast Science

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Une étude du mois dernier renverse notre compréhension de l’histoire évolutive des gros oiseaux qui ne volent pas, genre autruche, éclairant notre compréhension de la convergence évolutive, et dans le même temps montrant l’importance de la phylogénie moléculaire (poke poke collègues du Museum national d’histoire naturelle). En bref, de petits oiseaux volants ont de manière répétée envahi de nouveaux continents, devenant à chaque atterrissage des oiseaux géants non volants. Sauf si un cousin était arrivé avant, enquel cas ils sont restés petits, zut.

Ci-dessous, la figure clé du papier. Il montre les nouvelles relations entre ratites, oiseaux non volants sauf le tinamou qui vole mal : moa de Nouvelle-Zélande (éteint), tinamou d’Amérique du Sud, oiseau éléphant de Madagascar (éteint), kiwi de NZ, émeu et casoar d’Australie mis ensemble, rhea ou nandou d’Amérique du Sud, et autruche d’Afrique (dans l’ordre de la partie C de la figure).

si vous voyez ce texte il y a un problème avec l'image, merci de me le signaler

A : dérive des continents sur la période pertinente ; B : phylogénie (arbre évolutif) supposé par rapport à la phylogénie et la géographie, espèces colorées par continent ; C : phylogénie obtenue dans cette étude.

La phylogénie présentée en B de la figure est celle qui fait sens si on regarde la morphologie des bestioles et leur aire de répartition. On suppose qu’ils ont divergé au fur et à mesure que les continents se séparaient, à partir d’un ancêtre volant mal ou pas du tout, et probablement gros.

Mais ici les auteurs ont récupéré de l’ADN abimé mais encore utilisable d’échantillons préservés des espèces éteintes (les plus grosses, ≈250 kg de viande, donc nous les humains on les chasse, donc éteintes), et ont comparé avec de l’ADN des autres espèces. Et là, surprise, la phylogénie en C de la figure ! Ils ont fait plein de contrôles statistiques, cela semble robuste, avec 15’000 bases d’ADN à comparer au minimum. Ils ont essayé de dater la divergence des espèces, mais là ils manquaient de précision statistique, donc ils sont prudents ; ça semble être de l’ordre de grandeur de juste après la disparition des dinosaures (≈66 millions d’années).

Le problème principal posé est que la phylogénie ne suit pas du tout la dérive des continents. C’est illustré par tous les changements de couleur des branches dans l’arbre phylogénétique. Donc les espèces ont du pouvoir passer de continent en continent. Donc voler. D’où l’hypothèse avancée que l’ancêtre de ce groupe était un oiseau petit (enfin relativement à une autruche – normal, quoi) et volant. Chaque fois qu’un descendant de cet oiseau arrivait dans un continent sans gros herbivore (et tout de suite après les dinosaures y avait pas encore grand chose dans le genre), il avait une tendance à évoluer en gros herbivore non volant : autruche, moa, oiseau éléphant. Mais s’il y avait déjà de la compétition, comme pour l’ancêtre du kiwi arrivant dans une Nouvelle Zélande déjà peuplée de moas, alors cette branche là de la famille restait petite (de taille, mais grande de coeur et de valeur je suis sûr). Vous me direz, comment se fait-il qu’il y ait des émeus et casoars en Australie ? Excellente question, merci de me l’avoir posée, en fait les casoars sont surtout en Nouvelle Guinée, voilà.

C’est une histoire dingue, complètement contre-intuitive. Bien sûr, il se peut que des études futures la prouvent fausse, mais l’étude semble bien conduite et solide (contrairement aux cellules souches, je me sens compétent à juger ici). Si c’est vrai, alors cela montre :

  1. la puissance de l’ADN ancien, qui nous donna déjà Denisova (et ici) et quelques autres suprises.
  2. la puissance de la phylogénie moléculaire et sa supériorité sur la phylogénie morphologique pour comprendre l’histoire évolutive, y compris et surtout quand elle est contre-intuitive, alors que le morphologique tend à confirmer l’intuition.

Pour clore, je vous fourni ce petit indice pour juger d’un domaine de recherche paraissant étrange : si on ne trouve jamais que ce qu’on s’attend à trouver (comme la psychologie évolutive qui confirme à répétition les clichés sur les hommes et les femmes), c’est suspect. Une vraie recherche scientifique trouve pratiquement toujours des surprises. Voir billet d’hier sur les vertues d’avoir tort. :-)

Mise à jour : on me signale sur Twitter un papier sorti en même temps qui trouve des résultats cohérents (bien que avec moins d’espèces) avec davantage de données moléculaires, ce qui est rassurant pour la robustesse du résultat :

 

Les trucs de tonton scientifique pour avoir toujours raison : admettre quand on a tort

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Dans les discussions sur ce blog et ailleurs sur les OGM, certains semblent penser que je suis trop afirmatif. C’est possible. Mais chaque fois qu’on m’a montré que j’avais tort, je l’ai admis :

  • Quand Martin Clavey m’a donné un exemple de phrase sur les OGM qui les survend (par opposition aux phrases catastrophistes), je l’ai mise en avant.
  • J’ai corrigé plein d’erreurs petites ou grandes dues à mon manque de documentation pendant l’interview podcast.
  • Quand un collègue m’a donné une référence montrant que, contrairement à ce que je pensais, le saumon OGM présente un risque, j’en ai fait un billet.

Ceci n’a rien de spécifique à moi. C’est l’approche normale en sciences. Lorsque l’évidence montre qu’on a tort, on change son point de vue. Le résultat peu intuitif de cette approche, c’est qu’en acceptant d’avoir tort, on a de plus en plus raison. En corrigeant au fur et à mesure ses erreurs, et tout le monde fait forcément des erreurs, on se rapproche de la vérité. Pendant ce temps, ceux qui n’admettent pas d’avoir tort continuent d’avoir tort.

Alors cela donne parfois une impression d’arrogance ou de domination de la discussion, parce que si on fait cela depuis longtemps, on en arrive à avoir souvent raison sur pas mal de points, pour de bonnes raisons si j’ose dire. Non pas parce qu’on est plus intelligent ou autrement supérieur, mais par l’application simple de l’algorithme « si j’ai tort, je change d’avis ». Et nos contradicteurs qui ne changeraient pas d’avis ont souvent tort. Il leur suffirait d’admettre leur erreur pour avoir raison, mais si l’on voit une discussion comme un débat à gagner ou perdre plutôt que comme une opportunité de se rapprocher de la vérité, c’est un problème.

Pour le fun, à quoi ressemblaient nos plantes cultivées à l’état de nature ?

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Le site web pro-biotechnologies Genetic Literacy Project propose un petit tour amusant des plantes que nous mangeons, dans leur forme non domestiquée. Pour faire réfléchir ceux qui pensent que nous ne devrions rien modifier, car la nature a été suffisamment bonne avec nous, voici des fruits minuscules, amers et pleins de pépins, et des graines à peine commestibles !

Image de Genetic literacy project. De gauche à droite et de haut en bas, pastèque, maïs, banane, aubergine, carotte, et le truc qui a été diversifié en chou, chou-fleur, brocoli, etc.

Une critique commune envers le mouvement anti-OGM est de noter que de toutes façons nous modifions génétiquement notre nourriture depuis les débuts de la domestication. J’ai traité ce problème rapidement dans le Podcast, et je ne suis pas tout-à-fait d’accord. C’est vrai que c’est une erreur complète de penser que par exemple la banane que nous mangeons est « naturelle ». Mais c’est aussi vrai qu’il y a des différences entre le génie génétique et la domestication par sélection et croisements. Une fois qu’on a accepté ces deux points, on peut essayer d’avoir une discussion raisonable (faut aussi accepter de comprendre les types d’OGM, mais c’est une autre discussion).

Dans le même genre, mais mieux documenté et discuté, y avait un bon billet sur le maïs sur le blog SSAFT.

J’ai cherché d’autres photos de cousins sauvages de plantes cultivées, mais c’est surprenamment difficile à trouver libre de droits (genre Wikipedia). Par exemple la domestication de Capsicum annuum sauvage a donné tous les poivrons et piments, mais je n’ai pas trouvé de bonne photo. Suggestions bienvenues.

Comment écrire un mauvais article : tests multiples, corrélation = causalité, et communiqué de presse mensonger

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Lior Pachter, le lonely cow boy de la bioinformatique, a dégainé à nouveau il y quelques temps (j’ai pris du retard dans la rédaction de billets), mais pour changer il n’a pas attaqué un gros joueur de la bioinformatique (voir ce bilet et celui-ci), mais un article qui a fait pas mal de bruit en début d’année aux Etats-Unis :

J.M. Gilman et al.Cannabis Use Is Quantitatively Associated with Nucleus Accumbens and Amygdala Abnormalities in Young Adult Recreational Users, Neurology of Disease, 34 (2014), 5529–5538.

D’après le communiqué de presse et les interviews de l’auteur, l’article montrerait que même une consommation faible de marijuana cause des lésions au cerveau. C’est possible que ce soit le cas, mais le papier ne montre pas cela. Je vous fais un résumé des erreurs, pour le détail lisez le billet (en anglais) de Lior.

  • Echantillonage faible et biaisé : seulement 20 personnes, et les personnes présentées comme fumeurs occasionnels fumaient en moyenne plus de 10 joints par semaine. On n’a pas la même définition d’occasionnel que l’auteur apparemment.
  • Tests multiples mal corrigés : plus de 120 tests, sans correction appropriée (rappel : quand on fait plein de tests, certains apparaissent significatifs par hasard, sauf si on corrige de manière appropriée). Pire, des tests qui ne passent même pas les critères insuffisants des auteurs sont quand même discutés comme s’ils étaient significatifs, et mis en gras dans les tableaux.
  • Bien sur, les données ne sont pas disponibles, donc on ne peut rien vérifier.
  • Des résultats pas significatifs dans l’article sont discutés comme significatifs par l’auteur dans la presse.
  • Au final, même si tout était bien fait (et rien ne semble l’être), l’étude ne pourrait montrer qu’une association corrélative, avec une causalité inconnue. Mais l’auteur a conclut sur une causalité.

Pourquoi est-ce que je discute ceci malgré mon retard à réagir ? Parce que les mêmes mécanismes sont à l’oeuvre dans de nombreux cas où une étude isolée est utilisée pour appuyer une position qui a un certain appui social.

10 concepts scientifiques dont il faudrait arrêter d’abuser

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Un article récent du blog/magazine techno io9 pose la question à différents scientifiques : « quels concepts sont les plus incompris ? » (en anglais). Les réponses sont intéressantes :

1. Le concept de Preuve, pour Sean Carrol, physicien.

En effet, en dehors des maths, on ne prouve rien, on a un soutien statistique de plus en plus fort pour des modèles décrivant le monde de mieux en mieux. Ce qui pose problème dans la communication scientifique, quand on nous demande si on a la « preuve » du changement climatique induit par l’humanité, de l’efficacité des vaccins, de l’impact (ou non) des OGM, de l’évolution, etc etc. Je suis assez d’accord avec ce problème. Un problème d’ailleurs parallèle est quand on vous demande si vous « croyez » à l’évolution, au changement climatique, etc. Oui au sens d’une opinion raisonnée, mais non au sens d’une croyance religieuse.

2. Le mot Théorie, pour Dave Goldberg, un astrophysicien.

Dans le language commun, une théorie c’est une supposition, one opinion. En science, c’est un édifice théorique (bin tiens) qui décrit un aspect de la réalité, qui est testable et a résisté à de nombreux tests, et qui peut être adapté à de nouvelles connaissances jusqu’à un certain point (par exemple l’inclusion de la génétique dans la théorie de l’évolution). Le problème pour Dave Goldberg c’est la confusion entre ce sens et celle de l’expression du language courant « juste une théorie ».

3. L’incertitude quantique et l’étrangeté quantique, aussi pour Dave Goldberg.

Le problème est l’utilisation de concepts difficiles à comprendre, qui indiquent que le monde à un certain niveau est non déterministe, par toutes sortes de tendances mystiques. Je cite Goldberg : « just because the universe isn’t deterministic doesn’t mean that you are the one controlling it ». La mécanique quantique ne démontre pas l’existence de l’âme (ni de la Force).

4. Acquis contre inné, pour la biologiste évolutive Marlene Zuk.

Je vais citer une partie de son raisonnement, qui vaut le coup :

The first question I often get when I talk about a behavior is whether it’s « genetic » or not, which is a misunderstanding because ALL traits, all the time, are the result of input from the genes and input from the environment. Only a difference between traits, and not the trait itself, can be genetic or learned.

Oui ! Bien évidemment, sans gènes pour apprendre à parler, on ne parle pas français. Mais si on grandit en Chine, on ne parle pas français non plus.

5. Le mot naturel, pour le biologiste synthétique Terry Johnson.

Un cliché des discussions science et société. Les deux points principaux sont bien soulevés par Johnson : (1) est-ce que cela fait sens de distinguer ce que fait un humain (artificiel) de ce que fait une abeille ou un castor (naturel) ? Et (2) spécifiquement pour l’alimentation, c’est plus ou moins impossible à définir, mais pratiquement rien de ce que nous mangeons est sans intervention humaine.

6. Le mot gène, à nouveau pour Terry Johnson.

Il commence par deux points, un où je suis d’accord : on a beaucoup de mal à définir ce qu’est un gène de manière générale, et un où je le suis moins, en répercutant les clichés sur l’ADN poubelle pour lequel on découvrirait plein de fonctions (voir débat ENCODE).

Ensuite il note que le mot gène est souvent mal utilisé quand il est suivi de « pour » ou « de », genre le gène de l’obésité. En fait les variations entre individus, qui nous intéressent le plus souvent dans ces discussions, sont dues à des variations dans les gènes et le reste de l’ADN, qui interagissent entre eux et avec l’environnement. Donc on peut dire « le gène dont certains variants font partie des facteurs de risque pour l’obésité ». Moins sexy.

7. Le terme statistiquement significatif, pour le mathématicien Jordan Ellenberg.

Le point le plus intéressant pour moi, et qui m’a attiré vers l’article via Twitter. En effet, quand on dit « significatif », on comprend qu’un effet a une importance. Or les tests de probabilité utilisés pour parler de significance statistique ne mesurent pas l’importance de l’effet, mais notre capacité à le détecter par rapport à une alternative. Il propose donc « statistiquement détectable » à la place, et la significance serait réservée à la discussion de la taille de l’effet par rapport au phénomène mesuré (10% de différence de durée des enseignements n’a pas la même importance que 10% de différence d’espérance de vie). Je suis tout-à-fait d’accord. D’habitude je clarifie cela en parlant de « significance biologique » (parce que j’étudie la biologie).

8. Le concept de survie du plus apte, pour la paléoécologiste Jacquelyn Gill.

D’une part, ce n’est pas un concept du à Darwin, contrairement à ce que l’on pourrait croire. Et d’autre part, cela évoque un combat continuel dans lequel les espèces s’améliorent forcément. Mais l’évolution peut être neutre, elle peut être adaptative à court terme mais maladaptative à long terme, et l’on peut s’adapter de toutes sortes de manières qui ne soient même pas liées à la survie, mais typiquement à la reproduction (voir billets Ranacaudas et évolution reloaded).

9. La compréhension des échelles de temps géologiques, pour la même Jacquelyn Gill.

Elle râle parce que les gens mélangent dinosaures et hommes de Cro Magnon. Ouais, mais à mon avis plus un problème de culture scientifique que de concepts.

10. Le mot organique (ou biologique), pour l’entomologue Gwen Pearson.

Le même problème que pour le mot naturel. D’ailleurs Pearson met dans la « constellation » de mots qui « voyagent avec organique » les termes « sans produits chimiques » et « naturel ». A noter qu’en anglais « organic farming » a le sens francophone de « agriculture biologique ». Elle râle moins par rapport à la différence, inévitable, entre le sense technique (organique : qui contient du carbone) et le sens courant, mais sur le fait que ces termes indéfinissables recouvrent des réalités variées qui sont alors masquées. On va penser qu’organique ou naturel sont meilleurs qu’artificiel ou synthétique, alors que les champignons vénéneux bio sont bien plus dangereux que l’insuline produite par bactérie OGM. Avec un lien vers un site cool explicant la chimie et les erreurs liées à sa mauvaise compréhension.

(titre corrigé suite à tweet d’Alexandre Moati)

Mise à jour : examples supplémentaires intéressants postés sur Reddit.

Créer des super virus au labo est-il vraiment une bonne idée ? (non)

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Récemment, des chercheurs de l’université de Wisconsin-Madison ont publié un article dans lequel ils rapportent avoir modifié un virus de la grippe pour le rendre aussi dangereux et aussi contagieux que celui de la célèbre épidémie de 1918 (la « grippe espagnole »).

Cet effort a provoqué beaucoup de réactions négatives dans la communauté scientifique (article du Guardian, billet de blog du biologiste évolutif Jerry Coyne, billet de blog du microbiologiste « Mike the mad biologist » ; tout ça en anglais). En gros, la plupart des collègues pensent que dans ce cas précis les risques l’emportent nettement sur les bénéfices.

Bénéfice potentiel : mieux comprendre comment une souche de grippe devient si dangereuse.

Risques potentiels : (1) déclencher une épidémie très grave, et (2) si jamais il y a un problème même mineur ça peut détruire la confiance dans la microbiologie, voire la biologie, durablement. Faut bien dire que le risque 1 semble bien le plus grave, de loin.

J’ai noté un commentaire sur twitter (que je ne retrouve plus) de @tomroud, qui disait qu’après ça, va expliquer rationnellement les OGM sans passer pour un savant fou. En effet.

Ce qui est étrange c’est que le NIH (INSERM américain), d’habitude très à cheval sur l’éthique et tout ça, ait financé des expériences pareilles.

Conclusion : je ne sais pas, c’est un monde fou.

(juste avant que je ne publie ce billet, j’ai vu que c’était couvert dans Le Monde édition abonnés)

Retranscription annotée de mon interview sur les #OGM par @podcastscience

Cliquez pour voir une super animation qui défend les nerds

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J’ai été interviewé en avril sur Podcastscience par Alan sur les OGM. Je prends finalement le temps d’annoter la transcription avec les références et corrections qui ne passent pas en direct à l’oral. J’ai coupé juste la présentation au début de l’émission. (Entre temps, Alan vient de publier un billet où il s’explique sur l’accusion d’être pro-OGM.)

A : Ok, donc t’as absolument aucune espèce d’affiliation ni avec Monsanto, ni avec qui que ce soit. T’as pas d’affiliation ni dans le camp des pros, ni dans le camp des antis OGM, c’est juste ?

M : C’est juste. Je partage mon bâtiment avec des gens qui travaillent en biologie moléculaire des plantes, donc font des OGM, et je suis dans le département d’écologie d’évolution donc j’ai des collègues qui travaillent sur la biodiversité etc…

A : Ok, toi les OGM, on l’a dit, c’est pas exactement ta spécialité. Pourtant, t’as beaucoup écrit sur le sujet sur ton blog qui s’appelle tout se passe comme si. Pourquoi cet intérêt pour le sujet ?

M : Alors mon blog c’est pour parler de biologie et de science et donc, faut pas non plus éviter les sujets qui polarisent la société ou dont les gens discutent. Et je pense qu’en Europe de l’ouest, le problème principal qui est adressé à la biologie c’est la compréhension, l’incompréhension des OGM. Si j’étais aux Etats-Unis, je parlerais sans doute de créationnisme et d’évolution, mais ici, le problème principal, la discussion principale, c’est sur les OGM. Et en fait je me suis mis vraiment à bloguer là-dessus suite à l’affaire Séralini, quand il y a eu un article (je l’ai lu) c’est peu dire qu’il est de mauvaise qualité (j’aurais pas laissé passer ça comme un rapport intermédiaire de Master) et faisait autant de bruit, tout le monde en parlait et donc beaucoup de blogueurs scientifiques ont réagi là dessus, même des gens qui parlent pas habituellement de biologie ou d’OGM et comme il y avait beaucoup de réactions, je me suis intéressé au sujet et puis voilà.

A : Ok. Bon, alors ce soir on va aborder tout un tas de sujets, on va parler de génétique, d’évolution, de santé d’environnement, de faim dans le monde, de mentalités, de multinationales, de risques. Je compte sur toi, évidemment, pour qu’on parle avant tout de science. On va quand même commencer par travailler nos fondamentaux. Un OGM, c’est une notion qui correspondant à quelque chose ?  Ça existe un OGM ? C’est quoi ?

M : Techniquement, ça existe, c’est-à-dire qu’un OGM c’est une façon de modifier la biologie, de travailler en biologie donc. Dans les années 70, quand ça a été inventé, on appelait ça l’ingénierie génétique, genetic engineering, gene engineering et il s’agit d’utiliser des outils de biologie moléculaire pour découper des gènes, les sortir de leur contexte et les mettre dans un autre contexte et les faire actif dans cet autre contexte. Donc ça peut être d’une souche de bactérie à une autre, ça peut être d’une espèce de bactérie à une autre,  ça peut être d’une espèce de bactérie à une espèce de plante. Comme tous les êtres vivants partagent exactement la même structure de l’ADN, il n’y a aucun problème à le déplacer d’une espèce à une autre. Donc c’est ça qui fait la grosse différence avec les autres techniques, c’est qu’on n’a pas les même contraintes. On a les contraintes des techniques de biologie moléculaire mais pas les contraintes qui viennent de quelles espèces  veulent bien se reproduire ensemble ou veulent bien s’hybrider.

A : D’accord. Parce qu’on pourrait se dire qu’en fait de la manipulation génétique on en fait via la sélection artificielle depuis au moins 10000 ans. Mais ce que tu dis c’est que là c’est un petit peu plus en fait ; on traverse la barrière des espèces.

M : Alors la barrière des espèces, on la traverse déjà depuis longtemps. En soi, les oranges c’est un hybride de mandarine et de pomelos, deux espèces différentes d’agrumes, mais c’est des espèces d’agrumes. D’accord ? Et il y en a beaucoup comme ça : le blé domestique est un hybride de plusieurs espèces d’herbacées qui ressemblent plus ou moins à du blé mais qui font des graines beaucoup plus petites et qu’on a sélectionnées au cours des générations pour faire du blé comme nous on le connait. Donc il y a beaucoup de cas où on a passé la barrière des espèces, mais en général entre espèces proches. Et puis ensuite dans la nature ça arrive assez fréquemment que la barrière des espèces soit passée. En fait la technique de base pour les OGM c’est d’utiliser le fait qu’une bactérie en particulier, agrobacterium, passe facilement ses gènes dans les plantes. Donc en fait on donne un gène à agrobacteirum et agrobacterium le passe à la plante. Et ça c’est quelque chose d’assez naturel. Et parmi les bactéries c’est très commun. C’est-à-dire que si vous étudiez des bactéries, il y a toujours 5%-20% qui viennent d’autres espèces, dans toute bactérie.

A : Ok donc finalement il n’y a rien de vraiment exceptionnel avec la technique. Est-ce que l’évolution n’est pas une grosse usine à OGM, d’une manière ou d’une autre ? C’est juste que là ça va plus vite, on sélectionne ce qu’on va faire, on peut cibler, on peut viser.

M : Une technique c’est un moyen de faire ce qu’on veut plus vite, plus efficacement, donc on peut comparer en chimie, quand on utilise des catalyseurs, c’est une réaction qui pouvait se produire thermodynamiquement mais la fait se produire plus rapidement. Donc c’est à peu près pareil que la catalyse. J’ai fait une fois un titre de billet de blog qui s’appelle : les OGM n’existent pas, là ou ils n’existent pas, c’est au sens du plus gros du discours public. C’est-à-dire, quand on dit des choses comme “les OGM vont résoudre la faim dans le monde”, “les OGM sont dangereux”, “les OGM sont mauvais pour la santé”, “les OGM détruisent la biodiversité”, c’est une technique pour bouger un gène d’un endroit à un autre. En soi, ça ne détruit pas de biodiversité, ce n’est pas bon pour la santé, ce n’est pas mauvais pour la santé. C’est comme avec la catalyse, on peut faire toute sorte de produits chimiques, des inoffensifs, des dangereux, des bons pour la santé. En soi, c’est abstrait, on peut faire tout ce qu’on veut avec. Donc dans le sens où c’est utilisé dans le discours public, non, les OGM n’ont pas un sens très fort. Ce n’est pas une catégorie qui a un sens et pour moi, c’est ce qui me gène le  plus dans le discours public. On met dans une boite “OGM” des choses qui ne vont pas ensemble.

A : C’est intéressant comme point. Du coup, je me demande, aux Etats-Unis, on les appelle maintenant des GEO, à la place des GMO donc c’est les genetically engineered organism, c’est respectivement GEP et GEA pour les animaux et plus OGM, est-ce que ça contribuerait déjà à préciser un peu les choses ? Si on changeait comme ça les appellations, ou même pas tellement finalement on parle d’une espèce, de gros machin, gros concept en mélangeant tout.

M : Alors déjà je pense que du point de vue communication ce qui pose problème  c’est le mot gène, ce n’est pas le mot modifié ou organisme. Il y a certains mots comme ça qui sont des mots qui alarment les gens, c’est comme nucléaire. Quand on a mis la résonance magnétique nucléaire à l’hôpital, on l’a appelé l’imagerie à par résonance magnétique.

A : On a viré le nucléaire

M : Le mot nucléaire a disparu. Pour les OGM peut-être qu’on aurait du faire ça au début mais maintenant c’est trop tard, maintenant si on change le nom personne ne va être dupe quand même. Donc maintenant si on appelle ça des “organismes améliorés magiquement” ça ne va pas marcher.

A : Ok et puis est ce que les labelliser peut éventuellement changer quelque chose ?

M : Alors c’est la grosse discussion aux Etats-Unis. Aux Etats-Unis, les OGM sont légaux, sont très utilisés, sauf quelques utopistes, la plupart des verts américains n’espèrent plus les enlever. Ils voudraient qu’ils soient labellisés pour que les gens ne les achètent pas. Alors, il y a beaucoup de combat là-dessus, beaucoup de mes collègues scientifiques aux Etats-Unis sont opposés à la labellisation parce que, comme je disais les OGM, ce n’est pas une catégorie qui a un grand sens. Donc, si on met ce label OGM, on va faire peur aux gens  y compris sur des produits complètement inoffensifs et les rassurer sur un produit où il y aura écrit non OGM qui pourra être dangereux. Donc après il n’y a pas beaucoup de discussion là-dessus en Europe donc je ne suis pas très sur de ce qui serait la meilleure solution. Il me semble qu’on pourrait en profiter pour faire de la pédagogie, distinguer les types d’OGM c’est-à-dire qu’on pourrait dire “ça, ça a été fait avec un OGM dans lequel on a rajouté un gène venant d’une bactérie” dans ce cas là si vous ne voulez vraiment pas avoir d’OGM qui viennent d’autres espèces, vous le savez. Mais il y a des OGM dans lequel on n’a pas rajouté de gènes, parce qu’on peut faire tout ce qu’on veut avec la génétique. Donc il y a des OGM où on a juste éteint un gène qui était là. Ou on a bougé un gène ou on a multiplié un gène. Donc c’est la même espèce, on a bougé entre deux variétés de la même espèce. Par exemple comme le croisement qui fait l’orange. Juste plus rapidement. Donc si on avait une labellisation qui permettait de distinguer les OGM ce serait peut-être informatif parce que là, on pourrait voir. Ok, moi je ne veux pas, par exemple, manger de maïs qui exprime un insecticide. Par contre je veux bien celui qui résiste à un herbicide, parce que résister à un herbicide ce n’est pas que j’ai ajouté quelque chose je l’ai juste empêché d’être susceptible à l’herbicide. Ce n’est pas du tout la même chose que d’exprimer un insecticide. Donc je ne pense pas personnellement que le maïs qui exprime l’insecticide soit dangereux j’ai aucun problème à en manger, mais si des gens veulent pas en manger, ça, ça serait légitime. De l’afficher. Mais afficher juste OGM en général, ça n’a pas de sens.

A : Ca ne veut rien dire. Ok, bon tu as touché un point sensible, le mot génétique qui fait peur il y a un côté un peu mythe de Prométhée, on joue aux apprentis sorciers, non ?

M : Toute la science. Je veux dire le mythe de Prométhée c’est sur les humains qui prennent la connaissance des dieux. Donc toute la science, on fait ca maintenant. On est dans le monde, on a le choix entre ne pas comprendre ce qui se passe et subir, ou comprendre ce qui se passe. Moi, je suis scientifique, ce qui m’intéresse c’est de comprendre. Après il y a un domaine un peu séparé même si c’est lié, c’est l’ingénierie, donc quelque part le génie génétique, les OGM c’est de l’ingénierie. L’ingénierie c’est : j’utilise cette connaissance pour agir. Alors on pourrait se contenter de savoir et ne pas agir, en principe c’est possible. Quand on connait la solution qui peut aider et qu’on ne l’applique pas on peut aussi discuter que c’est peut être un tort. Que c’est peut être une non assistance quelque part. Si je connais la solution, si je suis capable de mettre des moteurs à essence dans les ambulances pour que ça aille plus vite qu’être tiré par des chevaux, que je le fais pas, j’ai peut être tort. D’accord même si les moteurs à essence c’est dangereux, ça pollue, ça coûte cher. Donc quelque part est-ce que si on a la solution, on a le droit de ne pas l’appliquer, c’est une question.

A : Est-ce que c’est vraiment la solution ? Parce que d’un autre coté ça fait un peu peur comme on l’a dit, il y a cette notion de principe de précaution. Dans ce contexte ça peut sembler légitime. On ne voudrait pas d’un nouveau scandale de l’amiante.

M : Alors sur l’amiante je ne suis pas spécialiste, d’après ce que j’ai compris ça faisait très longtemps qu’on connaissait les risques, simplement les gens n’étaient pas très prêts à agir. Et il y a aussi une composante sociale. C’est-à-dire dans tout ce qu’on fait il y a une balance risque/bénéfice qu’on accepte, quand on prend la voiture, on sait qu’il y a beaucoup de morts sur la route, pourtant on prend quand même la voiture pour aller plus vite. Il y a toujours un risque bénéfice. On boit du café, on sait que le café a un léger facteur de risque pour des problèmes cardiaques, on le boit quand même. Parce qu’on veut se réveiller. Donc je pense que dans notre société le rapport risque/bénéfice tel qu’il est perçu a changé avec le temps. Donc à l’époque où on a découvert le problème de l’amiante, on était beaucoup moins sensibles aux risques et beaucoup plus aux bénéfices. Donc le risque/bénéfice était perçu comme favorable au bénéfice. Et avec le temps, cette perception a changé. Bon. C’est comme je comprends les choses, je suis ni historien ni spécialiste de l’amiante. En tout cas, ce qui n’est pas le cas et que j’ai lu plusieurs fois c’est que les scientifiques auraient affirmé pendant 100 ans que l’amiante n’était pas dangereux à tort. Et sachant que c’était dangereux peut-être même. Ça c’est faux. On peut trouver des publications des années 1930 et même avant qui détaillent les risques. On savait comme pour le tabac, ça date des années 1920-1930 qu’on sait les risques. Simplement, globalement dans la société on n’était pas prêts à agir sur ces risques. Donc c’est suite à ce genre de problème qu’il y a le principe de précaution. Je ne suis pas juriste comme je comprends le principe de précaution c’est “stop quand quelque chose de nouveau, tant qu’on ne comprend pas on préfère par défaut ne pas avancer”. Et en fait les biologistes sont tout à fait sensibles à ça. Quand le génie génétique a été inventé dans les années 70 les généticiens se sont réunis ont dit “stop”, on fait quelque chose de complètement nouveau c’est la première fois qu’on peut découper un gène et le bouger, ils ont fait un moratoire, c’est les biologistes qui ont décidé de ce moratoire. Le temps de comprendre ce qu’ils faisaient et ils ont redémarré quand ils comprenaient ce qu’ils faisaient.

A : C’était quand ça t’as dit ?

M : Dans les années 70

A : Ok, ça a duré combien de temps ?

M : Ouh, faudrait que je vérifie, de l’ordre de grandeur 5 ans. [vérification : 1 an]

A : Ok.

M : Et quand les OGM sont arrivés sur le marché donc, pour la premières fois on a fait ça à grande échelle, moi j’étais étudiant en thèse de biologie. Moi je me suis dit attention, qu’est ce qu’il se passe, il faut comprendre. Surtout que je fais de la biologie évolutive, j’étudie les génomes, je sais par exemple que les gènes peuvent passer entre espèces alors que certaines personnes pensaient que c’était pas possible. Donc si on met un gène dans l’environnement et qu’il passe entre espèce ça peut être risqué. Donc je comprends parfaitement le fait d’être prudents quand ça arrive. Maintenant le principe de précaution tel que je le comprends ne dis pas : “toute technique qui existait pas du temps de mes grands parents ne doit jamais être mis en œuvre” et c’est un peu l’interprétation que j’entends des fois, c’est-à-dire que c’est bon, les OGM ça fait longtemps qu’on s’en sert, ça fait très longtemps qu’on s’en sert au labo, ça fait plus de 10 ans que c’est cultivé à grande échelle, c’est suivi comme aucune autre innovation, il y a aucune autre agriculture qui est autant suivie, il y a un monitorage pas croyable, y a des tonnes d’études qui avaient pour but de montrer qu’il y avait des problèmes et il n’y a pas de problème. Donc à ce niveau là je pense que le principe de précaution tel que je le comprends, je ne suis pas juriste, mais tel que je le comprends il ne s’applique pas, c’est-à-dire que c’est bon, on a l’information, il n’y a pas de risque particulier.

A : Ok, on reviendra là dessus après parce qu’on va discuter de qui finance ces études et de ce genre de choses et encore quelle est leur crédibilité.
J’aimerais qu’on commence par un volet santé. Quand on a d’éminents généticiens, je pense notamment à Pierre-Henri Guyon, qui nous disent qu’on ne peut jamais savoir ce qui va se passer quand on met un gène dans un nouvel environnement génique, il y a forcément un peu de vrai, non ?

M : Alors tout d’abord, Pierre-Henri Guyon que je respecte beaucoup comme généticien de l’évolution, il n’a aucune compétence en santé. Pour être clair, c’est quelqu’un qui est spécialiste de la génétique des populations des plantes, ce qui est très bien mais il n’a pas de compétences en santé, moi non plus mais je prétends pas. Ensuite c’est vrai que tout ce qu’on fait dans un monde complexe on ne sait pas tout ce qui va se passer, si on met de manière absolue, c’est-à-dire qu’on doit absolument savoir avec une certitude ou on ne sait pas, on ne sait rien. On revient à Descartes, je pense donc je suis, tout le reste je ne le sais pas. Mais on n’agit pas en fonction de Descartes d’habitude. On agit comme si on savait un peu plus que je suis. Donc on doit prendre en compte des proba finalement, on doit prendre en compte qu’est-ce qui est probable, qu’est ce qui est improbable et on fait un risque/bénéfice en fonction de risques probables ou de risques improbables, de bénéfices probables, de bénéfices improbables. On connait quand même bien la biologie moléculaire. C’est vrai qu’on ne connait pas tout ; j’étudie les génomes on découvre beaucoup de choses, mais quand on prend un gène qui fait une enzyme c’est ce que fait ce gène, c’est la fonction qu’on connait le mieux des gènes, de faire des enzymes. C’est ce qu’on étudie depuis les années 40. On le met dans un organisme, dans un contexte où il exprime cette enzyme, on vérifie au labo qu’il exprime l’enzyme et qu’il ne fait rien d’autre. C’est bon, à ce niveau là on sait que ce gène fait cette enzyme. Une enzyme, on sait ce que ça fait, ça catalyse une réaction chimique, ça fait pas des choses autres. Si on mettait un gène qui régule d’autres gènes, on ferait une cascade complexe, et je trouve cet argument un peu fallacieux parce qu’on fait tout le temps des mélanges dont on ne sait pas le résultat. J’ai eu une discussion il y a 2 ans sur twitter, sur quelqu’un qui était anti OGM et puis quand je clique sur le lien, son business c’est de vendre en France des plants de tomates sauvages du Pérou. Est ce que quelqu’un a déjà fait pousser des plants sauvages de tomates du Pérou en France ? Est ce qu’on sait l’effet, l’impact sur l’écosystème ? Est ce qu’on sait s’ils vont s’hybrider avec d’autres plantes ? Est ce qu’on sait s’ils vont se répandre dans la nature ?  Est-ce qu’on sait ce qui va se passer quand les animaux de France vont les manger ? Ça a été étudié tout ça ? Ce truc qui vient avec 25000 gènes, c’est une plante qui n’a jamais été en France, pourquoi ça c’est bien et mettre une enzyme dont je sais quelle enzyme c’est, c’est dangereux ? Quand je mélange plusieurs ingrédients que j’avais jamais mélangé avant dans une recette ça n’avait jamais été mélangé avant. Je sais pas ce qui va se passer, je fais l’hypothèse de rajouter un peu de curry à ma sauce ça va pas me tuer, c’est des probabilités. Je le sais pas, je ne peux pas l’affirmer avec certitude, je n’ai aucune  preuve que de rajouter un peu de curry à ma sauce ne va pas me tuer. Mais on accepte ce risque. Parce qu’on sait quand même assez, on a assez d’expérience sur le problème, c’est que mettre le curry dans la sauce, on en a tous l’expérience. De jardiner et de planter une tomate dans son jardin, tout le monde a soit l’expérience soit un copain qui l’a fait. On l’a vu c’est quelque chose dont on a l’expérience. La biologie moléculaire, c’est un domaine très récent, compliqué, et dont les gens n’ont pas l’habitude. Et dans les études de perceptions du risque, c’est clair que les deux facteurs principaux c’est : 1) est-ce qu’on se sent en contrôle, c’est pour ça qu’on n’a pas a pas peur au volant de sa voiture quand on prend un risque et qu’on a peur dans les montagnes russes quand on n’a pas de risque, c’est parce qu’on n’est pas en contrôle, et 2) est-ce qu’on a l’habitude, donc les gens ont beaucoup plus peur d’un truc nouveau que d’un truc qui existait. C’est pour ça qu’on voit José Bové, qui a peur des OGM, qui fume la pipe. Le tabac c’est mortel. Le tabac c’est un poison, c’est très mauvais. C’est beaucoup plus mauvais qu’aucun OGM. Je veux dire si on sortait le tabac aujourd’hui par génie génétique ça passerait pas la première étape des tests de validation ce serait interdit de le cultiver.

A : Espérons…

M : Ça couvre des millions d’hectares dans le monde, c’est un poison. Et ce qu’on fume et ce qui est mauvais pour vous c’est un insecticide, le tabac a développé ça pour tuer les insectes. Et des gens, qui ont peur d’une petite quantité d’insecticides, fument. Donc non, on ne peut jamais vraiment savoir mais on peut avoir des probabilités assez fortes et c’est forcément comme ça qu’on vit.

A : Ouais, et puis ce que tu dis c’est que il faut le tester finalement. Si on veut connaitre ces rapports coûts/bénéfices qui sont jamais nuls. Il ne faut pas qu’on s’interdise d’essayer au moins.

M : Oui. Alors les OGM sont testés. En fait c’est les seuls plantes testées. C’est à dire que je peux prendre une plante, l’irradier à la radioactivité pour créer des mutations, ensuite croiser les plantes irradiées entre elles, regarder les résultats et vendre les graines sans aucun test. C’est complètement légal. Je peux même le vendre en bio. Mais par contre si je prends l’OGM dont je sais quel gène je prends, je le mets dans une plante, là c’est un OGM, là il y a des tests, et il y a des tests extrêmement stringents. Et l’autre truc qui est assez surprenant c’est que beaucoup de gens anti OGM disent d’un côté il faut tester, il faut savoir ce qu’il se passe, mais quand on fait des tests ils les détruisent et là il y a quand même une contradiction. C’est à dire que si vous voulez qu’on teste les choses, faut pas détruire les tests. Et ça c’est une des choses, en tant que scientifique, moi comme tu disais au début, je ne travaille pas sur les OGM je n’ai pas personnellement des billes là dedans, mais en tant que scientifique quand des gens détruisent des tests scientifiques ça pour moi c’est inacceptable.

A : Ton sang ne fait qu’un tour.

M : C’est complètement inacceptable. Je veux dire, on n’a pas à détruire des tests scientifiques. On doit comprendre le monde pour pouvoir mieux y vivre et juste fondamentalement pour le comprendre. Et chaque fois, et la première action des faucheurs volontaires en France, avec José Bové c’était pour détruire un essai public, ce n’était pas Monsanto, c’était l’INRA le CIRAD. C’était financé par le contribuable et c’est ça qui a été détruit. Donc aujourd’hui  il n’y a que Monsato qui fait des tests et Syngenta parce que c’est les seuls à avoir les moyens. On a mis des barrières administratives très très lourdes, donc il y a beaucoup de tests sécurités à faire et ceux qui ont les moyens de faire ces tests de sécurité c’est Monsato, c’est Syngenta. Ce n’est pas un laboratoire public. Ce n’est pas une startup. Donc on se trouve dans une situation qui finalement avantage ces groupes. Ils n’ont aucune concurrence. Monsanto domine le marché parce que personne d’autre n’a envie de s’embêter avec ces tests. Il n’y a certainement pas une startup qui va perturber le jeu. Si on avait mis des contrôles pareils sur l’informatique, on aurait encore IBM. Mais on n’aurait pas Microsoft ni Apple ni Google ni Facebook, (bon on pourrait se passer de Facebook). On n’aurait pas Doodle, on n’aurait pas Skype. Rien de tout ça, parce que si il fallait prouver par des tests très chers que chaque nouvelle outil informatique n’est pas dangereux, personne ne le ferait. Y aurait pas les startups de la Silicon Valley. Il y a pas de Silicon Valley des OGM parce que c’est impossible de démarrer les choses. Alors je ne dis pas qu’il ne faut pas tester du tout mais là on a d’un coté un test énorme pour les OGM et d’un autre coté aucun test pour le reste. Je peux hybrider deux plantes au hasard et vendre ça, c’est légal. Je peux prendre une plante du Pérou et la vendre en France c’est légal.

A : J’ai même lu qu’on pouvait faire des mutagenèses aléatoire, c’est un truc que je connaissais pas du tout.

M : Ça, c’est dont je parlais avec la radioactivité, soit la radioactivité, soit des produits chimiques. Donc la mutagenèse aléatoire donc tous les organismes vivants mutent en moyenne, nous deux qui nous parlons des deux cotés de la table on a 200 mutations qui nous séparent chacun de nos parents, nouvelles à chacun de nous. Tout le monde mute. Mais ces mutations il y en a pas tant que ça, sinon on survivrais pas et, en moyenne, elles se produisent dans des régions du génome qui servent à rien, qui sont pas fonctionnelles. Et les plantes c’est pire, les plantes ont d’énormes génomes avec plein qui ne sert à rien et donc dans la mutagenèse aléatoires ce qu’on fait c’est qu’on augmente le taux de mutations, en fait c’est les cancérigènes, parce que les cancers c’est des mutations et le cancer c’est quand vous avez des mutations qui font que vos cellules ne se régulent plus bien. Et dont on met des cancérigènes, ça fait des mutations, on le fait parce qu’on peut le faire avec plein de graines de plantes ou plein de levures par exemple c’est fait dans la bière, ou dans la levure de pain. On peut faire à grande échelle donc on peut virer ceux qui marchent ceux qui feraient des cancers etc… Et on garde ceux qui ont la propriété qu’on veut. Mais ceux qui ont la propriété qu’on veut, on le voit juste, on regarde la plante et on voit qu’elle nous plait mais on ne sait pas quels gènes ont été touchés. Et probablement le gène qui nous intéresse ou d’autres qui font la même chose ont été touchés et plein d’autres choses, on ne sait pas.

A : Mais c’est une technique très courante ce truc là ?

M : Oui.

A : Ah ouais?

M : Oui très courant.

A : Donc c’est très courant, c’est potentiellement assez dangereux puis ce n’est pas testé du tout et on en parle jamais.

M : Potentiellement dangereux. Un peu plus dangereux que les OGM mais pas très dangereux quand même.

A : D’accord.

M : Mais non c’est vrai qu’on en parle très peu. Parce que ça se fait depuis les années 60, 50 même et comme on en a l’habitude, ce n’est pas sur le radar.

A : Ouais c’est ça. Mais ceci dit les OGM on devrait en avoir un petit peu l’habitude aussi quand même. Bon en Europe c’est un peu différent mais aux Etats unis ça fait plus de 30 ans qu’on en bouffe et les américains ont leur problème, obésité tout ça, mais enfin ce n’est pas lié aux OGM. Si ça posait un gros problème de santé d’une manière ou d’une autre, aujourd’hui on le saurait, on a assez de millions d’individus qui sont concernés pour qu’on ait des chiffres.

M : Tout à fait. Je veux dire si il y avait un problème intrinsèque aux OGM, on l’aurait vu parce que les américains en mangent, que le bétail en mange, y compris le bétail européen parce qu’on importe des OGM, notamment du soja OGM pour nourrir les vaches suisses ou françaises. Mais il n’y a pas de raison, comme je disais toute à l’heure. Les OGM sont pas une catégorie qui fait sens. Il n’y a aucune raison mécanistique si je puis dire, aucune raison en sachant ce que c’est de penser que les OGM puissent faire un problème de santé. En soi, les OGM c’est le résultat d’une technique, mais cette technique on peut faire toute sorte de choses avec, je pourrais faire qu’un OGM exprime une plante qui produise du venin. Ce serait un peu débile mais je pourrais. Je pourrais aussi exprès vendre au marché des amanites tue-mouche mais personne ne le fait. Donc en principe on fait des choses qui sont pas mauvaises mais après pour les Etats-Unis, alors d’une part on voit que l’opposition aux OGM est beaucoup moins dominante qu’en Europe, d’autre part elle existe quand même mais on voit qu’il y a des études de sociologie et on peut les corréler avec toutes sortes d’autres théories du complot et opposition au monde moderne. Donc c’est les mêmes gens qui sont opposés au vaccin, qui pense que l’attentat du 11/09 c’était un complot etc. etc. C’est assez corrélé tout ça. [Note pour re-préciser le contexte de cette remarque : cela concernait spécifiquement l'opposition radicale aux OGM aux Etats-Unis, et c'est documenté, voir ici. Cela ne concernait pas tous les opposants aux OGM partout.]

A : Ok.

M : Donc, c’est des gens qui n’ont pas confiance dans ce qu’on dit officiellement et donc cherche une vérité alternative, vérité le mot est pas très bien choisi, cherchent une information alternative et puis pour beaucoup il y a cette (je sais pas comment dire en français) “fallacy”, erreur de logique qu’on a, naturaliste, de penser, si ça m’a l’air naturel c’est bon, si ça a pas l’air naturel ce n’est pas bon. A nouveau les études montrent que ce qu’on pense être naturel c’est ce qu’on connait depuis longtemps parce qu’il n’y a rien qui est naturel autour de nous, je veux dire aucune des choses qui sont dans vos jardins sont naturels.

A : C’est vrai, c’est peut être bien de le rappeler, les chiens et les chats sont le produit de la sélection naturelle, les carottes survivrait pas sans intervention humaine, les trucs qu’on croit être naturel comme le maïs. Je me rappelle d’une photo de téosinte sur SSAFT, le blog de Taupo, c’est une espèce de machin imbouffable, il a vraiment fallu des milliers d’années d’hybridation et de sélection artificielle avant que ça commence à ressembler à quelque chose. Mais c’est vrai qu’on y est tellement habitués qu’on a l’impression que c’est naturel.

M : Et c’est plus profond que ça, c’est-à-dire que si vous voulez trouver de la forêt vierge non touchée par l’homme, dite primaire, il ne faut pas juste aller au fond de l’Amazonie. Il faut aller le plus loin possible et faire encore trois ou quatre jours de trek. C’est à dire que même ce qui vous parait être de la foret vierge, là où vont les documentalistes, c’est quelque chose qui a repoussé après avoir été détruit par l’homme. Peut-être détruite il y a 100 ans, peut être il y a 200 ans mais qui n’est pas primaire. Il n’ y a plus de foret primaire en Europe. Aucune, on a tout détruit au moins une fois et toute la faune et la flore autour de nous, on a déjà modifié. Dans nos rivières d’Europe de l’ouest on a des carpes elles ont été introduites par les romains à partir d’Asie mineure.

A : Ça fait un moment qu’on joue avec le feu.

M :  Et je vois des publicités, voilà c’est une canette d’une boisson toute naturelle. Euh à mon avis les canettes poussent pas sur les arbres, la boisson, les ingrédients ils se sont pas mis tout seul en sautant dans la nature, donc rien n’est naturel là dedans, le mélange est pas naturel le fait que ce soit une canette n’est pas naturel, donc la perception du naturel c’est complexe, c’est quelque chose pour les sociologues. Je ne sais pas mais en soi rien de ce qu’on mange n’est naturel sauf si vous décidez d’aller vivre au fin fond des bois et que vous mangez que des fruits que vous cueillez vous même, des fraises des bois mais bon courage pour passer l’hiver.

A : Ouais c’est probablement le meilleur moyen de mourir de faim. Ou de s’empoisonner. Ok, mais quand même si un OGM produit son propre insecticide, il est forcément mauvais pour la santé, enfin un insecticide c’est par définition toxique. Aussi pour l’humain non ?

M : Alors oui et non. C’est à dire que nous on n’est pas des insectes. Donc on est capable de faire des insecticides relativement spécifiques, quand on dit spécifiques c’est sur que les insectes sont des animaux nous on est des animaux c’est difficile de faire quelque chose qui va être très mauvais pour les insectes et absolument inoffensif pour nous. Ce qui va différencier c’est la dose. C’est-à-dire que nous on va tenir une dose beaucoup plus grande que l’insecte donc une petite dose va tuer l’insecte quand une grande dose nous tuerait. Quand une grande dose, pardon, ne tue pas. Mais ensuite on met toujours des insecticides, il n’y pas de culture, il n’y a pas d’agriculture sans insecticide. Ça n’existe pas. Alors comment on met l’insecticide et lequel on met, c’est ça la question. Quand l’insecticide est par l’OGM, on contrôle la quantité finement on en met beaucoup moins parce qu’il est là où on veut, si je pulvérise l’insecticide j’en mets partout, si je le fais OGM je le fais s’exprimer qu’il soit actif à l’endroit où l’insecte va manger. Et au moment où l’insecte va manger donc je peux en avoir moins plus tard, donc ensuite oui il y a un léger risque mais il faut aussi savoir que dans tout ce qu’on mange il y a un risque. Toutes les plantes qu’on connait, ça fait des centaines de millions d’années qu’elles vivent à coté des insectes, et que les insectes essaient de les manger, les plantes n’ont pas envie d’être mangées. Donc toutes les plantes ont développé des insecticides, toutes les plantes expriment des insecticides [Excellent article "Dietary pesticides (99.99% all natural)"] et en fait ces problèmes là, ils sont pas tant pour le consommateur, à partir du moment où vous avez une alimentation variée, il n’y a aucun de ces produits qui va s’accumuler en grande quantité chez vous et c’est pas très dangereux. Par contre les agriculteurs qui manipulent beaucoup les plantes ça peut être un problème, donc tous les ans il y a des dizaines d’ouvriers agricoles hospitalisés aux Etats-Unis parce qu’ils ont trop cueilli de pommes de terre céleri [Mea culpa ! voir ici], et que les pommes de terre le céleri produisent des substances dangereuses, c’est pas dangereux pour vous qui mangeaient des pommes de terre du céleri de temps en temps, mais c’est dangereux pour quelqu’un qui passe des mois à ne faire que ça, ceuillir du céleri des pomme de terre.

A : Mais donc là on ne parle même pas d’insecticide qu’on aurait rajouté.

M : Non non, là c’est naturel.

A : Ok.

M : C’est la pomme de terre le céleri qui veut se défendre contre les insectes. Et l’ouvrier agricole est une victime collatérale. Mais toutes les plantes font ça, le tabac c’est un insecticide qu’il produit, mais c’est très courant. La caféine, c’est un insecticide.

A : Absolument.

M : La caféine que nous on apprécie; et toutes les plantes se défendent contre les herbivores. Et nous quand on dit herbivores on pense vache mais du point de vue d’une plante; le plus gros herbivore c’est les insectes. Les insectes herbivores c’est leur problème principal. Donc ils sont dans une course aux armements avec les insectes herbivores depuis que les insectes et les plantes existent c’est-à-dire quelques centaines de millions d’années. Donc oui, idéalement on mangerait sans insecticide mais il faudrait le faire dans des conditions où il n’y a pas d’insectes, donc si il y a des gens qui veulent éliminer tous les insectes de la terre, qu’ils se manifestent, et puis on sait pas faire, donc il y en aura toujours, il y en a beaucoup moins dans l’OGM, d’insecticides, parce qu’on maîtrise la quantité exactement.

A : Ok, ben puisqu’on en est au chapitre des insecticides profitons en pour ouvrir un volet environnement, là je ne vais pas y aller par 4 chemins, est ce qu’on sait si le maïs BT donc, c’est un OGM, qui contient son propre insecticide est plus ou moins bon pour l’environnement, que les pulvérisations d’insecticides sur le maïs non OGM du champ d’à coté, voir bio.

M : Alors par rapport au bio, je ne connais pas d’études. Par rapport aux pulvérisations, d’abord il y a eu une étude, une seule, que je connaisse qui a montré que le maïs BT pouvait poser des problèmes à d’autres insectes que ceux qui sont cibles en grande quantité. Ils ont mis des quantités énormes en laboratoire, et ça pose problème. Ils ont également montré que dans la nature, à coté du champ de maïs BT, un peu de maïs allait dans l’habitat de ces insectes. Mais dans cette étude ils n’ont pas comparé à ce qu’il se passe quand on pulvérise. Le BT c’est ce qu’on pulvérise en bio aussi. Le BT qui est dans le maïs BT. Simplement au lieu de mettre la molécule dans la plante on pulvérise directement la bactérie qui contient la molécule.

A : Ok.

M : Je ne connais pas moi de comparaison directe j’ai jamais vu d’étude qui montre non plus, j’ai cherché à un moment donc à un moment comme je parlais des OGM sur mon blog, j’ai cherché à équilibrer, comme tu disais je n’ai pas de billes dans ce jeu donc j’ai cherché à équilibrer, j’ai vraiment cherché des articles qui montrent, scientifiquement fondés, des problèmes avec les OGM, c’est très très dur. J’ai demandé aussi à un collègue qui fait de la recherche en écologie s’il y avait des références, il ne m’en a pas donné. Donc j’ai trouvé cette étude tout seul. Mais j’ai pas trouvé d’études qui montre vraiment un problème dans l’environnement. Par contre, ce qu’il y a récemment c’est pas avec les insecticides c’est avec les plantes qui sont résistantes à un herbicide, on tue aussi beaucoup d’autres herbes, c’est-à-dire qu’on modifie nos plantes pour qu’elles soient résistantes à un herbicide, ensuite on met l’herbicide, l’herbicide qui est général, c’est-à-dire qu’il tue toutes les herbes, devient spécifique parce qu’on a rendu une plante résistante. Donc il tue toutes les herbes sauf celles qu’on veut, ce qui est très bien pour l’agriculteur qui doit mettre beaucoup moins d’herbicide, donc moins dépenser, moins faire de sortie avec son tracteur qui dépense de l’essence, moins mettre de produit dans l’environnement mais par contre c’est un herbicide très large, donc ça tue certaines herbes qui sont nécessaires notamment au papillon monarque. Donc là il y a un impact qui est un impact d’utiliser beaucoup cet herbicide en fait. Donc si on utilisait un autre herbicide je ne sais pas le contrôle a pas été fait, que les Etats-Unis prennent une route différente en agriculture il y a 15 ans, peut être que de toute façon avec l’agriculture intensive on aurait menacé ce papillon, c’est très très difficile à savoir. Et le papillon n’est pas en soi menacé, ce qui est menacé c’est les populations dans ces régions là. C’est-à-dire que le papillon monarque lui même au niveau mondial il n’est pas en voie de disparition, mais ça peut avoir des impacts comme ça. Mais je pense que ça c’est un impact et c’est une question qui se pose sur les OGM, plus les problèmes de monoculture et d’avoir une seule approche que des OGM. Parce qu’à partir du moment où on a une seule approche qui couvre des millions d”hectares alors tout petit problème monte en échelle. Ce n’est pas un problème spécifique des OGM. Il y a un rapport qui est sorti ce soir sur le blog du CNRS, sur le fromage comté AOC dans le Jura français. Et comme c’est beaucoup plus rentable pour un paysan du Jura français de faire du comté AOC que de faire autre chose, ils en font tous. Comme l’AOC a des règles très strictes ils suivent tous les règles donc ils font tous exactement pareil, il y a pas d’OGM impliqué c’est au contraire de la tradition réglementée, mais comme tous les prés fonctionnent de la même manière que tous les élevages fonctionnent de la même manière, il y a certaines espèces de campagnols qui prolifèrent beaucoup trop, qui en retournant la terre permettent à certains champignons nocifs de proliférer, qui  dérangent d’autres espèces et en fait on met en l’air l’écosystème aussi et la biodiversité. Ils suivent ça depuis les années 90, ça fait 20 ans, la biodiversité baisse à cause du comté AOC. En fait le problème bien sur ce n’est pas le comté AOC, le comté AOC c’est très bon mais le problème c’est que si on fait un seul type de culture sur une grande région on va poser problème et ça c’est vrai que ce soit OGM ou pas OGM.

A : Ce n’est pas un peu pire avec les OGM, non ? On a cette impression comme ça dans le grand public.

M : Je pense qu’on a cette impression pour deux raisons, l’une c’est que comme un OGM, une nouvelle technologie c’est toujours un investissement au départ. Les premiers à avoir acheté des tracteurs c’étaient des grosses fermes. Et les premiers à avoir acheté des OGM, c’est aussi des grosses fermes. Parce que c’est plus cher à l’achat et en plus on a développé les OGM là où c’est rentable, c’est-à-dire sur des choses qui se font en grande culture. Quand vous développez pour la première fois une nouvelle technique, vous la développez pas pour un marché de niche vous la développez pour le marché le plus grand possible, donc, le maïs, le soja, les marchés gros où beaucoup de gens ont les moyens d’acheter vos graines. Donc c’est là où il y a des monocultures que les OGM sont arrivés. C’est un peu dans l’autre sens, il y avait déjà des monocultures sur les champs de maïs dans le Midwest américain, ça date pas des années 90, on trouve ça depuis très longtemps et c’est là que les OGM étaient rentables. Et l’autre problème c’est, comme on disait toute à l’heure, comme c’est très cher de développer un OGM avec tous les tests de sécurité que ça implique très peu de compagnies en développent, très peu de diversité, très peu diversifié. Donc si je suis un paysan américain et que je veux acheter une plante pour laquelle je peux utiliser un herbicide qui n’est pas dangereux et dont je dois en mettre peu, je dois acheter un seul OGM c’est celui de Monsanto. Qui a une seule variété, c’est tout [en fait il semble qu'il y en ai plusieurs, mais je ne trouve pas le nombre exact]. Si je veux acheter une plante qui produit son propre insecticide donc moi je n’ai pas besoin de pulvériser d’insecticide, ni dans l’environnement, ni sur moi, ni sur mes ouvriers agricoles, ça me coûte beaucoup moins cher, c’est moins mauvais pour ma santé, j’utilise moins mon tracteur j’ai une seule possibilité c’est Monsanto. Alors que les autres on les laisse pas développer, mais du coup ça diminue la diversité c’est sur, mais en soi c’est pas les OGM, c’est parce qu’il y a une technique qui est tellement meilleure que les autres et que les autres on les laisse pas arriver. C’est un peu comme un moment donné les ordinateurs, il y avait que des PC sous Windows c’était tellement difficile de rentrer dans le marché. Ce n’est pas qu’en soi l’informatique oblige à une uniformité, c’est qu’à un moment Windows dominait mais comme il n’y a pas de règlements qui a empêché d’autres gens d’entrer dans le marché, maintenant ça s’est beaucoup plus diversifié. Puis de toute façon maintenant le système d’exploitation de l’ordinateur c’est égal parce qu’on va par le web.

A : C’est très juste.

M : Mais c’est très similaire, c’est-à-dire que là on a quelque chose qui est dominé par une seule compagnie parce qu’on ne laisse pas les autres s’imposer.

A : Un des arguments qu’on entend souvent dans le camp anti OGM c’est quand même celui de cette perte de la biodiversité. On a un commentaire de Martial de Montmollin qui nous a été remonté par Xavier Durussel qui disait : “les OGM impliquent une diversité génétique très restreinte des plantes cultivées, souvent des clones donc une sensibilité plus grande aux maladies émergentes et la favorisation des résistances. Cette critique concerne également les semences non OGM à très faible diversité génétique”. Comme tu viens de le dire mais, c’est vrai ça ? Est ce qu’utiliser des OGM ça implique des clones ?

M : Ça dépend comment on les fait. On peut faire des OGM de plein de manières différentes. Pour l’agriculture intensive en générale,  on a intérêt à utiliser des clones, c’est-à-dire que l’agriculture intensive c’est une industrie. A nouveau, comme tu l’as dit au début, je ne suis pas spécialiste mais bon c’est assez facile à comprendre. Si je fais quelque chose à grande échelle je veux que ce soit reproductible, je veux que ce soit prévisible, je veux que tout ça marche pareil. MacDo utilise une seule variété de pommes de terre pour leurs frites parce qu’ils veulent que ça marche toujours pareil. C’est une industrie, un petit cuisinier d’un restaurant sympa n’est pas obligé d’utiliser toujours la même variété de pommes de terre. Donc quand vous avez des fermes à grande échelle, quand vous avez de l’agriculture intensive, vous avez intérêt à utiliser des choses qui vont toujours marcher pareil, qui sont très prévisibles, qui vont germer en même temps, qui vont réagir de la même manière à vos produits etc. donc vous n’avez pas acheté de la biodiversité parce que peut être c’est mieux dans 10 ans mais vous voulez faire des sous cette année. Ça c’est un problème de l’agriculture intensive en soi et d’ailleurs dans la remarque que tu viens de me lire, il disait “qui n’est pas spécifique des OGM”. Donc ça c’est assez typique, c’est-à-dire que c’est une réaction à une discussion sur les OGM, mais c’est un problème pas spécifique des OGM. Alors pourquoi c’est dans une discussion sur les OGM ? Qu’est ce que ça fait dans une discussion sur les OGM si ce n’est pas typique des OGM ? Qu’est ce que ça avoir avec les OGM ? Si on arrête les OGM ça va être pareil, si vous allez dans les plaines de la Beauce en France, il n’y a pas de diversité, c’est toujours la même variété de blé dans un champ. Parce que c’est rentable c’est des grosses exploitations qui sont rentables, et bon, rentable ça fait un gros mot pour certains mais c’est grâce à ça qu’on ne meurt pas de faim. Je veux dire les paysans gagnent leur vie et on a assez à manger. Jusqu’au 19ème siècle les famines c’était encore quelque chose d’assez courant en Europe. Dans les années 1870 on pensait encore que ce serait jamais possible de nourrir tous les paysans allemands, il y en avait trop, ils seraient toujours pauvres, ils auraient toujours faim. Bon, les paysans allemands de nos jours je pense que ça va, et les autres allemands aussi ! Avec beaucoup moins de proportion de la population qui est paysanne. Donc il y a des défauts, c’est toujours pareil c’est toujours un risque/bénéfice, c’est toujours un trade off, comment on dit en français.

A : Un compromis.

M : Un compromis, mais les OGM ils ont pas grand chose à voir avec ce compromis. Alors si je veux me faire l’avocat du diable, si on laissait les biologistes moléculaires des plantes développer ce qu’ils ont envie, et quand je visite leur labo ils ont plein d’envies et ils sont très frustrés qu’on les empêche. Eux ils sont au courant de ces problèmes, ce sont des biologistes c’est pas des industriels, ils aimeraient bien développer des choses avec plus de diversité, on a des techniques moléculaires aujourd’hui qui permettent de générer automatiquement de la diversité. Donc on pourrait faire des OGM où dans votre sac vous avez directement un mélange qui a de la diversité génétique sur la plupart des traits, mais les traits importants pour le paysan sont uniformes. On saurait techniquement faire ça aujourd’hui, mais c’est interdit. C’est interdit en Europe et aux Etats-Unis c’est possible mais c’est tellement cher que ça ne vaut pas le coup, et de toute façon vous aurez des oppositions énormes. En Floride récemment  ils ont des problèmes, toutes les oranges sont en train de mourir, ils ont cherché pendant des années un moyen par des croisements, par de l’agronomie classique de faire des oranges résistantes à la maladie, ils n’y arrivent pas. En passant un gène d’épinard ça devient résistant.

A : Ok.

M : Ça fait une levée de boucliers énorme parce que le jus d’orange de Floride aux USA, c’est une institution. Donc comme ça vient de l’enfance des gens, de l’enfance de leurs parents, de l’enfance de leurs grand-parents, ça rentre dans la catégorie de ce qu’on attend être naturel même si c’est pas du tout naturel d’avoir des oranges en Floride et que c’est encore moins naturel de l’emmener à l’autre bout du pays en camion. C’est pas grave c’est naturel donc on va pas faire un jus d’orange OGM, c’est horrible même si les gens disent à leurs enfants de manger des épinards et que c’est un gène d’épinard, c’est pas quelque chose d’extraordinaire, donc on a les solutions mais tant qu’on les bloque on peut pas arriver. Mais la diversité on peut la faire.

A : Pour revenir à la question de l’environnement et puis du maïs BT, on se demande quand même si c’est des biologistes qui sont derrière parce que d’un autre coté la sélection naturelle continue de dicter les règles du jeu, on a vu dernièrement je crois que c’est la semaine dernière qu’un papier est sorti sur des insectes qui sont devenus résistants au maïs BT c’est un truc qu’on aurait pu prévoir non ?

M : On l’avait prévu.

A : Mais qu’est ce qu’il s’est passé alors ?

M : Il s’est passé que les biologistes dans les universités l’ont prévu mais on est ni au contrôle de Monsanto, ni au contrôle de grandes fermes.

A : Ok, donc les biologistes l’ont prévu mais on les a pas écoutés.

M : Ben non, je veux dire, de même que les informaticiens peuvent prévoir des problèmes de piratage de logiciels ou de bugs mais que ce n’est pas Microsoft qui va les écouter. Donc Monsanto c’est Microsoft. Je n’ai pas non plus particulièrement de sympathie pour Monsanto, c’est une grosse boite qui fait des bénéfices qui veut continuer à faire des bénéfices et si on leur dit “ben dans 15 ans ça marchera plus mais pendant ces 15 ans vous allez faire des bénéfices records” c’est tout choisi quoi. C’est très clair, et si on dit à Microsoft que votre logiciel il est buggé mais vous allez en vendre des millions ils le vendent, donc c’est très clair ça.

A : La comparaison est très parlante. Si on revient un petit peu sur l’environnement, le problème de la contamination. Alors ça c’est un argument anti OGM qui revient tout le temps. Avant de parler du champ du voisin, ben regardons dans une perspective un peu global. Donc voilà encore un commentaire qui nous a été envoyé par Martial de Montmollin qui est président des Verts Vaudois, donc pour nos amis français, ça veut dire qu’il fait de la politique dans un parti écologiste. Il est de formation scientifique, il est ingénieur forestier, il est passionné de science et de philo, juste pour situer un peu le personnage et puis donc il nous dit : “On introduit dans la nature des gènes et/ou des combinaisons de gènes qui ne s’y trouvent pas à l’origine. Or une dissémination de ces gènes est possible, non seulement au sein de l’espèce (par exemple entre la variante sauvage et l’OGM d’une même espèce), mais également entre les espèces (il y a de nombreux exemples en biologie). Le risque est donc que la dissémination devienne hors de contrôle et ait un impact important sur la biosphère. En guise d’analogie, on peut penser aux nombreuses espèces déplacées d’un continent à l’autre, souvent pour de bonnes raisons, et qui sont devenus invasives et qui implique que nous n’avons maintenant presque plus d’ormes (à cause de la graphiose originaire d’Amérique), que des pans entier de montagnes sont colonisés par le Buddleia (p.ex. en-dessus de Villeneuve), que de très sérieux risques planent sur le frêne (à cause de la chalarose d’origine asiatique) et qu’un plan national doit être mis en place pour sauver le châtaignier (à cause du cynips également d’origine asiatique), etc., etc.Bref, pour gagner peut-être quelques francs à l’hectare, on prend des risques qui peuvent nous coûter très, très cher.”

M : A nouveau, on revient à la question des “on ne sait pas ce qui va se passer”. Donc, en pratique on voit pas cette dissémination, alors moi je pense que quand les OGM ont démarré c’était un des risques rationnels auquel on pouvait faire attention. De fait ça se passe pas. Je remarque aussi quelque chose d’assez paradoxal dans les arguments anti OGM c’est-à-dire qu’on nous dit régulièrement, d’un coté ce que vous faites n’existe pas dans la nature parce que vous mélangez des gènes d’autres espèces, et d’autre part on vous dit c’est très dangereux parce qu’après les gènes peuvent se balader, ça arrive tout le temps dans la nature. Alors faudrait savoir, les gènes bougent dans la nature ou ils ne bougent pas ? Faut être cohérent là. Mais à part ça, je pense que les espèces invasives c’est un très gros problème mais beaucoup plus gros, parce que les espèces ça se reproduit et ça se dissémine, ça on le sait très bien et vous ne trouverez pas de biologiste qui dit le contraire, mais en général les OGM qu’on fait il faut bien voir que c’est des choses qui nous arrangent nous, ça arrange pas l’espèce. De même que si je prends un pékinois et que je le balance dans les bois, il va mourir de faim assez rapidement, ce n’est pas un loup, la plupart des OGM de nos plantes domestiquées et de nos animaux domestiques, ils n’ont pas des traits très avantageux dans la nature, sans nous. Sans nous qui les aidons. Donc par exemple, on fait du blé ou du maïs qui fait des graines très grosses parce qu’on veut les manger. Donc ce qu’on dit à la plante c’est, “investi toutes tes ressources dans tes graines, t’occupe pas du reste”. Et le reste, c’est nous qui nous en occupons. Nous on s’occupe de tuer les insectes, nous on s’occupe de t’arroser, nous on s’occupe de te donner des fertiliseurs etc. Dans la nature, la plante elle doit répartir ses ressources. Il y a les graines, il y a le fait de pousser et d’atteindre le soleil, en concurrence avec les autres plantes, là il n’y a pas de concurrence, le champ il n’y a qu’une plante, il y a le fait de survivre quand il y a une période de sécheresse, il y a le fait de survivre à des insectes ou de les combattre en produisant un insecticide etc. Elle, elle doit répartir ses ressources, donc si je prends une plante qui produit des graines très très grosses, anormalement grosses, que je la mets dans la nature elle ne survit pas. On a un exemple récemment aux Etats-Unis, ils veulent commercialiser un saumon OGM, c’est le premier animal OGM. Qu’est ce qu’il fait ? Il grossit beaucoup plus vite. Ils ont bidouillé son hormone de croissance. Pourquoi ils ne grossissent pas aussi vite dans la nature ? Donc il y a des écolos qui ont dit “c’est dangereux parce que si il va dans la nature, il va être en compétition avec les autres, il va grossir plus vite et il va tous les tuer.” Non ce n’est pas vrai, ce n’est pas comme ça que ça marche dans la nature [Correction sur ce point : ce saumon présente un risque spécifique, voir billet de blog]. C’est dangereux de grandir trop vite, quand vous avez une période de disette vous mourrez. Les autres saumons ils grandissent pas si vite, pas si gros parce que ils doivent tenir un équilibre, ils doivent répartir leurs ressources, ils doivent pas seulement grossir avec nourriture à volonté et choix de la reproduction offerte par l’éleveur, ils doivent se battre pour trouver des proies, se battre avec d’autres prédateurs, se reproduire se déplacer, tenir le coup quand il fait trop froid, trop chaud, tenir le coup quand il n’y a rien à manger. Ces saumons-là quand on les mets dans la nature, ils sont morts en moins d’un an, c’est sûr. Finalement, il y a un mot que tu as utilisé et qui revient tout le temps dans la discussion sur les OGM et c’est un mot qui me frappe parce que quand on parle de contamination ça implique forcément quelque chose de négatif. Je dis pas que quand j’arrose mon herbe je contamine ma terrasse avec de l’eau, si je mets un peu d’eau sur la terrasse. Je dis pas que quand il y a des coquelicots qui sont rentrés dans un champ de blé, et regardez un champ de blé il y a toujours des coquelicots, c’est très joli, je dis pas que le blé est contaminé par des coquelicots. Même si les coquelicots ça se mange pas, donc quand on dit que quelque chose de non OGM est contaminé par un OGM, on implique que c’est mauvais donc en fait on braque la discussion. Ça a pas de sens si l’OGM n’est pas mauvais alors “contamination par les OGM” c’est une phrase qui n’ pas de sens en soi, ça veut dire quoi être contaminé par quelque chose qui n’est pas mauvais. Ça n’a pas de sens. Le seul sens que ça a comme je le comprends c’est une décision qui a été prise a priori, avant qu’on ait les éléments pour dire l’agriculture bio ne peut pas avoir d’OGM. On a pris cette décision avant d’avoir les éléments sur les dangers ou pas des OGM, sur leur utilité ou pas. On l’a pris très tôt. A partir du moment où on a pris cette décision, effectivement quelqu’un qui fait du bio ne peut pas avoir d’OGM mais ce n’est pas un problème des OGM c’est un problème de la définition du bio. C’est le même problème qu’on ne peut pas vendre de la viande halal si il y a du porc dedans, parce que ce n’est pas la faute du porc, c’est la faute de la définition du halal. Je peux pas vendre de la viande halal non plus si il y a du cheval, je peux pas vendre du casher si il y a du porc ou des crevettes mais ça c’est pas un problème qui fait qu’on devrait interdire partout le porc, le cheval, les crevettes, c’est un problème de définition du halal et du casher. Quelque part le problème du bio, qui est parti d’un très bon principe, en se mettant des définitions a priori qui sont quelque part libres de faits, libres d’éléments rationnels, se met dans une situation telle que quand le reste du monde change, comme ils ont fixé des règles qui ne sont pas ouvertes à la discussion et bien ils sont menacés par le reste du monde et la solution qui consiste à dire “moi je me suis fixé ces règles, le reste du monde ne doit pas changer parce que ça va me déranger” c’est comme si les amish voulaient interdire les voitures aux Etats-Unis, quelque part c’est pas possible.

A : Ouais, enfin d’un autre coté c’est une réalité avec laquelle il faut composer. Il y a des agriculteurs qui ont fait le choix d’être bio, qui se sont fait labelliser et qui se retrouve avec, qui perdent leur label à cause des contaminations des champs voisins, non ?

M : C’est possible, je suis pas ça de très près, je veux dire c’est les label bio qui prennent la décision. Moi je suis ici en tant que scientifique, en tant que scientifique j’ai rien à dire sur comment on fait un label bio, quelque part c’est du commerce sur le label bio, c’est essentiellement un truc de marketing donc si quelqu’un veut mettre un label bio ou pas et que ça interdit quand il y a une graine d’OGM qui est tombé dans le champ, c’est pas mon problème. Mon problème c’est d’expliquer ce que c’et un OGM, comment c’est fait, quels risques ça a, quels risques ça a pas, si ça a pas de risques moi je vois pas le problème. Comme je ne vois pas le problème de manger de la viande de porc si elle est bien cuite. Maintenant si quelqu’un ne veut pas ne manger, c’est son choix mais ce n’est pas à moi de discuter de combien de % de porc fait de la viande pas halal.

A : Ouais mais ce choix justement est-ce qu’on l’a toujours ? J’essaie de me mettre dans les baskets des l’agriculteur bio qui se fait chier pour respecter le cahier des charges ?

M : Mais il y a plein de choix qu’on n’a pas. Si moi je faisais un choix : je ne veux manger que des plantes qui étaient originellement en Europe. Aucune plante qui a été apportée en Europe par les humains. Pas de maïs, pas de tomates, pas de poivrons, Ok ? Pas de blé, parce que le blé il vient d’Asie centrale [Croissant fertile, ma langue a fourché]. C’est là où il a été domestiqué. Je peux faire ce choix, ce choix il a une base raisonnable comme beaucoup de choix sur le naturel si on veut. Je ne pourrais pas le faire, je ne pourrais pas faire un jardin où je garantisse qu’il n’y aucune contamination de plantes. Supposons même que je dise juste l’ancien monde. Pas de plantes américaines. Ça va être impossible de faire à un endroit un champ ou je garantis que j’ai aucune contamination de maïs, de tomates, de poivrons etc. en Europe parce que partout ces plantes, elles sont là. Est ce que j’ai le droit de dire, comme moi ça me fait plaisir de faire ça, vous devez arrêter les autres cultures. C’est interdit le maïs, interdit les tomates, interdit les poivrons, parce que moi j’en veux pas, je ne veux pas la chance qu’une graine vienne dans mon jardin. Non, on n’accepterait pas ça, on n’accepterait pas parce que ça fait longtemps, on s’est habitués. J’ai oublié de nommer les pommes de terre comme truc qui est venu d’Amérique. Quand ces trucs sont arrivés, on en avait pas l’habitude ça a été très difficile de convaincre les gens de manger des pommes de terre. Maintenant on a l’habitude, c’est naturel de manger des pommes de terre, ça a pas été naturel, ça vient pas d’ici les pommes de terre. Les pommes de terre ça vient des Amériques. Donc je ne vois pas en quoi de mettre un label arbitraire dans un sous-groupe de la population peut empêcher tous les autres de faire quelque chose. Si il y a aucune base rationnelle. J’ai lu récemment sur internet que le ministre français de l’agriculture disait : “il faut refaire une discussion sur les OGM avec une base rationnelle”, mais on sait quelle sera la conclusion de cette discussion puisqu’on connait déjà les faits. On sait déjà, que les OGM commercialisés n’ont pas de risques, on sait déjà comment ça marche. Donc sa discussion ça va être pour passer du temps mais au bout du compte on connait les résultats. Il n’y a aucune base rationnelle à, en général, interdire les OGM. Peut être qu’il y un OGM qui pose problème, c’est sûr si on ne développe pas assez d’OGM, un jour il y en a un qui posera un problème, c’est obligé si on fait assez de médicaments, il y en a un qui a des effets secondaires indésirables. Ce n’est pas pour autant qu’il faut interdire tous les médicaments, à tout jamais.

A : L’heure tourne je crois que ça fait déjà presque une heure qu’on a commencé, on ne voit pas le temps passer, je propose qu’on avance un peu parlons de l’éléphant dans la chambre, Monsanto. Il me semble qu’il y a un peu un amalgame dans l’esprit des gens entre OGM et Monsanto. Monsanto, c’est le diable ?

M : Moi je ne suis pas économiste, pour beaucoup de gens ça a l’air d’être le diable, j’ai jamais vu de raisons objectives pour ça. Je sais qu’il y a un documentaire qui a eu beaucoup de succès qui disait beaucoup de mal de Monsanto “The world according to Monsanto”. Donc après, pourquoi Monsanto c’est le diable en ce moment je ne sais pas, à un moment c’était Nestlé, je peux dire qu’à un moment j’ai milité pas mal dans les droits de l’homme et toutes les grosses multinationales font des choses horribles, elles ont toutes fait assassiner des syndicalistes dans les pays du tiers monde, je veux dire des choses vraiment horribles. Total, Coca-Cola, Nestlé, toutes. Pourquoi Monsanto en particulier ? Je n’en sais rien.

A : Ils font breveter le vivant ? Par exemple ?

M : Alors ça c’est quelque chose je suis contre, personnellement. C’est une discussion qu’on peut avoir, est-ce qu’on peut breveter le vivant ou pas. C’est-à-dire que c’est une question générale. D’un coté il y a des gens qui disent, et ils n’ont pas totalement tort, que c’est très très difficile d’innover et de faire du progrès sans protection des brevets, d’un autre coté moi je constate, en tout cas dans ce que je connais, beaucoup d’abus des brevets. Donc que ce soit en génétique ou en informatique les brevets me semblent plus être une force négative que positive, mais je sais pas, je suis pas super compétent mais disons, c’est clair que par exemple que quand une compagnie brevette un gène humain, le test sur un gène humain, le BRCA1 de dépistage du cancer et fait que ce test est plus cher que de séquencer tout le génome de la personne, il y a un gros problème. Ça a été récemment annulé par la cour suprême américaine qui a quand même dit que le gène n’était pas brevetable mais le produit du gène est brevetable, ce qui est complètement absurde parce que le produit des gènes aussi il existe dans la nature. En principe, on peut breveter un processus mais pas un produit naturel. Les plantes qui sont produites par la biotechnologie c’est ambigu, moi, je serais personnellement pas très favorable à leur brevet mais je pense c’est une question un peu différente. Mais de toute façon faut être clair, comme toutes les choses dont on discute, ce n’est pas spécifique aux OGM. On peut breveter une plante hybride, on peut breveter un mutant obtenu par mutagenèse non dirigée. Ce n’est pas spécifique aux OGM.

A : Ok sur Monsanto, toujours il y a la question des changements économiques que ça suppose, encore un extrait que nous a envoyé Martial de Montmollin, il nous dit : “Les OGM changent les structures économiques de l’agriculture par une brevetisation accrue des cultivars [=variétés cultivées] entre quelques mains jusqu’à un oligopole. Théoriquement, c’est aussi le cas avec la sélection. Mais cette dernière peut être réalisée par n’importe quel agriculteur, ce qui n’est pas le cas de la technologie OGM qui nécessite de grosses structures.”

M : Alors c’est vrai que toutes les approches plus technologiques ont tendance à concentrer, c’est-à-dire qu’elles peuvent être faites que par des grosses compagnies. Mais c’est vrai aussi de la mutagenèse non dirigée, les hybrides en générale, il faut en croiser beaucoup, je veux dire, le développement d’un hybride qui est réellement utilisable, c’est 20-30-40 ans de R&D [probablement un peu moins en moyenne, je me suis emporté à l'oral], c’est énorme, c’est pour ça que ces compagnies passent OGM parce que c’est plus efficace, pas juste par méchanceté. Donc ce n’est pas quelque chose qu’un agriculteur peut faire. Il peut effectivement croiser deux variétés, en pratique il va pas le faire la plupart du temps, en pratique il va acheter les graines F1 c’est-à-dire que si je fais un hybride je croise plante 1 par plante 2 j’obtiens la descendance qu’on appelle F1 parce que c’est la première, “1″ parce que c’est la première lignée, la première génération après le croisement, et elle, elle a le mélange des traits que je veux. Si je recroise ceux là, par les règles de la génétique mendélienne, j’en aurai plus qu’1/4 1/2 [sérieux, personne n'a relevé cette erreur ?] qui a les traits que je veux, donc je le fais pas, je rachète les graines l’année suivante. Et qui a les moyens de refaire ces graines tous les ans ? C’est des compagnies. Ensuite quand même quelque chose que dit Martial de Montmollin, la technologie OGM qui nécessite de grosses structures, il faut se rendre compte que la biologie est en ce moment la science qui bouge le plus vite. Ça change très très vite et ce qui nécessitait des très grosses structures il y a 20 ans, ne les nécessite plus aujourd’hui. Il y a un mouvement en Californie autour de la sillicon valley de “biology do it yourself“, biologie à faire soi même. Ils veulent s’installer dans les garages et faire de la biotechnologie à petite échelle. On peut discuter du danger de ça, parce que perso je ferai plus confiance à Monsanto qui a des règles de sécurité, qu’à des allumés dans un garage en Californie mais ça montre que c’est techniquement faisable. A petite échelle, nous, on fait des TP avec des étudiants qui sont en bachelor, en licence pour les français, on fait des techniques d’OGM, c’est pas si gros, c’est pas si cher aujourd’hui, c’est pas vrai, ce qui est gros et cher c’est les tests de sécurité imposés par les règlements mais de faire un OGM aujourd’hui c’est pas si compliqué. Alors après, à nouveau, on tombe dans le fait qu’OGM c’est juste une technologie, que ça dépend ce qu’on veut en faire. Certaines applications des OGM vont être très facile à mettre en œuvre, d’autres vont être très difficiles. Certains gènes se laissent facilement transporter, d’autres plus difficilement, certains traits sont dûs à un seul gène donc c’est facile de trouver le gène, certains traits sont dus à plusieurs gènes, il faut les combiner, certains traits on peut bouger au sein de la même espèce entre variétés, certains il faut chercher une espèce différente, certains traits vont faire des effets secondaires. Ce dont parlait Martial de Montmollin et aussi Pierre-Henri Guyon qu’il peut y avoir des interactions, c’est vrai dans le vivant il peut y avoir des interactions, si je mets un nouveau gène il peut se passer quelque chose d’inattendu donc faut le vérifier. Certains types de fonctions vont beaucoup moins se prêter à ces interactions que d’autres donc c’est clair que certaines choses seront plus faciles à faire, d’autres plus difficiles mais c’est un peu comme dire “il faut interdire les voitures parce qu’il y a que les grosses compagnies qui peuvent fabriquer des voitures”. Dans le temps on pouvait avec une hache et du bois fabriquer une charrette, c’est vrai, mais ce n’est pas un très bon argument contre les voitures, les arguments contre les voitures ce serait plutôt qu’on peut se tuer sur la route et que ça pollue mais le fait qu’il n’y a pas tant de compagnies que ça qui peuvent fabriquer des voitures efficacement comme argument contre ça me parait faible.

A : Oui et puis il y a  cette question des tests que finalement on ne peut pas se payer quand on bosse dans un petit labo indépendant, enfin cette dimension là elle est vachement importante aussi.

M : Alors beaucoup des tests, enfin je veux dire ça dépend, si on parle vraiment au niveau réglementaire, c’est cher mais après des tests moi si demain je voulais monter un labo de biologie des plantes par exemple, ce que je ne fais pas, et que je voulais tester certaines plantes commercialisées par Monsanto, je pourrais le faire, c’est pas très très compliqué, je veux dire l’étude qu’a fait Seralini, si il avait fait un plan d’étude plus valable, ça aurait été tout a fait facile quoi.

A : Mais si tu voulais créer ta propre variété de plante et la mettre sur le commerce.

M : Ah non ça je ne pourrais pas non.

A : Ça ne serait pas possible.

M : Mais ce n’est pas spécifique à ce marché là, aussi pour les médicaments c’est pareil. Les médicaments il y a pratiquement que les très grosses boites pharmaceutiques qui peuvent les mettre au final sur le marché à cause des tests de sécurité et on a une situation similaire où les très grosses boites ont intérêt à garder ces tests parce que ça leur donne une situation d’oligopole. Par contre, comme il n’y a pas le même problème social dessus, qu’il n’y a pas le même blocage social, il y a beaucoup de petites compagnies, ce qu’elles font, c’est quand elles ont finalement quelque chose d’intéressant elles le vendent à une grosse.

A : Ah ouais d’accord

M : C’est à dire qu’elles développent des leads, c’est-à-dire des pistes, des débuts de médicament mais après elles le vendent à des grosses compagnies parce qu’il y a aucune compagnie de biotechnologie qui peut développer un médicament jusqu’au bout, c’est trop cher. Dès qu’on veut mettre des règles de sécurité on va avoir ces situations alors il faut savoir, est-ce qu’on veut vivre dans une société très très sure, ce qui est le cas aujourd’hui nous vivions dans une société très sure, mais dans ce cas là y a que deux compagnies au monde qui peuvent fabriquer des avions, il y a une poignée de compagnies qui peuvent fournir des graines, il y a une poignée de compagnies qui peuvent fournir des médicaments parce qu’à chaque fois on a mis d’énormes barrières qui sont pour la sécurité des gens, c’est pas arbitraire, soit, si on veut permettre à tout le monde de faire des choses comme “do it yourself biotechnology” alors on baisse les barrières, on aura beaucoup plus de diversité, on aura beaucoup plus de petits inventeurs, de petites compagnies, on aura beaucoup plus de choses locales et on aura beaucoup plus de dangers parce que là on aura un peu de tout et n’importe quoi. C’est un choix de société mais c’est un peu indépendant des OGM. Tant qu’on est dans un choix de société d’avoir une société très sure, personnellement j’ai des enfants je suis assez content de ce choix, alors il y a un prix à payer qui est ça ; que seulement certaines peuvent se permettre de développer des choses avec suffisamment de sécurité.

A : Ok moi j’ai encore deux trois thèmes à aborder, le premier que je te propose c’est la science, la science dans tout ça, j’ai l’impression qu’on entend des scientifiques très véhéments qui prennent part au débat, d’un côté ou de l’autre, mais finalement, assez peu de science. J’entends par là, peu d’études sérieuses, peu d’attitudes rationnelles et dépassionnées, peu de remise en question. Et j’ai envie de demander… Est-ce qu’un scientifique neutre, ça existe vraiment ? En tant qu’être humain qui fait de la science, n’est-on pas forcément biaisés par ses convictions ?

M : Alors si je dis qu’on peut être complètement neutre, je vais me faire clouer au pilori par mes collègues des sciences sociales, non on peut pas être complètement neutre. Ce qu’on peut, c’est être conscient de ses a priori et essayer le plus possible de s’établir des règles, c’est-à-dire c’est ce qu’on fait en science. Il y a une citation très célèbre de Feynman très célèbre physicien américain, qui dit à peu près : la première personne que l’on doit chercher à ne pas tromper c’est soi même (exactement Feynman dit The first principle is that you must not fool yourself — and you are the easiest person to fool). Donc on a toujours des biais mais si on essaie d’en être conscient on essaie de faire ce qu’on appelle des tests conservatifs, on essaye de se montrer à soi même qu’on a tort. C’est ce qu’on doit essayer de faire donc moi quand je vais vers les OGM, j’ai comme tout le monde une petite idée mais je regarde par exemple si je trouve des éléments qui montrent que les anti OGM disent des bêtises je vais chercher où est-ce que je trouve des références scientifiques qui disent que les anti OGM disent quelque chose de correct. Je constate que j’ai beaucoup de mal à trouver mais je cherche, je cherche activement, plus activement que des choses qui montrent que les anti OGM disent des bêtises parce qu’à un moment j’en trouve plein, facilement, c’est pas la peine que je cherche. Il faut chercher contre ses propres convictions, toujours. Et c’est une des choses, je ne connais pas personnellement Martial de Montmollin, pour ce que j’ai vu de lui sur internet il m’a l’air de quelqu’un très estimable, mais je vais peut être le vexer mais c’est un politicien. L’objectif d’un politicien c’est qu’il se fixe un agenda et il doit le remplir donc il cherche les choses qui vont confirmer son agenda, qui vont convaincre, les choses qui vont lui permettre d’avancer, c’est ça son objectif. L’objectif d’un scientifique c’est d’arriver à la vérité, même si elle nous vexe. Donc nous, on doit chercher à montrer qu’on a tort. C’est notre métier, on doit tout le temps se remettre en cause, on doit tout le temps montrer qu’on a tort, on doit tout le temps montrer à nos doctorants qu’ils ont tort. C’est très très dur de faire une thèse, je veux dire typiquement les gens tombent en déprime au milieu d’une thèse, c’est vraiment quelque chose de très difficile une thèse de science, c’est très difficile parce que c’est long et ça ne marche pas parce qu’on commence par essayer des choses puis on vous montre que vous avez tort, on vous remontre que vous avez tort. Et puis vous trouvez tout seul que vous avez tort parce que vous comprenez le truc et c’est ça qu’on doit faire donc un scientifique complètement objectif était hors du monde, idée de Platon, ça existe pas mais quelqu’un qui essaye le plus possible d’être honnête oui ça existe et c’est quasiment tous les scientifiques heureusement, alors ensuite il y a des gens qui ont fait une carrière de scientifique et ensuite décident de devenir militant et en fait, font une carrière seconde de militant.

A : En profitant de la caution.

M : Donc je mettrais par exemple Pierre-Henri Guyon dans cette catégorie, c’est quelqu’un, ce qu’il fait maintenant c’est du militantisme, il utilise le fait qu’il a fait de très bons résultats en génétique des plantes mais ce qu’il fait c’est pas de la science. Il cherche pas à trouver qu’il a tort, il cherche pas à remettre en cause ses idées, il cherche pas quand il y a un résultat contradictoire, il cherche pas à les remettre ensemble et trouver quelle est la raison, il accuse juste les autres d’être des vendus, des corrompus, de tricher etc.. Jamais il ne ré-analyse les données, jamais il ne ré-analyse ses résultats, jamais il ne remet en cause ce qu’il a trouvé, jamais il ne publie “tiens j’avais tort”. Moi plusieurs fois dans ma carrière, je suis pas si vieux, j’ai publié que j’avais tort, j’ai dit une chose puis j’ai trouvé que finalement j’avais tort, j’ai dit l’autre. C’est normal, c’est pas une honte, j’ai continué à faire carrière mais si on est militant, c’est une honte. Un militant qui vient et qui dit ça fait 10 ans que je me trompe comme Marc Lynas l’a fait, c’est un problème majeur. Et vous pouvez imaginer un ministre écologiste ou le leader d’un parti écolo ou n’importe quel autre parti ça m’est égal. En Suisse on a un parti qui est pas très favorable aux étrangers qui s’appelle l’UDC.

A : Que toute la planète connait malheureusement.

M : Alors tout d’un coup le leader de l’UDC qui dit “ben j’ai regardé les chiffres et en fait les étrangers sont bons pour l’économie”, ce n’est pas possible, ce n’est pas l’approche. Mais en science c’est ce qu’on doit faire tout le temps, donc je dirais oui on peut être objectif là dessus et il y a beaucoup de science mais c’est un peu comme le changement climatique, la science elle dit toute la même chose et les gens qui veulent qu’il y ait débat ça leur plait pas, donc les gens qui veulent qu’il y ait débat, ils vont ignorer la science parce qu’elle dit toute la même chose.

A : Justement j’avais préparé une question sur l’absence de consensus scientifique puis quand tu l’as relu ce weekend tu m’as dit : “il y a consensus scientifique”. On sait que dans ce débat sur le climat c’est Naomi Oreskes qui avait une méta recherche il y a quelques années, elle s’était rendu compte qu’en fait tous les papiers vont dans le même sens, il y a un consensus très clair, il y a juste une ou deux voix qui s’élèvent comme ça pour dire que le réchauffement climatique n’est pas d’origine humaine et les média s’en saisissent, on fait croire qu’il y a un débat alors qu’en réalité il n’y en a pas. Pour les OGM en fait tu me dis que c’est la même chose, il n’y a pas débat il y a consensus au sein de la communauté scientifique.

M : Il n’y a pas débat sur la grande question “est-ce que les OGM sont dangereux ?” après sur des questions précises, parce qu’il faut bien se rendre qu’une des choses qui nous caractérisent, nous les scientifiques, c’est qu’on adore pinailler sur des détails parce qu’on veut tout comprendre et pour tout comprendre, le diable est toujours dans les détails, donc en soi de dire “OGM” non ça ne présente pas un danger, maintenant un OGM spécifique dans une condition spécifique présente-t-il un problème spécifique pour une chose spécifique, c’est tout à fait possible et on continue à faire de la recherche dessus. Ce que j’ai cité sur les plantes résistantes au Roundup glyphosate qui font qu’on utilise beaucoup de glyphosate qui font qu’on élimine des herbes qui sont nécessaires au papillon monarque, c’est des études scientifiques faites par des scientifiques, publiées dans des journaux scientifiques récemment. Il n’y a pas de censure, il n’y a pas d’auto-censure, il n’y a pas de problème. Mais c’est un problème spécifique, c’est pas un problème qui dit : “les OGM sont mauvais”, donc on continue à faire cette recherche mais c’est pas une recherche qui va dire les OGM sont mauvais. Cette question-là elle est résolue. En soi les OGM ne créent pas un problème, il peut y avoir des problèmes spécifiques de même que un médicament spécifique peut poser un problème c’est pas pour autant qu’il faut arrêter la médecine. Et je t’avais dit quelque chose qui m’a frappé c’est que si on regarde les gens qui sont très actifs dans ce qu’on pourrait appeler la blogosphère ou internet sur le coté très rationaliste, très sceptique, très anti-superstition, très anti-pseudo-science etc… Ces gens-là sont tous opposés au mouvement anti OGM, je ne sais pas comment dire ça [exemple : plateforme scienceblogs]. Ça veut rien dire de dire pro-OGM, c’est pas des gens qui ont des actions Monsanto ou quelque chose comme ça mais simplement le mouvement anti OGM c’est un mouvement finalement, dans la façon dont il fonctionne aujourd’hui, ça pourrait changer si les gens décidaient de changer, mais dans la façon dont ils fonctionnent aujourd’hui c’est un mouvement qui est anti-empirique, anti-scientifique parce qu’il refuse de considérer les nouvelles données, parce qu’il refuse de tester ses idées, parce qu’il refuse d’écouter quand on leur montre des preuves ou des éléments de preuves, c’est un mouvement qui est anti science. Donc les gens qui défendent la science même si ce n’est pas leur problème principal les OGM sont tous opposés à ce mouvement. Si vous avez regardé sur des blogs qui se spécialisent dans le combat contre le créationnisme, qui se spécialisent dans le combat contre les dénialistes du changement climatique et vous chercher le mot OGM dedans vous trouverez toujours des billets qui disent “ah et puis ces imbéciles anti OGM ont dit ceci ou cela”. Ce n’est pas moi qui dit “imbécile” là, dans le contexte, je cite parce qu’ils ont souvent un ton assez …

A : Assez véhément

M : Assez véhément ces blogs et c’est complètement systématique. Au moment où le papier de Séralini est sorti et ça fait cette énorme histoire moi je bloguais pas sur les OGM, je suivais pas particulièrement des gens dans les blogs ou sur twitter sur les OGM. Tous les gens que je suivais sur les blogs et twitter que je suivais parce qu’ils parlaient de science, qu’ils parlaient de rationalité, ils étaient tous atterrés par cette étude, tous sans exception parce que c’est une étude tu la lis elle est nulle et le seul moyen de ne pas voir qu’elle est nulle c’est d’avoir une opposition aux OGM couplée à une absence d’ouverture à la science. Donc les gens qui font de la science ils voient ça ben voilà ils se sentent pas de sympathie à ce mouvement, on ne peut pas se sentir de sympathie à des gens qui nient l’évidence.

A : Seralini c’et un complet outsider. Par rapport à ce consensus scientifique.

M : Oui mais c’est comme sur tout sujet, on va toujours trouver quelqu’un, je veux dire il y a un docteur américain qui jusqu’à récemment était conseiller du gouvernement sud africain qui disait que le HIV ne cause pas le SIDA. Le VIH pardon en français. On peut trouver un physicien qui dit que le changement climatique n’existe ou n’est pas causé par les humains, on peut trouver, quelque part il y a un biologiste à l’INRA en France qui est créationniste. Je veux dire on trouve toujours un gars, aujourd’hui il y a plus de scientifiques vivants qu’il n’y a de scientifiques morts dans toute l’histoire de l’humanité, il y a des centaines de milliers de scientifiques en exercice. Vous voulez en trouver un qui dise quelque chose qui vous plait, vous trouverez. Mais ce n’est pas comme ça que marche la science. La science, elle marche, je ne dirais pas par consensus, le mot n’est pas bon, mais par une dynamique de groupe. En fait sur mon blog c’est une chose que j’essaie d’illustrer et j’ai parlé récemment, c’est pas des OGM, mais ça montre la dynamique, sur les cellules souches il y a eu un article publié en janvier qui disait qu’il y avait une technique révolutionnaire pour faire des cellules souches, ça a excité beaucoup de monde. Il s’est dit deux choses, c’est génial, premièrement, deuxièmement mais soyons prudent attendons de voir que ce soit confirmé, c’est vraiment l’attitude scientifique typique. C’est aussi enthousiaste vous aurez des scientifiques c’est : “waouh, faut qu’on confirme”. Et ça n’a pas été confirmé, et des fraudes ont été trouvées dans l’article, et tous les gens qui bossent sur les cellules souches qui étaient enthousiastes se sont mis à critiquer. Mais la semaine suivante ils ont essayé de reproduire, il y a un blog qui a regroupé tous les essais de reproduction c’était : négatif négatif ambigu négatif négatif négatif. Des gens se sont mis à examiner les figures et à publier sur internet les problèmes de fraude qu’il y avait dans les figures, c’est les gens qui bossent sur les cellules souches, c’est les gens qui ont intérêt à ce que ça marche ce truc. C’est des gens pour qui si ça ça marche c’est l’occasion de demander des nouveaux financements, de lancer de nouvelles thèses, d’obtenir de nouvelles collaborations avec l’industrie, c’est génial. Mais ils ont cherché à montré que ça marchait pas. Mais l’auteure principale du papier, les deux auteurs principaux, le grand chef et l’étudiante qui a fait le principal travail nient toujours, donc si vous voulez trouver quelqu’un qui dit que cette technique de cellules souches qui semble être frauduleuse marche, vous en trouverez. Mais la communauté en tant que telle dit non ca ne marche pas, on n’est plus convaincus, on a testé ça ne marche pas. C’est comme ça que ça marche la science. Donc si vous trouvez une personne qui dit quelque chose vous trouverez toujours, mais ce qu’il faut regarder c’est comment ça fonctionne en tant que communauté, et bien sur c’est plus facile pour un journaliste de compter les papiers et de dire 97% disent ceci ou cela, mais ce qui est plus important c’et de suivre la discussion. C’est pour ça que je pense qu’internet est clairement un outil génial pour la communication scientifique, c’est-à-dire qu’aujourd’hui vous pouvez voir comment les scientifiques discutent. Avant c’était caché. A l’époque de l’amiante, on n’a aucune idée de ce qu’ils se sont dits pendant la conférence, entre eux, au coin café. Aujourd’hui on discute sur twitter, sur des blogs, on sait. Et on sait que dans les 24h après le papier de Seralini tout le monde disait que c’était de la merde

A : Sauf Pierre-Henri Guyon

M : Sauf Pierre-Henri Guyon qui est dans le CRIIGEN qui a financé le truc, bon voilà, donc soit ils sont liés du départ, soit il voit bien. Et je veux dire, moi je bosse dans un département d’écologie et d’évolution et j’ai trouvé personne pour défendre ce papier, pourtant je pense que, j’ai pas de chiffres, je pense plus de la moitié vote Vert, c’est clair mais largement plus, mais quand c’est mauvais, c’est mauvais, c’est tout. Il faut respecter la science. Pour moi c’est un gros problème d’ailleurs parce que le mouvement écologiste, il est important, c’est important de préserver notre environnement mais si il s’allie à des forces anti-scientifiques c’est un très gros problème. Nous on peut pas cautionner ça, on peut pas être alliés avec ça. Bon y a aucun mouvement politique qui va respecter tous les principes de la science mais c’est vraiment pour moi un problème.

A : Pour en revenir deux minutes à Séralini, je me souviens ‘avoir entendu réclamer les données de son étude, parce que c’était pas du tout transparent, tu les avais obtenu finalement ?

M : Moi je les ai pas réclamé personnellement, j’ai signé une pétition qui demandait à ce qu’ils les rendent publics. A ma connaissance il ne les a pas rendu public, il les a fournit au journal. C’est quand même incroyable que le journal ait du faire une enquête pour avoir les données parce qu’elles devraient être fournies du départ. Mais il les a fourni au journal qui a dit il n’y pas évidence de fraude mais il n’y pas d’évidence non plus qu’il se soit passé quoique ce soit en fait. Voilà. Mais non, moi je n’ai pas demandé les données personnellement, j’avais signé une pétition publique disant, ces données si elles sont importantes pour l’humanité, si vraiment il montre ça, ça doit être public, tout le monde doit y avoir accès. Je veux dire c’est quand même incroyable de dire « j’ai montré qu’un truc qui est mangé par des millions de gens est mortel, donne le cancer mais je cache les données, Nanana ! » c’est incroyable comme attitude, c’est complètement invraisemblable “moi je ne montrerais pas mes données tant que Monsanto les montre pas” mais on s’en fout, si c’est mortel, montre nous les données ! Il y a aucun scientifique crédible qui ferait ça quand on trouve un risque, on le montre, c’est la première chose qu’on fait.

A : Cette espèce de culture du secret parce que c’est vrai que de pouvoir répondre moi je montre pas parce que Monsanto les montre pas. C’est quand même un truc de fou quoi, est ce que il y a toujours cette culture du secret dans ce domaine ? Est ce qu’il faut se battre pour obtenir les données coté pro ou anti OGM enfin sur les études OGM en général ?

M : Alors les études OGM en général celles qui sont académiques, non, il y a plein d’études OGM qui sont faites dans des labos universitaires dans des instituts de recherches publiques etc, non.

A : Donc elles sont pas toutes financées par Monsanto.

M : Non la plupart des études sont pas financées par Monsanto, maintenant des études qui se font au sein d’une entreprise, à nouveau, que ce soit Monsanto, Novartis ou quoique ce soit, ben ils ont financé l’étude, ils sont une boite privée, ils gardent les données pour eux. A partir du moment où ils rendent un produit public ils doivent rendre les données accessibles d’une certaine manière donc toutes les instances de régulation ont accès à toutes leurs données brutes et aussi Seralini y a eu accès. C’est assez hypocrite qu’il dise qu’il n’y a pas accès parce qu’il y a eu tellement accès qu’il a publié une analyse de ces données. Deux ans avant sa publication célèbre en 2012, il a eu accès aux données, il a publié une analyse. Donc on y a accès, si on les demande. Alors il y a eu un problème qui était assez scandaleux, que c’était difficile d’obtenir des graines OGM pour faire une analyse au labo, donc aux Etats-Unis les gens ont fait une pétition et ça a été retourné et donc aujourd’hui tout labo universitaire académique qui veut pour une étude quelle qu’elle soit, sans justifier, utiliser des OGM brevetés écrit et les obtient. C’est automatique.

A : Ok

M : Ça, ça a été mis comme règlement mais il a fallu se battre pour, mais c’est toujours pareil ils n’ont pas envie de montrer, pas plus que Microsoft a envie de montrer son code source.

A : Je crois qu’ils viennent juste d’ouvrir celui de Windows 3,1.

M : Voilà c’est parce qu’ils l’ont développé chez eux, avec leur sous ils veulent le cacher.

A : Ils ne voulaient pas qu’on voit les bugs surtout….

M : En l’occurrence c’est parce que si vous savez déjà ce qu’ils ont fait, c’est beaucoup plus facile de reproduire, bien sûr, mais en principe dans un monde idéal, toute la recherche serait toujours ouverte mais, à nouveau, par exemple, il n’y a plus aucune recherche publique faite sur les OGM en Europe ou quasiment pas à cause de Monsanto, à cause des faucheurs volontaires à cause des gens qui détruisent ces essais activement. Parce que c’est beaucoup plus facile, les essais publics mal protégés que de détruire les essais privés. En plus, les essais publics on vous dit où ils sont, on vous fournit une carte donc ils sont déclarés, donc il n’y en a plus. En Suisse, il y a une étude qui a été faite pour évaluer l’impact des OGM. Donc ils ont voulu partir de 0, on fait une étude scientifique qu’on confie à des gens qui n’ont aucun lien avec les OGM qui est menée par Denis Duboule, qui est un généticien très célèbre, spécialiste du développement embryonnaire de la souris, donc rien à voir avec les plantes OGM [Duboule il a très bien expliqué les résultats, il ne les a pas dirigé, mea culpa, voir ici] et premièrement ils ont trouvé qu’il n’y avait aucun risque et deuxièmement pour chaque franc qu’ils ont dépensé ils ont dépensé plus de 70 centimes, donc sur 1,7CHF il y avait 0,7 centimes dépensés pour la sécurité des tests. Vous voyez l’argent qui est gaspillé ? Et pas la sécurité contre Monsanto, la sécurité contre des citoyens qui veulent aller détruire les choses, et ça c’était des essais pour faire exactement ce que les antis OGM demandent, pour évaluer la sécurité. Ces tests pour évaluer la sécurité il a fallu les protéger contre les gens qui veulent qu’on évalue la sécurisé.

A : Ouais, mais ce n’est pas les mêmes, c’est une poignée d’allumés.

M : Cette poignée d’allumés, elle est soutenue par tout le monde. Pierre-Henri Guyon est allé témoigner en faveur des faucheurs volontaires en France. [voir le cas récent de Colmar, et les réactions]

A : Il fait partie de la poignée d’allumés.

M : Ok, si il n’est pas mainstream qu’est ce qu’il te faut ! Il passe à la télé, il passe dans les journaux, il a les tribunes dans les journaux, il est professeur au muséum d’histoire naturelle et à l’école d’agronomie de Paris, qu’est ce qu’il faut comme mainstream, je suis désolé. J’aimerais bien qu’on me donne des situations de leader écologiste de grand parti, de Greenpeace, quoique ce soit qui condamnent les fauchages, qui condamnent les destructions. [à noter que dans un Podcast suivant, après avoir été bien poussé par Alan, Martial de Montmollin a condamné.] J’ai demandé aux gens avec qui j’ai interagi sur internet de condamner la destruction des champs de riz golden rice aux philippines, riz doré, personne n’a voulu le faire. Soit ils disent “non je ne le condamne pas” soit ils partent sur autre chose, ils détournent le sujet. Donc incapable de condamner le fait qu’on ait détruit, donc c’est aux Philippines, par un institut philippin donc c’est pas l’impérialisme américain ou européen, c’est des philippins qui développent ça [précision : le riz a été originellement développé en Suisse, et les philippins développent la mise en place dans les variétés locales], un riz dont l’objectif est de donner de la vitamine A aux enfants pauvres, dont des centaines de milliers meurent chaque année par manque de vitamine A, on détruit les tests qui ont pour but de voir que c’est sécure, et on refuse de condamner ces tests, et puis on dit “faut pas commercialiser, faut pas distribuer ce riz vitamine A parce qu’on n’ pas montré qu’il était sur”, c’est incroyable et c’est pas d’une poignée d’allumés, Greenpeace a officiellement soutenu cette destruction. Ce n’est pas une poignée d’allumés, c’est vraiment le mouvement anti OGM tel qu’il se présente à nous, de dire il n’y a pas assez de tests et à chaque fois que vous ferez un test, on le détruira. En tant que scientifique, même si moi je ne fais pas d’OGM, c’est une attitude que moi je ne peux pas accepter, qu’aucun scientifique ne peut accepter, on ne peut pas faire ça.

A : Et si on revient justement sur la question du golden rice et de la faim dans le monde ? C’était le dernier thème que je voulais aborder. Et cela nous donnera peut-être l’occasion d’examiner d’un peu plus près le principal argument Pro-OGM… Nous avons vu pas mal d’arguments anti, jusqu’ici. Martial de Montmollin nous dit  je ne supporte plus de se faire continuellement accuser d’affamer la planète en refusant les OGM. Alors même que les bienfaits sur le long terme de ceux-ci n’ont pas été démontré et que le problème de la malnutrition est un problème économique (de répartition des ressources) et non un problème de production_ (dixit FAO).” Je n’ai malheureusement pas la référence de la FAO (l’organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture, donc). Là, on touche au cœur de d’une opposition fondamentale entre Anti- et Pro-OGM. L’argument pro-OGM présentant les semences OGM comme une arme de la lutte contre la faim dans le monde est rejeté, car pour les anti-OGM, les problèmes économiques et politiques sont les principales causes de famine3. Et pourtant…  Un rapport intergouvernemental, approuvé par 59 gouvernements et regroupant 700 experts affirme que l’adoption massive des OGM du fait de la mobilisation de capitaux et de moyens humains aboutira à un ralentissement de la lutte de la faim dans le monde4.(références sur la page Wikipedia http://fr.wikipedia.org/wiki/D%C3%A9bat_sur_les_organismes_g%C3%A9n%C3%A9tiquement_modifi%C3%A9s#Acteurs_du_d.C3.A9bat ). Ca me semble un peu court honnêtement d’un coté comme de l’autre, on avait fait un dossier sur Podcast Science sur le défi alimentaire puis on s’est rendu compte que c’est un problème vachement complexe et puis il y a plein de levier sur lesquels il faut tirer si on veut arriver à quelque chose. Mais je me demande quand mêmeEst-ce que ce n’est pas un argument que l’on devrait examiner un peu plus sérieusement ? Peux-tu nous parler un peu du riz doré (Golden Rice) ?

M : Il y a plusieurs éléments là dedans, faudrait passer en détails donc là je reviens, les scientifiques on est chiants, on aime bien aller dans les détails, et tout vérifier. Donc déjà on revient à ce que je disais au tout début que dire que les OGM font ceci ou font cela. En soi, ça a pas beaucoup de sens donc dire : “les OGM vont résoudre la faim dans le monde” ou dire : “les OGM ne résoudront pas la faim dans le monde”, ça a pas beaucoup d’intérêt comme question. Ce n’est pas assez précis. Ensuite de dire : la faim dans le monde c’est un problème complexe, oui. C’est vrai. Est-ce que chaque fois qu’un problème est complexe on doit rien faire, personnellement, je ne pense pas. Je veux dire, des fois ça me donne l’impression de gens qui discutent “pourquoi est-ce qu’on construit des bâtiments qui sont faits dans des matériaux combustibles”, pendant que le bâtiment brûle et les gens meurent, il vaut mieux discuter de ça plutôt que d’appeler les pompiers. Parce que franchement les gens qui meurent aujourd’hui, meurent aujourd’hui. Et moi je veux bien qu’on ait demain un ordre mondial où plus personne n’a faim et tout le monde a tous les légumes dont il a besoin et tous les fruits dont il a besoin et c’est super cool je connais personne qui est contre. Peut être qu’il y a quelques milliardaires américains qui sont contre mais franchement, pas beaucoup de scientifiques. Mais on n’y est pas. Et si vous avez le moyen magique d’y arriver tout de suite et que vous le dites pas, c’est vraiment un crime. Donc je pense pas que qui que ce soit ait le moyen magique pour y arriver maintenant. Ce qu’on a aujourd’hui, si on revient au riz doré,  c’est des gens qui sont très très très pauvres qui ne mangent que du riz parce qu’ils sont très pauvres et qu’ils vivent dans des régions où le seul truc qui pousse de manière fiable, malgré les inondations, malgré le climat qu’ils ont, c’est le riz, qui ont pas les moyens d’avoir autre chose, et dont les enfants meurent ou deviennent aveugles parce que de manger que du riz ce n’est pas suffisant. Et dire depuis l’Europe “ah ben il s ont qu’à manger des légumes”… euh merci c’est, pour être poli, insultant c’est-à-dire que ces gens savent bien…

A : Mais c’est vrai ça ? Est ce que c’est vrai ou c’est juste argument pro OGM ?

M : Non c’est vrai !

A : On a des données chiffrées ?

M : Oui il y a une estimation récente dans un journal économique de 2 millions d’enfants morts par vitamine A dans les 10 dernières années. [en fait c'est 1,4 million / an ! article de l'estimation ; article qui met en contexte ; site web du chercheur]

A : Donc le riz doré, dans ce cas spécifique, aurait pu éviter ça.

M : Oui et puis quand on dit on n’a pas d’éléments pour savoir si ça peut blablablabla, on sait quel est le problème, ils manquent de vitamine A, le riz doré c’est du riz qui a la vitamine A dans la graine, il n’y a pas besoin de se prendre la tête 10.000 ans, la vitamine A c’est la solution au manque de vitamine A, et en plus c’est pas super exotique, on a mis le gène du maïs, le maïs on en mange, le maïs c’est jaune, la vitamine A c’est jaune, tous les trucs que vous mangez jaune ils ont la vitamine A dedans. Le beurre il est jaune à cause de la vitamine A, les carottes sont rouges. Les petites taches oranges sur les joues des manchots c’est à cause de ça, c’est la vitamine A, c’est pour montrer à leur partenaires sexuels potentiels qu’ils sont en bonne santé, qu’ils mangent beaucoup de poissons, plein de vitamines qui font ça. Et le riz doré il est jaune parce qu’on a mis ce gène du maïs dedans, donc ce n’est pas très compliqué, ce n’est pas un insecticide c’est rien de spécial, c’est la même vitamine A qu’on magne partout. Et dire “ah mais cette vitamine on ne sait pas ce qu’elle fait”. La vitamine A c’est une molécule simple, on ne parle pas d’un complexe de protéines compliquées, on connait sa formule chimique on sait ce que ça fait. On connait. J’ai même lu des arguments anti riz doré qui disent “ah oui mais l’acide rétinoïque, qui est un précurseur, en trop grande quantité peut causer des malformations embryonnaires ». Oui on est au courant. On peut même faire des manipulations d’embryons au labo, embryons de souris je vous rassure ou de poissons zèbres en mettant de l’acide rétinoïque. On sait même comment ça marche, on sait ce qui se passe, quelle molécule le fixe et tout. Mais il n’empêche que la vitamine A est indispensable à notre vie et qu’on en mange tous et qu’on n’a pas tous des malformations embryonnaires, il faut arrêter les délires. Je veux dire on ne va pas donner de la vitamine A aux gens qui meurent parce que ils n’ont pas de vitamine A, parce qu’un précurseur de la vitamine A quand on le fout en grande quantité dans un aquarium plein de poissons, ça fait des malformations embryonnaires, c’est n’importe quoi. On sait qu’il faut de la vitamine A ou alors je propose aux gens qui sont contre le riz doré de pas donner de vitamine A du tout à leurs enfants, ça me parait un bon exemple. Ils vont voir ce qui arrive à leurs enfants, c’est pas possible. Et je veux dire là on est vraiment dans une situation, on a la solution, on nous dit aussi, que c’est un sous marin, un cheval de Troie pour introduire les OGM. Mais je m’en fous à la limite. Je veux que ces enfants soient sauvés, je m’en fous du cheval du Troie c’est comme si on me disait, il faut interdire les ambulances et les véhicules de pompiers à moteur parce que ça risquerait de donner l’idée que les moteurs ça peut être utile. Mais vos gueules, il faut que l’ambulance elle arrive à temps pour sauver des gens et tant pis si ça montre que les moteurs sont utiles. Parce que quand même on nous présente ça d’une manière ça risque de donner l’idée que peut-être les OGM sont utiles, ca risque de donner l’illusion que les OGM sont utiles. Non, ça va montrer que les OGM sont utiles. Et les OGM sont utiles et c’est tant pis pour vous si vous n’êtes pas capables de le voir.

A : Ouais enfin certains OGM sont utiles.

M : Oui mais c’est ce qu’on dit depuis le début ! Les OGM ça n’a pas beaucoup de sens mais un OGM peut être utile, oui, un OGM peut être utile. Si ça vous dérange, si vous êtes coincés dans une situation intellectuelle telle que quand on montre qu’un OGM utile c’est tellement grave pour vous qu’il vaut mieux que 2 millions d’enfants meurent plutôt que vous admettiez que vous avez tort, alors c’est très grave. Et quand Martial de Montmollin écrit “je ne supporte plus de me faire continuellement accuser d’affamer la planète en refusant les OGM”, ben j’ai une solution simple. C’est d’arrêter de refuser les OGM pour ne plus se faire accuser, parce que si on refuse une solution à un problème, que le problème existe, que la solution existe,  je suis désolé on a tort. Et si on continue à refuser le problème et qu’en plus on se vexe quand on vous fait remarquer que vous avez tort, tant pis pour vous.

A : Bon, ça m’intéresserait d’entendre comment ils bâtissent ces discours est-ce que c’est juste un dogme finalement ou est ce qu’il a des arguments derrière. On a malheureusement pas eu l’occasion d’en parler et puis il ne pouvait pas être des nôtres ce soir mais ça m’intéresserait, je sais qu’il va écouter cette émission sincèrement j’aimerais bien en savoir plus sur cette position parce que c’est vrai j’ai beaucoup de mal à la comprendre aussi. Ça me semble très très surprenant quoi.

M : D’après ce que j’ai lu ailleurs de lui je pense qu’on doit pouvoir discuter avec lui donc moi je serais ravi de le rencontrer et de discuter. Mais…

A : On va organiser ça, on ira boire une bière OGM ensemble.

M : Tout à fait.

A : On mettra un micro et puis va fera des after pour cette émission. Et puis une dernière chose que je voulais évoquer c’était dans un très court mais remarquablement efficace billet de blog où tu commentais le lobbying agressif du département d’état américain pour imposer partout des cultures OGM. Tu te risquais à un parallèle entre les OGM et la viande de cheval dans les lasagnes ? Tu t’en souviens tu peux nous en parler ?

M : Oui, c’est un peu la même parallèle que j’ai fait toute à l’heure avec la viande de porc pour le halal ou le casher. C’est à dire que, si il y a des gens qui veulent pas manger d’OGM pour des raisons idéologiques, c’est complètement respectable et ils doivent avoir le droit de ne pas manger d’OGM s’ils veulent pas. Après c’est à eux de s’arranger pour que ce soit faisable. Le problème qu’on a eu c’est de même qu’on a eu des lasagnes où c’était écrit bœuf et c’était du cheval, on a eu le département d’état américain qui faisait un lobbying secret pour imposer les OGM ailleurs qu’aux Etats-Unis et le problème là dedans c’est le mot secret, c’est-à-dire que tous les gouvernements font du lobbying pour leur industrie. Comme les Etats-Unis sont leaders en OGM ben ils vont faire du lobbying pour les OGM comme ils font du lobbying pour Boeing et je sais pas quoi. Et comme la France et l’Allemagne vont faire du lobbying pour Airbus. Ou les TGV. C’est complètement normal à ce niveau là, mais de le faire en secret parce qu’on sait que les gens n’aiment pas ça c’est grave.

A : Ce n’est pas normal.

M : Ça ce n’est pas normal. Bon, en soi, je suis sûr que on a appris récemment dans les choses que font les départements d’état américain, il y a beaucoup de choses pas terribles et puis je suis sûr que tous les pays ont plein de choses pas terribles que les gouvernement français ou suisses ont plein de choses dont ils doivent pas être fiers publiquement. Mais voilà mon argument c’était pour dire, en soi, le fait que ces actions de lobbying cachées des américains existent ce n’est pas un argument pour dire les OGM sont mauvais, c’est un argument plutôt pour dire comment fonctionnent les départements d’état, c’est mauvais. De même que les lasagnes au cheval ce n’est pas un argument pour dire de jamais manger de viande de cheval. C’est un argument pour dire les lasagnes industrielles, ce n’est pas très bon finalement.

A : Arrête moi si je me trompe mais j’ai l’impression qu’au fond le problème il réside dans le fait qu’on a à la fois des enjeux immenses, on a des groupes de pression puissants on a des mensonges d’un coté et de l’autre, des peurs sans doute légitimes on a beaucoup de passion beaucoup de militantisme on a énormément de simplifications et d’amalgames face à un problème complexe.

M : Alors tu m’as dit, je t’arrête donc, j’espère que ce n’est pas que rhétorique, t’as dit des mensonges d’un coté des peurs de l’autre. Donc c’est quel coté là, les deux cotés dont tu parles ?

A : Ouais j’avoue qu’après t’avoir entendu, ce texte en fait je viens de le lire, je l’avais écrit à l’avance, après t’avoir entendu je me rends compte, d’ailleurs j’ai eu une petite hésitation en le disant, que ça marche pas comme ça. Ce n’est pas aussi simple. Je pensais aux peurs qui sont sans doute de bonne foi dans le camp même pas dans le camp des antis OGM mais au sein de la population qui a peur de ces trucs là. Les mensonges effectivement je pense qu’ils existent dans les deux camps après t’avoir entendu, aussi bien….

M : Je pense qu’il y a plus que deux camps, il y en a 3. Je pense qu’il y a un camp militant anti OGM, il y a un camp de l’industrie agro-alimentaire et des semenciers qui, comme toutes les industries, va mentir quand ça leur fait gagner des sous, et il y a un camp des scientifiques qui, je dirais, est un 3ème camp, des fois se retrouvent, ça arrange l’industrie donc l’industrie va les mettre en avant mais de même que des fois ce qu’on dit dans d’autres contextes ça arrange les mouvements écologiste donc ils vont le mettre en avant et des fois ce qu’on dit ça arrange d’autres gens mais finalement, nous, notre objectif n’est pas dire quelque chose qui arrange quelqu’un mais de dire la vérité. Donc je dirais qu’il y a 3 camps pour moi.

A : Ok mais la science on l’entend pas beaucoup, le camp de la science.

M : Ben c’est chiant comment on parle nous d’habitude. On écrit des articles plein de jargon on les publie de manière obscure, et même quand on fait des blogs ou des choses ou qu’on parle aux gens, tout de suite on rentre dans les détails, on cherche à corriger les erreurs, vous connaissez la série TV The Big Bang Theory ? Vous voyez quand Sheldon va essayer d’expliquer quelque chose, voilà. C’est caricatural mais il y a de ça c’est à dire que c’est vrai que nous on veut que chaque détail soit correct, très vite on interrompt les gens pour dire “attendez là dans votre phrase déjà le deuxième mot que vous avez utilisé est pas tout à fait dans le bon sens dadadadada”. Là j’essaie de pas trop faire ça mais c’est vrai que c’est une tendance qu’on a et on n’a pas tort en soi, je pense parce que si on veut dire des choses correctes, ben il faut faire attention à tout. Le diable est dans les détails mais du coup….

A : Mais c’est quoi le problème, les scientifiques savent pas communiquer ? C’est un levier sur lequel on pourrait travailler ils pourraient s’améliorer là ?

M : Oui et non parce que quand je vois des conseils de communication scientifique ça revient souvent à dire, en gros, faites plus comme les gars du marketing et on ne veut pas faire ça pour des bonnes raisons. Donc je dirais plutôt que pour la plupart des gens, en fait, comprendre le monde c’est compliqué. C’est difficile c’est ce que nous on fait, la plupart des gens ont pas envie de faire cet effort. Et si vous venez vers nous en étant prêt à faire cet effort on est ravis, la plupart des gens ont pas envie de faire cet effort donc ensuite vous avez que deux solutions, soit vous nous faites complètement confiance, ce qui en soi n’est pas une attitude très scientifique.

A : On est d’accords.

M : Mais c’est moins d’efforts. Soit vous nous faites complètement pas confiance. Et vous écoutez d’autres gens qui parlent mieux, qui ont tort mais qui en parlent mieux. Mais c’est une question très générale, je veux dire, quelque part je ne suis même pas sur que ce soit possible de communiquer la science de manière rigoureuse sans être un minimum ennuyeux. Enfin j’essaye, j’ai un blog que tu connais mais il y a toujours un moment où ça devient plus sérieux ou plus technique c’est obligé sinon ce n’est pas correct ce qu’on dit. Et on doit être corrects.

A : Alors la solution passerait par quoi, par une meilleure éducation ? Il faut qu’on apprenne à mieux comprendre ces messages, en fait, est ce qu’il y a moyen de sortir de cette impasse ou est ce qu’il faut que les scientifiques se mettent aussi à aller manifester avec des banderoles et qu’on les entendent plus que les autres ?

M : Tu parles des OGM ou de la science en général ?

A : Je te parle, ben je pensais en l’occurrence à la problématique des OGM, mais finalement oui, les scientifiques en général, est ce qu’on ne devrait pas les entendre un peu plus ?

M : C’est difficile. La logique du discours public c’est celle que maîtrisent les politiques et les journalistes et nous on la maîtrise pas, tout le monde se met à la maîtriser ben souvent on dérive, comme j’ai parlé de Pierre-Henri Guyon mais si on sort de la thématique des OGM on a, par exemple, Richard Dawkins en Grande Bretagne est très populaire dans les média mais ce qu’il dit c’est plus grand chose de scientifique, donc je ne sais pas. Je n’ai pas la bonne solution c’est très difficile, mon effort personnel c’est d’être très présent sur blog et twitter où je ne peux obliger personne à interagir avec moi, ni à lire ce que j’écris et si des gens trouvent ça ennuyeux, ben ils sont pas obligés de le lire, mais au moins quand des gens s’adressent à moi, je suis ouvert, je suis là pour leur répondre. Des fois, j’écris un billet et puis les gens comprennent pas, ils disent dans les commentaires, j’ai pas compris et je réponds, parfois j’écris un nouveau billet qui permet de réexpliquer les choses mieux, voilà. Je pense déjà que internet est une énorme opportunité parce que les scientifiques, on va jamais maîtriser les média classiques, ils ne sont pas faits pour nous, on est en moyenne introvertis, on a des choses ennuyeuses à dire, on a aussi besoin d’un discours long, donc votre podcast c’est super, j’ai le temps mais j’aurai jamais ce temps là dans un journal télévisé ou quelque chose comme ça, on est d’accord. Donc comment je traduirais en 2 min, en 2 min je traduirais, je ferais une approximation et puis un gars en face aurait beau jeu de trouver l’erreur dans l’approximation.

A : En 1min30

M : Voilà, Donc ça ne marcherait pas. J’aime beaucoup internet parce qu’on a cette opportunité de s’expliquer à notre rythme et tout le monde peut y accéder, après la plupart des gens, comme je disais, sont pas intéressés, la plupart des gens vont préférer faire autre chose que de s’intéresser à la science et ça c’est quelque chose, j’y peux pas grand chose, mais au moins en étant présent sur internet ça veut dire que si quelqu’un fait une recherche internet sur les OGM, par exemple, je pense que si les scientifiques bloguaient tous, soyons fous, chaque scientifique en exercice a un blog. Le lendemain de l’affaire Seralini, vous seriez allé sur internet et vous auriez vu “oh mon dieu ils sont tous contre”. Ça aurait été super visible, là ça se voyait dans les salles de café des labos. Mais ça se voyait pas sur internet tellement, parce que sur internet trop peu de bloggeurs on pouvait dire bon y a un gars qui a dit ça, un gars qui a dit ça, je ne sais pas. Donc je pense que la solution en grande partie c’est d’aller par internet, d’aller sur les blogs, d’aller sur twitter, d’aller sur d’autres outils internet, moi j’utilise le blog et twitter, ça peut être facebook, autre chose. Pour être au moins là quand les gens vous cherchent, parce que les gens vont pas venir taper à la porte de notre labo mais ils vont faire une recherche Google. Je veux dire à un moment mon blog c’était le deuxième hit sur internet après wikipedia pour Pierre-Henri Guyon je crois que c’est redescendu à la 4ème ou quelque chose ça veut dire que les gens qui cherchent Pierre-Henri Guyon, ils trouvent que moi je n’étais pas content de ce qu’il a dit sur les scientifiques. Au moment de l’affaire Seralini. Voilà, donc c’est visible.

A : Ok ben c’est une solution. On va peut être rester sur celle-là et puis comme on parle d’internet, d’interactivité je crois qu’on a eu des tonnes de questions dans la chatroom et puis on a peut être des questions du reste de l’équipe. Nico j’arrête de monopoliser la parole.

N : C’est vraiment passionnant merci pour tout ça, moi j’apprends beaucoup de choses. Par contre tu nous disais, je crois qu’il y a 3 camps, les scientifiques, les militants pour, les militants contre.

M : J’ai pas dit les militants pour, j’ai dit l’industrie.

N : Ou l’industrie, enfin ce que j’appelle les militants pour quoi. C’est-à-dire les gens qui ne sont pas objectifs, fin bon, bref, des histoires de termes comme tu disais. Et en fait ce que moi il m’a manqué un peu dans tout ce que tu présentais, c’est quasiment un 4ème camp, c’est, je sais pas comment appeler ça, parce que j’ai pas envie qu’on joue sur les termes je préférerais qu’on réponde dans le fond, c’est les scientifiques qui se posent des grosses questions d’éthiques, c’est un peu ce qu’on retrouve dans le nucléaire, c’est-à-dire, j’appelle scientifique parce que ce serait pas des gens qui nieraient les faits mais ce serait des gens qui se poseraient des questions purement éthique du genre ce qu’on pourrait se poser, alors j’ai plus d’exemples dans le nucléaire parce que je connais mal les OGM ,mais qui seraient du genre dans le nucléaire de dire ben y a certains avancées nucléaire, si on les généralise, on pourra plus revenir en arrière, ça aura une pollution qui pourra être dramatique ou des choses comme ça ou il y en a aussi dans le médical. Enfin des vrais questions éthiques sur ce qu’on fait qui sont au delà de la question de vérité juste ou d’avancées scientifiques et j’ai pas entendu trop ça dans ton discours sur justement un peu de limites, de ce coté là de dire “ok on a des choses, on peut aller loin mais peut être que scientifiquement aussi il y a des moment il va falloir se mettre des barrières importantes”.

M : Alors je suis d’accord que ce serait intéressant, en fait j’essaye de discuter avec des collègues, souvent des gens sont surpris que je ne sois pas anti OGM parce que en gros si on est un scientifique surtout en biologie on est probablement de gauche, si on est de gauche on est probablement anti OGM, “qu’est ce que tu fais ??” Bon je simplifie à peine mais quand je discute avec eux à chaque fois pour savoir ce qu’il se passe, pourquoi, quel argument en fait c’est très généralement des gens qui ont pas réfléchi au problème simplement comme ils sont pas intéressés à la question et qu’ils font partie d’un camp politique qui est anti OGM, ils sont anti OGM. Et je continue à chercher, c’est quelque chose que j’aimerais développer sur mon blog c’est dialoguer avec des biologistes compétents qui ont des réserves sur les OGM, ce serait vraiment intéressant. J’ai essayé de développer, il y a eu un dialogue de Pierre-Henri Guyon sur un de mes billets de blog, il a réagi sur twitter, je lui ai dit “mais réagi sur le blog, on pourra aller plus dans le fond” il a réagi, le dialogue a démarré, je pense qu’il y a eu plus de dialogue que je n’en avais eu auparavant avec lui, après dans les blogs il y a un certain nombre de commentateurs qui reviennent toujours sur le sujet OGM donc 2 – 3 personnes qui sont très pro OGM sont venus commenter. Il a dit “ah moi je parle pas à ces gens” et il est parti. Bon donc le dialogue s’est arrêté là mais j’aimerais beaucoup avoir ce dialogue là. En l’occurrence Pierre-Henri Guyon, il n’a rien dit que moi je trouve finalement convaincant mais au moins j’ai compris de quoi il parlait, ce que je n’avais pas compris avant. Donc voilà je pense c’est une question intéressante mais pour l’instant j’ai pas vraiment réussi à avoir ce dialogue, j’ai cherché, je continue à chercher, bon faut voir aussi mon blog c’est un truc que je fais le soir, moi mon activité comme on l’a dit au tout début, je suis prof de bioinformatique donc je passe pas ma vie à chercher ça non plus, mais à l’occasion je cherche et c’est quelque chose que j’aimerais faire c’est avoir des dialogue avec des scientifiques qui ont des raisons valides d’être au moins, disons, réservés sur les OGM. Alors à nouveau c’est toujours pareil, il faut commencer par dire finalement les OGM c’est pas super pertinent comme catégorie il y a tel ou tel cas d’OGM qui pose problème mais j’aimerais bien pouvoir en discuter.

N : Ok.

A : Sinon est ce qu’on avait des questions de la chatroom ou vous avez pu suivre un peu, nous on se regardait dans les yeux avec Marc. Du coup, je découvre maintenant qu’il y avait des dessins, des dessins de Puyo absolument géniaux d’ailleurs. A quoi rêve un organisme génétiquement modifié quand il s’endort.

I : Moi j’ai relevé quelques questions dans la chatroom, il y avait beaucoup de commentaires évidemment. Il y a eu des questions mais souvent, les réponses venaient ensuite. Mais je peux en lire quelques une quand même. Il y avait GPIF qui au tout début nous a demandé : “il y a des OGM inoffensif et d’autre plus nocif, comment les distinguer?”

M : On peut commencer par on sait ce qu’on fait quand on fait un OGM, il y en a où en principe on sait déjà que ce sera inoffensif et d’autres où on sait qu’il y a un risque, c’est comme les médicaments si je donne un médicament contre un cancer je sais que ça va être dangereux, parce que un cancer c’est vos cellules donc si je tue vos cellules c’est dangereux, donc de même on peut savoir que quand on met par exemple un insecticide qui va tuer un animal, nous sommes des animaux on a un risque. Alors que quand on met par exemple de la vitamine A, on n’attend pas de risque. Quand on renforce le système immunitaire de la plante on a très peu de risque, donc il faut toujours faire un test mais idéalement il faudrait faire les tests aussi sur les hybrides et sur les plantes par mutagenèse non dirigée, mais on a quand même une idée de ce qu’on fait le plus dans les OGM en fait, et donc on peut avoir une assez bonne idée de si il y a probablement un risque ou probablement pas de risque. C’est clair ?

I : Oui ! très bien ! c’est très clair. Ensuite il y a Pascal qui nous dit “La méfiance vient peut être du fait que les gens n’imagine pas possible que l’on maîtrise suffisamment le vivant pour le modifier en pouvant évaluer les risques.” Qu’est ce que tu en penses ?

M : C’est clair que la biologie c’est en ce moment, je pense depuis 20-30 ans, la science qui bouge le plus vite et la perception qu’on a d’une science elle est très en retard sur sa réalité quand elle bouge si vite, je pense c’est un peu similaire à ce qui s’est passé en physique dans les année 20-30 où les choses ont bougé tellement vite que la perception a peut être eu du mal à se rattraper après que dire je sais pas, est-ce qu’il y a une vraie question là.

I : Je pense que ça rejoint un peu le problème de l’éthique dont parlait Nico Effectivement c’est que ça fait peur. Ça fait peur parce qu’on a l’impression que tout va très vite et où est ce qu’on va s’arrêter et est ce qu’on doit arrêter.

M : La peur et l’éthique c’est deux choses différentes. Mais comme je l’ai dit on s’est arrêté à un moment. Je pense qu’il y a un problème de perception publique du scientifique c’est-à-dire que dans la fiction, le scientifique est presque toujours un espèce de docteur Frankenstein fou qui n’a aucune conscience et aucun regard pour les conséquences, qui est autiste et détaché de l’humanité et qui fait des expériences en ricanant dans son labo tout seul et à peu près tout dans cette image est faux. Sauf peut être qu’on est à moitié autiste. Non sérieusement la plupart des scientifiques en fait s’intéressent à la société. Je pense que vous trouvez beaucoup plus de militants de causes diverses dans un labo universitaire que dans la société générale, et la science se fait jamais tout seul donc vous êtes à plusieurs donc c’est très difficile de développer quelque chose en communauté et que personne à un moment dise “arrêtez, qu’est ce qu’on fait”. Donc c’est quelque chose qui est développé à plusieurs donc ensuite est ce qu’il y a un manque de confiance, certainement. Il y a aussi un mélange je pense entre scientifique et technologie, c’est-à-dire souvent quand on a les pages sciences des journaux généralistes, on ne parle pas de science, on parle du nouvel iPhone. On parle de technologie finalement et si il y a des problèmes avec les technologies, la perception négative qui vient de ces problèmes se répercute sur les scientifiques. Je pense aussi qu’il y a un mélange de ce genre parce qu’on a du mal à faire confiance aux scientifiques parce qu’on a des problèmes avec les technologies. Mais finalement ingénieur et scientifique c’est deux métiers différents. Ingénieur c’est aussi un métier très important, il y un super discours de Niels Armstrong, le premier astronaute sur la lune, sur la beauté du métier d’ingénieur que je vous recommande totalement mais c’est quand même un métier différente avec des objectifs différents, je pense qu’une partie de la méfiance vient de là. C’est beaucoup plus difficile de comprendre ce que nous on fait. Pourquoi on parle de découvertes technologiques, d’avancées technologiques, elles sont plus faciles à expliquer il y a un train qui va vite, il y a un iPhone plus puissant etc. C’est facile à expliquer. On a trouvé que 0,1% du génome dont on ne connaissait pas précisément la fonction a en fait une fonction régulatrice précise et subtile à un moment du développement, c’est plus dur à expliquer.

I : Oui mais là tu parles de la biologie, c’est vrai que la biologie c’est difficile à expliquer, certes.

M : Ben tout moi j’ai rien compris à la récente découverte du rayonnement cosmique là. Tout est compliqué. Dès qu’on va dans les détails c’est compliqué.

I : On a d’autres question on va peut être passer à ça je pense. David qui nous demande : “est ce qu’un des problèmes des OGM ne vient pas aussi de la volonté de l’imposer sur des cultures plus classiques ? Genre comme dans un reportage sur Arte concernant Monsanto où ils expliquaient que ça polluait les cultures classiques et que finalement ça force les gens à passer à des semences fabriquées et contrôlées par des industriels ?”

M : Pfou il y a tellement de trucs là dedans ça va être dur de répondre. Bon alors Arte c’est génial pour les films en VO et la danse classique mais dans mon expérience, la science sur Arte, c’est catastrophique. Je pense que c’est tous les gens qui sont tous diplômés de lettres là dedans.

A : Je ne sais pas mais moi j’ai un gros problème avec ça aussi.

M : C’est vraiment catastrophique, alors là si on veut des gens qui ont une image négative du scientifique qui veulent toujours montrer des théories du complot c’est génial. Ensuite ben on revient à ce hoax qui est tout le temps répandu que les graines de Monsanto contaminent tout le monde et les forcent à utiliser les OGM. Il faut rappeler que ce n’est pas vrai, il n’y jamais eu de cas où Monsanto ou une autre compagnie a fait un procès à un paysan parce qu’il y a des OGM dans son champ par erreur. Il y a eu des cas où il y a eu des procès parce que des gens ont planté exprès des OGM sans payer, donc c’est comme si vous piratiez Windows, ce n’est pas comme si Windows avait sauté dans votre linux. Donc ce n’est pas arrivé ça et en fait on voit aussi souvent sur internet dans les gens anti OGM cette image du paysan victime des grosse boites qui font des OGM et en fait qui colle absolument pas aux chiffres parce qu’on voit que les gens, les paysans veulent planter des OGM. La résistance à l’interdiction des OGM en Europe vient des paysans. Aux Etats-Unis les OGM, entre 70 et 80% des types de cultures aux OGM qui sont disponibles parce que les paysans les achètent, ils achètent plus cher parce que c’est plus rentable parce qu’ils ont moins de travail, qu’ils dépensent moins d’argent sur l’essence de leur tracteur, ils se font moins de sortie, ils utilisent moins de pesticides.  En Inde, quand le coton BT OGM n’était pas encore disponible, les paysans se sont mis à le pirater. Ils en ont volé et ils l’ont replanté sans payer des sous parce qu’ils voulaient absolument le planter donc en fait c’est un outil supplémentaire qu’on donne au paysan, le paysan veut en général. Je veux dire bien sur qu’il y a de agriculteurs bio qui le veulent pas mais ils ne sont pas obligés et à nouveau personne n’a jamais été obligé de l’utiliser à ma connaissance. Alors je ne prétends pas tout savoir, si quelqu’un trouve un élément qui montre que quelqu’un a été obligé, qu’il envoie le lien c’est cool je serai très ouvert mais tout ce que j’ai vu, chaque fois qu’on m’a montré un lien, c’est des gros hoax, ce n’est pas arrivé. Ce qui est arrivé par contre c’est que des agriculteurs bio américains ont fait un procès à Monsanto préventif en disant, si vos OGM viennent dans nos champs, nous on va avoir des problèmes. Ils ont perdu le procès parce qu’ils ne pouvaient pas démontrer qu’ils avaient le moindre problème, ils ont perdu tous les appels, donc ça n’arrive pas.

I : D’accord.

A : Irène on avait encore autre chose.

I : Pourquoi sera-t-il interdit pour les agriculteurs de ressemer leurs propres récoltes ?

M : Alors ça dépend des cas, là c’est un peu compliqué, donc ça va être un peu difficile à détricoter, je suis pas sur d’arriver à tout dire rapidement mais : premièrement quand on plante des graines hybrides, qui est le plus courant, pas OGM on ne peut pas les ressemer parce qu’on ne refait pas les mêmes traits avec l’hybride donc ne pas replanter ces graines, c’est tout à fait courant. C’est la première chose qu’il faut dire que la plupart des gens ne sont pas au courant. Deuxièmement il y a certains OGM on a le droit de replanter tout de suite si on veut utiliser soi même mais on n’a pas le droit de replanter pour vendre les graines parce que ça devient du métier de semencier. Et qu’il y a une clause de non concurrence c’est-à-dire que quand vous achetez une plante à Monsanto, vous faites une clause de non concurrence de même, quand vous achetez un logiciel Windows vous signez quelque part que vous n’allez pas le copier, le redistribuer. Or les plantes ça se copie assez facilement, ça a ça en commun avec les logiciels aussi. Donc c’est interdit effectivement de prendre des graines, de les planter, de revendre les graines à d’autre pour les planter. Il y a aussi des cas où c’est interdit même de replanter soi même, soit, je vais dire, bon il y a sûrement des antis capitalistes dans la liste des commentaires, en soi c’est le marché libre. Si je suis un paysan que je ne veux pas acheter des graines où c’est interdit de replanter, ben je les achète pas, j’en achète d’autres. Il y a quand même une grosse concurrence chez les semenciers, c’est pas du tout comme d’autres marché, on parle d’oligopole mais il faut se rendre compte que les très grosses boites elles ont 10-15% du marché, il y a concurrence. Donc tout paysan, un paysan à qui ca pose problème ça il n’est pas obligé d’acheter ces semences, mais il faut bien se rendre compte que ça ne pose généralement pas de problème aux paysans parce que de toute façon, leur façon normale de procéder c’est de racheter des semences tous les ans. Et ce serait d’autant plus vrai s’ils évitaient la monoculture parce que si vous voulez changer faire par exemple une rotation vous avez intérêt à racheter des semences même, différentes tous les ans, ce que font certains paysans, ce qui est très bien pour le sol donc dans ce cas là vous avez encore moins intérêt à garder vos semences. Voilà.

A : Tu fais beaucoup de comparaison avec l’informatique du coup il y a Vincent qui nous demande dans la chatroom et les OGM libre ou open source est ce que ça existe ?

M : Non ça serait cool hein ? En fait ça existe dans les laboratoires mais ça sort pas des labos parce qu’on ne peut pas faire les tests, donc ça sort pas des labos. Ça existe dans les labos, c’est publié dans les journaux scientifiques, un autre labo peut écrire obtenir l’échantillon gratuitement et le reproduire et le modifier à nouveau comme de l’open source mais c’est comme si c’était interdit de mettre l’open source sur les PC des gens et que c’était que sur les gros super ordinateurs des universités. Voilà mais c’est parce que c’est interdit de le développer d’une manière utilisable par tout le monde, parce que les tests sont chers et parce que les tests se font détruire régulièrement.

I : Ensuite, il y avait implo qui se posait la question de la rentabilité, si le fait que les OGM, c’est bien surtout pour la rentabilité en priorité en fait.M : Alors, il faudrait expliciter, parce que la rentabilité pourquoi c’est un gros mot, il faut pas que les paysans gagnent leur vie, il faut qu’il meurent de faim ?

I : Je me demande si c’est pas plutôt la rentabilité du côté des gens qui produisent les graines en fait.

M : Ah ben c’est sûr qu’ils sont rentables, sinon ils produiraient pas hein. Je veux dire, il y a une espèce de façon de parler, alors on va en politique, moi je veux pas particulièrement faire de politique mais je veux dire, plaçons nous dans le cadre où nous sommes aujourd’hui c’est-à-dire que nous sommes dans une économie mixte où il y a une grosse part de privé, une petite part de public. Si le privé développe quelque chose, il va le développer d’une manière à ce que ce soit rentable, sinon ils vont pas survivre ils vont faire faillite. Et ils seront plus là et les fermiers s’ils veulent à la fin du mois payer toutes leurs factures et encore avoir des sous ils vont être rentables donc oui, les OGM il y a une question de rentabilité. C’est en fait une des originalité du riz doré c’est que c’est le premier OGM  qui a été développé, non pour que la ferme soit plus rentable mais pour que le consommateur en bénéficie. Tous les autres OGM ont été développés… En fait je pense que que c’est aussi une partie du problème dont on a pas parlé. La cible n’est pas le consommateur, la cible c’est le paysan c’est-à-dire que c’est pour rendre le travail du paysan efficace, quelque part c’est comme de lui donner un meilleur tracteur. Les tracteurs ça n’a pas rendu vos légumes meilleurs, ça a permis aux paysan de faire son travail plus efficacement à moindre coût donc c’est plus rentable. Est-e qu’il faut supprimer les tracteurs complètement, je ne sais pas mais c’est dans la même logique.

I : Ouais, bien sûr, mais c’est vrai que je pense que c’est pour ça que c’est un débat tellement passionné, c’est qu’il y a tellement d’enjeux différents à tous les niveaux et qui touchent tout le monde, c’est vrai que c’est pas simple je pense.

A : Je propose qu’on prenne, si tu peux nous remonter encore, disons, deux questions et puis après on va gentiment conclure parce qu’on a quand même fait long.

I : Alors il y en a une qui est quand même vraiment différente. Il y a MrNause, je sais pas comment on dit en français, il demande : “il existe encore des pommes de terre, des aubergines et des fraises qui ne sont pas génétiquement modifiées ?” donc ça c’est une première partie de la question, et les pommes au 17ème siècle étaient-elles aussi grosses que celles que l’on trouve today ?

M : Alors, pour le 17ème siècle je ne peux pas répondre, je ne suis pas historien des pommes mais c’est clair que les pommes qu’on mange aujourd’hui ne sont pas des pommes sauvages, si vous avez déjà vu des pommes sauvages, c’est tout petit, c’est très acide et amer et très dur. Et il y en a pas beaucoup par arbre donc ce qu’on mange nous, en général, c’est des pommes qui ont été, alors après génétiquement modifiées c’est une question de vocabulaire, mais qui ont été…

A : Sélectionnées.

M : Sélectionnées, hybridées, on a croisé des mutants naturels ou on a fait de la mutagenèse plus récemment mais dans le passé on a juste attendu que les mutants arrivent donc c’est lent mais ça c’est vrai aussi de toutes les autres plantes. C’est-à-dire pour les aubergines, j’ai jamais vérifié donc je ne connais pas mais les pommes de terre c’est pas les pommes de terre telles qu’on les trouve dans la nature non plus, ce qu’on mange, je veux dire rien de ce qu’on mange, si c’est domestiqué, la définition de la domestication pour un animal ou pour une plante c’est que l’humain contrôle sa reproduction, c’est la définition de la domestication et qu’on contrôle sa reproduction en grande partie pour contrôler qui se reproduit. C’est ceux dont les traits nous arrangent qui se reproduisent et donc on sélectionne qui nous arrange, que ce soit un cheval qui court vite, une vache qui donne beaucoup de lait ou un blé avec des grosses graines. Donc voilà. Après je suis pas sûr quel était le sens de la question mais ce que je peux dire.

I : Ouais peut-être c’était une question très naïve, simplement est-ce que les choses sont différentes maintenant. Et puis pour une dernière question, celle-ci s’adresse à Alan, d’après ton intro, si on trouve Marc pro-OGM est-ce que ça veut dire que l’on est anti OGM ?

M : C’est une question pour toi ça.

A : Est ce que Marc est pro OGM en fait finalement c’est ça la question.

M : Moi je dirais que je suis anti-anti-OGM.

A : Anti-anti.

M : Oui mais pro-OGM ça voudrait dire que je pars d’un a priori pro OGM et puis que je veux minimiser les défauts. Par exemple, quand j’ai parlé sur mon blog de l’expérience où ils ont trouvé que du maïs BT pouvait être mauvais pour des insectes non cibles, j’ai des commentaires de pro OGM qui trouvaient que j’avais été trop gentil avec cette manip qu’elle était nulle etc. Bon moi je la trouve assez intéressante cette manip, c’est sûr qu’elle finit pas la question, mais aucune manip ne finit la question, c’est toujours petit à petit la science et je la trouve intéressante et j’avais cherché des manips de ce genre. Donc je dirais, non, je ne suis pas pro OGM je dirais plutôt l’évidence n’est pas anti OGM. Donc voilà c’est un peu comme de demander si un scientifique qui travaille sur le climat est pro changement climatique. Pas forcément, a priori, mais quand il regarde l’évidence il voit ce qu’il voit. Donc quand je regarde l’évidence je ne vois pas que les arguments des anti OGM dans l’ensemble tiennent la route. Et je vois aussi que les anti OGM ça ne les dérange pas, ils continuent, donc à partir du moment où on nie les données scientifiques, on nie les résultats ça me gêne, donc je suis anti cette attitude, je suis anti anti OGM.

Ouf, ça m’a pris plus de temps que je ne pensais cette annotation. Les erreurs que j’ai comises sont énervantes, et montrent bien pour moi la difficulté du direct par rapport à l’écriture du blog où j’ai le temps de tout vérifier avant de publier.

Maintenant il faut que j’écoute le podcast sur les vaccins, qui m’a l’air d’un sujet semblablement casse-gueule. :-)

Quel est le coût environnemental du tabac ? #NoTobacco

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Aujourd’hui c’est la journée mondiale sans tabac, et je m’étais promis de faire un billet à cette occasion. Mais voilà, manque de temps, je m’y prends à la dernière minute. Avertissement donc : j’ai essayé de faire attention à mes sources, mais ceci n’est pas un billet super bien recherché. N’hésitez pas à me signaler les erreurs ou de meilleures sources d’information.

Bref, le tabac, on sait tous que c’est un poison, on a déjà évoqué que la nicotine est un insecticide « naturel », et on peut se moquer jusqu’à la fin des temps des anti-OGM qui fument. Mais je me posais la question également de son impact environnemental : le tabac prend de bonnes terres agricoles, et est en grande partie consommé ailleurs qu’il n’est produit, donc est transporté de manière polluante.

D’après le site tobaccoatlas.org, il semble que le tabac soit cultivé sur 3,8 millions d’hectares, dans 124 pays. Bien sûr il y a une grosse variation entre pays, et on constate certains pays pauvres dans lesquels le tabac sert d’exportation alors que la population est sous-nourrie, comme le Zimbabwe ou le Malawi. Le plus gros producteur mondial étant la Chine. Il semble aussi que 10 à 20 millions de personnes puissent être nourries grâce aux terres utilisées par le tabac.

En faisant une recherche de la litérature scientifique, je trouve notamment ceci :

Results The selected studies documented many negative environmental impacts of tobacco production at the local level, often linking them with associated social and health problems. The common agricultural practices related to tobacco farming, especially in low-income and middle-income countries, lead to deforestation and soil degradation. Agrochemical pollution and deforestation in turn lead to ecological disruptions that cause a loss of ecosystem services, including land resources, biodiversity and food sources, which negatively impact human health. Multinational tobacco companies’ policies and practices contribute to environmental problems related to tobacco leaf production.

Tob Control 2012;21:191-196 doi:10.1136/tobaccocontrol-2011-050318

Dans un article plus ancien du même journal, je trouve que ≈200’000 ha de zones boisées sont déforestées pour la culture du tabac par an, soit 1,7% de la déforestation mondiale, 4,6% de celle des pays concernés. Il semble qu’une grande partie soit due à l’usage du bois comme carburant dans la préparation du tabac.

J’ai du mal à trouver des chiffres sur l’impact du transport du tabac, mais en 2000, d’après l’organisation mondiale de la santé, 200 millions de tonnes de tabac auraient été exportées.

J’aimerais entendre ceux qui sont contre la monoculture, ceux qui sont contre l’agriculture d’exportation, ceux qui sont contre l’agriculture productiviste, ceux qui sont contre la déforestation, ceux qui sont concernés par les risques potentiels dans les produits en vente chez nous et ailleurs, j’aimerais les entendre tous condamner sans équivoque le tabac.

Je n’ai même pas mentionné la pollution causée par les mégots jetés n’importe où, avec leurs cancérigènes.

Rappel du coût / bénéfice : le seul produit légal qui tue 50% de ses consommateurs, impact environmental particulièrement dans des pays pauvres / aucun bénéfice.

Résumé grand public de projet « Recherche bioinformatique d’évolution adaptative dans le développement des vertébrés »

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Pour mon nouveau projet de recherche dont le financement a été accepté par le Fonds national suisse de la recherche scientifique (SNF), je dois fournir un résumé grand public, en français, allemand ou italien. On va dire français, et je vous met ici ce que j’ai écrit. D’abord à titre d’information, et ensuite parce que des retours sur la lisibilité du truc pour les non spécialistes seront les bienvenus.

Je doit suivre le format imposé par le SNF :

Lead

Les espèces animales diffèrent dans leur anatomie, et certaines de ces différences constituent des innovations évolutives remarquables, à petite échelle comme des changements de forme des dents, ou à grande échelle comme la mise en place d’ailes ou de poils. Ces différences doivent être codées dans le génome, et d’ailleurs certains cas particuliers sont bien connus.

Contenu et objectifs du travail de recherche

Le point de départ de ce projet est l’observation que les gènes actifs dans la fin du développement embryonnaire ou au début de la vie extra-embryonnaire (larve, nouveau-né) de différents vertébrés évoluent très rapidement. Cette évolution rapide concerne aussi bien la séquence des protéines que la régulation des gènes, ainsi que la perte ou le gain de nouveaux gènes. Or c’est aussi à ces stades de la vie que se mettent en plance les structures anatomiques qui varient entre espèces. Nous partirons d’une part des gènes dupliqués, source potentielle d’innovation, et d’autre part des gènes spécifiquement actifs à la fin du développement embryonnaire.
Nous chercherons à déterminer quelle part des ces changements évolutifs sont des adaptations, c’est-à-dire améliorent l’adaptation de l’animal à son environnement et procurent un avantage évolutif. En effet l’évolution rapide peut être due, soit à l’adaptation, soit au manque de contraintes, c’est-à-dire une accumulation de changements sans conséquences notables. Pour cela, nous utiliserons les outils bioinformatiques développés dans notre laboratoire et ailleurs, et les données de génomique disponibles. Nous considérerons les changements évolutifs à tous les niveaux, de la séquence d’ADN à la protéine et ses interactions en réseaux.

Contexte scientifique et social du projet de recherche

Le projet relève de la recherche fondamentale. Il permettra de mieux comprendre comment se mettent en place les innovations dévelopmentales, et donc anatomiques, dans l’évolution. Nous visons à utiliser la génomique pour réconcilier deux approches de la biodiversité qui s’opposent ou s’ignorent depuis plus de deux siècles : le structuralisme, qui met l’accent sur l’anatomie, et le fonctionalisme, qui met l’accent sur l’adaptation. Dans ce projet nous améliorerons aussi des projets bioinformatiques qui seront utiles plus largement en recherche biologique et médicale.

Mes philosophes de la biologie préférés : clairs et rigoureux

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Il y a deux billets que j’ai bien aimé sur le blog « Philosophie des sciences » : Les électrons existent-ils ? (1/2) Réalisme et sous-détermination et Les électrons existent-ils ? (2/2) Changements théoriques et réalisme structural. Après avoir signalé sur Twitter que j’aimais ces billets, l’auteur m’a répondu :

Et c’est vrai que ces billets, comme beaucoup de la philosophie des sciences « classique », s’appuient beaucoup voire exclusivement sur des exemples empruntés à la physique. Or ceci n’est pas juste une question d’exemples, mais cela influence les questions posées. Pour Kuhn ou Popper (voir ce billet) et beaucoup d’autres les questions posées par « la science » à « la philosophie » sont les questions posées par la physique. J’admet que la physique de la première moitié du 20ème siècle soit un objet de fascination intense, mais la biologie depuis le milieu du 20ème (en gros, ADN et synthèse néo-Darwiniste) dépote sérieusement, et pose des questions différentes.

Donc en réaction à ce petit échange Twitter, voici quelques philosophes dont je trouve l’apport positif. A savoir qu’ils ont éclairci des points pertinents à mon travail.

Le plus grand à mon avis : Eliott Sober. Il a écrit de nombreux excellent articles et livres, et je suis tombé sur lui la première fois en cherchant sur internet si d’autres que moi avaient pensé que l’Intelligent Design (créationisme relooké) était essentiellement un problème de probabilités conditionnelles (bien sur que d’autres y avaient pensé, dont Sober). Bref, Sober a beaucoup écrit (et pensé) sur les questions philosophiques posées par l’évolution. Je recommande en particulier un livre : Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science. En quelques chapitres ultra clairs il explique quelles types d’évidence on peut utiliser dans une science de type historique comme l’évolution, ce que l’on peut savoir et avec quelle confiance, et montre en passant où les créationistes se trompent. C’est grâce à ce livre que j’ai pour la première fois vraiment compris la différence entre approches fréquentiste, vraisemblance et bayesienne des statistiques. Parmi ses nombreuses contributions, j’avais bien aimé aussi la discussion avec un mathématicien appliqué à la biologie sur le fait de pouvoir tester l’hypothèse d’un ancêtre commun à tout le vivant (Sober & Steel 2002).

Deux autres philosophes que j’apprécie pour un livre en particulier chacun :

Samir Okasha, pour son livre « Evolution and the Levels of Selection », où il illustre brillamment que les philosophes peuvent être utiles aux scientifiques (pas qu’ils aient une obligation envers nous hein). La querelle sur la possibilité et l’efficacité potentielle de la sélection naturelle à différents niveaux d’organisation a été compliquée par une confusion effroyable sur la terminologie, des questions mal posées, et des erreurs de logique cachées dans des raisonnements compliqués. Par niveaux d’organisation, on entend : la sélection naturelle peut-elle agir siur la population ou l’espèce, ou seulement sur l’individu ou le gène (même entre ceux-là il y a parfois des débats confus) ? Okasha clarifie tout cela magistralement, et montre sous quelles conditions de la sélection apparemment de groupe est vraisemblable, et ce que cela veut réellement dire.

Et Ron Amundson pour The Changing Role of the Embryo in Evolutionary Thought: Roots of Evo-Devo. Bien qu’il soit un philosophe, il fait ici un travail d’historien, en faisant un historique de la tension entre deux approches de la biologie évolutive : l’approche structuraliste et l’approche fonctionaliste. Les deux ont leur origine dans l’étude de la diversité des espèces bien avant Darwin. L’approche structuraliste est issue de la morphologie comparée et de l’étude du développement, très importante au 19ème surtout en France et en Allemagne (par exemple Haeckel), et a été largement éclipsée lors du triomphe du néo-Darwinisme anglo-américain du milieu du 20ème. Elle veut savoir pourquoi et comment il y a des formes différentes. L’approche fonctionaliste est historiquement surtout anglaise, et Darwin puis le néo-Darwinisme de la génétique des populations sont fonctionalistes. Elle veut savoir pourquoi les choses sont adaptées, pourquoi elles marchent si bien. L’un demande pourquoi les tétrapodes ont tous 4 pattes et les insectes 6, l’autre demande comment des tétrapodes peuvent les uns voler, les autres nager. Le structuralisme est revenu à la mode à partir des années 1990 avec l’Evo-Devo, étude des mécanismes génétiques et moléculaires sous-tenant les similarités et différences anatomiques entre espèces. Amundson pense que ces deux approches ne peuvent être conciliées parce qu’elles posent des questions différentes. C’est la première référence bibliographique du projet de financement que j’ai écrit en septembre dernier (et qui a été financé, merci). Sauf que j’argue qu’Amundson a tort, et que la génomique permet de réconcilier les deux approches. A développer un de ces quatre sur le blog.

A noter un point commun de Sober et Okasha : ils n’ont pas peur des équations. Pas seulement de les montrer, mais de les démonter, de les comprendre vraiment avec leurs implications et leur pouvoir clarificateur. Et tous les trois avec Amundson n’ont pas peur d’aller dans le détail de la science qu’ils veulent comprendre, et le cas échéant de montrer des erreurs des biologistes de manière justifiée.

A noter aussi que même si j’ai mis en avant Amundson et Okasha pour un livre chacun, ils ont de nombreuses autres contributions, et Okasha notamment est considéré comme un interlocuteur important en biologie théorique. A noter aussi de Okasha un petit livre sympa : Philosophy of Science: A Very Short Introduction. Il écrit moins bien que Sober mais c’est pas un nul.

Il faut finalement que je mentionne Michael Ruse, l’un des philosophes de la biologie les plus connus (le plus connu ?). Il est très Darwinien, et descend en flèche de manière que je trouve injustifiée tous ceux qui osent critiquer l’orthodoxie néo-Darwinienne à la Dawkins. Il écrit super bien, mais je trouve qu’il manque de rigueur, et donc je n’aime pas.

Voilà, un peu de lecture pour vos longues soirées de printemps, et des idées de billets de blog pour le jour improbable où j’aurais le temps de développer chacun de ces points. Haha.

Le saumon #OGM qui grandit très vite présente-t-il un risque pour l’environnement ?

cliquez sur l'image (dessin du Podcast science)

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Dans mon Podcast Science sur les OGM, j’ai mentionné le cas de saumons OGM grandissant plus vite en aquaculture. Suite à cela, un collègue m’a fait passer un papier de 2004, où les auteurs ont étudié le même type d’OGM que fait dans les saumons, mais dans une autre espèce de poisson, le medaka. Les mâles OGM plus gros ont un avantage de sélection sexuelle, donc ont davantage d’enfants que les plus petits, mais leurs enfants survivent moins bien. En introduisant ces paramètres dans un modèle mathématique de dynamique de populations, ils trouvent que grâce à l’avantage des mâles, le gène OGM envahit une population, mais qu’ensuite la population s’éteint à cause du désavantage qu’apporte ce gène sur la viabilité.

saumon de Wikipedia

medaka de Wikipedia

Ce papier est intéressant, et pose des questions importantes pour la manipulation de la croissance des poissons. Mais les conclusions dépendent de données expérimentales sur le medaka, qui n’est pas un saumon, au labo pas dans la nature, et de la modélisation utilisée. Du coup j’ai cherché à en savoir plus, et voici le résultat de cette recherche.

Dans un autre article, de 2007, on trouve qu’en conditions typiques d’aquaculture, les saumons OGM grandissent trois fois plus grands que les non OGM dans le même temps. Quand ces saumons géants sont mis en conditions simulant la nature, ils ont un impact prédateur très important. Par contre, quand ils sont élevés du départ en conditions simulant la nature, ils ne sont plus grands que de 20%.

Dans un article de 2010, trois types de saumons ont été mis en compétition pour la reproduction en milieu immitant la nature (courant d’eau, cailloux au fond) : des sauvages, des issus de ferme non OGM, et des issus de ferme OGM. Les « cultivés » non OGM ont des mâles plus petits, et n’ont produit que 11% à 14% des petits, en partant de 50-50 cultivés – sauvages. Quand on utilise des cultivés OGM, ils sont plus grands mais sont nuls en reproduction, et ne produisent que 2% à 6% des petits. Un autre article de 2011 observe des résultats similaires, mais conclut :

Although transgenic males displayed reduced breeding performance relative to nontransgenics, both male reproductive phenotypes demonstrated the ability to participate in natural spawning events and thus have the potential to contribute genes to subsequent generations.

Dans un article très intéressant de 2013, les auteurs montrent d’abord que le saumon OGM Salmo salar (saumon atlantique) peut s’hybrider avec l’espèce proche Salmo trutta (truite brune ; truites et saumons ne sont pas des groupes taxonomiques à proprement parler, mais on s’éloigne du sujet là). S’hybrider, cela veut dire en l’occurrence que ces deux espèces proches peuvent se reproduire et avoir des petits viables. Et surtout, ils comparent les hybrides avec les deux types parents, S. trutta sauvage et S. salar OGM. Déjà, surprise, l’hydride grandi plus vite que les deux autres types en conditions d’aquaculture. Et surtout, lorsqu’on mélange dans des conditions simulant la nature hybrides, S. salar OGM et S. salar sauvage, les hybrides ont un avantage sélectif net, baissant la croissance des deux autres types de 82% et 54%. Ceci implique que si des saumons OGM s’échappent dans la nature, et se reproduisent avec des saumons sauvages, c’est leur progéniture (les hybrides) qui risque de poser problème.

A noter qu’il y a une réponse publiée à cet article, qui fait notamment remarquer qu’ils ont élevé les saumons hybrides en conditions d’aquaculture, et non en conditions immitant la nature. Donc on ne sait pas comment les hybrides se débrouilleraient dans des conditions plus difficiles (par exemple nourriture limitée). A noter la déclaration de conflits d’intérêts de cette réponse, mais la remarque reste valide :

I was Vice President for External Affairs at Aqua Bounty Technologies from 2001 to 2008, where I had responsibility for preparing an environmental impact assessment of the commercial use of transgenic Atlantic salmon. I have no present or continuing affiliation with or financial interest in the company.

Par ailleurs, et comme me le faisait remarquer un collègue, aucune de ces études ne semble modéliser la survie à l’hiver, qui devrait logiquement pénaliser les saumons OGM à croissance rapide.

Alors que conclure de tout cela ?

A mon humble avis, il n’est pas démontré que le saumon OGM à croissance rapide (on peut imaginer d’autres saumons OGM qui auraient des propriétés complètement différentes, voir billet « les OGM n’existent pas ») présente un risque environnemental, mais ce risque reste possible, et en l’état des connaissances pas improbable. Donc je dirais que l’on est dans un cas où le principe de précaution peut s’appliquer de manière justifiée et rationnelle : ne pas cultiver ces saumons à grande échelle avant d’en savoir plus.

Discussion sur les #OGM avec le Président des Verts vaudois @mdemontmollin

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Suite au Podcast Science sur les OGM, dans lequel Alan m’avait fait réagir à des citations du Président des Verts vaudois, Martial de Montmollin, ce dernier a répondu à mon intervention sur son blog, où j’ai également mis une longue réponse.

Je répète la réponse ici pour info, même si la plupart des points ont déjà été traités sur ce blog :

D’abord, merci pour votre réponse détaillée.

Comme je l’ai expliqué plusieurs fois, je ne suis pas « pro-OGM ». Je suppose que, par symmétrie avec le mouvement anti-OGM, un pro-OGM serait quelqu’un qui serait systématiquement en faveur de tous les OGM quelqu’ils soient, et ne verrait jamais de problème possible. Ce qui n’est pas mon cas. J’ai bloggué sur les problèmes potentiels liés aux OGM Bt par exemple, même si ces problèmes ne semblent pas spécifiques aux OGM en l’état des connaissances :
http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/07/09/impact-du-mais-ogm-bt-sur-lenvironnement/
http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/03/21/surprise-les-insectes-developpent-une-resistance-a-un-insecticide-ogm-apres-quon-en-ait-abuse/

Ensuite, je suis désolé que votre avis ait été parfois mal compris. Je n’ai pas choisi ce format, et je n’ai pas d’expérience précédente de podcast ni d’ailleurs d’interviews de ce type. J’espère qu’on pourra diffuser tout malentendu.

« Face à la violence des attaques, notamment sur le fait que la position anti-OGM soit assimilée aux conspirationnistes de tout poil, aux anti-vaccins et aux anti-science en général »:

Je ne pense pas avoir été violent, je suis surpris de ce point de vue. J’admet appeler un chat un chat, et si quelqu’un a tort de défendre des choses fausses, je le dis. Mais je ne pense vraiment pas avoir été agressif en réponse à vos remarques.

Je réitère ce que j’ai déjà écrit dans les commentaires du Podcast Science : l’évocation de liens entre sentiment anti-OGM et autres sentiments anti-science ou conspirationistes concernait spécifiquement la situation américaine, et correspond à une observation empirique. Ce n’est pas une stratégie pour vous discréditer, et m’étant déjà excusé que cela puisse en donner l’impression dans ces commentaires, je trouve surprenant que vous reveniez encore dessus. D’autant qu’il me semble quand même que c’était très loin de représenter une part importante de mon message ou de l’émission.

Je vous rejoint tout-à-fait sur le fait qu’il est difficile de commenter le contenu du Podcast. On me promet un transcrit sous peu, ce qui devrait nous aider à identifier quels points ou tournures vous ont posé problème.

Concernant l’étude de Séralini :

1- Ecrire que « les pro-OGM » ont pointé les problèmes de l’étude semble indiquer que seules des personnes avec un engagement pro-OGM l’ont fait. Or c’est incorrect, tout ce que la planète comprend de commentateurs scientifiques ayant regardé ce papier a pointé ces problèmes, à l’exception unique de personnes avec un engagement militant anti-OGM précédent. Je ne vais pas remettre la liste des académies scientifiques etc ayant jugé ce travail, mais donner quelques liens à des bloggueurs indépendants :
Tom Roud est un physicien qui modélise la biologie, il a exprimé ses réserves sur les OGM (par exemple http://tomroud.cafe-sciences.org/2007/08/09/peut-on-etre-physicien-et-reserve-sur-la-culture-des-ogm/ mais aussi à plusieurs reprises sur Twitter), et a écrit ceci sur l’étude de Séralini : http://tomroud.cafe-sciences.org/2012/09/26/des-rats-obeses-cancereux-et-des-hommes/
voici aussi deux billets sur un blog consacré par ailleurs aux « bactéries et à l’évolution » : http://www.bacterioblog.com/2012/09/23/les-ogm-sont-bons-pour-la-sante/ ; http://www.bacterioblog.com/2012/09/24/pour-quelques-rats-de-plus/.
Carl Zimmer est le journaliste scientifique le plus reconnu des USA et probablement de la planète. Voici ce qu’il écrivait à l’époque : http://blogs.discovermagazine.com/loom/2012/09/21/from-darwinius-to-gmos-journalists-should-not-let-themselves-be-played/
Orac est un bloggueur médical spécialisé dans le mouvement anti-vaccins (désolé de le faire ré-apparaitre), qui a écrit un billet sur Séralini que je vous déconseille de lire si vous trouvez mon ton trop violent : http://scienceblogs.com/insolence/2012/09/24/bad-science-on-gmos-it-reminds-me-of-the-antivaccine-movement/

2- J’entends souvent cet argument que cette étude aurait eu le mérite de montrer les faiblesses des autres études sur les OGM. Malheureusement c’est faux. D’abord, parce qu’une si mauvaise étude ne peut rien montrer. Ils auraient aussi pu tirer des nombres de rats aux dés, ils n’auraient toujours rien montré. Ensuite, ça devient un peu technique, mais pour montrer les faiblesses des autres études sur les OGM il faudrait faire une étude de puissance (au sens statistique) et potentiellement une méta-analyse montrant les limites de ces autres tests. C’est ce qu’a fait une étude très célèbre montrant les limites de la recherche médicale : http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pmed.0020124. Si l’objectif était de montrer des limites similaires dans le domaine des OGM, alors torturer des rats 2 ans n’était pas la bonne approche. Dans ce cadre, il faut bien noter que le plan expérimental d’une étude dépend notamment des hypothèses posées et de ce que l’on cherche ; d’où des différences entre une recherche de toxicité sur un produit où l’on n’en attend pas, et une étude de cancers, par exemple. Enfin, parce que les standards des agences sont une chose, la recherche scientifique une autre, et des études meilleures que celle-là heureusement il y en a. Ce dernier point est très important : les règlements des agences sont un mélange de science, de politique, d’influences économiques, etc. Donc par exemple les changements potentiels de la part des agences telles que l’EFSA suite au papier de Séralini et al incluent la réaction politique. Les conséquences scientifiques de cette étude sont inexistantes, les conséquences politiques sont majeures, et c’était l’objectif manifestement.

A mon avis, plus tôt tout le monde arrêtera de citer cette étude, et mieux le débat se portera.

Petite pique « je ne suis pas un spécialiste des questions de santé et je dispose d’aucune formation dans le domaine. Mais contrairement à lui (moi), je ne m’exprimerai donc pas sur la question ». Comme dit par Alan au début du Podcast, je ne suis pas spécialiste au sens académique, c’est-à-dire que je ne fais pas de recherche sur les OGM. Mais je suis quand même un chercheur actif en biologie, et comme tous mes collègues si je m’intéresse à une telle question et que je lis les articles, je peux comprendre de quoi il retourne. Bien sur des fois je fais des erreurs, et quand on me les fais remarquer je corrige. ;-)

En ce qui concerne la remise en cause du principe que la dose fait « forcément le poison » : il y a effectivement des résultats encore mal compris concernant des relations dose-effet non monotones (qui n’augment pas tout le temps en gros). Mais ça n’a aucun rapport avec le fait que toutes les plantes contiennent des produits potentiellement dangereux, et que la plupart des OGM ne produisent rien de plus de potentiellement dangereux. Donc il n’y a simplement aucune raison de soupçonner des risques de santé spécifiques aux OGM.

Par rapport à la dissémination : à nouveau, je ne vois pas en général un risque particulier aux OGM. On dissémine des plantes non natives depuis longtemps, et si l’on constate effectivement des problèmes, ceux-ci ne sont pas du à des échanges de gènes, mais à des espèces invasives classiques. Je suis bien d’accord que les espèces invasives contiennent de nombreuses espèces horticoles, comme même remarqué sur mon blog (http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/04/17/complements-et-commentaires-sur-mon-podcast-sur-les-ogm/#contamination).
Donc comment le fait qu’un risque existe pour toutes les plantes domestiquées, et que les OGM n’en soient pas forcément exclus, est-il un argument contre les OGM ? A la limite, c’est un argument contre la domestication, mais c’est un peu tard pour ça je pense.

La comparaison avec l’héroïne, l’alcool et le tabac ne me paraît pas pertinente. Ces substances sont connues pour leurs effets négatifs sur la santé, et on sait que l’héroïne a des effets particulièrement mauvais. Par contre il n’y a aucune raison de penser qu’une plante OGM en soi soit plus invasive.

Je revient à ce propos sur un sujet qui pour moi est critique pour comprendre la discussion sur les OGM : pour la plupart des questions posées, les OGM ne font pas sens comme catégorie. Par exemple on peut arguer qu’une plante résistante à un herbicide ait un potentiel invasif plus fort (pas sur, mais possible), ce qui inclurait le Round-up Ready mais aussi d’autres plantes non OGM rendues résistantes à des herbicides par d’autres techniques (par exemple http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ps.993/abstract). Par contre un OGM qui conduit à des pommes qui ne brunissent pas, ou qui produit une vitamine, on ne voit pas pourquoi il serait particulièrement invasif.

Je suis d’accord que l’on peut imaginer que la transmission d’un gène insecticide soit un problème, et votre raisonnement fait sens. Le risque me parait relativement faible, étant considéré que toutes les plantes produisent des insecticides (discuté dans le podcast), et que nous ne voyons pas des transferts fréquents de ces gènes.
Mais je vais me répéter : on peut parfaitement considérer que ce risque est trop élevé, et interdire les plantes produisant de trop fortes doses d’insecticides. Cela n’implique pas de jugement global sur « les OGM ».

Concernant la résistance aux herbicides : c’est un phénomène qui n’est pas nouveau, qui n’est pas lié intrinsèquement aux OGM, et qui est effectivement problématique et provient de mauvaises pratiques d’abus de peu de produits. C’est d’ailleurs également vrai pour d’autres pesticides.

Pour l’augmentation de l’utilisation d’herbicides, je vais répéter ce que j’ai mis en commentaire du Podcast (http://www.podcastscience.fm/dossiers/2014/04/07/podcast-science-169-les-ogm-ni-pour-ni-contre#comment-1346365778) : la quantité totale n’est pas pertinente si on ne précise pas le type de produit, sa concentration et sa dangerosité. Si on utilise plus d’un produit peu nocif plutôt que beaucoup d’un produit nocif, alors il peut y avoir un gain.

Pour les insecticides, les études jusqu’ici indiquent une augmentation des insectes dans et près des cultures OGM Bt.

Les gains relativement faibles des OGM :

1- Mon souci principal c’est qu’on arrête de dire des bêtises sur les OGM. De ce point de vue, si on utilise les données et informations correctes pour décider en connaissance de cause de ne pas les utiliser, ou de ne pas en utiliser certains, pourquoi pas ?

2- Ceci dit, je note que partout où ils ont le choix, les agriculteurs utilisent massivement les OGM disponibles, y compris en les piratant dans plusieurs pays du Tiers Monde. Donc il semble qu’ils y voient des gains significatifs. Notamment pour le Bt, ne pas faire d’épandages couteux et dangereux pour la santé des agriculteurs est un gros plus il me semble.

« Le tout ou rien » : là je ne suis pas d’accord avec vous. Oui une plante OGM peut se retrouver dans un champ d’une autre culture, mais c’est vrai de toutes les cultures. Cela n’empêche pas des champs de blé d’exister à coté de champs de colza, même si un tout petit peu de colza va dans le champ de blé et réciproquement. La peur de la contamination ne fait sens que si l’on suppose un effet délétère. Sinon, on peut dire qu’en cultivant du colza un agriculteur enlève à son voisin la liberté de cultiver « sans colza ».

En insistant sur une potentielle pureté « sans OGM », on contraint tout le système sans base factuelle. Probablement il y a des gens qui voudront être sans OGM même s’il n’y a aucun problème de santé ni environnemental particulier aux OGM, mais il ne me semble pas que ce soit le cas général. Le cas général, c’est une information incomplète sur la biologie en cause. D’où mon engagement de biologiste.

Pour l’étiquetage, j’ai dit explicitement que pourquoi pas. J’ai signalé que de nombreux collègues américains étaient contre. En ce qui me concerne, cela ne me pose pas de problème, surtout si on l’utilise pour de la pédagogie : « avec OGM pesticide » ou « avec OGM vitamine » ou « sans OGM avec pesticides » etc.

Ceci dit, l’analogie avec le gluten est erronée, parce que le gluten est effectivement un produit qui est une catégorie pertinente à l’alimentation : c’est un produit qui existe physiquement dans l’aliment, et il peut y avoir des réactions. Par contre le fait d’avoir une origine OGM n’est pas une propriété pertinente d’un aliment : il n’y a rien de changé en soi. OGM n’est pas un composant comme un métal lourd qui se transmet. C’est une technique de développement d’une variété.

Je ne suis pas non plus d’accord que « le refus du consommateur de consommer des OGM est parfaitement rationnel et légitime dans un stratégie personnelle de limitation des risques ». A nouveau, parce que les OGM ne sont pas une catégorie pertinente. Il n’y a simplement aucune propriété commune à l’ensemble des OGM, à l’exclusion de l’ensemble des non OGM.

Plus me croire que les personnes ayant défendu l’amiante ou la vache folle : je ne demande à personne de me croire sur parole. Je réponds quand on me pose des questions, au mieux que je peux. Je me renseigne autant que possible. Et je partage les informations que je trouve sur mon blog, toujours avec les références et les liens vers l’information d’origine, toujours avec les commentaires ouverts, et en répondant à tous les commentaires apportant des informations nouvelles ou faisant remarquer des erreurs.

En fait on a trois choix :
- croire systématiquement les figures d’autorité scientifiques ; l’expérience indique qu’on se trompera rarement, mais des fois oui ;
- ne jamais croire les mêmes ; l’expérience montre le contraire ; d’ailleurs vous avez bien pris la peine de souligner que vous n’étiez pas de ceux qui remettent en cause les vaccins et autres tendances anti-scientifiques ;
- chercher à comprendre les informations, les résultats, les raisonnements ; c’est le choix le plus difficile, et il comporte le risque de se tromper soi-même ; c’est ce que j’essaye d’encourager via mon blog.

Le point de vue de l’Union suisse des paysans est intéressant. J’apporterais deux commentaires : les OGM développés jusqu’ici présentent probablement peu d’intérêt pour l’agriculture suisse notamment parce que la Suisse et les pays autour découragent l’investissement dans des OGM qui nous seraient utiles. Et le fait que le public soit contre … oui en effet mais rien de nouveau. Le fait que la majorité des gens aient peur des OGM sans les comprendre ne justifie pas de ne pas les comprendre soi-même. C’est le sens de mon effort.

Le riz doré :
1- Le fait que l’on en parle tout le temps ne le disqualifie pas ! Sinon on peut dire « OK on parle d’OGM mais pas de maïs Bt ». C’est le seul cas d’OGM philanthropique prêt, parce que l’on décourage activement (y compris par le vandalisme) de tels efforts.
2- Il n’en existe pas moins, et il n’y a rien à faire : toute opposition à tous les OGM inclut l’opposition au riz doré. Explications et grosse discussion sur mon blog : http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/07/10/le-golden-rice-ogm-la-science-sauverait-des-vies-si-les-bobos-ne-la-bloquaient-pas/. (Oui j’ai lu les articles scientifiques d’origine sur le sujet.)
3- Je serais très intéressé à connaître votre avis sur l’aide au développement. Je remarque que Greenpeace et d’autres anti-OGM soutiennent la distribution de pillules faites en usine en Europe et aux USA, puis transportées de manière poluante en Asie, où il faut les redistribuer tous les ans. Il me semble, peut-être naïvement, que d’avoir la plante qui pousse de toutes façons sur place, que les gens mangent de toutes façons, qui inclut la vitamine et ceci récole après récole, année après année, est bien plus dans une logique de développement durable. Qu’en pensez-vous ?

Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j’ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants. De même, en cherchant des infos sur Twitter ou autres sources internet, je trouve divers sites. Parfois je tombe sur un  article apparemment excellent, mais je suis toujours curieux de connaître la philosophie et le sérieux d’ensemble du site avant de le recommender ou de l’utiliser comme référence. J’utilise dans ces cas-là le test combiné OGM + climat.

C’est simple : si c’est un site qui semble sérieux sur les OGM, je cherche ce qu’ils disent sur le climat ; et si c’est un site qui semble sérieux sur le changement climatique, je cherche ce qu’ils disent sur les OGM. Typiquement, on trouve des sites anti-écolo ou pro-industrie/pro-biotechnologie qui sont très clairs et documentés sur les OGM, et virent dans la paranoïa complotiste sur le climat, et des sites écolos ou sur la biodiversité qui sont très sérieux sur le climat, la biodiversité, la polution, et virent dans la paranoïa complotiste sur les OGM. Drapeaux rouges typiques : Allègre est un héros, le GIEC se contredit et ment, les paysans indiens se suicident à cause des OGM, le miel est contaminé par les OGM, etc.

Un exemple qui m’est arrivé cette semaine : via Twitter, je tombe sur un article qui semble intéressant sur le viticulteur qui refuse de traiter ses vignes en Bourgogne : Viticulteur bio, décryptage d’une affaire. Je ne connais pas le site, mais le nom et la présentation ressemblent à ce que l’on peut attendre d’un site pro-biotechnologies. Alors recherche sur le mot climat, et bingo :

— Vous avez dit réchauffement climatique ? 14 | 03 | 2006
— Vers trente années de refroidissement du climat ? 18 | 02 | 2010
— Nicolino, DDT et le climat 16 | 04 | 2007
— Agriculture et climat : halte a la panique ! 05 | 07 | 2007
— Laurent Cabrol / climat : et si la planète s’en sortait toute seule 09 | 06 | 2008
— Modifier le climat pour combattre la sécheresse 18 | 03 | 2010
— Climat : un excès de glaces au Canada menace une centaine de bateaux 30 | 04 | 2007
— La science du climat n’est pas encore au point – Chronique du PR Richard S. Lindzen 14 | 12 | 2009
— Quand on sait tout on ne prévoit rien 31 | 05 | 2005
— Le réchauffement climatique est un mythe ! 08 | 11 | 2004
— Du bon usage du réchauffement climatique 20 | 10 | 2009
— Le débat sur le réchauffement climatique n’est pas clos ! 20 | 03 | 2007

etc etc, y compris une « Apologie de Claude Allègre » en 2006.

Donc petit tableau guide :

anti OGM pas anti OGM
nie changement climatique complotiste grave anti écolo militant
ne nie pas changement climatique écolo militant science !

Bien sur, ce système a ses limites, par exemple si le site ne parle jamais d’OGM ou jamais de climat. Dans ce cas il faut regarder plus avant, mais dans l’ensemble ça marche bien.

Mise à jour : le blog écologie d’Audrey Garric sur le site du Monde ne parle habituellement pas d’OGM, ce qui me posait toujours question : pouvait-elle toujours éviter la question et donc de prendre un positionnement minimum ? Alors je trouve qu’elle vient de s’en sortir avec pas mal d’élégance sur les moustiques OGM anti-dengue :

http://ecologie.blog.lemonde.fr/2014/04/18/le-bresil-va-lacher-des-millions-de-moustiques-ogm-contre-la-dengue/

Bien sur elle donne la parole à des anti-OGM sans qualification scientifique sur un mode « il a dit elle a dit », mais ce n’est pas militant anti-OGM et présente les faits sur l’OGM correctement pour autant que je vois. (J’ai commenté là-bas, suivre ce lien.)

Compléments et commentaires sur mon Podcast sur les #OGM

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J’ai récemment été invité à discuter des OGM sur Podcast Science. Bien que je ne soit pas un spécialiste du sujet, Alan mon hôte a tenu à m’interviewer, rapport à mes billets de blog sur le sujet.

Comme je l’ai écrit brièvement en commentaire sur le site du Podcast, Christian Fankhauser, un collègue biologiste moléculaire des plantes, et pas directement impliqué dans les OGM et les semences, m’a transmis quelques commentaires intéressants que je vais développer ici.

1) OGM et allergie. Il existe un cas bien documenté où le gène d’une espèce de pois à été transmis à une autre afin de le rendre résistant à un insecte. La résistance à l’insecte a très bien fonctionné, mais le pois GMO est allergène (alors que ds le pois d’origine ce n’est pas le cas). A vrai dire on ne sais pas vraiment pourquoi, mais on pense que c’est les modifications glucidiques de la protéine qui sont en cause. Je donne toujours cet exemple car il démontre que les tests effectués sont efficaces alors que si tu fais venir de nouvelles variétés obtenues par croisement ces tests ne sont souvent pas mis en oeuvre et il n’y a aucune raison de penser que la même chose ne pourrait pas arriver…

http://www.gmo-compass.org/eng/news/stories/175.gm_peas_australia_cause_immune_response.html

Yo, excellent exemple, merci. Exemple qui peut plaire aussi aux anti-OGM : oui il peut arriver que des interactions imprévues arrivent ! Mais (1) on sait les détecter, (2) on ne les a pas détectées dans les autres OGM, et (3) on ne teste pas les hybrides et mutants non OGM pour de telles interactions.

J’en profite pour réagir à une remarque de Martial de Montmollin sur Twitter :

Je serais ravi de recevoir une référence me montrant que j’ai tort (à nouveau, je ne suis pas spécialiste des OGM), mais pour ce que j’ai vu, l’homologation des semences non OGM ne comprend pas les tests que doivent passer les OGM. La notion de « sanitaire » dans ce contexte semble être surtout une garantie que les semences ne portent pas de maladies. Cf Wikipedia et le Groupement national interprofessionnel des semences.

2) ouviers agricoles qui s’empoisonnent en cueillant des patates qui tombent malades. t’as une référence? aussi il serait utile de rappeller que la patate crue est toxique c’est pour ça qu’il faut absolument la cuire.

Comme écrit en commentaire sur le site de Podcast Science, je me suis trompé en direct live, c’est le céleri qui cause des problèmes de santé aux ouvriers agricoles. Reste qu’une plante non OGM peut tout-à-fait être toxique et avoir des conséquences conséquente, et que je n’entends pas réclamer son interdiction.

3) Une étude sur les OGM Bt en Chine est intéressante car elle montre que même sur des plantes non-OGM dans le coin il y a moins d’insectes (je peux te trouver la référence je crois que c’était il y a 2-3 ans ds nature). Suis d’accord avec toi sur le manque de bonnes comparaisons avec d’autres techniques pour donner du Bt.

Il m’a ensuite envoyé la référence, Lu et al Nature 2012. Etude en effet très intéressante, que ne l’ai-je vue plus tôt. L’introduction de cotton OGM Bt a conduit à une augmentation des insectes prédateurs, ce qui a conduit à une diminution de leurs proies, spécifiquement les pucerons. Donc il y a bien une diminution de certains insectes, y compris sur les plantes environnantes non OGM, mais c’est parce qu’il y a moins d’insecticide, et donc plus de prédateurs. Donc davantage de lutte « biologique » contre les insectes nuisibles aux cultures. Second effet kiss-cool.

C’est à ce moment-ci que les critiques des OGM me montrent leur ouverture d’esprit en admettant que c’est un effet positif du cotton Bt.

4) OGM et variétés…il est clair que les OGM comme n’importe quelle varité nouvelle doivent être croisé dans toutes les variétés locales afin de pouvoir être utilisé

Oui, mieux dit que moi, merci.

5) les OGM doivent être traité comme n’importe quelle variété « naturelle » si on veut éviter les résistances et c’est possible (par exemple dans un champs avec une variété Bt resistante il faudrait laisser 5-10% de plantes non-Bt resistantes).

On est d’accord, voir ce billet sur la résistance des insectes au Bt.

6) « contamination » beaux exemples d’espèces invasives. quels sont les exemples de l’agriculture classique invasive?

Je pense que Christian fait référence aux exemples du courier de Martial de Montmollin qui a été cité à l’antenne. Je ne connais pas d’exemples d’espèces invasives issues d’agriculture classique, mais une recherche rapide trouve cette référence :

Horticulture as a Pathway of Invasive Plant Introductions in the United States. Most invasive plants have been introduced for horticultural use by nurseries, botanical gardens, and individuals. BioScience (2001) 51 (2): 103-113

Donc il semble que l’horticulture (non OGM) soit coupable de beaucoup d’espèces de plantes invasives. Faut réglementer les jardineries (quoique ce soit probablement trop tard dans la plupart des cas).

7) Variétés OGM et autres variétés: en occident quasiment personne n’utilise ses propres graines en particulier pour des plantes ou il y a le hybrid vigor c’est-à-dire seul la F1 entre 2 parents différents est très vigoureux (e.g. le mais), mais aussi pour d’autre car chaque année on fait des projections sur les pestes les plus probables donc on plante les variétés avec les gènes de resistance appropriés.

Très intéressant, je ne connaissait pas les détails concernant la projection des pestes probables. Ce qui confirme que ce n’est pas à cause des OGM que les agriculteurs achètent généralement leurs graines plutôt que de les réutiliser.

8) je ne crois vraiment pas que Duboule était impliqué dans le PNR59 qui a testé les OGM en Suisse, je peux te trouver le responsable du projet.

En effet, erreur de ma part, comme écrit en commentaire sur le site de Podcast Science (voir liens là-bas).

9) Golden rice aux Philipines, il n’a pas été développé là, mais ils font un truc très important il croisent ce riz dans toutes les variétés locales ce qui est essentiel si on veut pouvoir les utiliser.

Oui en effet, je connais bien l’histoire mais j’ai fait un racourci un peu brutal à l’oral ; histoire détaillée dans ce billet.

Globalement, j’ai trouvé le Podcast une expérience intéressante et amusante, et qui apparemment m’a permis de toucher des gens qui ne lisent pas ce blog, mais je préfère l’écrit où il est plus facile de vérifier les détails, les sources, et d’utiliser le terme juste.

Un autre collègue m’a envoyé un lien très intéressant sur les saumons OGM, mais il faut que je creuse un peu avant de rapporter, c’est compliqué.

Voir aussi la discussion au site du Podcast Science, intéressante sur la difficulté réciproque du dialogue sur les OGM.

Quelques poissons d’avril scientifiques

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Un petit tour des poissons d’avril qui m’ont fait rire aujourd’hui :

A tout seigneur tout honneur, mes camarades du C@fé des sciences ont fait un super questionnaire sur les poissons : vrai ou poisson d’avril ?

Egalement sur le C@fé, Biopsci propose une technique révolutionnaire pour obtenir des cellules souches : en les trempant dans le petit déjeuner. (Contexte sur les cellules souches) (Un article parodique similaire en anglais.)

Les suivants en anglais :

Le CERN passe entièrement à la police de charactères Comic Sans. Contexte : ils avaient effectivement utilisé cette police peu sérieuse dans la présentation du boson de Higgs.

Des collègues lyonnais ont lancé deux journaux parodiques : Journal of Citations, qui ne fait que citer les autres pour augmenter leur nombre de citations, et donc facteur d’impact (voir ce billet d’Enro par exemple). Et Journal of Paleogenomics, qui publie l’excellent « A semi-automatic method for fast and accurate paradigm shifting » (voir mon billet plus sérieux). Mon préféré de la journée.

Mon 2nd préféré, mais uniquement pour les geeks de la génomique et bioinformatique, Paired End Genomics. Même si vous ne suivez pas tout, regardez la Generic Brand Video :

Mise à jour : j’avais oublié celui-ci : Dans le magazine Science, un rapport sur les ondes gravitionnelles qui nous montrent l’univers d’avant le Big Bang (rapport à la découverte récente). Mise à jour supplémentaire : Pascal Lapointe me signale que l’Agence Science Presse avait scoopé Science sur ce coup-là.

Mise à mise à jour : une liste de billets humour & science à l’Agence Science Presse.

L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique

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Un billet sur le blog Alambic de la bibliothèque de Clermont-Ferrand, sur Hypotheses.org, pose la question « L’open access nuit-il à la qualité scientifique ? » (explication de ce qu’est l’open access dans ce billet). Le texte contient beaucoup de bonnes choses, mais je trouve qu’il complique un peu trop la question.

Donc en résumé, ma réponse est : non.

Quelques points davantage en détail :

  • Je suis éditeur chez PLOS One, le journal le plus souvent cité en exemple pour l’open access haut débit sans critères d’impact scientifique. On a zéro pression pour accepter plus de papiers, il n’y a aucun lien avec le fait que les auteurs payent : s’ils demandent à ne pas payer par manque de moyens, c’est toujours accordé, et l’éditeur n’est pas au courant.
  • J’en ai marre d’entendre parler des journaux « prédateurs » comme disqualifiant l’open access. Ca me rappelle les débuts du web, quand beaucoup de gens en France ne voulaient pas avoir de présence web (j’ai vécu cela en 1995-96) parce que le web, y avait de la pornographie et des sites de piratage. Oui sur le web y a ces trucs, et les éditeurs escrocs existent. Mais en quoi cela justifie-t-il de ne pas agir par ailleurs ? De ne pas avoir de page web, de ne pas éditer un bon journal open access ? C’est un non sequitur, utilisé à dessein par les tenants du status quo.
  • A propos des journaux prédateurs, merci de ne pas citer avec approbation le truc récent dans Science. Ce n’était pas une « étude », vu que c’était fait par un journaliste, sur commande, et que ça n’a pas été soumis ni expertisé. Le plan expérimental était faussé exprès, en ne soumettant aucun faux article à des revues sur abonnement, et en ciblant en priorité les éditeurs classés comme « prédateurs ». Et il n’y a aucune correction pour des facteurs confondants comme l’age des journaux, leur reconnaissance, leur nombre d’articles, etc. Donc des journaux de merde publient de la merde, what’s new ? A noter que des papiers générés par ordinateur ont été acceptés par des éditeurs réputés sérieux, sur abonnement (news dans Nature), et que Elsevier a publié de faux journaux sur abonnement (New Scientist).
  • Finalement, tout ce bruit sur les nouvelles revues et nouveaux éditeurs me paraît détourner de l’essentiel : il faudrait que les revues existantes, avec leur expertise et leur prestige, deviennent toutes open access. Alors on pourra arréter de discuter de ces bétises et permettre l’accès au savoir à tous. Sans utopie, c’est déjà économiquement viable.

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8 questions sur l’évolution, reloaded

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Sur le blog généralement excellent Passeur de sciences il y a une interview du paléontologue Jean-Sébastien Steyer sur le thème « 8 questions pour en finir avec les clichés sur la théorie de l’évolution ». Je n’ai pas trop aimé cette interview, à laquelle Tom Roud a aussi pas mal réagi sur Twitter. Plutôt que de râler sur ce que je n’ai pas aimé, ce qui risquait de ne pas être très constructif, j’ai décidé de donner mes propres réponses aux même questions (questions de Pierre Barthélémy en gras).

1/ Soit par une simplification excessive soit dans le discours des partisans créationnistes de l’« Intelligent Design », l’évolution est souvent représentée comme une ligne droite qui va de la bactérie jusqu’à l’homme. Que répondre à ceci et quelle autre représentation graphique serait plus correcte ?

D’abord, une ligne allant de nos ancêtres à nous n’est pas en soi fausse. Ce qui est faux, c’est de représenter des espèces actuelles le long du chemin. Nous ne descendons pas d’un chimpanzé, mais d’un primate qui est également l’ancêtre des chimpanzés. Nous ne descendons pas d’un poisson actuel, mais d’un ancêtre commun avec les poissons actuels. Nous ne descendons pas d’une bactérie actuelle, mais d’un ancêtre commun avec les bactéries. Ce qui complique la communication c’est que la plupart des gens, s’il pouvaient voir ces ancêtres, diraient « tiens un singe, tiens un poisson, tiens une bactérie ». Leurs caractères primitifs ne sont clairs que pour les spécialistes, d’autant plus quand ce sont des organismes très différents de nous, comme les bactéries.

Ensuite, l’évolution suit un arbre, avec des branchements. En soi, ce ne devrait pas être très difficile à montrer et mettre en avant, mais c’est fait très rarement parce qu’il y a reproduction d’un cliché bien ancré. De plus, on a souvent tendance à représenter les espèces très distantes de nous en bas de l’arbre (regardez les résultats Google Images pour « arbre évolution »). Donc la réponse est que la représentation correcte est un arbre, avec toutes les espèces au même niveau. Excellent exemple dans ce billet de SAFFT.

2/ L’évolution va-t-elle nécessairement vers plus de complexité comme on l’entend souvent ?

Ah bon, on entend souvent ça ? Bref, la réponse est en deux parties :

  1. L’évolution n’a pas de direction particulière. Parfois plus de complexité est mieux adapté, parfois moins de complexité est mieux adapté. Parfois la complexité émerge sans adaptation, par hasard (par exemple nos gènes dupliquent par hasard et on en a plus), parfois la simplicité émerge sans adaptation, par hasard (par exemple on perd des gènes par hasard).
  2. Comme noté par Stephen Jay Gould, si vous partez d’organismes très simples, ce qui était probablement le cas au début de la vie, et que vous évoluez au hasard plein d’organismes, la médiane va rester très simple (et en effet, la plupart des organismes sont des bactéries), mais la complexité maximum va augmenter avec le temps parce qu’on bougeant au hasard on va parfois s’éloigner de ce minimum de complexité où l’on a commencé. Il avait proposé une analogie avec un mouvement brownien (au hasard donc) de particules qui démarrent toutes près d’un mur (qui représente la complexité minimale de la vie). Bien que le mouvement soit au hasard, la limite extrême de distribution des particules s’éloigne progressivement du mur, parce qu’il n’y a pas d’autre possibilité de mouvement. Donc oui, il y a probablement d’une certaine manière complexification des organismes les plus complexes au fur et à mesure du l’évolution, sans « nécessité » intrinsèque, et alors que la stagnation est la règle et la simplification est fréquente.

3/ Un autre raccourci très courant dans la vulgarisation est qu’une forme apparaît pour réaliser une fonction. Comment reformuler les choses sans ce « pour » ?

C’est une façon naturelle de penser, et ce qui est révolutionaire dans la théorie de la sélection naturelle de Darwin est justement cette capactié contre-intuitive à générer de la fonction en l’absence d’intention. Parce que c’est contre-intuitif, il est très difficile de donner une formulation simple, claire et exacte. D’ailleurs dans mes cours de biologie, quand j’étais étudiant, les profs disaient souvent « tout se passe comme si telle molécule voulait faire telle fonction », pour faciliter leur exposé… ce qui a donné son nom légèrement cryptique à ce blog.

Proposition de formulation : « une forme qui réalise bien une fonction utile est préservée ». On peut ajouter « une variante d’une forme qui réalise mieux une fonction utile que la forme habituelle est mieux préservée. »

4/ L’image du chaînon manquant est elle aussi très ancrée dans l’imagerie populaire. Se justifie-t-elle sur le plan scientifique ?

Ca dépend comment on veut l’interpréter.

Si on veut dire qu’il nous manque des informations dans le registre fossile, c’est vrai et ça le sera toujours. Les fossiles sont incomplets.

Si on veut dire que ces manques sont critiques, et du coup on ne peut pas dire ce qui s’est passé dans l’évolution, c’est faux (dans les cas qui intéressent le grand public en tous cas). Dans les grandes transitions, du type apparition des vertébrés terrestres, on a suffisamment de fossiles de bonne qualité pour savoir ce qui s’est passé avec un bon niveau de détail.

Si on veut dire qu’il y a des séries de fossiles qui permettent de visualiser une transition, c’est souvent correct (ça dépend des cas), à condition de se rappeler que l’évolution fonctionne en suivant un arbre et non une ligne droite, voir ci-dessus. Excellent exemple avec Tiktaalik sur le blog Pharyngula (en anglais) ; compte rendu en français avec moins d’images sur le Dinoblog. Mais si on veut dire ça, pourquoi dire chaînon « manquant » ?

5/ Autre image d’Epinal, celle du fossile vivant, employée par exemple pour le cœlacanthe. Faut-il aussi lui tordre le cou ?

Là pour le coup, oui, totalement, il faut lui tordre le cou. Toutes les espèces présentes autour de nous ont la même durée évolutive les séparant de nos ancêtres que nous. Certaines espèces évoluent effectivement plus lentement que d’autres, mais : (1) aucune n’évolue pas du tout, donc elles seront toujours différentes des espèces fossiles disparues, et (2) l’évolution lente affecte généralement certains aspects, parfois frappants, mais pas d’autres.

6/ Dans les grandes étapes du vivant, il y a la « sortie des eaux » par les vertébrés. Comment la science la conçoit-elle aujourd’hui ?

Vu que j’ai donné l’exemple de Tiktaalik ci-dessus, j’y renvoie. En bref, il semble que cela se soit fait en plusieurs étapes sur une relativement longue durée.

Jusqu’ici je n’ai pas fait référence aux réponses de J-S Steyer, mais c’est quoi ce bazar de réponse où il essaye de dire que ce n’est pas important, à peine si on s’en fout pas ? Ce n’est pas unique bien sur, mais de tels cas où une lignée évolutive à envahi une nouvelle niche énorme, avec des innovations morphologiques et fonctionnelles clairement reliées à ce changement, existent et intéressent la biologie évolutive. On peut citer la diversification des plantes à fleurs, les autres passages au mileu terrestre, notamment chez les plantes et plusieurs groupes d’arthropodes (dont les insectes), ou à plus petite échelle les poissons des glaces. Et moins connus du grand public, l’apparition des eucaryotes ou de la photosynthèse.

7/ Parmi les grands chouchous du public, en matière de paléontologie, on trouve les incontournables dinosaures. L’image que la science en donne aujourd’hui est très différente de celle que nous en avions il y a quelques décennies…

Vu que je ne suis pas paléontologue, je ne vais pas trop rebondir sur cette question.

8/ Quelle était la place réelle des mammifères dans le monde animal avant la disparition des dinosaures non aviens ?

C’est encore débattu, voir mes billets Pas si petits, les mammifères du temps des dinosaures ? et Un petit débat scientifique pour #DarwinDay : fossiles contre ADN chez les mammifères, et les commentaires dessous. Mais cela semble quand même clair que de ce temps-là, les mammifères étaient moins divers qu’aujourd’hui.

Je ne comprends pas ce que J-S Steyer essaye de dire dans sa réponse. Ca fait longtemps que l’on sait que les mammifères existaient avant la disparition des dinosaures, et il dit à la fois que oui leur disparition a libéré des niches, mais que ce n’est pas si important. En quoi la disparition totale de la mégafaune et son remplacement par une nouvelle lignée de mégafaune n’est-il pas intéressant ? (Un truc que je trouverais intéressant à noter par contre, c’est que les descendants directs d’un groupe de dinosaures, les oiseaux, a continué à très bien se porter, et comporte aujourd’hui encore davantage d’espèces que les mammifères. Dino not dead. Cliquer sur dessin en haut de page.)

Voilà, je vous laisse lire les deux interviews, la vraie de M. Steyer, et ma vraie-fausse ci-dessus.

Surprise ! Les insectes développent une résistance à un insecticide #OGM après qu’on en ait abusé

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Le maïs OGM Bt produit un insecticide issu d’une bactérie (voir ce billet par exemple). Ca marche très bien, les paysans économisent des insecticides couteux et dangereux pour leur santé et pour l’environnement. Donc ils utilisent beaucoup, en tous cas aux Etats-Unis où ils en ont le droit. Beaucoup beaucoup beaucoup. Et qu’est-ce qui se passe quand un insecticide unique est utilisé énormément sur un immense territoire ? Une pression de sélection très forte sur les insectes cibles pour développer une résistance à cet insecticide spécifique. Les scientifiques (vous savez, les affreux individus vendus aux multinationales) ont bien averti du problème, et proposé des solutions : varier les insecticides (mais vu le bazar que c’est de mettre un nouvel OGM sur le marché, et que personne n’aime épandre des insecticides, c’est pas gagné), varier les cultures, et planter des îlots de maïs non Bt au milieu des cultures Bt, afin de donner une bonne chance aux insectes non résistants de se maintenir. Mais voilà, les compagnies qui produisent le maïs Bt veulent gagner des sous, les paysans veulent gagner des sous, et les solutions ci-dessus ne font pas gagner plus de sous à court terme. Et la résistance se développe, comme rapporté dans un article récent de Gassmann et al. dans PNAS, bien expliqué dans un article de vulgarisation en anglais dans Wired. Notons quelques points intéressants :

  • Bin oui, l’évolution existe, si on met une pression très forte sur une espèce avec un pesticide, elle va développer une résistance si elle a une taille de population suffisante pour accuser le coup (en général les espèces qui nous gènent sont abondantes). Soit dit en passant, avec une pression plus faible la résistance va aussi se développer, ça risque juste de prendre plus longtemps. Mais s’il y a une niche disponible « manger les plantes que cultivent les humains », elle sera prise.
  • Les pauvres paysans forcés de planter des OGM contre leur plein gré, quand ils ont le choix non seulement ils les achètent et les plantent, mais ils les plantent davantage que n’est conseillé. Ca ne colle pas trop au scénario des paysans victimes là.
  • Quand une compagnie vous dit que son produit va marcher pour toujours, ne la croyez pas.
  • Les scientifiques avaient prévu le coup et averti. Quand on comprend ce qui se passe au lieu de hurler, on peut comprendre que les OGM ne sont pas des poisons, qu’ils ne détruisent pas forcément la biodiversité, qu’ils sont divers (voir ce billet), et aussi que ce ne sont pas des solutions magiques, et que la biologie impose de prendre en compte l’évolution et la génétique des populations.
  • Finalement, tout ceci n’a qu’un rapport assez indirect avec les OGM. Si un insecticide quelconque était utilisé de manière aussi large et systématique, une résistance se développerait, que ce soit par pulvérisation ou par OGM. Et c’est arrivé, exemples sur Wikipedia en anglais. Mais ça fait des titres de presse tellement plus vendeurs si on peut dire que c’est un échec des OGM plutôt que de l’abus d’insecticide unique.

Alors c’est vrai que l’OGM maïs Bt encourage à utiliser uniquement ou largement l’insecticide Bt. Mais en principe, rien dans la technologie n’interdit de préparer des graines ayant différents insecticides, et de vendre ensuite des sacs de graines mélangées, permettant de semer des plantes toutes résistantes, de manières diverses. Mieux, des chercheurs ont développé un OGM qui produit une phéromone d’attraction de papillon pour les attirer ailleurs que vers les cultures à protéger (magazine en anglais, article libre accès), et une autre équipe développe un blé qui produit une molécule signalant le danger aux pucerons (communiqué de presse). Résultat attendu dans le deuxième cas : faire peur aux pucerons et attirer leurs prédateurs. Une super solution, parce que le développement d’une résistance parait bien moins probable, vu qu’on ne tue pas les insectes, on les redirige juste. Mais il vaut bien mieux interdire tout ça, c’est des OGM après tout, et continuer à utiliser des insecticides (rappel : le Bt est autorisé en culture bio, ça vient « naturellement » d’une bactérie), auxquels des résistances évolueront, OGM ou non.

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Note : je reçois des tonnes de spam dans les commentaires, et je n’ai pas le temps de tout vérifier. Alors si vous commentez et que ça n’apparait pas dans les 12h, contactez-moi par Twitter @marc_rr.

Etre jugé par ses pairs en sciences : un privilège d’homme ?

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Ca fait plusieurs fois que je participe à des comités ou jurys d’un type ou d’un autre, dans lesquels un certain nombre d’hommes (dont moi) jugent une jeune femme : jurys de thèse, comités de pilotage, commissions de recrutement, etc. Et je me faisais la réflexion que le contraire ne m’est jamais arrivé, et que même la possiblité que cela m’arrive a toujours été négligeable. Ma directrice de thèse était une femme, et la seule de mon jury de thèse. Dans la commission qui m’a embauché à l’Université de Lausanne, il y avait une femme. Pour le reste, que des hommes. Je n’ai jamais été le seul homme d’un comité.

Ce qui me rappelle The male privilege checklist : tous ces privilèges dont les groupes dominants n’ont pas conscience parce qu’ils ne sont pas des privilèges explicites, mais plutôt des absences de discrimination, ou simplement que la société est construite pour eux (en l’occurence je devrais dire pour nous, vu que je fais partie des privilégiés).

Alors voilà, un privilège dont je bénéficie en tant qu’homme en sciences : je suis très généralement jugé par d’autres hommes, et très rarement (ça ne m’est jamais arrivé) par des comités constitués uniquement de membres de l’autre sexe.

Je ne dit pas qu’il s’agit d’un privilège énorme, ni que d’être jugé par un comité constitué uniquement de membres de l’autres sexe est forcément un problème. Mais c’est juste un des nombreux petits désagréments potentiels sur la voie d’une femme voulant faire des sciences, dont un homme n’a jamais ni à être victime, ni – immense privilège en soi – à même être conscient.

Que faire ? A court terme, je suppose, en être conscient, et essayer d’y faire attention, prendre en compte ces circonstances dans le jugement et dans le fond et la forme de la discussion. A long terme, bin plus de femmes à des postes importants en sciences…

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Note : je reçois des tonnes de spam dans les commentaires, et je n’ai pas le temps de tout vérifier. Alors si vous commentez et que ça n’apparait pas dans les 12h, contactez-moi par Twitter @marc_rr.

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Mise à jour : sur un thème connexe, un bon article sur la « ville faite pour les garçons » sur le nouveau site du vulgarisation du CNRS.

Blogs sur la biodiversité issus de mon cours sur les blogs #BlogSci

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Je donne en ce moment un cours « Blogging and using Twitter for scientific communication« . J’ai demandé aux étudiants d’écrire un billet de blog la semaine dernière. J’ai listé les billets écrits, qui pour la plupart correspondent à de nouveaux blogs, sur mon blog anglophone, et je vous invite à leur rendre visite :

Student blogs from my graduate course “Blogging and using Twitter for scientific communication” @unil

Je voudrais juste attirer votre attention ici sur deux des blogs qui ont démarré en français, avec une intention nette de vulgarisation sur la biodiversité :

Chouettes titres, les deux blogs, et j’espère qu’ils tiendront la distance sur les objectifs affichés de vulgarisation et d’explication de la biodiversité au public.

La saga des cellules souches continue à nous éclairer sur le fonctionnement de la science (à défaut de celui des cellules)

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Bon alors l’histoire des cellules souches magiques, ça ne s’améliore pas (1ère partie, 2ème partie). Un des auteurs, Teru Wakayama, appelle l’article à être retiré, la 1ère auteure (Haruko Obokata, qui a fait les manips) demande à ce que sa thèse soit rétractée, que du bon. Et l’institut où les manips ont été en grande partie faites, le RIKEN au Japon, dit en conférence de presse qu’ils « ne peuvent pas conclure que les résultats sont totalement faux ». La confiance règne. Suivez tout en anglais sur l’excellent blog http://www.ipscell.com de @pknoepfler.

Dans ce nauvrage en temps réel, ce qui est intéressant à observer c’est la dynamique sociale du fonctionnement de la communauté scientifique. Quand on apprend la science, au niveau le plus simple, on apprend que les scientifiques sont très critiques, font très attention, remettent en cause leurs hypothèses dès que ça cloche, etc. Puis dans un deuxième temps, si on s’y intéresse, on apprend que non les scientifiques y en a des arrogants et des égoïstes, certains sont aveuglés par leurs préjugés et d’autres attachent leur carrière à une hypothèse et ne veulent plus en démordre, y a des vieux qui ne veulent pas des nouvelles méthodes et des jeunes qui répètent les erreurs passées par ignorance… Et si on arrête là, on a une bien piètre image de la science.

Le truc, c’est que tout ça c’est vrai, mais que ce qui importe c’est la manière dont fonctionne la communauté scientifique. La recherche scientifique, malgré les Géo Trouvetout populaires de la BD aux films et aux livres, est une oeuvre et une aventure collectives. Ce qui importe, ce n’est pas si un individu admet ou pas s’être trompé (bien que ça soit mieux s’il le fait), c’est si la communauté reconnaît l’erreur et agit en conséquence. A savoir, corrige les hypothèses et met en place de nouveaux tests.

Dans le cas des cellules souches, on a de tout :

  • Comme dit ci-dissus, Obokata n’a pas (pas encore ? à ma connaissance) déclaré l’étude non valide, mais elle déclare sa thèse sur le sujet non valide, une démarche très rare et relativement radicale.
  • Comme aussi dit, un des co-auteurs appelle les papiers à être rétractés, donc à admettre qu’ils ne rapportent pas l’évidence qu’ils disent rapporter.
  • Par contre l’auteur sénior, le chef de l’étude, Vacanti, maintient mordicus que c’est valide.
  • Le RIKEN, où travaille Obokata, a démarré une enquête interne, communique en permanence, et fait preuve d’une grande transparence (apparente au moins) dans sa recherche de la vérité. On peut craindre qu’ils ne visent à transformer Obokata en bouc émissaire (chèvre émissaire pour une femme ?) de cette histoire, mais au moins ils font quelque chose.
  • Harvard, où une partie du travail a été fait, se tait. Donc à notre connaissance ne fait pas d’enquête comme le RIKEN.
  • Certains chercheurs sur les cellules souches, comme détaillé précédemment, cherchent à établir collectivement la reproductibilité des expériences, et communiquent ouvertement sur les problèmes découverts.
  • Pendant ce temps, d’autres chercheurs bien établis dans le monde des cellules souches trouvent tout ce déballage de bien mauvais gout, et préféreraient que le linge sale soit lavé en famille. Ce qui pourrait bien entendu être l’occasion d’affirmer au monde qu’il n’est pas si sale que ça, et surtout éviter que l’on constate du linge sale dans d’autres labos je suppose.

Nous voyons donc en direct live la nature auto-correctrice de la science, et les résistances locales que cette auto-correction suscite toujours. Les pessimistes se focaliseront sur le verre à moitié vide : le silence d’Harvard, l’entêtement de Vacanti, les réticences de certains pontes à discuter de cette histoire. Les optimistes se focaliseront sur le verre à moitié plein : le démontage du papier et les nombreuses tentatives de reproduction des expériences en quelques semaines à peine, les discussions publiques jusque dans les pages de Nature et de certains journaux grand public (surtout au Japon), la réaction ouverte du RIKEN, la prudence aussi des critiques. Moi je vois le verre plus qu’à moitié plein : c’est important de ne pas se focaliser sur les faiblesses d’une personne ou une autre, mais de voir le fonctionnement communautaire. (Et aussi d’être très critique quand dans certains cas une communauté scientifique disfonctionne, mais c’est nettement plus rare.)

Discussion intéressante sur les brevets sur le vivant, même pas #OGM

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Un billet hyper court pour signaler une excellente discussion sur le brevetage des plantes, avec l’exemple de poivrons pas OGM issus de croisements complexes, et qui sont brevetés par Syngenta (c’est vrai quoi, y a pas que Monsanto dans la vie). Ca date du début du mois, mais c’est toujours d’actualité :

http://avisdexperts.ch/videos/view/2284/2

Ceci renvoie bien entendu à la discussion avec Pierre-Henri Gouyon sur un billet précédent. Ce n’est pas parce qu’on n’a pas d’OGM qu’on n’a pas de brevets, et au risque de me répéter on pourrait avoir des OGM non brevetés si on laissait et incitait les chercheurs académiques à les déveloper.

Infos complémentaires sur les brevets sur le vivant : « Problèmes engendrés par les brevets » à Sciences-Presse, « Brevets sur les plantes, avis de restriction » à Sciences2.

Rififi chez les bioinformaticiens : peut-on tout critiquer sur tous les tons ?

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Un billet forcément trop court pour rendre compte d’un débat important et très animé qui a eu lieu ces deux dernières semaines, sur le blog de Lior Pachter, le même qui avait déclenché le débat sur les méthodes utilisées en bioinformatiques en fin d’année dernière. Dans une série de trois billets (The network nonsense of Albert-László Barabási ; The network nonsense of Manolis Kellis ; Why I read the network nonsense papers ; plus une explication de texte finale : Number deconvolution), Lior a démonté des articles par des scientifiques très connus, dans des journaux très reconnus, sur les méthodes d’analyse de réseaux, y compris les réseaux de gènes ou de protéines (quel gène interagit avec quel gène, ou régule quel gène, etc).

Je ne vais pas rentrer dans les détails, il faut lire les billets et les commentaires si vous vous intéressez à la biologie computationnelle. Mais je vais insister ici sur les tensions que ces billets ont cristalisé :

  • Tension entre méthodologistes, souvent énervés par des papiers par forcément 100% satisfaisants publiés dans de grandes revues, et scientifiques qui produisent ces papiers à haute visibilité, que les critiques des méthodologistes qui ne produisent pas les résultats biologiques énervent souvent.
  • Tension plus générale entre les scientifiques qui réussissent bien, même très bien dans le système actuel, de revues à fort impact très sélectives, et scientifiques qui réussissent moins bien dans ce système, et qui jusque récemment avaient peu l’occasion d’exprimer leurs critiques (à-peu-près toujours rejetées par les grands journaux « par manque de place » ou « trop technique »), mais s’expriment de plus en plus dans les blogs et sur les serveurs de preprints du type ArXiv.
  • Tension, enfin, entre la nécessité de parler franchement des problèmes éventuels de méthodes ou de résultats scientifiques, et la nécessité d’avoir un dialogue constructif entre scientifiques. Tension donc entre le fonds (y compris dire que c’est faux quand c’est faux) et la forme (ne pas accuser les collègues de fraude ou de malversations à la légère en public).

Le dernier point a donné lieu à la plus grande discussion, parce que le mot fraude, justement, a été employé. C’est un mot très chargé en science. Accuser quelqu’un de fraude, c’est très grave. Lior a accusé Manolis Kellis de fraude, parce qu’il a modifié une figure après expertise, et parce que des paramètres de la méthode n’étaient pas explicités. (C’est un prof de Berkeley qui accuse un prof du MIT, y a pas de petit joueur ici.)

Ma position sur ce débat, je l’ai donnée en commentaire du troisième billet, ici et ici. En bref, je pense que (1) le débat sur la forme a lieu d’être, et Lior a probablement eu tort d’utiliser le mot fraude, mais que (2) ce débat a été employé pour détourner de ce qui doit rester l’essentiel, à savoir la véracité et l’honnêteté du travail scientfique. Si Lior a raison, alors il a rendu un service important à la communauté. S’il a tort, il faut le montrer, pas juste pousser des cris sur le ton.

Je reiviens sur ce que j’avais écrit après le précédent billet à scandale de Lior :

grâce aux blogs et à Twitter ces gros projets se font sous la supervision de plus en plus proche et réactive d’une communauté qui n’a pas peur de faire connaître ses critiques, et que ces mêmes plateformes permettent aux scientifiques des gros projets de répondre, créant un dialogue constructif. Et ça c’est une très bonne nouvelle pour le progrès de la recherche en biologie et en sciences en général.

Je pense vraiment que la vigilance de personnes telles que Lior, ou « expertise post-publication », peut améliorer la science. Quelque part, ses motivations me challent peu : vengeance, jalousie, passion pure et brulante pour la science ? Si les auteurs et les journaux savent qu’ils courent le risque d’être critiqués sur la place publique en cas d’erreurs ou de manquements graves, tout le monde sera un peu plus prudent, peut-être un peu plus rigoureux, et ce sera pour le mieux. Voir aussi le débat post-publication en cours sur les cellules souches miraculeuses.

(A propos de l’image ci-dessus, je l’ai twittée du coup  à Lior et à Dan Graur, également spécialiste de la critique malpolie :

)

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Mise à jour : certains des débateurs opposés s’échangent des tuyaux gentils sur Twitter, c’est pas cool ?

 

 

Cellules souches à l’acide : mauvais trip ?

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Un billet rapide pour rebondir sur le commentaire de Stephane sur mon billet précédent sur les cellules souches obtenues par traitement à l’acide : il semble d’une part qu’il y ait des doutes sur certaines figures des articles, et d’autre part un effort collectif pour reproduire les résultats n’a pas (encore ?) abouti (blog ipscell).

Il y a un excellent résumé en français de la situation sur l’Agence Sciences Presse.

Je vais juste commenter rapidement par rapport aux deux points que j’avais soulevé dans mon billet précédent.

Par rapport à la prudence des scientifiques : bin apparemment c’était justifié ! Il semble à présent de plus en plus probable que cette technique ne fonctionne pas comme annoncé, au mieux, et pas du tout, au pire. Par contre il faut noter qu’il faut également faire preuve de prudence avant de déclarer que ça ne marche pas. Peu de temps a passé, une des tentatives de réplication sur le blog ipscell lié ci-dessus est codée en vert / positif. Donc prudence des deux cotés, et à suivre.

Par rapport à l’attitude des auteurs qui ont travaillé dur pour montrer qu’ils avaient raison. A ma connaissance, ils n’ont pas encore crié au complot. Leur réaction aux soucis soulevés ces derniers jours (certaines de leurs données manquent également dans les bases de données, Nature a promis de s’en occuper) sera à mon avis très indicative : scientifiques honnêtes comme les physiciens ayant observé par erreur une vitesse supérieure à celle de la lumière, ou complotistes paranoïaques comme Séralini et al ?

Pour le fun, citons un excellent tweet sur cette affaire :

Tout ceci nous rappelle aussi qu’il n’y a qu’un moyen de savoir si un résultat scientifique publié est bon, c’est le test du temps et de la reproduction par la communauté, comme expliqué dans un précédent billet.

A suivre donc.

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Mise à jour : Top 10 Oddest Things About The Unfolding STAP Stem Cell Story sur le blog ipscell.

Et l’auteur de ce blog fait un Ask Me Anything sur Reddit.

Darwin day : de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes et leurs implications médicales

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Aujourd’hui c’est Darwin Day ! Bon je n’ai pas le temps de faire un long billet bien documenté (comme ceux-ci sur l’importance des mécanismes autres que la sélection naturelle : Du côté de chez Elysia chlorotica, Webinet des curiosités), mais je vais parler rapidement de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes.

Comme déjà dit, séquencer des génomes, c’est de plus en plus rapide, de moins en moins cher, et cela a des conséquences médicales : on peut détecter les mutations qui distinguent les personnes. Mais de telles mutations, y en a tout plein. En moyenne, chacun de nous a de l’ordre de 200 mutations neuves, qu’aucun de ses parents n’avaient, plus plein d’autres partagées. Mais lesquelles sont médicalement pertinentes ? Pour essayer de prévoir cela, les bioinformaticiens développent des méthodes computationnelles pour prévoir l’impact de chaque mutation. Attention, quand on dit l’impact, on ne veut pas dire « ça va faire les cheveux roux légèrement moins roux » hein, on n’en est pas encore là, mais plutôt une classification du type : pas de conséquences, un peu mauvais, plutôt grave, carrément inquiétant.

Premier role de la biologie évolutive : nous renseigner sur ce à quoi nous devons nous attendre. Si vous avez lu les billets cités ci-dessus (Elysa et webinet), vous savez que la plupart des mutations dans l’ADN n’ont aucun effet. Et ceux qui ont un effet, ont de manière très générale un effet négatif. C’est relativement intuitif : quand quelque chose marche, et qu’on le modifie au hasard, on a beaucoup plus de chances de le casser que de l’améliorer. Donc on négliger les toute minuscule chance qu’une mutation inconnue jusqu’ici améliore les choses, et on va chercher à classer selon l’effet potentiel. S’il n’y en a pas, cool. S’il y en a un, c’est probablement mauvais.

Deuxième role de la biologie évolutive : le meilleur prédicteur de l’importance d’une mutation, c’est de savoir si cette position dans l’ADN est conservée entre espèces ou non. En effet, si une position d’ADN qui joue un rôle important dans la survie et la reproduction des organismes mute, cette mutation sera détrimentale, et sera probablement éliminée par la sélection naturelle (Darwin ! Darwin !). Par contre si une position qui ne joue pas un rôle important mute, la mutation sera « neutre » (je vous dit d’aller lire les billets cités en haut du billet), invisible pour la sélection naturelle, et aura une faible chance d’être gardée dans l’évolution. Petit exercice de maths de génétique des populations rigolo : sachant que les chances qu’une mutation neutre soit gardée après son apparition sont inversement proportionnelles à la taille de la population (parce que ça veut dire que le morceau d’ADN gardé par toute l’espèce est celle de cet individu muté), et que les chances qu’une mutation apparaissent sout proportionnelles à la taille de la population, qu’en est-il des chances au total pour une position neutre de changer ? Bin la taille de la population est éliminée, donc c’est un taux relativement stable.

Donc les parties d’ADN qui n’auront que peu d’impact médical évoluent relativement vite et de manière relativement stable au cours du temps. Alors que les parties qui ont potentiellement un gros impact médical seront bien conservées entre espèces, grâce à la sélection naturelle. Et ce n’est pas un tout-ou-rien : plus c’est important, plus la sélection est forte, plus c’est conservé. Les protéines qui forment l’ADN en chromosomes (histones) sont 100% conservées entre tous les animaux (à ma connaissance), faut dire que c’est vraiment vraiment critique.

Encore mieux, il faut préciser que ce n’est pas une région d’ADN qui est neutre ou pas, c’est une mutation. Avec assez de données comparatives entre espèces, on peut donc distinguer à une position les mutations « permises » de celles qui sont « interdites » (ou très rares), donc potentiellement détrimentales.

Dans deux articles publiés récemment, des équipes ont proposé de nouveaux classificateurs améliorés pour prédire l’impact des mutations dans le génome humain :

Ritchie et al. 2014 Nature Methods doi:10.1038/nmeth.2832
Kircher et al 2014 Nature Genetics doi:10.1038/ng.2892

Dans les deux articles, ils incluent beaucoup de caractéristiques différentes de l’ADN, y compris les modifications chimiques (billet épigénétique à l’ASP), la composition en nucléotides, l’état du chromosome dans différentes cellules (ADN très enroulé ou plus déroulé), etc etc. Et dans les deux articles, le prédicteur le plus fort et le plus cohérent de l’effet des mutations c’est la conservation évolutive. En plus dans Kircher et al ils ont simulé l’évolution de l’ADN sous différents scénarios pour bien vérifier la pertinence de leur méthode.

Donc Darwin ça ne sert pas qu’à comprendre les pinsons des Galapagos (bien que ce soit aussi très important) ; la théorie qu’il nous a légué, et que l’on continue à améliorer, sert aussi à faire sens de l’énorme quantité d’informations biomédicales qui devient disponible.

Joyeux Darwin Day.

Impressions subjectives sur la perception des #OGM, via Twitter

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Depuis l’affaire Séralini, ça m’arrive régulièrement de traiter, sous un angle ou un autre, des OGM, et du coup je regarde ça de temps en temps sur Twitter. Jusque récemment, je trouvais ça très déprimant, avec une domination très massive de discours irrationnels et souvent ouvertement anti-scientifiques.

Or quelque chose qui me frappe récemment, c’est qu’alors que ce ton anti-rationnel reste dominant en français (et autres langues latines) sous le hashtag #OGM, le ton général en anglais, sous le hashtag #GMO, me semble évoluer positivement. Je vois de plus en plus de liens vers des articles scientifiques, des blogs de scientifiques, des corrections des contre-vérités et théories du complot qui circulent. C’est pas encore gagné, remarquez.

Alors c’est très subjectif, et je peux me tromper, mais j’ai l’impression que le vent est en train de tourner aux Etats-Unis, du point de vue discours public. Sans sous-estimer les efforts de scientifiques qui essayent d’éduquer le public, comme Kevin Folta (http://kfolta.blogspot.com/), je pense qu’un certain nombre de journalistes honnêtes, à force d’enquéter sur le sujet de manière ouverte, montrent que non les OGM ne sont pas tous des poisons, non les paysans ne sont pas tous des marionnettes de Monsanto, et oui les anti-OGM manipulent la peur et l’ignorance sans honte ni retenue. Je pense notamment aux excellent articles de Amy Hamon au New York Times (par exemple celui-ci), et à la série d’enquêtes sur Grist par Nathanael Johnson. Ce dernier est notable parce que Grist est un média de gauche avec un historique anti-OGM, Nathanael Johnson est parti dans son enquête avec le même a priori, et a peu à peu vu que les arguments anti-OGM ne tenaient pas la route. Il conclu de manière très diplomatique, mais c’en est fini de l’hystérie anti-OGM à Grist on dirait. (Erreur sur le nom de Nathanael corrigée.)

Donc voilà, on sait ce qui reste à faire en francophonie. Je lance un appel à des journalistes marqués écolo, par exemple Audrey Garric, pour se lancer dans une étude honnête et approfondie sur les OGM, avec comptes-rendus réguliers. Chiche ?

———-

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Cellules souches à l’acide : promesses thérapeutiques et leçons sur la méthode scientifique

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[si vous lisez ce billet, voyez aussi les problèmes plus récents notés dans cet autre]

Nouvelle fracassante en biologie cette semaine ! Des chercheurs rapportent qu’ils peuvent transformer des cellules spécialisées de souris nouvelles-nées en cellules souches, simplement en les exposant à de l’acide.

Obokata et al. (2014) Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647
Obokata et al. (2014) Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency. Nature 505, 676–680
Smith (2014) Cell biology: Potency unchained. Nature 505, 622–623 (commentaire)
(articles tous d’accès payant, hélas hélas)

Une cellule souche, c’est une cellule qui a le potentiel de se développer en tout type de cellule spécialisée. C’est très important thérapeutiquement, parce qu’il y a le potentiel de renouveller des parties abimées de notre corps.

Dans un premier temps, on ne savait les obtenir qu’à partir d’embryons, ce qui posait des problèmes éthiques. Plus récemment, on a découvert le moyen de reprogrammer les cellules spécialisées en les traitant avec les facteurs de transcription typiques des cellules souches (Prix Nobel 2012). Késako ? Toutes nos cellules ont le même ADN. Si elles sont spécialisées, c’est qu’un certain ensemble de gènes s’exprime (est actif), alors que d’autres non. Ce qui fait une cellule souche, plutôt que de muscle ou de peau ou de nerf, c’est le choix des gènes exprimés ou non. Ce qui fait exprimer ou non chaque gène, c’est le contrôle par des protéines spécialisées dans la régulation des gènes, les facteurs de transcription. Donc si on met les bons facteurs de transcription, on peut diriger la cellule vers l’état que l’on veut. Mais c’est cher et difficile.

Dans la nouvelle étude, ils ont découvert qu’en stressant les cellules spécialisées, ils en conduisent à se dédifférencier en cellules souches. Or, stresser une cellule c’est facile : de la chaleur, de l’acide, pas assez de nutriments, plein de choses marchent. Ce qui marche le mieux ici, c’est un léger acide. Beaucoup plus simple que le dosage exact de plein de protéines spécifiques. Donc potentiellement applicable pour développer des cellules souches spécifiques à chaque patient qui en a besoin.

Voilà pour les promesses thérapeutiques. Et les lessons sur la méthode scientifique ? Tournons-nous vers le blog journalistique sur le site boston.com.

D’abord pour s’amuser, quelques citations qui illustrent l’ampleur de la découverte :

The result is “shocking,” “astounding,” “revolutionary,” and “weird,” said scientists not accustomed to using such exuberant words to describe new research findings

“It’s just a wonderful result; it’s almost like alchemy,” said Douglas Melton, co-director of the Harvard Stem Cell Institute.

Ensuite, noter dans ce billet de blog et les autres réactions sérieuses que j’ai lues ces derniers jours la phrase « If the finding is replicated by other scientists, it also promises to yield fresh insights ». Si le résultat est reproduit. Nous nous méfions toujours du syndrome de l’étude unique, contrairement aux militants pseudo-scientfiques toujours prêts à bondir sur une étude isolée qui montre que le climat ne change pas, les OGM c’est poison, les vaccins c’est poison, le sexe guérit le cancer (ou presque) et je ne sais quoi. Citation de Dr. George Q. Daley, director of the stem cell transplantation program at Boston Children’s Hospital

“It’s a startling result that makes you stand up and go, ‘Wow!’” Daley said. “With an equal dose of amazement and skepticism.”

Enfin, l’histoire de cette découverte est très intéressante. Le dernier auteur (en biologie, place du chef, celui qui a lancé et coordonné le travail), Charles Vacanti, a rapporté dès 2001 des cellules souches isolées en maltraitant mécaniquement des cellules spécialisées. A l’époque, il pensait juste isoler des cellules déjà présentes en petite quantité. Tel Galilé et Bozo le clown, on s’est moqué de lui. Alors il a laissé tomber un moment, puis repris avec un étudiant japonais (premier auteur des papiers, en biologie place de celui qui a fait le gros du travail). Ils ont commencé à tester l’idée que le stress était clé, en essayant différentes expériences.

Vous avez remarqué ? Vacanti, il a pas écrit un livre décriant l’establishment et donné plein d’iinterviews pour décrier la censure du complot en blouses blanches soutenues par le lobby Big Pharma. Non, il a réfléchi, reformulé son hypothèse, et avec un étudiant ils ont fait plein d’expériences supplémentaires. Ils ont d’abord réussi à faire des presque cellules souches, à durée de vie courte, puis des vraies cellules souches. Yaaaah !

Et alors truc incroyable, quand au lieu de crier au martyre vous faites les expériences et vous montrez que vous avez raison, y a pas des gorilles qui débarquent au labo pour tout casser, mais vous avez deux articles dans Nature et le gars qui a eu le Nobel avec la technique que vous rendez obsolète qui dit que c’est super excitant.

On vit quand même une époque formidable en biologie. C’est pas excitant ça ?

Blogs scientifiques, blogs de scientifiques, et blogosphère scientifique

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Récemment, Passeur de sciences a annoncé que le site du Monde.fr allait abriter plusieurs nouveaux blogs de science. Joie !

J’ai commenté que c’est bien, mais ce qui serait encore mieux serait que les journalistes scientifiques francophones, comme leurs homologues anglophones (en tous ceux des grands médias comme le New York Times ou le Guardian), interagissent avec les blogues et blogueurs scientifiques, les citent, les commentent, etc. Tom Roud (du blog Matières Vivantes) a réagi de manière similaire sur Twitter, générant une discussion intéressante (lien). Suite à cela, j’ai eu un bref petit échange avec Pierre Barthélémy, l’auteur de Passeur de sciences, qui m’a notamment écrit qu’il a beaucoup de mal à identifier des blogs tenus par des scientifiques en français. Etant moi-même dans ce cas, je me sens concerné.

Alors il me semble qu’il faut distinguer trois choses :

  • Les blogs de science. Tous ceux du C@fé des sciences et de SciLogs en font partie, ainsi que pas mal d’autres. Ce sont des blogs qui parlent surtout ou seulement de sciences, à des niveaux très divers, de manière très générale ou plus spécialisée, avec un objectif éducatif ou militant. Ils sont écrits par des journalistes, des enseignants, des amateurs passionés, des scientifiques, etc.
  • Les blogs de scientifiques. Ce sont des blogs tenus par des scientifiques, qui parlent de science mais aussi de la communauté scientifique, ses problèmes de misogynie ou de communication, d’enseignement supérieur ou de carrières. Ils peuvent aussi prendre un ton plus militant lorsque l’entreprise ou la communauté scientifique sont menacés, par des politiciens, des groupes d’intérêt, ou des philosophies anti-scientifiques. Ils sont effectivement beaucoup plus fréquents en anglais qu’en français pour une raison simple : si je blogais en anglais, mes collègues pourraient me lire ; en l’occurence, même la plupart des membres de mon labo ne peuvent pas (à supposer qu’ils en aient envie, mais ça c’est autre chose). Mais quand même, il y en a. Même si je ne les connais pas tous, j’ai l’impression que la majorité des blogs de SciLogs sont des blogs de scientifiques, ainsi qu’au moins Sham et Science, Matières Vivantes, et BiopSci (et celui-ci) ici au C@fé Sciences.
  • Les blogosphère scientifique. En anglais, il y a de nombreux dialogues entre blogs, les gens n’hésitent pas à rebloguer sur un sujet déjà traité pour donner un angle un peu différent ou un point de vue personnel, les bloggeurs commentent les uns sur les autres et les uns chez les autres, les blogs se référencent sans cesse. On note là-dedans qu’il n’y a ni barrière forte entre blogs scientifique par non scientifiques et blogs de scientifiques, au contraire, ni barrière forte entre blogs et journalisme, les journalistes n’hésitant pas à relayer les critiques apparues sur les blogs concernant la bactérie à l’arsenic, ENCODE « junk DNA is dead », ou autres. Pour moi, c’est ce qui manque le plus en français, même si le C@fé des sciences est un super effort, et d’ailleurs c’est pour cela que je l’ai rejoint. Mais je trouve très très dommage que Passeur de sciences et Sciences2, ou les blogs de SciLog, ne lient que très peu entre eux et aux autres.

Il me semble que construire une vraie blogosphère scientifique francophone est la première étape pour améliorer les autres points. On a besoin d’un cycle vertueux dans lequel les scientifiques voient l’intérêt à bloguer parce qu’ils voient que leur voix sera prise en compte. Non pas automatiquement, par argument d’autorité, mais quand ils ont quelque chose d’intéressant à dire.

Prochaine étape : établir une liste des blogs de scientifiques, en français. Suggestions bienvenues dans les commentaires ou par Twitter.

 

Les #OGM n’existent pas, et ça nous fait oublier l’essentiel

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Bien sur que les OGM existent, stricto sensu. Mais au sens où le terme « OGM » est utilisé dans le discours public il ne veut rien dire. Les OGM sont le produit d’une technique. Toute phrase « Les OGM verbe complément » n’a de sens que si elle discute de la technique.

Phrases faisant sens :
Les OGM sont plus rapides à produire que les variétés par croisement.
Pour développer des OGM il faut des compétences en biologie moléculaires.
Mise à jour : voir commentaire intéressant de Wackes Seppi.
Phrases ne faisant pas sens :
« OGM = agriculture toxique« .
Les OGM sont des poisons.
Les OGM causent des alergies.
Mise à jour : Martin Clavey me signale un exemple intéressant de phrase contre-sens pro-OGM :
Les OGM pour enrayer la famine?
(on peut en faire vraiment beaucoup en fait des qui ne font pas sens.)

Deux nouvelles dans l’actualité relativement récente m’amènent à (re-)clarifier ce point.

Les pommes Arctic Apples (voir explication sur Passeur de sciences) sont modifiées pour qu’un gène présent dans les pommes (et les pommiers) ne s’exprime pas, c’est-à-dire ne soit pas actif. Si j’ai bien compris (ref dans un article, page Wikipedia, page de la companie) c’est l’ensemble des copies du gène PPO (y en a plusieurs) qui sont toujours là mais dont l’expression est bloquée.

Ce qui est important pour la discussion dans le contexte de ce billet, c’est que la plupart des points débattus sur les OGM « usual suspects » ne sont pas pertinents : il n’y a aucun matériel génétique étranger ajouté.

Autre information récente, la discussion sur le miel au Parlement Européen : les parlementaires ont considéré que du miel produit avec en partie du pollen issu de plantes OGM n’était pas différent de miel produit autrement. Et en effet, le fait d’être « OGM » n’est pas une qualité physique que se transmet à travers toutes les transformations biologiques, contrairement par exemple à la radioactivité ou à la présence de métaux lourds. Un OGM, c’est un organisme dont l’ADN a été modifié. Mais l’ADN est une très grosse molécule biologique présente en quantité faible ; la plupart des transformations biologiques, comme la mort et encore plus la digestion, vont la casser. Après digestion, on a des nucléotides, mais plus de l’ADN, pas plus qu’un tas de lettres n’est un roman de Tolstoï. Donc l’ADN modifié n’aura pas en soit d’influence sur le miel, produit d’une digestion et d’un « tri » des sucres par les abeilles (en gros le miel c’est des sucres). Il est possible par ailleurs qu’un OGM contienne des molécules actives pas présentes dans le non OGM, enquel cas ces molécules pourraient aller un petit peu dans le miel.

Mais on revient à ce qui est illustré par les Artic Apples : selon les OGM, on aura ou non ajout d’une substance. Autre exemple, plus connu, les plantes Round-Up Ready bien un gène de bactérie rajouté, mais il s’agit de l’homologue (voir ce billet) d’un gène que les plantes ont déjà. Rien ne change, sauf que cet homologue n’est pas inactivé par le glyphosate (le Round-Up). Ah et puis les plantes sont généralement traitées au glyphosate, mais d’autres plantes aussi, et sinon d’autres herbicides sont utilisés.

Pourquoi est-ce important ? Parce que la focalisation sur le terme « OGM » comme catégorie idéalisée à la Platon entraîne des blocages énormes, et une énorme dépense d’énergie qui finalement rate sa cible.

C’est avec ce genre de réification du concept OGM qu’on se retrouve avec des gens apparemment intelligents comme Nassim Taleb qui nous explique que les OGM c’est un risque systémique énorme. Mais il réussi à faire cela sans jamais se pencher sur la question de ce qu’est un OGM. Je suis moins fort en maths que Taleb, mais je n’arrive pas à voir la menace de déséquilibre pour la planète dans le fait qu’une pomme ne brunisse pas parce qu’elle a une enzyme sous-exprimée, ou qu’un riz a de la vitamine A dans ses graines (Golden Rice ; voir ce billet et celui-ci et celui-là). Le pire qui va arriver, c’est que ces plantes si elles quittent nos champs auront un désavantage sélectif et seront éliminées. Oui il faut faire attention (voir billet sur les limites de la science), mais non tout OGM n’est pas porteur d’un risque global cataclysmique.

Vous voulez militer contre le brevetage du vivant ? Faites-le, c’est très important ! Mais en se focalisant sur les OGM, vous laissez breveter des avancées médicales, des plantes hybrides, et des organismes mutants (mais par mutagenèse non dirigée alors c’est OK). Par contre vous bloquez la recherche publique sur de potentiels OGM non brevetés (potentiels parce que vu l’opposition aux OGM, les labos publics laissent tomber).

Vous voulez être informé sur les pesticides ? C’est très important aussi, oui ! Mais en se focalisant sur les OGM, vous ratez les discussions sur d’autres pesticides, autrement plus nocifs (notamment pour les abeilles d’ailleurs), et vous bloquez le développement de plantes résistant mieux aux pathogènes sans traitement (par exemple en augmentant leur système immunitaire – c’est faisable mais pas fait, encore à cause des oppositions). (A ce propos, je note avec intérêt la récente décision française d’interdire les pesticides aux jardiniers amateurs – à suivre.)

Vous êtes contre la monoculture ! Alors diversifiez vos achats, faites attention à la provenance de ce que vous achetez, et même proposez des lois récompensant les pluricultures moins rentables (ou le maintien de systèmes tels que le bocage). Mais en insistant sur les OGM, vous bloquez les développements de plantes pouvant pousser dans des conditions plus diverses, ce qui permettrait de mieux exploiter chaque milieu, tandis la monoculture, qui date de bien avant les OGM, se porte très bien, merci pour elle.

Moi je serais tout pour par exemple noter sur les fruits et légumes quels pesticides ont été utilisés (y compris dans le bio, grand utilisateur de sulfate de cuivre ou de Rotenone, lequel cause Parkison chez les rats ; voir cet article), lesquels sont issus de variétés brevetées, lesquels ont été récoltés dans une exploitation non monoculture, etc. Mais l’information selon laquelle une pomme a un gène silencé ou un riz fait de la vitamine A non seulement dans les feuilles mais aussi dans les graines, quel rapport ?

Finalement, après une discussion twitter avec Mike Eisen et Vincent Lynch, je me suis dit que si on veut vraiment (comme beaucoup de militants verts américains) étiqueter les OGM, faisons au moins la différence. Etiquetons les OGM avec substance ajoutée (par exemple le maïs Bt, voir ce billet), mais pas ceux sans (comme le Round Up Ready ou Artic Apple). C’est pas un beau compromis, ça ?

Et je vous en prie, arrêtons avec les phrases « Les OGM sont ou font ceci cela ». Merci !

Pour mille balles, t’as un génome humain

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Announce fracassante cette semaine dans le monde du séquençage d’ADN : la société Illumina, leader du domaine, va commercialiser deux nouvelles machines : le NextSeq 500, qui vise le marché des « petits » clients, et le HiSeq X 10, qui vise au contraire les très gros centres. (Pour le contexte du séquençage ADN moderne, je vous recommande ce billet sur le blog BiopSci.)

Le NextSeq 500, c’est pour reprendre le marché de l’entrée de gamme apparemment, notamment par rapport à Ion Torrent. D’après un blog généralement bien informé le NextSeq tuerait Ion Torrent, mais à $250’000 contre $80’000 pour Ion Torrent ça ne me paraît pas si évident.

Mais le plus important dans cette annonce est le X10. Illumina promet avec cette machine de passer la barre symbolique des $1000 pour un génome humain. Mais il faut y mettre le prix du ticket d’entrée : il faut acheter minimum 10 machines, et pour que ça vaille le coup, il faut les faire tourner en permanence. Dans ces conditions, vous séquencez 18’000 génomes par an. Le prix inclut également le logiciel pour analyser les données, et donc ce que vous obtenez c’est les variations entre humains : ce qui dans notre ADN fait que chacun de nous est unique (pas encore clair pour moi si c’est seulement les mutations d’une base, ou aussi les gros changements). Ces variations peuvent être déjà connues ou nouvelles, cela peut être un génome sain ou tumoral. Par contre, grosse limitation, le logiciel limite l’usage à l’humain seulement. Ceci alors que la technique est clairement applicable telle quelle à n’importe quelle espèce, de l’ADN c’est de l’ADN.

Point intéressant, les $1000 comprennent l’amortissement de la machine et les personnels pour la faire fonctionner, donc c’est pour de vrai. Par contre les scientifiques ou médecins pour interpréter les résultats, c’est autre chose. D’ailleurs c’est là que le goulot d’étranglement risque d’être, et partout dans le monde on pousse à intégrer davantage la génomique et la bioinformatique au cursus des médecins.

Illumina annonce donc avoir ajouté un nouveau point au graphe de la décroissance du coût du séquençage, nettement plus rapide que la décroissance du coût informatique (loi de Moore) depuis quelques années déjà :

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Image prise dans la doc publicitaire d’Illumina, donc je ne garanti pas la véracité, surtout du dernier point (ajouté par eux)

A noter qu’avec cette annonce pas mal de collègues commencent à s’inquiéter de la situation de quasi-monopole, ou en tous cas de très forte dominance (style Google ou Facebook), d’Illumina sur le séquençage d’ADN. Ce n’est pas trivial, il s’agit de lire nos génomes, d’obtenir des informations sur les mutations médicalement pertinentes ou la biodiversité. Un point qui me dérange depuis l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage c’est qu’elles sont toutes basées sur des protocoles propriétaires auxquels on est obligés de faire confiance. Dans l’autre sens, quand un système comme Illumina domine suffisamment longtemps (c’est aussi le cas d’Affymétrix dans un autre domaine de biologie), les alternatives logicielles et statistiques ouvertes et potentiellement concurentes voient le jour et sont testés et améliorées (voir billet sur les méthodes bioinformatiques en génomique).

Alors à quoi vont servir ces machines ? Des petits pays ont déjà annoncé leur ambition de séquencer les génomes de toute la population, comme les îles Faroe, et la Grande Bretagne et l’Arabie saoudite veulent séquencer 100’000 patients chacun. On se rapproche du séquençage du génome de chaque nouveau-né à la naissance. Bien sur, ça n’est pas parce qu’on peut le faire qu’on doit le faire (voir billet sur les limites de la science). Mais clairement, on le peut. Il est temps d’ouvrir sérieusement la discussion pour savoir si on doit le faire.

En tous cas, GATTACA GATACA approche à grands pas, que nous soyons prêts ou non.

Billets les plus lus de 2013 : OGM, chalutage, informatique et humour

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Fin de l’année, le moment de faire des bilans. Quels sont les billets les plus lus sur ce blog ?

  1. Le Golden Rice OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas. Tout ce qu’il faut : mot-clé (OGM) à fort impact social, titre provocateur, repris sur d’autres réseaux. A noter qu’à ma surprise, c’est le seul billet OGM dans cette petite liste.
  2. Signer une pétition contre le chalutage en eau profonde : que dit la litérature scientifique ? Autre sujet à fort impact social, en lien avec une pétition très diffusée. Ce qui est rigolo pour les théoriciens du complot c’est que le premier peut être perçu comme anti-écolo, et celui-ci comme anti-industrie. Bon y a probablement peu de lecteurs communs aux deux billets, donc ils ne vont pas remarquer.
  3. Doit-on montrer le code informatique des scientifiques même s’il est moche ? Ah ça me fait bien plaisir, un billet plutôt geek et technique, comme quoi il n’y a pas que les gros débats évidents qui intéressent les lecteurs de blogs scientifiques.
  4. Rions un peu avec les méthodes scientifiques et Twitter. L’humour geek a un certain succès, même s’il génère bien sur moins de commentaires que les autres sujets. A nouveau, ça me fait bien plaisir.

Quelques remarques d’ordre général :

Certains billets ont une durée de vie très longue (j’ai encore plein de hits sur le billet de 2012 sur Pierre-Henri Gouyon), alors que d’autres ont un pic rapide qui retombe (celui sur le chalutage typiquement).

La plupart de mes billets ont des commentaires constructifs, ce qui me fait très plaisir. Merci à mes commentateurs !

Très peu de lecteurs cliquent sur les liens. Je mets toujours des liens vers mes sources, les articles scientifiques ou billets de blogs ou sources statsitiques, et seulement de l’ordre de 2% des lecteurs cliquent sur autre chose qu’une BD. De même, quand je suis lié par des sites très lus comme L’Express, ça m’apporte peu de lecteurs, donc là aussi on clique peu. Comme quoi mon comportement personnel n’est pas représentatif.

Peu de chercheurs actifs bloguent, surtout en français. Et quand je blogue vraiment sur des résulats scientifiques, de mon labo ou de la litérature, bin j’ai peu de lecteurs et peu de commentaires. Mais je vais continuer, na.

Bonne année à tous !

Signer une pétition contre le chalutage en eau profonde : que dit la litérature scientifique ?

cliquez, c'est un peu long mais ça vaut le coup (puis elle a besoin de moi pour avoir du traffic je pense).

cliquez, c’est un peu long mais ça vaut le coup (puis elle a besoin de moi pour avoir du traffic je pense).

Vous avez peut-être entendu parler de la BD de Pénélope Bagieu dénonçant le chalutage (un type de pêche) en eau profonde, et appelant à signer une pétition pour faire interdire cette pratique. La BD a été très lue et partagée, et par conséquent discutée dans les médias. Par exemple un billet de blog dans Le Monde de « vérification », ou un article de FranceTV Info avec le même objectif de mettre en balance les arguments de la BD et des pêcheurs.

Apprenant l’existence de la pétition, j’ai d’abord vérifié informellement auprès de collègues connaissant mieux que moi ce sujet, et ayant reçu confirmation que le chalutage profond est considéré comme catastrophique, j’ai signé et diffusé sur Twitter. Maintenant vu le tour que prend le débat, et le manque dramatique de références scientifiques dans les articles « il a dit, elle a dit, va savoir » qu’on nous propose, j’ai décidé de prendre quelques minutes pour regarder l’état de la litérature scientifique (l’assoc Bloom qui propose la pétition a aussi une biblio anémique – sérieusement, vous ne pouvez pas faire mieux ?).

Rappel : trouver de l’info scientifique sérieuse sur le web, si on lit l’anglais, c’est facile.

Donc prenons le chemin de Google Scholar, après un petit tour sur Wikipedia pour trouver qu’en anglais on dit « deep sea trawling ».

Notons tout-de-suite que toutes les références que j’ai trouvées (dans une recherche très rapide, je le précise – si des lecteurs veulent corriger avec de la bibliographie sérieuse ils sont les bienvenus) vont dans le sens de la BD et de la pétition. Quelques exemples :

L’article « Sustainability of deep-sea fisheries », Marine Policy 2012 (à propos de cet article, voir mises à jour en bas de page), n’est pas accessible librement malheureusement (pour lire tous mes ralâges à ce sujet, mot clé politique de publication, et d’abord celui-ci), mais je cite un gros morceau du résumé, qui est relativement clair :

The deep sea is by far the largest but least productive part of the oceans, although in very limited places fish biomass can be very high. Most deep-sea fishes have life histories giving them far less population resilience/productivity than shallow-water fishes, and could be fished sustainably only at very low catch rates if population resilience were the sole consideration. But like old-growth trees and great whales, their biomass makes them tempting targets while their low productivity creates strong economic incentive to liquidate their populations rather than exploiting them sustainably (Clark’s Law). Many deep-sea fisheries use bottom trawls, which often have high impacts on nontarget fishes (e.g., sharks) and invertebrates (e.g., corals), and can often proceed only because they receive massive government subsidies. The combination of very low target population productivity, nonselective fishing gear, economics that favor population liquidation and a very weak regulatory regime makes deep-sea fisheries unsustainable with very few exceptions. Rather, deep-sea fisheries more closely resemble mining operations that serially eliminate fishable populations and move on.

Bon ça dit en gros la même chose que la BD. Un autre article, de 2010, dans la même revue confirme que cette pêche n’est pas rentable sans subventions. Je précise que je ne connais pas cette revue.

Par contre je connais Proceedings of the Royal Society, très sérieux, et on y lit dans un article de 2009 de plus d’accès libre :

The depth-related declines in abundance are, however, consistent with the effects of deep-water fishing. Significant changes in abundance were detected only in fishes whose depth ranges fell at least partly within the fishing grounds, in both target and non-target species. This pattern of widespread declines in abundance can be best explained by high rates of mortality among the fishes that escape through the net, as well as those that are brought to the surface and subsequently discarded (Basson et al. 2002). It is also possible that habitat modification by trawling has effects on a wide range of fish species by changing the availability of refugia and food (Collie et al. 1997).

Le reste de l’article dit que le chalutage profond affecte aussi significativement les espèces vivant encore plus profond, à cause des perturbations majeures que cela cause.

Un article un peu plus vieux (2004) dans un journal de Ecological Society of America (une société savante, pas une organisation militante) dit que : « Bottom trawling in particular has caused considerable destruction of these communities around the world. Due to their extreme longevity and slow growth, recovery is likely to be in the order of decades or even centuries. »

Il y a aussi un « point de vue » dans Nature, journal / magazine scientifique, qui défend l’interdiction du chalutage profond.

Donc il semble que passer 1/2 h sur le web scientifique confirme que le message essentiel de la BD et de la pétition est correct. Il est possible que des détails ne le soient pas, mais il me semble qu’un article comme celui du blog Big Browser du Monde soit plutôt dans une logique « Marchants de doute » (finalement, y aurait pas débat ?) que dans une logique d’atteindre une confiance suffisante dans les résultats scientifiques pour agir. Je note aussi un article bizarre dans le Nouvel Obs qui dit que le problème principal est la pêche illégale. C’est par une doctorante « sur la gouvernance internationale des pêches et plus particulièrement sur les problématiques liées à la pêche illicite, non déclarée et non réglementée », donc je comprend bien que ce sujet lui tienne à coeur, mais quel rapport ? Ca ne montre pas que le chalutage profond ne soit pas très dommageable à ce que je comprenne.

Finalement, je dois réagir au communiqué de l’assoc Bloom « La vérite d’Intermarché sur la pêche profonde et celle de Monsanto sur les OGM aussi ? ». Apparemment, sur le chalutage profond, comme sur le changement climatique, les écologistes ont la connaissance scientifique de leur côté. Essayez de garder cet avantage, je vous en prie, et évitez de tout mélanger et de brouiller votre message avec le déni de science concernant les OGM (voir notamment ce billet sur Séralini et celui-ci sur le Riz doré). Ca serait pas super, de baser ses décisions, toutes, sur des données correctes et vérifiables ? Allez, chiche.

(Edition pour préciser ma pensée : il ne faudrait pas que le débat soit « à qui faites vous confiance, une ONG ou une entreprise, les écolos ou les patrons ? », mais « quels sont les faits, que savons-nous, que pouvons-nous en conclure ? ».)

Puis, allez signer la pétition quand même.

——-

Mise à jour : l’association Bloom a maintenant une bibliographie scientifique sérieuse sur son site : 70 publications scientifiques (références seulement) ; 32 publications scientifiques (un sous-ensemble des précédents, avec résumés en anglais extraits des articles). C’est très bien, c’est même excellent. J’y retrouve les refs que j’ai trouvées indépendemment pour la plupart. J’ai aussi trouvé au moins une erreur : les refs 2 et 4 dans les 70 sont la même, qui est celle que je cite en premier dans ce billet.

Mise à jour 2 : la première auteure le premier auteur de cette fameuse publication Marine Policy 2012 (ref 2 et 4 des 70 de Bloom), Eliott Norse, est interviewé dans L’Express rubrique Chercheurs d’Actu (en plus ils me citent).

Mise à jour 3 : cet article Norse et al. est d’accès fermé, mais une recherche Google Scholar vous donne facilement des liens vers des versions téléchargeables. Après c’est entre vous et votre conscience hein.

Je suis vieux : la bande son de ma thèse

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L’an dernier et celui d’avant j’ai écrit des notes « signes que je suis vieux » (2011, 2012). Pour changer un peu de marqueur d’époque, voici ce que j’écoutais pendant ma thèse (je ne listerais pas les vieilleries genre Bob Dylan, Lou Reed [snif] et Brassens que j’écoutais aussi, seulement les trucs nouveaux à l’époque). Si vous n’aimez pas mes goûts, peu me chaud chaut, mais admettez que d’avoir un t-shirt Glastonbury 1997 ça me date.

  • Mano Solo, choc monstre de mon début de thèse, vu en concert assez de fois pour le voir se détériorer puis aller mieux (genre il pouvait se tenir debout sur scène), puis pour le perdre, pour avoir été insulté par son attitude envers le public et impressionné par sa présence. A écouter seul dans le noir quand ta thèse te déprime.
  • Miossec, second choc francophone de ces années-là. Pas très joyeux tout ça, mais la classe les paroles la musique et l’énergie en concert. J’ai encore quelque part un morceau de tambourin cassé par Miossec aux Eurockéennes, et un enregistrement pirate perso sur bande magnétique (qualité garantie pourrie).
  • Restons dans la déprime : les Eels, plutôt vers la fin de ma thèse.
  • A propos de Glastonbury, moi qui vous cause j’y ai vu Radiohead, il parait que c’est un des meilleurs concerts de l’histoire du festival. J’y ai aussi découvert Beck, même que snobisme ultime j’ai acheté le vinyle 33 tours à Londres, et je n’ai plus rien pour le jouer. Ach so.
  • Pulp, rois des mélodies trop belles. Supergrass, rois de l’énergie.
  • Blur contre Oasis, que les médias arrétaient pas de comparer à Beatles contre Stones.
  • Enfin, je veux rendre ici hommage à Radio Brume, qui a enrichi ma culture musicale, m’a permis de tenir des journées de manips (oui j’ai fait de la biologie expérimentale, oui j’ai arrété, oui j’en suis très content) sans interruptions publicitaires, et aussi hommage à mes collègues de labo qui ont supporté Brume même quand c’était très expérimental. N’empêche que c’est comme ça que j’ai découvert Miossec et Louise Attaque un an avant mes copains, me permettant de laisser libre cours à mon snobisme.

Les méthodes bioinformatiques utilisées en génomique sont importantes #methodsmatter #BigScience

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A l’occasion du projet ENCODE, j’ai déjà évoqué les avantages et inconvénients de la Big Science en biologie (billet ENCODE, billets sur critiques d’ENCODE 1 et 2, billet Big Science). Il y a en ce moment un débat très animé sur blogs et Twitter, concernant une question importante sur ces gros projets : les méthodes bioinformatiques utilisées.

Cela a commencé par ce billet de Lior Pachter, suivi de ce commentaire de Jeff Leek, et ce droit de réponse sur le blog de Lior. Si la question vous intéresse, je vous conseille fortement de lire non seulement les billets mais les commentaires. Il y a également une discussion Twitter intense, avec notamment les tweets de Lior, de Manolis Dermitzakis, et de Tuuli Lappalainen, et les hashtags #GTEx et #methodsmatter. La discussion comprend du beau monde en génomique et en bioinformatique. Quel est le débat ?

La discussion porte sur l’analyse de données de RNA-seq. Les gènes s’expriment (sont actifs) en étant transcrits en ARN. Plus un gène est actif, plus il y a d’ARN. Dans le RNA-seq, on séquence (on lit) des tas de petits morceaux d’ARN. On a davantage de morceaux lus pour les ARN correspondant aux gènes plus exprimés. Bon résumé de la méthode dans deux billets du site Bioinfo-fr : Analyse des données de séquençage à ARN et L’analyse de données RNA-seq: mode d’emploi. Ce deuxième fait aussi apparaître certains des soucis qu’on peut avoir.

Lior Pachter a remarqué que plusieurs gros projets, certains publiés comme ENCODE, d’autre encore en cours comme GTEx, utilisent une méthode bioinformatique de traitement du RNA-seq qui n’a jamais été publiée en tant que telle, donc n’est pas décrite formellement, n’a pas été évaluée, et n’a jamais été utilisée hors dédits consortiums (les auteurs de la méthode sont membres des consortiums Big Science en question). Il a essayé de comprendre la méthode (et Lior n’est pas un nul, il est notamment auteur de la méthode la plus utilisée, CuffLinks), sans grand succès, puis il l’a testée empiriquement sur les données de GTEx, parce que c’est ça qui l’intéressait. Et d’après ses tests, la méthode n’a que 10% du pouvoir statistique des méthodes plus habituellement utilisées dont il est l’auteur. Ce qui l’a conduit à écrire un billet de blog au titre provocateur « GTEx jette 90% de ses données ».

Dans la discussion qui s’en est suivie, il y a plusieurs éléments. L’un est une défense spécifique de GTEx. Manolis fait remarquer à juste titre qu’ils n’ont pas encore publié leurs résultats, donc qu’il est un peu tôt pour critiquer leurs choix méthodologiques, et note aussi que (1) ayant beaucoup beaucoup de données, ils ont du prendre en compte l’efficacité computationnelle des méthodes (à savoir que CuffLinks plantait leurs ordinateurs apparemment), et (2) ils avaient contacté la bande à Lior pour avoir de l’aide, sans succès.

Un élément plus important pour moi est le rôle en effet des méthodes bioinformatiques dans de tels projets. Cela implique plusieurs niveaux. Le projet Big Science est sensé fournir des resources (des données réutilisables) et des conclusions biologiques. Si on ne comprend pas les méthodes, si elles ne sont pas connues et reconnues par ailleurs, alors (1) cela limite la réutilisation, et (2) cela diminue notre confiance dans leurs résultats. Ainsi dans mon labo on essaye d’utiliser les données RNA-seq d’ENCODE, mais ils ont utilisé la même méthode dont discute Lior, et cela nous gène pour faire confiance dans les données prétraitées qu’ils nous fournissent, sans compter que des membres de l’équipe ont perdu pas mal de temps à essayer de comprendre quelque chose qui n’était juste pas bien expliqué. Et du coup, on a du mal à reproduire des résultats sur lesquels on aimerait construire.

A  noter que Lior avait aussi écrit une critique d’ENCODE, disponible sur ArXiv seulement.

Certains ont répondu à la discussion que peu importe, nous embêtent les bioinformaticiens, toutes les méthodes donnent les mêmes résultats. D’où le hashtag #methodsmatter de Lior, et sa réponse ironique « toutes les données me donnent les mêmes résultats » (vu d’avion, c’est presque vrai). Et là je suis complètement d’accord avec Lior. Bien sûr, pour trouver que la myosine est exprimée dans le muscle, peu importe la méthode. Mais pour associer des formes différences de l’ARN d’un même gène à des variations inter-individuelles dans l’ADN régulateur proche du gène, et autres subtilités qui sont l’essentiel du message biologique que l’on cherche avec ces très gros jeux de données, oui cent fois oui les méthodes comptent, et c’est limite irresponsable de suggérer autrement. Il faut rappeler que (1) les gros jeux de données coutent cher, donc on veut en tirer le signal maximum, d’où l’importance de méthodes statistiques puissantes, et (2) la définition d’un biais c’est une méthode qui converge avec une confiance croissante vers un résultat faux lorsqu’on a plus de données. Donc gros jeux de données = importance de faire attention aux biais.

Finalement un point important à retenir de cette discussion, comme celle qui a suivi la publication d’ENCODE, c’est que grâce aux blogs et à Twitter ces gros projets se font sous la supervision de plus en plus proche et réactive d’une communauté qui n’a pas peur de faire connaître ses critiques, et que ces mêmes plateformes permettent aux scientifiques des gros projets de répondre, créant un dialogue constructif. Et ça c’est une très bonne nouvelle pour le progrès de la recherche en biologie et en sciences en général.

Note de dernière minute : il vient de sortir une grosse évaluation des méthodes RNA-seq, que je n’ai pas encore lue (communiqué de presse avec liens vers papiers – accès fermés), mais qui semble trouver que CuffLinks (de Lior) marche bien.

Mise à jour : de manière suprenante, les papiers de l’équipe GTEx, ENCODE, et ces évaluation de méthodes RNA-seq sont affichés comme reliés par l’EBI (voir communiqué de presse ci-dessus), pourtant l’évaluation n’inclut pas la méthode Flux Capacitor utilisée par ENCODE et GTEx. Cela semble moyennement cohérent a priori, mais je continue à suivre la discussion. A noter aussi qu’à la lecture, CuffLinks ne semble pas forcément en effet la meilleure méthode.

Notes sur ma semaine en sciences 11 : de bonnes nouvelles et de la stochasticité

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  • Sur le blog Elysa Chlorotica, un très bon commentaire sur les fameux crânes de Dmanisi et l’évolution humaine. Voir aussi ce commentaire sur le blog de PLOS.
  • Un papier récent quantifie les problèmes expérimentaux dans l’estimation de la transcription dans une seule cellule, permettant potentiellement de quantifier les composants stochastiques et déterministes de l’expression des gènes au niveau cellulaire (voir cette revue [accès fermé, en anglais], ce petit billet de blog [en anglais], et mon râlage précédent concernant les arguments de JJ Kupiec sur la stochasticité de l’expression des gènes).
  • Youpi ! Notre projet commun avec 3 autres labos lausannois sur la comparaison entre espèces des interactions gène-environnement dans le vieillissement a été accepté, on va recevoir plein de sous ! Chers théoriciens du complot, ça ne veut pas dire que je peux m’acheter une nouvelle Ferrari, mais que je peux embaucher un doctorant. C’est une très bonne nouvelle (franchement, qu’est-ce que je ferais d’une Ferrari ?).
  • Mon collègue lyonnais Guy Perrière a écrit un article grand public sur la génomique et la bioinformatique dans Pour la Science, accès payant ici. Il fait un bon point sur la croissance des données de séquence disponibles dans des banques centralisées, et des problèmes posés par les nouvelles technologies très haut débit : paradoxalement, on produit tant de données qu’on n’arrive plus à les partager, et donc on arrive à un ralentissement de la croissance des données aisément disponibles.
  • De super belles photos de microscopie sur le site de Wired.
  • Un article sur notre base de données Selectome a été accepté pour publication. On pré-calcule la sélection Darwinienne (créatrice de nouveauté, par opposition à la sélection conservatrice) sur plein plein de gènes et de périodes évolutives, et vous y donne accès. Principale nouveauté : un meilleur contrôle qualité des données, donc moins de faux positifs. Le futur : des programmes plus rapides, qui nous permettront de faire les calculs sur encore plus de données. Tagada.
  • Très bonne « histoire derrière le papier » sur le Dinoblog, qui permet de voir comment progresse la connaissance en paléontologie (lentement et avec plein de détails chiants, comme toute la science) et avec une discussion intéressante du concept de fossile vivant, même si perso je ne l’aime pas trop (le terme). Puis c’est des requins, ce qui est toujours cool. Petit râlage : pourquoi ne pas mettre un lien vers le papier lui-même ?
  • Article expliquant la bioinformatique au grand public (anglais, accès libre) : Explain Bioinformatics to Your Grandmother! Mais pourquoi toujours les grand-mères ? Excellent commentaire sur le papier, voir aussi mon commentaire dans un billet précédent.

Notes sur ma semaine en sciences 10

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  • On a un nouveau format de réunions d’équipe, où on essaye de réfléchir à partir de nouvelles scientifiques à la façon dont la bioinformatique pourrait aider. Bien sûr cette semaine le thème venait des Nobel, et en discutant on s’est demandé si quelqu’un avait déjà essayé de classifier non pas les protéines en fonction de leur compartiment sub-cellulaire, mais les complexes de protéines (une protéine agit rarement seule). Une recherche rapide après la réunion me montre que ça n’est pas évident que ça ait été fait (ce qui ne garanti rien bien sur), mais que d’après ce papier récent ça pourrait être en effet pertinent. Quelqu’un du groupe ayant demandé pourquoi ça n’a pas déjà été fait si c’est si intéressant, cela m’a rappelé la citation suivante de l’autobiographie de Feynman, quand il prend des cours de biologie pour voir, et pose des questions qui lui paraissent simples :

« Nobody knew. It turned out that it was not understood at that time. So right away I found out something about biology: it was very easy to find a question that was very interesting, and that nobody knew the answer to. In physics you had to go a little deeper before you could find an interesting question that people didn’t know. »

(bien sur c’est possible que des gens aient essayé, que ça ne soit pas possible, et qu’ils n’aient pas publié leurs résultats négatifs. Ou que je ne sois simplement pas au courant.)

  • Karim sur Sweet Random Science se demande où est la science dans les films de science-fiction, et justement je trouve ceci sur les blogs de PLOS : une enseignante qui utilise Bienvenue à GATACA pour l’enseignement de la génétique.
  • Fait ch..r, notre projet de cours de Génomique des populations a été refusé par EMBO, surtout à cause de l’utilisation de la génomique des fourmis comme exemple pratique. A re-essayer avec un cas d’étude plus intéressant pour les collègues biologiste moléculaires ?
  • Après presque 4 mois d’attente sans réponse des experts, et un changement d’éditeur, pour un article soumis à Bioinformatics, j’en ai mis une copie dans ArXiv. Je me rends compte que je devrais faire ceci systématiquement pour tous nos articles soumis.
  • On interviewe en ce moment des candidats profs d’entomologie dans mon département, et lors de lors leurs présentations orales j’apprends plein de trucs sur les insectes.
    • Saviez-vous qu’alors que nous détectons une odeur à 1 milliard de molécules par cm3, et un chien le fait à 1 million, mais un papillon de nuit y arrive avec seulement 10 molécules par cm3 ? Il semble que les insectes volants arrivent à se repérer à l’odorat tout en volant rapidement, et que pour cela il faille une très grande sensibilité.
    • Les moustiques femelles s’accouplent de préférence avec des mâles dont le bourdonnement des ailes est en harmonie avec le leur apparemment. Et moi qui pensait que le bzzzz n’était là que pour m’empécher de dormir. Par ailleurs, ils piqueraient de préférence l’arrière des jambes pour être loin de nos oreilles (qui les repèrent) et nos mains (qui paf ! le moustique).
    • Il y a des espèces qui sont 100% femelles, mais utilisent les mâles d’autres espèces pour la reproduction : le génome du mâle est ensuite élminé des cellules sexuelles (gamètes), mais contribue au corps (soma). Certains molusques font la même chose, mais avec seulement des mâles. Il y a plein d’autres modes de reproduction rigolos.
  • A ce propos, ça me frappe le nombre de gens qui cherchent un poste dans la recherche, mais qui ne nous facilitent pas la vie pour trouver leurs publications, leur recherche, etc. Faites-vous des profils Google Scholar, ISI Web of science, LinkedIn, etc. Ca prends quelques minutes et vous serez nettement plus visibles. Si vous n’en faites qu’un, Google Scholar à mon avis : publis, citations, accessible à tous.
  • Prix Nobel de chimie pour de la chimie computationnelle, autant dire presque de la bioinformatique / biologie computationnelle ! Ce qui pose la question : si on donnait un prix Nobel à des bioinformaticiens, lesquels ?
  • Via Ars Technica, je trouve une revue des études sur la sécurité des OGM, qui confirme qu’il n’y a pas de risque alimentaires / santé humaine, mais que les conséquences environementales ne sont pas toujours bien étudiées. A l’heure actuelle, aucune conséquence négative n’est bien documentée, mais cela reste possible. Ca dépend bien sûr de l’OGM : des insectes herbivores résistants c’est potentiellement génant, des plantes qui produisent plus de vitamine A ça ne l’est pas.
  • A propos de riz doré, très bon appel au bon sens à l’occasion de la journée de la vision sur le site de l’Institut philippin de recherche sur le riz.
  • Page professionnelle d’un jeune prof de Stanford pleine d’humour : « I obtained my Ph.D. from Stanford in 1997, which has made me the second most famous person in my family after my cousin who is a professional horse trainer. »
  • La rétraction d’articles scientifiques par ce qu’on a trouvé des erreurs est un sujet toujours sensible. Pamela Ronald, connue pour son travail sur le riz notamment, et auteure d’un livre sur la nouriture de demain avec son mari prof d’agriculture bio, a retracté deux articles et raconte l’histoire de manière exemplaire sur un blog. Voire aussi une plus ancienne discussion sur la façon de mettre les rétractions sur son CV, sur l’indispensable site Retraction Watch.

Les Ranacaudas expliquent la spéciation et la sélection naturelle aux enfants

Ranacaudas

Ranacaudas

stupiddesign

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J’ai acheté cet été à mes enfants Petit à petit (Au pays des Ranacaudas), un livre qui explique l’évolution par sélection naturelle aux enfants. C’est la traduction française de Little Changes, un livre écrit par une biologiste évolutive, Tiffany Taylor, qui a reçu le soutien de la société européenne de biologie évolutive pour faire appel à un illustrateur.

Une fois passé les petits trucs de language énervants dans toute traduction, c’est excellent, et mon fils de 6 ans en a redemandé. Je vais en profiter pour expliquer quelques-uns des concepts qui sont traités dans le livre. Le livre raconte l’histoire des ranacaudas, des animaux imaginaires vaguement primatoïdes.

Premier point, rapidement traité : le temps profond de la biologie évolutive. « Il y a très longtemps, et même plus longtemps que cela ». Un concept que nous (biologistes évolutifs, géologues, astrophysiciens etc) manipulons tout le temps mais qui ne dit rien à la plupart des gens. Tiens une petite blague scientifique pour la route : Combien faut-il de biologistes évolutifs pour changer une ampoule électrique ? Un seul, mais ça lui prend 8 millions d’années.

Deuxième point, très important : la diversité au sein d’une espèce. « De loin elles semblaient toutes identiques, de près toutes étaient différentes. » Quelqu’un a dit que la génétique doit résoudre deux mystères : pourquoi tous les chats sont-ils différents ? Et pourquoi les petits des chats sont-ils toujours des chats ? C’est aussi une question posée à la biologie évolutive, et c’est le génie de Darwin que d’avoir compris le lien entre les deux questions (même s’il ne comprenait pas l’hérédité). De manière importante, les ranacaudas varient dans des traits qui seront importants dans l’histoire, comme la forme de la queue, mais aussi dans des traits pas importants, comme le visage. En effet, la variation naturelle affecte tout le génome, et quasiment tous les traits étudiables qui sont in fine codés dans ce génome (le « phénotype »). La variation n’est pas là pour permettre l’évolution ou la sélection naturelle, mais en première approximation parce qu’aucun mécanisme de copie ne peut être parfait, donc il y a des erreurs, qui génèrent la variation. Celle-ci est générée indépendamment de son rôle potentiel.

Ensuite on nous montre que parmi ces ranacaudas, certains préfèrent manger dans les arbres, d’autres dans l’eau. C’est un mécanisme de séparation de populations, par l’exploitation de resources différentes. Il est très débattu de savoir si une telle séparation peut mener à la spéciation, à savoir que les deux populations vivant ensemble mais ayant des différences de mode de vie deviendraient deux espèces séparée. Une telle spéciation serait dite sympatrique, et seuls quelques cas sont connus.

L’autre mode de spéciation, c’est l’allopatrie, quand les espèces sont géographiquement séparées. C’est probablement le mode principal de spéciation. Cela arrive aux ranacaudas quand une innondation sépare ceux qui mangent dans les arbres, et vivent maintenant en haut des collines loin de l’eau, de ceux qui mangent dans l’eau.

C’est alors que la sélection naturelle peut exprimer toute sa force ! Le livre explique bien que la sélection principale est de se reproduire et s’assurer que ses rejetons survivent (et non pas, comme on le représente souvent, de se battre avec des prédateurs à longueur de journée). On représente les ranacaudas devant apporter beaucoup de nouriture à leurs petits pour qu’ils survivent. Du coup, ceux qui arrivent à collecter davantage de nouriture ont davantage d’enfants qui survivent. Et il y a une explication de l’hérédité, à savoir que les enfants resemblent à leurs parents tout en étant un peu différents.

Alors ceux de la colline qui ont des variations permettant mieux de ceuillir les fruits des arbres ont davantage d’enfants, leur resemblant, et les traits facilitant la vie parmi les arbres deviennent plus fréquents dans cette population. En parallèle, les traits permettant de mieux se nourir dans l’eau deviennent plus fréquents dans l’autre population. Jusqu’à ce que au bout de beaucoup de générations tous les ranacaudas de la colline partagent les traits de ceuilleur dans les arbres, et tous ceux de la rivière partagent les traits de pêcheur. Attention, il reste de la variation et de la diversité. Mais il est maintenant facile de distinguer du premier coup d’oeil les deux types. Et quand ils se rencontrent à nouveau, ce sont deux espèces différentes !

Il y a un excellent dessin montrant des changements graduels parallèles d’un même type ancestral aux deux espèces de ranacaudas éventuelles.

La conclusion du livre invite les enfants à remarquer que de telles histoires peuvent expliquer bien de la variation entre espèces qu’ils peuvent voir par exemple au zoo. Comme souvent dans la vulgarisation de l’évolution, l’accent est mis sur la sélection naturelle : on invite les enfants à remarquer les adaptations type long cou de la girafe.

Au final, un livre qui couvre pas mal de concepts de manière simple et ludique. Je recommende recommande.

Notes sur ma semaine en sciences 9 : de retour, avec un gouvernement américain fermé et un peu d’humour

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Les étudiants sont dans les amphis et les salles de TP, mes diapos sont en ligne, ma demande d’argent pour le labo est déposée, je vais essayer de recommencer à bloguer un peu.

  • Le gouvernement américain ferme, cela a de lourdes conséquences pour la recherche scientifique, qui n’est pas considérée comme « essentielle », et même pour de nombreuses fonctions technologiques et médicales : plus de nouvelles études cliniques, plus d’évaluations de médicaments, plus d’analyse sauf sommaire des données géologiques (espérons que pas de gros tremblement de terre), etc etc. Un bon bilan en anglais sur un blog néo-zélandais des conséquences pour le reste du monde ici. Des captures d’écran des sites web scientifiques plus ou moins fermés sur le blog de Jonathan Eisen. L’info en temps réel avec #scienceshutdown.
  • D’ailleurs cette fermeture montre la dépendance que nous avons tous envers les infrastructures scientifiques américaines. Le principal outil pour chercher des articles scientifiques en biologie et médecine, PubMed, est américain. Il y a une version européenne, EuropePMC, mais elle dépend de PubMed (et PubMedCentral) pour ses mise à jour. Faut qu’on se réveille. Pas que pour l’Europe, mais tout le monde, américains compris, a intérêt à ce que le système soit davantage redondant en cas de problèmes.
  • Excellent billet d’Alexandre Moati sur les formes du doute, de la vraie science au mensonge propagandier des companies de tabac.
  • Autre excellent bilet de Sham sur les négationistes du changement climatique (voir aussi sur Sciences2).
  • Un article provocateur affirme que les modifications que les humains font aux écosystèmes peuvent en fait augmenter la biodiversité. Vu le nombre d’espèces qu’on dégomme, j’ai des doutes, mais c’est une réflexion intéressante et argumentée.
  • J’ai retrouvé mon rapport bibliographique de master (DEA à l’époque), datant quand même de 1993, pour retrouver certaines références bibliographiques des années 1980. Le formatage et surtout les figures et équations sont un peu foireuses, because que c’est du MSWord et pas du LaTeX, mais en gros c’est lisible.
  • Je suis sur que vous vous demandez sur quoi porte ma demande d’argent. Bioinformatics search for adaptive evolution in vertebrate development. Ah-haa!
  • Rock’n'science lance une chaîne de blagues scientifiques. En voici une petite assez geek quand même. On demande à des scientifiques de démontrer que tous les nombres impairs sont premiers. Mathématicien : 1 est premier, 3 est premier, par induction tous les impairs sont premiers. Informaticien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, Segmentation fault. Biologiste : 1 est un modèle pour étudier les nombres impairs ; il est premier, donc les nombres impairs sont premiers. Physicien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, 9 est presque premier, 11 est premier…
  • Encore une toute petite ? Il y a 10 sortes de personnes, ceux qui savent compter en binaire et ceux qui ne savent pas.
  • Du vrai humour : un excellent article parodique : Cleavage of SuperPower protein determines the superpower in a tissue dependent manner.
  • Du vrai-faux humour : Mike Eisen attire notre attention en prétendant brièvement être l’auteur du terrible article sur des bactéries à l’arsenic, pour démonter une pseudo-étude visant à montrer que les journaux Open Access sont mauvais.

Notes sur ma semaine en sciences 8 : Débordé à la rentrée

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Bon une note courte cette semaine pour expliquer qu’en cette deuxième moité de septembre je ne vais pas trop avoir le temps de bloguer, parce que :

  • J’ai co-organisé un cours pour doctorants d’une semaine, Bioinformatics in the Chalet (c’était super !).
  • Les cours de l’université ont repris, dont mon cours Introduction à la bioinformatique qui change peu, et le cours Sequence a genome qui change tous les ans vu le projet.
  • Je dois écrire et soumettre le projet de financement principal de mon labo au Fonds national suisse pour la science d’ici le 1er octobre.
  • Je dois défendre, avec mes co-applicants, une autre demande de financement.
  • J’ai un doctorant qui en rédaction finale de thèse et a besoin d’un petit peu de retour de ma part.
  • Notre filière Bioinformatique de master est passée de 3 étudiants lausannois à 13 (plus des genevois), et ça fait plein de problèmes à régler dans l’urgence (même si sur le moyen et long terme on est contents d’avoir plein d’étudiants).

Donc je me noie un peu, j’ai quand même encore une vie à coté, alors Tcho pour le moment, et à bientôt !

 

Notes sur ma semaine en sciences 7

cliquez sur l'image, juste parce que j'aime bien ce blog de StripSciences

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  • On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d’assurer la formation continue à la bioinformatique. L’histoire du SIB est intéressante, puisque c’est parti d’une crise : SwissProt, la base de données de référence sur les protéines, n’était plus soutenue par le Fonds national suisse pour la science, parce que bin ça n’est pas de la recherche. L’annonce de la fermeture de Swissprot avait succité un tel tollé qu’une solution a été trouvée, et le SIB est né, avec un engagement vers la maintenance à long terme de resources utiles à tout le monde
  • D’ailleurs cette année c’est aussi les 20 ans d’ExPASy, qui a été la première page web de biologie au monde, et est maintenant le portail des resources bioinformatiques du SIB.
  • Un article intéressant en ce qui concerne les efforts jamais finis pour comprendre le génome humain, pertinent aussi à la tension qui existe entre génomique fonctionnelle (si je le détecte, c’est important ! d’ailleurs, cancer) et génomique évolutive (si ça n’est pas conservé, ça n’est pas important ! d’ailleurs, génome de l’onion). Les gènes eucaryotes (y compris animaux et plantes) sont en morceaux (exons) dans le génome, lesquels sont ensuite assemblés au niveau du transcrit (ARN) et traduits en protéines. Certains exons ne sont pas toujours utilisés, et la plupart des gènes ont ainsi de nombreux transcrits alternatifs. Depuis que la fréquence élevée de la transcription alternative a été découverte, il y a débat entre ceux qui pensent que c’est pour l’essentiel fonctionnel, ainsi un gène peut produire de nombreuses protéines, et ceux qui pensent que c’est pour l’essentiel des erreurs du système moléculaire (voir rôle du hasard). En faveur du second point de vue, les importantes différences entre espèces même proches, plutôt en faveur de mécanismes aléatoires. Dans ce papier récent (PNAS, libre d’accès) les auteurs ont comparé par bioinformatique les transcrits alternatifs de 6 espèces de primates (dont l’humain), et ont découvert que la plupart se comportent comme attendu au hasard, mais qu’une importante minorité de 1643 gènes a des exons utilisés de manière très spécifique dans certains organes de manière conservée entre primates, et a donc probablement une fonction spécifique. J’aime beaucoup quand on va au-delà du débat fonctionnel contre neutre, et que l’on quantifie la part de chacun. Bien sur, ce résultat est provisoire, étant basé sur des données limitées à 6 primates et 5 organes.
  • D’après le blog collectif anti-créationiste Panda’s Thumb, deux petites companies de chimie viennent d’être condamnées pour avoir montré qu’un plastique sans bisphénol-A, donc vendu comme une alternative saine et sans risques, présente en fait des risques similaires au BPA en ce qui concerne la disruption hormonale. Ceci est très très dangereux : il doit être possible de tester un produit qui est en vente et de rendre public ses résultats, même si et surtout si ils montrent un danger potentiel du produit.
  • Le Fonds national suisse pour la science vient de publier la version grand public et en français de son rapport sur les OGM: PDF à télécharger ; Pôle national de recherche ayant conduit au rapport.
  • Super billet de blog par Ewan Birney (coordonateur de la deuxième phase d’ENCODE, co-directeur de l’European bioinformatics institute) sur ce qui fait la dynamique de San Francisco et la Silicon Valley, et comment cela peut être reproduit ailleurs. Il insiste sur un facteur essentiel : d’excellentes universités de recherche ! Plusieurs !

Sujet science et société sur ENCODE pour nos étudiants

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Avec un collègue membre du consortium ENCODE, nous proposons le sujet suivant dans notre cours « science et société » (voir aussi ce billet):

En septembre 2012 s’est conclue la phase 2 du projet international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements), qui vise à construire une liste exhaustive des éléments fonctionnels du génome humain, y compris les gènes et les éléments régulateurs. Cette conclusion s’est concrétisée par la mise à disposition de 15 Tb de données génomiques, et 30 articles publiés simultanément dans 3 journaux scientifiques. A l’occasion de ces publications, des commentaires virulents portaient sur l’assertion selon laquelle 80% du génome humain serait fonctionnel. Les auteurs des articles du consortium ENCODE se sont vu reproché d’avoir utilisé une définition abusive de la fonctionnalité.

Dans ce travail, vous discuterez de la pertinence et du rôle des projets de la « Big Science », de la manière dont les chercheurs impliqués dans ces projets devraient communiquer leurs résultats aux autres scientifiques et au public, et de ce que les scientifiques ne faisant pas de la Big Science peuvent ou doivent en attendre.

références :
http://encodeproject.org/
http://www.nature.com/encode/threads
http://genomeinformatician.blogspot.co.uk/2012/09/encode-my-own-thoughts.html
http://gbe.oxfordjournals.org/content/5/3/578
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2013.03.023

———

Les étudiants sont en 2ème année de biologie, par groupes de 10. Le cours est obligatoire, et ils doivent choisir un projet proposé par un enseignant de biologie ou de sciences humaines. Ca va des OGM à la vie synthétique, du racisme au créationisme.

Mes billet précédents sur ENCODE :

#ENCODE : La revanche du retour du fils du génome humain

Notre génome n’est pas fonctionnel à 80% et je reste poli, moi #ENCODE

Le génome aléatoire, un contrôle pour interpréter 15 To de données sur le génome humain

Notes sur ma semaine en sciences 6

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  • Joe Felsenstein, le chercheur le plus connu en phylogénie et méthodes d’évolution moléculaire (dans notre petit cercle, je n’hésiterais pas à le qualifier de légende vivante) raconte ses souvenirs d’étudiant à la Marche sur Washington contre la ségrégation raciale, il y a 50 ans.
  • Une étude médicale australienne liste plus de 150 traitements apparemment inutiles, ou en tout cas qui manquent d’évidence qu’ils sont utiles, de « Arthroscopic surgery for knee osteoarthritis » à « Hospitalisation for bed rest in multiple pregnancy ». L’article, la liste de traitements.
  • Liste en cours de construction (n’hésitez pas à contribuer) des journaux scientifiques acceptant des soumissions qui avaient été mises sur ArXiv auparavent.
  • Discussion intéressante sur un blog de bioinformatique concernant la différence entre significativité du test (par ex. p < 1%) et magnitude de l’effet (par ex. 2 fois plus d’expression) dans les contextes des puces à ADN (microarrays) et du RNA-seq.
  • Excellent article de fond sur le riz doré Golden Rice dans le New York Times.
  • J’ai acheté la traduction française du livre « Au pays des Ranacaudas« , qui explique la spéciation et la sélection naturelle aux enfants. Malgrès quelques tournures un peu bizarres dues à la traduction d’un livre pour enfants en vers, gros succès auprès de mon fils de 6 ans. Je recommende.
  • Je suis bête, je m’invente du travail. Ma proposition de cours pour doctorants « Blogging and using Twitter for scientific communication » a été acceptée. Maitenant faut l’organiser. J’ai déjà trouvé ceci et ceci.
  • Un excellent commentaire sur le Golden Rice de la part d’un économiste, Alexander Stein, qui a fait sa thèse sur la question : son blog, sa page professionnelle avec ses publications sur le sujet. Répond aux commentaires du type « qu’ils mangent de la brioche des carottes ». Lire notamment un excellent commentaire de sa part sur la pertinence des investissements dans le Golden Rice par rapport à d’autres investissements possibles. Quand je vois la quantité de travail fait sur ces questions, et quand je lis ce que Greenpeace écrit, je ne peux que conclure qu’ils sont de mauvaise foi.
  • Un papier intéressant (libre d’accès) sur la comparaison des chromosomes sexuels de serpents. Les serpents, comme les oiseaux, ont un système ZZ (mâle) ZW (femelle). Comme ces chromosomes sont plus ou moins différenciés (dans différentes espèces le W est plus ou moins différent du Z), cela permet de tester des hypothèses sur les rôles respectifs de l’abondance de mutations chez les mâles (davantage de divisions cellulaires pour faire un spermatozoide qu’un ovule), de la sélection de gènes spécifiquement avantageux pour un sexe ou l’autre, et de l’absence de recombinaison sur le W.
  • En écrivant mon prochain projet de recherche, j’ai cherché des exemples de phénotypes morphologiques clairement non adaptatifs (des trucs qui se voient et qui ne servent à rien, en gros). Ca n’est pas évident, mais la couleur des organismes vivant très profond dans la mer me paraît un bon candidat. Pas de lumière : la couleur ne peut pas être importante, si ?
  • La 2ème compétition pour savoir quelle méthode bioinformatique marche la mieux pour prédire la fonction des protéines a été lancée. Un problème difficile. J’hésite à entrer cette année ; c’est intéressant mais ça prend du temps d’autres projets. Détails sur le blog de Iddo Friedberg.
  • Mike Eisen, militant acharné pro-Open Access et anti Impact Factor (voir mes billets sur politique de publication), demande dans quels journaux les gens ont publié pour avoir un poste de prof. Malheureusement pour lui, les journaux pas forcément ouverts à haut facteur d’impact semblent dominer. Discussion sur Twitter.
  • Un collègue m’a contacté pour écrire un livre sur les OGM. J’ai décliné, je préfère écrire sur ce blog sur plein de sujets, et avancer ma recherche quand même.
  • Un article de biologie évolutive pas encore publié officiellement, mais mis dans ArXiv (explication dans ce billet), est commenté dans Nature. Je ne sais pas si c’est une première, mais ça montre que les esprits changent. D’ailleurs mon journal préféré, Molecular Biology and Evolution, autorise aussi depuis peu les articles à y être soumis après avoir été déposés dans ArXiv. A propos de l’article lui-même, excellent commentaire sur le blog de John Hawks (avec photo du musée des Eyzies, coucou le Dinoblog).

Notes sur ma semaine en sciences 5

(pas d’image, le wifi de l’hotel est trop lent.)

  • Pierre Barthélémy du blog Passeur de sciences sur Le Monde évite d’habitude de parler d’OGM. Il y a une actualité scientifique intéressante sur le sujet (utilisation d’interférence ARN), il fait un billet, et qu’est-ce qui domine les commentaires ? Des trucs à coté de la plaque sur Monsanto et le bio, des remarques négatives sur le ton de son titre, et des remarques particulièrement constructives sur la photo d’illustration. Faut pas désespérer.
  • Article très intéressant (accès fermé hélas) qui montre un modèle de prédiction très précise de l’expression de gènes de levure en fonction de l’affinité précise (et manipulable expérimentalement) de l’ADN devant le gène (le promoteur) pour des protéines de régulation (facteurs de transcription). N’en déplaise à M. Kupiec.
  • Je passe le gros de la semaine au congrès européen de biologie évolutive ESEB. Il faudrait que j’en fasse un compte-rendu sur ce blog, ça serait pas cool ça ? Mais du coup j’ai peu d’autres nouvelles neuves. Ce qui m’a frappé dans la conférence cette année ? Le pouvoir de la génomique à unir des domaines qui avaient peu en commun, de la génétique moléculaire à l’étude de la spéciation, de l’hybridation et la domestication à l’expression des gènes et l’évolution de la morphologie jusqu’à la sélection naturelle et l’étude de l’impact du changement climatique. Et plein d’études sur les papillons et les épinoches.
  • Un hybride journal / blog sur l’intersection médecine et biologie évolutive : The Evolution & Medicine Review.

Redif : #Wikipedia est une excellente source d’informations scientifiques et médicales

On continue la rediffusion de vieux billets. Un autre de janvier 2012 (original sur blogspot) :

cliquez sur l’image (et n’oubliez pas de cliquer sur le point rouge)

Je commence ce billet par une constatation double : beaucoup de mes collègues et moi-même faisons un usage abondant et pertinent de Wikipedia dans notre vie professionnelle (vous croyez que je connais tous les gènes, tous les organes, toutes les bestioles ?) ; et d’autre part beaucoup de personnes à l’université continuent à décourager les étudiants d’utiliser Wikipedia, et à le traiter comme une sous-resource, pour paresseux. Je trouve ça choquant, et je le prouve.

Une étude récente (malheureusement d’accès payant paradoxalement) dans le journal Psychological Medecine a comparé l’information concernant des pathologies liées à la schizophrénie (5 pathologies) ou à la dépression (5 pathologies) entre différentes sources d’information : les sites internet arrivant en tête de recherches pour « depression » ou « schizophrenia » (14 sites au total), y compris Wikipedia mais aussi des sites plus officiels, comme celui du National Institute of Mental Health, ainsi que l’Encyclopedia Britanica en ligne, et un livre de psychiatrie utilisé en études de médecine.

En comparant ces différentes ressources, ils trouvent, et je cite :

The quality of information about depression and schizophrenia on Wikipedia was generally rated higher than other centrally controlled resources, including 14 mental health-related websites, Encyclopaedia Britannica and Kaplan & Sadock’s Comprehensive Textbook of Psychiatry.

En d’autres termes, et comme ils précisent plus loin, les articles de Wikipedia sur des sujets de santé contiennent peu d’erreurs factuelles, malgré un certain manque de couverture. Ils sont également bien référencés, mais paradoxalement peuvent être difficiles à comprendre. Ils sont généralement meilleurs en moyenne que les autres sources, y compris le livre spécialisé.

De manière intéressante aussi, bien qu’un avantage majeur de Wikipedia sur le livre est sa mise à jour fréquente et rapide, le livre fait mieux que la plupart des sites web officiels. Ces sites sont moins bons que le livre, mais pas plus à jour. Au moins, ils sont gratuits.

Ceci nous amène à un second point, qui est qu’il est difficile de maintenir de l’information scientifique ou médicale à jour de manière centralisée, avec des ressources forcément limitées.

Il y a un autre article récent sur ce sujet dans le numéro spécial annuel sur les bases de données en biologie (NAR Database, entièrement gratuit) : les auteurs discutent de l’intégration entre Wikipedia, ou d’autres approches participatives, avec des bases de données spécialisées de biologie. Ils partent de leur expérience positive avec les bases de données Pfam (domaines protéiques) et Rfam (ARNs fonctionnels) : les données structurées sont dans une base de données SQL dédiée, mais les annotations en texte qui décrivent la fonction des molécules passent par Wikipedia. Plus précisément, à un moment ils ont exporté toute leur information vers Wikipedia, et depuis ils récupèrent toutes les modifications qui sont faites dans les pages Wikipedia correspondantes, et les remettent dans Pfam et Rfam.

Par exemple, l’article sur mon domaine préféré, de liaison aux hormones des récepteurs nucléaires d’hormones : dans la page Pfam il y a de l’information textuelle, avec un bouton « Edit in Wikipedia ». On clique dessus, et on arrive sur la page Wikipedia correspondante, en mode édition directement qui plus est. Et là-dedans vous avez de jolies boîtes avec de l’information structurée venant de Pfam. C’est beau c’est grand c’est magnifique.

Ils ont des curateurs qui vérifient les infos venant de Wikipedia, et ils en acceptent 99%. Ils ont des milliers d’éditions par an, donc beaucoup d’informations pertinentes, à jour, et … gratuites. Et disponibles à tous !

Ils regardent aussi d’autres modèles d’intégration avec Wikipedia, et les limitations. Par exemple, Wikipedia a un critère d’intérêt général, qui fait qu’on peut avoir une entrée par gène humain, ou par domaine protéique (partagé par plein de protéines), mais pas une entrée par gène de poisson épinoche, ou par variant de gène humain. Une autre limitation est la règle « pas de travaux inédits« , qui interdit d’ajouter des infos que vous avez obtenu de vous-même, même par une méthode toute bête et simple. Or une base de données scientifique ne peut pas toujours accepter ces limitations. Et les wiki spécialisés ne marchent généralement pas aussi bien que Wikipedia, c’est peu de le dire.

Leur conclusion, et c’est là où je trouve que ces deux articles à priori bien distincts se rejoignent, est que nous ne pourrons maintenir à jour une information pertinente en biologie (et médecine donc) qu’en s’alliant à Wikipedia (et autres ressources des foules) de manière intelligente. Je suis bien d’accord, d’ailleurs j’utilise déjà Wikipedia. Il ne me reste plus qu’à devenir intelligent.

Notes sur ma semaine en sciences 4

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  • Un bilan de 451 additifs alimentaires autorisés aux Etats-Unis entre 1997 et 2012 indique que l’expertise n’a jamais été indépendente, et qu’elle a été faite par un employé de la compagnie concernée dans 22% des cas. Clairement, un système à revoir. Article d’accès libre.
  • J’ai commencé à écrire ma prochaine demande de financement au Fonds national suisse pour la science (je sais, pour un français dire « fonds national » ça sonne bizarre). On peut poser la question de la pertinence de l’écriture de ces projets, sachant que le meilleur prédicteur du succès d’un chercheur est sa productivité passée. Donc en regardant la mienne, on peut raisonablement s’attendre à ce que premièrement je continue à obtenir des résultats et à les publier, deuxièmement ces résultats ne changent pas la face du monde, et troisièmement qu’ils soient quand même utiles et cités par des collègues. Mais cet exercice est quand même important et utile. Cela me force à réfléchir à la cohérence de ce qu’on veut faire, au contexte international, et à convaincre des collègues de la pertinence de nos projets. Je pense que cela vaut le coup.
  • Un compte-rendu intéressant d’analyse de la vigueur hybride dans le maïs cultivé : le fait qu’on obtient de meilleurs rendements en croisant deux souches pures bien choisies qu’en sélectionnant une souche seule (et c’est pourquoi la plupart des paysans rachètent des graines tous les ans, OGM ou pas).
  • Un collègue améliore la productivité du manioc en Colombie grâce aux champignons microscopiques, j’y reviendrais. Communiqué de presse, article libre d’accès.
  • Une nouvelle technique de compression de données spécifique aux génomes humains permet de ternir l’information génomique d’une personne en 2,5 Mb. A noter que cela suppose qu’on ait un génome de référence et qu’on ne code que les différences, donc le point de départ n’est que de 84 Mb, pas 3,2 Gb. C’est quand même 37% de mieux que le record précédent. Article (accès fermé).
  • Un prototype de riz OGM qui fournit un anticorps contre un virus mortel (rotavirus) dans le Tiers Monde (news dans Nature). Mais me direz-vous, y a qu’à les rendre riches au lieu de faire des biotechnologies (y a vraiment un commentaire comme ça hélas). Sérieusement, c’est encore loin de l’application sur le terrain, mais c’est une approche originale et intéressante. Le risque bien sur c’est qu’alors que c’est relativement facile d’adapter un vaccin aux changements d’un virus, un OGM qui produit un anticorps donné risque d’être compliqué à mettre à jour quand le virus va évoluer une résistance.
  • C’est officiel : si vous utilisez Gmail, vous abandonnez toute prétention à avoir une correspondence privée. Comme remarqué par Nicolas Le Novère, cela s’applique à toutes les communications passant par des tiers (en tous cas aux Etats-Unis).
  • Commentaire Slashdot que je trouve intéressant : la carrière de Steve Jobs aurait consisté à rendre réelles les promesses de la « mère de toutes les démos« .
  • Intéressant par rapport au débat sur le libre accès aux publications scientifiques (open access) : alors que certains collègues arguent que le libre accès pose problème dans le Tiers Monde (parce qu’il faut payer pour publier), une université nigérianne a arrété ses abonnements (qui coutent très cher) et se repose presque exclusivement sur le libre accès. Interview dans The Guardian.
  • Un billet de blog de Edzart Ernst, professeur de médecines alternatives, qui explique que sa formation de médecin ne comprenait pas d’apprentissage du pensée critique, et que c’est ses tentatives de comprendre l’homéopathie qui ont formé son esprit critique et son scepticisme.
  • Dan Graur attaque une étude de génomique, et l’auteur répond. Presque comme des grandes personnes. Blog de Graur.
  • Le poster présentant notre base de données Bgee sur l’expression des gènes et l’évolution pour la conférence ESEB (European society for evolutionary biology) est dans FigShare.
  • Ca nous est tous arrivés, mais Rosie Redfield le discute publiquement (comme toute sa science d’ailleurs) : des compétiteurs qui « oublient » de citer votre travail quand ils se basent dessus pour le leur.
  • Un petit ralage sur mon blog anglophone concernant l’abus du terme « dogme » dans les publications scientifiques.
  • Dans un parallèle que je trouve intéressant avec la conclusion de mon billet de lundi sur la génomique des cellules HeLa, un billet de blog qui note que les « Big Data » nous retournent à une vie de village sans vie privée.

Détruire les essais Golden Rice #OGM c’est comme détruire un laboratoire médical ou un entrepot MSF

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Vous avez probablement entendu que des personnes ont détruit des essais concernant le riz Golden Rice dont on a déjà beaucoup parlé ici (ce billet et celui-ci). Il y a un bon billet de Yann Kindo sur son blog concernant ce riz et cette destruction (c’est énervant qu’on puisse pas librement commenter sur Mediapart ; pourquoi tenir son blog là ?). Evidemment on lui reproche son ton strident ; c’est vrai quoi, faut être poli avec les pauvres gens qui détruisent la recherche visant à sauver des vies. Bref je ne vais pas discuter en détail à nouveau, mais juste revenir sur une analogie :

Dans mon premier billet sur le Golden Rice, j’ai fait une analogie avec le travail d’urgence de MSF, la Croix Rouge, etc. Ca ne résout pas les problèmes de fond, mais c’est très important. Il y a eu des gens pour reprendre cette analogie en disant que justement l’aide à Haïti avait plein de problèmes.

Alors poussons l’analogie : quel serait l’équivalent de détruire les essais Golden Rice aux Philippines, faits par un organisme public local à but non lucratif ?

Première analogie : l’industrie pharmacologique, comme l’industrie agronomique, fait parfois de vilaines choses. Donc haro sur toute recherche pharmacologique, qui est toute liée d’une manière ou d’une autre à l’industrie, c’est sur, et n’a pour vocation que de rendre les gens dépendants des médicaments, alors qu’ils n’ont qu’à avoir une saine ! Donc : détruisons les laboratoires publics faisant de la recherche sur des traitements dans les pays du Tiers Monde.

Deuxième analogie : MSF et la Croix Rouge ne sont pas tout roses non plus. Parfois y a des scandales dans l’humanitaire, n’ayons pas peur de le dire. Et puis en fournissant de l’aide, on entretient la dépendence de pays pauvres envers les pays industrialisés. Donc : détruisons les laboratoires de MSF, la Croix Rouge, et autres. Il faut surtout éviter qu’ils mettent en place des structures adaptées au terrain, qui ne serviront qu’à permettre le propagande de l’industrie pharma !

Au cas bien improbable où ces analogies ne vont auraient pas convaincu de l’utilité, voire la nécessité, de détruire la recherche publique locale concernant les problèmes de santé de pays pauvres, voici une pétition pour condamner ces destructions.

Voir aussi un bon billet sur un blog en anglais, dont je cite un excellent commentaire :

People riot over not being able to feed their kids, not over people trying to help.

Ce qui me met à l’esprit une dernière analogie. Il fut un temps où j’étais très actif dans le militantisme des droits de l’homme. Régulièrement il se trouvait des gens pour nous reprocher de nous occuper de problèmes lointains plutôt que des problèmes qu’eux trouvaient plus urgent locallement. Quand je leur posais la question, ces personnes n’étaient que rarement actives elles-mêmes (je n’écris pas « jamais » parce que je ne suis pas sur, mais je ne me rappelle pas d’un contre-exemple). Par contre on avait d’excellentes relations avec les militants qui eux s’occupaient des problèmes locaux (syndicalistes, aide alimentaire aux pauvres, aide aux sans abris, etc). Il me semble en lisant les commentaires sur le Golden Rice qu’on a à nouveau d’un coté des gens qui n’ont aucune solution mais sont très critiques de celle-ci, et d’un autre coté des gens comme Hellen Keller International ou les agronomes philippins qui eux cherchent des solutions, et sont ouverts à celle-ci si elle marche.

Choisi ton camp, camarade.

—-

Mise à jour : l’excellent FAQ en anglais de l’International Rice Research Institute aux Philippines.

La famille de Henrietta Lacks est d’accord pour qu’on utilise le génome HeLa, ce qui pose de nouvelles questions

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On a parlé précédemment du séquençage du génome HeLa, qui était à la fois très utile parce qu’il s’agit de cellules très utilisées en biologie moléculaire, génomique, et recherche biomédicale (plus de 76’000 articles publiés), et à la fois problématique éthiquement parce que ces cellules sont dérivées d’une patiente noire américaine dans les années 1950 sans autorisation ni consultation éthique. Conséquence de cette situation, le génome des cellules HeLa a été séquencé, mais la séquence a été retirée des bases de données pendant une discussion avec la famille. Laquelle discussion a maintenant abouti.

A noter qu’entre temps une deuxième version du génome, plus détaillée, a été obtenue et soumise à Nature ; elle vient d’être publiée. Et je cite du commentaire de Nature :

The paper’s reviewers did not raise privacy concerns before recommending it for publication; nor did Nature.

Comme cette deuxième séquence est de meilleure qualité, ils ont pu trouver l’origine probable de la tumeur, une intégration d’un virus dans le génome.

Les données ne sont pas publiquement disponibles, comme c’est normalement le cas pour toutes les données génomiques ayant fait l’objet de publications scientifiques, mais sont disponibles sur demande par des chercheurs devant justifier pourquoi ils en ont besoin, et devant ensuite rendre des comptes sur l’usage qui en est fait. Deux membres de la famille d’Henrietta Lacks font partie du comité qui va évaluer les demandes.

Comme le fait remarquer un responsable de bioéthique, on ne va pas pouvoir faire cela pour chaque famille dans laquelle un génome est séquencé. Le directeur du NIH (qui finance la recherche biomédicale américaine), Francis Collins, a d’ailleurs déclaré que ce cas restera unique. Mais comme noté dans l’article du New York Times, il faut que les personnes dont les tissues ou les génomes seront utilisés dans de futures études sur le cancer se sentent confiantes qu’elles seront prises en compte.

Certains collègues sont mécontents de cet arrangement, parce que cela ajoute encore des règles à une recherche que certains resentent déjà comme sur-régulée (par exemple sur ce blog). Plus pertinent à mon sens, Michael Eisen pose quelques bonnes questions sur son blog :

  • Quand et dans quelles conditions est-ce que les héritiers de quelqu’un doivent pouvoir décider de l’usage des données ? Et s’ils ne sont pas d’accord ? Est-ce limité aux héritiers légaux, ou à tous ceux qui partagent une proportion significative (combien ?) du génome (un cousin vaut un petit-enfant) ?
  • Quand quelqu’un donne son accord pour l’utilisation d’échantillons, il y a souvent une condition permettant de retirer le consentement apparemment. Est-ce que les héritiers peuvent aussi retirer le consentement, et jusque quand ?
  • Une partie du problème avec les HeLa est qu’elles ne sont pas anonymes. Mais il est possible de retrouver la famille et parfois l’individu probable d’origine d’une séquence d’ADN déjà. L’anonymat en génomique comme sur internet devient de plus en plus difficile à mettre en oeuvre.

Michael Eisen fait remarquer très justement à mon sens que nos sociétés sont baties autour de la liberté et de la responsabilité individuelles, mais en génomique (et en génétique d’ailleurs) cette individualité perd son sens. Toute décision que vous prenez concernant vos données génomiques affecte tous ceux qui vous sont apparentés de manière proche.

C’est en quelque sorte un aspect du « village planétaire« . En plus des aspects prévus, on a la perte de vie privée, les voisins qui vous regardent et les ragots. En version génome + internet. Mais où va-t-on, je vous le demande ?

Ma semaine en sciences 3

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  • Une collègue de l’EBI (European Bioinformatics Institute), Jenny Cham, a une super page de notes-BD qu’elle prend lors des présentations auxquelles elle assiste : sur Flickr.
  • Vidéos cool de démo d’adaptation de médicaments potentiels à des protéines par des collègues du SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) : click2drug.
  • RefSeq, une banque de données bioinformatique de séquences de gènes, fête ses 10 ans : communiqué au NCBI. 4000% et des brouettes de croissance durant ce temps.
  • Dans un compte-rendu de débat sur les OGM à Hawai, j’ai été frappé par l’extrait suivant (blog) :

Most people know something about the dramatic improvements society has seen since that particular era when it comes to automobile safety, control of exposure to secondary smoke, protection against egregious manifestations of racial and gender discrimination.  Most people have a concept of how far we have come since the 1960s with regard to a host of technologies in medicine and electronics.  What is unfamiliar to most people outside of agriculture is that there have been comparably dramatic improvements with respect to the safety of agricultural pest control technologies.

En effet, les personnes qui ne travaillent ni dans l’agriculture, ni dans les biotechnologies, tendent à considérer que l’on va faire les mêmes erreurs que l’on a fait avec, par exemple, le DDT. Ce n’est jamais impossible, mais nous avons maintenant énormément de contrôles, de tests et de standards que nous n’avions pas avant la prise de conscience des risques médicaux et environnementaux. C’est comme si vous utilisiez les taux d’accident d’avion des années 1920 pour refuser de prendre l’avion aujourd’hui. Ce qui ne veut pas dire que la biotechnologie ni les avions aient un risque zéro, qui n’existe pas.

  • Aussi sur les OGM : un pathogène décime les cultures d’oranges. Solution court terme : plus de pesticides, de plus en plus. Solution moyen terme : un OGM résistant, probablement avec un gène d’épinard. Devinez s’il y a davantage d’opposition aux pesticides ou à la recherche d’un OGM ? Excellent article dans le New York Times.
  • Des chercheurs ont trouvé qu’en rajoutant de la taurine à des lipides de plantes, notamment de soja, ils pouvaient faire croître un poisson carnivore à un taux similaire à ce qu’il a avec une alimentation à base de poisson. C’est potentiellement important, parce que la pisciculture est à l’heure actuelle largement dépendante d’aliments à base de poissons (péchés) pour nourir des poissons de culture (carnivores, et plus populaires avec les consommateurs parce que miam miam), ce qui est un non sens écologique et économique. L’article (accès fermé).
  • Pas vraiment de la science, mais deux BD web de ouf magnifiques : Boulet tout en hauteur, et la fin de l’incroyable BD Time de XKCD (voir ici). (L’humour geek fait partie du périmètre de ce blog après tout.)
  • Un nouvel article dans PLOS Biology (libre d’accès) propose et soutient expérimentalement un modèle pour expliquer les variations stochastiques de l’expression des gènes. Curieusement, ils ne citent pas Kupiec, quelle injustice. Excellent commentaire (aussi libre accès) de l’article, qui commence ainsi :

If a gene’s promoter were a light switch, you’d probably call an electrician. That’s because rather than simply turning on and off in a limited and predictable way, many genes—whose expression is controlled by their promoters—are expressed in bursts, with expression fluctuating randomly over time.

Notes hebdomadaires précédentes.

 

Redif : Génétique médicale : plus c’est gros, moins c’est beau

Tiens c’est l’été, je vais rediffuser quelques vieux billets. Voici un de janvier 2012 (original sur blogspot) :

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Sur l’excellent blog Genomes Unzipped, plusieurs scientifiques des génomes (génomiciens ?) ont eu une discussion d’un effet curieux et intéressant de génétique médicale et surtout psychiatrique. Il n’y a pas si longtemps, ces études se basaient sur des échantillons tout petits, pour des raisons pratiques. Et il se publiait régulièrement des corrélations très fortes entre gènes (ou plutôt variants génomiques) et maladies psychiatriques. Plus les tailles d’échantillons ont augmenté, grâce aux progrès techniques, et plus les effets sont devenus faibles, jusqu’à être non significatifs dans toutes les études sérieuses récentes. Le graphe ci-dessous montre cet effet, avec des effets très fortement positifs ou négatifs pour les petits échantillons à gauche, et des effets presque nuls (rapport de 1 pour la fréquence de symptômes entre personnes avec et sans une mutation) pour les gros échantillons à droite.

L’explication est corrélée (haha) à celle traitée dans un billet récent pour Google correlate. Les études petites ont une forte variance (il y a beaucoup d’erreur sur la mesure), et on en fait beaucoup de ces études. A force d’essayer de tout corréler avec un symptôme, il sort des corrélations fausses positives, qui semblent fortes mais ne reflètent aucune relation causale sous-jacente. Dans les études récentes, on fait peu d’études mais à grande échelle, où le bruit aléatoire est minimisé. On voit alors le vrai signal, à savoir qu’il n’y en a presque pas.

Comme le disent les collègues, les petites études se comportent comme des générateurs aléatoires de résultats, lorsqu’il n’y a pas d’effet fort à détecter.

Par exemple, en 1992 une mutation du gène ACE a été trouvée qui augmentait les chances d’attaque cardiaque d’un facteur 3. Mais les études suivantes ont échoué à reproduire le résultat, tandis que le même gène se retrouvait dans plein d’autres études supposément lié à toutes sortes de pathologies. Ce gène était apparu sur le radar par hasard au début, et ensuite tout le monde l’a étudié. Les résultat négatifs (probablement plein, va savoir) n’ont pas été publiés, les résultats (faux) positifs, si. Avec le recul, ACE ne semble pas jouer de rôle particulier dans les attaques cardiaques.

Ce qui motive les collègues de Genomes Unzipped, c’est une étude récente qui fait comme si 20 ans d’expérience ne s’étaient pas accumulés, et rapporte un lien entre la « prosocialité » et un gène très étudié (récepteur à l’oxytocine), sur la base de 23 personnes. Pourtant, des études à large échelle (5117 personnes, 1’252’387 marqueurs génétiques) montrent qu’on ne trouve avec les données présentes aucun lien entre personnalité et gènes.

Les Genomes Unzipped boys ne jettent pas le bébé avec l’eau du bain, mais notent que les liens qui existent probablement entre génétique et traits complexes, tels que la personnalité, demanderont des études très larges pour être établis, étant donné que ce sont des effets faibles (et probablement avec des interactions complexes entre gènes, mais c’est une autre histoire).

Le blog de Nature montre que le même phénomène peut affecter des tests génétiques qui sont d’ores et déjà approuvés et commercialisés : le test pour CYP2C19 est approuvé par la FDA, pour déterminer quel traitement utiliser pour des maladies cardiovasculaires. Dans une méta-analyse (analyse combinée de plein d’études précédentes) avec 42’016 patients et 32 études, il n’y a aucun lien entre le gène et le médicament ! Je cite :

While there initially appeared to be a relationship, there was evidence it was biased by the small size of studies. When analysis was restricted to larger studies the association disappeared.

Je finirais en notant, en dehors de la génétique, que les faux positifs sont aussi un problème pour les tests HIV conduits sur le terrain en Afrique. Comme quoi comprendre les statistiques et le design expérimental peut être vraiment important.

Notes sur ma semaine en sciences

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Voir précédent billet de notes pour le principe.

  • Peut-être le meilleur article grand public que j’ai lu sur les OGM (en anglais) : article sur PBS (média public américain). C’est basé sur l’interview d’un chercheur en biologie végétale et agronomie qui vient d’une famille de fermiers, et travaille avec des fermiers aux Etat-Unis et en Asie. Il travaille avec les paysans, cherche des moyens d’être plus efficace en utilisant moins de pesticides, particulièrement dans les conditions de sécurité et de standards faibles des pays pauvres, et voit les OGM comme un bon outil pour ça. Il a été surpris et choqué par la réaction des anti-OGM urbains. Lisez tout l’article avant d’être content ou furieux.
  • J’ai co-organisé un workshop, Quest for Orthologs, cette semaine. C’est fou tous les détails dont il faut s’occuper quand on est l’organisateur ! Excellentes discussions geeky sur les standards et formats pour parler d’orthologues, et sur l’utilisation que l’on peut en faire (voir ce billet et celui-ci).
  • Observation intéressante dans la discussion durant le workshop: des simulations peuvent être très utiles pour montrer quand est-ce qu’une méthode ne marche pas, mais ne permetten pas de montrer qu’une méthode marche sur les vraies données (très complexes en biologie).
  • PLOS Computational Biology a une série intéressante (et libre d’accès) sur la bioinformatique appliquée à la médecine : Translational Bioinformatics.
  • Une bactérie avec 12’356 gènes protéiques ! Comme une mouche. Pour comparaison, E. coli qu’on étudie le plus et qui est dans notre ventre a environ 4’300 gènes. C’est une cyanobactérie, donc qui fait de la photosynthèse. Les chloroplastes qui permettent la photosynthèse dans les cellules des plantes vertes sont des cyanobactéries absorbées par les cellules eucaryotes. Article dans Genome Biology and Evolution (accès fermé).
  • Dans le récent congrès de biologie computationnelle ISMB/ECCB, Nadja, une étudiante du labo, a eu un prix pour son poster, et Romain, un ex-étudiant du labo maintenant en Grande Bretagne, en a eu un autre pour le sien. Yo !
  • Kevin Folta, biologiste des plantes qui a déjà utilisé son blog pour discuter avec une anti-OGM (mentionné ici), et qui a proposé en vain à des anti-OGM de collaborer pour reproduire une expérience (mentionné ici), a proposé de débattre avec les participants à une conférence anti-OGM. Surprenamment pour des gens qui cherchent à faire toute la lumière et à comprendre la réalité des choses, ils ont refusé. C’est la vie, comme disent les français.
  • Le génome d’un rotifère bdeloide, publié dans Nature (libre accès), permet de comprendre un peu mieux comment un groupe large d’organismes multicellulaires survit sans reproduction sexuée depuis des dizaines de millions d’années. Très bon compte-rendu dans Le Monde.
  • Une évaluation de tous les logiciels d’assemblage de génomes (passer de petits fragments d’ADN séquencés à un génome complet) arrive à la triste conclusion que pour le moment c’est la cata. Excellente collection de liens sur le site de l’Assemblathon.
  • Réflexion intéressante dans le journal Current Biology sur l’historique de l’héroïne et l’impact de l’interdiction des drogues « récréatives » sur le développement de la neurobiologie. En gros l’auteur défend que la prohibition sauve peu de vies, mais en coûte beaucoup en inhibant la recherche et développement en pharmacologie neurologique. D’accès fermé malheureusement.
  • Une analyse suggère que les micro-organismes ne forment pas d’espèces à proprement parler, d’après des arguments mathématiques. Pas eu le temps de lire, mais idée intéressante. Papier libre accès.
  • Un article (libre accès) indique que des anti-fongiques appliqués aux plantes à fleurs peuvent affecter les abeilles en les rendant plus sensibles à des infections fongiques. Potentiellement très important.
  • Un billet de blog attire mon attention sur un concours de compression de données spécifiquement pour les séquences d’ADN. Intersection intéressante d’informatique et de génomique.

Réflexions sur le blog SciLog de J.J. Kupiec et le hasard en biologie

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Cliquez sur l’image (suis-je le rat ? le rat me lit-il ? sommes-nous tous le rat de quelqu’un ?)

Il y a un nouvel arrivant dans le (trop petit) monde des blogs scientifiques francophones : SciLogs.fr, déclinaison française d’une plateforme internationale dépendant de Pour la Science (déclinaison française de Scientific American). Dans les premiers billets de ces blogs, il y en avait un de JJ Kupiec sur le rôle du hasard en biologie moléculaire et les conséquences pour la possibilité de synthétiser le vivant. Ce billet pour moi pose aussi la question du rôle des blogs en science.

Kupiec aime mettre « en avant le caractère foncièrement stochastique du fonctionnement interne des êtres vivants ». Là où ça devient étrange c’est qu’il affirme qu’il y a quelques années cela était « quasi hérétique ». Et il ajoute :

On suppose actuellement que chez un être vivant, l’ordre macroscopique, c’est-à-dire ce qui passe à notre niveau, provient d’un ordre microscopique. Les molécules, protéines et séquences d’ADN, principalement, interagissent de manière séquentielle de manière toujours identique, en formant des cascades d’interactions desquelles tout hasard est exclu.

Cette citation m’a choqué, parce qu’ayant étudié la biologie moléculaire entre 1988 et 1992, et étant depuis resté en recherche à l’interface biologie moléculaire – évolution – informatique, je ne reconnais rien de cette description. J’ai appris que les interactions moléculaires ont une composante aléatoire importante, et je n’ai jamais vécu ni entendu un supposé dogme de l’absence de hasard en biologie.

La biologie moléculaire dans ses détails est de la chimie, avec deux spécificités : des molécules souvent très grosses et complexes, et surtout pour ce qui nous concerne très peu d’exemplaires de chaque molécule. Quand on prend une réaction chimique typique, on a des nombres énormes de chaque molécule entrant en jeu. Ceux qui ont eu des cours de chimie se rappellent peut-être d’avoir raisonné en « moles ». Une mole c’est 6×1023 machins (molécules d’habitude). Ces nombres énormes permettent d’énoncer des lois statistiques très fiables concernant par exemple la vitesse d’une réaction ou les concentrations à l’équilibre (ça dépend surtout de la concentration en fait). Dans chaque cellule vous avez quatre molécules correspondant à chaque type d’ADN (par exemple pour un gène donné). Donc quand une protéine se lie à un site donné d’ADN, le rôle du hasard moléculaire (qui tient davantage de la physique que de la chimie à ce point) est moins visible comme une moyenne statistique type « gaz parfait » que comme le résultat de quelques lancers de dé. Mais (il y a un mais) en biologie on n’a pas beaucoup de molécules par cellule, mais on a beaucoup de cellules ! (1013 cellules humaines et 1014 cellules bactériennes environ dans notre corps.) Donc c’est pas Avogadro mais ça commence à moyenner. Du coup on a tendance à voir ces phénomènes stochastiques (ça veut dire au hasard) comme des phénomènes statistiques, des équilibres par exemple entre attachement-détachement de deux molécules.

Kupiec et moi avons eu un dialogue dans les commentaires de son blog, où sont aussi intervenus deux spécialistes de la modélisation en biologie, Nicolas Le Novère, et Tom Roud. Je vous invite à lire cet échange.

Je veux revenir d’abord sur un point important soulevé par Nicolas : on savait que le hasard jouait un rôle, mais on le prenait peu en compte dans nos modèles. En effet, notre modélisation du vivant s’améliore au fur et à mesure que nous progressons dans nos méthodes expérimentales et mathématiques. Et logiquement, plus on veut étudier les choses à des niveaux détaillés (peu de cellules ou peu de temps), plus la stochasticité joue un rôle important. Mais dire qu’il y a eu un dogme niant le hasard, dire que la biologie des systèmes ou la biologie synthétique se font en fermant les yeux sur ses effets destructeurs, je suis désolé mais c’est faux (d’ailleurs aucune citation de Kupiec pour le soutenir malgré mes requêtes). On est tous conscients que nos modèles sont insuffisants, ce qui est pourquoi on travaille à les améliorer, les affiner, déterminer leurs zones d’application et les zones où ils ne s’appliquent pas ou mal. Par exemple les modèles de biologie des systèmes récents prennent explicitement en compte la stochasticité, et il y a une vague de « single cell genomics » qui s’occupe essentiellement de la quantifier pour des phénomènes tels que l’expression des gènes dont parle Kupiec.

Puis je vais passer pour un gros snob raleur là, mais les gens qui se la jouent génie incompris qui révolutionne la science je me méfie (la productivité de M. Kupiec hors blogs : PubMed, Google Scholar). Faut lire les commentaires quand il est interviewé sur {Sciences2} concernant ENCODE, c’est assez intéressant (l’interview aussi fait génie méconnu ; et je vois ailleurs dans {Sciences2} qu’il a inventé le terme ontophylogénèse, l’invention de mots étant typique du génie méconnu). Alors si on veut révolutionner la biologie, j’ai un conseil, c’est de faire des expériences ou des modèles meilleurs que les autres et de les publier. Peut-être que JJ Kupiec a parlé de stochasticité de l’expression avant les autres, mais je doute que personne n’y ait pensé, et ce qui est important en sciences c’est ce qu’on fait d’une idée. D’autres que Kupiec développent des modèles mathématiques et des expériences pour quantifier cette stochasticité, et c’est ça qui est important.

Autant je me réjouis de voir une nouvelle plateforme de blog scientifiques francophones, autant je recommende à mes collègues de blogger, autant je ne pense pas que de renforcer la perception déjà trop répandue d’un establishment scientifique conservateur écrasant des Galilée par centaines soit très constructif, ni de présenter une version faussée de l’histoire et de l’état de sa discipline pour se mettre en avant. Je suis bien en peine de voir ce que le billet de Kupiec apporte à la compréhension de la biologie ou de la science au public.

Je note pour finir que la plupart des nouveaux blogs de Scilogs ont commencé par expliquer des trucs intéressants ! Je recommande notamment Best of bestioles et Intelligence mécanique. :-)

(Billet retardé par la semaine OGM et autres évènements, mais voici.)

Notes sur ma semaine en sciences

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Je commence une nouvelle formule : il y a régulièrement des choses que j’apprends ou que je vois dans ma semaine de travail, qui feraient de bons billets de blog mais que je n’aurais pas le temps de développer, ou qui seraient juste sympa à partager rapidement avec un public plus large mais sans faire un billet.

Je vais donc essayer de partager des notes rapides plus ou moins tous les vendredis. Les billets plus consistents, qui étaient généralement le vendredi, paraîtront dorénavant le lundi. On va voir si j’arrive à tenir. A noter qu’il risque d’y avoir une part de redondance avec mon fil Twitter, mais ici je ne suis pas limité à 140 caractères et ce sera tout en français. Par rapport aux billets habituels du blog, je vais aussi mettre ici des infos sur la vie du labo : nos articles, nos financements, les conférences, etc.

Voici donc la première de cette séries de notes (un peu longue parce que j’ai des trucs de la semaine d’avant aussi).

  • Des chercheurs qui travaillent sur les phéromones de papillon ont mis en données supplémentaires une super BD originale qui illustre leurs résultats : http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1003620#s5. Mon sup data préféré précdent était la « Amphioxus Song » inclue avec le génome d’amphioxus (où je suis co-auteur mais ça n’est pas moi qui ait mis la chanson) : www.nature.com/nature/journal/v453/n7198/suppinfo/nature06967.html
  • Quand on donne de l’alcool à des mouches mâles, elles cherchent à s’accoupler avec tout ce qui bouge, mais leur taux de succès auprès des femelles diminue (entendu dans un séminaire, je n’ai pas la ref). Toute ressemblance avec d’autres espèces…
  • Les illustrations du séminaire anti-ENCODE de Dan Graur (voir ce billet) sont en ligne et sont très droles (humour bio-geek) : twileshare.com/askq
  • J’ai écrit sur mon blog en anglais une explication de « l’histoire derrière le papier » pour un article récent de mon groupe : Story behind the paper: The hourglass and the early conservation models – co-existing evolutionary patterns in vertebrate development.
  • Découvert via un article dans The Scientist une base de données de stockage et analyse simple de profils métaboliques (composés chimiques dans un mélange complexe comme notre sang), avec comme exemples de démo la comparaison Coca-Cola / Pepsi, et la comparaison de deux bières. La base de données est gratuite mais il faut créer un login : xcmsonline.scripps.edu
  • Un prof d’informatique propose un système centralisé pour déposer et maintenir le code informatique pour que les expériences computationnelles sont reproductibles pour toujours : son billet de blog, son site recomputation.org, et un précédent billet à moi sur le sujet. Voir aussi l’excellente tribune dans Le Monde de nos collègues du C@fé.
  • Un étudiant m’a demandé des recommendations de livres pour commencer la bioinformatique. Voici mes préférés (je n’ai pas acheté de livres récemment, donc ça date un petit peu, mais une recherche web retrouve toujours le livre de Mount de 2004 comme un favori de bcp de gens) : Bioinformatics and molecular evolution, Paul G. Higgs and Teresa K. Attwood (ISBN 1405106832) ; Bioinformatics: sequence and genome analysis, David W. Mount (ISBN 0879697121) ; Building Bioinformatics Solutions with Perl, R and MySQL, Conrad Bessant, Ian Shadforth, and Darren Oakley (ISBN 978-0-19-923023-5).
  • Quelqu’un a enfin fait le test de « fonction » d’ADN aléatoire ! Il faudra que je revienne dessus. Billet de blog au Finch & Pea, article dans PNAS, mon billet précédent sur le sujet. Mais quand même vous voyez comme c’est cool la science, on se dispute, on fait une nouvelle expérience pour tester qui a raison, et on avance ! Presque comme des adultes.
  • Bilan de ma semaine OGM : l’important ça n’est pas de comprendre la biologie, l’important ça n’est pas de sauver des vies, l’important ça n’est pas de préserver l’environnement, l’important c’est d’écrire des titres de billets respectueux et polis que personne ne lira (et surtout ne jamais utiliser le mot « bobo »).

Réponses à quelques questions sur les #OGM, les bobos et la société industrielle

Franchement cette image n'a pas grand chose à voir mais elle me fait plaisir.

Franchement cette image n’a pas grand chose à voir mais elle me fait plaisir. Cliquez et explorez.

Il y a eu pas mal de discussion du billet Le Golden rice #OGM : la science sauverait des vies si les bobos ne la bloquaient pas, dans les commentaires sur ce blog, et aussi sur le forum Linuxfr. Je vais essayer de répondre ici à quelques-uns des points soulevés.

Au fait, je recommende les réponses de Kaane (à partir d’ici) et de Lasher (ici) notamment sur le forum Linuxfr. Et je félicite les participants d’avoir pour l’essentiel évité le piège Monsanto. :-)

  • Les points comme ceci vont représenter des paraphrases de questions posées souvent par plusieurs personnes de manières diverses.

Maintenant ça comme pour de vrai :

  • Le titre était tellement provoc qu’il faut pas s’attendre à une vraie discussion, d’ailleurs si je commence par insulter les gens à quoi est-ce que je m’attends ?

Alors oui le titre est provoc, c’est voulu, ça cadre effectivement le débat. Parce que quand même, les enfants qui meurent ils meurent pour de vrai.

Le terme « bobo » est-il insultant ? Je ne le pense pas perso, mais peut-être. Il me fallait un racourci pour montrer que ceux qui militent contre les OGM n’ont eux jamais connu la faim ni la malnutrition, et finalement le font d’une position assez privilégiée. Position privilégiée que je partage, soyons clairs. Mais moi au moins je ne lance pas des pétitions pour bloquer l’accès à des solutions dans le Tiers Monde.

Par ailleurs je ne trouve pas que l’article lui-même soit insultant, et il ne commence certainement pas par insulter puisqu’il commence par expliquer la science derrière la vitamine A et le riz OGM.

Et donc je veux bien utiliser un autre mot que bobo qui ne soit pas insultant mais décrive le bon concept. Mais je maintiens le choix d’être explicite sur cet aspect : militer contre tous les OGM y compris le Golden Rice consiste à militer contre un effort pour sauver des vies. Donc tout succès de ce militantisme a pour conséquence des vies pas sauvées, également appellées « morts ».

  • Question fréquente : mais pourquoi la solution doit-elle être un OGM ?

Premièrement, je me répète, mais personne ne dit que c’est LA solution. C’est une solution. Vous avez d’autres solutions qui marchent, lachez-vous, c’est certainement pas moi qui vous arrêterais.

Deuxièmement, le génie génétique est la technique la plus efficace et la plus puissante pour faire faire ce que l’on veut à une plante. Eh oui. On peut lancer un programme long de sélection de variétés des riz produisant de la vitamine A dans les graines. On avancera à l’aveuglette, en espérant y arriver, mais peut-être que ça ne marchera jamais. Il faut que la variation génétique le permettant soit déjà là (explication sur ce billet et celui-ci), ou alors que coup de bol monstre la bonne mutation apparaisse pendant le travail et qu’on la repère (quand une mutation apparaît la plupart du temps elle est cachée par l’autre copie non mutée du gène). Alors alternative, on peut bombarder les plantes avec des radiations ou des produits chimiques cancérigènes pour avoir plus de mutations. Non seulement c’est légal, mais y a pas besoin d’étiquetage ou de tests de sécurité, les organismes mutés artificiellement c’est même autorisé en « bio » dans la plupart des pays.

En tout état de cause, quand on va y arriver, si on y arrive, on aura obtenu des plantes qui porteront de manière fixée plein de mutations qu’on ne connaît pas. Si on n’a pas fait de mutagenèse, on aura appauvri énormément la variété génétique, et on aura fixé plein de mutations mauvaises pour la plante. Un peu comme les chiens de races extrêmes, qui ont la moitié de l’espérance de vie des chiens normaux (dits batards). Ou les vaches laitières ultra-productives, qui ont aussi plein de problèmes de santé. Si on a fait de la mutagenèse, en prime on aura plein de mutations au hasard dans le génome. Youpi.

Avec un OGM, on prends très exactement le gène de l’enzyme que l’on veut, on le met dans le génome sans rien toucher d’autre, et voilà. Le principal problème étant que les gens qui ne font pas de la biologie moléculaire (ça fait pas mal de monde somme toute) ne comprennent pas et ne font pas confiance.

  •  Alors y a plein de commentaires qui disent que c’est pas le vrai problème, qu’il faut s’occuper de la situation politique et économique, etc etc.

Je ne sais pas quoi répondre sans me répéter. C’est ce que j’ai couvert préventivement en partie dans le billet sur Monsanto, et surtout en traitant les arguments de Greenpeace dans le billet d’origine.

Je voudrais quand même rappeler qu’une partie du problème est qu’il y a des gens et des organisations qui bloquent activement une solution.

Le problème n’est pas (à ma connaissance) qu’il y ait des gens qui bloquent activement toute autre solution en disant que seule celle-ci est valide.

Donc à nouveau, allez-y, émigrez aux Philippines ou au Bengladesh et faites-y la révolution, ou restez ici et votez pour des candidats qui pronent le partage de tout par tous au niveau mondial, c’est pas comme si j’étais économiste pour vous dire que c’est des conneries. Mais de grâce morbleu, laissez vivre les autres, la vie est à peu près leur seul luxe ici-bas.

S’il y a un point précis pas traité, merci de le soulever dans les commentaires. Je n’ai pas forcément le temps de répondre aux longs discours qui ne soulèvent pas des points précis, désolé.

Mise à jour : je viens de voir un article de Greenpeace « Les OGM ne sont pas la solution pour éradiquer la faim dans le monde » dans Le Soir. Une fois de plus on a un faux choix. Qui a dit que c’est LA solution ? La question est, certains OGM peuvent-ils aider à résoudre au moins une